 |
|
| Entry: PS51946 |
General information about the entry
| Entry name [info] | COV_NSP4C |
| Accession [info] | PS51946 |
| Entry type [info] | MATRIX |
| Date [info] |
10-FEB-2021 CREATED;
10-FEB-2021 DATA UPDATE; 10-FEB-2021 INFO UPDATE. |
| PROSITE Doc. [info] | PDOC51946 |
| Associated ProRule [info] | PRU01291 |
Name and characterization of the entry
| Description [info] | Coronavirus Nsp4 C-terminal (Nsp4C) domain profile. |
| Matrix / Profile [info] |
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=97; /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=92; /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.8368708; R2=0.0128708; TEXT='-LogE'; /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=712; N_SCORE=11.0; MODE=1; TEXT='!'; /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=363; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?'; /DEFAULT: M0=-8; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; ... A B C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y Z /I: B1=0; BI=-105; BD=-105; /M: SY='L'; M= -8,-30,-20,-32,-24, 6,-32,-24, 28,-28, 35, 18,-28,-28,-22,-22,-24, -8, 23,-22, -2,-24; /M: SY='F'; M=-14,-22,-24,-27,-24, 30, -9, -6, -3,-19, 2, 10,-16,-26,-20,-15,-16,-12, -6, 2, 23,-21; /M: SY='E'; M=-13, 8,-24, 12, 17, -4,-20, -8,-22, -5,-14,-16, 0,-11, -4, -9, -1, 1,-18,-23, -7, 8; /M: SY='G'; M= -4, 5,-28, 2, 0,-28, 37, -9,-34,-10,-28,-20, 14,-16, -8,-12, 2,-14,-30,-26,-26, -4; /M: SY='D'; M= -9, 19,-24, 21, -3,-26, 7, -8,-22, -8,-22,-18, 15,-18,-10,-12, 0, -8,-15,-34,-20, -7; /M: SY='K'; M=-10, -6,-25, -4, 11,-21,-22,-10,-16, 21,-17, -8, -7,-14, 3, 19, -8, -8, -6,-25,-12, 6; /M: SY='F'; M=-10,-18,-16,-26,-20, 41,-22,-18, -6,-22, -2, -6,-10,-22,-26,-16, 0, 9, -2, -9, 11,-20; /M: SY='V'; M=-10,-15,-19,-15,-21, 11,-28,-22, 13,-20, 4, 2,-17,-25,-25,-20,-12, -6, 20,-21, -1,-22; /M: SY='G'; M= 2, -8,-25, -8,-15,-28, 54,-18,-35,-18,-30,-20, 2,-18,-15,-18, 9,-11,-25,-25,-28,-15; /M: SY='T'; M= 0, 9,-12, -1, -6,-14,-12,-11,-14, -8,-18,-14, 16,-12, -6, -8, 21, 33, -9,-34,-14, -6; /M: SY='F'; M=-20,-28,-22,-35,-28, 69,-30,-11, 0,-25, 8, 0,-20,-30,-33,-18,-20,-10, -2, 15, 41,-28; /M: SY='E'; M=-12, 19,-30, 31, 51,-32,-18, 0,-32, 8,-22,-22, 5, -2, 15, -2, 0,-10,-30,-32,-20, 33; /M: SY='E'; M= -3, -3,-21, 1, 20,-17,-15, -8,-15, -6, -7,-11, -3,-10, 4, -8, 7, 1,-14,-31,-15, 12; /M: SY='A'; M= 39,-12,-12,-22,-12,-16, -4,-16, -4,-10, -4, 3,-12,-12, -8,-18, 4, -2, 2,-20,-16,-10; /M: SY='A'; M= 50,-10,-10,-20,-10,-20, 0,-20,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-20, 10, 0, 0,-20,-20,-10; /M: SY='L'; M= 0,-18,-21,-21,-11, -6,-21,-14, 3, -5, 16, 16,-18,-20, -8, -7,-17, -8, 1,-20, -6,-10; /M: SY='G'; M= 0, -8, 12,-12,-16,-22, 14,-20,-27,-18,-24,-18, -2,-20,-16,-18, 11, 5,-15,-33,-24,-16; /M: SY='T'; M= 0, 0,-10,-10,-10,-10,-20,-20,-10,-10,-10,-10, 0,-10,-10,-10, 20, 50, 0,-30,-10,-10; /M: SY='F'; M=-20,-30,-20,-40,-30, 80,-30,-20, 0,-30, 10, 0,-20,-30,-40,-20,-20,-10, 0, 10, 30,-30; /M: SY='V'; M= -4,-28,-14,-30,-26, 2,-28,-22, 26,-20, 21, 22,-28,-28,-22,-18,-16, -4, 33,-26, -6,-24; /M: SY='I'; M=-10,-30,-26,-36,-26, 4,-36,-26, 38,-30, 32, 20,-24,-24,-20,-26,-24,-10, 22,-20, 0,-26; /M: SY='D'; M=-14, 24,-24, 25, 5,-25,-12, -2,-27, 5,-24,-19, 21,-15, 0, 11, 4, 4,-22,-34,-16, 2; /M: SY='K'; M= -8, -9,-26,-13, -8,-19, 1, -9,-15, 13,-12, 12, -7,-16, 0, 4,-11,-12,-12,-20,-11, -4; /M: SY='E'; M= -9, 1,-25, 5, 25,-24,-15, -2,-28, 12,-22,-16, 2, -9, 12, 22, 6, -3,-22,-29,-16, 17; /M: SY='S'; M= 1, -2,-17, -2, 9,-18, -9, -5,-13, -5,-16, -2, 1,-10, 5, -8, 17, 6,-10,-33,-15, 7; /M: SY='Y'; M=-20,-22,-28,-25,-22, 41,-30, 11, 0,-15, 2, 0,-20,-30,-17,-12,-20,-10, -8, 25, 69,-22; /M: SY='C'; M= -8,-14, 5,-12, 4,-12,-26,-17, -5,-14, 3, -4,-17,-21,-10,-15,-11, -8, 1,-32,-15, -3; /M: SY='K'; M=-10, -2,-26, -4, 5,-25,-20,-10,-26, 35,-25,-10, 0,-12, 6, 29, -4, 1,-16,-22,-10, 5; /M: SY='L'; M=-10,-30,-20,-30,-20, 10,-30,-20, 20,-30, 50, 20,-30,-30,-20,-20,-30,-10, 10,-20, 0,-20; /M: SY='R'; M= -8,-13,-22,-17,-11,-13,-25,-17, -1, 5, -7, -1, -9,-18, -7, 11, -5, 6, 6,-24, -8,-11; /M: SY='N'; M= -5, 31,-18, 15, 0,-20, 0, 5,-20, -2,-30,-20, 49,-18, 0, -2, 17, 5,-25,-40,-20, 0; /M: SY='E'; M= -1, 5,-19, 7, 26,-23,-12, -7,-23, -1,-22,-18, 4, -5, 7, -5, 18, 11,-17,-34,-18, 17; /I: I=-13; MI=0; MD=-27; IM=0; DM=-27; /M: SY='I'; M= -4,-18,-13,-21,-17, 0,-23,-19, 17,-17, 15, 8,-16,-18,-15,-15, -8, 5, 17,-19, -4,-17; D=-13; /I: I=-13; DM=-27; /M: SY='S'; M= 1,-11,-21,-11, -7,-18,-14,-17, -4,-15,-19,-11, -4, 10, -7,-17, 15, 6, -5,-33,-18, -9; /M: SY='L'; M=-10, -9,-28, -3, -9,-15, -2,-16,-12,-19, 3, -5,-12, -4,-15,-18,-14,-12,-13,-25,-16,-13; /M: SY='D'; M=-10, 17,-22, 25, 10,-24,-18,-10,-18, -4,-16,-16, 3,-12, -5,-10, 3, 5, -8,-34,-16, 3; /M: SY='K'; M= 0, -4,-26, -6, 7,-29,-16, -6,-24, 26,-22, -8, -2,-12, 18, 23, -4, -8,-18,-20,-12, 11; /M: SY='F'; M=-16,-28,-24,-34,-26, 42,-32,-13, 13,-25, 16, 7,-22,-28,-26,-20,-22,-10, 5, 4, 31,-26; /M: SY='N'; M=-10, 19,-26, 13, 17,-26,-12, 1,-26, 20,-28,-16, 25,-12, 8, 11, 1, -6,-26,-31,-16, 13; /M: SY='R'; M= 3, 0,-20, -5, -2,-20, -8, -5,-22, 8,-21,-14, 10,-16, 2, 23, 7, 0,-15,-27,-16, -2; /M: SY='Y'; M=-20,-20,-30,-20,-20, 30,-30, 20, 0,-10, 0, 0,-20,-30,-10,-10,-20,-10,-10, 30, 80,-20; /M: SY='L'; M= 11,-23,-16,-26,-16, -1,-19,-20, 9,-23, 29, 9,-23,-23,-16,-20,-16, -6, 6,-20, -7,-16; /M: SY='S'; M= 22, 4,-12, -4, -4,-20, 0,-10,-16, -8,-22,-16, 11,-12, -4,-12, 23, 8,-10,-32,-20, -4; /M: SY='A'; M= 11,-15,-14,-17,-11, -8,-12,-16, -1,-18, 8, -1,-11,-18,-11,-16, 4, 3, 1,-27,-12,-11; /M: SY='Y'; M=-20,-22,-28,-24,-22, 39,-30, 13, 0,-14, 2, 0,-20,-30,-16,-12,-20,-10, -8, 26, 71,-22; /M: SY='N'; M= 4, 29,-18, 11, -2,-20, 0, 3,-18, -2,-25,-18, 44,-18, -2, -5, 10, 0,-23,-35,-20, -2; /M: SY='K'; M=-12, -2,-30, -2, 8,-28,-20, -8,-30, 45,-28,-10, 0,-12, 10, 39,-10,-10,-20,-20,-10, 8; /M: SY='Y'; M=-18,-22,-28,-22,-20, 25,-30, 11, 5,-15, 11, 5,-22,-30,-12,-12,-22,-10, -5, 19, 62,-20; /M: SY='K'; M=-12, -2,-30, -2, 8,-28,-20, -8,-30, 46,-28,-10, 0,-12, 10, 38,-10,-10,-20,-20,-10, 8; /M: SY='Y'; M=-20,-20,-30,-20,-20, 30,-30, 20, 0,-10, 0, 0,-20,-30,-10,-10,-20,-10,-10, 30, 80,-20; /M: SY='Y'; M=-20,-24,-26,-28,-24, 51,-30, 3, 0,-18, 4, 0,-20,-30,-22,-14,-20,-10, -6, 22, 59,-24; /M: SY='S'; M= 8, 0,-10, -2, -2,-18, -4,-12,-18,-10,-26,-18, 8,-10, -2,-10, 36, 26, -8,-38,-18, -2; /M: SY='G'; M= 0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20, 0,-20,-20,-20, 0,-20,-30,-20,-30,-20; /M: SY='S'; M= 13, -2,-14, -7, -3,-20, -8,-15,-17, 1,-21,-14, 1,-10, -3, -5, 19, 17, -7,-29,-16, -3; /M: SY='M'; M= 2,-18,-21,-24,-18, -8, 2,-12, 1,-17, 10, 21,-16,-21,-11,-16,-13,-11, -1,-20,-10,-15; /M: SY='D'; M= -4, 19,-22, 27, 5,-30, 9, -8,-32, -8,-30,-24, 12,-12, -4,-12, 16, 0,-22,-36,-22, 0; /M: SY='E'; M= -6, 6,-22, 8, 31,-22,-20, -8,-22, 2,-16,-16, 0, -4, 8, -4, 8, 15,-18,-30,-16, 19; /M: SY='A'; M= 25, -5,-15,-13, -3,-22, -9,-13,-12, -5,-12, -8, -5,-10, 6,-11, 10, 9, -7,-22,-15, 1; /M: SY='D'; M= 0, 27,-22, 37, 10,-32, -6, -6,-30, -4,-26,-24, 12,-10, -2,-12, 11, -1,-20,-36,-20, 4; /M: SY='Y'; M=-20,-20,-30,-20,-20, 30,-30, 20, 0,-10, 0, 0,-20,-30,-10,-10,-20,-10,-10, 30, 80,-20; /M: SY='R'; M=-18,-15,-28,-15, -5,-13,-22, -5,-19, 16, -4, -3, -7,-22, 3, 49,-15,-10,-13,-20, -8, -5; /M: SY='E'; M=-10, -3, -3, -2, 21,-25,-22, -3,-18, 0,-13, -1, -7,-13, 17, -5, -5,-10,-19,-29,-16, 19; /M: SY='A'; M= 50,-10,-10,-20,-10,-20, 0,-20,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-20, 10, 0, 0,-20,-20,-10; /M: SY='C'; M= 15,-16, 66,-26,-22,-20,-18,-26,-22,-22,-16,-16,-16,-28,-22,-26, -2, -6, -6,-38,-26,-22; /M: SY='C'; M=-16,-18, 32,-22,-20, -2,-28, -5,-19, -9,-13,-11,-15,-32,-14, 0,-14,-10,-12,-15, 14,-20; /M: SY='A'; M= 29,-10, 19,-18,-13,-20, -7,-20,-16,-15,-16,-14, -8,-17,-13,-20, 11, 2, -4,-31,-22,-13; /M: SY='H'; M=-18, -9,-35, -9, -3,-17,-20, 53,-26, -8,-20, -5, -3,-20, 13, -3,-15,-20,-30, 13, 17, 3; /M: SY='L'; M=-10,-30,-20,-30,-20, 10,-30,-20, 20,-30, 50, 20,-30,-30,-20,-20,-30,-10, 10,-20, 0,-20; /M: SY='A'; M= 41,-10,-14,-18,-12,-22, 13,-20,-16,-12,-14,-12, -8,-12,-12,-20, 8, -4, -6,-20,-22,-12; /M: SY='K'; M=-12, -5,-30, -5, 3,-16,-22, -3,-23, 36,-23, -8, -5,-15, 5, 21,-12,-10,-18, -9, 11, 3; /M: SY='A'; M= 50,-10,-10,-20,-10,-20, 0,-20,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-20, 10, 0, 0,-20,-20,-10; /M: SY='L'; M=-10,-26,-20,-30,-20, 6,-26,-13, 20,-23, 39, 34,-26,-26,-13,-16,-26,-10, 10,-20, 0,-16; /M: SY='B'; M=-12, 14,-24, 14, 9,-18,-15, -1,-12, -5, -5, -1, 9,-16, 0, -8, -6, -8,-16,-31,-13, 5; /M: SY='D'; M=-14, 29,-26, 39, 14,-34,-14, -2,-30, 0,-24,-19, 12,-10, 12, -5, 4, 1,-24,-34,-16, 13; /M: SY='Y'; M=-20,-24,-26,-28,-24, 51,-30, 3, 0,-18, 4, 0,-20,-30,-22,-14,-20,-10, -6, 22, 59,-24; /M: SY='S'; M= 6, 4,-16, -2, -2,-20, -5, -6,-21, 1,-24,-16, 14,-14, 1, 9, 18, 6,-14,-32,-18, -2; /I: I=-15; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32; /M: SY='N'; M= -8, 20,-20, 7, -4,-18, -9, -1,-12, 5,-23,-13, 33,-20, -4, 1, 3, -2,-13,-35,-16, -4; /M: SY='S'; M= 1, 16,-15, 16, 3,-23, -2, -5,-23, -6,-30,-22, 21,-12, 0, -8, 28, 11,-17,-40,-20, 2; /M: SY='G'; M= -7, -8,-30, -8,-13,-26, 38, 4,-36, -9,-26,-15, 2,-20, -9, 0, -4,-18,-28,-22,-18,-13; /M: SY='N'; M= 6, 13,-15, -1, -9,-15, -7, -6, -6, -7,-16,-11, 23,-20, -9, -9, 5, 0, -5,-33,-18, -9; /M: SY='D'; M=-18, 41,-30, 59, 29,-38,-12, 0,-38, 2,-28,-28, 15, -8, 5, -8, 0,-10,-30,-38,-20, 17; /M: SY='I'; M= -6,-26,-18,-32,-26, 0,-29,-19, 31,-19, 16, 30,-24,-24,-17,-19,-16, -6, 31,-24, -4,-23; /M: SY='L'; M= -8,-30,-18,-30,-22, 8,-30,-22, 22,-28, 41, 18,-30,-30,-22,-20,-25, -8, 19,-22, -2,-22; /M: SY='Y'; M=-20,-20,-30,-20,-20, 30,-30, 20, 0,-10, 0, 0,-20,-30,-10,-10,-20,-10,-10, 30, 80,-20; /M: SY='Q'; M= -2, 0,-18, -4, 4,-24,-17, -6,-16, -2,-18, -8, 2,-10, 21, -2, 15, 20,-14,-28,-12, 13; /M: SY='P'; M=-10,-20,-40,-10, 0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10; /M: SY='P'; M=-10,-20,-40,-10, 0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10; /M: SY='T'; M= -7, -2,-19, -8, -1,-19,-20, -9,-17, 4,-15, -8, 0,-12, 10, 13, 9, 23,-11,-25,-10, 4; /M: SY='V'; M= 3,-17,-18,-23,-19, 1,-24,-14, 10,-15, 1, 1,-15,-20,-15,-17, -3, 7, 12,-13, 10,-19; /M: SY='S'; M= 10, 0,-10, 0, 0,-20, 0,-10,-20,-10,-30,-20, 10,-10, 0,-10, 40, 20,-10,-40,-20, 0; /M: SY='I'; M= -8,-28,-22,-33,-28, 5,-35,-22, 34,-23, 13, 13,-24,-25,-22,-23,-16, -6, 31,-15, 10,-28; /M: SY='N'; M= -4, 12,-18, 1, -9,-18, 8, -9,-20, -9,-22,-16, 21,-16, -9, -9, 12, 16,-18,-31,-18, -9; /I: I=-15; MD=-32; /M: SY='T'; M= 2, -7, -6, -9, -9, -6,-11,-13, 0, -9, -6, -4, -5,-11, -9, -9, 11, 14, 9,-22, -9, -9; D=-15; /I: I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32; /M: SY='S'; M= 19, -2,-10, -5, -2,-20, 0,-12,-18,-10,-25,-18, 5,-10, -2,-12, 33, 15, -8,-35,-20, -2; /M: SY='T'; M= -8,-15,-16,-20,-16, 7,-24,-18, -4, -7, -4, -4,-11,-21,-16, 4, -1, 14, 7,-20, -2,-16; /M: SY='L'; M=-10,-30,-20,-30,-20, 10,-30,-20, 20,-30, 50, 20,-30,-30,-20,-20,-30,-10, 10,-20, 0,-20; /M: SY='Q'; M=-10, 0,-30, 0, 20,-40,-20, 10,-20, 10,-20, 0, 0,-10, 60, 10, 0,-10,-30,-20,-10, 40; /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;» more |
Numerical results [info]
| Total number of hits | 59 in 59 different sequences |
| Number of true positive hits | 59 in 59 different sequences |
| Number of 'unknown' hits | 0 |
| Number of false positive hits | 0 |
| Number of false negative sequences | 0 |
| Number of 'partial' sequences | 0 |
| Precision (true positives / (true positives + false positives)) | 100.00 % |
| Recall (true positives / (true positives + false negatives)) | 100.00 % |
Comments [info]
| Matrix type [info] | protein_domain |
| Scaling database [info] | reversed |
| Author [info] | CJA_Sigrist |
| Taxonomic range [info] | Eukaryotic viruses |
| Maximum number of repetitions [info] | 1 |
| Feature key [info] | DOMAIN |
| Feature description [info] | Nsp4C |
| Version [info] | 1 |
Cross-references [info]
| UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences |
59 sequences
R1AB_BC133 (P0C6W1 ), R1AB_BC279 (P0C6V9 ), R1AB_BC512 (P0C6W0 ), R1AB_BCHK3 (P0C6W2 ), R1AB_BCHK4 (P0C6W3 ), R1AB_BCHK5 (P0C6W4 ), R1AB_BCHK9 (P0C6W5 ), R1AB_BCRP3 (P0C6W6 ), R1AB_CVBEN (P0C6W7 ), R1AB_CVBLU (P0C6W8 ), R1AB_CVBM (P0C6W9 ), R1AB_CVBQ (P0C6X0 ), R1AB_CVH22 (P0C6X1 ), R1AB_CVHN1 (P0C6X2 ), R1AB_CVHN2 (P0C6X3 ), R1AB_CVHN5 (P0C6X4 ), R1AB_CVHNL (P0C6X5 ), R1AB_CVHOC (P0C6X6 ), R1AB_CVM2 (P0C6X8 ), R1AB_CVMA5 (P0C6X9 ), R1AB_CVMJH (P0C6Y0 ), R1AB_CVPPU (P0C6Y5 ), R1AB_FIPV (Q98VG9 ), R1AB_IBVB (P0C6Y1 ), R1AB_IBVBC (P0C6Y2 ), R1AB_IBVM (P0C6Y3 ), R1AB_MERS1 (K9N7C7 ), R1AB_PEDV7 (P0C6Y4 ), R1AB_SARS (P0C6X7 ), R1AB_SARS2 (P0DTD1 ), R1A_BC133 (P0C6F7 ), R1A_BC279 (P0C6F5 ), R1A_BC512 (P0C6F6 ), R1A_BCHK3 (P0C6F8 ), R1A_BCHK4 (P0C6T4 ), R1A_BCHK5 (P0C6T5 ), R1A_BCHK9 (P0C6T6 ), R1A_BCRP3 (P0C6T7 ), R1A_CVBEN (P0C6T8 ), R1A_CVBLU (P0C6T9 ), R1A_CVBM (P0C6U0 ), R1A_CVBQ (P0C6U1 ), R1A_CVH22 (P0C6U2 ), R1A_CVHN1 (P0C6U3 ), R1A_CVHN2 (P0C6U4 ), R1A_CVHN5 (P0C6U5 ), R1A_CVHNL (P0C6U6 ), R1A_CVHOC (P0C6U7 ), R1A_CVM2 (P0C6U9 ), R1A_CVMA5 (P0C6V0 ), R1A_CVMJH (P0C6V1 ), R1A_CVPPU (P0C6V2 ), R1A_IBVB (P0C6V3 ), R1A_IBVBC (P0C6V4 ), R1A_IBVM (P0C6V5 ), R1A_MERS1 (K9N638 ), R1A_PEDV7 (P0C6V6 ), R1A_SARS (P0C6U8 ), R1A_SARS2 (P0DTC1 )» more
|
| PDB [Detailed view] |
3 PDB
3GZF; 3VC8; 3VCB |
View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission