PROSITE entry PS51872

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

Entry name [info]	ZF_ZBR
Accession [info]	PS51872
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	10-OCT-2018 CREATED; 26-FEB-2020 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC51872
Associated ProRule [info]	PRU01220

Name and characterization of the entry

Description [info]

Zinc finger ZBR-type profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=49;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=5; N2=45;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.4059932; R2=0.0041162; TEXT='-LogE';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=5644.2929688; R2=1.9948893; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=1481; H_SCORE=8599; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=995; H_SCORE=7629; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-7; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='S';  M=  0,-10, -9, -9, -1, -9,-11, -9, -9, -4, -7, -7,-10,-14, -6, -9,  9,  2, -6,-11, -8, -5;
/M: SY='L';  M=-11,-12, -6,-11,-10, 17,-21, -5, 15,-18, 33, 16,-20,-27,-14,-14,-19, -2,  8,-17, 29, -9;
/M: SY='R';  M= -2,-10,-22, -8,  4, -9,-15,-13,-15, 14, -9, 11,-10, -6, 13, 23, -7,-10,-12,-10, -1,  5;
/M: SY='P';  M=  3,-12,-24, -7,  5,-23,-11, -5,-15,  8,-17,-12,-16, 36,  2,  2, -3, -2,-15,-27,-16,  0;
/M: SY='C';  M=-30,-20,170,-30, 10,-30,-40,-50,-20,-30,  0,-20,-10,-30,-20,-20,-20,-20,-20,-20,-60,  0;
/M: SY='P';  M= -7,-18,-28,-13,  2,-29,-13,  8,-17,  5,-20,-24,-22, 66, -1, -5, -8, -1,-23,-29,-14, -4;
/M: SY='R';  M= -7,-14,-21, -6, -6,-11,-19, -7,-23,  9,-15,  3,-14, -8, 20, 52, -8,-20,-10,-10, -1,  1;
/M: SY='C';  M=-30,-20,170,-30, 10,-30,-40,-50,-20,-30,  0,-20,-10,-30,-20,-20,-20,-20,-20,-20,-60,  0;
/M: SY='Q';  M=  3, -3,-24, -7, -2,-17,  8,-12,-14,  0,-17,-10,  2, -8, 14,  7,  5, -3,-19,-15,-17,  2;
/M: SY='S';  M= -7,-11,-26,-11,-10,  6,-10,  1, -9, -5, -4, -8, -9,-16, -8,  0,  8, -2, -7,-11,  5,-13;
/M: SY='P';  M= -5,-17,-29, -9,  9,-37, -9,  7,-27,  9,-28,-35,-26, 94,  0,-10, -5,  2,-35,-31,-21, -1;
/M: SY='A';  M= 26, -2,-12, -2,  1,-18, -3,-19, -4, -2,-12, -1, -1,-12,  2,-11, 17, 11,  2,-42,-36, -3;
/M: SY='R';  M= -3, -7,-26, -6,  2,-10,-15,  0,-14, 13,-12, 11, -4, -3,  7, 19, -4,-10,-11,-22, -5,  2;
/M: SY='Y';  M=-18,-23,  3,-21,-17,  9,-30,-12,  7,-18, 15, -6,-21,-27,-19,-11,-15, -7, 14, -3, 20,-19;
/M: SY='D';  M=  0, 16,-24, 26,  3,-26,-12,  2,-17, -3, -8,-10,  6,-10,  0, -8,  3,  0,-15,-35,-10,  0;
/M: SY='P';  M= -1, -7,-12, -6,  1,-20, -8, -3,-13, -1,-14,-15, -8, 20, -4, -9,  3,  2,-17,-30,-18, -4;
/M: SY='Y';  M=  0, -9,-24, -5, -2, -8,-13,-10, -3, -4,  1, -4,-12,-13, -5, -9, -1,  0,  4,-14,  5, -4;
/M: SY='M';  M=  0, -5,-19, -4,  6, -8,-13, -9, -7,  7,  0,  9, -6, -8,  2, -3, -5, -3, -8,-19,  0,  5;
/M: SY='Q';  M=  2,  4,-20,  3,  6,-22,-12,  5,-15,  2,-13,  0,  9, -7, 18,  4, -3, -2,-19,-31,-15,  9;
/M: SY='R';  M= -5,-16,-12,-12, -4, -9,-20,-13,-12,  6, -9,  3,-16,-14, 12, 38, -9,-17, -2, -8, -2, -1;
/M: SY='G';  M= 21,  0,-35, -5, -9,-25, 37,-25, -5, -5,-15, -4,  0,-10, -4,-15,  5, -4, -9,-22,-35, -9;
/M: SY='T';  M=  6, -8,-18,-14,-11,-10,-19,-14, 11, -8,  4,  5, -3,-13, -1,-15,  2, 17, 12,-34, -5, -7;
/M: SY='C';  M=-30,-20,170,-30, 10,-30,-40,-50,-20,-30,  0,-20,-10,-30,-20,-20,-20,-20,-20,-20,-60,  0;
/M: SY='T';  M=  5, -3,-21, -7, -5,-12,-11,-14, -6,  3,-10, -5,  2, -1, -3,-10, 16, 18, -4,-33,-13, -6;
/M: SY='R';  M= -9,-11,-18, -8, -7,-10,-13, -7,-22,  4,-17, -3, -7,-12, 17, 42, -6,-18,-14, -5, -3, -1;
/M: SY='E';  M=  4, -2,-13,  1, 22,-24,-11, -8,-15, 10,-12, -7, -6,  7, 11, -6,  2, -5,-17,-22,-17, 17;
/M: SY='S';  M=  8,  5,-27,  6, -5,-19, 14,-18,-12, -1,-15,-13,  3,-10, -7, -9, 15,  3,-12,-24,-21, -9;
/M: SY='C';  M=-30,-20,170,-30, 10,-30,-40,-50,-20,-30,  0,-20,-10,-30,-20,-20,-20,-20,-20,-20,-60,  0;
/M: SY='G';  M=  6, -2,-28, -5, -6,-19, 24,-14, -8, -3,-12, -7, -3,-10, -5,-10,  5, -5,-15,-15,-19, -7;
/M: SY='F';  M=-20,-25,-32,-35,-29, 58,-25,-16,  5,-10, 20, -8,-13,-33,-22,-10,-13,-14, 10,  9, 33,-29;
/M: SY='D';  M=  0, 18,-17, 39, 22,-37,-16, -5,-29,  6,-10,-15, -2, -3,  8, -2, -2,-12,-21,-26,-10, 17;
/M: SY='F';  M=-23,-30,-34,-45,-37, 91,-30,-26, -1,-10, 21,-19,-14,-37,-27, -9,-11,-19, 10, 15, 38,-37;
/M: SY='C';  M=-30,-20,170,-30, 10,-30,-40,-50,-20,-30,  0,-20,-10,-30,-20,-20,-20,-20,-20,-20,-60,  0;
/M: SY='T';  M=  6, -5,-16,-13,-15,-15,-17,-18,  6, -8,  0, -2,  2, -2, -4,-23, 12, 30,  8,-41,-11,-11;
/M: SY='R';  M= -2,-10,-18, -9, -2, -6,-15, -4, -6,  4, -3,  7, -9,-12,  1,  8, -2, -5, -5,-20, -2, -3;
/M: SY='C';  M=-30,-20,170,-30, 10,-30,-40,-50,-20,-30,  0,-20,-10,-30,-20,-20,-20,-20,-20,-20,-60,  0;
/M: SY='L';  M= -6,-11,-15,-13, -6,  8,-18, -1, -1, -6, 10,  7,-11,-19,  0,  1, -8, -4, -5,-16, 10, -4;
/M: SY='C';  M=-12,-11, 70,-16,  6,-24,-19,-26,-17,-14, -8,-15, -5,-17, -9,-10, -1, -7,-16,-22,-38,  0;
/M: SY='A';  M= 10,  5,-20,  8,  8,-24, -8,-12,-15,  7,-15, -6,  3,  7,  4, -6,  6,  3,-13,-36,-24,  4;
/M: SY='Y';  M=-22,-25,-36,-22,-19, 34,-24,-12, -7, -8, 15,-14,-24,-12,-14, -7,-11, -9,  4, 16, 40,-21;
/M: SY='H';  M=-19,-19,-47,-19,  1,-29,-29,131,-20,-18,-10, 18,-10,  9,  1, -9, -9,-19,-29,-48, -1,  1;
/I:         I=-12; MD=-25;
/M: SY='G';  M=  1,  0,-28, -6,-11,-20, 27,-15, -5, -7,-11,-11,  3, -7,-12,-18,  3, -3,-15,-15,-19,-12; D=-12;
/I:         I=-12; MI=0; MD=-25; IM=0; DM=-25;
/M: SY='S';  M=  8, -2,-23, -2, -2,-16,  0,-12,-11,  3,-16,-10, -2, -2, -4, -5, 19, 10,-11,-28,-18, -6;
/M: SY='Q';  M=  5, -3,-19, -5,  6,-18, -9,-11,-14,  9,-14,  0, -1, -2, 11,  3,  6,  3,-13,-25,-15,  6;
/M: SY='P';  M= -1,  3,-19, 14, 13,-32,-11, -6,-24,  7,-17,-22, -8, 31,  0, -7,  2, -1,-23,-29,-16,  5;
/M: SY='C';  M=-28,-19,157,-28,  8,-26,-38,-47,-17,-29,  3,-17,-11,-30,-20,-20,-20,-18,-18,-20,-53, -1;
/M: SY='T';  M= -1, -8,-15,-10, -5,-10, -9,-11, -6, -1, -6, -4, -6, -2, -2, -1,  0,  1, -8,-24, -9, -6;
/M: SY='T';  M=  6, -3,-21, -7, -6, -8,-11,-11, -4, -2, -7, -4,  2, -5, -2, -8,  7, 10, -3,-32,-12, -7;
/M: SY='I';  M=  0, -9,-19,-13,-13, -5,  1,-14,  6,-11,  3, -2, -8,-16,-10,-12, -1,  2,  1,-20, -3,-12;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Post-processing [info]

COMPETES_HIT_WITH

PS50089; PS51873

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2024_05 which contains 572'214 sequence entries.

Total number of hits	10 in 10 different sequences
Number of true positive hits	10 in 10 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	0
Number of false negative sequences	0
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	100.00 %

Comments [info]

Taxonomic range [info]	Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info]	1
Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	reversed
Author [info]	CJA_Sigrist
Feature key [info]	ZN_FING
Feature description [info]	ZBR-type
Version [info]	4

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences

10 sequences

FBX43_HUMAN (Q4G163), FBX43_MOUSE (Q8CDI2), FBX43_RAT   (Q66H04),

FBX43_XENLA (Q8AXF4), FBX5A_XENLA (Q90Z80), FBX5B_XENLA (Q4V7W2), 
FBX5_DANRE  (Q0V967), FBX5_HUMAN  (Q9UKT4), FBX5_MOUSE  (Q7TSG3), 
FBX5_XENTR  (Q28GK6)

» more

Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits:
[Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color]
[Clustal format, plain text] [Fasta format]
Retrieve the sequence logo from the alignment

PDB
[Detailed view]

5 PDB

2M6N; 2RT9; 4UI9; 7QE7; 8S4G