 |
|
| Entry: PS51957 |
General information about the entry
| Entry name [info] | LID |
| Accession [info] | PS51957 |
| Entry type [info] | MATRIX |
| Date [info] |
10-FEB-2021 CREATED;
10-FEB-2021 DATA UPDATE; 07-APR-2021 INFO UPDATE. |
| PROSITE Doc. [info] | PDOC51957 |
| Associated ProRule [info] | PRU01302 |
Name and characterization of the entry
| Description [info] | LIM interaction domain (LID) domain profile. |
| Matrix / Profile [info] |
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=40; /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=5; N2=36; /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.6648701; R2=0.0148688; TEXT='-LogE'; /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=527; N_SCORE=9.5; MODE=1; TEXT='!'; /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=326; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?'; /DEFAULT: M0=-8; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; ... A B C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y Z /I: B1=0; BI=-105; BD=-105; /M: SY='D'; M=-12, 20,-30, 32, 31,-34, 1, -4,-35, 1,-25,-24, 7, -7, 5, -7, 0,-12,-30,-32,-22, 18; /M: SY='V'; M= -6,-29,-16,-33,-28, 11,-31,-25, 28,-23, 15, 15,-26,-28,-27,-21,-15, -4, 34,-22, -2,-28; /M: SY='M'; M=-11,-19,-22,-23,-10, 1,-24, -4, 12,-13, 22, 33,-20,-21, -4,-12,-20,-10, 3,-17, 4, -7; /M: SY='V'; M= -1,-25,-11,-27,-26, -1,-28,-26, 23,-19, 11, 11,-25,-27,-25,-18, -8, 5, 37,-29, -9,-25; /M: SY='V'; M= 2,-27,-14,-27,-25, -5,-27,-28, 21,-18, 3, 5,-27,-13,-26,-20, -9, -1, 36,-29,-13,-26; /M: SY='G'; M= 2, 2,-24, 5, -4,-30, 27,-11,-31,-10,-27,-18, 4,-14, -2,-13, 9, -8,-24,-27,-23, -3; /M: SY='E'; M=-10, 10,-30, 20, 60,-30,-20, 0,-30, 10,-20,-20, 0, 0, 20, 0, 0,-10,-30,-30,-20, 40; /M: SY='P'; M=-10,-20,-40,-10, 0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10; /M: SY='S'; M= 6, -4,-14, -8, -5,-17,-11,-15,-12, -4,-19,-12, 2,-11, -4, -7, 21, 19, -4,-31,-14, -5; /M: SY='M'; M= -8,-23,-20,-29,-21, 2,-27,-16, 21,-20, 25, 29,-21,-23,-13,-17,-17, -2, 14,-22, -2,-18; /M: SY='M'; M=-10,-22,-20,-30,-20, 2,-22, -3, 20,-13, 25, 53,-22,-22, -3,-12,-22,-10, 10,-20, 0,-12; /M: SY='G'; M= -3, -2,-30, 1, -6,-31, 52,-16,-39,-14,-29,-21, 2,-17,-13,-17, 0,-18,-30,-23,-28,-10; /M: SY='G'; M= -3, -6,-10, -6, -5,-28, 27,-16,-34, -6,-27,-19, -2,-18,-10,-10, 0,-13,-25,-26,-25, -7; /M: SY='E'; M=-10, 14,-25, 17, 26,-19,-10, -3,-26, 0,-21,-19, 9, -9, 4, -6, 3, -4,-24,-29,-16, 15; /I: I=-14; MD=-29; /M: SY='F'; M=-16,-22,-21,-26,-21, 40,-27, -4, 2,-19, 9, 2,-18,-26,-21,-14,-17, -5, -2, 10, 38,-21; D=-14; /I: I=-14; MD=-29; /M: SY='G'; M= -3, -3,-10, -7,-13,-19, 30,-11,-23,-13,-18, -9, 5,-17,-12,-13, -1,-11,-18,-20,-19,-13; D=-14; /I: I=-14; MI=-29; IM=-29; DM=-29; /M: SY='D'; M= -9, 19,-25, 25, 14,-30, -4, -3,-30, 3,-27,-21, 13,-11, 6, 1, 7, -4,-25,-33,-19, 10; /M: SY='E'; M=-11, 18,-29, 24, 38,-31,-10, 1,-30, 5,-24,-20, 11, -6, 14, -2, 1, -9,-30,-32,-20, 26; /M: SY='D'; M=-19, 49,-29, 64, 17,-37, -9, 1,-37, 0,-30,-29, 25,-11, 0, -9, 1, -9,-30,-40,-20, 9; /M: SY='E'; M=-10, 10,-30, 20, 60,-30,-20, 0,-30, 10,-20,-20, 0, 0, 20, 0, 0,-10,-30,-30,-20, 40; /M: SY='R'; M=-19, -9,-30, -9, 2,-22,-20, 1,-29, 28,-20, -9, 0,-19, 15, 64, -9,-10,-21,-20,-10, 4; /M: SY='K'; M= -6, -4,-26, -8, -1,-20,-19, -3,-10, 7,-12, -1, -1, -8, 6, 2, -6, -4,-12,-24, -9, 2; /M: SY='I'; M=-10,-22,-28,-33,-26, -2,-34,-22, 39,-25, 15, 21,-12,-20,-15,-25,-17, -9, 22,-22, -2,-25; /M: SY='T'; M= 0, -4,-16, -8, -6,-13,-16,-11, -6,-10, -3, 3, -5,-14, -1,-10, 6, 15, -4,-28,-10, -4; /M: SY='R'; M=-19,-10,-30,-10, -1,-16,-21, 1,-27, 28,-19, -9, -2,-20, 8, 59,-11,-10,-19,-15, -1, -1; /M: SY='I'; M= -8,-22,-21,-23,-22, -1,-31,-24, 26,-24, 21, 12,-22,-25,-21,-22,-18, -7, 24,-25, -5,-23; /M: SY='E'; M= -9, 6,-29, 15, 49,-28,-20, -3,-28, 7,-20,-19, -2, 8, 15, -3, 1, -5,-28,-30,-20, 31; /M: SY='N'; M=-10, 32,-21, 16, 0,-20, -3, 20,-21, -2,-29,-17, 50,-19, 1, -1, 10, -1,-28,-39,-15, 0; /M: SY='S'; M= 3, -2,-21, -3, 0,-21, 0,-12,-19,-10,-20,-15, 4, 4, -5,-12, 10, 3,-17,-31,-21, -4; /M: SY='Q'; M= -7, 1,-28, 2, 5,-25, -8, 3,-22, -4,-22,-12, 1, 7, 8, -7, -1, -5,-24,-24,-11, 5; /M: SY='F'; M= -4,-15,-20,-22,-17, 24,-19,-11, -4,-18, -5, -6, -8,-16,-19,-16, -4, -3, -5, -7, 14,-18; /M: SY='D'; M= -8, 21,-25, 22, 3,-28, -3, -3,-24, -4,-22,-13, 15, -8, 1, -8, 2, -4,-22,-32,-18, 2; /M: SY='N'; M= -8, -7,-28,-11,-10,-19, -4, -7, -8,-14,-12, -6, 1, -1, -6,-14, -4, -5,-13,-26,-14,-10; /M: SY='N'; M= -5, 5,-21, -1, -3,-16, -7, -4,-11, -7,-20,-12, 15,-11, -2, -9, 7, 0,-13,-29,-11, -3; /M: SY='E'; M= 3, 2,-25, 5, 14,-29, 6, -9,-28, 1,-23,-17, 1, -9, 6, -6, 5, -7,-22,-26,-20, 10; /M: SY='N'; M= -1, -2,-19, -7, -8, -8,-12, -9, -9,-11,-13,-11, 6, -5, -9,-12, 6, 5,-10,-27, -9, -9; /M: SY='N'; M= -2, -1,-23, -5, 0,-21, 3, -7,-17, -5,-12, -5, 4,-16, 3, -7, -1, -8,-17,-26,-16, 1; /M: SY='H'; M= -7, 2,-23, 2, 0,-22, -9, 8,-18, -4,-16, -8, 5,-17, 8, 0, 4, -4,-16,-30,-11, 3; /M: SY='Q'; M= -3, 1,-25, -3, 3,-21,-11, 3,-17, -4,-20, -8, 7, -7, 10, -5, 2, -5,-21,-15,-11, 6; /M: SY='Q'; M=-10, 5,-28, 5, 10,-27,-12, 11,-24, 6,-21, -9, 6,-14, 22, 10, -2,-10,-25,-22, -7, 15; /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;» more |
Numerical results [info]
| Total number of hits | 11 in 11 different sequences |
| Number of true positive hits | 11 in 11 different sequences |
| Number of 'unknown' hits | 0 |
| Number of false positive hits | 0 |
| Number of false negative sequences | 0 |
| Number of 'partial' sequences | 0 |
| Precision (true positives / (true positives + false positives)) | 100.00 % |
| Recall (true positives / (true positives + false negatives)) | 100.00 % |
Comments [info]
| Matrix type [info] | protein_domain |
| Scaling database [info] | reversed |
| Author [info] | CJA_Sigrist |
| Taxonomic range [info] | Eukaryotes |
| Maximum number of repetitions [info] | 1 |
| Feature key [info] | DOMAIN |
| Feature description [info] | LIM interaction domain (LID) |
| Version [info] | 1 |
Cross-references [info]
| UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences |
11 sequences
LDB1A_DANRE (O73715 ), LDB1_CHICK (O42252 ), LDB1_HUMAN (Q86U70 ), LDB1_MOUSE (P70662 ), LDB1_XENLA (P70060 ), LDB1_XENTR (Q6NVL6 ), LDB2_CHICK (Q9W676 ), LDB2_HUMAN (O43679 ), LDB2_MOUSE (O55203 ), LDB2_XENLA (Q1EQW7 ), LIDB1_CAEEL (G5EEL0 )» more
|
| PDB [Detailed view] |
11 PDB
1J2O; 1M3V; 1RUT; 2JTN; 2L6Y; 2L6Z; 2LXD; 2XJY; 2XJZ; 2YPA; 4JCJ |
View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission