PROSITE entry PS51999
View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission
General information about the entry
| Entry name [info] | ZF_GRF |
| Accession [info] | PS51999 |
| Entry type [info] | MATRIX |
| Date [info] |
03-AUG-2022 CREATED;
03-AUG-2022 DATA UPDATE; 08-NOV-2023 INFO UPDATE. |
| PROSITE Doc. [info] | PDOC51999 |
| Associated ProRule [info] | PRU01343 |
Name and characterization of the entry
| Description [info] | Zinc finger GRF-type profile. |
| Matrix / Profile [info] |
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=47; /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=5; N2=43; /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.8972142; R2=0.0137042; TEXT='-LogE'; /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=555; N_SCORE=9.5; MODE=1; TEXT='!'; /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=336; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?'; /DEFAULT: M0=-8; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; ... A B C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y Z /I: B1=0; BI=-105; BD=-105; /M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30; /I: I=-15; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32; /M: SY='G'; M= -6,-11,-28,-13,-11,-16, 1,-13,-16, -8,-17,-11, -7,-12,-10, -9, -7,-10,-13, -2,-11,-10; /M: SY='C'; M=-15,-10, 47,-15,-15,-20,-25, 34,-30,-20,-20,-10, -5,-30,-10,-15,-10,-15,-20,-40, -6,-15; /M: SY='G'; M= -4, -5,-29, -6,-10,-29, 39,-14,-35, -3,-29,-17, 3,-15, -9, -4, -1,-15,-27,-22,-24,-10; /M: SY='E'; M=-10, -2,-27, 3, 24,-22,-21, -5,-19, 5,-10, -9, -6, -5, 11, 5, -6, -7,-19,-26,-14, 17; /I: I=-13; MD=-27; /M: SY='P'; M= 3, -9,-16, -8, -2,-11, -8, -9,-11, -1,-10, -7, -7, 12, -4, 1, -3, -4,-10,-13,-11, -4; D=-13; /I: I=-13; MI=0; MD=-27; IM=0; DM=-27; /M: SY='C'; M= 5, -7, 31,-11, -2,-22,-16,-17,-23,-13,-20,-17, -6,-19, -7,-16, 9, 3,-12,-37,-22, -5; /M: SY='V'; M= -4,-23,-14,-26,-22, -1,-28,-24, 17,-13, 6, 6,-20,-24,-20,-13,-11, -4, 24,-24, -7,-22; /M: SY='L'; M= 0,-18,-19,-23,-16, -4,-23,-16, 9,-14, 12, 10,-16,-20,-10,-10, -9, 3, 7,-21, -4,-14; /M: SY='R'; M=-10,-15,-21,-18,-11, -3,-24,-14, -4, 0, 1, 0,-11,-22, -8, 12,-10, 0, 2,-21, -5,-11; /M: SY='F'; M= -7,-19,-15,-25,-22, 18,-26,-22, 6,-16, 2, 1,-16,-23,-23,-13, -4, 11, 15,-18, 2,-21; /M: SY='V'; M= 0,-16,-13,-20,-19, -8,-20,-24, 7,-11, -2, 0,-15,-21,-19,-13, 1, 15, 22,-28,-11,-19; /M: SY='S'; M= 0, -6,-19, -7, -3,-19,-11,-11,-15, 6,-19,-10, -1,-15, 0, 7, 9, 3, -6,-29,-14, -2; /M: SY='K'; M= -9, 5,-27, 2, 7,-27,-17, -7,-28, 38,-29,-12, 8,-12, 8, 25, -5, -5,-20,-24,-12, 7; /M: SY='P'; M= -5, 3,-24, 4, 6,-24,-14,-10,-18, -6,-21,-15, 2, 9, 1,-10, 8, 8,-17,-31,-18, 3; /M: SY='G'; M= -2, -6,-29, -6, -7,-31, 38,-13,-34, -5,-28,-16, 0,-16, -2, -8, 0,-15,-27,-21,-24, -5; /I: I=-15; MD=-32; /M: SY='P'; M= -8, -2,-33, 7, 14,-29,-17,-12,-23, -1,-25,-19, -8, 41, -1,-11, -5, -9,-25,-29,-23, 4; D=-15; /I: I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32; /M: SY='N'; M= -9, 32,-19, 16, 3,-19, -4, 5,-19, -1,-26,-19, 47,-17, 0, -1, 11, 6,-26,-38,-19, 2; /M: SY='K'; M=-10, -8,-26, -8, 0, -7,-18, -3,-18, 2,-17,-10, -3, 1, -1, 1, -3, -6,-18,-21, -5, -1; /M: SY='G'; M= -3,-11,-29,-11,-19,-21, 51,-14,-33,-18,-25,-17, -3,-19,-18,-18, -2,-16,-26,-14,-14,-19; /M: SY='R'; M=-18, -8,-30, -8, 2,-22,-20, -2,-30, 34,-22,-10, 0,-18, 10, 63,-10,-10,-20,-20,-10, 2; /M: SY='R'; M= -9, -7,-28, -7, 1,-23,-18, -4,-21, 12,-19, -9, -2, 0, 7, 22, -4, -7,-18,-25,-13, 1; /M: SY='F'; M=-20,-30,-20,-40,-30, 79,-30,-19, 0,-30, 10, 0,-20,-30,-39,-20,-20,-10, 0, 10, 31,-30; /M: SY='Y'; M=-20,-23,-29,-25,-22, 39,-29, 10, -2,-15, 1, -1,-20,-30,-17,-13,-21,-11, -9, 31, 65,-22; /M: SY='R'; M= -2,-15,-11,-19,-13,-13,-21,-16, -4, 1, -8, -2,-11,-20, -9, 9, -4, 1, 7,-26,-12,-13; /M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30; /M: SY='S'; M= 8, -9,-21,-10, -5,-20,-12,-15, -9, -8,-18,-11, -5, 7, -5,-11, 9, 1, -8,-29,-18, -7; /M: SY='R'; M= -2,-12,-21,-16,-10,-13,-17,-14, -4, -2, -5, -2, -5,-18, -6, 7, -2, 0, -1,-25,-11,-10; /M: SY='A'; M= 9, -7,-13, -9, -4,-25, -5,-16,-21, 0,-21,-14, -6, 3, -5, -7, 0, -7,-16,-26,-21, -6; /I: I=-6; MD=-12; /M: SY='R'; M=-12, -6,-23, -5, 8,-17,-17, -2,-16, 18,-12, 0, -4,-12, 8, 28, -8, -8,-12,-18, -9, 6; D=-6; /I: I=-6; MD=-12; /M: SY='D'; M= -7, 11,-19, 17, 9,-20, -2, -3,-22, 6,-17,-13, 4, -8, 1, 1, -1, -7,-17,-18, -9, 5; D=-6; /I: I=-6; MI=0; MD=-12; IM=0; DM=-12; /M: SY='T'; M= -3, -1,-11, -3, -2,-10,-12, -8, -5, 3, -8, -4, -1,-10, -2, -1, 1, 6, 0,-16, -5, -2; D=-6; /I: I=-6; DM=-12; /M: SY='N'; M= -7, 3,-15, -1, -2,-10,-11, -4, -4, 0, -8, -4, 8,-10, 0, 5, -1, -1, -6,-17, -7, -2; D=-6; /I: I=-6; DM=-12; /M: SY='N'; M= -3, 9,-13, 7, 9,-14, -5, 1,-14, -1,-16,-11, 12, -3, 4, -3, 8, 2,-14,-22,-11, 6; D=-6; /I: I=-6; DM=-12; /M: SY='R'; M= -8, 9,-17, 3, 2,-15, -7, 1,-17, 9,-18,-11, 17,-10, 3, 18, 2, -1,-16,-21,-11, 1; D=-6; /I: I=-6; DM=-12; /M: SY='N'; M= -5, 7,-23, 6, 9,-21, 1, -3,-24, 8,-22,-14, 10,-11, 3, 3, 1, -7,-21,-24,-14, 6; D=-6; /I: I=-6; DM=-12; /M: SY='E'; M= -6, -2,-20, 0, 5,-23, -2, -9,-22, -5,-12,-10, -3,-15, 4, -4, -2, -6,-19,-26,-16, 4; /M: SY='C'; M=-14,-11, 56,-17,-17,-20,-26, 45,-30,-21,-20,-11, -7,-31,-13,-17,-10,-14,-19,-41, -9,-17; /M: SY='N'; M= -8, 0,-24, -4, -5,-18, -1, -4,-14, -9, -5, -5, 5,-20, 1, -6, -5, -8,-17,-26,-13, -2; /I: I=-15; MD=-32; /M: SY='F'; M=-11,-16,-12,-21,-16, 42,-17, -8, 0,-16, 5, 0,-11,-17,-21,-11,-11, -6, -1, 7, 21,-16; D=-15; /I: I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32; /M: SY='F'; M=-18,-20,-19,-31,-26, 61,-26,-16, -1,-25, 4, -2, -9,-29,-34,-17,-15, -8, -2, 1, 21,-26; /M: SY='K'; M= -4, -3,-25, -3, 10,-27,-17, -6,-20, 19,-20, -7, -1,-11, 17, 12, 0, -5,-18,-24,-12, 13; /M: SY='W'; M=-15,-31,-45,-30,-16, 3,-19,-25,-21,-15,-19,-19,-33,-25,-14,-17,-32,-26,-28,115, 20,-11; /M: SY='V'; M= 6, -9,-15,-10, -2,-13,-18,-18, -1,-10, -5, -5,-12,-15,-10,-13, 3, 8, 9,-29,-14, -6; /M: SY='D'; M=-11, 25,-26, 37, 23,-33,-11, -1,-32, 3,-27,-23, 11, -8, 9, -3, 7, -4,-26,-35,-19, 16; /M: SY='E'; M= -8, 7,-26, 12, 28,-24,-17, -7,-19, -1,-15,-15, 1, -3, 6, -7, 1, -2,-20,-31,-17, 17; /M: SY='A'; M= 14,-11,-20,-14, -8,-18, -9,-15, -9, -7,-12, -8, -9, -4,-10,-13, 1, -4, -4,-20,-15,-10; /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;» more |
Numerical results [info]
| Total number of hits | 40 in 33 different sequences |
| Number of true positive hits | 40 in 33 different sequences |
| Number of 'unknown' hits | 0 |
| Number of false positive hits | 0 |
| Number of false negative sequences | 0 |
| Number of 'partial' sequences | 0 |
| Precision (true positives / (true positives + false positives)) | 100.00 % |
| Recall (true positives / (true positives + false negatives)) | 100.00 % |
Comments [info]
| Matrix type [info] | protein_domain |
| Scaling database [info] | reversed |
| Author [info] | CJA_Sigrist |
| Taxonomic range [info] | Eukaryotes |
| Maximum number of repetitions [info] | 2 |
| Feature key [info] | ZN_FING |
| Feature description [info] | GRF-type |
| Version [info] | 1 |
Cross-references [info]
| UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences |
33 sequences
APE2_ARATH (F4JNY0), APEX2_BOVIN (Q5E9N9), APEX2_HUMAN (Q9UBZ4), APEX2_MOUSE (Q68G58), APEX2_XENLA (Q6DDT4), APN2_SCHPO (P87175), APN2_YEAST (P38207), ERI2_DANRE (Q502M8), ERI2_HUMAN (A8K979), ERI2_MOUSE (Q5BKS4), ERI2_XENLA (Q5HZL1), NEIL3_BOVIN (Q3MHN7), NEIL3_HUMAN (Q8TAT5), NEIL3_MOUSE (Q8K203), NEIL3_XENLA (A0A1L8HU22), TOP3A_ARATH (Q9LVP1), TOP3A_DROME (Q9NG98), TOP3A_HUMAN (Q13472), TOP3A_MOUSE (O70157), TOP3A_ORYSJ (C7J0A2), TOP3_CAEEL (O61660), TTF2_HUMAN (Q9UNY4), TTF2_MOUSE (Q5NC05), Y1920_ARATH (Q9LP10), Y4478_ARATH (Q9ZS96), ZCHC4_BOVIN (E1BGQ2), ZCHC4_HUMAN (Q9H5U6), ZCHC4_MOUSE (Q8BKW4), ZCHC4_RAT (D3ZV31), ZCHC4_XENLA (Q6DCD7), ZCHC4_XENTR (Q66IH9), ZGRF1_HUMAN (Q86YA3), ZGRF1_MOUSE (Q0VGT4)» more
|
| PDB [Detailed view] |
4 PDB
5U6Z; 6UCA; 7JL5; 7OMK |