PROSITE entry PS52015
View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission
General information about the entry
| Entry name [info] | TONB_CTD |
| Accession [info] | PS52015 |
| Entry type [info] | MATRIX |
| Date [info] |
03-MAY-2023 CREATED;
03-MAY-2023 DATA UPDATE; 27-MAR-2024 INFO UPDATE. |
| PROSITE Doc. [info] | PDOC52015 |
| Associated ProRule [info] | PRU01359 |
Name and characterization of the entry
| Description [info] | TonB C-terminal domain profile. |
| Matrix / Profile [info] |
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=95; /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=90; /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.2987373; R2=0.0202388; TEXT='-LogE'; /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=307; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!'; /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=208; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?'; /DEFAULT: M0=-8; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; ... A B C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y Z /I: B1=0; BI=-105; BD=-105; /M: SY='E'; M= -2, -3,-24, -4, 4,-20, -4,-12,-18, -1,-13,-11, -1, -7, -3, -5, -1, -2,-16,-26,-17, 0; /M: SY='W'; M= -2,-18,-24,-22,-19, 6,-10,-18, -8,-17,-11, -9,-13,-16,-19,-17, -8, -8, -5, 10, 3,-18; /M: SY='N'; M= -1, 7,-21, 5, 0,-20,-11, -5,-17, -3,-12,-10, 8,-16, 2, 2, 2, -3,-15,-29,-15, 0; /M: SY='S'; M= 3, -8,-19, -8, -2,-20,-12,-11,-13, 0,-16, -6, -4, -4, 1, -4, 10, 3, -8,-29,-15, -1; /M: SY='D'; M= -8, 9,-28, 13, 10,-28, -9, -5,-24, 2,-18,-14, 4, -5, 8, 0, -4,-10,-23,-28,-17, 8; /M: SY='I'; M= 2,-21,-27,-25,-15,-12,-24,-21, 10,-12, 0, 2,-15, 0,-11, -9,-11, -8, 4,-22,-11,-17; /M: SY='R'; M= 3,-10,-21,-13, -6,-18, -9,-11,-13, 5,-11, -2, -7,-16, 0, 6, -1, -4, -6,-24,-13, -4; /M: SY='R'; M= -3, -9,-23,-10, -7,-15, -9,-10,-15, -3,-15,-10, -2, -3, -6, 4, 1, -1,-11,-24,-11, -9; /M: SY='A'; M= 4,-12,-21,-13, -4,-15, -9, -5,-11, -8, 0, -2, -9,-17, -2, -5, -5, -7, -9,-23,-10, -4; /M: SY='I'; M= -5,-14,-22,-18,-13, -5,-21, 1, 4,-15, 4, 3, -7,-21, -8,-10, -7, -5, -1,-22, 2,-13; /M: SY='R'; M= -8, 3,-25, -1, 1,-20,-15, 6,-14, 2,-13, -1, 6,-16, 6, 9, -3, -7,-14,-27,-10, 1; /M: SY='K'; M= -6, 1,-25, 1, 3,-22,-16, -9,-17, 7,-21,-13, 2, 0, -2, 7, -2, -5,-13,-29,-17, -1; /M: SY='Q'; M= -4, -6,-27, -8, 3,-14,-17, 2,-19, 4,-17, -9, -3, -2, 7, 7, -5, -8,-19,-18, -4, 3; /M: SY='P'; M= -9,-10,-31, -8, -2,-23,-19,-15,-14, 1,-19,-12, -8, 35, -7, -7, -9, -8,-18,-28,-20, -7; /M: SY='R'; M= -3, -8,-23,-11, -3,-18,-19, -9,-10, 7,-12, -5, -3,-17, 2, 17, -5, -6, -5,-24,-12, -2; /M: SY='Y'; M=-20,-20,-30,-20,-20, 30,-30, 20, 0,-10, 0, 0,-20,-30,-10,-10,-20,-10,-10, 30, 80,-20; /M: SY='P'; M=-10,-20,-40,-10, 0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10; /M: SY='R'; M= 8, -3,-21, -6, 3,-23,-10, -9,-21, 9,-21,-14, 1, -6, 2, 12, 5, -2,-15,-26,-17, 1; /M: SY='R'; M=-11, -6,-26, -5, -3,-17,-20, -5,-10, 3, -3, 3, -6,-18, 4, 17,-11, -9, -9,-23, -9, -2; /M: SY='A'; M= 43, -8,-11,-16, -5,-21, -1,-18,-12, -9,-12,-11, -8, -9, -7,-18, 12, 1, -3,-22,-20, -6; /M: SY='R'; M=-14,-12,-26,-14, -2,-12,-22, -4,-12, 11, -4, 7, -8,-19, 11, 22,-13,-10,-12,-18, -5, 3; /M: SY='R'; M= 1, -8,-24,-12, 1,-20,-17, -9,-15, 16,-13, 0, -6,-14, 3, 19, -6, -8,-10,-21,-11, 1; /M: SY='R'; M=-10,-13,-23,-17,-10, -9,-19, -5, -6, 3, 5, 11, -7,-22, -1, 21,-14, -9, -6,-22, -7, -7; /M: SY='G'; M= -8, -4,-30, -3, -9,-28, 30,-12,-36, 1,-27,-17, 2,-18, -7, 11, -4,-16,-26,-22,-22, -9; /M: SY='I'; M= -9,-21,-25,-24,-14, -6,-28,-19, 14, -8, 5, 10,-19,-21,-11, -7,-16, -9, 12,-12, -4,-14; /M: SY='E'; M= -8, 5,-27, 9, 36,-31,-18, 1,-24, 7,-20,-12, 1, -5, 30, 2, 5, -3,-26,-27,-16, 33; /M: SY='G'; M= 0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20, 0,-20,-20,-20, 0,-20,-30,-20,-30,-20; /M: SY='M'; M= -8,-11,-22,-12, 1, -9,-24,-12, -2, -2, -5, 2,-11,-16, -1, -2, -5, 0, 1,-23, -8, 0; /M: SY='V'; M= -1,-23,-12,-25,-27, -4,-20,-26, 21,-18, 4, 5,-21,-28,-27,-18, -8, -1, 38,-30,-12,-27; /M: SY='R'; M= -9,-14,-22,-17, -9,-10,-24,-13, -2, 0, 3, 5,-11,-19, -2, 6, -9, 3, 0,-23, -7, -7; /M: SY='V'; M= -6,-29,-17,-30,-25, 6,-31,-22, 25,-24, 27, 14,-29,-29,-24,-20,-20, -6, 28,-21, 1,-25; /M: SY='R'; M= -7, -5,-24, -5, 6,-20,-12, -9,-19, 8,-16,-10, -1,-13, 2, 12, 3, -1,-14,-26,-14, 3; /M: SY='F'; M=-15,-30,-19,-38,-30, 58,-31,-23, 10,-28, 11, 3,-22,-29,-37,-21,-18, -8, 12, 0, 20,-30; /M: SY='T'; M= -9, 3,-20, 3, -6,-14,-19, -3,-14,-11,-10,-10, -2,-16, -8,-11, 1, 14, -8,-19, -5, -8; /M: SY='I'; M= -7,-31,-23,-34,-28, 3,-33,-28, 30,-25, 19, 13,-27,-27,-24,-23,-20, -8, 28, -8, -1,-27; /M: SY='D'; M= -7, 20,-19, 22, 3,-22,-12, -8,-21, -7,-19,-18, 13,-12, -4, -9, 12, 15,-15,-36,-16, -1; /M: SY='A'; M= 12, -7,-22,-10, -5,-23, -3,-15,-19, -2,-21,-14, -4, 10, -6, -6, 4, -1,-15,-26,-21, -7; /M: SY='D'; M= -3, 13,-23, 16, 14,-29, -4, -4,-26, -2,-24,-18, 9,-10, 9, -6, 11, 1,-22,-32,-19, 12; /M: SY='G'; M= -1, -9,-30, -9,-17,-30, 62,-19,-39,-14,-30,-19, 0,-19,-17,-15, -1,-19,-29,-20,-28,-17; /M: SY='R'; M= -9, 2,-24, -1, 1,-21,-16, 9,-22, 15,-23,-10, 9,-16, 4, 16, 1, -1,-16,-28, -8, 1; /M: SY='V'; M= -1,-26,-17,-27,-22, -5,-28,-24, 21,-19, 12, 9,-25,-18,-18,-19,-12, -4, 27,-26, -9,-21; /M: SY='T'; M= -6, -2,-20, 0, 1,-15,-21,-15, -3,-11, -6, -7, -5,-14, -7,-13, 2, 7, 1,-31,-12, -4; /M: SY='B'; M= -5, 28,-22, 26, 9,-27, -5, 0,-26, 2,-28,-21, 28,-13, 1, -4, 10, -1,-24,-37,-19, 5; /M: SY='V'; M= -3,-26,-19,-29,-24, -1,-30,-22, 26,-20, 12, 11,-23,-25,-17,-20,-13, -5, 28,-21, 0,-22; /M: SY='Q'; M= -3, 2,-24, -2, 7,-28,-16, -3,-21, 14,-21, -8, 4,-11, 23, 11, 4, 2,-19,-24,-12, 15; /M: SY='V'; M= -4,-29,-17,-32,-28, 1,-31,-26, 32,-23, 19, 18,-27,-27,-24,-21,-16, -4, 37,-26, -6,-27; /M: SY='L'; M= -1,-22,-17,-23,-14, -2,-25,-19, 13,-20, 21, 9,-22,-24,-13,-16,-13, -5, 14,-25, -7,-14; /M: SY='K'; M= -4, 6,-23, 7, 8,-27, -5, -8,-28, 17,-29,-17, 8,-11, 4, 7, 9, -1,-20,-30,-17, 6; /M: SY='S'; M= 12, -3,-16, -3, 2,-23, 2,-12,-21, -9,-26,-19, 3, -1, -2,-12, 25, 9,-14,-34,-22, -1; /M: SY='S'; M= 7, 2,-13, -2, -3,-19, -5,-10,-16, -5,-24,-16, 10,-13, -3, -7, 25, 15, -7,-35,-18, -3; /M: SY='G'; M= -5,-12,-32, -9, -9,-28, 24,-18,-31, -7,-28,-18, -6, 15,-12, -9, -3,-12,-27,-24,-26,-12; /M: SY='S'; M= -3, 1,-19, -3, -5, -6,-13, -7,-15, -4,-13,-11, 5,-17, -6, -3, 6, 6,-11,-22, -3, -6; /M: SY='E'; M= -6, 7,-27, 11, 13,-28, -6, -4,-28, 5,-24,-17, 6, -4, 7, 8, 2, -7,-24,-29,-19, 9; /M: SY='M'; M= 3, -8,-19,-13, -9, -5,-15,-10, -2, -8, -4, 6, -6,-17, -7, -7, -3, -4, 0,-23, -8, -8; /M: SY='L'; M=-13,-30,-20,-33,-23, 31,-30,-20, 14,-30, 38, 14,-27,-30,-26,-20,-27,-10, 7,-11, 9,-23; /M: SY='D'; M=-15, 38,-29, 49, 20,-35, -3, 0,-36, 0,-29,-26, 21,-11, 1, -8, 1, -9,-30,-37,-21, 11; /M: SY='R'; M=-12, 5,-27, 3, 5,-25,-15, 6,-27, 18,-22,-11, 10,-16, 13, 32, -4, -8,-23,-25,-11, 6; /M: SY='A'; M= 20, 2,-17, 2, 15,-25, -7,-11,-20, -3,-18,-16, -1, -7, 1,-12, 11, 0,-13,-28,-20, 8; /M: SY='A'; M= 30,-15,-11,-23,-16,-13,-11,-23, 4,-14, -3, -3,-15,-15,-15,-20, 4, 3, 14,-23,-15,-16; /M: SY='L'; M= -9,-21,-21,-22,-14, -5,-26,-13, 8, -7, 16, 15,-20,-24, -7, 1,-18, -8, 9,-22, -5,-11; /M: SY='E'; M= -6, 7,-27, 8, 23,-29,-17, -3,-23, 15,-21,-12, 3, -9, 18, 6, -1, -8,-21,-26,-15, 21; /M: SY='A'; M= 31, -6,-13,-13, -9,-17, -6,-17, -8,-11, -5, -4, -9,-12, -9,-17, 5, 2, -1,-23,-16, -9; /M: SY='I'; M= 5,-24,-19,-31,-23, -3,-24,-20, 25,-19, 14, 21,-21,-21,-15,-21,-12, -6, 22,-22, -6,-20; /M: SY='R'; M= -4, -2,-26, -4, 7,-26,-16, -5,-26, 26,-22,-10, 2,-13, 11, 29, -4, -8,-19,-22,-13, 8; /M: SY='R'; M= -9, -1,-26, -6, 0,-22,-17, -5,-19, 18,-20, -9, 7,-16, 8, 28, -3, -6,-16,-24,-12, 1; /M: SY='W'; M= 8,-24,-31,-28,-21, -5, -5,-25,-17,-16,-17,-16,-23,-21,-16,-19,-15,-13,-17, 64, 5,-16; /M: SY='R'; M= -5, -4,-24, -5, 1,-23, -7, 1,-27, 17,-25,-12, 3,-14, 4, 23, 3, -4,-18,-25,-12, 1; /M: SY='F'; M=-15,-20,-25,-23,-17, 26,-26, -4, -6,-12, -4, -4,-16,-10,-19,-11,-13, -5, -6, -1, 24,-18; /M: SY='Q'; M= -4, -7,-23, -8, 4,-18,-20, -9, -6, 0, -6, -3, -6,-16, 5, 1, -4, -5, -5,-25,-12, 4; /M: SY='P'; M= -1,-18,-30,-16, -8,-11,-13,-20,-16,-14,-20,-15,-16, 43,-15,-19, -6, -4,-19,-22,-18,-14; /M: SY='P'; M= -5, -3,-28, -3, 4,-26, -9, -2,-23, 1,-24,-14, 0, 15, 3, -1, 0, -4,-23,-28,-18, 1; /M: SY='P'; M= 1,-14,-26,-16, -6,-19,-21,-17, -4, -1,-10, -4,-13, 8, -3, -8, -7, -4, -5,-23,-14, -6; /M: SY='P'; M=-10,-22,-31,-19,-12,-11,-23,-17, -5,-12,-12, -8,-20, 23,-13,-13,-12, -8, -9, -8, -6,-15; /M: SY='G'; M= 1, 3,-24, 5, 2,-25, 9,-13,-24, -9,-21,-17, 1, -6, -8,-14, 2, -5,-17,-28,-22, -4; /M: SY='E'; M= -7, 4,-28, 9, 13,-23, 12,-10,-32, -2,-24,-19, 2,-12, -2, -7, 1,-11,-26,-25,-19, 6; /I: I=-10; MI=0; MD=-21; IM=0; DM=-21; /M: M= -1, -9,-13, -9, -3, -3, 0,-10, -5, -8, -4, -1, -8,-12, -9, -9, -4, -6, -1,-13, -7, -6; D=-10; /I: I=-10; DM=-21; /M: SY='T'; M= 6, -1,-17, -4, -1,-19,-12,-13,-14, -1,-15,-10, -3, 4, -1, -7, 6, 11, -9,-22,-14, -2; D=-10; /I: I=-10; DM=-21; /M: M= -7,-14,-21,-15,-14, -4, -9, -8, -3,-12, -8, -3, -8, -5,-14, -9, -8, -8, 0,-19, -8,-15; D=-10; /I: I=-10; DM=-21; /M: SY='H'; M=-12, 1,-31, 1, 9,-24, -4, 10,-28, 0,-24,-14, 6, -7, 6, 4, -5,-13,-29,-17,-11, 6; /M: SY='V'; M= -2,-24,-19,-27,-20, -6,-29,-22, 23,-18, 11, 11,-22,-23,-11,-18,-12, -5, 24,-24, -7,-17; /M: SY='T'; M= -4, -8,-17,-11, -8,-15,-20, -9, -9, 4,-14, -6, -5,-16, -6, 2, 4, 12, 3,-28, -9, -8; /M: SY='V'; M= -1,-26,-17,-30,-25, 4,-29,-26, 24,-18, 11, 9,-23,-25,-24,-19,-13, -4, 30,-22, -5,-25; /M: SY='P'; M= -8,-10,-32, -6, 3,-25,-17,-14,-17, -8,-24,-14, -8, 51, -5,-15, -2, -2,-23,-31,-24, -4; /M: SY='I'; M=-10,-30,-23,-36,-28, 14,-35,-27, 33,-28, 22, 15,-24,-25,-25,-25,-20, -8, 26,-17, 3,-28; /M: M= -6, 0,-20, -1, -4,-10,-18,-11, -7, -4, -8, -7, 0,-19,-10, -4, -3, -4, 0,-28,-11, -7; /M: SY='F'; M=-20,-28,-22,-35,-28, 68,-30,-10, 0,-25, 8, 0,-20,-30,-33,-18,-20,-10, -2, 15, 42,-28; /M: SY='K'; M= -1, -1,-23, -2, 5,-26,-13,-10,-26, 27,-28,-13, 2,-11, 6, 17, 6, 0,-16,-26,-14, 5; /M: SY='L'; M=-10,-30,-24,-34,-24, 6,-34,-24, 31,-30, 39, 20,-26,-26,-20,-24,-26,-10, 18,-20, 0,-24; /M: SY='N'; M= -4, 16,-22, 12, 12,-25, -9, -1,-23, 5,-24,-17, 20,-12, 7, 4, 8, 1,-22,-32,-17, 9; /M: SY='G'; M= -6, -1,-29, -2, -2,-28, 25,-11,-34, 6,-28,-17, 6,-16, -4, 6, -3,-14,-27,-23,-21, -4; /M: SY='R'; M= -5, 1,-23, 0, -1,-21,-15, 12,-24, 5,-18,-11, 3,-15, 2, 18, 0, 0,-16,-26, -7, -2; /M: SY='T'; M= -7,-13,-25,-18,-15,-14, -4,-18, -6, -8, -9, -4, -5,-17,-10, 1, -3, 3, -4,-23,-12,-15; /M: SY='R'; M=-17,-10,-27, -9, 10, 8,-23, -6,-21, 5,-11,-10, -6,-17, -2, 19,-10,-10,-17,-14, -1, 4; /M: SY='I'; M= -5,-30,-20,-35,-30, 0,-35,-30, 40,-25, 15, 15,-25,-25,-25,-25,-15, -5, 40,-25, -5,-30; /M: SY='D'; M=-15, 26,-30, 36, 20,-40,-15, 5,-30, 5,-25,-16, 10,-10, 29, 0, 0,-10,-30,-30,-15, 24; /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;» more |
Numerical results [info]
| Total number of hits | 22 in 22 different sequences |
| Number of true positive hits | 22 in 22 different sequences |
| Number of 'unknown' hits | 0 |
| Number of false positive hits | 0 |
| Number of false negative sequences | 0 |
| Number of 'partial' sequences | 0 |
| Precision (true positives / (true positives + false positives)) | 100.00 % |
| Recall (true positives / (true positives + false negatives)) | 100.00 % |
Comments [info]
| Matrix type [info] | protein_domain |
| Scaling database [info] | reversed |
| Author [info] | CJA_Sigrist |
| Taxonomic range [info] | Prokaryotes (Bacteria) |
| Maximum number of repetitions [info] | 1 |
| Feature key [info] | DOMAIN |
| Feature description [info] | TonB C-terminal |
| Version [info] | 1 |
Cross-references [info]
| UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences |
22 sequences
TONB2_PSEAE (Q9RMT3), TONB_CAMCO (O07650), TONB_ECOLI (P02929), TONB_HAEDU (O51810), TONB_HAEIN (P42872), TONB_HELPJ (Q9ZJP4), TONB_HELPY (O25899), TONB_KLEAK (P46383), TONB_KLEPN (P45610), TONB_NEIGO (O06432), TONB_NEIMA (P57003), TONB_NEIMB (P57004), TONB_NEIMC (P95374), TONB_PASMU (Q9ZH79), TONB_PSEAE (Q51368), TONB_PSEPU (Q05613), TONB_SALTY (P25945), TONB_SERMA (P26185), TONB_VIBCH (O52042), TONB_XANCB (B0RLE5), TONB_XANCP (P0C7M1), TONB_YEREN (Q05740)» more
|
| PDB [Detailed view] |
10 PDB
1IHR; 1QXX; 1U07; 1XX3; 2GRX; 2GSK; 5LW8; 6FIP; 6I97; 6SLY |