Due to maintenance work, this service will be unavailable from Mon Nov 11 17:30 until Tue Nov 12 09:00 CET. Apologies for the inconvenience.

PROSITE entry PS51958

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

Entry name [info]	NENDOU
Accession [info]	PS51958
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	02-JUN-2021 CREATED; 02-JUN-2021 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC51958
Associated ProRule [info]	PRU01303

Name and characterization of the entry

Description [info]

Nidoviral uridylate-specific endoribonuclease (NendoU) domain profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=140;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=135;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.1599960; R2=0.0243464; TEXT='-LogE';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=364; N_SCORE=11.0; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=179; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-10; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='L';  M=-11,-19,-17,-19, -7,-14,-28,-18, -3, -8,  6,  3,-17,-19, -3, -9, -9,  4, -3,-25,-16, -8;
/M: SY='P';  M= -9,-19,-25,-19, -9,-38,-20,-20,-28,-10,-28,-28,-20, 69,-10,-20, -9,-10,-19,-39,-29, -9;
/M: SY='R';  M=-14,  0,-35,  2,  7,-28,-21, -7,-22,  4,-17,-16, -4,-20,  4, 19, -9,-10,-23,-33,-21,  4;
/M: SY='S';  M=  5,  0,-12,  2, -2,-22, -7,-13,-18, -4,-25,-18,  7,-11, -3,-11, 28, 21,-15,-32,-21, -2;
/M:         M=-14, -8,-22, -3, -5,-19,-26,-17, -4,-14, -1, -3,-14,-18, -2,-15,-12, -4, -4,-30,-18, -5;
/M: SY='M';  M=-12,-29,-19,-32,-24, 13,-24,-18,  6,-24, 10, 26,-24,-31,-14,-24,-19,-13,  4,-13,  1,-24;
/M: SY='E';  M= -3,  3,-27,  8, 25,-21,-13, -2,-25,  4,-28,-19,  2,-12,  9, -5, 14, -3,-25,-26,-13, 20;
/M: SY='T';  M= -4, -7,-21, -9,  1,-21,-20,-13,-15,  5,-16,-13, -2,-13, -2,  3,  4, 17,-10,-28,-17,  0;
/M: SY='D';  M=-10, 18,-34, 28,  3,-35, 18,-14,-33,-13,-39,-29,  2,-19, -8,-19,  3,-12,-29,-41,-29, -2;
/M: SY='F';  M=-15,-21,-27,-30,-17, 19,-25, -7,-12, -9, -8, -8,-16,-30,-13,  6,-14,-11,-17, -8,  7,-17;
/M: SY='L';  M=-17,-30,-13,-33,-27,  5,-36,-24, 18,-27, 23, 14,-28,-30,-21,-22,-23,-10,  9,-18, -6,-27;
/M: SY='E';  M= -4,  4,-28,  7, 12,-23,-14, -4,-22, -1,-27,-18,  1,-16,  2, -2,  2, -7,-20,-29,-13,  8;
/M: SY='M';  M=-13,-26,-15,-28,-22, -4,-31,-21,  9,-21, 17, 23,-19,-26,-11,-18,-18, -2,  6,-23,-11,-21;
/M: SY='D';  M=-11, 17,-28, 24,  8,-29,-13,-10,-21, -8,-27,-19,  9,-18, -2,-14,  4, -1,-21,-40,-24,  2;
/M: SY='Q';  M= -5, -6,-11, -4,  0,-20,-20,-14,-10, -9,-13, -3, -7,-18,  1,-15,  1,  1, -8,-28,-18, -2;
/M: SY='R';  M=-11,  7,-34,  8,  8,-30, -9,  1,-30,  5,-30,-23,  4,-17,  4, 11, -1, -8,-27,-34,-20,  4;
/M: SY='E';  M= -5, -6,-18,  0,  4,-22,-20,-14, -8, -8,-12, -8,-12,-17,  1,-14, -5, -6, -5,-31,-18,  3;
/M: SY='F';  M=-17,-29,-19,-36,-26, 45,-28, -5, -4,-26, -4, -4,-27,-31,-26,-27,-18,-19,-10,  8, 33,-26;
/M: SY='I';  M= -9,-31,-10,-31,-28, -3,-35,-29, 27,-27, 21, 11,-31,-27,-23,-25,-19, -8, 20,-22,-11,-27;
/M: SY='D';  M=-10, 12,-31, 17, 15,-28,-15, -2,-27,  4,-29,-18,  3,-15, 13, -5,  0, -9,-22,-31,-16, 13;
/M: SY='K';  M= -8,  4,-30,  0, 12,-29,-17, -7,-27, 23,-29,-19,  6,-13,  7, 12,  3, -3,-22,-32,-21, 10;
/I:         I=-15; MD=-32;
/M: SY='Y';  M=-13,-19,-18,-22,-13, 13,-21,  6,-11,-11,-11,-10,-13,-15,-13,-10,-12,-13,-11,  2, 31,-13; D=-15;
/I:         I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='G';  M= -2,  2,-27,  0,  2,-25,  8, -7,-29, -2,-33,-21,  5,-16, -4, -8,  4, -9,-24,-30,-18,  0;
/M: SY='L';  M=-13,-22,-21,-20, -7,-13,-27,-19,  1,-13,  9,  4,-23,-22, -7,-10,-17,-10, -2,-25,-14, -8;
/M: SY='E';  M=-11,  8,-37, 14, 35,-30,-19,  2,-29, 12,-29,-18,  1,-12, 20,  3, -1,-10,-27,-30,-19, 29;
/M: SY='D';  M=-11, 12,-31, 19,  8,-26,-10,-10,-22, -4,-27,-18, -1,-18,  2,-12, -3,-10,-20,-35,-21,  5;
/I:         I=-10; MD=-21;
/M: SY='Y';  M=-10,-29,-14,-31,-21, 21,-26, -2, -2,-21,  0, -2,-24,-28,-19,-20,-16,-14, -5,  2, 30,-21; D=-10;
/I:         I=-10; MI=0; MD=-21; IM=0; DM=-21;
/M: SY='A';  M=  9, -9,-17,-12, -7,-23,  4,-14,-20, -3,-24,-15, -5,-15, -7, -6,  5, -6,-14,-30,-21, -7;
/M: SY='F';  M=-17,-21,-14,-29,-23, 17,-22, -4, -6,-24, -2, -3,-17,-31,-19,-21,-16,-15,-11,-10,  7,-23;
/M: SY='E';  M=-12,  0,-35,  3, 21,-30,-20,  9,-30,  0,-29,-21, -4, 14, 12, -6, -5,-12,-26,-31,-16, 17;
/M: SY='H';  M=-19,  0,-29,-10,  1,-11,-20, 76,-30, -9,-29,-19,  9,-19, 11,  0, -9,-19,-29,-20, 18,  1;
/M: SY='V';  M=  7,-27, -8,-27,-24,-11,-24,-27, 20,-20,  4,  3,-27,-17,-20,-25,-12, -3, 25,-28,-13,-20;
/M: SY='V';  M= -7,-28, -5,-32,-28, 10,-28,-22, 13,-23,  5,  3,-28,-27,-22,-28,-15, -7, 14,-16,  0,-24;
/M: SY='Y';  M=-12,-29,-15,-29,-23, 15,-30, -3,  6,-22,  1, -2,-24,-28,-21,-22,-16,-13,  4, -1, 30,-22;
/M: SY='G';  M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 60,-20,-40,-20,-40,-30,-10,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-30,-30,-20;
/M: SY='D';  M=-15, 28,-37, 41, 25,-35,-12, -6,-29, -3,-36,-25,  9,-16,  7,-13,  4, -8,-29,-42,-26, 17;
/M: SY='F';  M= -9,-28,-14,-32,-28, 19,-30,-21, 14,-24,  4,  3,-26,-28,-24,-28,-16, -3, 14,-13,  5,-24;
/M: SY='S';  M= -5, 10,-22,  7,  4,-27, -9, -7,-24,  8,-31,-20, 17,-13,  1, -3, 18,  5,-21,-35,-21,  2;
/I:         I=-13; MD=-27;
/M: SY='K';  M=-11,  2,-30, -3,  4,-25, -2,  7,-30, 11,-31,-20,  4,-15,  7,  3, -1,-12,-25,-27,-14,  4; D=-13;
/I:         I=-13; MI=0; MD=-27; IM=0; DM=-27;
/M: SY='T';  M=  0, -9,-16,-11, -8,-23,-10,-18,-15, -3,-19,-15, -3, -4, -8,-10,  9, 21, -7,-31,-21, -8;
/I:         I=-14; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29;
/M: SY='T';  M= -6, -4,-17, -3, -4,-22,-20,-14,-11, -8,-13, -9,  1,-14,  1,-10,  4, 25, -4,-30,-20, -3;
/M: SY='I';  M=-11,-33,-10,-33,-30, -3,-37,-30, 30,-27, 24, 13,-33,-27,-24,-27,-23, -7, 26,-23,-10,-27;
/M: SY='G';  M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 60,-20,-40,-20,-40,-30,-10,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-30,-30,-20;
/M: SY='G';  M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 60,-20,-40,-20,-40,-30,-10,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-30,-30,-20;
/M: SY='L';  M=-10,-32,  9,-35,-28, -7,-32,-27, 10,-25, 19, 12,-30,-27,-18,-24,-18, -7,  6,-22,-13,-27;
/M: SY='H';  M=-18, -1,-29,-10,  0,-10,-19, 77,-29,-10,-30,-20,  9,-20,  9,  0, -9,-19,-29,-20, 19,  0;
/M: SY='L';  M=-17,-24,-17,-28,-19,  0,-31,  5,  2,-22,  9,  3,-20,-25,-11,-15,-19, -8, -2,-19,  1,-19;
/M: SY='I';  M=-11,-34,-10,-34,-29, -3,-36,-29, 25,-26, 25, 16,-34,-27,-20,-24,-24, -7, 22,-23,-10,-26;
/M: SY='I';  M= -7,-24,-11,-25,-24, -2,-33,-26, 22,-23,  9,  4,-22,-24,-23,-24,-12,  7, 19,-21, -9,-23;
/M: SY='G';  M= 11, -8,-16, -8,-10,-24, 24,-16,-26,-10,-32,-22, -3,-14,-10,-14, 19, -4,-21,-30,-24,-10;
/M: SY='M';  M=-12,-22,-21,-24,-10, -9,-28,-13, -5, -8,  7,  9,-20,-22,  7, -2,-15,-10, -6,-20,-11, -7;
/M: SY='Y';  M= -8,-21,-15,-24,-17,  9,-24,  1, -6,-16,-11, -6,-13,-25,-12,-18,-12,-12, -4, -5, 25,-15;
/I:         I=-9; MD=-18;
/M: SY='R';  M= -7, -2,-25, -9,  0,-21, -6, -3,-22, 14,-19,-15,  4,-13,  3, 24, -3, -7,-20,-22,-15,  0; D=-9;
/I:         I=-9; MD=-18;
/M: SY='R';  M= -8,-11,-14,-15, -6,-10,-15, -7, -5,  2,  2, -2, -9,-12, -1, 12, -9, -5, -7,-14, -9, -6; D=-9;
/I:         I=-9; MI=-18; MD=-18; IM=-18; DM=-18;
/M: SY='Q';  M= -2, -8, -9, -9, -3, -7,-10, -5, -6, -2, -5, -1, -6, -8,  3, -4,  1, -3, -5,-12, -7, -2; D=-9;
/I:         I=-9; DM=-18;
/M: SY='R';  M= -5, -2,-16, -6,  4,-16,-11, -1,-16, 14,-13, -8, -1, -7, 13, 15, -2, -5,-12,-14,-11,  6; D=-9;
/I:         I=-9; DM=-18;
/M: SY='E';  M= -1, -3,-12, -2,  2,-11,-10, -8, -7,  0, -8,  0, -4, -9,  1, -4, -1,  0, -5,-16,-10,  1; D=-9;
/I:         I=-9; DM=-18;
/M: SY='G';  M=  2,  0,-11, -2, -5,-14, 12, -6,-16, -5,-19,-13,  4, -8, -5, -7,  9, -2,-13,-17,-13, -5; D=-9;
/I:         I=-9; DM=-18;
/M: SY='H';  M= -8, -2,-13, -7, -4,-11,-12,  5, -8, -1,-10, -7,  2, -4, -2, -3, -4, -5, -7,-16, -5, -3; D=-9;
/I:         I=-9; DM=-18;
/M: SY='L';  M=-11,-22, -7,-23,-19,  4,-24,-17, 14,-19, 19,  9,-22,-19,-15,-15,-16, -7,  8,-10, -3,-19; D=-9;
/I:         I=-9; DM=-18;
/M: SY='T';  M= -5, -6,-12, -9, -5,-11,-14,-10, -2,  1, -6, -4, -2,-11, -4, -5, -2,  2,  1,-18,-10, -4; D=-9;
/I:         I=-9; DM=-18;
/M: SY='L';  M= -7,-27,-12,-29,-23, -3,-29,-19, 11,-22, 13, 13,-23,-26,-16,-19,-17, -8,  8,-20, -5,-22;
/M: SY='E';  M=-11, -4,-32, -2, 14,-29,-20, -5,-28,  8,-27,-19, -7, 14, 12, -3, -4,-11,-22,-28,-16, 13;
/M: SY='E';  M= -8,  2,-33,  6, 15,-31, -9, -4,-29,  0,-29,-22, -1,  0,  8, -2,  1, -7,-26,-33,-22, 12;
/M: SY='F';  M=-10,-28,-14,-31,-25, 16,-28,-20, 10,-23,  7,  8,-26,-28,-20,-25,-14, -8,  7,-13,  3,-23;
/M: SY='L';  M=-11,-33,-10,-33,-28, -4,-35,-29, 23,-25, 24, 15,-31,-26,-20,-23,-22, -2, 20,-23,-11,-25;
/M: SY='P';  M= -5,-10,-21,-13, -8,-26,-14,-15,-16, -5,-22,-17, -4, 14, -6,-13,  2, -1,-11,-33,-22, -7;
/I:         I=-15; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='S';  M=  0,-11,-20,-11, -7,-19, -6,-11,-20, -4,-24,-15, -7, -1, -6,-11,  5, -4,-15,-26,-11, -7;
/M: SY='D';  M=-16, 25,-37, 36, 14,-37, -7, -8,-30, -6,-37,-28, 10,-11,  0,-12,  1, -9,-29,-44,-28,  7;
/M: SY='S';  M= 12, -9, -9, -9, -6,-14, -6,-11,-14, -6,-23,-15, -1,-13, -6,-12, 24,  7,-12,-25,-11, -6;
/M: SY='T';  M= -2,-10,-14,-10,-14,-18,-20,-20,  3,-12, -9, -5, -6,-16,-11,-19,  0, 15, 10,-32,-17,-11;
/I:         I=-14; MD=-29;
/M: SY='I';  M= -5,-17, -8,-18,-14, -6,-21,-17, 12, -8,  7,  4,-16,-14,-11,-12,-11, -2, 12,-16, -8,-12; D=-14;
/I:         I=-14; MI=-29; MD=-29; IM=-29; DM=-29;
/M: SY='H';  M= -9, -6,-20,-10, -2,-15,-14,  9,-17,  4,-16, -8, -3,  5,  2,  0, -6, -9,-13,-19, -6, -2; D=-14;
/I:         I=-14; DM=-29;
/M: SY='S';  M=  4, -9, -7,-13,-11,-18,-15,-14, -4,-10,-15, -8, -2,-17, -6,-14,  7, -1, -2,-28,-17, -9;
/M: SY='Y';  M= -8,-22, -3,-26,-19, -2,-25, -7, -6,-12, -7, -3,-15,-24,-14,-17,-12,-10, -3,-12, 11,-18;
/M: SY='F';  M= -7,-24,-11,-28,-22,  8,-26,-16,  3,-18, -2, -2,-21,-25,-19,-18,-12,  1,  5,-14,  4,-20;
/M: SY='V';  M= -5,-22,-18,-23,-26, -8,  1,-24,  4,-25, -6, -6,-22,-25,-25,-26,-12,-13,  5,-23,-14,-25;
/M: SY='T';  M= -1,-17,-11,-19,-18,-15,-23,-22,  5,-15, -1, -1,-11,-16,-14,-17, -4, 19, 11,-29,-16,-15;
/M: SY='D';  M= -8, -1,-21,  4, -3,-15,-17,-11, -9,-12,-16,-13, -6,-20, -8,-18,  3, -5,-10,-27, -8, -5;
/M: SY='A';  M=  6,-10, -8,-12, -4,-20,-14,-13,-13, -6,-15, -9, -6,-15, -1, -9,  6, -1,-10,-28,-18, -4;
/M: SY='P';  M= -9,  0,-26, -1, -2,-29,-17,-11,-19, -6,-23,-16,  0,  6, -1,-12, -4, -6,-14,-36,-22, -2;
/M: SY='G';  M= -4,  1,-22,  1, -4,-28, 14,-13,-28,-10,-31,-23,  4,-16, -9,-13,  6,  1,-23,-32,-25, -6;
/M: SY='R';  M= -1,-12,-27,-16, -7,-28,  4,-14,-27,  5,-26,-21,-10, -6, -5,  6, -3,-11,-19,-31,-23, -7;
/M: SY='S';  M= 20, -8, -9, -8, -6,-21,  7,-15,-19, -6,-28,-18, -3,-11, -6,-11, 24,  3,-14,-30,-21, -6;
/M: SY='S';  M=  8,-10,-12,-13, -9,-10,-10, -6,-12, -9,-21,-12, -3,-16, -8,-13, 12,  0, -9,-23, -4, -8;
/M: SY='K';  M= -7, -1,-28,-10,  9,-29,-19,-10,-29, 46,-29,-19, -1,-10,  9, 18,  1, -9,-19,-30,-20,  9;
/I:         I=-15; MD=-32;
/M: SY='A';  M= 11,-12, -4,-13, -7,-19, -9,-13,-10, -8,-15, -6, -9,-13,  0,-11,  5,  0, -4,-25,-17, -5; D=-15;
/I:         I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='V';  M= -2,-25,-15,-26,-19,-12,-26,-23, 13,-14,  5,  5,-25,-20,-13,-16,-16, -4, 19,-28,-12,-14;
/M: SY='C';  M=  0,-26, 72,-35,-35,-20,-28,-28,-10,-26,-10,-18,-25,-26,-26,-35, -6,  1, -8,-22,-20,-35;
/M: SY='T';  M=  3, -7,-10, -7, -7,-20,-14,-17,-13, -7,-16,-13,  3,-10, -7,-10, 18, 39, -6,-30,-20, -7;
/M: SY='V';  M= -3,-31,-11,-31,-27, -3,-30,-22, 19,-21, 11,  8,-30,-23,-19,-25,-20, -5, 24,-21,  0,-21;
/M: SY='V';  M= -6,-27,-11,-27,-25, -7,-32,-27, 22,-22, 12, 13,-24,-23,-18,-24,-15,  5, 23,-25,-12,-22;
/M: SY='D';  M=-20, 40,-40, 60, 20,-40,-10,-10,-30,-10,-40,-30, 10,-20,  0,-20,  0,-10,-30,-50,-30, 10;
/M: SY='I';  M=-10,-33,-10,-33,-28, -5,-35,-29, 24,-25, 23, 13,-32,-25,-21,-24,-22, -2, 23,-24,-11,-25;
/M: SY='L';  M=-15,-30, -5,-32,-24,  3,-33,-13,  3,-20, 11,  1,-26,-27,-18,-17,-19, -8,  0,-10, 10,-24;
/M: SY='L';  M= -9,-36, -8,-36,-26, -4,-33,-28, 15,-26, 29, 15,-36,-26,-18,-18,-23, -8,  8,-22,-12,-26;
/M: SY='D';  M=-16, 18,-35, 27,  9,-38,-13, -9,-30, -8,-36,-27,  5,  9,  2,-16, -2, -9,-26,-44,-28,  5;
/M: SY='D';  M=-15, 27,-36, 42, 20,-35,-12, -7,-28, -6,-34,-22,  7,-18,  8,-14,  3, -8,-27,-42,-26, 13;
/M: SY='F';  M=-20,-33,-17,-39,-29, 40,-33,-14,  5,-29, 11,  5,-32,-36,-26,-26,-23,-17, -4,  2, 21,-29;
/M: SY='V';  M= -9,-19,-20,-17,-12, -8,-25,-14,  5,-15, -3, -2,-20,-22,-12,-19,-15, -8,  8,-21,  0,-10;
/M: SY='E';  M=  0, -1,-24,  1, 10,-27,-14,-11,-22,  1,-26,-17, -2,  1,  2, -7,  6,  0,-17,-33,-22,  7;
/M: SY='I';  M=-14,-29,-15,-30,-23,  5,-35,-14, 15,-19, 10,  3,-26,-28,-21,-21,-20,-13, 11,-10, 12,-23;
/M: SY='I';  M= -8,-33, -9,-33,-28, -5,-34,-29, 23,-25, 23, 12,-33,-25,-21,-23,-21, -5, 19,-23,-11,-25;
/M: SY='K';  M=-11, -1,-28,-10,  5,-25,-19,  8,-28, 27,-27,-18,  4,-13, 10, 15,  0, -6,-21,-28,-13,  6;
/M: SY='P';  M=  0, -5,-20, -6, -1,-28,-11,-10,-24, -3,-28,-20,  2, 15,  2,-10, 14,  3,-18,-33,-23,  0;
/M: SY='Q';  M=-13,-12,-25,-12,  2,-19,-26,-10, -9, -8, -4,  1,-11, -9, 10, -8,-10, -9, -9,-26,-17,  3;
/M: SY='D';  M=-13,  8,-24, 11, -1,-25,-18,-14,-15, -7,-18,-14,  4,-18, -6,-12,  0,  7,-13,-36,-22, -4;
/M: SY='L';  M=-10,-23,-17,-25,-12,-13,-29,-19,  1, -9, 10,  5,-22,-21, -3, -7,-16, -8,  0,-24,-14,-11;
/I:         I=-10; MD=-22;
/M: SY='S';  M= -2,  2,-16,  2,  1,-19,  3, -7,-19, -2,-22,-15,  7,-10, -2, -6, 10,  3,-16,-23,-16,  0; D=-10;
/I:         I=-10; MI=0; MD=-22; IM=0; DM=-22;
/M: SY='V';  M= -3,-11,  2,-15,-14,-11,-16,-14,  3, -5, -4, -3, -8,-13, -9,-13, -7, -2,  8,-19, -9,-11; D=-10;
/I:         I=-10; DM=-22;
/M: SY='V';  M= -1,-19, -9,-20,-18, -8,-21,-20, 17, -9,  4,  5,-19,-14,-12,-17,-13, -1, 23,-21, -8,-12; D=-10;
/I:         I=-10; DM=-22;
/M: SY='S';  M= 10,  0,-10,  0,  0,-20,  0,-10,-20,  0,-30,-20, 10,-10,  0,-10, 40, 10,-20,-30,-20,  0;
/M: SY='K';  M=-10, -3,-30,-12,  7,-28,-21,-10,-28, 43,-26,-15, -1,-12,  9, 22, -2,-10,-19,-29,-19,  7;
/M: SY='V';  M= -1,-24, -2,-24,-26,-14,-28,-28, 19,-20,  3,  3,-25,-20,-19,-29,-15,  2, 27,-30,-13,-19;
/M: SY='V';  M=-10,-27,-15,-29,-24,  0,-29, -8, 10,-20, -1, -1,-23,-24,-17,-24,-18, -6, 13, -6, 10,-19;
/M: SY='K';  M=-12,  0,-28, -7,  5,-14,-20, -7,-23, 17,-24,-15,  2,-17,  3,  2, -1, -5,-19,-25,-12,  4;
/M: SY='V';  M= -5,-31, -7,-32,-30, -2,-32,-28, 26,-24, 13, 11,-31,-25,-22,-29,-21, -5, 29,-24, -7,-24;
/M: SY='N';  M= -9, -8,-15,-14,-12,-18,-21,-13, -7,-10,-10,  0,  4,-13, -8,-13, -1,  4, -6,-30,-17,-12;
/M: SY='I';  M= -9,-32,-10,-32,-30, -3,-37,-30, 33,-27, 22, 12,-32,-27,-25,-28,-22, -7, 28,-23,-10,-27;
