Home  |  Contact
Entry: PS51957

General information about the entry

Entry name [info] LID
Accession [info] PS51957
Entry type [info] MATRIX
Date [info] 10-FEB-2021 CREATED;
10-FEB-2021 DATA UPDATE;
10-FEB-2021 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info] PDOC51957
Associated ProRule [info] PRU01302

Name and characterization of the entry

Description [info] LIM interaction domain (LID) domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=40;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=5; N2=36;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.6648701; R2=0.0148688; TEXT='-LogE';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=527; N_SCORE=9.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=326; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='D';  M=-12, 20,-30, 32, 31,-34,  1, -4,-35,  1,-25,-24,  7, -7,  5, -7,  0,-12,-30,-32,-22, 18;
/M: SY='V';  M= -6,-29,-16,-33,-28, 11,-31,-25, 28,-23, 15, 15,-26,-28,-27,-21,-15, -4, 34,-22, -2,-28;
/M: SY='M';  M=-11,-19,-22,-23,-10,  1,-24, -4, 12,-13, 22, 33,-20,-21, -4,-12,-20,-10,  3,-17,  4, -7;
/M: SY='V';  M= -1,-25,-11,-27,-26, -1,-28,-26, 23,-19, 11, 11,-25,-27,-25,-18, -8,  5, 37,-29, -9,-25;
/M: SY='V';  M=  2,-27,-14,-27,-25, -5,-27,-28, 21,-18,  3,  5,-27,-13,-26,-20, -9, -1, 36,-29,-13,-26;
/M: SY='G';  M=  2,  2,-24,  5, -4,-30, 27,-11,-31,-10,-27,-18,  4,-14, -2,-13,  9, -8,-24,-27,-23, -3;
/M: SY='E';  M=-10, 10,-30, 20, 60,-30,-20,  0,-30, 10,-20,-20,  0,  0, 20,  0,  0,-10,-30,-30,-20, 40;
/M: SY='P';  M=-10,-20,-40,-10,  0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10;
/M: SY='S';  M=  6, -4,-14, -8, -5,-17,-11,-15,-12, -4,-19,-12,  2,-11, -4, -7, 21, 19, -4,-31,-14, -5;
/M: SY='M';  M= -8,-23,-20,-29,-21,  2,-27,-16, 21,-20, 25, 29,-21,-23,-13,-17,-17, -2, 14,-22, -2,-18;
/M: SY='M';  M=-10,-22,-20,-30,-20,  2,-22, -3, 20,-13, 25, 53,-22,-22, -3,-12,-22,-10, 10,-20,  0,-12;
/M: SY='G';  M= -3, -2,-30,  1, -6,-31, 52,-16,-39,-14,-29,-21,  2,-17,-13,-17,  0,-18,-30,-23,-28,-10;
/M: SY='G';  M= -3, -6,-10, -6, -5,-28, 27,-16,-34, -6,-27,-19, -2,-18,-10,-10,  0,-13,-25,-26,-25, -7;
/M: SY='E';  M=-10, 14,-25, 17, 26,-19,-10, -3,-26,  0,-21,-19,  9, -9,  4, -6,  3, -4,-24,-29,-16, 15;
/I:         I=-14; MD=-29;
/M: SY='F';  M=-16,-22,-21,-26,-21, 40,-27, -4,  2,-19,  9,  2,-18,-26,-21,-14,-17, -5, -2, 10, 38,-21; D=-14;
/I:         I=-14; MD=-29;
/M: SY='G';  M= -3, -3,-10, -7,-13,-19, 30,-11,-23,-13,-18, -9,  5,-17,-12,-13, -1,-11,-18,-20,-19,-13; D=-14;
/I:         I=-14; MI=-29; IM=-29; DM=-29;
/M: SY='D';  M= -9, 19,-25, 25, 14,-30, -4, -3,-30,  3,-27,-21, 13,-11,  6,  1,  7, -4,-25,-33,-19, 10;
/M: SY='E';  M=-11, 18,-29, 24, 38,-31,-10,  1,-30,  5,-24,-20, 11, -6, 14, -2,  1, -9,-30,-32,-20, 26;
/M: SY='D';  M=-19, 49,-29, 64, 17,-37, -9,  1,-37,  0,-30,-29, 25,-11,  0, -9,  1, -9,-30,-40,-20,  9;
/M: SY='E';  M=-10, 10,-30, 20, 60,-30,-20,  0,-30, 10,-20,-20,  0,  0, 20,  0,  0,-10,-30,-30,-20, 40;
/M: SY='R';  M=-19, -9,-30, -9,  2,-22,-20,  1,-29, 28,-20, -9,  0,-19, 15, 64, -9,-10,-21,-20,-10,  4;
/M: SY='K';  M= -6, -4,-26, -8, -1,-20,-19, -3,-10,  7,-12, -1, -1, -8,  6,  2, -6, -4,-12,-24, -9,  2;
/M: SY='I';  M=-10,-22,-28,-33,-26, -2,-34,-22, 39,-25, 15, 21,-12,-20,-15,-25,-17, -9, 22,-22, -2,-25;
/M: SY='T';  M=  0, -4,-16, -8, -6,-13,-16,-11, -6,-10, -3,  3, -5,-14, -1,-10,  6, 15, -4,-28,-10, -4;
/M: SY='R';  M=-19,-10,-30,-10, -1,-16,-21,  1,-27, 28,-19, -9, -2,-20,  8, 59,-11,-10,-19,-15, -1, -1;
/M: SY='I';  M= -8,-22,-21,-23,-22, -1,-31,-24, 26,-24, 21, 12,-22,-25,-21,-22,-18, -7, 24,-25, -5,-23;
/M: SY='E';  M= -9,  6,-29, 15, 49,-28,-20, -3,-28,  7,-20,-19, -2,  8, 15, -3,  1, -5,-28,-30,-20, 31;
/M: SY='N';  M=-10, 32,-21, 16,  0,-20, -3, 20,-21, -2,-29,-17, 50,-19,  1, -1, 10, -1,-28,-39,-15,  0;
/M: SY='S';  M=  3, -2,-21, -3,  0,-21,  0,-12,-19,-10,-20,-15,  4,  4, -5,-12, 10,  3,-17,-31,-21, -4;
/M: SY='Q';  M= -7,  1,-28,  2,  5,-25, -8,  3,-22, -4,-22,-12,  1,  7,  8, -7, -1, -5,-24,-24,-11,  5;
/M: SY='F';  M= -4,-15,-20,-22,-17, 24,-19,-11, -4,-18, -5, -6, -8,-16,-19,-16, -4, -3, -5, -7, 14,-18;
/M: SY='D';  M= -8, 21,-25, 22,  3,-28, -3, -3,-24, -4,-22,-13, 15, -8,  1, -8,  2, -4,-22,-32,-18,  2;
/M: SY='N';  M= -8, -7,-28,-11,-10,-19, -4, -7, -8,-14,-12, -6,  1, -1, -6,-14, -4, -5,-13,-26,-14,-10;
/M: SY='N';  M= -5,  5,-21, -1, -3,-16, -7, -4,-11, -7,-20,-12, 15,-11, -2, -9,  7,  0,-13,-29,-11, -3;
/M: SY='E';  M=  3,  2,-25,  5, 14,-29,  6, -9,-28,  1,-23,-17,  1, -9,  6, -6,  5, -7,-22,-26,-20, 10;
/M: SY='N';  M= -1, -2,-19, -7, -8, -8,-12, -9, -9,-11,-13,-11,  6, -5, -9,-12,  6,  5,-10,-27, -9, -9;
/M: SY='N';  M= -2, -1,-23, -5,  0,-21,  3, -7,-17, -5,-12, -5,  4,-16,  3, -7, -1, -8,-17,-26,-16,  1;
/M: SY='H';  M= -7,  2,-23,  2,  0,-22, -9,  8,-18, -4,-16, -8,  5,-17,  8,  0,  4, -4,-16,-30,-11,  3;
/M: SY='Q';  M= -3,  1,-25, -3,  3,-21,-11,  3,-17, -4,-20, -8,  7, -7, 10, -5,  2, -5,-21,-15,-11,  6;
/M: SY='Q';  M=-10,  5,-28,  5, 10,-27,-12, 11,-24,  6,-21, -9,  6,-14, 22, 10, -2,-10,-25,-22, -7, 15;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2021_01 which contains 564'277 sequence entries.


Total number of hits 11 in 11 different sequences
Number of true positive hits 11 in 11 different sequences
Number of 'unknown' hits 0
Number of false positive hits 0
Number of false negative sequences 0
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] CJA_Sigrist
Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 1
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] LIM interaction domain (LID)
Version [info] 1

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
11 sequences

LDB1A_DANRE (O73715    ), LDB1_CHICK  (O42252    ), LDB1_HUMAN  (Q86U70    ), 
LDB1_MOUSE  (P70662    ), LDB1_XENLA  (P70060    ), LDB1_XENTR  (Q6NVL6    ), 
LDB2_CHICK  (Q9W676    ), LDB2_HUMAN  (O43679    ), LDB2_MOUSE  (O55203    ), 
LDB2_XENLA  (Q1EQW7    ), LIDB1_CAEEL (G5EEL0    )
» more

PDB
[Detailed view]
11 PDB

1J2O; 1M3V; 1RUT; 2JTN; 2L6Y; 2L6Z; 2LXD; 2XJY; 2XJZ; 2YPA; 4JCJ

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission