PROSITE entry PS51946

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

Entry name [info]	COV_NSP4C
Accession [info]	PS51946
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	10-FEB-2021 CREATED; 10-FEB-2021 DATA UPDATE; 27-MAR-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC51946
Associated ProRule [info]	PRU01291

Name and characterization of the entry

Description [info]

Coronavirus Nsp4 C-terminal (Nsp4C) domain profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=97;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=92;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.8368708; R2=0.0128708; TEXT='-LogE';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=712; N_SCORE=11.0; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=363; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='L';  M= -8,-30,-20,-32,-24,  6,-32,-24, 28,-28, 35, 18,-28,-28,-22,-22,-24, -8, 23,-22, -2,-24;
/M: SY='F';  M=-14,-22,-24,-27,-24, 30, -9, -6, -3,-19,  2, 10,-16,-26,-20,-15,-16,-12, -6,  2, 23,-21;
/M: SY='E';  M=-13,  8,-24, 12, 17, -4,-20, -8,-22, -5,-14,-16,  0,-11, -4, -9, -1,  1,-18,-23, -7,  8;
/M: SY='G';  M= -4,  5,-28,  2,  0,-28, 37, -9,-34,-10,-28,-20, 14,-16, -8,-12,  2,-14,-30,-26,-26, -4;
/M: SY='D';  M= -9, 19,-24, 21, -3,-26,  7, -8,-22, -8,-22,-18, 15,-18,-10,-12,  0, -8,-15,-34,-20, -7;
/M: SY='K';  M=-10, -6,-25, -4, 11,-21,-22,-10,-16, 21,-17, -8, -7,-14,  3, 19, -8, -8, -6,-25,-12,  6;
/M: SY='F';  M=-10,-18,-16,-26,-20, 41,-22,-18, -6,-22, -2, -6,-10,-22,-26,-16,  0,  9, -2, -9, 11,-20;
/M: SY='V';  M=-10,-15,-19,-15,-21, 11,-28,-22, 13,-20,  4,  2,-17,-25,-25,-20,-12, -6, 20,-21, -1,-22;
/M: SY='G';  M=  2, -8,-25, -8,-15,-28, 54,-18,-35,-18,-30,-20,  2,-18,-15,-18,  9,-11,-25,-25,-28,-15;
/M: SY='T';  M=  0,  9,-12, -1, -6,-14,-12,-11,-14, -8,-18,-14, 16,-12, -6, -8, 21, 33, -9,-34,-14, -6;
/M: SY='F';  M=-20,-28,-22,-35,-28, 69,-30,-11,  0,-25,  8,  0,-20,-30,-33,-18,-20,-10, -2, 15, 41,-28;
/M: SY='E';  M=-12, 19,-30, 31, 51,-32,-18,  0,-32,  8,-22,-22,  5, -2, 15, -2,  0,-10,-30,-32,-20, 33;
/M: SY='E';  M= -3, -3,-21,  1, 20,-17,-15, -8,-15, -6, -7,-11, -3,-10,  4, -8,  7,  1,-14,-31,-15, 12;
/M: SY='A';  M= 39,-12,-12,-22,-12,-16, -4,-16, -4,-10, -4,  3,-12,-12, -8,-18,  4, -2,  2,-20,-16,-10;
/M: SY='A';  M= 50,-10,-10,-20,-10,-20,  0,-20,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-20, 10,  0,  0,-20,-20,-10;
/M: SY='L';  M=  0,-18,-21,-21,-11, -6,-21,-14,  3, -5, 16, 16,-18,-20, -8, -7,-17, -8,  1,-20, -6,-10;
/M: SY='G';  M=  0, -8, 12,-12,-16,-22, 14,-20,-27,-18,-24,-18, -2,-20,-16,-18, 11,  5,-15,-33,-24,-16;
/M: SY='T';  M=  0,  0,-10,-10,-10,-10,-20,-20,-10,-10,-10,-10,  0,-10,-10,-10, 20, 50,  0,-30,-10,-10;
/M: SY='F';  M=-20,-30,-20,-40,-30, 80,-30,-20,  0,-30, 10,  0,-20,-30,-40,-20,-20,-10,  0, 10, 30,-30;
/M: SY='V';  M= -4,-28,-14,-30,-26,  2,-28,-22, 26,-20, 21, 22,-28,-28,-22,-18,-16, -4, 33,-26, -6,-24;
/M: SY='I';  M=-10,-30,-26,-36,-26,  4,-36,-26, 38,-30, 32, 20,-24,-24,-20,-26,-24,-10, 22,-20,  0,-26;
/M: SY='D';  M=-14, 24,-24, 25,  5,-25,-12, -2,-27,  5,-24,-19, 21,-15,  0, 11,  4,  4,-22,-34,-16,  2;
/M: SY='K';  M= -8, -9,-26,-13, -8,-19,  1, -9,-15, 13,-12, 12, -7,-16,  0,  4,-11,-12,-12,-20,-11, -4;
/M: SY='E';  M= -9,  1,-25,  5, 25,-24,-15, -2,-28, 12,-22,-16,  2, -9, 12, 22,  6, -3,-22,-29,-16, 17;
/M: SY='S';  M=  1, -2,-17, -2,  9,-18, -9, -5,-13, -5,-16, -2,  1,-10,  5, -8, 17,  6,-10,-33,-15,  7;
/M: SY='Y';  M=-20,-22,-28,-25,-22, 41,-30, 11,  0,-15,  2,  0,-20,-30,-17,-12,-20,-10, -8, 25, 69,-22;
/M: SY='C';  M= -8,-14,  5,-12,  4,-12,-26,-17, -5,-14,  3, -4,-17,-21,-10,-15,-11, -8,  1,-32,-15, -3;
/M: SY='K';  M=-10, -2,-26, -4,  5,-25,-20,-10,-26, 35,-25,-10,  0,-12,  6, 29, -4,  1,-16,-22,-10,  5;
/M: SY='L';  M=-10,-30,-20,-30,-20, 10,-30,-20, 20,-30, 50, 20,-30,-30,-20,-20,-30,-10, 10,-20,  0,-20;
/M: SY='R';  M= -8,-13,-22,-17,-11,-13,-25,-17, -1,  5, -7, -1, -9,-18, -7, 11, -5,  6,  6,-24, -8,-11;
/M: SY='N';  M= -5, 31,-18, 15,  0,-20,  0,  5,-20, -2,-30,-20, 49,-18,  0, -2, 17,  5,-25,-40,-20,  0;
/M: SY='E';  M= -1,  5,-19,  7, 26,-23,-12, -7,-23, -1,-22,-18,  4, -5,  7, -5, 18, 11,-17,-34,-18, 17;
/I:         I=-13; MI=0; MD=-27; IM=0; DM=-27;
/M: SY='I';  M= -4,-18,-13,-21,-17,  0,-23,-19, 17,-17, 15,  8,-16,-18,-15,-15, -8,  5, 17,-19, -4,-17; D=-13;
/I:         I=-13; DM=-27;
/M: SY='S';  M=  1,-11,-21,-11, -7,-18,-14,-17, -4,-15,-19,-11, -4, 10, -7,-17, 15,  6, -5,-33,-18, -9;
/M: SY='L';  M=-10, -9,-28, -3, -9,-15, -2,-16,-12,-19,  3, -5,-12, -4,-15,-18,-14,-12,-13,-25,-16,-13;
/M: SY='D';  M=-10, 17,-22, 25, 10,-24,-18,-10,-18, -4,-16,-16,  3,-12, -5,-10,  3,  5, -8,-34,-16,  3;
/M: SY='K';  M=  0, -4,-26, -6,  7,-29,-16, -6,-24, 26,-22, -8, -2,-12, 18, 23, -4, -8,-18,-20,-12, 11;
/M: SY='F';  M=-16,-28,-24,-34,-26, 42,-32,-13, 13,-25, 16,  7,-22,-28,-26,-20,-22,-10,  5,  4, 31,-26;
/M: SY='N';  M=-10, 19,-26, 13, 17,-26,-12,  1,-26, 20,-28,-16, 25,-12,  8, 11,  1, -6,-26,-31,-16, 13;
/M: SY='R';  M=  3,  0,-20, -5, -2,-20, -8, -5,-22,  8,-21,-14, 10,-16,  2, 23,  7,  0,-15,-27,-16, -2;
/M: SY='Y';  M=-20,-20,-30,-20,-20, 30,-30, 20,  0,-10,  0,  0,-20,-30,-10,-10,-20,-10,-10, 30, 80,-20;
/M: SY='L';  M= 11,-23,-16,-26,-16, -1,-19,-20,  9,-23, 29,  9,-23,-23,-16,-20,-16, -6,  6,-20, -7,-16;
/M: SY='S';  M= 22,  4,-12, -4, -4,-20,  0,-10,-16, -8,-22,-16, 11,-12, -4,-12, 23,  8,-10,-32,-20, -4;
/M: SY='A';  M= 11,-15,-14,-17,-11, -8,-12,-16, -1,-18,  8, -1,-11,-18,-11,-16,  4,  3,  1,-27,-12,-11;
/M: SY='Y';  M=-20,-22,-28,-24,-22, 39,-30, 13,  0,-14,  2,  0,-20,-30,-16,-12,-20,-10, -8, 26, 71,-22;
/M: SY='N';  M=  4, 29,-18, 11, -2,-20,  0,  3,-18, -2,-25,-18, 44,-18, -2, -5, 10,  0,-23,-35,-20, -2;
/M: SY='K';  M=-12, -2,-30, -2,  8,-28,-20, -8,-30, 45,-28,-10,  0,-12, 10, 39,-10,-10,-20,-20,-10,  8;
/M: SY='Y';  M=-18,-22,-28,-22,-20, 25,-30, 11,  5,-15, 11,  5,-22,-30,-12,-12,-22,-10, -5, 19, 62,-20;
/M: SY='K';  M=-12, -2,-30, -2,  8,-28,-20, -8,-30, 46,-28,-10,  0,-12, 10, 38,-10,-10,-20,-20,-10,  8;
/M: SY='Y';  M=-20,-20,-30,-20,-20, 30,-30, 20,  0,-10,  0,  0,-20,-30,-10,-10,-20,-10,-10, 30, 80,-20;
/M: SY='Y';  M=-20,-24,-26,-28,-24, 51,-30,  3,  0,-18,  4,  0,-20,-30,-22,-14,-20,-10, -6, 22, 59,-24;
/M: SY='S';  M=  8,  0,-10, -2, -2,-18, -4,-12,-18,-10,-26,-18,  8,-10, -2,-10, 36, 26, -8,-38,-18, -2;
/M: SY='G';  M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='S';  M= 13, -2,-14, -7, -3,-20, -8,-15,-17,  1,-21,-14,  1,-10, -3, -5, 19, 17, -7,-29,-16, -3;
/M: SY='M';  M=  2,-18,-21,-24,-18, -8,  2,-12,  1,-17, 10, 21,-16,-21,-11,-16,-13,-11, -1,-20,-10,-15;
/M: SY='D';  M= -4, 19,-22, 27,  5,-30,  9, -8,-32, -8,-30,-24, 12,-12, -4,-12, 16,  0,-22,-36,-22,  0;
/M: SY='E';  M= -6,  6,-22,  8, 31,-22,-20, -8,-22,  2,-16,-16,  0, -4,  8, -4,  8, 15,-18,-30,-16, 19;
/M: SY='A';  M= 25, -5,-15,-13, -3,-22, -9,-13,-12, -5,-12, -8, -5,-10,  6,-11, 10,  9, -7,-22,-15,  1;
/M: SY='D';  M=  0, 27,-22, 37, 10,-32, -6, -6,-30, -4,-26,-24, 12,-10, -2,-12, 11, -1,-20,-36,-20,  4;
/M: SY='Y';  M=-20,-20,-30,-20,-20, 30,-30, 20,  0,-10,  0,  0,-20,-30,-10,-10,-20,-10,-10, 30, 80,-20;
/M: SY='R';  M=-18,-15,-28,-15, -5,-13,-22, -5,-19, 16, -4, -3, -7,-22,  3, 49,-15,-10,-13,-20, -8, -5;
/M: SY='E';  M=-10, -3, -3, -2, 21,-25,-22, -3,-18,  0,-13, -1, -7,-13, 17, -5, -5,-10,-19,-29,-16, 19;
/M: SY='A';  M= 50,-10,-10,-20,-10,-20,  0,-20,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-20, 10,  0,  0,-20,-20,-10;
/M: SY='C';  M= 15,-16, 66,-26,-22,-20,-18,-26,-22,-22,-16,-16,-16,-28,-22,-26, -2, -6, -6,-38,-26,-22;
/M: SY='C';  M=-16,-18, 32,-22,-20, -2,-28, -5,-19, -9,-13,-11,-15,-32,-14,  0,-14,-10,-12,-15, 14,-20;
/M: SY='A';  M= 29,-10, 19,-18,-13,-20, -7,-20,-16,-15,-16,-14, -8,-17,-13,-20, 11,  2, -4,-31,-22,-13;
/M: SY='H';  M=-18, -9,-35, -9, -3,-17,-20, 53,-26, -8,-20, -5, -3,-20, 13, -3,-15,-20,-30, 13, 17,  3;
/M: SY='L';  M=-10,-30,-20,-30,-20, 10,-30,-20, 20,-30, 50, 20,-30,-30,-20,-20,-30,-10, 10,-20,  0,-20;
/M: SY='A';  M= 41,-10,-14,-18,-12,-22, 13,-20,-16,-12,-14,-12, -8,-12,-12,-20,  8, -4, -6,-20,-22,-12;
/M: SY='K';  M=-12, -5,-30, -5,  3,-16,-22, -3,-23, 36,-23, -8, -5,-15,  5, 21,-12,-10,-18, -9, 11,  3;
/M: SY='A';  M= 50,-10,-10,-20,-10,-20,  0,-20,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-20, 10,  0,  0,-20,-20,-10;
/M: SY='L';  M=-10,-26,-20,-30,-20,  6,-26,-13, 20,-23, 39, 34,-26,-26,-13,-16,-26,-10, 10,-20,  0,-16;
/M: SY='B';  M=-12, 14,-24, 14,  9,-18,-15, -1,-12, -5, -5, -1,  9,-16,  0, -8, -6, -8,-16,-31,-13,  5;
/M: SY='D';  M=-14, 29,-26, 39, 14,-34,-14, -2,-30,  0,-24,-19, 12,-10, 12, -5,  4,  1,-24,-34,-16, 13;
/M: SY='Y';  M=-20,-24,-26,-28,-24, 51,-30,  3,  0,-18,  4,  0,-20,-30,-22,-14,-20,-10, -6, 22, 59,-24;
/M: SY='S';  M=  6,  4,-16, -2, -2,-20, -5, -6,-21,  1,-24,-16, 14,-14,  1,  9, 18,  6,-14,-32,-18, -2;
/I:         I=-15; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='N';  M= -8, 20,-20,  7, -4,-18, -9, -1,-12,  5,-23,-13, 33,-20, -4,  1,  3, -2,-13,-35,-16, -4;
/M: SY='S';  M=  1, 16,-15, 16,  3,-23, -2, -5,-23, -6,-30,-22, 21,-12,  0, -8, 28, 11,-17,-40,-20,  2;
/M: SY='G';  M= -7, -8,-30, -8,-13,-26, 38,  4,-36, -9,-26,-15,  2,-20, -9,  0, -4,-18,-28,-22,-18,-13;
/M: SY='N';  M=  6, 13,-15, -1, -9,-15, -7, -6, -6, -7,-16,-11, 23,-20, -9, -9,  5,  0, -5,-33,-18, -9;
/M: SY='D';  M=-18, 41,-30, 59, 29,-38,-12,  0,-38,  2,-28,-28, 15, -8,  5, -8,  0,-10,-30,-38,-20, 17;
/M: SY='I';  M= -6,-26,-18,-32,-26,  0,-29,-19, 31,-19, 16, 30,-24,-24,-17,-19,-16, -6, 31,-24, -4,-23;
/M: SY='L';  M= -8,-30,-18,-30,-22,  8,-30,-22, 22,-28, 41, 18,-30,-30,-22,-20,-25, -8, 19,-22, -2,-22;
/M: SY='Y';  M=-20,-20,-30,-20,-20, 30,-30, 20,  0,-10,  0,  0,-20,-30,-10,-10,-20,-10,-10, 30, 80,-20;
/M: SY='Q';  M= -2,  0,-18, -4,  4,-24,-17, -6,-16, -2,-18, -8,  2,-10, 21, -2, 15, 20,-14,-28,-12, 13;
/M: SY='P';  M=-10,-20,-40,-10,  0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10;
/M: SY='P';  M=-10,-20,-40,-10,  0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10;
/M: SY='T';  M= -7, -2,-19, -8, -1,-19,-20, -9,-17,  4,-15, -8,  0,-12, 10, 13,  9, 23,-11,-25,-10,  4;
/M: SY='V';  M=  3,-17,-18,-23,-19,  1,-24,-14, 10,-15,  1,  1,-15,-20,-15,-17, -3,  7, 12,-13, 10,-19;
/M: SY='S';  M= 10,  0,-10,  0,  0,-20,  0,-10,-20,-10,-30,-20, 10,-10,  0,-10, 40, 20,-10,-40,-20,  0;
/M: SY='I';  M= -8,-28,-22,-33,-28,  5,-35,-22, 34,-23, 13, 13,-24,-25,-22,-23,-16, -6, 31,-15, 10,-28;
/M: SY='N';  M= -4, 12,-18,  1, -9,-18,  8, -9,-20, -9,-22,-16, 21,-16, -9, -9, 12, 16,-18,-31,-18, -9;
/I:         I=-15; MD=-32;
/M: SY='T';  M=  2, -7, -6, -9, -9, -6,-11,-13,  0, -9, -6, -4, -5,-11, -9, -9, 11, 14,  9,-22, -9, -9; D=-15;
/I:         I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='S';  M= 19, -2,-10, -5, -2,-20,  0,-12,-18,-10,-25,-18,  5,-10, -2,-12, 33, 15, -8,-35,-20, -2;
/M: SY='T';  M= -8,-15,-16,-20,-16,  7,-24,-18, -4, -7, -4, -4,-11,-21,-16,  4, -1, 14,  7,-20, -2,-16;
/M: SY='L';  M=-10,-30,-20,-30,-20, 10,-30,-20, 20,-30, 50, 20,-30,-30,-20,-20,-30,-10, 10,-20,  0,-20;
/M: SY='Q';  M=-10,  0,-30,  0, 20,-40,-20, 10,-20, 10,-20,  0,  0,-10, 60, 10,  0,-10,-30,-20,-10, 40;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2024_02 which contains 571'282 sequence entries.

Total number of hits	59 in 59 different sequences
Number of true positive hits	59 in 59 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	0
Number of false negative sequences	0
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	reversed
Author [info]	CJA_Sigrist
Taxonomic range [info]	Eukaryotic viruses
Maximum number of repetitions [info]	1
Feature key [info]	DOMAIN
Feature description [info]	Nsp4C
Version [info]	1

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences

59 sequences

R1AB_BC133  (P0C6W1), R1AB_BC279  (P0C6V9), R1AB_BC512  (P0C6W0),

R1AB_BCHK3  (P0C6W2), R1AB_BCHK4  (P0C6W3), R1AB_BCHK5  (P0C6W4), 
R1AB_BCHK9  (P0C6W5), R1AB_BCRP3  (P0C6W6), R1AB_CVBEN  (P0C6W7), 
R1AB_CVBLU  (P0C6W8), R1AB_CVBM   (P0C6W9), R1AB_CVBQ   (P0C6X0), 
R1AB_CVH22  (P0C6X1), R1AB_CVHN1  (P0C6X2), R1AB_CVHN2  (P0C6X3), 
R1AB_CVHN5  (P0C6X4), R1AB_CVHNL  (P0C6X5), R1AB_CVHOC  (P0C6X6), 
R1AB_CVM2   (P0C6X8), R1AB_CVMA5  (P0C6X9), R1AB_CVMJH  (P0C6Y0), 
R1AB_CVPPU  (P0C6Y5), R1AB_FIPV   (Q98VG9), R1AB_IBVB   (P0C6Y1), 
R1AB_IBVBC  (P0C6Y2), R1AB_IBVM   (P0C6Y3), R1AB_MERS1  (K9N7C7), 
R1AB_PEDV7  (P0C6Y4), R1AB_SARS   (P0C6X7), R1AB_SARS2  (P0DTD1), 
R1A_BC133   (P0C6F7), R1A_BC279   (P0C6F5), R1A_BC512   (P0C6F6), 
R1A_BCHK3   (P0C6F8), R1A_BCHK4   (P0C6T4), R1A_BCHK5   (P0C6T5), 
R1A_BCHK9   (P0C6T6), R1A_BCRP3   (P0C6T7), R1A_CVBEN   (P0C6T8), 
R1A_CVBLU   (P0C6T9), R1A_CVBM(P0C6U0), R1A_CVBQ(P0C6U1), 
R1A_CVH22   (P0C6U2), R1A_CVHN1   (P0C6U3), R1A_CVHN2   (P0C6U4), 
R1A_CVHN5   (P0C6U5), R1A_CVHNL   (P0C6U6), R1A_CVHOC   (P0C6U7), 
R1A_CVM2(P0C6U9), R1A_CVMA5   (P0C6V0), R1A_CVMJH   (P0C6V1), 
R1A_CVPPU   (P0C6V2), R1A_IBVB(P0C6V3), R1A_IBVBC   (P0C6V4), 
R1A_IBVM(P0C6V5), R1A_MERS1   (K9N638), R1A_PEDV7   (P0C6V6), 
R1A_SARS(P0C6U8), R1A_SARS2   (P0DTC1)

» more

Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits:
[Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color]
[Clustal format, plain text] [Fasta format]
Retrieve the sequence logo from the alignment

PDB
[Detailed view]

3 PDB

3GZF; 3VC8; 3VCB