Home  |  Contact
Entry: PS51979

General information about the entry

Entry name [info] YEBF_CMI
Accession [info] PS51979
Entry type [info] MATRIX
Date [info] 23-FEB-2022 CREATED;
23-FEB-2022 DATA UPDATE;
03-AUG-2022 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info] PDOC51979
Associated ProRule [info] PRU01323

Name and characterization of the entry

Description [info] YebF/Cmi domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=88;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=83;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.1769242; R2=0.0180142; TEXT='-LogE';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=463; N_SCORE=10.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=240; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='T';  M= -4,  3,-21,  2,  1,-22,-15,-11,-18,  6,-22,-13,  5, -4,  1, -1,  9, 11,-13,-30,-14,  0;
/M: SY='F';  M= -3,-20,-20,-24,-21, 15, -4,-21, -6,-21, -3, -5,-14,-17,-24,-19, -6, -3, -1,-14, -3,-21;
/M: SY='P';  M=  7,-13,-27,-12,  0,-23,-16,-19,-11, -7,-17,-12,-13, 30, -7,-16, -2, -2,-12,-26,-21, -6;
/M: SY='S';  M=  2, -1,-22, -2,  4,-22,-12,-11,-17,  4,-19,-12,  2, -3,  0,  1,  5,  0,-14,-28,-16,  1;
/M: SY='C';  M=-10,-20,114,-30,-30,-16,-30,-30,-29,-30,-19,-19,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-47,-27,-30;
/M: SY='E';  M=-10,  5,-26,  7, 12,-22,-14, -3,-21,  5,-19,-13,  4, -8,  7,  3,  0, -5,-19,-26,-10,  9;
/M: SY='N';  M= -8, 11,-26, 10, 11,-26, -1, -4,-26,  3,-22,-15, 12,-13,  6,  0,  2, -4,-24,-29,-18,  8;
/M: SY='L';  M= -6,-23,-19,-26,-16,  6,-27,-20, 15,-21, 20,  9,-21,-24,-15,-17,-15, -5, 13,-21, -2,-16;
/M: SY='T';  M= -1, 12,-17,  8,  1,-18,-12, -9,-16, -7,-14,-14, 11,-13, -5, -9, 11, 16,-12,-33,-15, -2;
/M: SY='P';  M= -1, -1,-25,  0,  3,-18,-14, -6,-18,  0,-21,-14, -1,  6, -1, -7,  2, -2,-18,-21, -6, -1;
/M: SY='E';  M=  4,  5,-23,  7, 17,-28,-12, -4,-23,  3,-20,-14,  3, -6, 14,  1,  5, -4,-20,-27,-18, 15;
/M: SY='Q';  M= -5,  1,-28,  0, 16,-35, -8,  3,-23,  7,-21, -6,  2,-11, 38,  4,  1,-10,-27,-22,-14, 27;
/M: SY='V';  M= 14,-23,-16,-29,-23, -6,-22,-26, 21,-20,  9,  7,-21,-21,-20,-23, -7, -3, 25,-23,-10,-23;
/M: SY='A';  M= 12,-14,-20,-19,-10,-15,-13,-18, -1, -3, -5,  0,-11,-15, -8, -7, -4, -5,  3,-22,-13,-10;
/M: SY='A';  M= 14,  3,-16, -2, -1,-19,-10,-13,-12, -8,-12,-12,  2,-11, -5,-13,  9,  8, -7,-28,-16, -3;
/M: SY='Q';  M= -9, -8,-22,-10, -6, -7,-20, -5, -7, -5, -5, -1, -5,-19,  3, -1, -3, -2, -7,-19,  0, -2;
/M: SY='V';  M= -2,-30,-13,-32,-30,  0,-32,-30, 33,-22, 12, 12,-28,-28,-28,-22,-12, -2, 47,-28, -8,-30;
/M: SY='K';  M= -9,  3,-27,  3,  9,-26,-18, -7,-24, 27,-23,-10,  4,-12, 11, 17, -4, -5,-19,-24,-12, 10;
