Home  |  Contact
Due to scheduled maintenance work, this service will not be available from Tuesday August 23rd 06:00 pm until Wednesday August 24th 08:00 am CEST. Apologies for the inconvenience.
Entry: PS51999

General information about the entry

Entry name [info] ZF_GRF
Accession [info] PS51999
Entry type [info] MATRIX
Date [info] 03-AUG-2022 CREATED;
03-AUG-2022 DATA UPDATE;
03-AUG-2022 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info] PDOC51999
Associated ProRule [info] PRU01343

Name and characterization of the entry

Description [info] Zinc finger GRF-type profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=47;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=5; N2=43;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.8972142; R2=0.0137042; TEXT='-LogE';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=555; N_SCORE=9.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=336; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/I:         I=-15; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='G';  M= -6,-11,-28,-13,-11,-16,  1,-13,-16, -8,-17,-11, -7,-12,-10, -9, -7,-10,-13, -2,-11,-10;
/M: SY='C';  M=-15,-10, 47,-15,-15,-20,-25, 34,-30,-20,-20,-10, -5,-30,-10,-15,-10,-15,-20,-40, -6,-15;
/M: SY='G';  M= -4, -5,-29, -6,-10,-29, 39,-14,-35, -3,-29,-17,  3,-15, -9, -4, -1,-15,-27,-22,-24,-10;
/M: SY='E';  M=-10, -2,-27,  3, 24,-22,-21, -5,-19,  5,-10, -9, -6, -5, 11,  5, -6, -7,-19,-26,-14, 17;
/I:         I=-13; MD=-27;
/M: SY='P';  M=  3, -9,-16, -8, -2,-11, -8, -9,-11, -1,-10, -7, -7, 12, -4,  1, -3, -4,-10,-13,-11, -4; D=-13;
/I:         I=-13; MI=0; MD=-27; IM=0; DM=-27;
/M: SY='C';  M=  5, -7, 31,-11, -2,-22,-16,-17,-23,-13,-20,-17, -6,-19, -7,-16,  9,  3,-12,-37,-22, -5;
/M: SY='V';  M= -4,-23,-14,-26,-22, -1,-28,-24, 17,-13,  6,  6,-20,-24,-20,-13,-11, -4, 24,-24, -7,-22;
/M: SY='L';  M=  0,-18,-19,-23,-16, -4,-23,-16,  9,-14, 12, 10,-16,-20,-10,-10, -9,  3,  7,-21, -4,-14;
/M: SY='R';  M=-10,-15,-21,-18,-11, -3,-24,-14, -4,  0,  1,  0,-11,-22, -8, 12,-10,  0,  2,-21, -5,-11;
/M: SY='F';  M= -7,-19,-15,-25,-22, 18,-26,-22,  6,-16,  2,  1,-16,-23,-23,-13, -4, 11, 15,-18,  2,-21;
/M: SY='V';  M=  0,-16,-13,-20,-19, -8,-20,-24,  7,-11, -2,  0,-15,-21,-19,-13,  1, 15, 22,-28,-11,-19;
/M: SY='S';  M=  0, -6,-19, -7, -3,-19,-11,-11,-15,  6,-19,-10, -1,-15,  0,  7,  9,  3, -6,-29,-14, -2;
/M: SY='K';  M= -9,  5,-27,  2,  7,-27,-17, -7,-28, 38,-29,-12,  8,-12,  8, 25, -5, -5,-20,-24,-12,  7;
/M: SY='P';  M= -5,  3,-24,  4,  6,-24,-14,-10,-18, -6,-21,-15,  2,  9,  1,-10,  8,  8,-17,-31,-18,  3;
/M: SY='G';  M= -2, -6,-29, -6, -7,-31, 38,-13,-34, -5,-28,-16,  0,-16, -2, -8,  0,-15,-27,-21,-24, -5;
/I:         I=-15; MD=-32;
/M: SY='P';  M= -8, -2,-33,  7, 14,-29,-17,-12,-23, -1,-25,-19, -8, 41, -1,-11, -5, -9,-25,-29,-23,  4; D=-15;
/I:         I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='N';  M= -9, 32,-19, 16,  3,-19, -4,  5,-19, -1,-26,-19, 47,-17,  0, -1, 11,  6,-26,-38,-19,  2;
/M: SY='K';  M=-10, -8,-26, -8,  0, -7,-18, -3,-18,  2,-17,-10, -3,  1, -1,  1, -3, -6,-18,-21, -5, -1;
/M: SY='G';  M= -3,-11,-29,-11,-19,-21, 51,-14,-33,-18,-25,-17, -3,-19,-18,-18, -2,-16,-26,-14,-14,-19;
/M: SY='R';  M=-18, -8,-30, -8,  2,-22,-20, -2,-30, 34,-22,-10,  0,-18, 10, 63,-10,-10,-20,-20,-10,  2;
/M: SY='R';  M= -9, -7,-28, -7,  1,-23,-18, -4,-21, 12,-19, -9, -2,  0,  7, 22, -4, -7,-18,-25,-13,  1;
/M: SY='F';  M=-20,-30,-20,-40,-30, 79,-30,-19,  0,-30, 10,  0,-20,-30,-39,-20,-20,-10,  0, 10, 31,-30;
/M: SY='Y';  M=-20,-23,-29,-25,-22, 39,-29, 10, -2,-15,  1, -1,-20,-30,-17,-13,-21,-11, -9, 31, 65,-22;
/M: SY='R';  M= -2,-15,-11,-19,-13,-13,-21,-16, -4,  1, -8, -2,-11,-20, -9,  9, -4,  1,  7,-26,-12,-13;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='S';  M=  8, -9,-21,-10, -5,-20,-12,-15, -9, -8,-18,-11, -5,  7, -5,-11,  9,  1, -8,-29,-18, -7;
/M: SY='R';  M= -2,-12,-21,-16,-10,-13,-17,-14, -4, -2, -5, -2, -5,-18, -6,  7, -2,  0, -1,-25,-11,-10;
/M: SY='A';  M=  9, -7,-13, -9, -4,-25, -5,-16,-21,  0,-21,-14, -6,  3, -5, -7,  0, -7,-16,-26,-21, -6;
/I:         I=-6; MD=-12;
/M: SY='R';  M=-12, -6,-23, -5,  8,-17,-17, -2,-16, 18,-12,  0, -4,-12,  8, 28, -8, -8,-12,-18, -9,  6; D=-6;
/I:         I=-6; MD=-12;
/M: SY='D';  M= -7, 11,-19, 17,  9,-20, -2, -3,-22,  6,-17,-13,  4, -8,  1,  1, -1, -7,-17,-18, -9,  5; D=-6;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-12; IM=0; DM=-12;
/M: SY='T';  M= -3, -1,-11, -3, -2,-10,-12, -8, -5,  3, -8, -4, -1,-10, -2, -1,  1,  6,  0,-16, -5, -2; D=-6;
/I:         I=-6; DM=-12;
/M: SY='N';  M= -7,  3,-15, -1, -2,-10,-11, -4, -4,  0, -8, -4,  8,-10,  0,  5, -1, -1, -6,-17, -7, -2; D=-6;
/I:         I=-6; DM=-12;
/M: SY='N';  M= -3,  9,-13,  7,  9,-14, -5,  1,-14, -1,-16,-11, 12, -3,  4, -3,  8,  2,-14,-22,-11,  6; D=-6;
/I:         I=-6; DM=-12;
/M: SY='R';  M= -8,  9,-17,  3,  2,-15, -7,  1,-17,  9,-18,-11, 17,-10,  3, 18,  2, -1,-16,-21,-11,  1; D=-6;
/I:         I=-6; DM=-12;
/M: SY='N';  M= -5,  7,-23,  6,  9,-21,  1, -3,-24,  8,-22,-14, 10,-11,  3,  3,  1, -7,-21,-24,-14,  6; D=-6;
/I:         I=-6; DM=-12;
/M: SY='E';  M= -6, -2,-20,  0,  5,-23, -2, -9,-22, -5,-12,-10, -3,-15,  4, -4, -2, -6,-19,-26,-16,  4;
/M: SY='C';  M=-14,-11, 56,-17,-17,-20,-26, 45,-30,-21,-20,-11, -7,-31,-13,-17,-10,-14,-19,-41, -9,-17;
/M: SY='N';  M= -8,  0,-24, -4, -5,-18, -1, -4,-14, -9, -5, -5,  5,-20,  1, -6, -5, -8,-17,-26,-13, -2;
/I:         I=-15; MD=-32;
/M: SY='F';  M=-11,-16,-12,-21,-16, 42,-17, -8,  0,-16,  5,  0,-11,-17,-21,-11,-11, -6, -1,  7, 21,-16; D=-15;
/I:         I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='F';  M=-18,-20,-19,-31,-26, 61,-26,-16, -1,-25,  4, -2, -9,-29,-34,-17,-15, -8, -2,  1, 21,-26;
/M: SY='K';  M= -4, -3,-25, -3, 10,-27,-17, -6,-20, 19,-20, -7, -1,-11, 17, 12,  0, -5,-18,-24,-12, 13;
/M: SY='W';  M=-15,-31,-45,-30,-16,  3,-19,-25,-21,-15,-19,-19,-33,-25,-14,-17,-32,-26,-28,115, 20,-11;
/M: SY='V';  M=  6, -9,-15,-10, -2,-13,-18,-18, -1,-10, -5, -5,-12,-15,-10,-13,  3,  8,  9,-29,-14, -6;
/M: SY='D';  M=-11, 25,-26, 37, 23,-33,-11, -1,-32,  3,-27,-23, 11, -8,  9, -3,  7, -4,-26,-35,-19, 16;
/M: SY='E';  M= -8,  7,-26, 12, 28,-24,-17, -7,-19, -1,-15,-15,  1, -3,  6, -7,  1, -2,-20,-31,-17, 17;
/M: SY='A';  M= 14,-11,-20,-14, -8,-18, -9,-15, -9, -7,-12, -8, -9, -4,-10,-13,  1, -4, -4,-20,-15,-10;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» more

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] CJA_Sigrist
Feature key [info] ZN_FING
Feature description [info] GRF-type
Version [info] 1

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission