PROSITE entry PS51945

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

Entry name [info]	BCOV_NSP3E_NAB
Accession [info]	PS51945
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	10-FEB-2021 CREATED; 10-FEB-2021 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC51945
Associated ProRule [info]	PRU01290

Name and characterization of the entry

Description [info]

Betacoronavirus Nsp3e nucleic acid-binding (NAB) domain profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=114;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=109;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.5299289; R2=0.0170819; TEXT='-LogE';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=555; N_SCORE=12.0; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=233; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='P';  M= -8,-22,-31,-21,-13,-16,-27,-24,  8,-17, -8, -4,-19, 34,-15,-22,-10, -3, -1,-27,-16,-18;
/M: SY='I';  M= -9,-20,-28,-26,-17,-10,-33,-23, 22, -3,  3,  9,-14,-18,-11,-10,-16, -9, 15,-21, -4,-17;
/M: SY='D';  M=  8, 12,-22, 15, 15,-27,-11, -9,-24,  4,-19,-17,  2, -8,  1, -7,  4, -1,-16,-28,-18,  8;
/M: SY='Y';  M=-11,-17,-25,-17, -8, -2,-27, -1,  3,-10,  8,  6,-17,-23,  7, -7,-15, -9, -3, -8, 17, -2;
/M: SY='F';  M= -4,-22,-14,-25,-22, 21,-22,-21,  7,-21, -1, -1,-15,-24,-25,-18,  0,  2, 16,-19,  1,-22;
/M: SY='P';  M= -2,-13,-32, -9,  1,-27,-17,-16,-22,  7,-26,-15,-12, 41, -3,  1, -7, -9,-22,-25,-22, -5;
/M: SY='A';  M= 19, -3,-14,-12, -8,-17,-10,-17,-12, -9,-14,-12, -1, -1, -9,-14, 12, 19, -6,-27,-17, -9;
/M: SY='F';  M=-11,-13,-23,-17, -8,  9,-23,-12,-11,-12, -9, -6, -9, -2, -2,-10, -3,  7,-12,-14,  0, -4;
/M: SY='P';  M= -4,-12,-31,-11,  6,-21,-24,-17, -4, -2,-12, -7,-11, 15, -3,-11, -9, -9, -9,-25,-16, -1;
/M: SY='L';  M=-11,-19,-24,-19,-10, -2,-26,-12,  2, -1, 18, 10,-19,-23, -8, -2,-22,-10, -2,-15,  4,-10;
/M: SY='P';  M=  2,-22,-21,-20,-15,-14,-21,-24,  5,-15, -9, -5,-22, 17,-19,-19, -4, -2, 12,-30,-19,-19;
/M: SY='B';  M= -8, 21,-25, 20,  3,-27, 12, -6,-30, -6,-26,-21, 20,-15, -5, -9,  5, -1,-26,-32,-21, -1;
/M: SY='G';  M= 17, -6,-17, -8, -9,-23, 23,-16,-24,-13,-25,-17,  2,-13, -9,-16, 19,  2,-14,-28,-23, -9;
/I:         I=-15; MD=-32;
/M: SY='V';  M=  3,-18, -9,-18,-18, -5,-18,-21, 13,-15, -2,  1,-16,-21,-18,-15,  4,  5, 28,-28,-11,-18; D=-15;
/I:         I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='Y';  M=-20,-23,-27,-25,-23, 43,-30, 10,  0,-15,  3,  0,-20,-30,-18,-13,-20,-10, -7, 25, 67,-23;
/M: SY='D';  M= -7, 20,-18, 23,  3,-23,-14,-11,-23, -6,-20,-19,  9,-10, -5,-10, 14, 23,-13,-35,-15, -1;
/M: SY='N';  M= -9, 33,-21, 16, -3,-21, 10,  6,-23, -3,-30,-20, 51,-20, -3, -3,  9, -3,-30,-37,-21, -3;
/M: SY='F';  M=-12,-22,-17,-29,-22, 52,-22,-17, -6,-24, -1, -6,-12,-24,-29,-17, -3, -2, -3, -4, 16,-22;
/M: SY='K';  M=-11, -8, 11,-11, -5,-18,-24,-11,-26, 19,-23,-11, -8,-21, -4,  8,-11,-10,-16,-21, -2, -5;
/M: SY='L';  M=-11,-30,-20,-31,-21, 16,-30,-20, 18,-30, 46, 18,-29,-30,-22,-20,-29,-10,  9,-17,  3,-21;
/M: SY='V';  M=  0,-21,-12,-24,-22, -5,-25,-25, 19,-18,  2,  4,-18,-23,-21,-18,  1, 10, 31,-30,-10,-22;
/M: SY='G';  M=  0,-10, 12,-13,-18,-25, 28,-20,-33,-20,-27,-20, -3,-23,-18,-20,  7, -8,-20,-32,-28,-18;
/M: SY='H';  M= -9, -2, -1, -1, -6,-20,-17, 30,-22,-13,-20,-10,  2,-21, -4,-10,  3, -5,-13,-36, -4, -7;
/M: SY='D';  M=-11, 30,-24, 32, 10,-30, -9,  1,-27,  0,-26,-20, 24,-13,  8, -5,  8,  2,-25,-36,-17,  9;
/I:         I=-10; MD=-21;
/M: SY='G';  M= -2,  0,-14, -3, -8,-11, 16, -7, -9, -8,-11, -7,  7,-10, -7, -8,  0, -6,-10,-13,-11, -8; D=-10;
/I:         I=-10; MI=0; MD=-21; IM=0; DM=-21;
/M: SY='D';  M= -7, 11,-16, 16,  4,-17, -9, -6,-16, -3,-14,-13,  3,  9, -3, -7,  2,  4,-13,-20,-12,  0; D=-10;
/I:         I=-10; DM=-21;
/M: SY='K';  M=  4, -2,-15, -4,  3,-18,-10, -7,-13, 11,-13, -5, -2, -7,  9,  5,  1,  2, -9,-15, -8,  6; D=-10;
/I:         I=-10; DM=-21;
/M: SY='I';  M=-12,-30,-24,-38,-29, 22,-35,-26, 31,-29, 21, 14,-22,-25,-26,-25,-21, -9, 21,-13,  7,-29;
/M: SY='A';  M= 26, -9, 18,-17,-11,-20, -6,-19,-17,-14,-18,-15, -7,-16,-11,-19, 14,  3, -5,-32,-22,-11;
/M: SY='D';  M= -6, 17,-26, 26, 21,-28,-14, -6,-27,  4,-18,-18,  4, -9,  4, -5,  0, -7,-21,-31,-17, 12;
/M: SY='D';  M= -7,  7,-22, 10,  3,-16,-13, -8,-19, -2,-21,-14,  5,-13,  1, -6,  9,  1,-14,-29,-11,  2;
/M: SY='F';  M=-15,-30,-20,-35,-25, 42,-30,-20, 11,-30, 32, 11,-25,-30,-29,-20,-25,-10,  5, -6, 14,-25;
/M: SY='N';  M=-10, 40,-20, 20,  0,-20,  0, 10,-20,  0,-30,-20, 60,-20,  0,  0, 10,  0,-30,-40,-20,  0;
/M: SY='B';  M=  0, 15,-24, 14,  9,-31,-10, -1,-24,  8,-24,-14, 13,-12, 15,  1,  4, -5,-22,-28,-16, 12;
/M: SY='M';  M= -1,-16,-22,-19, -9, -9,-21,-14, -1,  2, 10, 12,-16,-19, -6, -2,-16, -9, -1,-20, -6, -7;
/M: SY='L';  M= -7,-22,-19,-26,-19,  4,-29,-21, 17,-25, 31, 12,-21,-24,-17,-19,-16,  5, 10,-23, -3,-19;
/M: SY='G';  M= -1, -3,-29, -6,-17,-29, 60,-16,-37,-17,-30,-20,  9,-20,-17,-17,  1,-17,-30,-23,-29,-17;
/M: SY='F';  M=-10,-26,-19,-35,-26, 61,-26,-16, -1,-25,  6, -1,-19,-27,-33,-19,-16, -9, -1,  7, 27,-26;
/M: SY='D';  M=-13, 29,-25, 35, 10,-30,-13, -5,-30,  7,-26,-21, 16,-11,  0, -2,  4,  4,-22,-34,-16,  5;
/I:         I=-14; MD=-29;
/M: SY='S';  M= -2, -1,  1, -3,  2,-16,-11, -9,-14,  1,-16,-11,  1,-13, -3, -3,  5,  0, -7,-26,-14,  0; D=-14;
/I:         I=-14; MI=-29; MD=-29; IM=-29; DM=-29;
/M: SY='S';  M=  0,  9,-11,  6, -1,-14, -6, -7,-14, -5,-17,-13, 12, -9, -3, -6, 18, 18, -9,-27,-12, -2; D=-14;
/I:         I=-14; DM=-29;
/M: SY='K';  M= -6, -4,-27, -4,  2,-25, -5,-12,-26, 25,-22,-10, -2,-13,  2, 13, -5, -8,-17,-22,-13,  2;
/M: SY='P';  M=-10,-17,-39, -7,  7,-30,-20,-18,-21, -8,-29,-20,-18, 80, -7,-18, -9,-10,-30,-30,-29, -4;
/M: SY='F';  M=  3,-24,-17,-32,-24, 21,-22,-20, 11,-20,  8, 10,-19,-22,-23,-20,-11, -6, 13,-12,  3,-22;
/M: SY='S';  M=  3, -8,-13,-10, -8,-14,-14,-16, -6, -4,-16, -7, -4,-15, -7, -7, 15, 13,  6,-33,-14, -8;
/I:         I=-13; MD=-27;
/M: SY='R';  M=-11,  1,-26,  4, 22,-23,-17, -3,-26, 25,-20,-12,  0, -8, 12, 26, -5, -9,-20,-20,-12, 16; D=-13;
/I:         I=-13; MD=-27;
/M: SY='Y';  M=-12, -4,-26, -2, 11, -6,-20,  4,-16, 13,-13, -8, -7,-13,  5,  5, -9, -9,-16, -3, 18,  6; D=-13;
/I:         I=-13; MD=-27;
/M: SY='L';  M= -6,-15,-11,-15,-11,  7,-16, -7,  9,-14, 22,  9,-15,-16,-10,-10,-15, -5,  3, -6,  7,-11; D=-13;
/I:         I=-13; MI=-27; IM=-27; DM=-27;
/M: SY='T';  M= -5, -4,-20, -8, -2,-17,-19,-15,-15, 12,-12, -7, -3,-13, -2,  5,  2, 13, -8,-25,-10, -2;
/M: SY='V';  M= -9,-27,-20,-29,-26, 10,-32,-15, 23,-20, 15, 10,-26,-28,-21,-19,-17, -6, 24,-10, 18,-26;
/M: SY='T';  M=  3,  0,-10, -7, -7,-13,-14,-17,-13,-10,-16,-13,  3,-10, -7,-10, 26, 42, -3,-33,-13, -7;
/M: SY='F';  M=-13,-19,-21,-23, -7, 28,-26,-13,  1,-17,  9,  7,-17,-22,-17,-14,-16, -9,  0,-11,  7,-10;
/M: SY='W';  M=-18,-32,-31,-35,-27, 36,-27,-17, -3,-24,  7, -3,-29,-30,-25,-19,-29,-17, -9, 53, 31,-23;
/M: SY='P';  M=-10,-20,-40,-10,  0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10;
/M: SY='B';  M=-10, 24,-21, 23,  2,-23,-13, -6,-20,  0,-22,-17, 19,-14, -4, -5,  5,  7,-14,-35,-16, -1;
/M: SY='A';  M= 10,-16,-17,-18, -3, -4,-18,-17,  0,-14,  8, -1,-17,-17,-12,-16, -7, -5,  4,-21,-10, -7;
/M: SY='B';  M=  0, 19,-18, 14,  4,-21,-10, -7,-20, -4,-20,-17, 18,-12, -3, -8, 11, 14,-16,-33,-17,  0;
/M: SY='G';  M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='D';  M=-20, 50,-30, 70, 20,-40,-10,  0,-40,  0,-30,-30, 20,-10,  0,-10,  0,-10,-30,-40,-20, 10;
/M: SY='V';  M=  0,-30,-10,-30,-30,  0,-30,-30, 30,-20, 10, 10,-30,-30,-30,-20,-10,  0, 50,-30,-10,-30;
/M: SY='V';  M= -3,-30,-14,-31,-28,  2,-31,-28, 30,-23, 19, 13,-29,-29,-27,-21,-15, -3, 41,-27, -7,-28;
/M: SY='L';  M= 14,-22,-16,-26,-16, -2,-18,-20,  8,-22, 26,  8,-22,-22,-16,-20,-14, -6,  6,-20, -8,-16;
/M: SY='A';  M= 18,-16,-18,-25,-17,-11,-17,-23, 13,-18,  0,  1,-11,-14,-13,-22,  2,  2, 11,-23,-11,-17;
/M: SY='D';  M= -5, 17,-21, 23, 21,-27, -9, -5,-27, -2,-26,-22, 11, -8,  5, -7, 16,  6,-21,-37,-19, 13;
/M: SY='Y';  M=-20, 11,-28, 19, -3,  7,-21,  3,-19, -9,-12,-14, -1,-21,-11,-12,-11,-10,-17, -7, 23, -8;
/I:         I=-15; MD=-32;
/M: SY='D';  M=-12, 21,-22, 29,  9,-26, -9, -2,-28,  8,-24,-19, 13,-11,  3,  9,  3, -4,-20,-29,-15,  5; D=-15;
/I:         I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='H';  M=-12,  2,-22,  1, -5,-11,-20, 16,-11,-14,  2, -2,  2,-20, -6,-10, -8, -1,-12,-29, -2, -7;
/M: SY='Y';  M=-19,-11,-29,-14,-17, 23,-26, 19, -3, -9, -4, -3, -8,-29, -9, -9,-16, -9,-13, 20, 65,-17;
/M: SY='V';  M= -3, -2,-14, -1,-12,-13,-18,-17,  1,-12, -9, -7, -3,-21,-15,-14,  5,  6, 14,-34,-14,-13;
/M: SY='P';  M=  1,-13,-25,-11, -4,-22,-17,-18,-13,  1,-21,-12,-12, 24, -8, -8, -1, -1, -9,-28,-20, -8;
/M: SY='R';  M=  2,-13,-20,-16,-10,-14,-16,-14, -5, -1,-11, -5, -6,-17, -5, 10,  4,  0,  1,-26,-12,-10;
/M: SY='Y';  M=-20,-20,-27,-22,-20, 35,-29, 22, -4,-15,  0,  0,-16,-29,-15,-11,-19,-11,-10, 16, 59,-20;
/M: SY='K';  M= -9, -5,-28, -3,  9,-18,-19,-11,-24, 22,-25,-13, -4,  4,  2, 10, -4, -7,-20,-22,-11,  6;
/M: SY='K';  M=-11,  2,-28, -2,  0,-18,-11, -2,-24, 23,-24,-11,  7,-17,  3, 18, -5, -8,-21,-17,  0,  0;
/M: SY='G';  M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='C';  M= 19,-14, 32,-21,-17,-18,-13,-23,-14,-18,-14,-13,-13,-22,-17,-22,  6,  0,  1,-34,-22,-17;
/M: SY='M';  M= -9,-16,-24,-19, -7, -9,-25,-12,  8,  0,  7, 19,-15,-18, -4, -4,-16, -9,  5,-22, -5, -6;
/M: SY='L';  M= -9,-15,-19,-18,-14,  1,-25,  1,  1,-19, 16,  5,-13,-22,-11,-13,-10,  8, -1,-20,  7,-14;
/M: SY='F';  M=-14,-20,-22,-25,-16, 21,-26, -6,  0, -9,  9, 11,-16,-24,-16, -7,-19,-10,  0,-11,  9,-15;
/M: SY='G';  M= -5, -7,-30, -7,-15,-27, 47, 10,-37,-17,-27,-15,  3,-20,-12,-15, -3,-20,-30,-23,-17,-15;
/M: SY='K';  M=-10,  0,-30,  0, 10,-30,-20,-10,-30, 50,-30,-10,  0,-10, 10, 30,-10,-10,-20,-20,-10, 10;
/M: SY='P';  M=-10,-20,-40,-10,  0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10;
/M: SY='I';  M= -5,-30,-21,-35,-30,  0,-35,-30, 41,-25, 15, 15,-25,-25,-25,-25,-15, -5, 39,-25, -5,-30;
/M: SY='I';  M= -8,-30,-21,-33,-25,  5,-33,-25, 32,-28, 32, 18,-27,-27,-22,-23,-23, -8, 25,-22, -2,-25;
/M: SY='W';  M=-20,-39,-46,-40,-30, 20,-21,-29,-17,-21,-16,-17,-37,-30,-23,-20,-37,-27,-26,129, 30,-21;
/M: SY='V';  M= -9,-22,-19,-22,-19,  1,-27,  7,  9,-19, 11,  8,-18,-27,-17,-12,-15, -8, 15,-25,  2,-19;
/M: SY='N';  M= -4,  0, -6, -9,-14,-15, -7,-14, -6,-14,-14, -9, 10,-20,-13,-14,  5,  5, -4,-33,-17,-14;
/M: SY='H';  M=-15, 16,-26,  7,  1,-21,-11, 36,-26,  6,-25,-11, 29,-19,  6, 13, -1, -9,-28,-32, -5,  1;
/M: SY='E';  M= -3,  6,-27,  9, 16,-30, -4, -5,-26, -1,-24,-17,  4,  5, 10, -7,  3, -7,-26,-29,-21, 12;
/M: SY='E';  M=  4,  3,-20,  0,  9,-22,-13, -8,-15,  3,-18,-12,  5,-12,  4, -3,  6,  2,-11,-29,-16,  7;
/M: SY='T';  M= 12,-10,  2,-19,-15, -4,-16,-18,-11,-14, -9, -9, -9,-17,-14,-16,  7, 17, -2,-21, -4,-15;
/M: SY='D';  M= -7, 15,-23, 16,  0,-20, -7, -7,-25, -7,-27,-22, 13,-15, -4,-10, 10,  3,-21,-11,-12, -1;
/M: SY='K';  M= -5,-10,-21,-11, -3,-13,-20,-14,-10,  7, -2, -2, -8,-17, -3,  3, -5,  1, -7,-25, -9, -3;
/M: SY='N';  M=  8,  9,-18, -1, -2,-21, -8, -8,-18,  9,-21,-13, 15,-13, -2,  1,  6,  5,-14,-28,-16, -2;
/M: SY='T';  M= -1,-13,-14,-15,-11, -5,-18,-17, -1,-18,  9, -1, -9,-18,-11,-14,  5, 15,  1,-29, -9,-11;
/M: SY='L';  M=-11, -9,-20,-15,-17,  9,-22, -6,  5,-17, 10,  3, -3,-27,-16,-13,-14, -6,  1,-16,  9,-17;
/M: SY='K';  M= -7, -3,-25, -5,  2,-23,-20,-15,-22, 22,-23,-11, -3,  5,  1, 10,  0, 10,-15,-25,-13,  1;
/I:         I=-9; MD=-19;
/M: SY='P';  M= -7,-12,-18,-10, -5,  2,-12,-11, -7, -9, -9, -7,-11, 28,-10,-11, -7, -5,-11, -9, -6, -9; D=-9;
/I:         I=-9; MI=-19; MD=-19; IM=-19; DM=-19;
/M: SY='N';  M= -5, 21,-11, 11,  0,-11,  0,  5,-11,  0,-16,-11, 32,-11,  0,  0,  5,  0,-16,-21,-11,  0; D=-9;
/I:         I=-9; DM=-19;
/M: SY='R';  M= -6, -4,-12, -7, -3, -8,-11, -6, -8,  5, -7, -4, -1, -8,  0, 16,  0,  7, -4,-13, -5, -3; D=-9;
/I:         I=-9; DM=-19;
/M: SY='W';  M=  9,-13,-15,-16,-10, -3, -5,-13, -8, -8, -8, -8,-13,-10, -8,-11, -7, -8, -8, 32,  2, -8; D=-9;
/I:         I=-9; DM=-19;
/M: SY='C';  M= -1, -5, 27, -8, -8,-10, -9,-11,-12,-10,-12,-10, -3,-13, -8,-10,  7,  5, -5,-23,-12, -8; D=-9;
/I:         I=-9; DM=-19;
/M: SY='L';  M= -5,-16,-11,-17,-11,  4,-17,-11, 13,-16, 24, 11,-15,-15,-11,-11,-15, -5,  7,-11,  0,-11; D=-9;
/I:         I=-9; DM=-19;
/M: SY='R';  M=-11, -5,-16, -5,  0,-11,-11,  0,-16, 16,-11, -5,  0,-11,  5, 37, -5, -5,-11,-11, -5,  0; D=-9;
/I:         I=-9; DM=-19;
/M: SY='C';  M= -5, -5, 22, -8, -2,-16,-13, -5,-13, -5,-11, -5, -5,-13,  9, -5, -3, -5,-11,-18,-10,  3; D=-9;
/I:         I=-9; DM=-19;
/M: SY='L';  M=-13,-27,-23,-28,-22, 15,-31, -9, 17,-23, 28, 13,-26,-29,-17,-18,-24, -9,  8, -4, 25,-22;
/M: SY='W';  M=-19,-31,-29,-35,-27, 43,-27,-15, -2,-24,  6, -2,-26,-30,-26,-18,-26,-15, -8, 44, 35,-24;
/M: SY='N';  M= -5, 27,-19, 26,  6,-26, -3, -1,-26, -4,-30,-23, 29,-13,  0, -7, 19,  5,-22,-40,-20,  3;
/M: SY='T';  M= -6,-11,-18,-15,-11,-11,-24,-17, -4,  1, -8, -4, -7,-17, -8,  9,  1, 16,  6,-26, -9,-11;
/M: SY='P';  M=  8,-14,-25,-13, -5,-23,-16,-19,-12,  4,-19,-10,-14, 20, -8, -7, -4, -6, -7,-25,-19, -8;
/M: SY='P';  M= -4,-18,-27,-13, -7,-19,-18,-19, -8,-14,-15,-11,-16, 37,-12,-18, -2, -2, -9,-31,-21,-12;
/M: SY='V';  M= -5,-30,-16,-33,-29,  9,-32,-28, 30,-24, 17, 12,-27,-28,-28,-22,-15, -4, 37,-23, -3,-29;
/M: SY='D';  M= -7,  4,-20,  5,  5,-18,-19,-11, -8, -1,-13, -9,  1,-16, -6, -6, -1, -1,  0,-32,-15,  0;
/M: SY='T';  M= -5, -5,  0, -8,-11,-10,-21,-18, -8,-17,  1, -6, -7,-19,-13,-15,  2, 17, -3,-32,-12,-12;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2024_05 which contains 572'214 sequence entries.

Total number of hits	42 in 42 different sequences
Number of true positive hits	42 in 42 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	0
Number of false negative sequences	0
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	100.00 %

Comments [info]

Taxonomic range [info]	Eukaryotic viruses
Maximum number of repetitions [info]	1
Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	reversed
Author [info]	CJA_Sigrist
Feature key [info]	DOMAIN
Feature description [info]	Nucleic acid-binding
Version [info]	1

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences

42 sequences

R1AB_BC133  (P0C6W1), R1AB_BC279  (P0C6V9), R1AB_BCHK3  (P0C6W2),

R1AB_BCHK4  (P0C6W3), R1AB_BCHK5  (P0C6W4), R1AB_BCHK9  (P0C6W5), 
R1AB_BCRP3  (P0C6W6), R1AB_CVBEN  (P0C6W7), R1AB_CVBLU  (P0C6W8), 
R1AB_CVBM   (P0C6W9), R1AB_CVBQ   (P0C6X0), R1AB_CVHN1  (P0C6X2), 
R1AB_CVHN2  (P0C6X3), R1AB_CVHN5  (P0C6X4), R1AB_CVHOC  (P0C6X6), 
R1AB_CVM2   (P0C6X8), R1AB_CVMA5  (P0C6X9), R1AB_CVMJH  (P0C6Y0), 
R1AB_MERS1  (K9N7C7), R1AB_SARS   (P0C6X7), R1AB_SARS2  (P0DTD1), 
R1A_BC133   (P0C6F7), R1A_BC279   (P0C6F5), R1A_BCHK3   (P0C6F8), 
R1A_BCHK4   (P0C6T4), R1A_BCHK5   (P0C6T5), R1A_BCHK9   (P0C6T6), 
R1A_BCRP3   (P0C6T7), R1A_CVBEN   (P0C6T8), R1A_CVBLU   (P0C6T9), 
R1A_CVBM(P0C6U0), R1A_CVBQ(P0C6U1), R1A_CVHN1   (P0C6U3), 
R1A_CVHN2   (P0C6U4), R1A_CVHN5   (P0C6U5), R1A_CVHOC   (P0C6U7), 
R1A_CVM2(P0C6U9), R1A_CVMA5   (P0C6V0), R1A_CVMJH   (P0C6V1), 
R1A_MERS1   (K9N638), R1A_SARS(P0C6U8), R1A_SARS2   (P0DTC1)

» more

Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits:
[Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color]
[Clustal format, plain text] [Fasta format]
Retrieve the sequence logo from the alignment

PDB
[Detailed view]

2 PDB

2K87; 7LGO