/M: SY='D';  M=-20, 40,-40, 60, 20,-40,-10,-10,-30,-10,-40,-30, 10,-20,  0,-20,  0,-10,-30,-50,-30, 10;
/M: SY='F';  M=-17,-24,-13,-32,-25, 29,-22, -4, -7,-25, -6, -6,-21,-33,-23,-25,-16,-17,-12,  0, 21,-25;
/M: SY='K';  M= -7, -3,-27, -9,  5,-27,-13, -1,-28, 23,-26,-16, -1,-12, 12, 10,  0, -4,-19,-28,-17,  6;
/M: SY='E';  M= -6,  0,-28,  6,  8,-28,-16,-12,-20, -5,-23,-12, -7,  4,  4,-13, -1, -7,-16,-34,-22,  6;
/M: SY='I';  M=-11,-31, -1,-35,-30,  9,-32,-20, 13,-26,  3, -1,-30,-30,-25,-30,-20,-12, 10,  0,  7,-28;
/M: SY='R';  M= -9, -1,-34, -7, 10,-29,-18,  1,-29, 17,-24,-16,  6,-15, 20, 29,  0, -8,-26,-29,-20, 11;
/M: SY='F';  M=-21,-34,-17,-41,-29, 31,-33,-18,  4,-29, 10,  8,-33,-36,-23,-26,-24,-18, -5, 11, 14,-29;
/M: SY='M';  M=-10,-30,-20,-30,-20,  0,-30,-20, 10,-20, 20, 60,-20,-30,  0,-20,-20,-10, 10,-20,-10,-20;
/M: SY='L';  M= -9,-28,-11,-30,-26, -8,-32,-26, 17,-22, 18, 10,-25,-24,-18,-21,-20, -2, 17,-26,-12,-22;
/M: SY='W';  M=-28,-38,-20,-48,-30, 19,-30,-18,-16,-30,-16,-16,-38,-40,-22,-30,-28,-28,-26, 84, 22,-30;
/I:         I=-11; MD=-23;
/M: SY='C';  M=  5,-20, 39,-25,-22, -7,-16,-18, -6,-18, -8,-11,-20,-19,-18,-22, -4, -6, -5,-13,-10,-22; D=-11;
/I:         I=-11; MI=0; MD=-23; IM=0; DM=-23;
/M: SY='K';  M= -7,  2,-23, -2,  6,-22, -5, -5,-22, 13,-23,-16,  5, -2,  3,  3,  0, -7,-18,-23,-16,  5; D=-11;
/I:         I=-11; DM=-23;
/M: SY='D';  M=-12, 22,-28, 32, 16,-26, -6, -5,-22, -4,-27,-20,  7,-13,  2,-11,  0, -7,-21,-32,-20, 10; D=-11;
/I:         I=-11; DM=-23;
/M: SY='G';  M= -5,  4,-22,  4, -1,-21, 17, -5,-25, -8,-27,-19,  4,-13, -5,-10,  2, -9,-21,-24,-17, -3; D=-11;
/I:         I=-11; DM=-23;
/M: SY='K';  M= -9,  0,-28, -4,  5,-26,-18,  2,-25, 18,-25,-18,  1,-14,  8, 12,  0, -5,-20,-30,-16,  5;
/M: SY='I';  M= -9,-14,-17,-12,-19,-13,-25,-23, 16,-21,  1,  0,-16,-24,-19,-25,-14, -7, 15,-30,-15,-18;
/M: SY='Q';  M=  2, -7,-22, -8,  8,-24,-16, -6,-20,  9,-18, -2, -6,-12, 21,  2,  2, -7,-13,-25,-19, 10;
/M: SY='T';  M=  0,-10,-10,-10,-10,-20,-20,-20,-10,-10,-10,-10,  0,-10,-10,-10, 10, 50,  0,-30,-20,-10;
/M: SY='F';  M= -6,-26, -7,-33,-25, 31,-23,-14, -4,-24, -6, -3,-25,-31,-23,-26,-10,-13, -8, -3, 12,-25;
/M: SY='Y';  M=-20,-30,-20,-30,-20, 30,-30, 20,-10,-20,-10,-10,-20,-30,-20,-20,-20,-20,-10, 20, 70,-20;
/M: SY='P';  M=-12,-23,-27,-25,-15,-17,-23,-18,-22,-15,-22,-22,-23, 51,-15,-22,-13,-12,-17,-28,-16,-15;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2024_05 which contains 572'214 sequence entries.

Total number of hits	44 in 44 different sequences
Number of true positive hits	44 in 44 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	0
Number of false negative sequences	0
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	100.00 %

Comments [info]

Taxonomic range [info]	Eukaryotic viruses
Maximum number of repetitions [info]	1
Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	reversed
Author [info]	CJA_Sigrist
Feature key [info]	DOMAIN
Feature description [info]	NendoU
Version [info]	1

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences

44 sequences

R1AB_BC133  (P0C6W1), R1AB_BC279  (P0C6V9), R1AB_BC512  (P0C6W0),

R1AB_BCHK3  (P0C6W2), R1AB_BCHK4  (P0C6W3), R1AB_BCHK5  (P0C6W4), 
R1AB_BCHK9  (P0C6W5), R1AB_BCRP3  (P0C6W6), R1AB_BEV(P0C6V7), 
R1AB_BRV1   (P0C6V8), R1AB_CVBEN  (P0C6W7), R1AB_CVBLU  (P0C6W8), 
R1AB_CVBM   (P0C6W9), R1AB_CVBQ   (P0C6X0), R1AB_CVH22  (P0C6X1), 
R1AB_CVHN1  (P0C6X2), R1AB_CVHN2  (P0C6X3), R1AB_CVHN5  (P0C6X4), 
R1AB_CVHNL  (P0C6X5), R1AB_CVHOC  (P0C6X6), R1AB_CVM2   (P0C6X8), 
R1AB_CVMA5  (P0C6X9), R1AB_CVMJH  (P0C6Y0), R1AB_CVPFS  (P18457), 
R1AB_CVPPU  (P0C6Y5), R1AB_FIPV   (Q98VG9), R1AB_IBVB   (P0C6Y1), 
R1AB_IBVBC  (P0C6Y2), R1AB_IBVK   (P12723), R1AB_IBVM   (P0C6Y3), 
R1AB_MERS1  (K9N7C7), R1AB_PEDV7  (P0C6Y4), R1AB_SARS   (P0C6X7), 
R1AB_SARS2  (P0DTD1), R1AB_WBV24  (Q008X6), RPOA_EAVBU  (P19811), 
RPOA_LDVC   (Q06502), RPOA_LDVP   (Q83017), RPOA_PRRS1  (Q9YN02), 
RPOA_PRRSB  (Q8B912), RPOA_PRRSL  (Q04561), RPOA_PRRSR  (Q9WJB2), 
RPOA_PRRSS  (A0MD28), RPOA_SHFV   (Q68772)

» more

Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits:
[Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color]
[Clustal format, plain text] [Fasta format]
Retrieve the sequence logo from the alignment

PDB
[Detailed view]

66 PDB

2GTH; 2GTI; 2H85; 2OZK; 2RHB; 4RS4; 4S1T; 5EYI; 5F17; 5HBZ; 5HC1; 5S6X; 5S6Y; 5S6Z; 5S70; 5S71; 5S72; 5SA4; 5SA5; 5SA6; 5SA7; 5SA8; 5SA9; 5SAA; 5SAB; 5SAC; 5SAD; 5SAE; 5SAF; 5SAG; 5SAH; 5SAI; 5SBF; 6VWW; 6W01; 6WLC; 6WXC; 6X1B; 6X4I; 6XDH; 7DW6; 7K0R; 7K1L; 7K1O; 7K9P; 7KEG; 7KEH; 7KF4; 7ME0; 7N06; 7N33; 7N7R; 7N7U; 7N7W; 7N7Y; 7N83; 7RB0; 7RB2; 7TJ2; 7TQV; 8D34; 8U2X; 8UD2; 8UD3; 8UD4; 8UD5
» more