Home  |  Contact
Entry: PS51938

General information about the entry

Entry name [info] SUZ_C
Accession [info] PS51938
Entry type [info] MATRIX
Date [info] 02-DEC-2020 CREATED;
02-DEC-2020 DATA UPDATE;
02-JUN-2021 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info] PDOC51938
Associated ProRule [info] PRU01287

Name and characterization of the entry

Description [info] SUZ-C domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=47;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=5; N2=43;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.0075905; R2=0.0136382; TEXT='-LogE';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=477; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=330; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='S';  M=  1, -4,-23, -3,  1,-21, -9, -9,-18, -4,-20,-13, -2,  4, -3, -7,  5,  0,-15,-27,-16, -3;
/M: SY='R';  M= -5, -4,-22, -4,  3,-20,-10, -5,-21,  2,-20,-12,  1, -8,  4,  7,  4, -1,-17,-25,-13,  2;
/M: SY='S';  M=  0, -1,-20, -1,  3,-21, -6, -9,-19, -6,-21,-14,  1,  1, -2, -9,  7,  1,-16,-29,-17, -1;
/M: SY='S';  M= -2,  3,-21,  4,  7,-25, -6, -7,-22, -1,-23,-15,  4, -4,  5, -3,  9,  1,-19,-30,-17,  5;
/M: SY='P';  M= -6, -3,-26, -2,  0,-21, -8, -9,-21, -4,-23,-15,  0,  8, -1, -5,  3, -3,-20,-24,-15, -2;
/M:         M= -4,-14,-25,-15, -7, -9,-13,-11, -8,-11, -7, -5,-12,-10, -7,-12, -6, -5, -9, -8, -4, -8;
/M:         M= -3, -7,-22, -8, -3,-15,-13,-10, -7, -8, -9, -4, -5,-10, -2, -8,  0, -2, -6,-26,-11, -4;
/M: SY='Q';  M= -4,  1,-25,  1,  7,-25,-10, -3,-21,  2,-20,-11,  2, -6, 11,  2,  3, -3,-20,-26,-14,  8;
/M: SY='R';  M=-16, -5,-28, -6,  3,-21,-18,  0,-27, 25,-21,-10,  2,-18, 10, 49, -7, -8,-20,-22,-10,  3;
/M: SY='P';  M= -8, -8,-28, -7, -1,-20,-12, -9,-17, -1,-15, -9, -5,  4, -1,  3, -5, -6,-16,-25,-15, -3;
/M: SY='R';  M= -5, -2,-23, -3,  2,-21, -7, -6,-21,  4,-18,-10,  1,-11,  2,  6,  1, -4,-17,-26,-14,  1;
/M: SY='S';  M= -3, -6,-22, -8, -4,-15,-10,-10,-13, -4,-13, -8, -2,-10, -2, -1,  2, -1,-11,-25,-12, -4;
/M: SY='A';  M=  1,-11,-18,-15,-11, -9,-14,-14,  0,-14,  1, -1, -9,-18,-10,-14, -5, -4,  0,-22, -9,-11;
/M: SY='S';  M=  4, -3,-20, -5, -2,-19, -6,-12,-16, -6,-17,-12,  0, -5, -4, -7,  8,  3,-12,-28,-17, -4;
/M: SY='S';  M=  1, -4,-17, -5, -2,-18, -8,-10,-15, -6,-17,-11,  0, -9, -3, -8, 10,  7, -9,-30,-15, -3;
/I:         I=-4; MD=-9;
/M: SY='N';  M= -2,  1,-22,  0, -1,-21, -1, -5,-21, -3,-21,-13,  4, -7, -2, -4,  4, -3,-17,-26,-15, -2; D=-4;
/I:         I=-4; MD=-9;
/M: SY='S';  M= -1, -3,-18, -4, -2,-18,-10, -9,-14, -4,-15,-10,  1, -8, -1, -2,  7,  3,-10,-27,-14, -2; D=-4;
/I:         I=-4; MD=-9;
/M: SY='S';  M= -1, -4,-16, -6, -3,-16, -9, -5,-13, -5,-14, -8,  0, -8, -1, -4,  6,  3,-10,-26,-11, -3; D=-4;
/I:         I=-4; MD=-9;
/M: SY='S';  M= -2, -4,-17, -4, -4,-17,  0,-10,-15, -6,-15,-10,  0, -6, -5, -5,  4, -1,-12,-24,-14, -5; D=-4;
/I:         I=-4; MD=-9;
/M: SY='S';  M= -3, -1,-17, -2,  1,-15, -5, -5,-15, -2,-14, -9,  1, -6, -1, -2,  3, -1,-12,-22,-12, -1; D=-4;
/I:         I=-4; MD=-9;
/M: SY='S';  M= -1, -6,-16, -7, -4,-11, -6,-10, -9, -5,-10, -6, -3, -5, -4, -5,  2,  0, -6,-18,-10, -5; D=-4;
/I:         I=-4; MD=-9;
/M: SY='S';  M= -1, -1,-14, -1,  0,-14, -2, -6,-12, -3,-11, -7,  1, -4,  0, -4,  3, -1,-10,-19,-11,  0; D=-4;
/I:         I=-4; MD=-9;
/M:         M= -2, -4,-12, -4, -2, -9, -5, -5, -6, -3, -6, -4, -3, -2, -1, -3, -1, -1, -6,-13, -7, -2; D=-4;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-9; IM=0; DM=-9;
/M: SY='Q';  M= -5, -5,-19, -5, -1,-16,-13, -5,-10, -2,-11, -5, -3, -3,  2,  0, -1, -1, -9,-22,-10, -1; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-9;
/M: SY='Q';  M= -3, -4,-21, -5, -1,-23, -6, -6,-20, -1,-19,-11,  0, -7,  3,  1,  2, -3,-17,-26,-15, -1;
/M: SY='S';  M= -3, -5,-23, -5, -1,-19,-11,-11,-12, -8,-13, -9, -2, -1, -2, -9,  1, -2,-12,-28,-15, -3;
/M: SY='P';  M= -6, -3,-26, -3,  2,-23,-13, -7,-17, -3,-18,-11, -1,  9,  1, -3, -2, -4,-18,-28,-17,  0;
/M: SY='E';  M= -5, -1,-21, -1,  4,-18,-16, -8, -9, -6, -8, -6, -2,-14,  1, -7, -3, -4, -7,-28,-13,  2;
/M: SY='N';  M= -5,  0,-21, -5, -1,-21, -8,  2,-16, -4,-16, -7,  6,-12,  5, -3,  1, -4,-16,-27,-13,  1;
/M: SY='V';  M= -3,-25,-20,-26,-22, -6,-28,-26, 21,-19,  5,  6,-23, -5,-22,-21,-11, -3, 25,-27,-12,-24;
/M: SY='I';  M= -6,-26,-20,-31,-24,  3,-31,-24, 27,-24, 20, 14,-23,-24,-20,-21,-16, -4, 23,-21, -1,-24;
/M: SY='R';  M=-20,-10,-29,-10,  0,-20,-20,  0,-30, 30,-20,-10,  0,-20, 10, 69,-10,-10,-20,-20,-10,  0;
/M: SY='Q';  M= -3, -8,-23,-10,  2,-18,-18, -2, -7, -5, -1,  6, -6,-15, 17, -4, -4, -4,-12,-23, -8,  9;
/M: SY='P';  M= -8,-20,-39,-10,  0,-30,-19,-20,-20,-10,-29,-20,-20, 87,-10,-20, -9,-10,-29,-30,-30,-10;
/M: SY='R';  M=-11,-10,-26,-11, -2,-16,-20, -3,-20, 19,-14, -5, -4,-18,  5, 34, -9, -8,-14,-19, -5, -2;
/M: SY='G';  M=  1,-10,-29,-10,-20,-29, 67,-19,-39,-19,-29,-19,  0,-20,-19,-19,  0,-19,-29,-20,-29,-19;
/M: SY='P';  M=-10,-20,-40,-10,  0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10;
/M: SY='D';  M=-18, 45,-29, 63, 19,-38, -9, -1,-38,  0,-29,-29, 19,-10,  1, -9,  1, -9,-29,-39,-20, 10;
/M: SY='G';  M=  3, -8,-27, -8,-15,-28, 51,-18,-34,-17,-27,-18,  1,-16,-16,-18,  3,-15,-25,-22,-27,-15;
/M: SY='T';  M=  3,  0,-12, -5, -6,-16, -4,-15,-17,-10,-20,-15,  5,-12, -7,-10, 23, 28, -8,-32,-16, -6;
/M: SY='R';  M= -7, -5,-27, -6, -3,-25,  5, -7,-27, 10,-23,-11,  2,-15,  2, 17, -1, -8,-20,-23,-16, -2;
/I:         I=-12; MI=0; MD=-25; IM=0; DM=-25;
/M: SY='G';  M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 69,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='F';  M=-20,-30,-20,-40,-30, 80,-30,-20,  0,-30, 10,  0,-20,-30,-40,-20,-20,-10,  0, 10, 30,-30;
/M: SY='G';  M= -5, -2,-22, -5, -7,-19,  4,  3,-22, -4,-19,-10,  4,-18, -3, -2, -1, -7,-18,-23, -9, -6;
/M:         M= -8,-11,-22,-15,-10,  0,-12,-10, -9,-11, -7, -2, -5,-12, -8, -6, -5, -5, -9,-19, -5, -9;
/M: SY='R';  M= -3, -5,-20, -6,  0,-21, -9, -6,-23,  7,-20,-12,  0,-12,  3, 17,  2, -3,-16,-25,-15, -1;
/M: SY='R';  M=-10, -8,-27,-10, -4,-18,-13, -4,-19,  8,-16, -8,  0,-11,  1, 24, -5, -6,-15,-23,-11, -4;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2021_03 which contains 565'254 sequence entries.


Total number of hits 18 in 18 different sequences
Number of true positive hits 18 in 18 different sequences
Number of 'unknown' hits 0
Number of false positive hits 0
Number of false negative sequences 0
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] CJA_Sigrist
Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 1
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] SUZ-C
Version [info] 1

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
18 sequences

CSDE1_CAVPO (P29174    ), CSDE1_HUMAN (O75534    ), CSDE1_MOUSE (Q91W50    ), 
CSDE1_RAT   (P18395    ), GEMI7_BOVIN (Q17QA0    ), GEMI7_HUMAN (Q9H840    ), 
GEMI7_MOUSE (Q9CWY4    ), LARP6_HUMAN (Q9BRS8    ), LARP6_MOUSE (Q8BN59    ), 
SZRD1_BOVIN (Q2KI04    ), SZRD1_CHICK (Q5ZK25    ), SZRD1_DANRE (Q504E7    ), 
SZRD1_HUMAN (Q7Z422    ), SZRD1_MOUSE (Q6NXN1    ), SZRD1_PONAB (Q5RE12    ), 
SZRD1_RAT   (Q5XIA2    ), SZRD1_XENLA (Q6GR00    ), SZRD1_XENTR (Q6P320    )
» more


View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission