PROSITE entry PS51872
View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission
General information about the entry
Entry name [info] | ZF_ZBR |
Accession [info] | PS51872 |
Entry type [info] | MATRIX |
Date [info] |
10-OCT-2018 CREATED;
26-FEB-2020 DATA UPDATE; 27-MAR-2024 INFO UPDATE. |
PROSITE Doc. [info] | PDOC51872 |
Associated ProRule [info] | PRU01220 |
Name and characterization of the entry
Description [info] | Zinc finger ZBR-type profile. |
Matrix / Profile [info] |
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=49; /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=5; N2=45; /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.4059932; R2=0.0041162; TEXT='-LogE'; /NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=5644.2929688; R2=1.9948893; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%'; /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=1481; H_SCORE=8599; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!'; /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=995; H_SCORE=7629; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?'; /DEFAULT: M0=-7; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; ... A B C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y Z /I: B1=0; BI=-105; BD=-105; /M: SY='S'; M= 0,-10, -9, -9, -1, -9,-11, -9, -9, -4, -7, -7,-10,-14, -6, -9, 9, 2, -6,-11, -8, -5; /M: SY='L'; M=-11,-12, -6,-11,-10, 17,-21, -5, 15,-18, 33, 16,-20,-27,-14,-14,-19, -2, 8,-17, 29, -9; /M: SY='R'; M= -2,-10,-22, -8, 4, -9,-15,-13,-15, 14, -9, 11,-10, -6, 13, 23, -7,-10,-12,-10, -1, 5; /M: SY='P'; M= 3,-12,-24, -7, 5,-23,-11, -5,-15, 8,-17,-12,-16, 36, 2, 2, -3, -2,-15,-27,-16, 0; /M: SY='C'; M=-30,-20,170,-30, 10,-30,-40,-50,-20,-30, 0,-20,-10,-30,-20,-20,-20,-20,-20,-20,-60, 0; /M: SY='P'; M= -7,-18,-28,-13, 2,-29,-13, 8,-17, 5,-20,-24,-22, 66, -1, -5, -8, -1,-23,-29,-14, -4; /M: SY='R'; M= -7,-14,-21, -6, -6,-11,-19, -7,-23, 9,-15, 3,-14, -8, 20, 52, -8,-20,-10,-10, -1, 1; /M: SY='C'; M=-30,-20,170,-30, 10,-30,-40,-50,-20,-30, 0,-20,-10,-30,-20,-20,-20,-20,-20,-20,-60, 0; /M: SY='Q'; M= 3, -3,-24, -7, -2,-17, 8,-12,-14, 0,-17,-10, 2, -8, 14, 7, 5, -3,-19,-15,-17, 2; /M: SY='S'; M= -7,-11,-26,-11,-10, 6,-10, 1, -9, -5, -4, -8, -9,-16, -8, 0, 8, -2, -7,-11, 5,-13; /M: SY='P'; M= -5,-17,-29, -9, 9,-37, -9, 7,-27, 9,-28,-35,-26, 94, 0,-10, -5, 2,-35,-31,-21, -1; /M: SY='A'; M= 26, -2,-12, -2, 1,-18, -3,-19, -4, -2,-12, -1, -1,-12, 2,-11, 17, 11, 2,-42,-36, -3; /M: SY='R'; M= -3, -7,-26, -6, 2,-10,-15, 0,-14, 13,-12, 11, -4, -3, 7, 19, -4,-10,-11,-22, -5, 2; /M: SY='Y'; M=-18,-23, 3,-21,-17, 9,-30,-12, 7,-18, 15, -6,-21,-27,-19,-11,-15, -7, 14, -3, 20,-19; /M: SY='D'; M= 0, 16,-24, 26, 3,-26,-12, 2,-17, -3, -8,-10, 6,-10, 0, -8, 3, 0,-15,-35,-10, 0; /M: SY='P'; M= -1, -7,-12, -6, 1,-20, -8, -3,-13, -1,-14,-15, -8, 20, -4, -9, 3, 2,-17,-30,-18, -4; /M: SY='Y'; M= 0, -9,-24, -5, -2, -8,-13,-10, -3, -4, 1, -4,-12,-13, -5, -9, -1, 0, 4,-14, 5, -4; /M: SY='M'; M= 0, -5,-19, -4, 6, -8,-13, -9, -7, 7, 0, 9, -6, -8, 2, -3, -5, -3, -8,-19, 0, 5; /M: SY='Q'; M= 2, 4,-20, 3, 6,-22,-12, 5,-15, 2,-13, 0, 9, -7, 18, 4, -3, -2,-19,-31,-15, 9; /M: SY='R'; M= -5,-16,-12,-12, -4, -9,-20,-13,-12, 6, -9, 3,-16,-14, 12, 38, -9,-17, -2, -8, -2, -1; /M: SY='G'; M= 21, 0,-35, -5, -9,-25, 37,-25, -5, -5,-15, -4, 0,-10, -4,-15, 5, -4, -9,-22,-35, -9; /M: SY='T'; M= 6, -8,-18,-14,-11,-10,-19,-14, 11, -8, 4, 5, -3,-13, -1,-15, 2, 17, 12,-34, -5, -7; /M: SY='C'; M=-30,-20,170,-30, 10,-30,-40,-50,-20,-30, 0,-20,-10,-30,-20,-20,-20,-20,-20,-20,-60, 0; /M: SY='T'; M= 5, -3,-21, -7, -5,-12,-11,-14, -6, 3,-10, -5, 2, -1, -3,-10, 16, 18, -4,-33,-13, -6; /M: SY='R'; M= -9,-11,-18, -8, -7,-10,-13, -7,-22, 4,-17, -3, -7,-12, 17, 42, -6,-18,-14, -5, -3, -1; /M: SY='E'; M= 4, -2,-13, 1, 22,-24,-11, -8,-15, 10,-12, -7, -6, 7, 11, -6, 2, -5,-17,-22,-17, 17; /M: SY='S'; M= 8, 5,-27, 6, -5,-19, 14,-18,-12, -1,-15,-13, 3,-10, -7, -9, 15, 3,-12,-24,-21, -9; /M: SY='C'; M=-30,-20,170,-30, 10,-30,-40,-50,-20,-30, 0,-20,-10,-30,-20,-20,-20,-20,-20,-20,-60, 0; /M: SY='G'; M= 6, -2,-28, -5, -6,-19, 24,-14, -8, -3,-12, -7, -3,-10, -5,-10, 5, -5,-15,-15,-19, -7; /M: SY='F'; M=-20,-25,-32,-35,-29, 58,-25,-16, 5,-10, 20, -8,-13,-33,-22,-10,-13,-14, 10, 9, 33,-29; /M: SY='D'; M= 0, 18,-17, 39, 22,-37,-16, -5,-29, 6,-10,-15, -2, -3, 8, -2, -2,-12,-21,-26,-10, 17; /M: SY='F'; M=-23,-30,-34,-45,-37, 91,-30,-26, -1,-10, 21,-19,-14,-37,-27, -9,-11,-19, 10, 15, 38,-37; /M: SY='C'; M=-30,-20,170,-30, 10,-30,-40,-50,-20,-30, 0,-20,-10,-30,-20,-20,-20,-20,-20,-20,-60, 0; /M: SY='T'; M= 6, -5,-16,-13,-15,-15,-17,-18, 6, -8, 0, -2, 2, -2, -4,-23, 12, 30, 8,-41,-11,-11; /M: SY='R'; M= -2,-10,-18, -9, -2, -6,-15, -4, -6, 4, -3, 7, -9,-12, 1, 8, -2, -5, -5,-20, -2, -3; /M: SY='C'; M=-30,-20,170,-30, 10,-30,-40,-50,-20,-30, 0,-20,-10,-30,-20,-20,-20,-20,-20,-20,-60, 0; /M: SY='L'; M= -6,-11,-15,-13, -6, 8,-18, -1, -1, -6, 10, 7,-11,-19, 0, 1, -8, -4, -5,-16, 10, -4; /M: SY='C'; M=-12,-11, 70,-16, 6,-24,-19,-26,-17,-14, -8,-15, -5,-17, -9,-10, -1, -7,-16,-22,-38, 0; /M: SY='A'; M= 10, 5,-20, 8, 8,-24, -8,-12,-15, 7,-15, -6, 3, 7, 4, -6, 6, 3,-13,-36,-24, 4; /M: SY='Y'; M=-22,-25,-36,-22,-19, 34,-24,-12, -7, -8, 15,-14,-24,-12,-14, -7,-11, -9, 4, 16, 40,-21; /M: SY='H'; M=-19,-19,-47,-19, 1,-29,-29,131,-20,-18,-10, 18,-10, 9, 1, -9, -9,-19,-29,-48, -1, 1; /I: I=-12; MD=-25; /M: SY='G'; M= 1, 0,-28, -6,-11,-20, 27,-15, -5, -7,-11,-11, 3, -7,-12,-18, 3, -3,-15,-15,-19,-12; D=-12; /I: I=-12; MI=0; MD=-25; IM=0; DM=-25; /M: SY='S'; M= 8, -2,-23, -2, -2,-16, 0,-12,-11, 3,-16,-10, -2, -2, -4, -5, 19, 10,-11,-28,-18, -6; /M: SY='Q'; M= 5, -3,-19, -5, 6,-18, -9,-11,-14, 9,-14, 0, -1, -2, 11, 3, 6, 3,-13,-25,-15, 6; /M: SY='P'; M= -1, 3,-19, 14, 13,-32,-11, -6,-24, 7,-17,-22, -8, 31, 0, -7, 2, -1,-23,-29,-16, 5; /M: SY='C'; M=-28,-19,157,-28, 8,-26,-38,-47,-17,-29, 3,-17,-11,-30,-20,-20,-20,-18,-18,-20,-53, -1; /M: SY='T'; M= -1, -8,-15,-10, -5,-10, -9,-11, -6, -1, -6, -4, -6, -2, -2, -1, 0, 1, -8,-24, -9, -6; /M: SY='T'; M= 6, -3,-21, -7, -6, -8,-11,-11, -4, -2, -7, -4, 2, -5, -2, -8, 7, 10, -3,-32,-12, -7; /M: SY='I'; M= 0, -9,-19,-13,-13, -5, 1,-14, 6,-11, 3, -2, -8,-16,-10,-12, -1, 2, 1,-20, -3,-12; /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;» more |
Post-processing [info]
COMPETES_HIT_WITH | PS50089; PS51873 |
Numerical results [info]
Total number of hits | 10 in 10 different sequences |
Number of true positive hits | 10 in 10 different sequences |
Number of 'unknown' hits | 0 |
Number of false positive hits | 0 |
Number of false negative sequences | 0 |
Number of 'partial' sequences | 0 |
Precision (true positives / (true positives + false positives)) | 100.00 % |
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) | 100.00 % |
Comments [info]
Matrix type [info] | protein_domain |
Scaling database [info] | reversed |
Author [info] | CJA_Sigrist |
Taxonomic range [info] | Eukaryotes |
Maximum number of repetitions [info] | 1 |
Feature key [info] | ZN_FING |
Feature description [info] | ZBR-type |
Version [info] | 4 |
Cross-references [info]
UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences |
10 sequences
FBX43_HUMAN (Q4G163), FBX43_MOUSE (Q8CDI2), FBX43_RAT (Q66H04), FBX43_XENLA (Q8AXF4), FBX5A_XENLA (Q90Z80), FBX5B_XENLA (Q4V7W2), FBX5_DANRE (Q0V967), FBX5_HUMAN (Q9UKT4), FBX5_MOUSE (Q7TSG3), FBX5_XENTR (Q28GK6)» more
|
PDB [Detailed view] |
4 PDB
2M6N; 2RT9; 4UI9; 7QE7 |