PROSITE entry PS51979
View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission
General information about the entry
| Entry name [info] | YEBF_CMI |
| Accession [info] | PS51979 |
| Entry type [info] | MATRIX |
| Date [info] |
23-FEB-2022 CREATED;
23-FEB-2022 DATA UPDATE; 27-MAR-2024 INFO UPDATE. |
| PROSITE Doc. [info] | PDOC51979 |
| Associated ProRule [info] | PRU01323 |
Name and characterization of the entry
| Description [info] | YebF/Cmi domain profile. |
| Matrix / Profile [info] |
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=88; /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=83; /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.1769242; R2=0.0180142; TEXT='-LogE'; /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=463; N_SCORE=10.5; MODE=1; TEXT='!'; /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=240; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?'; /DEFAULT: M0=-8; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; ... A B C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y Z /I: B1=0; BI=-105; BD=-105; /M: SY='T'; M= -4, 3,-21, 2, 1,-22,-15,-11,-18, 6,-22,-13, 5, -4, 1, -1, 9, 11,-13,-30,-14, 0; /M: SY='F'; M= -3,-20,-20,-24,-21, 15, -4,-21, -6,-21, -3, -5,-14,-17,-24,-19, -6, -3, -1,-14, -3,-21; /M: SY='P'; M= 7,-13,-27,-12, 0,-23,-16,-19,-11, -7,-17,-12,-13, 30, -7,-16, -2, -2,-12,-26,-21, -6; /M: SY='S'; M= 2, -1,-22, -2, 4,-22,-12,-11,-17, 4,-19,-12, 2, -3, 0, 1, 5, 0,-14,-28,-16, 1; /M: SY='C'; M=-10,-20,114,-30,-30,-16,-30,-30,-29,-30,-19,-19,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-47,-27,-30; /M: SY='E'; M=-10, 5,-26, 7, 12,-22,-14, -3,-21, 5,-19,-13, 4, -8, 7, 3, 0, -5,-19,-26,-10, 9; /M: SY='N'; M= -8, 11,-26, 10, 11,-26, -1, -4,-26, 3,-22,-15, 12,-13, 6, 0, 2, -4,-24,-29,-18, 8; /M: SY='L'; M= -6,-23,-19,-26,-16, 6,-27,-20, 15,-21, 20, 9,-21,-24,-15,-17,-15, -5, 13,-21, -2,-16; /M: SY='T'; M= -1, 12,-17, 8, 1,-18,-12, -9,-16, -7,-14,-14, 11,-13, -5, -9, 11, 16,-12,-33,-15, -2; /M: SY='P'; M= -1, -1,-25, 0, 3,-18,-14, -6,-18, 0,-21,-14, -1, 6, -1, -7, 2, -2,-18,-21, -6, -1; /M: SY='E'; M= 4, 5,-23, 7, 17,-28,-12, -4,-23, 3,-20,-14, 3, -6, 14, 1, 5, -4,-20,-27,-18, 15; /M: SY='Q'; M= -5, 1,-28, 0, 16,-35, -8, 3,-23, 7,-21, -6, 2,-11, 38, 4, 1,-10,-27,-22,-14, 27; /M: SY='V'; M= 14,-23,-16,-29,-23, -6,-22,-26, 21,-20, 9, 7,-21,-21,-20,-23, -7, -3, 25,-23,-10,-23; /M: SY='A'; M= 12,-14,-20,-19,-10,-15,-13,-18, -1, -3, -5, 0,-11,-15, -8, -7, -4, -5, 3,-22,-13,-10; /M: SY='A'; M= 14, 3,-16, -2, -1,-19,-10,-13,-12, -8,-12,-12, 2,-11, -5,-13, 9, 8, -7,-28,-16, -3; /M: SY='Q'; M= -9, -8,-22,-10, -6, -7,-20, -5, -7, -5, -5, -1, -5,-19, 3, -1, -3, -2, -7,-19, 0, -2; /M: SY='V'; M= -2,-30,-13,-32,-30, 0,-32,-30, 33,-22, 12, 12,-28,-28,-28,-22,-12, -2, 47,-28, -8,-30; /M: SY='K'; M= -9, 3,-27, 3, 9,-26,-18, -7,-24, 27,-23,-10, 4,-12, 11, 17, -4, -5,-19,-24,-12, 10; /M: SY='N'; M=-13, 13,-25, 9, 5,-21,-14, 6,-21, 6,-21,-13, 18,-17, 7, 15, 0, -3,-20,-29,-11, 4; /M: SY='D'; M=-18, 42,-29, 59, 16,-36,-11, -3,-33, -3,-27,-26, 17,-11, -1,-11, 1, -8,-25,-39,-19, 7; /I: I=-15; MD=-32; /M: SY='F'; M=-17,-24,-24,-28,-22, 38,-28, -4, 4,-18, 9, 6,-19,-27,-20,-11,-19,-10, -1, 8, 37,-22; D=-15; /I: I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32; /M: SY='L'; M= -9,-23,-21,-27,-20, 5,-28,-18, 21,-25, 34, 19,-21,-26,-17,-19,-22, -6, 11,-22, -2,-19; /M: SY='Q'; M=-10, 2,-28, 1, 15,-30,-20, 0,-20, 18,-21, -6, 4,-11, 28, 13, -3, -7,-22,-23,-11, 21; /I: I=-12; MD=-25; /M: SY='N'; M= -7, 20,-18, 9, -1,-18, -1, 8,-19, 2,-24,-14, 33,-15, 0, 3, 7, 0,-22,-30,-14, -1; D=-12; /I: I=-12; MI=0; MD=-25; IM=0; DM=-25; /M: SY='R'; M=-13, -6,-26, -8, 0,-20,-17, -1,-25, 22,-19, -9, 3,-17, 10, 51, -5, -6,-18,-21,-11, 2; D=-12; /I: I=-12; DM=-25; /M: SY='I'; M= -9,-28,-24,-34,-26, 17,-30,-20, 22,-24, 16, 12,-23,-25,-22,-22,-20, -9, 15, -3, 11,-25; /M: SY='P'; M= -5,-10,-31, -5, 0,-25,-17,-11,-19, -4,-22,-14,-10, 38, -3, -8, -3, -5,-22,-29,-21, -4; /M: SY='R'; M=-11, -7,-27, -9, -4,-17,-13, 12,-26, 13,-18, -9, 2,-20, 4, 36, -7,-10,-19,-18, -1, -4; /M: SY='W'; M=-16,-34,-44,-35,-27, 8,-13,-27,-20,-19,-20,-19,-32,-28,-19,-19,-29,-24,-27,117, 22,-19; /M: SY='Q'; M= -2, 1,-24, 2, 5,-23,-11, -7,-16, 0,-16,-10, 0, -9, 6, -5, 1, -5,-15,-25,-12, 5; /M: SY='D'; M= -6, 11,-24, 12, 5,-24,-13, -1,-19, 4,-18,-10, 8,-13, 3, 0, 1, -4,-16,-30,-13, 3; /I: I=-14; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29; /M: SY='D'; M=-15, 27,-28, 38, 17,-29,-11, -3,-27, -1,-20,-20, 11,-11, 1, -6, -3, -9,-23,-33,-17, 8; D=-14; /I: I=-14; DM=-29; /M: SY='K'; M=-11, -8,-28, -8, 2,-24,-16, -9,-20, 23,-17, -6, -6,-11, 8, 22,-10,-10,-15,-21,-11, 4; /I: I=-15; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32; /M: SY='K'; M= -4, 4,-24, 3, 6,-27,-11, -6,-22, 15,-22, -7, 3,-11, 10, 6, 1, -2,-18,-25,-13, 8; /M: SY='L'; M= 0,-13,-18,-18,-12, -1,-19,-12, 1,-14, 10, 4,-10,-21, -8,-12, -8, -1, -1,-20, -2,-10; /M: SY='L'; M= -5,-27,-21,-28,-20, 2,-27,-22, 16,-25, 27, 11,-26,-21,-19,-20,-20, -8, 11,-14, -3,-20; /M: SY='G'; M= 2, -7,-25, -6,-16,-27, 48,-18,-32,-17,-27,-18, 0,-18,-17,-18, 5,-12,-21,-24,-27,-16; /M: SY='T'; M= 0, -4,-17,-10, -6,-18,-11,-14,-13, -5,-14, -9, -1,-12, 0, -4, 12, 23, -7,-27,-12, -3; /M: SY='A'; M= 7, -7,-20, -7, 2,-20,-13,-12,-14, 1,-13, -9, -5, -7, 2, -2, 4, -1,-10,-26,-15, 1; /I: I=-9; MD=-19; /M: SY='T'; M= -5, -1,-20, -5, -5,-16,-18,-12, -8, 1,-13, -7, 1, -8, -2, 0, 2, 9, -5,-25,-11, -5; D=-9; /I: I=-9; MD=-19; /M: SY='P'; M= -6,-19,-34,-12, -3,-25,-19,-19,-13,-11,-23,-15,-18, 68,-10,-19, -9, -8,-20,-27,-25,-11; D=-9; /I: I=-9; MI=0; MD=-19; IM=0; DM=-19; /M: SY='V'; M= -1,-23,-16,-25,-21, -2,-27,-24, 24,-19, 12, 9,-20,-24,-21,-19,-11, -3, 29,-26, -8,-22; D=-9; /I: I=-9; DM=-19; /M: SY='A'; M= 13,-17, -7,-23,-16, -7,-18,-16, 4,-16, 2, 0,-15,-19,-13,-18, -4, -1, 9,-23,-10,-15; D=-9; /I: I=-9; DM=-19; /M: SY='W'; M=-15,-27,-35,-30,-22, 13,-21,-21,-11,-16,-13,-11,-22,-26,-16,-12,-21,-16,-15, 65, 16,-16; /M: SY='V'; M= -7,-14,-18,-15,-15, 2,-19,-20, 5,-17, 0, -1,-15,-22,-18,-16, -7, 0, 13,-23, -6,-16; /M: SY='N'; M= -1, 5,-18, -3, -5, -9,-10, -8,-15, 1,-21,-13, 14,-17, -6, -2, 8, 2,-11,-28,-12, -5; /I: I=-15; MD=-32; /M: SY='I'; M= -1,-15,-19,-17,-11, -7,-16,-15, 2,-10, 2, 1,-11,-13, -7, -8, -7, -4, 2,-20, -8,-10; D=-15; /I: I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32; /M: SY='D'; M= -8, 15,-25, 17, 15,-28,-11, -2,-24, 5,-22,-16, 11,-12, 9, 2, 1, -5,-21,-30,-17, 12; /I: I=-10; MD=-22; /M: SY='D'; M=-10, 16,-25, 18, 13,-27, -7, -2,-27, 7,-26,-19, 15, -7, 5, 5, 4, -5,-25,-31,-18, 8; D=-10; /I: I=-10; MD=-22; /M: SY='V'; M= -4,-14,-18,-17,-13, -7,-20,-18, 12,-16, 4, 7,-12,-18,-12,-16, -5, 1, 13,-25, -8,-14; D=-10; /I: I=-10; MD=-22; /M: SY='T'; M= -4,-12,-19,-17,-11,-10,-23,-17, 6,-11, 0, 1,-10,-11, -5,-12, 0, 10, 5,-24, -8, -9; D=-10; /I: I=-10; MI=0; MD=-22; IM=0; DM=-22; /M: SY='G'; M= -4, -7,-27, -7, -3,-23, 5,-15,-17, 0,-16, -9, -4,-16, -5, -3, -5,-11,-13,-23,-16, -5; /M: SY='B'; M= -8, 9,-25, 8, 9,-24, -7, -7,-20, 3,-19,-11, 7,-12, 3, -3, 0, -1,-17,-29,-16, 5; /M: SY='D'; M=-12, 17,-27, 24, 9,-26, -9, -4,-27, 4,-24,-19, 9, -9, -1, -2, 0, -6,-21,-29,-12, 3; /M: SY='D'; M= -9, 18,-26, 21, 12,-29, -2, 0,-30, 6,-26,-19, 15,-12, 2, 2, 2, -6,-25,-31,-17, 6; /M: SY='T'; M= -1, -7,-19, -8, -9,-14,-10,-17, -6, -9, -5, -5, -6,-18,-12,-10, -1, 3, 1,-27,-13,-11; /M: SY='W'; M=-17,-27,-33,-28,-24, 19,-28, -3, 1,-16, 1, -2,-27,-30,-16,-15,-25,-14, -7, 49, 49,-21; /M: SY='Q'; M= -8,-10,-22,-13, -6,-10,-15, -4, -9, -7, -3, 0, -5,-19, 4, 2, -3, -1,-10,-23, -7, -2; /M: SY='V'; M= 2,-27,-17,-31,-25, -1,-28,-26, 27,-22, 17, 14,-25,-25,-22,-22,-13, -4, 30,-24, -7,-25; /M: SY='P'; M= -8,-16,-34, -9, -1,-27,-19, -2,-19,-10,-26,-15,-14, 57, -5,-16, -6, -9,-24,-30,-20, -7; /M: SY='F'; M=-14,-30,-19,-34,-25, 39,-30,-21, 12,-29, 31, 11,-26,-30,-29,-20,-25, -9, 8, -8, 12,-25; /M: SY='T'; M= -2, -1,-16, -7, -3,-16,-19,-15,-11, 0,-14, -9, 1,-12, -2, -3, 11, 24, -4,-29,-11, -3; /M: SY='V'; M= 16,-22,-12,-25,-20, -8,-19,-24, 13,-16, 4, 3,-22,-22,-17,-18, -4, -1, 26,-25,-13,-19; /M: SY='R'; M=-11, -7,-25, -8, 1,-20,-19, -7,-21, 20,-19, -9, -1,-16, 5, 34, -1, -2,-12,-24,-11, 0; /M: SY='G'; M= 2, -7,-27, -9,-17,-25, 53,-16,-34,-17,-27,-18, 2,-20,-17,-18, 2,-15,-26,-19,-22,-17; /M: SY='P'; M= 0, -1,-25, -2, -2,-24, -9,-12,-20, -2,-25,-17, 3, 20, -5, -6, 4, 2,-20,-30,-21, -5; /M: SY='K'; M= -7, 0,-26, 2, 12,-27,-17, -2,-25, 22,-22,-10, 0,-11, 13, 17, -2, -7,-20,-24,-11, 12; /M: SY='A'; M= 6, -2,-20, -8, -5,-22, -3,-12,-17, 5,-18,-10, 2,-14, -1, 0, 2, 0,-10,-24,-16, -3; /M: SY='D'; M=-12, 18,-25, 26, 9,-28,-16, -7,-24, 5,-21,-17, 6,-12, 1, 0, 1, 0,-16,-32,-15, 5; /M: SY='L'; M=-10,-16,-25,-18, -9, -8,-28, -2, 6, -8, 8, 7,-13,-20, -8, -8,-15, -7, 3,-23, -1,-10; /M: SY='H'; M= -6, 4,-13, 1, 1,-24,-14, 10,-21, 2,-22,-10, 9,-16, 9, 2, 5, -1,-18,-31,-10, 4; /M: SY='Y'; M=-18,-22,-28,-24,-20, 26,-30, 6, 4,-13, 8, 3,-20,-29,-13, -7,-21,-10, -4, 14, 51,-20; /M: SY='F'; M= -8,-11,-21,-19,-12, 3,-22,-11, 1,-10, -3, 3, -5,-20, -4, -5, -5, -3, -1,-18, -2, -8; /M: SY='A'; M= 17,-19,-15,-22,-21,-14, 3,-24, 1,-17, -6, -4,-16,-21,-21,-20, -1, -5, 15,-24,-18,-21; /M: SY='M'; M= -9,-12,-13,-19,-14, -6,-24, -9, 4,-13, 1, 9, -8,-20, -7, -9, -6, 1, 2,-25, -5,-12; /M: SY='I'; M= -9,-26,-21,-29,-25, 12,-31,-15, 21,-21, 15, 9,-23,-27,-21,-19,-16, -3, 19,-10, 17,-25; /M: SY='D'; M=-15, 35,-27, 42, 18,-31,-11, 0,-28, -1,-25,-23, 22,-11, 2, -8, 2, -7,-25,-37,-19, 9; /M: SY='C'; M= -9,-21,111,-30,-30,-19,-30,-30,-26,-29,-18,-18,-21,-39,-30,-29,-10, -9, -6,-49,-29,-30; /M: SY='K'; M= -5, -1,-26, -2, 4,-27, -9, -9,-27, 22,-24,-12, 0,-12, 7, 19, -3, -4,-19,-22,-14, 5; /M: SY='T'; M= 1, 1,-18, -5, -6,-14,-15,-11,-12, -1,-11, -9, 4,-15, -5, -2, 4, 10, -8,-25, -9, -6; /M: SY='G'; M= -6, 0,-28, 1, -4,-26, 27, -6,-30,-10,-21,-13, 3,-17, -6,-12, -2,-14,-25,-25,-20, -5; /M: SY='T'; M= -5, 3,-20, 0, 0,-15,-15, -7,-11, -2,-14, -4, 4,-13, -1, -6, 7, 10, -9,-28, -8, -1; /M: SY='I'; M= 2,-27,-20,-33,-26, -2,-30,-27, 32,-24, 16, 14,-22,-22,-21,-24,-14, -6, 29,-23, -6,-25; /M: SY='E'; M= -8, 9,-24, 10, 26,-23,-19, -6,-19, 3,-17,-15, 6, -7, 7, -4, 4, 4,-18,-30,-16, 16; /M: SY='Y'; M=-19,-22,-31,-22,-21, 26,-29, 14, 0,-11, 0, 2,-22,-29,-10,-11,-22,-12,-10, 37, 71,-19; /M: SY='S'; M= 6, -5,-18, -6, 2,-21,-11, -5,-15, -3,-19,-10, 0,-12, 7, 0, 15, 5,-10,-29,-15, 4; /M: SY='R'; M= -1,-13,-19,-15, -8, -8,-18, -9, -6, -4, -3, 0, -9,-19, -6, 4, -2, -1, -1,-24, -8, -8; /M: SY='E'; M= -6, -6,-26, -5, 6,-22,-16,-11,-16, 6,-16,-10, -5, 1, 3, 3, -4, -4,-13,-26,-16, 3; /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;» more |
Numerical results [info]
| Total number of hits | 26 in 26 different sequences |
| Number of true positive hits | 26 in 26 different sequences |
| Number of 'unknown' hits | 0 |
| Number of false positive hits | 0 |
| Number of false negative sequences | 0 |
| Number of 'partial' sequences | 0 |
| Precision (true positives / (true positives + false positives)) | 100.00 % |
| Recall (true positives / (true positives + false negatives)) | 100.00 % |
Comments [info]
| Matrix type [info] | protein_domain |
| Scaling database [info] | reversed |
| Author [info] | CJA_Sigrist |
| Taxonomic range [info] | Prokaryotes (Bacteria) |
| Maximum number of repetitions [info] | 1 |
| Feature key [info] | DOMAIN |
| Feature description [info] | YebF/Cmi |
| Version [info] | 1 |
Cross-references [info]
| UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences |
26 sequences
IMMM_ECOLX (P18002), YEBF_ECO57 (Q8XCK0), YEBF_ECOL6 (Q8CVZ5), YEBF_ECOLI (P33219), YEBF_PHOLL (Q7N3M3), YEBF_SALA4 (B5F3L0), YEBF_SALCH (Q57NB9), YEBF_SALDC (B5FSQ2), YEBF_SALEP (B5R1X2), YEBF_SALG2 (B5R8F6), YEBF_SALHS (B4T7X9), YEBF_SALNS (B4SVD1), YEBF_SALPA (Q5PI99), YEBF_SALPB (A9MUZ0), YEBF_SALPC (C0Q2H0), YEBF_SALPK (B5BH73), YEBF_SALSV (B4TYQ4), YEBF_SALTI (Q8Z5X5), YEBF_SALTY (Q8ZNW7), YEBF_SHIBS (Q322G8), YEBF_SHIDS (Q32HB5), YEBF_SHIFL (Q83KS1), YEBF_SHISS (Q3Z2J8), YEBF_YERP3 (A7FJ88), YEBF_YERPE (Q8ZFD5), YEBF_YERPS (Q66BW1)» more
|
| PDB [Detailed view] |
3 PDB
2LQV; 2XGL; 4AEQ |