PROSITE entry PS51856
View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission
General information about the entry
| Entry name [info] | RHO_RNA_BD |
| Accession [info] | PS51856 |
| Entry type [info] | MATRIX |
| Date [info] |
28-MAR-2018 CREATED;
26-FEB-2020 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE. |
| PROSITE Doc. [info] | PDOC51856 |
| Associated ProRule [info] | PRU01203 |
Name and characterization of the entry
| Description [info] | Rho RNA-binding domain profile. |
| Matrix / Profile [info] |
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=76; /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=71; /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.7228487; R2=0.0280049; TEXT='-LogE'; /NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=2939.0803223; R2=2.9942694; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%'; /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=242; H_SCORE=3664; N_SCORE=9.5; MODE=1; TEXT='!'; /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=135; H_SCORE=3343; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?'; /DEFAULT: M0=-11; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; ... A B C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y Z /I: B1=0; BI=-105; BD=-105; /M: M= -1,-14,-12,-13, -4,-17,-20,-15, -9,-11, -8, -3,-13,-13, -4,-13, -1, 0, -7,-26,-15, -5; /M: SY='V'; M= -5,-10,-20, -8, -5,-16,-20,-18, -1,-10, -9, -6,-12,-19, -9,-14, -6, 0, 1,-28,-16, -6; /M: SY='T'; M= -6,-14,-19,-15, -7,-16,-19,-14,-12, -6,-13,-12, -9, -5, -7, -8, 1, 5, -9,-26,-13, -7; /M: SY='A'; M= 3,-19, -6,-22,-16, -7,-15,-14, -4,-13,-11, -6,-17,-20,-13,-18, -4, -5, 0,-21, -6,-14; /M: SY='T'; M= -2, -7,-19, -4, 2,-18,-18, -9,-12, -7,-16,-12, -6,-15, -4, -9, 3, 8, -9,-27,-12, 0; /M: SY='G'; M= 0,-10,-30,-10,-20,-30, 60,-20,-40,-20,-40,-30,-10,-20,-20,-20, 0,-20,-30,-30,-30,-20; /M: SY='I'; M=-10,-28,-14,-29,-24, 1,-33,-19, 18,-22, 7, 3,-26,-26,-21,-23,-19, -7, 17,-13, 3,-21; /M: SY='L'; M=-19,-38,-12,-39,-30, 8,-38,-27, 17,-29, 32, 18,-37,-31,-21,-22,-28,-11, 9,-16, -4,-29; /M: SY='D'; M=-15, 20,-37, 33, 28,-32,-15, -7,-29, 0,-34,-25, 3,-16, 7,-10, 0,-10,-29,-33,-23, 19; /M: SY='I'; M=-10,-27,-11,-29,-23, -8,-31,-23, 9,-21, 2, -2,-26,-12,-17,-21,-17, -8, 8,-14,-10,-21; /M: M= -6,-11,-21, -9, -6,-18,-21,-10, -7,-11, -8, -3,-11,-15, -5, -9, -5, -3, -6,-29,-15, -7; /I: I=-15; MD=-32; /M: SY='N'; M= -6, 1,-24, -2, 1,-26, -6, -8,-24, 2,-27,-19, 7, -1, 0, -1, 7, 1,-20,-31,-21, 0; D=-15; /I: I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32; /M: SY='D'; M=-13, 17,-35, 26, 14,-34, -7,-10,-28, -4,-34,-24, 3, -9, 2,-13, 0,-10,-25,-40,-26, 9; /I: I=-14; MD=-29; /M: SY='G'; M= -7, 0,-28, -6, -5,-26, 13, -2,-31, 1,-32,-22, 7,-16, -2, 0, 2,-10,-25,-29,-20, -5; D=-14; /I: I=-14; MI=-29; MD=-29; IM=-29; DM=-29; /M: SY='H'; M=-11, -8,-26,-10, 1, -6,-11, 5,-22, -3,-21,-15, -5,-19, -1, -5, -4,-10,-19,-14, 5, -1; D=-14; /I: I=-14; DM=-29; /M: SY='G'; M= 5,-14,-19,-15,-19,-24, 36,-20,-31,-19,-33,-25,-14,-13,-19,-20, -1,-16,-23,-28,-25,-19; /M: SY='F'; M=-13,-24,-22,-30,-19, 20,-22, -6, -9,-15, -9, -5,-21,-30,-15,-12,-15,-16,-11, 1, 18,-18; /M: SY='L'; M=-18,-39,-10,-39,-30, 0,-40,-30, 23,-30, 37, 19,-39,-30,-21,-21,-29,-10, 13,-20,-10,-30; /M: SY='R'; M=-11,-15,-33,-23, -5,-24,-24, -6,-19, 11, -9,-11, -8,-21, 5, 40,-13,-10,-20,-28,-18, -5; /M: SY='Q'; M= -5, -2,-24, -1, 1,-24,-10, -9,-21, -2,-22,-13, -1,-12, 5, -4, 4, 3,-15,-29,-18, 1; /I: I=-9; MD=-18; /M: SY='P'; M= -3,-15,-13,-16,-10,-10,-14,-11,-10,-10,-11, -8,-13, 11, -8,-13, -3, -3, -7,-14, -8,-10; D=-9; /I: I=-9; MI=0; MD=-18; IM=0; DM=-18; /M: SY='B'; M= -7, 4,-22, 4, 3,-18, -2, -4,-19, 1,-21,-15, 3,-12, -1, -1, -1, -7,-16,-22,-12, 2; D=-9; /I: I=-9; DM=-18; /M: SY='N'; M= -8, 8,-26, 5, 6,-26,-13, -2,-24, 7,-27,-18, 11,-14, 4, 6, 6, 1,-21,-32,-19, 4; D=-9; /I: I=-9; DM=-18; /M: SY='G'; M= -4, 1,-23, -5, -9,-23, 11, -9,-26, -7,-30,-20, 11,-14, -8,-10, 8, -4,-22,-30,-21, -9; D=-9; /I: I=-9; DM=-18; /M: SY='Y'; M=-16,-27,-19,-28,-21, 14,-19, -1, -6,-21, -3, -5,-22,-24,-18,-20,-18,-16, -7, 0, 28,-20; D=-9; /I: I=-9; DM=-18; /M: SY='R'; M= -6,-16,-21,-19, -9,-17,-21,-13, -7, 0, -2, -4,-14,-18, 0, 10,-11, -7, -5,-25,-15, -7; D=-9; /I: I=-9; DM=-18; /M: SY='P'; M= -4,-13,-21,-13, -4,-27,-17,-16,-18, -5,-19,-18,-11, 25, -5,-11, -1, 1,-12,-31,-22, -4; D=-9; /I: I=-9; DM=-18; /M: SY='S'; M= 2, -1,-15, -1, -3,-24, 7,-12,-24, -4,-29,-20, 2,-14, -5, -9, 14, -1,-20,-30,-22, -4; D=-9; /I: I=-9; DM=-18; /M: SY='P'; M= -3,-12,-25,-15, -9,-25, -6,-15,-23, -6,-25,-20, -9, 13, -8, -8, -2, -6,-16,-32,-21, -8; /M: SY='D'; M= -8, 7,-27, 10, 8,-28,-16,-10,-21, -1,-24,-18, 5,-11, 0, -6, 1, 2,-18,-36,-22, 4; /M: SY='D'; M=-14, 29,-29, 43, 15,-36,-10,-10,-27, -9,-36,-27, 8,-19, -1,-18, 3, -8,-27,-45,-27, 7; /M: SY='V'; M= -2,-26,-16,-26,-22,-18,-26,-26, 9,-18, -3, -5,-26, 11,-18,-25,-14, -5, 15,-31,-17,-18; /M: SY='Y'; M=-13,-29,-18,-32,-23, 22,-28, -3, -2,-21, -2, -1,-24,-25,-20,-20,-18,-15, -3, 0, 29,-22; /M: SY='V'; M= -5,-31,-11,-32,-29, -4,-32,-28, 26,-23, 15, 15,-31,-24,-20,-28,-21, -4, 30,-25, -8,-23; /M: SY='P'; M= -4, -9,-23, -8, -5,-31,-10,-11,-27, -7,-30,-26, -6, 34, -6,-15, 8, -3,-21,-35,-24, -6; /I: I=-12; MD=-25; /M: SY='P'; M= -2,-12,-23,-15, -4,-26,-13, -8,-20, -3,-19,-14, -9, 8, 4, 0, -3, -7,-15,-29,-20, -3; D=-12; /I: I=-12; MI=-25; MD=-25; IM=-25; DM=-25; /M: SY='S'; M= 2, 4,-21, 6, 3,-25, 0,-11,-21, -4,-28,-19, 2,-14, -3,-11, 10, -1,-17,-33,-22, 1; D=-12; /I: I=-12; DM=-25; /M: SY='L'; M=-13,-25,-16,-26,-16, -3,-31,-17, 8,-17, 14, 9,-25,-24, -2,-12,-18,-10, 5,-18, -9,-13; D=-12; /I: I=-12; DM=-25; /M: SY='I'; M= -7,-28,-10,-28,-25, -5,-33,-27, 25,-22, 16, 8,-28,-24,-22,-23,-17, -4, 22,-22,-11,-23; D=-12; /I: I=-12; DM=-25; /M: SY='R'; M= -8, -4,-32, -8, 3,-28,-14, -6,-26, 12,-22,-17, -1,-17, 6, 24, -4, -9,-23,-31,-21, 2; /M: SY='R'; M=-11, -7,-33,-11, 7,-26,-19, -2,-25, 12,-18,-15, -5,-13, 11, 21, -8,-11,-23,-28,-18, 6; /M: SY='Y'; M=-20,-28,-19,-33,-23, 24,-31, 1, -2,-24, 3, 1,-24,-32,-19,-21,-21,-17, -8, 4, 25,-23; /M: SY='N'; M= -8, 4,-30, 1, -2,-27, 7, 5,-31, -3,-34,-23, 8,-18, 0, -2, 2,-11,-27,-32,-18, -3; /M: SY='L'; M=-18,-38,-11,-38,-29, -3,-39,-29, 18,-29, 33, 16,-38,-22,-20,-21,-28,-10, 10,-21,-11,-29; /M: SY='R'; M= -6, -5,-33,-12, 5,-28,-18, -2,-26, 16,-22,-16, 2,-17, 11, 32, -4, -8,-23,-30,-20, 5; /I: I=-9; MI=0; MD=-18; IM=0; DM=-18; /M: SY='R'; M= -5, -7,-27, -8, 2,-28,-15,-10,-22, 2,-21,-17, -5, -1, 3, 6, -1, 1,-17,-31,-22, 1; /M: SY='G'; M= 0,-10,-29,-10,-19,-30, 58,-20,-39,-19,-40,-30, -9,-20,-19,-20, 2,-19,-30,-30,-30,-19; /M: SY='D'; M=-11, 16,-26, 26, 12,-31,-13, -4,-25, -6,-29,-19, 2,-17, 9,-12, 2, -8,-23,-37,-23, 8; /M: SY='Q'; M= -9,-13,-24,-14, 0,-16,-25, -2, -9, -6, -8, -7,-10,-19, 2, 1, -9, -5, -9,-24, -9, -1; /M: SY='I'; M= -9,-32,-10,-32,-30, -3,-37,-30, 33,-27, 21, 12,-32,-27,-25,-28,-22, -7, 29,-23,-10,-27; /M: SY='T'; M= -4, -8,-21, -7, 4,-20,-21,-12,-10, -3,-14, -9, -5,-14, 0, -6, -1, 9, -6,-28,-16, 3; /M: SY='G'; M= 10,-16,-18,-16,-18,-23, 24,-22,-19,-17,-24,-17,-15,-17,-17,-18, 0, -6, -9,-30,-23,-17; /M: SY='Q'; M= -4, -6,-23, -5, 6,-23,-19, -9,-15, -2,-14, -6, -4,-14, 9, -2, 0, 4,-10,-29,-18, 6; /M: SY='V'; M= -1,-28, -6,-29,-25, -8,-27,-25, 16,-21, 9, 5,-27,-22,-19,-23,-13, -1, 18,-24,-10,-21; /I: I=-12; MI=0; MD=-25; IM=0; DM=-25; /M: SY='R'; M= -7, -4,-33, -9, 5,-28,-13, -1,-28, 16,-25,-19, -1,-16, 9, 27, -3,-10,-25,-30,-19, 4; /M: SY='K'; M= -5, -4,-26,-10, 1,-26,-14, -6,-26, 14,-26,-18, -1, -5, 4, 8, 0, -5,-19,-30,-18, 1; /I: I=-6; MD=-12; /M: SY='P'; M= -7,-14,-26,-14, -8,-31,-13,-13,-25, -9,-25,-24,-14, 43, -7,-14, -5, -9,-19,-34,-23, -8; D=-6; /I: I=-6; MD=-12; /M: SY='R'; M=-12, 1,-30, -6, 2,-25,-14, -1,-24, 12,-23,-17, 8,-13, 3, 17, -4, -8,-22,-29,-17, 1; D=-6; /I: I=-6; MD=-12; /M: SY='P'; M= -7, -2,-28, -3, 3,-28, -6, -9,-25, -2,-26,-21, -1, 5, -1, 0, 0, -8,-22,-31,-22, 1; D=-6; /I: I=-6; MD=-12; /M: SY='N'; M=-10, 2,-29, -4, 0,-25, 3, 6,-30, 5,-30,-20, 8,-16, 2, 6, -1,-11,-25,-28,-15, -1; D=-6; /I: I=-6; MD=-12; /M: SY='E'; M= -6, 2,-25, 4, 11,-21, -6, -2,-19, 3,-21,-14, -2,-12, 6, -2, -1, -8,-17,-23,-15, 9; D=-6; /I: I=-6; MD=-12; /M: SY='R'; M= -6, -5,-26,-11, 1,-23, -8, -5,-24, 19,-20,-16, 0,-13, 5, 26, -2, -8,-20,-23,-16, 1; D=-6; /I: I=-6; MI=0; MD=-12; IM=0; DM=-12; /M: SY='Y'; M=-12,-14,-15,-20,-12, 4,-20, 5,-12, -7, -9, -9, -7,-21, -8, 1,-11,-11,-13, -6, 14,-12; D=-6; /I: I=-6; DM=-12; /M: SY='Y'; M=-11,-15,-20,-18,-10, 1,-17, -5,-13,-11,-12,-10,-13, 2, -8,-12,-10,-11,-12,-11, 4,-10; D=-6; /I: I=-6; DM=-12; /M: SY='A'; M= 3,-14,-11,-15,-11,-12,-11,-14, -5, -9, -9, -6,-11, -9, -6,-10, 2, 2, -2,-22,-13, -9; D=-6; /I: I=-6; DM=-12; /M: SY='L'; M= -8,-30, -9,-30,-25, -4,-30,-25, 20,-22, 21, 17,-29,-23,-16,-21,-20, -6, 18,-21, -9,-22; D=-6; /I: I=-6; DM=-12; /M: SY='V'; M= -2,-13,-15,-13, -8,-16,-19,-17, -1, -4, -6, -5,-12,-15, -7, -7, -4, 2, 3,-26,-15, -7; D=-6; /I: I=-6; DM=-12; /M: SY='K'; M= -5, 1,-19, 0, 4,-24,-13, -8,-20, 8,-23,-18, 1,-14, 2, 7, 6, -4,-18,-29,-19, 3; D=-6; /I: I=-6; DM=-12; /M: SY='I'; M= -7,-31,-10,-31,-30, -4,-36,-30, 35,-26, 17, 11,-31,-26,-25,-29,-21, -6, 33,-24,-10,-26; /M: SY='E'; M=-10, -4,-24, -2, 3,-17,-22, -8,-11, -6,-13,-10, -4,-18, -1, -9, -3, 0,-10,-28,-14, 1; /M: SY='S'; M= 1, -4,-20, -6, 1,-22,-12, -7,-21, 3,-25,-17, 0,-10, 2, 1, 9, 1,-17,-28,-14, 0; /M: SY='I'; M= -6,-28,-12,-29,-27, -6,-33,-23, 26,-23, 13, 8,-28,-25,-21,-23,-19, -6, 25,-24, -9,-23; /M: SY='N'; M=-15, 19,-34, 14, 16,-29,-10, 2,-28, 0,-34,-17, 28,-17, 5, -4, 4, -6,-28,-36,-21, 12; /M: SY='G'; M= -5, -4,-31, -1,-14,-24, 40,-16,-35,-19,-37,-27, -8,-22,-17,-21, -2,-18,-28,-29,-23,-16; /M: SY='M'; M=-10,-18,-23,-20,-11,-15,-23,-15, -3, -9, 1, 2,-15,-23, -5, 1,-13, -9, -6,-26,-16,-11; /M: SY='D'; M=-11, 11,-31, 17, 12,-27,-15, -3,-26, -3,-29,-20, 1, -9, 7, -7, 0, -5,-23,-34,-20, 8; /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;» more |
Numerical results [info]
| Total number of hits | 47 in 47 different sequences |
| Number of true positive hits | 47 in 47 different sequences |
| Number of 'unknown' hits | 0 |
| Number of false positive hits | 0 |
| Number of false negative sequences | 0 |
| Number of 'partial' sequences | 0 |
| Precision (true positives / (true positives + false positives)) | 100.00 % |
| Recall (true positives / (true positives + false negatives)) | 100.00 % |
Comments [info]
| Taxonomic range [info] | Prokaryotes (Bacteria) |
| Maximum number of repetitions [info] | 1 |
| Matrix type [info] | protein_domain |
| Scaling database [info] | reversed |
| Author [info] | CJA_Sigrist |
| Feature key [info] | DOMAIN |
| Feature description [info] | Rho RNA-binding |
| Version [info] | 3 |
Cross-references [info]
| UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences |
47 sequences
RHO1_EHRCR (P0CH92), RHO2_EHRCR (P0CH93), RHO_AKKM8 (B2UR37), RHO_ALLVD (P52152), RHO_AQUAE (O67031), RHO_BACSU (Q03222), RHO_BORBU (P33561), RHO_BUCAI (P57652), RHO_BUCAP (O51891), RHO_BUCBP (Q89A22), RHO_CERS4 (P52156), RHO_CHRVO (Q7NXP1), RHO_DEIRA (P52153), RHO_ECO57 (P0AG32), RHO_ECOL6 (P0AG31), RHO_ECOLI (P0AG30), RHO_FIBSS (C9RLJ9), RHO_FUSNN (Q8RG42), RHO_GEMAT (C1A5H8), RHO_HAEIN (P44619), RHO_HELPJ (Q9ZLS9), RHO_HELPY (P56466), RHO_KARMS (C7LJY3), RHO_MICLU (P52154), RHO_MYCBO (P66029), RHO_MYCLE (P45835), RHO_MYCTO (P9WHF2), RHO_MYCTU (P9WHF3), RHO_NEIGO (Q06447), RHO_PSEAE (Q9HTV1), RHO_PSEFC (P52155), RHO_RHOBA (Q7UGV0), RHO_RICBR (Q1RIJ6), RHO_RICCN (Q92HL2), RHO_RICFE (Q4ULF7), RHO_RICPR (Q9ZD24), RHO_RICTY (Q68WL0), RHO_SALTI (P0A296), RHO_SALTY (P0A295), RHO_SHIFL (P0AG33), RHO_STRCO (Q9FC33), RHO_STRLI (P52157), RHO_STRM9 (D1AWS1), RHO_STRRD (D2B129), RHO_THEMA (P38527), RHO_TREPA (O83281), RHO_XYLFA (Q9PA21)» more
|
| PDB [Detailed view] |
45 PDB
1A62; 1A63; 1A8V; 1PV4; 1PVO; 1XPO; 1XPR; 1XPU; 2A8V; 2HT1; 3ICE; 3L0O; 5JJI; 5JJK; 5JJL; 6DUQ; 6WA8; 6XAS; 6XAV; 6Z9P; 6Z9Q; 6Z9R; 6Z9S; 6Z9T; 7ADB; 7ADC; 7ADD; 7ADE; 7OQH; 7X2R; 8E3H; 8E5L; 8E5P; 8E6W; 8E70; 8PTG; 8PTM; 8PTN; 8PTO; 8PTP; 8Q3N; 8Q3O; 8Q3P; 8Q3Q; 8W8D » more |