/M: SY='N';  M=-13, 13,-25,  9,  5,-21,-14,  6,-21,  6,-21,-13, 18,-17,  7, 15,  0, -3,-20,-29,-11,  4;
/M: SY='D';  M=-18, 42,-29, 59, 16,-36,-11, -3,-33, -3,-27,-26, 17,-11, -1,-11,  1, -8,-25,-39,-19,  7;
/I:         I=-15; MD=-32;
/M: SY='F';  M=-17,-24,-24,-28,-22, 38,-28, -4,  4,-18,  9,  6,-19,-27,-20,-11,-19,-10, -1,  8, 37,-22; D=-15;
/I:         I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='L';  M= -9,-23,-21,-27,-20,  5,-28,-18, 21,-25, 34, 19,-21,-26,-17,-19,-22, -6, 11,-22, -2,-19;
/M: SY='Q';  M=-10,  2,-28,  1, 15,-30,-20,  0,-20, 18,-21, -6,  4,-11, 28, 13, -3, -7,-22,-23,-11, 21;
/I:         I=-12; MD=-25;
/M: SY='N';  M= -7, 20,-18,  9, -1,-18, -1,  8,-19,  2,-24,-14, 33,-15,  0,  3,  7,  0,-22,-30,-14, -1; D=-12;
/I:         I=-12; MI=0; MD=-25; IM=0; DM=-25;
/M: SY='R';  M=-13, -6,-26, -8,  0,-20,-17, -1,-25, 22,-19, -9,  3,-17, 10, 51, -5, -6,-18,-21,-11,  2; D=-12;
/I:         I=-12; DM=-25;
/M: SY='I';  M= -9,-28,-24,-34,-26, 17,-30,-20, 22,-24, 16, 12,-23,-25,-22,-22,-20, -9, 15, -3, 11,-25;
/M: SY='P';  M= -5,-10,-31, -5,  0,-25,-17,-11,-19, -4,-22,-14,-10, 38, -3, -8, -3, -5,-22,-29,-21, -4;
/M: SY='R';  M=-11, -7,-27, -9, -4,-17,-13, 12,-26, 13,-18, -9,  2,-20,  4, 36, -7,-10,-19,-18, -1, -4;
/M: SY='W';  M=-16,-34,-44,-35,-27,  8,-13,-27,-20,-19,-20,-19,-32,-28,-19,-19,-29,-24,-27,117, 22,-19;
/M: SY='Q';  M= -2,  1,-24,  2,  5,-23,-11, -7,-16,  0,-16,-10,  0, -9,  6, -5,  1, -5,-15,-25,-12,  5;
/M: SY='D';  M= -6, 11,-24, 12,  5,-24,-13, -1,-19,  4,-18,-10,  8,-13,  3,  0,  1, -4,-16,-30,-13,  3;
/I:         I=-14; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29;
/M: SY='D';  M=-15, 27,-28, 38, 17,-29,-11, -3,-27, -1,-20,-20, 11,-11,  1, -6, -3, -9,-23,-33,-17,  8; D=-14;
/I:         I=-14; DM=-29;
/M: SY='K';  M=-11, -8,-28, -8,  2,-24,-16, -9,-20, 23,-17, -6, -6,-11,  8, 22,-10,-10,-15,-21,-11,  4;
/I:         I=-15; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='K';  M= -4,  4,-24,  3,  6,-27,-11, -6,-22, 15,-22, -7,  3,-11, 10,  6,  1, -2,-18,-25,-13,  8;
/M: SY='L';  M=  0,-13,-18,-18,-12, -1,-19,-12,  1,-14, 10,  4,-10,-21, -8,-12, -8, -1, -1,-20, -2,-10;
/M: SY='L';  M= -5,-27,-21,-28,-20,  2,-27,-22, 16,-25, 27, 11,-26,-21,-19,-20,-20, -8, 11,-14, -3,-20;
/M: SY='G';  M=  2, -7,-25, -6,-16,-27, 48,-18,-32,-17,-27,-18,  0,-18,-17,-18,  5,-12,-21,-24,-27,-16;
/M: SY='T';  M=  0, -4,-17,-10, -6,-18,-11,-14,-13, -5,-14, -9, -1,-12,  0, -4, 12, 23, -7,-27,-12, -3;
/M: SY='A';  M=  7, -7,-20, -7,  2,-20,-13,-12,-14,  1,-13, -9, -5, -7,  2, -2,  4, -1,-10,-26,-15,  1;
/I:         I=-9; MD=-19;
/M: SY='T';  M= -5, -1,-20, -5, -5,-16,-18,-12, -8,  1,-13, -7,  1, -8, -2,  0,  2,  9, -5,-25,-11, -5; D=-9;
/I:         I=-9; MD=-19;
/M: SY='P';  M= -6,-19,-34,-12, -3,-25,-19,-19,-13,-11,-23,-15,-18, 68,-10,-19, -9, -8,-20,-27,-25,-11; D=-9;
/I:         I=-9; MI=0; MD=-19; IM=0; DM=-19;
/M: SY='V';  M= -1,-23,-16,-25,-21, -2,-27,-24, 24,-19, 12,  9,-20,-24,-21,-19,-11, -3, 29,-26, -8,-22; D=-9;
/I:         I=-9; DM=-19;
/M: SY='A';  M= 13,-17, -7,-23,-16, -7,-18,-16,  4,-16,  2,  0,-15,-19,-13,-18, -4, -1,  9,-23,-10,-15; D=-9;
/I:         I=-9; DM=-19;
/M: SY='W';  M=-15,-27,-35,-30,-22, 13,-21,-21,-11,-16,-13,-11,-22,-26,-16,-12,-21,-16,-15, 65, 16,-16;
/M: SY='V';  M= -7,-14,-18,-15,-15,  2,-19,-20,  5,-17,  0, -1,-15,-22,-18,-16, -7,  0, 13,-23, -6,-16;
/M: SY='N';  M= -1,  5,-18, -3, -5, -9,-10, -8,-15,  1,-21,-13, 14,-17, -6, -2,  8,  2,-11,-28,-12, -5;
/I:         I=-15; MD=-32;
/M: SY='I';  M= -1,-15,-19,-17,-11, -7,-16,-15,  2,-10,  2,  1,-11,-13, -7, -8, -7, -4,  2,-20, -8,-10; D=-15;
/I:         I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='D';  M= -8, 15,-25, 17, 15,-28,-11, -2,-24,  5,-22,-16, 11,-12,  9,  2,  1, -5,-21,-30,-17, 12;
/I:         I=-10; MD=-22;
/M: SY='D';  M=-10, 16,-25, 18, 13,-27, -7, -2,-27,  7,-26,-19, 15, -7,  5,  5,  4, -5,-25,-31,-18,  8; D=-10;
/I:         I=-10; MD=-22;
/M: SY='V';  M= -4,-14,-18,-17,-13, -7,-20,-18, 12,-16,  4,  7,-12,-18,-12,-16, -5,  1, 13,-25, -8,-14; D=-10;
/I:         I=-10; MD=-22;
/M: SY='T';  M= -4,-12,-19,-17,-11,-10,-23,-17,  6,-11,  0,  1,-10,-11, -5,-12,  0, 10,  5,-24, -8, -9; D=-10;
/I:         I=-10; MI=0; MD=-22; IM=0; DM=-22;
/M: SY='G';  M= -4, -7,-27, -7, -3,-23,  5,-15,-17,  0,-16, -9, -4,-16, -5, -3, -5,-11,-13,-23,-16, -5;
/M: SY='B';  M= -8,  9,-25,  8,  9,-24, -7, -7,-20,  3,-19,-11,  7,-12,  3, -3,  0, -1,-17,-29,-16,  5;
/M: SY='D';  M=-12, 17,-27, 24,  9,-26, -9, -4,-27,  4,-24,-19,  9, -9, -1, -2,  0, -6,-21,-29,-12,  3;
/M: SY='D';  M= -9, 18,-26, 21, 12,-29, -2,  0,-30,  6,-26,-19, 15,-12,  2,  2,  2, -6,-25,-31,-17,  6;
/M: SY='T';  M= -1, -7,-19, -8, -9,-14,-10,-17, -6, -9, -5, -5, -6,-18,-12,-10, -1,  3,  1,-27,-13,-11;
/M: SY='W';  M=-17,-27,-33,-28,-24, 19,-28, -3,  1,-16,  1, -2,-27,-30,-16,-15,-25,-14, -7, 49, 49,-21;
/M: SY='Q';  M= -8,-10,-22,-13, -6,-10,-15, -4, -9, -7, -3,  0, -5,-19,  4,  2, -3, -1,-10,-23, -7, -2;
/M: SY='V';  M=  2,-27,-17,-31,-25, -1,-28,-26, 27,-22, 17, 14,-25,-25,-22,-22,-13, -4, 30,-24, -7,-25;
/M: SY='P';  M= -8,-16,-34, -9, -1,-27,-19, -2,-19,-10,-26,-15,-14, 57, -5,-16, -6, -9,-24,-30,-20, -7;
/M: SY='F';  M=-14,-30,-19,-34,-25, 39,-30,-21, 12,-29, 31, 11,-26,-30,-29,-20,-25, -9,  8, -8, 12,-25;
/M: SY='T';  M= -2, -1,-16, -7, -3,-16,-19,-15,-11,  0,-14, -9,  1,-12, -2, -3, 11, 24, -4,-29,-11, -3;
/M: SY='V';  M= 16,-22,-12,-25,-20, -8,-19,-24, 13,-16,  4,  3,-22,-22,-17,-18, -4, -1, 26,-25,-13,-19;
/M: SY='R';  M=-11, -7,-25, -8,  1,-20,-19, -7,-21, 20,-19, -9, -1,-16,  5, 34, -1, -2,-12,-24,-11,  0;
/M: SY='G';  M=  2, -7,-27, -9,-17,-25, 53,-16,-34,-17,-27,-18,  2,-20,-17,-18,  2,-15,-26,-19,-22,-17;
/M: SY='P';  M=  0, -1,-25, -2, -2,-24, -9,-12,-20, -2,-25,-17,  3, 20, -5, -6,  4,  2,-20,-30,-21, -5;
/M: SY='K';  M= -7,  0,-26,  2, 12,-27,-17, -2,-25, 22,-22,-10,  0,-11, 13, 17, -2, -7,-20,-24,-11, 12;
/M: SY='A';  M=  6, -2,-20, -8, -5,-22, -3,-12,-17,  5,-18,-10,  2,-14, -1,  0,  2,  0,-10,-24,-16, -3;
/M: SY='D';  M=-12, 18,-25, 26,  9,-28,-16, -7,-24,  5,-21,-17,  6,-12,  1,  0,  1,  0,-16,-32,-15,  5;
/M: SY='L';  M=-10,-16,-25,-18, -9, -8,-28, -2,  6, -8,  8,  7,-13,-20, -8, -8,-15, -7,  3,-23, -1,-10;
/M: SY='H';  M= -6,  4,-13,  1,  1,-24,-14, 10,-21,  2,-22,-10,  9,-16,  9,  2,  5, -1,-18,-31,-10,  4;
/M: SY='Y';  M=-18,-22,-28,-24,-20, 26,-30,  6,  4,-13,  8,  3,-20,-29,-13, -7,-21,-10, -4, 14, 51,-20;
/M: SY='F';  M= -8,-11,-21,-19,-12,  3,-22,-11,  1,-10, -3,  3, -5,-20, -4, -5, -5, -3, -1,-18, -2, -8;
/M: SY='A';  M= 17,-19,-15,-22,-21,-14,  3,-24,  1,-17, -6, -4,-16,-21,-21,-20, -1, -5, 15,-24,-18,-21;
/M: SY='M';  M= -9,-12,-13,-19,-14, -6,-24, -9,  4,-13,  1,  9, -8,-20, -7, -9, -6,  1,  2,-25, -5,-12;
/M: SY='I';  M= -9,-26,-21,-29,-25, 12,-31,-15, 21,-21, 15,  9,-23,-27,-21,-19,-16, -3, 19,-10, 17,-25;
/M: SY='D';  M=-15, 35,-27, 42, 18,-31,-11,  0,-28, -1,-25,-23, 22,-11,  2, -8,  2, -7,-25,-37,-19,  9;
/M: SY='C';  M= -9,-21,111,-30,-30,-19,-30,-30,-26,-29,-18,-18,-21,-39,-30,-29,-10, -9, -6,-49,-29,-30;
/M: SY='K';  M= -5, -1,-26, -2,  4,-27, -9, -9,-27, 22,-24,-12,  0,-12,  7, 19, -3, -4,-19,-22,-14,  5;
/M: SY='T';  M=  1,  1,-18, -5, -6,-14,-15,-11,-12, -1,-11, -9,  4,-15, -5, -2,  4, 10, -8,-25, -9, -6;
/M: SY='G';  M= -6,  0,-28,  1, -4,-26, 27, -6,-30,-10,-21,-13,  3,-17, -6,-12, -2,-14,-25,-25,-20, -5;
/M: SY='T';  M= -5,  3,-20,  0,  0,-15,-15, -7,-11, -2,-14, -4,  4,-13, -1, -6,  7, 10, -9,-28, -8, -1;
/M: SY='I';  M=  2,-27,-20,-33,-26, -2,-30,-27, 32,-24, 16, 14,-22,-22,-21,-24,-14, -6, 29,-23, -6,-25;
/M: SY='E';  M= -8,  9,-24, 10, 26,-23,-19, -6,-19,  3,-17,-15,  6, -7,  7, -4,  4,  4,-18,-30,-16, 16;
/M: SY='Y';  M=-19,-22,-31,-22,-21, 26,-29, 14,  0,-11,  0,  2,-22,-29,-10,-11,-22,-12,-10, 37, 71,-19;
/M: SY='S';  M=  6, -5,-18, -6,  2,-21,-11, -5,-15, -3,-19,-10,  0,-12,  7,  0, 15,  5,-10,-29,-15,  4;
/M: SY='R';  M= -1,-13,-19,-15, -8, -8,-18, -9, -6, -4, -3,  0, -9,-19, -6,  4, -2, -1, -1,-24, -8, -8;
/M: SY='E';  M= -6, -6,-26, -5,  6,-22,-16,-11,-16,  6,-16,-10, -5,  1,  3,  3, -4, -4,-13,-26,-16,  3;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2022_03 which contains 568'002 sequence entries.


Total number of hits 26 in 26 different sequences
Number of true positive hits 26 in 26 different sequences
Number of 'unknown' hits 0
Number of false positive hits 0
Number of false negative sequences 0
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] CJA_Sigrist
Taxonomic range [info] Prokaryotes (Bacteria)
Maximum number of repetitions [info] 1
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] YebF/Cmi
Version [info] 1

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
26 sequences

IMMM_ECOLX  (P18002    ), YEBF_ECO57  (Q8XCK0    ), YEBF_ECOL6  (Q8CVZ5    ), 
YEBF_ECOLI  (P33219    ), YEBF_PHOLL  (Q7N3M3    ), YEBF_SALA4  (B5F3L0    ), 
YEBF_SALCH  (Q57NB9    ), YEBF_SALDC  (B5FSQ2    ), YEBF_SALEP  (B5R1X2    ), 
YEBF_SALG2  (B5R8F6    ), YEBF_SALHS  (B4T7X9    ), YEBF_SALNS  (B4SVD1    ), 
YEBF_SALPA  (Q5PI99    ), YEBF_SALPB  (A9MUZ0    ), YEBF_SALPC  (C0Q2H0    ), 
YEBF_SALPK  (B5BH73    ), YEBF_SALSV  (B4TYQ4    ), YEBF_SALTI  (Q8Z5X5    ), 
YEBF_SALTY  (Q8ZNW7    ), YEBF_SHIBS  (Q322G8    ), YEBF_SHIDS  (Q32HB5    ), 
YEBF_SHIFL  (Q83KS1    ), YEBF_SHISS  (Q3Z2J8    ), YEBF_YERP3  (A7FJ88    ), 
YEBF_YERPE  (Q8ZFD5    ), YEBF_YERPS  (Q66BW1    )
» more

PDB
[Detailed view]
3 PDB

2LQV; 2XGL; 4AEQ

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission