PROSITE entry PS51938
View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission
General information about the entry
Entry name [info] | SUZ_C |
Accession [info] | PS51938 |
Entry type [info] | MATRIX |
Date [info] |
02-DEC-2020 CREATED;
02-DEC-2020 DATA UPDATE; 27-MAR-2024 INFO UPDATE. |
PROSITE Doc. [info] | PDOC51938 |
Associated ProRule [info] | PRU01287 |
Name and characterization of the entry
Description [info] | SUZ-C domain profile. |
Matrix / Profile [info] |
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=47; /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=5; N2=43; /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.0075905; R2=0.0136382; TEXT='-LogE'; /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=477; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!'; /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=330; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?'; /DEFAULT: M0=-8; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; ... A B C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y Z /I: B1=0; BI=-105; BD=-105; /M: SY='S'; M= 1, -4,-23, -3, 1,-21, -9, -9,-18, -4,-20,-13, -2, 4, -3, -7, 5, 0,-15,-27,-16, -3; /M: SY='R'; M= -5, -4,-22, -4, 3,-20,-10, -5,-21, 2,-20,-12, 1, -8, 4, 7, 4, -1,-17,-25,-13, 2; /M: SY='S'; M= 0, -1,-20, -1, 3,-21, -6, -9,-19, -6,-21,-14, 1, 1, -2, -9, 7, 1,-16,-29,-17, -1; /M: SY='S'; M= -2, 3,-21, 4, 7,-25, -6, -7,-22, -1,-23,-15, 4, -4, 5, -3, 9, 1,-19,-30,-17, 5; /M: SY='P'; M= -6, -3,-26, -2, 0,-21, -8, -9,-21, -4,-23,-15, 0, 8, -1, -5, 3, -3,-20,-24,-15, -2; /M: M= -4,-14,-25,-15, -7, -9,-13,-11, -8,-11, -7, -5,-12,-10, -7,-12, -6, -5, -9, -8, -4, -8; /M: M= -3, -7,-22, -8, -3,-15,-13,-10, -7, -8, -9, -4, -5,-10, -2, -8, 0, -2, -6,-26,-11, -4; /M: SY='Q'; M= -4, 1,-25, 1, 7,-25,-10, -3,-21, 2,-20,-11, 2, -6, 11, 2, 3, -3,-20,-26,-14, 8; /M: SY='R'; M=-16, -5,-28, -6, 3,-21,-18, 0,-27, 25,-21,-10, 2,-18, 10, 49, -7, -8,-20,-22,-10, 3; /M: SY='P'; M= -8, -8,-28, -7, -1,-20,-12, -9,-17, -1,-15, -9, -5, 4, -1, 3, -5, -6,-16,-25,-15, -3; /M: SY='R'; M= -5, -2,-23, -3, 2,-21, -7, -6,-21, 4,-18,-10, 1,-11, 2, 6, 1, -4,-17,-26,-14, 1; /M: SY='S'; M= -3, -6,-22, -8, -4,-15,-10,-10,-13, -4,-13, -8, -2,-10, -2, -1, 2, -1,-11,-25,-12, -4; /M: SY='A'; M= 1,-11,-18,-15,-11, -9,-14,-14, 0,-14, 1, -1, -9,-18,-10,-14, -5, -4, 0,-22, -9,-11; /M: SY='S'; M= 4, -3,-20, -5, -2,-19, -6,-12,-16, -6,-17,-12, 0, -5, -4, -7, 8, 3,-12,-28,-17, -4; /M: SY='S'; M= 1, -4,-17, -5, -2,-18, -8,-10,-15, -6,-17,-11, 0, -9, -3, -8, 10, 7, -9,-30,-15, -3; /I: I=-4; MD=-9; /M: SY='N'; M= -2, 1,-22, 0, -1,-21, -1, -5,-21, -3,-21,-13, 4, -7, -2, -4, 4, -3,-17,-26,-15, -2; D=-4; /I: I=-4; MD=-9; /M: SY='S'; M= -1, -3,-18, -4, -2,-18,-10, -9,-14, -4,-15,-10, 1, -8, -1, -2, 7, 3,-10,-27,-14, -2; D=-4; /I: I=-4; MD=-9; /M: SY='S'; M= -1, -4,-16, -6, -3,-16, -9, -5,-13, -5,-14, -8, 0, -8, -1, -4, 6, 3,-10,-26,-11, -3; D=-4; /I: I=-4; MD=-9; /M: SY='S'; M= -2, -4,-17, -4, -4,-17, 0,-10,-15, -6,-15,-10, 0, -6, -5, -5, 4, -1,-12,-24,-14, -5; D=-4; /I: I=-4; MD=-9; /M: SY='S'; M= -3, -1,-17, -2, 1,-15, -5, -5,-15, -2,-14, -9, 1, -6, -1, -2, 3, -1,-12,-22,-12, -1; D=-4; /I: I=-4; MD=-9; /M: SY='S'; M= -1, -6,-16, -7, -4,-11, -6,-10, -9, -5,-10, -6, -3, -5, -4, -5, 2, 0, -6,-18,-10, -5; D=-4; /I: I=-4; MD=-9; /M: SY='S'; M= -1, -1,-14, -1, 0,-14, -2, -6,-12, -3,-11, -7, 1, -4, 0, -4, 3, -1,-10,-19,-11, 0; D=-4; /I: I=-4; MD=-9; /M: M= -2, -4,-12, -4, -2, -9, -5, -5, -6, -3, -6, -4, -3, -2, -1, -3, -1, -1, -6,-13, -7, -2; D=-4; /I: I=-4; MI=0; MD=-9; IM=0; DM=-9; /M: SY='Q'; M= -5, -5,-19, -5, -1,-16,-13, -5,-10, -2,-11, -5, -3, -3, 2, 0, -1, -1, -9,-22,-10, -1; D=-4; /I: I=-4; DM=-9; /M: SY='Q'; M= -3, -4,-21, -5, -1,-23, -6, -6,-20, -1,-19,-11, 0, -7, 3, 1, 2, -3,-17,-26,-15, -1; /M: SY='S'; M= -3, -5,-23, -5, -1,-19,-11,-11,-12, -8,-13, -9, -2, -1, -2, -9, 1, -2,-12,-28,-15, -3; /M: SY='P'; M= -6, -3,-26, -3, 2,-23,-13, -7,-17, -3,-18,-11, -1, 9, 1, -3, -2, -4,-18,-28,-17, 0; /M: SY='E'; M= -5, -1,-21, -1, 4,-18,-16, -8, -9, -6, -8, -6, -2,-14, 1, -7, -3, -4, -7,-28,-13, 2; /M: SY='N'; M= -5, 0,-21, -5, -1,-21, -8, 2,-16, -4,-16, -7, 6,-12, 5, -3, 1, -4,-16,-27,-13, 1; /M: SY='V'; M= -3,-25,-20,-26,-22, -6,-28,-26, 21,-19, 5, 6,-23, -5,-22,-21,-11, -3, 25,-27,-12,-24; /M: SY='I'; M= -6,-26,-20,-31,-24, 3,-31,-24, 27,-24, 20, 14,-23,-24,-20,-21,-16, -4, 23,-21, -1,-24; /M: SY='R'; M=-20,-10,-29,-10, 0,-20,-20, 0,-30, 30,-20,-10, 0,-20, 10, 69,-10,-10,-20,-20,-10, 0; /M: SY='Q'; M= -3, -8,-23,-10, 2,-18,-18, -2, -7, -5, -1, 6, -6,-15, 17, -4, -4, -4,-12,-23, -8, 9; /M: SY='P'; M= -8,-20,-39,-10, 0,-30,-19,-20,-20,-10,-29,-20,-20, 87,-10,-20, -9,-10,-29,-30,-30,-10; /M: SY='R'; M=-11,-10,-26,-11, -2,-16,-20, -3,-20, 19,-14, -5, -4,-18, 5, 34, -9, -8,-14,-19, -5, -2; /M: SY='G'; M= 1,-10,-29,-10,-20,-29, 67,-19,-39,-19,-29,-19, 0,-20,-19,-19, 0,-19,-29,-20,-29,-19; /M: SY='P'; M=-10,-20,-40,-10, 0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10; /M: SY='D'; M=-18, 45,-29, 63, 19,-38, -9, -1,-38, 0,-29,-29, 19,-10, 1, -9, 1, -9,-29,-39,-20, 10; /M: SY='G'; M= 3, -8,-27, -8,-15,-28, 51,-18,-34,-17,-27,-18, 1,-16,-16,-18, 3,-15,-25,-22,-27,-15; /M: SY='T'; M= 3, 0,-12, -5, -6,-16, -4,-15,-17,-10,-20,-15, 5,-12, -7,-10, 23, 28, -8,-32,-16, -6; /M: SY='R'; M= -7, -5,-27, -6, -3,-25, 5, -7,-27, 10,-23,-11, 2,-15, 2, 17, -1, -8,-20,-23,-16, -2; /I: I=-12; MI=0; MD=-25; IM=0; DM=-25; /M: SY='G'; M= 0,-10,-30,-10,-20,-30, 69,-20,-40,-20,-30,-20, 0,-20,-20,-20, 0,-20,-30,-20,-30,-20; /M: SY='F'; M=-20,-30,-20,-40,-30, 80,-30,-20, 0,-30, 10, 0,-20,-30,-40,-20,-20,-10, 0, 10, 30,-30; /M: SY='G'; M= -5, -2,-22, -5, -7,-19, 4, 3,-22, -4,-19,-10, 4,-18, -3, -2, -1, -7,-18,-23, -9, -6; /M: M= -8,-11,-22,-15,-10, 0,-12,-10, -9,-11, -7, -2, -5,-12, -8, -6, -5, -5, -9,-19, -5, -9; /M: SY='R'; M= -3, -5,-20, -6, 0,-21, -9, -6,-23, 7,-20,-12, 0,-12, 3, 17, 2, -3,-16,-25,-15, -1; /M: SY='R'; M=-10, -8,-27,-10, -4,-18,-13, -4,-19, 8,-16, -8, 0,-11, 1, 24, -5, -6,-15,-23,-11, -4; /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;» more |
Numerical results [info]
Total number of hits | 18 in 18 different sequences |
Number of true positive hits | 18 in 18 different sequences |
Number of 'unknown' hits | 0 |
Number of false positive hits | 0 |
Number of false negative sequences | 0 |
Number of 'partial' sequences | 0 |
Precision (true positives / (true positives + false positives)) | 100.00 % |
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) | 100.00 % |
Comments [info]
Matrix type [info] | protein_domain |
Scaling database [info] | reversed |
Author [info] | CJA_Sigrist |
Taxonomic range [info] | Eukaryotes |
Maximum number of repetitions [info] | 1 |
Feature key [info] | DOMAIN |
Feature description [info] | SUZ-C |
Version [info] | 1 |
Cross-references [info]
UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences |
18 sequences
CSDE1_CAVPO (P29174), CSDE1_HUMAN (O75534), CSDE1_MOUSE (Q91W50), CSDE1_RAT (P18395), GEMI7_BOVIN (Q17QA0), GEMI7_HUMAN (Q9H840), GEMI7_MOUSE (Q9CWY4), LARP6_HUMAN (Q9BRS8), LARP6_MOUSE (Q8BN59), SZRD1_BOVIN (Q2KI04), SZRD1_CHICK (Q5ZK25), SZRD1_DANRE (Q504E7), SZRD1_HUMAN (Q7Z422), SZRD1_MOUSE (Q6NXN1), SZRD1_PONAB (Q5RE12), SZRD1_RAT (Q5XIA2), SZRD1_XENLA (Q6GR00), SZRD1_XENTR (Q6P320)» more
|