Home  |  Contact
Entry: PS51942

General information about the entry

Entry name [info] BCOV_NSP3C_C
Accession [info] PS51942
Entry type [info] MATRIX
Date [info] 10-FEB-2021 CREATED;
10-FEB-2021 DATA UPDATE;
02-JUN-2021 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info] PDOC51942
Associated ProRule [info] PRU01289

Name and characterization of the entry

Description [info] Betacoronavirus Nsp3c-C domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=73;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=68;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.0526011; R2=0.0210648; TEXT='-LogE';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=473; N_SCORE=12.0; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=212; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='T';  M= -6, 18,-17, 14, -1,-19,-13,-10,-19, -6,-18,-17, 15,-12, -6, -8, 13, 26,-13,-34,-14, -4;
/M: SY='P';  M= -5,  4,-31, 15,  5,-31,-13,-13,-25, -7,-28,-22, -4, 40, -6,-16,  0, -6,-25,-33,-25, -3;
/M: SY='E';  M=  8, -3,-20, -1, 21,-21,-16,-11,-13, -2,-12,-12, -8, -9,  2, -9,  3, -3, -6,-28,-18, 11;
/M: SY='R';  M=-13,  0,-28,  2, 21,-25,-20,  0,-23, 13,-17, -7, -1,-11, 19, 23, -3, -5,-21,-25,-13, 18;
/M: SY='D';  M= -8, 13,-22, 18,  1,-22,-15, 17,-21, -8,-18,-13,  5,-15, -3, -9,  2, -1,-13,-32, -5, -2;
/M: SY='F';  M=-20,-29,-21,-38,-29, 75,-30,-16,  0,-28,  9,  0,-20,-30,-37,-19,-20,-10, -1, 12, 35,-29;
/M: SY='I';  M= -6,-29,-20,-34,-28,  1,-33,-27, 36,-24, 18, 19,-25,-25,-23,-23,-17, -6, 35,-24, -4,-28;
/M: SY='E';  M= -9,  0,-25,  0, 16,-21,-20, -3,-12,  2, -7, -5,  0,-14, 14, -1, -5, -8,-14,-27,-12, 15;
/M: SY='T';  M=  2, 11,-16,  8, -1,-20,-10, -3,-20, -7,-20,-16, 10,-11, -4,-10, 17, 18,-12,-34,-14, -3;
/M: SY='V';  M= -7,-11,-10,-18,-19, -9,-25,-15, 12,-12, -3,  1, -4,-23,-16,-14, -8, -4, 13,-30,-10,-19;
/M: SY='M';  M= -3,-16,-17,-20,-15, -7,-20,-14,  8,-13,  3, 11,-11,-19, -9, -9,  1,  4,  9,-28, -8,-13;
/M: SY='L';  M= -5,  3,-19,  4, -5,-12,-17,-12, -7,-14,  5, -5, -2,-18,-10,-14, -4,  4, -6,-29,-11, -8;
/M: SY='N';  M= 10,  9, -5, -3, -9,-17, -6, -8,-12, -8,-19,-13, 19,-19, -9,-11,  9,  1, -8,-34,-19, -9;
/I:         I=-15; MD=-32;
/M: SY='G';  M=  0, -6,-17, -6,-11,-17, 40,-11,-23,-11,-17,-11,  0,-11,-11,-11,  0,-11,-17,-11,-17,-11; D=-15;
/I:         I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='G';  M=  0,-14,-19,-14,-14,-13, 12,-17,-11,-19, -5, -5, -7,-20,-14,-16,  4, -3, -6,-27,-17,-14;
/M: SY='Y';  M= -9,-19,-31,-17,-12,  5,-24,  3, -8,-10,-11, -8,-19, 12,-10,-14,-14, -9,-16,  5, 33,-16;
/M: SY='R';  M=-11, -1,-27, -2,  7,-21,-19,  7,-24, 18,-18, -8,  3,-14,  6, 21, -6, -6,-19,-25, -8,  5;
/M: SY='D';  M=-13, 32,-18, 45, 10,-35,  0, -5,-37, -5,-29,-27, 14,-13, -4,-12,  5, -7,-26,-38,-22,  3;
/M: SY='W';  M=-20,-40,-50,-40,-30, 10,-20,-30,-20,-20,-20,-20,-40,-30,-20,-20,-40,-30,-30,150, 30,-20;
/M: SY='R';  M= -9,  2,-22,  3,  1,-21,-13, 15,-26,  3,-24,-13,  7,-15,  4, 17,  9,  2,-18,-31, -8,  0;
/M: SY='Y';  M=-10,-27,-20,-27,-23, 14,-30,-10, 16,-21, 22, 11,-27,-30,-20,-17,-21, -7, 15, -7, 23,-23;
/M: SY='V';  M=  1,-20,-13,-21,-19, -6,-21,-23, 14,-19,  2,  2,-16,-23,-18,-18,  4,  5, 25,-31,-11,-19;
/M: SY='N';  M= -5, 15,-23,  7,  1,-25, 12, -2,-25, -4,-27,-17, 26,-16,  3, -5,  9, -2,-26,-31,-21,  2;
/M: SY='K';  M= -7, -2,-28, -3,  4,-30,  0, -8,-28, 18,-25,-10,  0,-12, 13, 10, -2, -6,-22,-21,-14,  9;
/I:         I=-13; MD=-27;
/M: SY='F';  M=-11, -6,-20, -8, -1, 14,-19,-10,-15, -7, -9,-10, -4,-16,-11,  0, -2,  1,-10,-14,  1, -5; D=-13;
/I:         I=-13; MI=-27; MD=-27; IM=-27; DM=-27;
/M: SY='T';  M=-10, -1, -4,  0, -8, -7,-21,-10,-10,-14,  0, -7, -7,-20,-11,-14, -5,  5, -7,-22,  0,-11; D=-13;
/I:         I=-13; DM=-27;
/M: SY='Q';  M= -5, -8,-20, -9,  3,-16,-21,-10, -1, -7, -4, -1, -7,-13,  9, -8,  1,  2, -2,-24,-10,  5; D=-13;
/I:         I=-13; DM=-27;
/M: SY='V';  M= -5,-30,-17,-32,-28,  2,-32,-28, 32,-25, 22, 15,-28,-28,-25,-22,-17, -5, 36,-25, -5,-28;
/M: SY='D';  M=-10, 19,-28, 20,  7,-31,  9, -3,-32,  4,-28,-19, 18,-14,  3, -2,  1,-10,-29,-30,-20,  5;
/M: SY='G';  M= -6, -6,-27, -4,-14,-23, 22,-17,-20,-13,-18,-12, -3,-20,-15,-10, -5,-14,-12,-24,-20,-16;
/M: SY='V';  M= -5,-11,-19,-11,  0,-11,-24,-17,  4, -4, -2, -1,-12,-20,-10, -8, -8, -4, 13,-29,-12, -5;
/I:         I=-12; MD=-25;
/M: SY='R';  M= -8, -8, -7, -9, -4,-12,-14, -6,-14, 11,-12, -6, -4,-14, -1, 23, -4, -4, -5,-18, -9, -4; D=-12;
/I:         I=-12; MD=-25;
/M: SY='T';  M= -6, -7,-13,-10, -9,  3,-16, -4, -3, -8, -1, -3, -7, -9, -7, -8,  0, 14, -3, -6, 14,-10; D=-12;
/I:         I=-12; MD=-25;
/M: SY='V';  M= -4, -9,-13,-11,-10, -8,-17,-12,  5,  2, -4,  1, -7,-15, -8,  1, -6, -3, 11,-18, -7,-10; D=-12;
/I:         I=-12; MD=-25;
/M: SY='K';  M= -5,  0,-16, -1,  4,-16,-12, -7,-16, 24,-16, -6,  0, -6,  4, 14, -3,  0,-10,-13, -6,  4; D=-12;
/I:         I=-12; MI=-25; IM=-25; DM=-25;
/M: SY='F';  M=-17,-27,-25,-31,-24, 39,-31, -7, 10,-23, 17,  7,-22,-29,-23,-18,-22,-10,  2,  7, 37,-24;
/M: SY='L';  M=-13,-29, -6,-33,-24, 29,-30,-21,  9,-30, 31, 10,-26,-31,-27,-21,-25,-10,  5,-14,  6,-24;
/M: SY='E';  M=-12,  6,-29,  8, 26,-29,-19, 14,-29, 20,-24,-12,  6, -9, 17, 11, -4,-11,-26,-26, -9, 21;
/M: SY='C';  M=-17,-20, 17,-24,-17,-13,-23,-17,-28, -2,-20,-16,-16,-29,-10, 15,-17,-14,-19,  7, -8,-15;
/M: SY='G';  M= -1,-10,-28, -8, -9,-27, 23,-18,-28,-14,-29,-20, -4, 16,-12,-17,  7, -5,-24,-28,-27,-12;
/M: SY='D';  M=-10, 23,-28, 27,  3,-32, 17, -5,-35, -2,-30,-23, 20,-15, -5, -8,  1,-11,-29,-32,-22, -1;
/M: SY='Q';  M= -4, -1,-24, -2,  6,-27, -3, -8,-25,  9,-23,-11,  1,-11, 12,  3,  5,  2,-20,-25,-15,  9;
/M: SY='I';  M= -5,-17,-20,-24,-20, -2,-28,-19, 17,-19,  3,  4,-11,-18,-14,-19, -1, 12, 14,-21,  3,-20;
/M: SY='V';  M=-10,-19,-21,-19,-21,  8,-30,-19, 18,-21, 10,  6,-19,-25,-22,-20,-15, -7, 19,-17,  5,-23;
/M: SY='C';  M=-12,-23, 22,-29,-27,  3,-32,-14,  5,-22, -1, -1,-21,-31,-21,-22,-16, -9,  6,-15, 15,-27;
/M: SY='Y';  M=-14,-16,  8,-19,-18, 11,-25, 11,-13,-17,-10, -7,-12,-29,-14,-14, -9, -8,-12, -7, 30,-18;
/M: SY='S';  M=  6,  8,-15,  8,  1,-22, -8,-12,-21, -3,-22,-17,  6,-10, -3, -8, 19, 17,-11,-33,-17, -1;
/M: SY='D';  M=-11, 13,-26, 20, 11,-30,-16,  7,-23, -2,-18,-11,  5,-13, 19, -3,  2, -5,-21,-30,-11, 14;
/I:         I=-14; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29;
/M: SY='D';  M= -8, 11,-27, 14,  2,-28, -3,-10,-27, -3,-28,-20,  9, 12, -5, -9,  3, -1,-24,-33,-22, -3;
/M: SY='K';  M= -8, -5,-23,-10, -6,-10,-22,-14,-10, 15,-15, -5, -1,-17, -6,  6, -6, -1, -3,-22, -7, -6;
/M: SY='F';  M= -7,-14,-20,-17, -9,  5,-14,-17, -8, -8, -4, -4,-11,-20,-13, -8, -5, -1, -2,-18, -3,-10;
/M: SY='F';  M=-20,-26,-24,-31,-26, 59,-30, -3,  0,-21,  6,  0,-20,-30,-27,-16,-20,-10, -4, 19, 51,-26;
/M: SY='H';  M=  1,-13,-20,-15,-16,-15,  1,  6,-10,-16,-11, -4, -8,-21,-14,-14, -3, -6,  1,-26, -9,-16;
/M: SY='L';  M=-10,-27, -9,-29,-24,  9,-31,-15, 16,-24, 22, 10,-26,-30,-21,-20,-21, -8, 14,-14, 13,-24;
/M: SY='D';  M=-12, 18,-24, 26,  4,-26,-17,-11,-20,  5,-19,-15,  3,-14, -6, -4, -2, -2, -7,-33,-15, -1;
/M: SY='G';  M= -4,  0,-27, -4, -8,-29, 34, -9,-31,-10,-26,-15,  8,-17,  1,-10,  3,-10,-28,-23,-23, -3;
/I:         I=-15; MD=-32;
/M: SY='D';  M= -7, 16,-15, 19,  8,-20, -6,  2,-16,  1,-16,-11, 12, -7, 11, -1,  4, -3,-16,-20,-10,  9; D=-15;
/I:         I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='E';  M= -4, -7,-23, -6,  6,-19, -1,-13,-12, -9,-12, -6, -7,-14, -5,-12,  1, -4, -6,-27,-17,  0;
/M: SY='V';  M= 10,-21,-12,-24,-21, -1,-19,-24, 11,-17, -1,  0,-18,-22,-21,-19,  2,  2, 24,-26,-10,-21;
/M: SY='F';  M=-14,-29,-23,-35,-26, 35,-32,-19, 17,-28, 25, 11,-23,-28,-26,-21,-23,-10,  9, -5, 18,-26;
/M: SY='P';  M= -6, -1,-25, -3,  0,-22,-16,-13,-20,  8,-23,-14,  2, 13, -2,  0,  3,  7,-18,-29,-17, -2;
/I:         I=-12; MD=-25;
/M: SY='F';  M= -5, -7,-15, -8, -4, 13,-14,-10, -8, -4, -5, -5, -6,-13,-11, -6, -7, -6, -5, -7,  3, -6; D=-12;
/I:         I=-12; MD=-25;
/M: SY='A';  M= 15, -2, -8, -3,  0,-12, -4, -9, -7, -5, -8, -7, -3, -7, -4, -9,  5,  0, -1,-16,-11, -2; D=-12;
/I:         I=-12; MI=0; MD=-25; IM=0; DM=-25;
/M: SY='V';  M= -1, -8, -8, -8,-12, -6,-15,-15,  6,-10, -2, -1,-10,-15,-13,-11,  2,  8, 17,-21, -8,-13; D=-12;
/I:         I=-12; DM=-25;
/M: SY='L';  M=  0,-22,-16,-25,-18, 14,-20,-19,  5,-23, 15,  3,-18,-24,-20,-18, -7, -2,  6,-19, -1,-18;
/M: SY='D';  M=-12, 21,-28, 27, 20,-34,-14,  1,-29, 11,-26,-17, 12,-10, 18,  3,  2, -7,-27,-31,-16, 19;
/I:         I=-13; MI=0; MD=-27; IM=0; DM=-27;
/M: SY='C';  M= -3, -3,  6,-13,-11,-17,-19,-13, -5, -7,-12, -6,  3,-20, -5,-10, -5, -6, -7,-29,-14, -9; D=-13;
/I:         I=-13; DM=-27;
/M: SY='R';  M=-12,-16,-23,-16, -8, -8,-23,-10, -6,  6,  6,  2,-12,-22, -4, 23,-16, -8, -3,-19, -6, -8; D=-13;
/I:         I=-13; DM=-27;
/M: SY='A';  M= 17, -7, -7,-13, -5,-23,-12,-16,-20, 11,-18,-11, -6,-13, -4,  2,  1, -2, -9,-23,-16, -5;
/M: SY='Y';  M= -8,-17,-19,-20,-17, 12,-24, -8,  3,-17,  7,  1,-15,-23,-15,-14, -6,  7,  2, -8, 20,-17;
/M: SY='L';  M=-11,-30,-20,-31,-21, 18,-30,-20, 18,-30, 45, 18,-29,-30,-22,-20,-29,-10,  9,-16,  4,-21;
/M: SY='L';  M= -2,-15,-19,-15, -8, -4,-23,-17,  5,-19, 21,  5,-18,-21,-13,-16,-13, -1,  4,-24, -7,-10;
/M: SY='S';  M=  5,  9,-15,  8,  1,-22, -5, -9,-21, -4,-26,-19, 13,-11, -1, -7, 24, 13,-13,-36,-18,  0;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2021_03 which contains 565'254 sequence entries.


Total number of hits 42 in 42 different sequences
Number of true positive hits 42 in 42 different sequences
Number of 'unknown' hits 0
Number of false positive hits 0
Number of false negative sequences 0
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] CJA_Sigrist
Taxonomic range [info] Eukaryotic viruses
Maximum number of repetitions [info] 1
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] DPUP
Version [info] 1

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
42 sequences

R1AB_BC133  (P0C6W1    ), R1AB_BC279  (P0C6V9    ), R1AB_BCHK3  (P0C6W2    ), 
R1AB_BCHK4  (P0C6W3    ), R1AB_BCHK5  (P0C6W4    ), R1AB_BCHK9  (P0C6W5    ), 
R1AB_BCRP3  (P0C6W6    ), R1AB_CVBEN  (P0C6W7    ), R1AB_CVBLU  (P0C6W8    ), 
R1AB_CVBM   (P0C6W9    ), R1AB_CVBQ   (P0C6X0    ), R1AB_CVHN1  (P0C6X2    ), 
R1AB_CVHN2  (P0C6X3    ), R1AB_CVHN5  (P0C6X4    ), R1AB_CVHOC  (P0C6X6    ), 
R1AB_CVM2   (P0C6X8    ), R1AB_CVMA5  (P0C6X9    ), R1AB_CVMJH  (P0C6Y0    ), 
R1AB_MERS1  (K9N7C7    ), R1AB_SARS   (P0C6X7    ), R1AB_SARS2  (P0DTD1    ), 
R1A_BC133   (P0C6F7    ), R1A_BC279   (P0C6F5    ), R1A_BCHK3   (P0C6F8    ), 
R1A_BCHK4   (P0C6T4    ), R1A_BCHK5   (P0C6T5    ), R1A_BCHK9   (P0C6T6    ), 
R1A_BCRP3   (P0C6T7    ), R1A_CVBEN   (P0C6T8    ), R1A_CVBLU   (P0C6T9    ), 
R1A_CVBM    (P0C6U0    ), R1A_CVBQ    (P0C6U1    ), R1A_CVHN1   (P0C6U3    ), 
R1A_CVHN2   (P0C6U4    ), R1A_CVHN5   (P0C6U5    ), R1A_CVHOC   (P0C6U7    ), 
R1A_CVM2    (P0C6U9    ), R1A_CVMA5   (P0C6V0    ), R1A_CVMJH   (P0C6V1    ), 
R1A_MERS1   (K9N638    ), R1A_SARS    (P0C6U8    ), R1A_SARS2   (P0DTC1    )
» more

PDB
[Detailed view]
6 PDB

2KAF; 2KQV; 2KQW; 4YPT; 5UTV; 6MWM

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission