PROSITE logo

PROSITE entry PS51999


View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission
General information about the entry

Entry name [info] ZF_GRF
Accession [info] PS51999
Entry type [info] MATRIX
Date [info] 03-AUG-2022 CREATED;
03-AUG-2022 DATA UPDATE;
29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info] PDOC51999
Associated ProRule [info] PRU01343

Name and characterization of the entry

Description [info] Zinc finger GRF-type profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=47;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=5; N2=43;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.8972142; R2=0.0137042; TEXT='-LogE';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=555; N_SCORE=9.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=336; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/I:         I=-15; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='G';  M= -6,-11,-28,-13,-11,-16,  1,-13,-16, -8,-17,-11, -7,-12,-10, -9, -7,-10,-13, -2,-11,-10;
/M: SY='C';  M=-15,-10, 47,-15,-15,-20,-25, 34,-30,-20,-20,-10, -5,-30,-10,-15,-10,-15,-20,-40, -6,-15;
/M: SY='G';  M= -4, -5,-29, -6,-10,-29, 39,-14,-35, -3,-29,-17,  3,-15, -9, -4, -1,-15,-27,-22,-24,-10;
/M: SY='E';  M=-10, -2,-27,  3, 24,-22,-21, -5,-19,  5,-10, -9, -6, -5, 11,  5, -6, -7,-19,-26,-14, 17;
/I:         I=-13; MD=-27;
/M: SY='P';  M=  3, -9,-16, -8, -2,-11, -8, -9,-11, -1,-10, -7, -7, 12, -4,  1, -3, -4,-10,-13,-11, -4; D=-13;
/I:         I=-13; MI=0; MD=-27; IM=0; DM=-27;
/M: SY='C';  M=  5, -7, 31,-11, -2,-22,-16,-17,-23,-13,-20,-17, -6,-19, -7,-16,  9,  3,-12,-37,-22, -5;
/M: SY='V';  M= -4,-23,-14,-26,-22, -1,-28,-24, 17,-13,  6,  6,-20,-24,-20,-13,-11, -4, 24,-24, -7,-22;
/M: SY='L';  M=  0,-18,-19,-23,-16, -4,-23,-16,  9,-14, 12, 10,-16,-20,-10,-10, -9,  3,  7,-21, -4,-14;
/M: SY='R';  M=-10,-15,-21,-18,-11, -3,-24,-14, -4,  0,  1,  0,-11,-22, -8, 12,-10,  0,  2,-21, -5,-11;
/M: SY='F';  M= -7,-19,-15,-25,-22, 18,-26,-22,  6,-16,  2,  1,-16,-23,-23,-13, -4, 11, 15,-18,  2,-21;
/M: SY='V';  M=  0,-16,-13,-20,-19, -8,-20,-24,  7,-11, -2,  0,-15,-21,-19,-13,  1, 15, 22,-28,-11,-19;
/M: SY='S';  M=  0, -6,-19, -7, -3,-19,-11,-11,-15,  6,-19,-10, -1,-15,  0,  7,  9,  3, -6,-29,-14, -2;
/M: SY='K';  M= -9,  5,-27,  2,  7,-27,-17, -7,-28, 38,-29,-12,  8,-12,  8, 25, -5, -5,-20,-24,-12,  7;
/M: SY='P';  M= -5,  3,-24,  4,  6,-24,-14,-10,-18, -6,-21,-15,  2,  9,  1,-10,  8,  8,-17,-31,-18,  3;
/M: SY='G';  M= -2, -6,-29, -6, -7,-31, 38,-13,-34, -5,-28,-16,  0,-16, -2, -8,  0,-15,-27,-21,-24, -5;
/I:         I=-15; MD=-32;
/M: SY='P';  M= -8, -2,-33,  7, 14,-29,-17,-12,-23, -1,-25,-19, -8, 41, -1,-11, -5, -9,-25,-29,-23,  4; D=-15;
/I:         I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='N';  M= -9, 32,-19, 16,  3,-19, -4,  5,-19, -1,-26,-19, 47,-17,  0, -1, 11,  6,-26,-38,-19,  2;
/M: SY='K';  M=-10, -8,-26, -8,  0, -7,-18, -3,-18,  2,-17,-10, -3,  1, -1,  1, -3, -6,-18,-21, -5, -1;
/M: SY='G';  M= -3,-11,-29,-11,-19,-21, 51,-14,-33,-18,-25,-17, -3,-19,-18,-18, -2,-16,-26,-14,-14,-19;
/M: SY='R';  M=-18, -8,-30, -8,  2,-22,-20, -2,-30, 34,-22,-10,  0,-18, 10, 63,-10,-10,-20,-20,-10,  2;
/M: SY='R';  M= -9, -7,-28, -7,  1,-23,-18, -4,-21, 12,-19, -9, -2,  0,  7, 22, -4, -7,-18,-25,-13,  1;
/M: SY='F';  M=-20,-30,-20,-40,-30, 79,-30,-19,  0,-30, 10,  0,-20,-30,-39,-20,-20,-10,  0, 10, 31,-30;
/M: SY='Y';  M=-20,-23,-29,-25,-22, 39,-29, 10, -2,-15,  1, -1,-20,-30,-17,-13,-21,-11, -9, 31, 65,-22;
/M: SY='R';  M= -2,-15,-11,-19,-13,-13,-21,-16, -4,  1, -8, -2,-11,-20, -9,  9, -4,  1,  7,-26,-12,-13;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='S';  M=  8, -9,-21,-10, -5,-20,-12,-15, -9, -8,-18,-11, -5,  7, -5,-11,  9,  1, -8,-29,-18, -7;
/M: SY='R';  M= -2,-12,-21,-16,-10,-13,-17,-14, -4, -2, -5, -2, -5,-18, -6,  7, -2,  0, -1,-25,-11,-10;
/M: SY='A';  M=  9, -7,-13, -9, -4,-25, -5,-16,-21,  0,-21,-14, -6,  3, -5, -7,  0, -7,-16,-26,-21, -6;
/I:         I=-6; MD=-12;
/M: SY='R';  M=-12, -6,-23, -5,  8,-17,-17, -2,-16, 18,-12,  0, -4,-12,  8, 28, -8, -8,-12,-18, -9,  6; D=-6;
/I:         I=-6; MD=-12;
/M: SY='D';  M= -7, 11,-19, 17,  9,-20, -2, -3,-22,  6,-17,-13,  4, -8,  1,  1, -1, -7,-17,-18, -9,  5; D=-6;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-12; IM=0; DM=-12;
/M: SY='T';  M= -3, -1,-11, -3, -2,-10,-12, -8, -5,  3, -8, -4, -1,-10, -2, -1,  1,  6,  0,-16, -5, -2; D=-6;
/I:         I=-6; DM=-12;
/M: SY='N';  M= -7,  3,-15, -1, -2,-10,-11, -4, -4,  0, -8, -4,  8,-10,  0,  5, -1, -1, -6,-17, -7, -2; D=-6;
/I:         I=-6; DM=-12;
/M: SY='N';  M= -3,  9,-13,  7,  9,-14, -5,  1,-14, -1,-16,-11, 12, -3,  4, -3,  8,  2,-14,-22,-11,  6; D=-6;
/I:         I=-6; DM=-12;
/M: SY='R';  M= -8,  9,-17,  3,  2,-15, -7,  1,-17,  9,-18,-11, 17,-10,  3, 18,  2, -1,-16,-21,-11,  1; D=-6;
/I:         I=-6; DM=-12;
/M: SY='N';  M= -5,  7,-23,  6,  9,-21,  1, -3,-24,  8,-22,-14, 10,-11,  3,  3,  1, -7,-21,-24,-14,  6; D=-6;
/I:         I=-6; DM=-12;
/M: SY='E';  M= -6, -2,-20,  0,  5,-23, -2, -9,-22, -5,-12,-10, -3,-15,  4, -4, -2, -6,-19,-26,-16,  4;
/M: SY='C';  M=-14,-11, 56,-17,-17,-20,-26, 45,-30,-21,-20,-11, -7,-31,-13,-17,-10,-14,-19,-41, -9,-17;
/M: SY='N';  M= -8,  0,-24, -4, -5,-18, -1, -4,-14, -9, -5, -5,  5,-20,  1, -6, -5, -8,-17,-26,-13, -2;
/I:         I=-15; MD=-32;
/M: SY='F';  M=-11,-16,-12,-21,-16, 42,-17, -8,  0,-16,  5,  0,-11,-17,-21,-11,-11, -6, -1,  7, 21,-16; D=-15;
/I:         I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='F';  M=-18,-20,-19,-31,-26, 61,-26,-16, -1,-25,  4, -2, -9,-29,-34,-17,-15, -8, -2,  1, 21,-26;
/M: SY='K';  M= -4, -3,-25, -3, 10,-27,-17, -6,-20, 19,-20, -7, -1,-11, 17, 12,  0, -5,-18,-24,-12, 13;
/M: SY='W';  M=-15,-31,-45,-30,-16,  3,-19,-25,-21,-15,-19,-19,-33,-25,-14,-17,-32,-26,-28,115, 20,-11;
/M: SY='V';  M=  6, -9,-15,-10, -2,-13,-18,-18, -1,-10, -5, -5,-12,-15,-10,-13,  3,  8,  9,-29,-14, -6;
/M: SY='D';  M=-11, 25,-26, 37, 23,-33,-11, -1,-32,  3,-27,-23, 11, -8,  9, -3,  7, -4,-26,-35,-19, 16;
/M: SY='E';  M= -8,  7,-26, 12, 28,-24,-17, -7,-19, -1,-15,-15,  1, -3,  6, -7,  1, -2,-20,-31,-17, 17;
/M: SY='A';  M= 14,-11,-20,-14, -8,-18, -9,-15, -9, -7,-12, -8, -9, -4,-10,-13,  1, -4, -4,-20,-15,-10;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2024_03 which contains 571'609 sequence entries.


Total number of hits 40 in 33 different sequences
Number of true positive hits 40 in 33 different sequences
Number of 'unknown' hits 0
Number of false positive hits 0
Number of false negative sequences 0
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 100.00 %

Comments [info]

Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 2
Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] CJA_Sigrist
Feature key [info] ZN_FING
Feature description [info] GRF-type
Version [info] 1

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
33 sequences

APE2_ARATH  (F4JNY0), APEX2_BOVIN (Q5E9N9), APEX2_HUMAN (Q9UBZ4), 
APEX2_MOUSE (Q68G58), APEX2_XENLA (Q6DDT4), APN2_SCHPO  (P87175), 
APN2_YEAST  (P38207), ERI2_DANRE  (Q502M8), ERI2_HUMAN  (A8K979), 
ERI2_MOUSE  (Q5BKS4), ERI2_XENLA  (Q5HZL1), NEIL3_BOVIN (Q3MHN7), 
NEIL3_HUMAN (Q8TAT5), NEIL3_MOUSE (Q8K203), NEIL3_XENLA (A0A1L8HU22), 
TOP3A_ARATH (Q9LVP1), TOP3A_DROME (Q9NG98), TOP3A_HUMAN (Q13472), 
TOP3A_MOUSE (O70157), TOP3A_ORYSJ (C7J0A2), TOP3_CAEEL  (O61660), 
TTF2_HUMAN  (Q9UNY4), TTF2_MOUSE  (Q5NC05), Y1920_ARATH (Q9LP10), 
Y4478_ARATH (Q9ZS96), ZCHC4_BOVIN (E1BGQ2), ZCHC4_HUMAN (Q9H5U6), 
ZCHC4_MOUSE (Q8BKW4), ZCHC4_RAT   (D3ZV31), ZCHC4_XENLA (Q6DCD7), 
ZCHC4_XENTR (Q66IH9), ZGRF1_HUMAN (Q86YA3), ZGRF1_MOUSE (Q0VGT4)
» more

PDB
[Detailed view]
4 PDB

5U6Z; 6UCA; 7JL5; 7OMK