Home  |  Contact
Entry: PS51856

General information about the entry

Entry name [info] RHO_RNA_BD
Accession [info] PS51856
Entry type [info] MATRIX
Date [info] 28-MAR-2018 CREATED;
26-FEB-2020 DATA UPDATE;
12-AUG-2020 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info] PDOC51856
Associated ProRule [info] PRU01203

Name and characterization of the entry

Description [info] Rho RNA-binding domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=76;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=71;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.7228487; R2=0.0280049; TEXT='-LogE';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=2939.0803223; R2=2.9942694; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=242; H_SCORE=3664; N_SCORE=9.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=135; H_SCORE=3343; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-11; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M:         M= -1,-14,-12,-13, -4,-17,-20,-15, -9,-11, -8, -3,-13,-13, -4,-13, -1,  0, -7,-26,-15, -5;
/M: SY='V';  M= -5,-10,-20, -8, -5,-16,-20,-18, -1,-10, -9, -6,-12,-19, -9,-14, -6,  0,  1,-28,-16, -6;
/M: SY='T';  M= -6,-14,-19,-15, -7,-16,-19,-14,-12, -6,-13,-12, -9, -5, -7, -8,  1,  5, -9,-26,-13, -7;
/M: SY='A';  M=  3,-19, -6,-22,-16, -7,-15,-14, -4,-13,-11, -6,-17,-20,-13,-18, -4, -5,  0,-21, -6,-14;
/M: SY='T';  M= -2, -7,-19, -4,  2,-18,-18, -9,-12, -7,-16,-12, -6,-15, -4, -9,  3,  8, -9,-27,-12,  0;
/M: SY='G';  M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 60,-20,-40,-20,-40,-30,-10,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-30,-30,-20;
/M: SY='I';  M=-10,-28,-14,-29,-24,  1,-33,-19, 18,-22,  7,  3,-26,-26,-21,-23,-19, -7, 17,-13,  3,-21;
/M: SY='L';  M=-19,-38,-12,-39,-30,  8,-38,-27, 17,-29, 32, 18,-37,-31,-21,-22,-28,-11,  9,-16, -4,-29;
/M: SY='D';  M=-15, 20,-37, 33, 28,-32,-15, -7,-29,  0,-34,-25,  3,-16,  7,-10,  0,-10,-29,-33,-23, 19;
/M: SY='I';  M=-10,-27,-11,-29,-23, -8,-31,-23,  9,-21,  2, -2,-26,-12,-17,-21,-17, -8,  8,-14,-10,-21;
/M:         M= -6,-11,-21, -9, -6,-18,-21,-10, -7,-11, -8, -3,-11,-15, -5, -9, -5, -3, -6,-29,-15, -7;
/I:         I=-15; MD=-32;
/M: SY='N';  M= -6,  1,-24, -2,  1,-26, -6, -8,-24,  2,-27,-19,  7, -1,  0, -1,  7,  1,-20,-31,-21,  0; D=-15;
/I:         I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='D';  M=-13, 17,-35, 26, 14,-34, -7,-10,-28, -4,-34,-24,  3, -9,  2,-13,  0,-10,-25,-40,-26,  9;
/I:         I=-14; MD=-29;
/M: SY='G';  M= -7,  0,-28, -6, -5,-26, 13, -2,-31,  1,-32,-22,  7,-16, -2,  0,  2,-10,-25,-29,-20, -5; D=-14;
/I:         I=-14; MI=-29; MD=-29; IM=-29; DM=-29;
/M: SY='H';  M=-11, -8,-26,-10,  1, -6,-11,  5,-22, -3,-21,-15, -5,-19, -1, -5, -4,-10,-19,-14,  5, -1; D=-14;
/I:         I=-14; DM=-29;
/M: SY='G';  M=  5,-14,-19,-15,-19,-24, 36,-20,-31,-19,-33,-25,-14,-13,-19,-20, -1,-16,-23,-28,-25,-19;
/M: SY='F';  M=-13,-24,-22,-30,-19, 20,-22, -6, -9,-15, -9, -5,-21,-30,-15,-12,-15,-16,-11,  1, 18,-18;
/M: SY='L';  M=-18,-39,-10,-39,-30,  0,-40,-30, 23,-30, 37, 19,-39,-30,-21,-21,-29,-10, 13,-20,-10,-30;
/M: SY='R';  M=-11,-15,-33,-23, -5,-24,-24, -6,-19, 11, -9,-11, -8,-21,  5, 40,-13,-10,-20,-28,-18, -5;
/M: SY='Q';  M= -5, -2,-24, -1,  1,-24,-10, -9,-21, -2,-22,-13, -1,-12,  5, -4,  4,  3,-15,-29,-18,  1;
/I:         I=-9; MD=-18;
/M: SY='P';  M= -3,-15,-13,-16,-10,-10,-14,-11,-10,-10,-11, -8,-13, 11, -8,-13, -3, -3, -7,-14, -8,-10; D=-9;
/I:         I=-9; MI=0; MD=-18; IM=0; DM=-18;
/M: SY='B';  M= -7,  4,-22,  4,  3,-18, -2, -4,-19,  1,-21,-15,  3,-12, -1, -1, -1, -7,-16,-22,-12,  2; D=-9;
/I:         I=-9; DM=-18;
/M: SY='N';  M= -8,  8,-26,  5,  6,-26,-13, -2,-24,  7,-27,-18, 11,-14,  4,  6,  6,  1,-21,-32,-19,  4; D=-9;
/I:         I=-9; DM=-18;
/M: SY='G';  M= -4,  1,-23, -5, -9,-23, 11, -9,-26, -7,-30,-20, 11,-14, -8,-10,  8, -4,-22,-30,-21, -9; D=-9;
/I:         I=-9; DM=-18;
/M: SY='Y';  M=-16,-27,-19,-28,-21, 14,-19, -1, -6,-21, -3, -5,-22,-24,-18,-20,-18,-16, -7,  0, 28,-20; D=-9;
/I:         I=-9; DM=-18;
/M: SY='R';  M= -6,-16,-21,-19, -9,-17,-21,-13, -7,  0, -2, -4,-14,-18,  0, 10,-11, -7, -5,-25,-15, -7; D=-9;
/I:         I=-9; DM=-18;
/M: SY='P';  M= -4,-13,-21,-13, -4,-27,-17,-16,-18, -5,-19,-18,-11, 25, -5,-11, -1,  1,-12,-31,-22, -4; D=-9;
/I:         I=-9; DM=-18;
/M: SY='S';  M=  2, -1,-15, -1, -3,-24,  7,-12,-24, -4,-29,-20,  2,-14, -5, -9, 14, -1,-20,-30,-22, -4; D=-9;
/I:         I=-9; DM=-18;
/M: SY='P';  M= -3,-12,-25,-15, -9,-25, -6,-15,-23, -6,-25,-20, -9, 13, -8, -8, -2, -6,-16,-32,-21, -8;
/M: SY='D';  M= -8,  7,-27, 10,  8,-28,-16,-10,-21, -1,-24,-18,  5,-11,  0, -6,  1,  2,-18,-36,-22,  4;
/M: SY='D';  M=-14, 29,-29, 43, 15,-36,-10,-10,-27, -9,-36,-27,  8,-19, -1,-18,  3, -8,-27,-45,-27,  7;
/M: SY='V';  M= -2,-26,-16,-26,-22,-18,-26,-26,  9,-18, -3, -5,-26, 11,-18,-25,-14, -5, 15,-31,-17,-18;
/M: SY='Y';  M=-13,-29,-18,-32,-23, 22,-28, -3, -2,-21, -2, -1,-24,-25,-20,-20,-18,-15, -3,  0, 29,-22;
/M: SY='V';  M= -5,-31,-11,-32,-29, -4,-32,-28, 26,-23, 15, 15,-31,-24,-20,-28,-21, -4, 30,-25, -8,-23;
/M: SY='P';  M= -4, -9,-23, -8, -5,-31,-10,-11,-27, -7,-30,-26, -6, 34, -6,-15,  8, -3,-21,-35,-24, -6;
/I:         I=-12; MD=-25;
/M: SY='P';  M= -2,-12,-23,-15, -4,-26,-13, -8,-20, -3,-19,-14, -9,  8,  4,  0, -3, -7,-15,-29,-20, -3; D=-12;
/I:         I=-12; MI=-25; MD=-25; IM=-25; DM=-25;
/M: SY='S';  M=  2,  4,-21,  6,  3,-25,  0,-11,-21, -4,-28,-19,  2,-14, -3,-11, 10, -1,-17,-33,-22,  1; D=-12;
/I:         I=-12; DM=-25;
/M: SY='L';  M=-13,-25,-16,-26,-16, -3,-31,-17,  8,-17, 14,  9,-25,-24, -2,-12,-18,-10,  5,-18, -9,-13; D=-12;
/I:         I=-12; DM=-25;
/M: SY='I';  M= -7,-28,-10,-28,-25, -5,-33,-27, 25,-22, 16,  8,-28,-24,-22,-23,-17, -4, 22,-22,-11,-23; D=-12;
/I:         I=-12; DM=-25;
/M: SY='R';  M= -8, -4,-32, -8,  3,-28,-14, -6,-26, 12,-22,-17, -1,-17,  6, 24, -4, -9,-23,-31,-21,  2;
/M: SY='R';  M=-11, -7,-33,-11,  7,-26,-19, -2,-25, 12,-18,-15, -5,-13, 11, 21, -8,-11,-23,-28,-18,  6;
/M: SY='Y';  M=-20,-28,-19,-33,-23, 24,-31,  1, -2,-24,  3,  1,-24,-32,-19,-21,-21,-17, -8,  4, 25,-23;
/M: SY='N';  M= -8,  4,-30,  1, -2,-27,  7,  5,-31, -3,-34,-23,  8,-18,  0, -2,  2,-11,-27,-32,-18, -3;
/M: SY='L';  M=-18,-38,-11,-38,-29, -3,-39,-29, 18,-29, 33, 16,-38,-22,-20,-21,-28,-10, 10,-21,-11,-29;
/M: SY='R';  M= -6, -5,-33,-12,  5,-28,-18, -2,-26, 16,-22,-16,  2,-17, 11, 32, -4, -8,-23,-30,-20,  5;
/I:         I=-9; MI=0; MD=-18; IM=0; DM=-18;
/M: SY='R';  M= -5, -7,-27, -8,  2,-28,-15,-10,-22,  2,-21,-17, -5, -1,  3,  6, -1,  1,-17,-31,-22,  1;
/M: SY='G';  M=  0,-10,-29,-10,-19,-30, 58,-20,-39,-19,-40,-30, -9,-20,-19,-20,  2,-19,-30,-30,-30,-19;
/M: SY='D';  M=-11, 16,-26, 26, 12,-31,-13, -4,-25, -6,-29,-19,  2,-17,  9,-12,  2, -8,-23,-37,-23,  8;
/M: SY='Q';  M= -9,-13,-24,-14,  0,-16,-25, -2, -9, -6, -8, -7,-10,-19,  2,  1, -9, -5, -9,-24, -9, -1;
/M: SY='I';  M= -9,-32,-10,-32,-30, -3,-37,-30, 33,-27, 21, 12,-32,-27,-25,-28,-22, -7, 29,-23,-10,-27;
/M: SY='T';  M= -4, -8,-21, -7,  4,-20,-21,-12,-10, -3,-14, -9, -5,-14,  0, -6, -1,  9, -6,-28,-16,  3;
/M: SY='G';  M= 10,-16,-18,-16,-18,-23, 24,-22,-19,-17,-24,-17,-15,-17,-17,-18,  0, -6, -9,-30,-23,-17;
/M: SY='Q';  M= -4, -6,-23, -5,  6,-23,-19, -9,-15, -2,-14, -6, -4,-14,  9, -2,  0,  4,-10,-29,-18,  6;
/M: SY='V';  M= -1,-28, -6,-29,-25, -8,-27,-25, 16,-21,  9,  5,-27,-22,-19,-23,-13, -1, 18,-24,-10,-21;
/I:         I=-12; MI=0; MD=-25; IM=0; DM=-25;
/M: SY='R';  M= -7, -4,-33, -9,  5,-28,-13, -1,-28, 16,-25,-19, -1,-16,  9, 27, -3,-10,-25,-30,-19,  4;
/M: SY='K';  M= -5, -4,-26,-10,  1,-26,-14, -6,-26, 14,-26,-18, -1, -5,  4,  8,  0, -5,-19,-30,-18,  1;
/I:         I=-6; MD=-12;
/M: SY='P';  M= -7,-14,-26,-14, -8,-31,-13,-13,-25, -9,-25,-24,-14, 43, -7,-14, -5, -9,-19,-34,-23, -8; D=-6;
/I:         I=-6; MD=-12;
/M: SY='R';  M=-12,  1,-30, -6,  2,-25,-14, -1,-24, 12,-23,-17,  8,-13,  3, 17, -4, -8,-22,-29,-17,  1; D=-6;
/I:         I=-6; MD=-12;
/M: SY='P';  M= -7, -2,-28, -3,  3,-28, -6, -9,-25, -2,-26,-21, -1,  5, -1,  0,  0, -8,-22,-31,-22,  1; D=-6;
/I:         I=-6; MD=-12;
/M: SY='N';  M=-10,  2,-29, -4,  0,-25,  3,  6,-30,  5,-30,-20,  8,-16,  2,  6, -1,-11,-25,-28,-15, -1; D=-6;
/I:         I=-6; MD=-12;
/M: SY='E';  M= -6,  2,-25,  4, 11,-21, -6, -2,-19,  3,-21,-14, -2,-12,  6, -2, -1, -8,-17,-23,-15,  9; D=-6;
/I:         I=-6; MD=-12;
/M: SY='R';  M= -6, -5,-26,-11,  1,-23, -8, -5,-24, 19,-20,-16,  0,-13,  5, 26, -2, -8,-20,-23,-16,  1; D=-6;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-12; IM=0; DM=-12;
/M: SY='Y';  M=-12,-14,-15,-20,-12,  4,-20,  5,-12, -7, -9, -9, -7,-21, -8,  1,-11,-11,-13, -6, 14,-12; D=-6;
/I:         I=-6; DM=-12;
/M: SY='Y';  M=-11,-15,-20,-18,-10,  1,-17, -5,-13,-11,-12,-10,-13,  2, -8,-12,-10,-11,-12,-11,  4,-10; D=-6;
/I:         I=-6; DM=-12;
/M: SY='A';  M=  3,-14,-11,-15,-11,-12,-11,-14, -5, -9, -9, -6,-11, -9, -6,-10,  2,  2, -2,-22,-13, -9; D=-6;
/I:         I=-6; DM=-12;
/M: SY='L';  M= -8,-30, -9,-30,-25, -4,-30,-25, 20,-22, 21, 17,-29,-23,-16,-21,-20, -6, 18,-21, -9,-22; D=-6;
/I:         I=-6; DM=-12;
/M: SY='V';  M= -2,-13,-15,-13, -8,-16,-19,-17, -1, -4, -6, -5,-12,-15, -7, -7, -4,  2,  3,-26,-15, -7; D=-6;
/I:         I=-6; DM=-12;
/M: SY='K';  M= -5,  1,-19,  0,  4,-24,-13, -8,-20,  8,-23,-18,  1,-14,  2,  7,  6, -4,-18,-29,-19,  3; D=-6;
/I:         I=-6; DM=-12;
/M: SY='I';  M= -7,-31,-10,-31,-30, -4,-36,-30, 35,-26, 17, 11,-31,-26,-25,-29,-21, -6, 33,-24,-10,-26;
/M: SY='E';  M=-10, -4,-24, -2,  3,-17,-22, -8,-11, -6,-13,-10, -4,-18, -1, -9, -3,  0,-10,-28,-14,  1;
/M: SY='S';  M=  1, -4,-20, -6,  1,-22,-12, -7,-21,  3,-25,-17,  0,-10,  2,  1,  9,  1,-17,-28,-14,  0;
/M: SY='I';  M= -6,-28,-12,-29,-27, -6,-33,-23, 26,-23, 13,  8,-28,-25,-21,-23,-19, -6, 25,-24, -9,-23;
/M: SY='N';  M=-15, 19,-34, 14, 16,-29,-10,  2,-28,  0,-34,-17, 28,-17,  5, -4,  4, -6,-28,-36,-21, 12;
/M: SY='G';  M= -5, -4,-31, -1,-14,-24, 40,-16,-35,-19,-37,-27, -8,-22,-17,-21, -2,-18,-28,-29,-23,-16;
/M: SY='M';  M=-10,-18,-23,-20,-11,-15,-23,-15, -3, -9,  1,  2,-15,-23, -5,  1,-13, -9, -6,-26,-16,-11;
/M: SY='D';  M=-11, 11,-31, 17, 12,-27,-15, -3,-26, -3,-29,-20,  1, -9,  7, -7,  0, -5,-23,-34,-20,  8;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2020_04 which contains 563'082 sequence entries.


