PROSITE entry PS51942

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

Entry name [info]	BCOV_NSP3C_C
Accession [info]	PS51942
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	10-FEB-2021 CREATED; 10-FEB-2021 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC51942
Associated ProRule [info]	PRU01289

Name and characterization of the entry

Description [info]

Betacoronavirus Nsp3c-C domain profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=73;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=68;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.0526011; R2=0.0210648; TEXT='-LogE';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=473; N_SCORE=12.0; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=212; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='T';  M= -6, 18,-17, 14, -1,-19,-13,-10,-19, -6,-18,-17, 15,-12, -6, -8, 13, 26,-13,-34,-14, -4;
/M: SY='P';  M= -5,  4,-31, 15,  5,-31,-13,-13,-25, -7,-28,-22, -4, 40, -6,-16,  0, -6,-25,-33,-25, -3;
/M: SY='E';  M=  8, -3,-20, -1, 21,-21,-16,-11,-13, -2,-12,-12, -8, -9,  2, -9,  3, -3, -6,-28,-18, 11;
/M: SY='R';  M=-13,  0,-28,  2, 21,-25,-20,  0,-23, 13,-17, -7, -1,-11, 19, 23, -3, -5,-21,-25,-13, 18;
/M: SY='D';  M= -8, 13,-22, 18,  1,-22,-15, 17,-21, -8,-18,-13,  5,-15, -3, -9,  2, -1,-13,-32, -5, -2;
/M: SY='F';  M=-20,-29,-21,-38,-29, 75,-30,-16,  0,-28,  9,  0,-20,-30,-37,-19,-20,-10, -1, 12, 35,-29;
/M: SY='I';  M= -6,-29,-20,-34,-28,  1,-33,-27, 36,-24, 18, 19,-25,-25,-23,-23,-17, -6, 35,-24, -4,-28;
/M: SY='E';  M= -9,  0,-25,  0, 16,-21,-20, -3,-12,  2, -7, -5,  0,-14, 14, -1, -5, -8,-14,-27,-12, 15;
/M: SY='T';  M=  2, 11,-16,  8, -1,-20,-10, -3,-20, -7,-20,-16, 10,-11, -4,-10, 17, 18,-12,-34,-14, -3;
/M: SY='V';  M= -7,-11,-10,-18,-19, -9,-25,-15, 12,-12, -3,  1, -4,-23,-16,-14, -8, -4, 13,-30,-10,-19;
/M: SY='M';  M= -3,-16,-17,-20,-15, -7,-20,-14,  8,-13,  3, 11,-11,-19, -9, -9,  1,  4,  9,-28, -8,-13;
/M: SY='L';  M= -5,  3,-19,  4, -5,-12,-17,-12, -7,-14,  5, -5, -2,-18,-10,-14, -4,  4, -6,-29,-11, -8;
/M: SY='N';  M= 10,  9, -5, -3, -9,-17, -6, -8,-12, -8,-19,-13, 19,-19, -9,-11,  9,  1, -8,-34,-19, -9;
/I:         I=-15; MD=-32;
/M: SY='G';  M=  0, -6,-17, -6,-11,-17, 40,-11,-23,-11,-17,-11,  0,-11,-11,-11,  0,-11,-17,-11,-17,-11; D=-15;
/I:         I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='G';  M=  0,-14,-19,-14,-14,-13, 12,-17,-11,-19, -5, -5, -7,-20,-14,-16,  4, -3, -6,-27,-17,-14;
/M: SY='Y';  M= -9,-19,-31,-17,-12,  5,-24,  3, -8,-10,-11, -8,-19, 12,-10,-14,-14, -9,-16,  5, 33,-16;
/M: SY='R';  M=-11, -1,-27, -2,  7,-21,-19,  7,-24, 18,-18, -8,  3,-14,  6, 21, -6, -6,-19,-25, -8,  5;
/M: SY='D';  M=-13, 32,-18, 45, 10,-35,  0, -5,-37, -5,-29,-27, 14,-13, -4,-12,  5, -7,-26,-38,-22,  3;
/M: SY='W';  M=-20,-40,-50,-40,-30, 10,-20,-30,-20,-20,-20,-20,-40,-30,-20,-20,-40,-30,-30,150, 30,-20;
/M: SY='R';  M= -9,  2,-22,  3,  1,-21,-13, 15,-26,  3,-24,-13,  7,-15,  4, 17,  9,  2,-18,-31, -8,  0;
/M: SY='Y';  M=-10,-27,-20,-27,-23, 14,-30,-10, 16,-21, 22, 11,-27,-30,-20,-17,-21, -7, 15, -7, 23,-23;
/M: SY='V';  M=  1,-20,-13,-21,-19, -6,-21,-23, 14,-19,  2,  2,-16,-23,-18,-18,  4,  5, 25,-31,-11,-19;
/M: SY='N';  M= -5, 15,-23,  7,  1,-25, 12, -2,-25, -4,-27,-17, 26,-16,  3, -5,  9, -2,-26,-31,-21,  2;
/M: SY='K';  M= -7, -2,-28, -3,  4,-30,  0, -8,-28, 18,-25,-10,  0,-12, 13, 10, -2, -6,-22,-21,-14,  9;
/I:         I=-13; MD=-27;
/M: SY='F';  M=-11, -6,-20, -8, -1, 14,-19,-10,-15, -7, -9,-10, -4,-16,-11,  0, -2,  1,-10,-14,  1, -5; D=-13;
/I:         I=-13; MI=-27; MD=-27; IM=-27; DM=-27;
/M: SY='T';  M=-10, -1, -4,  0, -8, -7,-21,-10,-10,-14,  0, -7, -7,-20,-11,-14, -5,  5, -7,-22,  0,-11; D=-13;
/I:         I=-13; DM=-27;
/M: SY='Q';  M= -5, -8,-20, -9,  3,-16,-21,-10, -1, -7, -4, -1, -7,-13,  9, -8,  1,  2, -2,-24,-10,  5; D=-13;
/I:         I=-13; DM=-27;
/M: SY='V';  M= -5,-30,-17,-32,-28,  2,-32,-28, 32,-25, 22, 15,-28,-28,-25,-22,-17, -5, 36,-25, -5,-28;
/M: SY='D';  M=-10, 19,-28, 20,  7,-31,  9, -3,-32,  4,-28,-19, 18,-14,  3, -2,  1,-10,-29,-30,-20,  5;
/M: SY='G';  M= -6, -6,-27, -4,-14,-23, 22,-17,-20,-13,-18,-12, -3,-20,-15,-10, -5,-14,-12,-24,-20,-16;
/M: SY='V';  M= -5,-11,-19,-11,  0,-11,-24,-17,  4, -4, -2, -1,-12,-20,-10, -8, -8, -4, 13,-29,-12, -5;
/I:         I=-12; MD=-25;
/M: SY='R';  M= -8, -8, -7, -9, -4,-12,-14, -6,-14, 11,-12, -6, -4,-14, -1, 23, -4, -4, -5,-18, -9, -4; D=-12;
/I:         I=-12; MD=-25;
/M: SY='T';  M= -6, -7,-13,-10, -9,  3,-16, -4, -3, -8, -1, -3, -7, -9, -7, -8,  0, 14, -3, -6, 14,-10; D=-12;
/I:         I=-12; MD=-25;
/M: SY='V';  M= -4, -9,-13,-11,-10, -8,-17,-12,  5,  2, -4,  1, -7,-15, -8,  1, -6, -3, 11,-18, -7,-10; D=-12;
/I:         I=-12; MD=-25;
/M: SY='K';  M= -5,  0,-16, -1,  4,-16,-12, -7,-16, 24,-16, -6,  0, -6,  4, 14, -3,  0,-10,-13, -6,  4; D=-12;
/I:         I=-12; MI=-25; IM=-25; DM=-25;
/M: SY='F';  M=-17,-27,-25,-31,-24, 39,-31, -7, 10,-23, 17,  7,-22,-29,-23,-18,-22,-10,  2,  7, 37,-24;
/M: SY='L';  M=-13,-29, -6,-33,-24, 29,-30,-21,  9,-30, 31, 10,-26,-31,-27,-21,-25,-10,  5,-14,  6,-24;
/M: SY='E';  M=-12,  6,-29,  8, 26,-29,-19, 14,-29, 20,-24,-12,  6, -9, 17, 11, -4,-11,-26,-26, -9, 21;
/M: SY='C';  M=-17,-20, 17,-24,-17,-13,-23,-17,-28, -2,-20,-16,-16,-29,-10, 15,-17,-14,-19,  7, -8,-15;
/M: SY='G';  M= -1,-10,-28, -8, -9,-27, 23,-18,-28,-14,-29,-20, -4, 16,-12,-17,  7, -5,-24,-28,-27,-12;
/M: SY='D';  M=-10, 23,-28, 27,  3,-32, 17, -5,-35, -2,-30,-23, 20,-15, -5, -8,  1,-11,-29,-32,-22, -1;
/M: SY='Q';  M= -4, -1,-24, -2,  6,-27, -3, -8,-25,  9,-23,-11,  1,-11, 12,  3,  5,  2,-20,-25,-15,  9;
/M: SY='I';  M= -5,-17,-20,-24,-20, -2,-28,-19, 17,-19,  3,  4,-11,-18,-14,-19, -1, 12, 14,-21,  3,-20;
/M: SY='V';  M=-10,-19,-21,-19,-21,  8,-30,-19, 18,-21, 10,  6,-19,-25,-22,-20,-15, -7, 19,-17,  5,-23;
/M: SY='C';  M=-12,-23, 22,-29,-27,  3,-32,-14,  5,-22, -1, -1,-21,-31,-21,-22,-16, -9,  6,-15, 15,-27;
/M: SY='Y';  M=-14,-16,  8,-19,-18, 11,-25, 11,-13,-17,-10, -7,-12,-29,-14,-14, -9, -8,-12, -7, 30,-18;
/M: SY='S';  M=  6,  8,-15,  8,  1,-22, -8,-12,-21, -3,-22,-17,  6,-10, -3, -8, 19, 17,-11,-33,-17, -1;
/M: SY='D';  M=-11, 13,-26, 20, 11,-30,-16,  7,-23, -2,-18,-11,  5,-13, 19, -3,  2, -5,-21,-30,-11, 14;
/I:         I=-14; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29;
/M: SY='D';  M= -8, 11,-27, 14,  2,-28, -3,-10,-27, -3,-28,-20,  9, 12, -5, -9,  3, -1,-24,-33,-22, -3;
/M: SY='K';  M= -8, -5,-23,-10, -6,-10,-22,-14,-10, 15,-15, -5, -1,-17, -6,  6, -6, -1, -3,-22, -7, -6;
/M: SY='F';  M= -7,-14,-20,-17, -9,  5,-14,-17, -8, -8, -4, -4,-11,-20,-13, -8, -5, -1, -2,-18, -3,-10;
/M: SY='F';  M=-20,-26,-24,-31,-26, 59,-30, -3,  0,-21,  6,  0,-20,-30,-27,-16,-20,-10, -4, 19, 51,-26;
/M: SY='H';  M=  1,-13,-20,-15,-16,-15,  1,  6,-10,-16,-11, -4, -8,-21,-14,-14, -3, -6,  1,-26, -9,-16;
/M: SY='L';  M=-10,-27, -9,-29,-24,  9,-31,-15, 16,-24, 22, 10,-26,-30,-21,-20,-21, -8, 14,-14, 13,-24;
/M: SY='D';  M=-12, 18,-24, 26,  4,-26,-17,-11,-20,  5,-19,-15,  3,-14, -6, -4, -2, -2, -7,-33,-15, -1;
/M: SY='G';  M= -4,  0,-27, -4, -8,-29, 34, -9,-31,-10,-26,-15,  8,-17,  1,-10,  3,-10,-28,-23,-23, -3;
/I:         I=-15; MD=-32;
/M: SY='D';  M= -7, 16,-15, 19,  8,-20, -6,  2,-16,  1,-16,-11, 12, -7, 11, -1,  4, -3,-16,-20,-10,  9; D=-15;
/I:         I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='E';  M= -4, -7,-23, -6,  6,-19, -1,-13,-12, -9,-12, -6, -7,-14, -5,-12,  1, -4, -6,-27,-17,  0;
/M: SY='V';  M= 10,-21,-12,-24,-21, -1,-19,-24, 11,-17, -1,  0,-18,-22,-21,-19,  2,  2, 24,-26,-10,-21;
/M: SY='F';  M=-14,-29,-23,-35,-26, 35,-32,-19, 17,-28, 25, 11,-23,-28,-26,-21,-23,-10,  9, -5, 18,-26;
/M: SY='P';  M= -6, -1,-25, -3,  0,-22,-16,-13,-20,  8,-23,-14,  2, 13, -2,  0,  3,  7,-18,-29,-17, -2;
/I:         I=-12; MD=-25;
/M: SY='F';  M= -5, -7,-15, -8, -4, 13,-14,-10, -8, -4, -5, -5, -6,-13,-11, -6, -7, -6, -5, -7,  3, -6; D=-12;
/I:         I=-12; MD=-25;
/M: SY='A';  M= 15, -2, -8, -3,  0,-12, -4, -9, -7, -5, -8, -7, -3, -7, -4, -9,  5,  0, -1,-16,-11, -2; D=-12;
/I:         I=-12; MI=0; MD=-25; IM=0; DM=-25;
/M: SY='V';  M= -1, -8, -8, -8,-12, -6,-15,-15,  6,-10, -2, -1,-10,-15,-13,-11,  2,  8, 17,-21, -8,-13; D=-12;
/I:         I=-12; DM=-25;
/M: SY='L';  M=  0,-22,-16,-25,-18, 14,-20,-19,  5,-23, 15,  3,-18,-24,-20,-18, -7, -2,  6,-19, -1,-18;
/M: SY='D';  M=-12, 21,-28, 27, 20,-34,-14,  1,-29, 11,-26,-17, 12,-10, 18,  3,  2, -7,-27,-31,-16, 19;
/I:         I=-13; MI=0; MD=-27; IM=0; DM=-27;
/M: SY='C';  M= -3, -3,  6,-13,-11,-17,-19,-13, -5, -7,-12, -6,  3,-20, -5,-10, -5, -6, -7,-29,-14, -9; D=-13;
/I:         I=-13; DM=-27;
/M: SY='R';  M=-12,-16,-23,-16, -8, -8,-23,-10, -6,  6,  6,  2,-12,-22, -4, 23,-16, -8, -3,-19, -6, -8; D=-13;
/I:         I=-13; DM=-27;
/M: SY='A';  M= 17, -7, -7,-13, -5,-23,-12,-16,-20, 11,-18,-11, -6,-13, -4,  2,  1, -2, -9,-23,-16, -5;
/M: SY='Y';  M= -8,-17,-19,-20,-17, 12,-24, -8,  3,-17,  7,  1,-15,-23,-15,-14, -6,  7,  2, -8, 20,-17;
/M: SY='L';  M=-11,-30,-20,-31,-21, 18,-30,-20, 18,-30, 45, 18,-29,-30,-22,-20,-29,-10,  9,-16,  4,-21;
/M: SY='L';  M= -2,-15,-19,-15, -8, -4,-23,-17,  5,-19, 21,  5,-18,-21,-13,-16,-13, -1,  4,-24, -7,-10;
/M: SY='S';  M=  5,  9,-15,  8,  1,-22, -5, -9,-21, -4,-26,-19, 13,-11, -1, -7, 24, 13,-13,-36,-18,  0;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2024_06 which contains 572'619 sequence entries.

Total number of hits	42 in 42 different sequences
Number of true positive hits	42 in 42 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	0
Number of false negative sequences	0
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	100.00 %

Comments [info]

Taxonomic range [info]	Eukaryotic viruses
Maximum number of repetitions [info]	1
Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	reversed
Author [info]	CJA_Sigrist
Feature key [info]	DOMAIN
Feature description [info]	DPUP
Version [info]	1

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences

42 sequences

R1AB_BC133  (P0C6W1), R1AB_BC279  (P0C6V9), R1AB_BCHK3  (P0C6W2),

R1AB_BCHK4  (P0C6W3), R1AB_BCHK5  (P0C6W4), R1AB_BCHK9  (P0C6W5), 
R1AB_BCRP3  (P0C6W6), R1AB_CVBEN  (P0C6W7), R1AB_CVBLU  (P0C6W8), 
R1AB_CVBM   (P0C6W9), R1AB_CVBQ   (P0C6X0), R1AB_CVHN1  (P0C6X2), 
R1AB_CVHN2  (P0C6X3), R1AB_CVHN5  (P0C6X4), R1AB_CVHOC  (P0C6X6), 
R1AB_CVM2   (P0C6X8), R1AB_CVMA5  (P0C6X9), R1AB_CVMJH  (P0C6Y0), 
R1AB_MERS1  (K9N7C7), R1AB_SARS   (P0C6X7), R1AB_SARS2  (P0DTD1), 
R1A_BC133   (P0C6F7), R1A_BC279   (P0C6F5), R1A_BCHK3   (P0C6F8), 
R1A_BCHK4   (P0C6T4), R1A_BCHK5   (P0C6T5), R1A_BCHK9   (P0C6T6), 
R1A_BCRP3   (P0C6T7), R1A_CVBEN   (P0C6T8), R1A_CVBLU   (P0C6T9), 
R1A_CVBM(P0C6U0), R1A_CVBQ(P0C6U1), R1A_CVHN1   (P0C6U3), 
R1A_CVHN2   (P0C6U4), R1A_CVHN5   (P0C6U5), R1A_CVHOC   (P0C6U7), 
R1A_CVM2(P0C6U9), R1A_CVMA5   (P0C6V0), R1A_CVMJH   (P0C6V1), 
R1A_MERS1   (K9N638), R1A_SARS(P0C6U8), R1A_SARS2   (P0DTC1)

» more

Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits:
[Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color]
[Clustal format, plain text] [Fasta format]
Retrieve the sequence logo from the alignment

PDB
[Detailed view]

8 PDB

2KAF; 2KQV; 2KQW; 4YPT; 5UTV; 6MWM; 7P2O; 7THH