Home  |  Contact
Entry: PS51872

General information about the entry

Entry name [info] ZF_ZBR
Accession [info] PS51872
Entry type [info] MATRIX
Date [info] 10-OCT-2018 CREATED;
13-FEB-2019 DATA UPDATE;
13-NOV-2019 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info] PDOC51872
Associated ProRule [info] PRU01220

Name and characterization of the entry

Description [info] Zinc finger ZBR-type profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=49;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=5; N2=45;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.4059932; R2=0.0041162; TEXT='-LogE';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=5644.2929688; R2=1.9948893; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=1481; H_SCORE=8599; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=995; H_SCORE=7629; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-7; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='S';  M=  0,-10, -9, -9, -1, -9,-11, -9, -9, -4, -7, -7,-10,-14, -6, -9,  9,  2, -6,-11, -8, -5;
/M: SY='L';  M=-11,-12, -6,-11,-10, 17,-21, -5, 15,-18, 33, 16,-20,-27,-14,-14,-19, -2,  8,-17, 29, -9;
/M: SY='R';  M= -2,-10,-22, -8,  4, -9,-15,-13,-15, 14, -9, 11,-10, -6, 13, 23, -7,-10,-12,-10, -1,  5;
/M: SY='P';  M=  3,-12,-24, -7,  5,-23,-11, -5,-15,  8,-17,-12,-16, 36,  2,  2, -3, -2,-15,-27,-16,  0;
/M: SY='C';  M=-30,-20,170,-30, 10,-30,-40,-50,-20,-30,  0,-20,-10,-30,-20,-20,-20,-20,-20,-20,-60,  0;
/M: SY='P';  M= -7,-18,-28,-13,  2,-29,-13,  8,-17,  5,-20,-24,-22, 66, -1, -5, -8, -1,-23,-29,-14, -4;
/M: SY='R';  M= -7,-14,-21, -6, -6,-11,-19, -7,-23,  9,-15,  3,-14, -8, 20, 52, -8,-20,-10,-10, -1,  1;
/M: SY='C';  M=-30,-20,170,-30, 10,-30,-40,-50,-20,-30,  0,-20,-10,-30,-20,-20,-20,-20,-20,-20,-60,  0;
/M: SY='Q';  M=  3, -3,-24, -7, -2,-17,  8,-12,-14,  0,-17,-10,  2, -8, 14,  7,  5, -3,-19,-15,-17,  2;
/M: SY='S';  M= -7,-11,-26,-11,-10,  6,-10,  1, -9, -5, -4, -8, -9,-16, -8,  0,  8, -2, -7,-11,  5,-13;
/M: SY='P';  M= -5,-17,-29, -9,  9,-37, -9,  7,-27,  9,-28,-35,-26, 94,  0,-10, -5,  2,-35,-31,-21, -1;
/M: SY='A';  M= 26, -2,-12, -2,  1,-18, -3,-19, -4, -2,-12, -1, -1,-12,  2,-11, 17, 11,  2,-42,-36, -3;
/M: SY='R';  M= -3, -7,-26, -6,  2,-10,-15,  0,-14, 13,-12, 11, -4, -3,  7, 19, -4,-10,-11,-22, -5,  2;
/M: SY='Y';  M=-18,-23,  3,-21,-17,  9,-30,-12,  7,-18, 15, -6,-21,-27,-19,-11,-15, -7, 14, -3, 20,-19;
/M: SY='D';  M=  0, 16,-24, 26,  3,-26,-12,  2,-17, -3, -8,-10,  6,-10,  0, -8,  3,  0,-15,-35,-10,  0;
/M: SY='P';  M= -1, -7,-12, -6,  1,-20, -8, -3,-13, -1,-14,-15, -8, 20, -4, -9,  3,  2,-17,-30,-18, -4;
/M: SY='Y';  M=  0, -9,-24, -5, -2, -8,-13,-10, -3, -4,  1, -4,-12,-13, -5, -9, -1,  0,  4,-14,  5, -4;
/M: SY='M';  M=  0, -5,-19, -4,  6, -8,-13, -9, -7,  7,  0,  9, -6, -8,  2, -3, -5, -3, -8,-19,  0,  5;
/M: SY='Q';  M=  2,  4,-20,  3,  6,-22,-12,  5,-15,  2,-13,  0,  9, -7, 18,  4, -3, -2,-19,-31,-15,  9;
/M: SY='R';  M= -5,-16,-12,-12, -4, -9,-20,-13,-12,  6, -9,  3,-16,-14, 12, 38, -9,-17, -2, -8, -2, -1;
/M: SY='G';  M= 21,  0,-35, -5, -9,-25, 37,-25, -5, -5,-15, -4,  0,-10, -4,-15,  5, -4, -9,-22,-35, -9;
/M: SY='T';  M=  6, -8,-18,-14,-11,-10,-19,-14, 11, -8,  4,  5, -3,-13, -1,-15,  2, 17, 12,-34, -5, -7;
/M: SY='C';  M=-30,-20,170,-30, 10,-30,-40,-50,-20,-30,  0,-20,-10,-30,-20,-20,-20,-20,-20,-20,-60,  0;
/M: SY='T';  M=  5, -3,-21, -7, -5,-12,-11,-14, -6,  3,-10, -5,  2, -1, -3,-10, 16, 18, -4,-33,-13, -6;
/M: SY='R';  M= -9,-11,-18, -8, -7,-10,-13, -7,-22,  4,-17, -3, -7,-12, 17, 42, -6,-18,-14, -5, -3, -1;
/M: SY='E';  M=  4, -2,-13,  1, 22,-24,-11, -8,-15, 10,-12, -7, -6,  7, 11, -6,  2, -5,-17,-22,-17, 17;
/M: SY='S';  M=  8,  5,-27,  6, -5,-19, 14,-18,-12, -1,-15,-13,  3,-10, -7, -9, 15,  3,-12,-24,-21, -9;
/M: SY='C';  M=-30,-20,170,-30, 10,-30,-40,-50,-20,-30,  0,-20,-10,-30,-20,-20,-20,-20,-20,-20,-60,  0;
/M: SY='G';  M=  6, -2,-28, -5, -6,-19, 24,-14, -8, -3,-12, -7, -3,-10, -5,-10,  5, -5,-15,-15,-19, -7;
/M: SY='F';  M=-20,-25,-32,-35,-29, 58,-25,-16,  5,-10, 20, -8,-13,-33,-22,-10,-13,-14, 10,  9, 33,-29;
/M: SY='D';  M=  0, 18,-17, 39, 22,-37,-16, -5,-29,  6,-10,-15, -2, -3,  8, -2, -2,-12,-21,-26,-10, 17;
/M: SY='F';  M=-23,-30,-34,-45,-37, 91,-30,-26, -1,-10, 21,-19,-14,-37,-27, -9,-11,-19, 10, 15, 38,-37;
/M: SY='C';  M=-30,-20,170,-30, 10,-30,-40,-50,-20,-30,  0,-20,-10,-30,-20,-20,-20,-20,-20,-20,-60,  0;
/M: SY='T';  M=  6, -5,-16,-13,-15,-15,-17,-18,  6, -8,  0, -2,  2, -2, -4,-23, 12, 30,  8,-41,-11,-11;
/M: SY='R';  M= -2,-10,-18, -9, -2, -6,-15, -4, -6,  4, -3,  7, -9,-12,  1,  8, -2, -5, -5,-20, -2, -3;
/M: SY='C';  M=-30,-20,170,-30, 10,-30,-40,-50,-20,-30,  0,-20,-10,-30,-20,-20,-20,-20,-20,-20,-60,  0;
/M: SY='L';  M= -6,-11,-15,-13, -6,  8,-18, -1, -1, -6, 10,  7,-11,-19,  0,  1, -8, -4, -5,-16, 10, -4;
/M: SY='C';  M=-12,-11, 70,-16,  6,-24,-19,-26,-17,-14, -8,-15, -5,-17, -9,-10, -1, -7,-16,-22,-38,  0;
/M: SY='A';  M= 10,  5,-20,  8,  8,-24, -8,-12,-15,  7,-15, -6,  3,  7,  4, -6,  6,  3,-13,-36,-24,  4;
/M: SY='Y';  M=-22,-25,-36,-22,-19, 34,-24,-12, -7, -8, 15,-14,-24,-12,-14, -7,-11, -9,  4, 16, 40,-21;
/M: SY='H';  M=-19,-19,-47,-19,  1,-29,-29,131,-20,-18,-10, 18,-10,  9,  1, -9, -9,-19,-29,-48, -1,  1;
/I:         I=-12; MD=-25;
/M: SY='G';  M=  1,  0,-28, -6,-11,-20, 27,-15, -5, -7,-11,-11,  3, -7,-12,-18,  3, -3,-15,-15,-19,-12; D=-12;
/I:         I=-12; MI=0; MD=-25; IM=0; DM=-25;
/M: SY='S';  M=  8, -2,-23, -2, -2,-16,  0,-12,-11,  3,-16,-10, -2, -2, -4, -5, 19, 10,-11,-28,-18, -6;
/M: SY='Q';  M=  5, -3,-19, -5,  6,-18, -9,-11,-14,  9,-14,  0, -1, -2, 11,  3,  6,  3,-13,-25,-15,  6;
/M: SY='P';  M= -1,  3,-19, 14, 13,-32,-11, -6,-24,  7,-17,-22, -8, 31,  0, -7,  2, -1,-23,-29,-16,  5;
/M: SY='C';  M=-28,-19,157,-28,  8,-26,-38,-47,-17,-29,  3,-17,-11,-30,-20,-20,-20,-18,-18,-20,-53, -1;
/M: SY='T';  M= -1, -8,-15,-10, -5,-10, -9,-11, -6, -1, -6, -4, -6, -2, -2, -1,  0,  1, -8,-24, -9, -6;
/M: SY='T';  M=  6, -3,-21, -7, -6, -8,-11,-11, -4, -2, -7, -4,  2, -5, -2, -8,  7, 10, -3,-32,-12, -7;
/M: SY='I';  M=  0, -9,-19,-13,-13, -5,  1,-14,  6,-11,  3, -2, -8,-16,-10,-12, -1,  2,  1,-20, -3,-12;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» more

Post-processing [info]

COMPETES_HIT_WITH PS50089; PS51873

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2019_10 which contains 561'356 sequence entries.


Total number of hits 10 in 10 different sequences
Number of true positive hits 10 in 10 different sequences
Number of 'unknown' hits 0
Number of false positive hits 0
Number of false negative sequences 0
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] CJA_Sigrist
Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 1
Feature key [info] ZN_FING
Feature description [info] ZBR-type
Version [info] 3

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
10 sequences

FBX43_HUMAN (Q4G163    ), FBX43_MOUSE (Q8CDI2    ), FBX43_RAT   (Q66H04    ), 
FBX43_XENLA (Q8AXF4    ), FBX5A_XENLA (Q90Z80    ), FBX5B_XENLA (Q4V7W2    ), 
FBX5_DANRE  (Q0V967    ), FBX5_HUMAN  (Q9UKT4    ), FBX5_MOUSE  (Q7TSG3    ), 
FBX5_XENTR  (Q28GK6    )
» more

PDB
[Detailed view]
3 PDB

2M6N; 2RT9; 4UI9

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission