Home  |  Contact
Entry: PS51919

General information about the entry

Entry name [info] X4E
Accession [info] PS51919
Entry type [info] MATRIX
Date [info] 22-APR-2020 CREATED;
22-APR-2020 DATA UPDATE;
12-AUG-2020 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info] PDOC51919
Associated ProRule [info] PRU01267

Name and characterization of the entry

Description [info] X4e domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=66;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=61;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.1328309; R2=0.0087352; TEXT='-LogE';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=1016; N_SCORE=10.0; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=615; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-6; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='E';  M=  1,  7, -1, 21, 46,-40,-18, -3,-30, 14,-11,-13, -7,  5, 23, -5, -1,-16,-28,-15,-17, 40;
/M: SY='I';  M= -3,-15,-10,-20,-20, 12,-20,-17, 35,-20, 28, 13,-15,-32,-22,-20,-15,  2, 27,-25, 15,-20;
/M: SY='Y';  M=-27,-26,-49,-19,-18, 21,-30, 30, -6,-14, 16, -2,-26,-17,-12, -5,-15,-12,  3, 10, 50,-18;
/M: SY='H';  M=-22,-21,-51,-19, -2,-24,-30,126,-19,-19, -6, 17,-13,  7, -1, -9,-11,-19,-26,-40,  9, -2;
/M: SY='Y';  M=-40,-30,-60,-10,-20, 30,-30,  0,-10,-10, 30,-10,-40,-20,-10,  0,-20,-10, 10, 50, 90,-20;
/M: SY='Q';  M=  6,-15,-20,-23, -5,-14,-17,-11, 18,-10, -1, -1, -7,-16, 28,  3,-10,  1,  6,-20, -8,  4;
/M: SY='D';  M=  0, 25,-10, 50, 35,-45,-15,-10,-35, 10,-10,-20,  0,  0,  5,-10,  0,-15,-25,-25,-15, 25;
/M: SY='C';  M=-30,-20,170,-30, 10,-30,-40,-50,-20,-30,  0,-20,-10,-30,-20,-20,-20,-20,-20,-20,-60,  0;
/M: SY='V';  M= 11,-17,-21,-23,-26,  3,-21,-26, 40,-17, 10,  4,-12,-33,-22,-15, -7,  7, 42,-33, -2,-26;
/M: SY='R';  M=  4,-12,-23, -6, -5,-12,-13,-13,-20,  8,-18,  1,-12, -9, 20, 46,  0,-15, -6,-16,-12,  0;
/M: SY='G';  M=  0,  0,-40,-10,-20,-30, 80,-30,-10,-10,-20,-20,  0,-10,-20,-20,  0,-20,-30, 10,-30,-20;
/M: SY='T';  M= 10,  0,-20, -8,-15,-18,-15,-18, -2, -8, -5, -5,  8, -2, -2,-25, 25, 43,  5,-45,-12,-10;
/M: SY='T';  M= 10,  0,-20, -6,-12,-16,-12,-16, -4, -6, -8, -8,  6, -4, -4,-22, 28, 38,  2,-42,-14,-10;
/M: SY='V';  M=  8,-12,-20,-15,-24, -4,-25,-24, 17,-13,  3,  0, -8,-21,-12, -9,  2, 22, 28,-35,  1,-19;
/M: SY='T';  M=  0, -5,-10,-10,-15,  0,-20,-15, 10,-15, 20, 10, -5,-15,-10,-25,  0, 25, 10,-35, 10,-10;
/M: SY='F';  M=-10,-16,-10,-22,-20, 36,-23,-17, 20,-18, 31,  8,-16,-33,-23,-17,-16, -4, 16,-15, 25,-20;
/M: SY='K';  M=  1,  2,-26, -3,  5,-15, 11,-18,-12, 13,-16,  2,  5, -4,  0, -2,  0, -7,-21,-17,-16,  2;
/M: SY='Z';  M=  0, -5,  0,  0, 33,-24,-20, -2,-16,  5, -1, -3,-12, -2, 27, -1, -7,-10,-21,-12, -6, 34;
/M: SY='P';  M=-10,-20,-30,-10, 10,-40,-10, 10,-30, 10,-30,-40,-30,110,  0,-10,-10,  0,-40,-30,-20,  0;
/M: SY='C';  M=-30,-20,170,-30, 10,-30,-40,-50,-20,-30,  0,-20,-10,-30,-20,-20,-20,-20,-20,-20,-60,  0;
/I:         I=-15; MD=-32;
/M: SY='P';  M= -1, -6,-12, -3,  4,-14, -4,  1,-11,  2,-12,-14, -9, 27,  3, -3,  3,  3,-14,-14, -9,  1; D=-15;
/I:         I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='D';  M=  2, 11,-17, 25, 18,-32, -9, -8,-25,  6,-16,-23, -4, 10, -2,-10, 13,  0,-21,-28,-17,  8;
/M: SY='G';  M=  1,  5,-36, -7,-18,-27, 68,-27, -9, -9,-20,-17, 11,-13,-18,-20,  0,-16,-28, -1,-31,-18;
/M: SY='T';  M=  7, -5,-17,-12,-20,-10,-22,-20,  9,-13,  7,  3,  1,-11, -8,-25, 10, 37, 17,-43, -1,-13;
/M: SY='Y';  M=-19,-25,-40,-23,-25, 16,-22,-11, 23,-15, 24, -1,-22,-26,-16,-13,-15, -4, 26, 10, 42,-25;
/M: SY='E';  M=  1, -1,  6,  7, 55,-39,-20,  0,-29, 17,-11,-10,-10,  9, 28, -5, -1,-17,-30,-10,-19, 49;
/M: SY='G';  M=  5,  0,-30, -6,-13,-21, 37,-21, -9, -6,-17,-17,  1, -9,-14,-18, 17,  4,-17,-13,-24,-15;
/M: SY='N';  M=  5, 19,-15,  0,-10,-16,-10,-12, -3, -4,-13, -1, 42,-15,  6,-17,  6, 23,-10,-55,-25, -3;
/M: SY='S';  M= 10,  0,-20, -1, -2,-11, -2,-11, -9, -1,-18,-18,  1, -9, -9,-12, 38, 23, -8,-32,-19,-10;
/M: SY='P';  M= -7,-17,-29, -9,  9,-36, -9,  7,-27,  9,-29,-37,-26, 94, -1,-10, -3,  3,-36,-30,-20, -1;
/M: SY='F';  M= -9,-25,-29,-32,-32, 45,-28,-25, 21,-15, 17, -8,-17,-36,-26,-11,-11, -5, 29, -5, 26,-32;
/M: SY='H';  M=  3,-12,-32,-12, 10,-29,-21, 47,-17, -7,-15,  4, -9,  2, 41, 10, -7, -6,-24,-30,-11, 20;
/M: SY='F';  M=-14,-25,-29,-34,-21, 36,-20,-14, -2, -4,  2,-23,-16, 15,-18,-13,-10,-10, -4,-10,  6,-24;
/M: SY='T';  M=  0,-11,-14,-12,-15, -1,-21,-15, 12,-13, 12,  2,-13, -5,-14,-19, -6, 16, 12,-32,  8,-13;
/M: SY='P';  M=  5,-13, -1, -9,  4,-28,-12,-11,-18,  1,-18,-15,-15, 35,  4, -2, -4, -2,-16,-33,-31,  0;
/M: SY='D';  M= -3, 37,-27, 57,  0,-22,-11,-20,-28, -1, -7,-24, 19,-18,-13,-12, -1, -8,-16,-38, -9, -7;
/M: SY='N';  M= -8, 11,-26, -1, -8, -8,-13,  8, -7, -5, -8, -1, 31,-18,  4, -9, -5,  5,-14,-35, -5, -4;
/M: SY='Q';  M= 11,  3,-24, -2, 12,-18,-10,-12,-13, 14,-18,  6,  8, -3, 25,  8, -1,  0,-17,-30,-20, 14;
/M: SY='Y';  M=-22,-26,-45,-23,-24, 48,-26,-14, -5, -9, 21,-11,-24,-26,-14, -5,-12,-11, 10, 22, 50,-24;
/I:         I=-11; MI=0; MD=-23; IM=0; DM=-23;
/M: SY='A';  M= 19, -6,-29, -3, -4, -7, -7,-15,  0, -4,  1,  5, -8,-14,  1,-10,  5,  7,  8,-30,-10, -5;
/M: SY='C';  M=-12,-19, 23,-20,-15,  5,-29,-25, 16,-21, 18, -1,-19,-32,-22,-14,-16, -3, 18,-14,  8,-17;
/M: SY='T';  M=  7, -8,-20,-16,-15,-12,-12,-15, 15,-10,  4,  1, -2, -3, -7,-23,  5, 19, 12,-38,-11,-13;
/M: SY='C';  M=-18,-15,101,-21,  7,-20,-30,-34,-13,-22,  1,-13,-10,-24, -9,-14,-11,-10,-15,-20,-37,  1;
/M: SY='N';  M=  4,  7,-18, -8,-18,  0,-13,-18,  6, -7, -5, -4, 25,-21,-12,-20,  8, 20,  4,-46,-15,-16;
/M: SY='Y';  M= -8,-11,-29,-12,-16, 18,-17,-13,  0, -8,  6,-10, -8,-21,-15,-10,  6,  6,  5, -9, 19,-18;
/M: SY='T';  M= 10,-10,-20,-15,-25, -5,-25,-25, 20,-15,  5,  0, -5,-20,-15,-20,  5, 30, 30,-40,  0,-20;
/M: SY='H';  M= -5,-15,-30,-16, -3, -6,-23, 19,-12, -1, -9,  3,-10, -6, 16, 13, -7, -8,-10,-20,  1,  2;
/M: SY='F';  M= -3, -8,-23,-21,-11, 23,-20,-17, -7, -1, -3, -8,  6,-18,  9, -1, -4,  0, -8,-18,  0, -5;
/M: SY='I';  M=  7,-14,-25,-22,-13,  0,-10,-12, 12, -3,  1,  0, -6, -5, -9,-14,  0,  2,  7,-29,-14,-16;
/M: SY='R';  M=-12,-21,-26,-24,-22, 27, -9,-20,-16,  0, -6,-10,-14,-21,  1, 34, -9,-25, -6,  5,  7,-17;
/M: SY='I';  M= 12,-13,-22,-23,-19, -5, -9,-20, 34,-13,  6,  4, -3,-24,-13,-20,  2,  6, 27,-35,-16,-20;
/M: SY='C';  M= -9,-13, 50,-15, -2,-12,-22,-26, -8,-13, -4,-11,-10,-22,-11, -2,  0, -4, -6,-21,-24, -7;
/M: SY='C';  M=-10,-16, 73,-19,  7,-27,-26,-28,-19,-13, -9,-13,-12, -8,  6,  3,-12,-13,-17,-21,-39,  5;
/M: SY='P';  M= -4,  8,-29, 26,  6,-41,-11, -5,-29,  4,-19,-31,-10, 51, -4,-13, -2,  3,-26,-36,-15, -1;
/M: SY='H';  M= -9,-10,-27,-11, -4,-15,  1, 32, -9,-11, -2,  4,-10, -7, -6, -6, -6,-14,-17,-20, -2, -4;
/M: SY='G';  M= -2, -6,-36,-11,-21,-15, 28,-23, -3,-11, -5,-11, -5,-11,-14,-19,  2,  3, -6, -4, -4,-18;
/M: SY='N';  M= -2, 12,-15,  0, -4,-13,-10, -9,-13,  5,-20,  0, 32,-18, 16, 20, -5, -5,-18,-37,-22,  1;
/M: SY='H';  M=-20,-19,-48,-15, -4,-16,-26, 92,-17,-15, -4,  9,-14,  1, -3, -8, -5,-12,-19,-28, 15, -5;
/M: SY='T';  M=  7, -3,-17,-11,-20,-11,-21,-20,  7,-12,  7,  3,  3, -8, -6,-27, 11, 39, 14,-44, -2,-12;
/M: SY='F';  M=-24,-20,-37,-28,-29, 61,-26,-17, -3, -9, 18,-14, -8,-32,-20, -8,-12,-12,  6, 12, 41,-29;
/M: SY='H';  M= -1,-14,-24,-15,  9,-23,-22, 31, -5, -7, -8,  2,-10, -4, 26,  2, -9, -7,-13,-25, -7, 14;
/M: SY='I';  M= -4,-16,-17,-21,-19,  6,-22,  3, 29,-20, 20, 12,-14,-27,-20,-18,-14,  0, 22,-29, 11,-19;
/M: SY='R';  M= -9,-17,-16, -7,  0,-14,-20, -9,-30, 11,-19, -1,-19, -7, 29, 67, -9,-29,-13, -1, -3,  7;
/M: SY='P';  M= 15, -5,-26, -4,  0,-23, -5,-10,-10,  1,-16,-12, -7, 23,  1,-13, 13, 15, -8,-40,-26, -4;
/M: SY='R';  M=  3,-12,-20,-11,-16, -7,-20,-18, -2, -4, -7, -3,-10,-16,  1, 18,  4,  6, 11,-24, -3,-12;
/M: SY='S';  M=  8, -3,-25, -5, -5,-16, -9,  8, -8, -5,-13, -8,  1, -5, -5,-15, 26, 21, -7,-39,-16, -8;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2020_04 which contains 563'082 sequence entries.


Total number of hits 5 in 5 different sequences
Number of true positive hits 5 in 5 different sequences
Number of 'unknown' hits 0
Number of false positive hits 0
Number of false negative sequences 0
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] CJA_Sigrist
Taxonomic range [info] Eukaryotic viruses
Maximum number of repetitions [info] 1
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] X4e
Version [info] 1

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
5 sequences

NS7A_BC279  (Q0Q470    ), NS7A_BCHK3  (Q3LZX7    ), NS7A_BCRP3  (Q3I5J0    ), 
NS7A_CVHSA  (P59635    ), NS7A_SARS2  (P0DTC7    )
» more

PDB
[Detailed view]
3 PDB

1XAK; 1YO4; 6W37

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission