PROSITE entry PS51993

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

Entry name [info]	COV_3ECTO
Accession [info]	PS51993
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	28-JUN-2023 CREATED; 28-JUN-2023 DATA UPDATE; 27-MAR-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC51993
Associated ProRule [info]	PRU01337

Name and characterization of the entry

Description [info]

Coronavirus 3Ecto domain profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=66;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=61;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.5367417; R2=0.0167951; TEXT='-LogE';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=475; N_SCORE=10.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=236; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='P';  M=  2,-14,-24,-16,-11,-17,-13,-12, -6,-11,-10, -6,-12,  6,-11,-15, -4,  0, -5,-25,-14,-13;
/M: SY='F';  M= -4,-15,-20,-18,-13,  5,-14,-14, -7,-10,  2, -2,-11,-20,-13, -9, -6, -1, -5,-16,  1,-13;
/M: SY='F';  M= -6,-23,-21,-28,-21, 13,-24,-17,  9,-21, 12,  8,-20,-24,-18,-18,-14, -3,  6, -1,  9,-19;
/M: SY='F';  M= -7,-23,-19,-28,-23, 27,-18,-16,  2,-22,  8,  1,-19,-26,-25,-18,-13, -4,  4, -5, 15,-23;
/M: SY='M';  M= -5,-14,-22,-19,-15,-12,-10,-16,  2,-11,  0,  9,-11,-18, -6,-12, -6,  2,  2,-23, -9,-11;
/M: SY='F';  M=-12,-20,-27,-21,-13,  3,-11,-17, -7, -9, -1, -3,-15,-23,-14, -2,-16,-13, -6, -3, -2,-14;
/M: SY='V';  M= -3,-28,-17,-33,-26, 14,-29,-25, 23,-25, 19, 11,-25,-27,-26,-22,-16, -5, 26,-19,  0,-26;
/M: SY='R';  M=-12,-10,-17,-10, -1,-17,-22, -5,-18, 12,-11, -4, -7,-19,  9, 18, -8, -8,-15,-19, -3,  3;
/M: SY='F';  M= -8, -9,-22,-12,-12,  5,-21, -2, -2,-16,  2, -1, -6,-22,-10,-13, -9, -7, -4,-18,  5,-11;
/M: SY='Y';  M=-11,-11,-23,-15,-12,  9,-22, -6, -8, -7, -6, -6, -7,-14,-11, -4, -5,  3, -9,-10, 14,-13;
/M: SY='F';  M= -7,-27,-21,-29,-20, 20,-26,-22,  7,-24, 15,  4,-24, -9,-25,-20,-18, -8,  6,-14,  1,-22;
/M: SY='G';  M= -5,-17,-23,-19,-20, -2, 16,-19,-14,-18, -9, -7,-10,-23,-21,-12, -5,-10, -6,-18,-12,-20;
/M: SY='I';  M= -5,-13,-23,-17,-11, -6,-17,-11,  3,-17, -1, -1, -8,-12,-13,-17, -8, -4,  1,-23, -7,-14;
/M: SY='S';  M=  1,-12,-17,-12,-12,-11, -2,-18,-11,-11,-17,-10, -6,-11,-13,-12, 10,  5,  0,-28,-15,-13;
/M: SY='M';  M= -6,-12,-22,-15, -9, -5,-16,-11, -6,-13, -4,  2, -7,-10, -3,-11, -2,  1, -9,-12, -6, -6;
/M: SY='P';  M= -3,-23,-27,-24,-15, -2,-24,-19,  6,-20,  7,  1,-21, 10,-16,-21,-15, -9, -2,-18, -4,-18;
/M: SY='C';  M=-11,-13,105,-20,-25,-22,-28,-27,-31,-27,-21,-21,-16,-37,-27,-28, -9,-10,-12,-49,-29,-26;
/M: SY='D';  M=-10, 17,-25, 24,  3,-28,  2,  3,-29, -3,-26,-19, 12,-15, -4, -7,  4, -7,-20,-33,-16, -1;
/I:         I=-11; MD=-23;
/M: SY='G';  M= -5, -2,-19,  1,  0,-17,  7, -8,-18, -5,-13,-11, -2, -3, -5, -4,  0, -6,-15,-19,-14, -3; D=-11;
/I:         I=-11; MD=-23;
/M: SY='Y';  M= -6,-12,-14,-13,-12,  6,-17, -3,  5,-10,  3,  2,-10,-15, -8, -9, -5,  1,  3, -2, 18,-12; D=-11;
/I:         I=-11; MD=-23;
/M: SY='V';  M=  0,-10, -9,-11,-10, -1,-12, -8,  3, -5, -1,  0, -9,-12, -8, -3, -2,  2,  9, -9,  3,-10; D=-11;
/I:         I=-11; MI=-23; MD=-23; IM=-23; DM=-23;
/M: SY='D';  M= -5, 16,-14, 17,  9,-18, -5,  1,-17,  0,-17,-13, 14, -7,  6, -3,  8,  0,-16,-23,-12,  7; D=-11;
/I:         I=-11; DM=-23;
/M: SY='G';  M=  4, -1,-15,  1,  0,-15, 11, -9,-15, -7, -9, -9, -2, -9, -5,-10, -1, -7,-12,-15,-13, -3; D=-11;
/I:         I=-11; DM=-23;
/M: SY='Y';  M=-20,-20,-30,-20,-20, 30,-30, 20,  0,-10,  0,  0,-20,-30,-10,-10,-20,-10,-10, 30, 80,-20;
/I:         I=-10; MI=0; MD=-22; IM=0; DM=-22;
/M: SY='A';  M= 10, -3,-11, -6,  1,-13, -7,-10,-10, -2, -9, -7, -3, -8, -2, -6,  8,  5, -5,-19,-11,  0; D=-10;
/I:         I=-10; DM=-22;
/M: SY='N';  M= -6, 16,-17, 11,  4,-20, -7,  0,-18,  7,-21,-12, 20,-11,  7,  3,  6,  2,-18,-26,-12,  5; D=-10;
/I:         I=-10; DM=-22;
/M: SY='S';  M=  5, -3, -9, -4, -3,-13, -5,-10, -9, -9,-18,-11,  5, -9, -2, -9, 25, 15, -4,-29,-13, -3; D=-10;
/I:         I=-10; DM=-22;
/M: SY='N';  M= -6,  2,-14, -4, -5,  0,-11,  3,-12, -8,-12, -8,  9,-13, -2, -5,  7,  7,-11,-20, -2, -3; D=-10;
/I:         I=-10; DM=-22;
/M: SY='F';  M=-15,  1,-19,  0, -9, 23,-17, -6,-11,-13, -5, -8, -1,-18,-17,-11, -9, -7,-10, -6, 12,-11; D=-10;
/I:         I=-10; DM=-22;
/M: SY='V';  M= -6, -5,-16, -5,-16, -9,-21,-17,  9,-14, -1, -1, -6,-25,-19,-15, -6, -2, 20,-33,-13,-18;
/M: SY='K';  M= -9,-11,-26,-11, -5,-13,-16,-13,-13,  8, -6, -4,-10,-10, -5,  2,-10, -3,-11,-18, -4, -6;
/M: SY='T';  M= -8,  6,-19,  3, -5,-11,-16,-10,-14, -1,-16,-12,  7,-17, -8,  0,  4,  8, -7,-29,-10, -6;
/I:         I=-13; MD=-27;
/M: SY='D';  M= -6, 14,-22, 15, 11,-21,-12, -3,-15,  2,-15, -9,  9,-10,  2, -4, -2, -6,-15,-26,-13,  6; D=-13;
/I:         I=-13; MI=0; MD=-27; IM=0; DM=-27;
/M: SY='Y';  M=-17,-14,-25,-14,-10, 30,-27, -1, -5,-13, -1, -4,-15,-24,-16,-12,-15, -9, -7,  5, 36,-13;
/M: SY='C';  M= -9,-12, 91,-23,-25,-19,-26,-25,-26,-25,-19,-19,-11,-34,-25,-25, -4, -1,-10,-46,-26,-25;
/M: SY='G';  M=  9, -1,-22, -3, -7,-24, 24,-15,-24,-12,-22,-16,  2,-16,-11,-16,  5, -8,-15,-26,-23, -9;
/M: SY='G';  M= -5,  9,-24,  2, -4,-24, 20, -8,-28, -3,-26,-18, 18,-16, -7, -6,  5, -2,-25,-28,-21, -5;
/I:         I=-14; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29;
/M: SY='S';  M=  0, 10,-18, 11, -1,-24, 14, -8,-26, -9,-28,-20, 13,-12, -4,-10, 19,  3,-19,-32,-21, -3; D=-14;
/I:         I=-14; DM=-29;
/M: SY='W';  M=-10,-30,-27,-36,-26, 22,-26,-23, 10,-24, 10,  7,-26,-26,-23,-21,-23,-13,  4, 24, 12,-23;
/M: SY='F';  M= -5,-24,-23,-28,-21,  9,-18,-21,  5,-21,  9,  5,-21,-16,-20,-19,-16, -6,  2, -1,  0,-20;
/M: SY='C';  M=-12,-16, 87,-23,-23,-20,-28, -2,-30,-26,-20,-16,-13,-36,-21,-23,-10,-12,-14,-46,-19,-23;
/M: SY='H';  M=-12,  1,-26, -2,  1,-17,-17, 13,-20, 13,-18, -7,  7,-17,  8, 12, -5, -8,-20,-21,  2,  3;
/M: SY='M';  M= -6,-25,-21,-31,-22,  8,-26,-19, 16,-21, 18, 19,-22,-23,-17,-19,-18, -5, 11, -7,  2,-19;
/M: SY='C';  M= -9,-18,107,-28,-28,-19,-29,-29,-28,-28,-19,-19,-18,-37,-28,-28, -7, -4, -9,-48,-28,-28;
/M: SY='L';  M=-11,-28,-20,-31,-21, 13,-28,-16, 18,-26, 40, 27,-27,-28,-17,-18,-27,-10,  9,-18,  2,-19;
/M: SY='A';  M=  7,-12,-21,-19,-14,  3,-13, -5, -8,-15,-10, -8, -6,-19,-12,-15, -1, -5, -8,  0,  5,-13;
/M: SY='G';  M=  0,  2,-25,  2,-10,-28, 41,-13,-34,-14,-30,-21, 10,-17,-12,-15, 10, -8,-26,-28,-26,-11;
/M: SY='Y';  M=-14,-19,-24,-22,-14,  9,-25,  2,  3, -8,  5, 15,-17,-24, -1, -3,-16, -9, -1, -3, 23, -9;
/M: SY='D';  M=-18, 39,-30, 56, 23,-39,-12,  1,-36,  2,-28,-25, 15, -9, 10, -6,  0,-10,-30,-36,-19, 17;
/M: SY='S';  M= -1,  3,-21,  3, 13,-23,  4, -6,-23, -5,-23,-13,  7,-10,  3, -8, 14,  0,-19,-32,-20,  8;
/M: SY='L';  M=-11,-30,-21,-32,-22, 15,-31,-21, 21,-30, 45, 18,-28,-29,-22,-21,-28,-10, 11,-18,  2,-22;
/M: SY='D';  M= -2, 17,-22, 20,  9,-26,-10, 11,-26, -4,-23,-17, 12,-11,  1, -8,  8, -1,-20,-34,-13,  5;
/I:         I=-15; MD=-32;
/M: SY='D';  M=-10, 15,-20, 20,  5,-19,-11,  5,-17, -6, -9,-10,  8,-13,  2, -7, -2, -6,-16,-26, -9,  3; D=-15;
/I:         I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='Y';  M=-19,-24,-26,-27,-23, 44,-30,  4,  2,-18,  7,  2,-21,-30,-20,-14,-21,-10, -5, 20, 58,-23;
/M: SY='P';  M= -9, -2,-32,  5,  5,-30,-17,-12,-24,  3,-28,-17, -5, 35,  1, -6, -2, -3,-25,-30,-21,  1;
/M: SY='H';  M= 11, -4,-21, -9, -4,-20,-11, 47,-21,-10,-16, -4,  1,-16,  1, -9, -1,-11,-17,-26,  2, -4;
/M: SY='L';  M= -3,-24,-18,-27,-18,  3,-27,-21, 15,-25, 33, 13,-23,-24,-18,-19,-18,  1,  9,-22, -3,-18;
/M: SY='R';  M=-14,  7,-27,  9,  8,-22,-16,  1,-27, 16,-23,-14,  8,-15,  9, 24, -2, -7,-22,-23, -7,  7;
/M: SY='V';  M= -3,-23,-15,-27,-23, -2,-26,-21, 22,-18, 12, 19,-22,-24,-18,-17, -9,  1, 28,-27, -7,-21;
/M: SY='V';  M= -4,-15,-19,-18,-14,-13,-25,-16, 14,-12, -2,  5,-11,-22, -3,-12, -4, -2, 17,-28,-10, -9;
/M: SY='W';  M=-14,-15,-38,-14,  3,-19,-20, -7,-21, -2,-20,-10,-16,-17, 25, -3,-16,-18,-30, 47,  5, 16;
/I:         I=-11; MI=0; MD=-23; IM=0; DM=-23;
/M: SY='N';  M= -6,  5,-23,  5,  2,-25,  7,  3,-25,  3,-23,-11,  9,-12,  8,  0,  2, -8,-22,-22,-13,  4; D=-11;
/I:         I=-11; DM=-23;
/M: SY='Y';  M= -5,-12,-22,-14,-12, -2,-20, 20, -5,-13, -9, -3, -7,-21, -6,-11, -1, -4, -5,-13, 21,-12;
/M: SY='P';  M= -6,-18,-27,-18, -7, -4,-25,-16, -1, -7, -4, -3,-16,  5,-11,-12,-12, -9, -4,-17, -2,-11;
/M: SY='Y';  M= -5,-10,-23,-12, -7, -6,-20, -6,-11,  6, -7, -4, -9,-18, -4,  5, -5,  2, -8,-12, 10, -7;
/M: SY='D';  M=-17, 43,-29, 55, 13,-36, -1, -1,-37, -2,-30,-28, 24,-12, -2,-10,  1,-10,-30,-38,-21,  6;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2024_02 which contains 571'282 sequence entries.

Total number of hits	59 in 59 different sequences
Number of true positive hits	59 in 59 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	0
Number of false negative sequences	0
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	reversed
Author [info]	CJA_Sigrist
Taxonomic range [info]	Eukaryotic viruses
Maximum number of repetitions [info]	1
Feature key [info]	DOMAIN
Feature description [info]	3Ecto
Version [info]	1

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences

59 sequences

R1AB_BC133  (P0C6W1), R1AB_BC279  (P0C6V9), R1AB_BC512  (P0C6W0),

R1AB_BCHK3  (P0C6W2), R1AB_BCHK4  (P0C6W3), R1AB_BCHK5  (P0C6W4), 
R1AB_BCHK9  (P0C6W5), R1AB_BCRP3  (P0C6W6), R1AB_CVBEN  (P0C6W7), 
R1AB_CVBLU  (P0C6W8), R1AB_CVBM   (P0C6W9), R1AB_CVBQ   (P0C6X0), 
R1AB_CVH22  (P0C6X1), R1AB_CVHN1  (P0C6X2), R1AB_CVHN2  (P0C6X3), 
R1AB_CVHN5  (P0C6X4), R1AB_CVHNL  (P0C6X5), R1AB_CVHOC  (P0C6X6), 
R1AB_CVM2   (P0C6X8), R1AB_CVMA5  (P0C6X9), R1AB_CVMJH  (P0C6Y0), 
R1AB_CVPPU  (P0C6Y5), R1AB_FIPV   (Q98VG9), R1AB_IBVB   (P0C6Y1), 
R1AB_IBVBC  (P0C6Y2), R1AB_IBVM   (P0C6Y3), R1AB_MERS1  (K9N7C7), 
R1AB_PEDV7  (P0C6Y4), R1AB_SARS   (P0C6X7), R1AB_SARS2  (P0DTD1), 
R1A_BC133   (P0C6F7), R1A_BC279   (P0C6F5), R1A_BC512   (P0C6F6), 
R1A_BCHK3   (P0C6F8), R1A_BCHK4   (P0C6T4), R1A_BCHK5   (P0C6T5), 
R1A_BCHK9   (P0C6T6), R1A_BCRP3   (P0C6T7), R1A_CVBEN   (P0C6T8), 
R1A_CVBLU   (P0C6T9), R1A_CVBM(P0C6U0), R1A_CVBQ(P0C6U1), 
R1A_CVH22   (P0C6U2), R1A_CVHN1   (P0C6U3), R1A_CVHN2   (P0C6U4), 
R1A_CVHN5   (P0C6U5), R1A_CVHNL   (P0C6U6), R1A_CVHOC   (P0C6U7), 
R1A_CVM2(P0C6U9), R1A_CVMA5   (P0C6V0), R1A_CVMJH   (P0C6V1), 
R1A_CVPPU   (P0C6V2), R1A_IBVB(P0C6V3), R1A_IBVBC   (P0C6V4), 
R1A_IBVM(P0C6V5), R1A_MERS1   (K9N638), R1A_PEDV7   (P0C6V6), 
R1A_SARS(P0C6U8), R1A_SARS2   (P0DTC1)

» more

Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits:
[Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color]
[Clustal format, plain text] [Fasta format]
Retrieve the sequence logo from the alignment