Total number of hits 47 in 47 different sequences
Number of true positive hits 47 in 47 different sequences
Number of 'unknown' hits 0
Number of false positive hits 0
Number of false negative sequences 0
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] CJA_Sigrist
Taxonomic range [info] Prokaryotes (Bacteria)
Maximum number of repetitions [info] 1
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] Rho RNA-binding
Version [info] 3

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
47 sequences

RHO1_EHRCR  (P0CH92    ), RHO2_EHRCR  (P0CH93    ), RHO_AKKM8   (B2UR37    ), 
RHO_ALLVD   (P52152    ), RHO_AQUAE   (O67031    ), RHO_BACSU   (Q03222    ), 
RHO_BORBU   (P33561    ), RHO_BUCAI   (P57652    ), RHO_BUCAP   (O51891    ), 
RHO_BUCBP   (Q89A22    ), RHO_CHRVO   (Q7NXP1    ), RHO_DEIRA   (P52153    ), 
RHO_ECO57   (P0AG32    ), RHO_ECOL6   (P0AG31    ), RHO_ECOLI   (P0AG30    ), 
RHO_FIBSS   (C9RLJ9    ), RHO_FUSNN   (Q8RG42    ), RHO_GEMAT   (C1A5H8    ), 
RHO_HAEIN   (P44619    ), RHO_HELPJ   (Q9ZLS9    ), RHO_HELPY   (P56466    ), 
RHO_MICLU   (P52154    ), RHO_MYCBO   (P66029    ), RHO_MYCLE   (P45835    ), 
RHO_MYCTO   (P9WHF2    ), RHO_MYCTU   (P9WHF3    ), RHO_NEIGO   (Q06447    ), 
RHO_PSEAE   (Q9HTV1    ), RHO_PSEFC   (P52155    ), RHO_RHOBA   (Q7UGV0    ), 
RHO_RHOS4   (P52156    ), RHO_RICBR   (Q1RIJ6    ), RHO_RICCN   (Q92HL2    ), 
RHO_RICFE   (Q4ULF7    ), RHO_RICPR   (Q9ZD24    ), RHO_RICTY   (Q68WL0    ), 
RHO_SALTI   (P0A296    ), RHO_SALTY   (P0A295    ), RHO_SHIFL   (P0AG33    ), 
RHO_STRCO   (Q9FC33    ), RHO_STRLI   (P52157    ), RHO_STRM9   (D1AWS1    ), 
RHO_STRRD   (D2B129    ), RHO_SULMS   (C7LJY3    ), RHO_THEMA   (P38527    ), 
RHO_TREPA   (O83281    ), RHO_XYLFA   (Q9PA21    )
» more

PDB
[Detailed view]
16 PDB

1A62; 1A63; 1A8V; 1PV4; 1PVO; 1XPO; 1XPR; 1XPU; 2A8V; 2HT1; 3ICE; 3L0O; 5JJI; 5JJK; 5JJL; 6DUQ
» more

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission