PROSITE entry PS52024

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

Entry name [info]	GL_AHV
Accession [info]	PS52024
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	13-SEP-2023 CREATED; 13-SEP-2023 DATA UPDATE; 27-MAR-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC52024
Associated ProRule [info]	PRU01368

Name and characterization of the entry

Description [info]

Alphaherpesvirus glycoprotein L (gL) domain profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=179;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=174;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.2122376; R2=0.0104170; TEXT='-LogE';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=700; N_SCORE=9.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=412; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-9; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='K';  M=  1, -3,-26, -1,  5,-21,-15,-13,-21, 11,-17,-12, -6,-13,  0,  1, -5, -7,-16, -9,-10,  3;
/M: SY='T';  M=  6, -9, -3,-17,-14, -6,-18,-14, -6,-15,  0, -5, -7,-20,-13,-15,  0, 10, -3,-22, -4,-14;
/M: SY='E';  M= -1,  5,-21,  7, 15,-23,-15,-11,-21, -3,-19,-17,  0,  2,  1, -9, 10, 14,-16,-31,-18,  7;
/M: SY='R';  M=-12,-16,-26,-16,-10, -3,-20, -6,-12,  0, -5, -5,-12,-22, -5, 10,-10, -7,-11,  3, 10, -9;
/M: SY='V';  M= -7,-12,-17, -9,-15,  0,-23,-19,  7,-19,  8,  1,-16,-24,-20,-17, -9, -3, 15,-27, -7,-17;
/M: SY='D';  M=-10, 13,-25, 18,  0,-14,-17,  1,-16,-11,-10,-11,  2,-16, -8,-14, -5, -5,-13,-28, -7, -5;
/M: SY='F';  M=-11,-18,-26,-21,-13,  6, -9,-17, -5,-12, -5, -3,-11,-21,-16, -4,-11,-11, -3,-15, -4,-15;
/M: SY='T';  M=  0, -5,-20, -7, -9, -9, -9,-17,-12,-14,-14,-12, -3, -4,-12,-16,  8, 10, -8,-26,-12,-11;
/M: SY='W';  M=-12,-17,-30,-19,-14,-10,-12, -4,-16, -1,-14, -3,-13,-21, -7,  5,-14,-10,-13, 17,  2,-10;
/M:         M= -7,-21,-27,-21,-18,-14, -5,-22,  0,-15, -5, -3,-16, -1,-17,-12,-11,-11,  0,-24,-16,-20;
/M: SY='P';  M=  2,-21,-22,-23,-15, -2,-22,-22,  4,-19,  4, -1,-19,  5,-18,-20, -9, -1,  3,-21,-10,-18;
/M: SY='G';  M= -2,  0,-24, -1, -5,-22,  7,-10,-24,  0,-18,-13,  4,-17, -5,  5,  0, -7,-18,-26,-18, -6;
/M: SY='D';  M=-11, 23,-28, 28, 27,-30, -1, -1,-32,  1,-26,-22, 17, -9,  5, -5,  2, -9,-30,-33,-21, 16;
/M: SY='P';  M= -2,-21,-25,-19, -9,-14,-24,-22,  5,-15, -3, -2,-21, 16,-15,-19,-10, -6,  5,-27,-16,-14;
/M: SY='S';  M= -2, -3,-22, -2,  6,-23, -1,-13,-22,  5,-22,-14, -1,-12, -1, -1,  7,  1,-13,-28,-18,  3;
/M: SY='R';  M=-10,  3,-26,  8,  9,-24,-15, -5,-23,  3,-18,-14,  1, -3,  7, 10,  2, -4,-20,-30,-16,  6;
/M: SY='I';  M= -3,-27,-26,-33,-24, -4,-32,-27, 32,-25, 14, 12,-21, -9,-19,-26,-16, -8, 21,-22, -6,-25;
/M: SY='L';  M= -3,-25,-19,-28,-20,  0,-26,-19, 17,-18, 24, 17,-23,-25,-16,-11,-18, -7, 16,-22, -5,-19;
/M: SY='E';  M= -2, -1,-24,  1, 17,-24, -7, -8,-26,  9,-21,-15,  0,-10,  5, 11,  4, -2,-20,-26,-17, 10;
/M: SY='A';  M= 14,-15,-15,-19, -9,-11,-14,-15,  3,-12,  2,  8,-14,-17, -9,-15, -1, -2,  8,-25,-12, -9;
/M: SY='P';  M= -7, -5,-29,  1,  0,-27, -6,-12,-26, -2,-28,-19, -3, 24, -4,  1,  4, -4,-23,-31,-23, -5;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='M';  M= -7,-13,-22,-13,-17,-12, -2, -5, -2,-16,  0,  8,-12,-23,-14,-15,-11,-11,  4,-26,-10,-16;
/M: SY='P';  M= -1, -9, -9, -8, -4,-22,-12,-15,-21, -8,-26,-18, -4, 16, -6, -8, 14,  8,-16,-35,-22, -7;
/M: SY='N';  M= -2,  1,-20, -4, -9,-14,  9, -7,-18,-12,-18,-13, 10,-18, -8,-11, 10,  3,-16,-25, -9, -9;
/I:         I=-8; MD=-17;
/M: SY='P';  M= -7,-17,-25,-15, -8, -6,-18,-16, -3,-14, -7, -6,-14, 28,-12,-16, -7, -5, -9,-20,-12,-12; D=-8;
/I:         I=-8; MI=0; MD=-17; IM=0; DM=-17;
/M: SY='V';  M= -2, -7,-18, -8,-13, -4,-20,-17,  7,-16, -2, -2, -8,-17,-15,-17, -3, -3, 10,-23, -7,-15; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-17;
/M: SY='M';  M=-10, -2,-20, -1, -6, -8,-16, -3, -6, -5, -2,  7, -5,-16, -3, -2, -4,  0, -6,-20,  0, -5; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-17;
/M: SY='K';  M= -9, -1,-22, -1,  1,-14,-19,-10, -5,  3, -3, -3, -2,-15, -4, -2, -9, -7, -4,-24, -9, -2; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-17;
/M: SY='G';  M=  4, -7,-19,-10,-12,  1,  7,-12,-17,-14,-13,-11, -5,-17,-15,-15,  0, -7,-12,-11, -2,-13; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-17;
/M: SY='W';  M= -8,-15,-32,-15,-11,-18, 17,-14,-26,-11,-22,-13,-11,-18,  1,-11,-11,-18,-27, 29, -6, -4; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-17;
/M: SY='P';  M= -8,-13,-28, -9, -6,-12,-20,-10,-11, -7, -4, -7,-14,  9, -8, -2,-13, -9,-13,-19, -6,-10;
/I:         I=-12; MD=-25;
/M: SY='Y';  M= -8,-15,-21,-18,-11, 25,-22, -1, -5,-12, -1, -4,-13,-20,-14,-12, -9, -2, -6,  6, 33,-13; D=-12;
/I:         I=-12; MD=-25;
/M: SY='T';  M=  8, -2,-13, -5,  5,-11,-11, -8,-12, -5,-11,-10, -3, -8, -2, -8,  9, 11, -7,-18, -5,  1; D=-12;
/I:         I=-12; MI=-25; MD=-25; IM=-25; DM=-25;
/M: SY='T';  M=  9,-11,-12,-15,-10, -7,-13,-16, -2,-15,  5, -2, -9,-15,-10,-14,  6, 10,  1,-25,-10,-10; D=-12;
/I:         I=-12; DM=-25;
/M: SY='P';  M= -9,-18,-36, -9,  0,-27,-18,-18,-18, -9,-27,-18,-18, 82, -9,-18, -9, -9,-27,-27,-27, -9; D=-12;
/I:         I=-12; DM=-25;
/M: SY='S';  M=  4,  4,-20,  0, -3,-23,  2, -9,-21, -9,-28,-19, 13,  7, -5,-11, 17,  4,-20,-34,-23, -5;
/I:         I=-15; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='D';  M= -2,  9,-24, 10, -1,-27,  3,-11,-25,  5,-25,-16,  7,-15, -5, -3,  2, -6,-16,-29,-19, -3;
/M: SY='N';  M=-10, 16,-24, 11, -1,-20,-13, -2, -7, -6,-15, -5, 19,-16,  2, -8,  1, -4,-13,-32,-13, -1;
/M: SY='L';  M=-12, -8,-23,-11,-12, -3,-23, -8,  4,-13, 11,  7, -6,-23, -9, -7,-14, -5, -2,-20,  2,-12;
/I:         I=-13; MD=-27;
/M: SY='F';  M=-10,-19,-17,-21,-16, 21,-21, -8,  5,-18, 16,  5,-16,-22,-16,-13,-13, -5,  1, -3, 18,-16; D=-13;
/I:         I=-13; MI=-27; MD=-27; IM=-27; DM=-27;
/M: SY='E';  M=  2, 15,-18, 13, 17,-20, -7, -1,-19,  1,-17,-15, 14, -7,  4, -5,  4, -4,-18,-25,-16, 10; D=-13;
/I:         I=-13; DM=-27;
/M: SY='R';  M= -2, -2,-21, -4, -4,-12,-13, -3,-15,  4,-10, -8,  1,-17, -1, 15, -5, -6,-12,-17, -3, -5; D=-13;
/I:         I=-13; DM=-27;
/M: SY='I';  M= -7,-22,-21,-26,-19, -3,-29,-24, 18,-22, 15,  8,-19,-10,-18,-20,-11,  5, 13,-24, -7,-20;
/M: SY='T';  M= -5,  5,-16,  3, -4,-15,-17,-14,-16, -6,-11,-12,  2,-13, -6, -3, 11, 26, -7,-31,-12, -5;
/M: SY='G';  M=  1,-10,-24,-11,-18,-24, 45,-20,-29,-18,-24,-16, -2,-19,-18,-18,  5, -8,-18,-24,-25,-18;
/M: SY='I';  M= -9,-30,-28,-39,-30,  0,-39,-30, 48,-29, 19, 19,-21,-21,-21,-29,-19, -9, 32,-21, -1,-30;
/M: SY='F';  M=-12,-28,-21,-34,-28, 30,-31,-18, 20,-23, 12, 13,-22,-27,-26,-20,-18, -8, 18, -7, 17,-27;
/M: SY='V';  M= -8,-29,-18,-31,-27, 14,-31,-21, 24,-23, 18, 11,-27,-29,-25,-20,-18, -5, 27,-16,  8,-27;
/M: SY='K';  M=-13, -3,-30, -3,  7,-27,-20, -7,-30, 44,-27,-10,  0,-13, 10, 43,-10,-10,-20,-20,-10,  7;
/M: SY='P';  M= -2,-16,-24,-16,-11, -8,-21,-13, -6,-11,-12, -9,-16, 17,-12,-16, -3,  6, -6,-16,  1,-15;
/M: SY='H';  M=-14,  0,-28, -1,  5,-15,-20, 33,-18,  0,-12, -4,  5,-18,  9,  1, -9,-12,-22,-21,  9,  5;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='P';  M=  0, -5,-21, -4, -3,-21,-10,-13,-14,-10,-26,-17,  1, 19, -7,-13, 15,  6,-12,-36,-22, -7;
/M: SY='P';  M= -7,-14,-31,-13,-11,-22, -3,-19,-10,-15,-19,-12, -8, 28,-14,-19, -7,-10,-14,-28,-23,-16;
/M: SY='P';  M= -9,-20,-32,-14, -5,-19,-22,-20,-11,-14,-11,-11,-20, 54,-12,-19,-11, -3,-18,-28,-21,-12;
/M: SY='E';  M=-12, 18,-30, 30, 52,-32,-18,  0,-32,  8,-22,-22,  4, -2, 16, -2,  0,-10,-30,-32,-20, 34;
/M: SY='V';  M= 14,-17,-11,-24,-19,  1,-18,-23,  5,-16, -1, -2,-16,-19,-21,-18,  1,  9, 17,-22, -8,-19;
/M: SY='I';  M= -8,-30,-22,-37,-30,  8,-36,-29, 38,-27, 16, 15,-23,-24,-25,-26,-17, -7, 33,-20,  0,-30;
/M: SY='L';  M=-12,-30,-20,-32,-22, 26,-30,-20, 16,-30, 41, 16,-28,-30,-24,-20,-28,-10,  8,-13,  7,-22;
/M: SY='W';  M=-20,-38,-48,-38,-29, 12,-21,-24,-18,-19,-18,-18,-38,-30,-19,-19,-38,-28,-28,137, 36,-20;
/I:         I=-15; MD=-32;
/M: SY='Y';  M=-15, -5,-23, -2,-11, 14,-22,  4, -5,-10, -4, -5,-10,-22,-12,-11,-12, -8, -5,  3, 34,-13; D=-15;
/I:         I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='K';  M= -7,  3,-28,  5, 12,-27,-16,  5,-29, 22,-23,-12,  2,-12,  8, 21, -5,-10,-21,-24,-10,  8;
/M: SY='H';  M= -7,  9,-22,  8,  1,-25, -2, 17,-25, -6,-25,-13, 13,-14,  6, -5, 10,  1,-22,-32,-10,  3;
/M: SY='G';  M=  7, -9,-27,-10, -9,-28, 24,-18,-29,  0,-26,-16, -4, -4,-10, -8, -1,-12,-21,-21,-23,-10;
/M: SY='Q';  M= -1, -6,-24, -8,  3,-22,-19, -3,-14, -1,-15, -6, -6, -2, 20, -4,  2,  5,-17,-18, -3, 10;
/I:         I=-15; MD=-32;
/M: SY='K';  M= -7, -6,-14, -8, -3, -8,-11, -2, -5, 11, -4, 11, -5, -9,  3, 11, -8, -6, -4,-11, -3,  0; D=-15;
/I:         I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='A';  M= 38,-13,-13,-20,-11,-19, -5,-21, -7,-11,-10, -9,-13, -1,-12,-20,  6, -1,  2,-22,-20,-12;
/M: SY='Y';  M=  3,-21,-19,-23,-21,  9,-23, -6,  7,-13,  1,  1,-21,-25,-16,-16,-10, -4, 12, -1, 27,-21;
/M: SY='W';  M=-15,-28,-20,-29,-20, -1,-23,-22,-14,-10, -5, -9,-27,-28,-15, -6,-28,-19,-17, 53,  8,-16;
/M: SY='V';  M= -1,-27,-12,-29,-28, -1,-30,-29, 28,-20,  9,  9,-25,-27,-27,-20, -8,  4, 42,-29, -9,-28;
/M: SY='N';  M=-10, 40,-20, 20,  0,-20,  0, 10,-20,  0,-30,-20, 60,-20,  0,  0, 10,  0,-30,-40,-20,  0;
/M: SY='P';  M=-10,-20,-40,-10,  0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10;
/M: SY='F';  M=-19,-27,-25,-33,-27, 54,-31, -8,  6,-23,  8,  2,-20,-29,-28,-18,-20,-10,  0, 13, 43,-27;
/M: SY='L';  M= -2,-26,-18,-28,-21,  5,-26,-16, 17,-21, 25, 17,-26,-27,-18,-18,-19, -7, 16,-17,  4,-20;
/M: SY='F';  M=  0,-19,-19,-24,-21,  8, -2,-21, -4,-22,  4, -2,-15,-23,-23,-19, -8, -3,  0,-16, -5,-21;
/M: SY='V';  M=  1,-23, -2,-29,-24, -4,-28,-27, 18,-22,  9,  6,-21,-24,-22,-22, -9,  2, 23,-28,-10,-24;
/M: SY='R';  M=  1, -2,-23, -2,  2,-25,-16, -7,-17, 10,-16, -7, -4,-15, 11, 13, -2, -7,-10,-23,-13,  6;
/M: SY='G';  M=  8,-17,-23,-20,-19,-15, 19,-21,-10,-21, -1, -4,-11,-20,-18,-21, -7,-12, -7,-20,-17,-19;
/M: SY='L';  M=-12,-29,-20,-32,-22, 23,-29,-18, 16,-28, 38, 21,-27,-29,-22,-19,-27,-10,  8,-14,  6,-21;
/M: SY='A';  M=  8,-16,-18,-20,-11,-11,-17,-13,  1, -9,  6,  8,-15,-19, -3, -5, -7, -3,  3,-22,-10, -7;
/I:         I=-11; MD=-23;
/M: SY='E';  M= -6,  8,-15,  9, 21,-16, -9,  2,-14,  4,-12, -9,  7, -4, 13,  1,  1, -4,-17,-17,-10, 17; D=-11;
/I:         I=-11; MI=-23; MD=-23; IM=-23; DM=-23;
/M: SY='D';  M= -8, 22,-14, 31,  9,-20, -4, -1,-20, -1,-17,-15, 10, -6,  0, -6,  4, -2,-14,-22,-11,  4; D=-11;
/I:         I=-11; DM=-23;
/M: SY='L';  M= -6,-16,-15,-15,-16, -1,-23,-17, 14,-17, 18, 13,-20,-23,-17,-15,-15, -5, 18,-23, -6,-17; D=-11;
/I:         I=-11; DM=-23;
/M: SY='S';  M=  5, -7,-15, -9, -7,-14,  0,-12,-14, -8,-11, -9, -2,-14, -6, -3, 11,  7, -8,-25,-14, -7; D=-11;
/I:         I=-11; DM=-23;
/M: SY='H';  M=-10, -5,-21, -6, -1, -9,-19,  9, -6, -3,  0,  0, -3,-18, -3, -3,-10, -8, -7,-21,  1, -3; D=-11;
/I:         I=-11; DM=-23;
/M: SY='E';  M= -4, -5,-25, -2, 12,-26, -8, -8,-17, -4,-20,-11, -3,  0, 11, -7,  6, -4,-17,-28,-18, 11;
/I:         I=-13; MI=0; MD=-27; IM=0; DM=-27;
/M: SY='G';  M=  7, -5,-20,-10,-13,-20, 17, -4,-20,-13,-18,-11,  2,-18,-12,-15,  3, -4,-12,-25,-17,-13;
/M: SY='F';  M=-11, -2,-21,-10, -4,  6,-19, -8, -8, -5, -3,  0,  3,-19, -8, -6, -7, -1,-10,-20, -3, -5;
/M: SY='P';  M= -7,-13,-34, -5,  5,-29, -8,-16,-23, -9,-29,-20,-12, 55, -6,-16, -2, -8,-28,-30,-28, -4;
/M: SY='Q';  M=  3, -6,-22,-11, -5,-18, -6, -8,-12, -6, -4, -3, -2,-18,  5, -2, -5, -8,-13,-22,-13,  0;
/I:         I=-8; MI=0; MD=-17; IM=0; DM=-17;
/M: SY='D';  M= -2, 22,-23, 23,  1,-29, 12, -5,-30, -7,-28,-22, 20,-14, -5,-11,  8, -5,-24,-33,-22, -2;
/I:         I=-14; MD=-29;
/M: SY='T';  M=  1,-10,-14,-16, -8,  0,-20,-18,  2,-12, -2, -3, -9,-14,-13,-13,  2, 13,  7,-20, -6,-11; D=-14;
/I:         I=-14; MI=-29; MD=-29; IM=-29; DM=-29;
/M: SY='K';  M= -2, -9,-22,-11, -1,-20,-19, -9, -7, 11,-11, -1, -6,-13, 10,  9, -6, -7, -5,-19, -9,  3; D=-14;
/I:         I=-14; DM=-29;
/M: SY='E';  M=-10, 11,-26, 15, 27,-26,-18, -5,-23, 13,-21,-15,  5, -9,  7,  3, -2, -8,-18,-30,-17, 17;
/M: SY='A';  M=  7, -9,-18,-13, -6, -9, -6,-18,-13, -6,-11, -9, -8,-14,-11,-10,  2,  5, -4,-21,-12, -8;
/M: SY='L';  M= -1,-20,-18,-21,-10, -1,-24,-19,  9,-20, 25,  8,-21,-22,-15,-17,-15, -1,  8,-23, -7,-13;
/I:         I=-9; MD=-19;
/M: SY='L';  M=  1,-18,-14,-22,-16, -1,-22,-20, 12,-19, 17,  7,-17,-19,-15,-17, -8,  6, 12,-21, -5,-16; D=-9;
/I:         I=-9; MD=-19;
/M: SY='R';  M= -7,  2,-16,  3,  1,-16,-10, -5,-20,  6,-17,-12,  4,-11,  2, 18,  8,  6,-12,-23,-11,  0; D=-9;
/I:         I=-9; MI=0; MD=-19; IM=0; DM=-19;
/M: SY='R';  M=-11, -4,-19, -3, -3, -4,-14, -5,-15,  3, -7, -7, -2,-15, -3, 17, -4, -4,-10,-17, -5, -4; D=-9;
/I:         I=-9; DM=-19;
/M: SY='A';  M= 12,-11,-13,-15, -9,-10,-10,-13,  0, -8, -1, -2, -8,-12, -7, -6,  1, -1,  1,-18,-10, -9; D=-9;
/I:         I=-9; DM=-19;
/M: SY='L';  M=  7,-21,-16,-24,-16,  0,-19,-18, 13,-21, 24,  9,-19,-19,-15,-18,-14, -6,  8,-17, -5,-16; D=-9;
/I:         I=-9; DM=-19;
/M: SY='Y';  M= -8, -9,-25, -6, -3,  2,-23,  0, -5,-11,  6, -2,-14,-21, -7,-12,-14, -9, -9, -6, 21, -7;
/M: SY='K';  M= -9,  7,-27, 11, 16,-30,-16, -8,-30, 32,-29,-15,  4, -9,  9, 17, -1, -6,-21,-26,-14, 12;
/M: SY='E';  M= -7,  0,-28,  4, 17,-26,  6,  5,-31,  0,-24,-16,  2,-11,  5,  2,  2,-10,-26,-27,-17, 10;
/M: SY='I';  M= -1,-23,-21,-26,-18, -5,-26,-24, 15,-21, 12,  6,-20, -6,-17,-21,-11,  0, 12,-24, -9,-20;
/M: SY='G';  M= -7, -4,-26, -8,-10,-17,  8,-11,-26, -3,-24,-16,  5,-19, -6,  6,  1, -2,-21, -5,-13, -9;
/I:         I=-15; MD=-32;
/M: SY='Q';  M= -6,  1,-24,  5,  6,-26,  5, -7,-20, -4,-17,-10, -1,-12,  8, -6, -1,-10,-16,-22,-16,  7; D=-15;
/I:         I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='P';  M=  7, -9,-23, -8, -8,-20,-16,-19, -4,-13,-13,-10,-10, 12,-12,-19,  1, -3, -2,-29,-19,-12;
/M: SY='L';  M=  1,-11,-19,-15, -9, -8,-17,-11,  1,-16, 13,  3, -7,-21, -4,-13, -7, -4, -4,-25, -9, -6;
/M: SY='T';  M= -6, -8,-19, -8,-13, -5,-10,-16,-10, -9,-11, -8, -7,-20,-15, -4,  1,  2,  2,-25,-10,-14;
/M: SY='N';  M= -7,  1,-23, -1,  0,-21,-10,  9,-24,  1,-26,-15, 11, -3,  3, 11, 11,  1,-20,-33,-13, -1;
/M: SY='R';  M=-14,-16,-34,-15, -6,-15,-17,-12,-25, 11,-24,-15,-11, -7, -1, 22,-11,-11,-22, 17, -4, -5;
/M: SY='D';  M= -9,  7,-30, 14,  5,-31, -2,-11,-30,  5,-30,-20,  2, 13, -3, -4,  0, -8,-25,-30,-21,  0;
/M: SY='E';  M= -2,  2,-20,  3, 17,-25,-14, -5,-20,  0,-20,-13,  3, -8, 17, -3, 16, 13,-17,-30,-15, 17;
/M: SY='A';  M=  8, -6,-18,-15,-14,-12, -4,-17, -4,-15, -3, -5, -1,-17,-13,-16,  2,  7, -3,-25,-14,-14;
/M:         M= -2, -8, -2,-15,-15,-13,-19,-17, -1,-16, -6, -5, -2, -9,-15,-18, -7, -5, -2,-32,-17,-16;
/I:         I=-11; MD=-23;
/M: SY='V';  M=  0,-13,-15,-15,-14, -8, -6,-16,  7,-15, -4, -1, -6,-14,-11,-15,  3,  0,  8,-21, -9,-14; D=-11;
/I:         I=-11; MD=-23;
/M: SY='H';  M= -9,  7,-15,  2, -2, -9, -8, 24,-10, -6, -7, -3, 15,-13,  0, -2, -3, -6,-14,-20, -1, -2; D=-11;
/I:         I=-11; MI=0; MD=-23; IM=0; DM=-23;
/M: SY='A';  M=  8, -4,-11, -7, -4,-11, -7,  5,-11, -2, -9, -5, -1, -9, -1,  2,  2,  2, -6,-15, -5, -4; D=-11;
/I:         I=-11; DM=-23;
/M: SY='P';  M=-10,-20,-40,-10,  0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10;
/M: SY='E';  M= -1, -6,-22, -2,  6,-17,-20,-15, -6, -9, -4, -7,-12, -3, -8,-14, -6, -6, -2,-28,-16, -1;
/M: SY='R';  M=-15,  5,-30,  6,  3,-20,-17, -1,-25, 17,-24,-14,  5, -4,  2, 20, -7, -9,-23,-20, -4,  0;
/I:         I=-13; MD=-27;
/M: SY='A';  M= 13,-14,-16,-20,-14, -3,-16,-13,  5,-14,  4,  0,-13,-15,-11,-16, -3,  2,  4,-12,  3,-14; D=-13;
/I:         I=-13; MI=0; MD=-27; IM=0; DM=-27;
/M: SY='G';  M=  0,-10,-28, -9,-15,-29, 49,-19,-35,-17,-30,-20, -1, -5,-16,-19,  4,-13,-27,-24,-29,-16;
/M: SY='C';  M= -7,-17, 77,-24,-27,-23, -1,-27,-33,-27,-23,-20,-14,-34,-27,-27, -7,-13,-16,-41,-30,-27;
/M: SY='V';  M= -8,-27,-19,-27,-24, 11,-28,-19, 13,-18,  2,  2,-25,-11,-25,-18,-13, -5, 21,-15,  7,-25;
/M: SY='N';  M= -8,  0,-29, -6,-10,-17,  3,-12,-22,-10,-25,-18,  8,  0,-10,-12, -2, -3,-25, -1,-14,-10;
/M: SY='G';  M=  5,-14,-20,-19,-18,  8, 13,-18,-18,-19,-14,-12, -6,-19,-21,-18,  3, -6,-12,-14, -8,-18;
/M: SY='D';  M= -1, 12,-25, 19, 14,-28,-14,-10,-24, -3,-21,-20,  1,  8, -1,-11,  4,  3,-19,-31,-20,  5;
/M: SY='Y';  M=-20, -6,-28, -3, -9, 14,-24,  4,-15, -3, -9, -8, -7,-24, -9,  6,-14,-10,-14,  1, 30,-11;
/M: SY='F';  M= -6,-15,-18,-17,-10,  6,-17,-12, -9,-10, -2, -5, -7,-20,-10,  2,  2,  1, -6,-22, -4,-10;
/M: SY='R';  M=-16, -4,-26,  0, -3,-13,-22, -8,-12, -1,  5, -3, -7,-22, -4, 16,-16,-10,-10,-25, -8, -6;
/M: SY='T';  M= -7, -8,-17,-14,-10,  4,-18,-14,-14, -5,-12,-10, -2,-16,-10,  6,  9, 18, -6,-22, -4,-10;
/M: SY='R';  M=-16,-14,-30,-15, -3, -3,-22, -6,-19,  5,-15, -8, -8,  1,  5, 20,-10,-10,-19,-15, -5, -1;
/M: SY='R';  M=-16, -1,-30, -3,  0,-22,-15, -2,-26, 15,-24,-14, 10,  1,  4, 37, -5, -8,-24,-26,-16, -2;
/I:         I=-8; MD=-16;
/M: SY='R';  M= -6, -8,-15, -8, -4,-10,-14, -8, -7, 12, -8, -2, -6,-13, -2, 18, -6, -4,  2,-14, -6, -4; D=-8;
/I:         I=-8; MI=0; MD=-16; IM=0; DM=-16;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='V';  M= -8,-19,-22,-21,-13,-13,-28,-15, 10, -5, -1,  5,-15,-22, -1,  4,-10, -6, 14,-24, -8, -9;
/M: SY='G';  M= 12,-12,-27,-13,-12,-27, 28,-20,-27,-15,-24,-17, -8, 10,-15,-20,  0,-12,-22,-22,-27,-15;
/M: SY='R';  M=  0, -7,-25,-10,  0,-23,-15, -8,-25, 26,-20,-10, -2,-15,  5, 37, -5, -8,-15,-20,-12,  0;
/M: SY='Q';  M=  9, -5,-19, -8,  2,-25, -9, -6,-20,  4,-20,-10,  0,-12, 14, 11, 10,  0,-14,-25,-15,  7;
/M: SY='D';  M=-17, 13,-27, 20, -1,-12,-18,  5,-13, -5, -9,  3, -1,-18, -2,-10,-11,-10,-14,-17, 10, -3;
/M: SY='L';  M=-15,-22,-25,-22,-14,  6,-27, -5,  1, -8, 18,  7,-19,-27, -9,  8,-22,-10, -3, -8, 17,-14;
/M: SY='R';  M=  2,-10,-25,-12, -7,-22,  6,-10,-27,  9,-20,-12, -2,-18, -2, 27, -3,-10,-17,-20,-17, -7;
/M: SY='P';  M= -7,  0,-27, -3, -3,-22,-15,-13,-17, -8,-24,-17,  5, 35, -8,-12,  3,  9,-22,-32,-22, -8;
/M: SY='T';  M=  9,-10,-12,-17,-12, -8,-18,-20, -3,-15,  5, -3,-10,-15,-12,-15,  5, 23,  2,-25,-10,-12;
/M: SY='N';  M= -4, 19,-20,  9,  5,-25, -5,  4,-20,  0,-28,-15, 31,-15, 15,  0, 16,  3,-24,-35,-18, 10;
/M: SY='G';  M= -2, -5,-25, -8,-10,-25, 27,-18,-30, -1,-25,-15,  0,-15,-10, -5,  2, -1,-20,-22,-20,-10;
/M: SY='T';  M=  3,  0,-10, -7, -7,-13,-14,-17,-13,-10,-16,-13,  3,-10, -7,-10, 26, 42, -3,-33,-13, -7;
/M: SY='S';  M= -1, -4,-17, -4,  0,-20, -7, -6,-24,  5,-26,-16,  6,-14,  4, 20, 21,  9,-14,-33,-16,  0;
/M: SY='R';  M= -7, -7,-24,-10, -9,-20,  8,-13,-27,  2,-20,-13,  0,-17, -6, 17,  3,  6,-17,-23,-16, -9;
/M: SY='W';  M=  6,-19,-29,-23,-13,-11,-13,-17,-19, -1,-16,-13,-16,-19, -7,  8,-12,-13,-16, 34, -1,-10;
/M: SY='N';  M= -7, 18,-20, 11, 16,-20,-13, -2,-20,  0,-21,-17, 22,-11,  3, -3, 10, 12,-21,-34,-17,  9;
/M: SY='P';  M= 12,-16,-29,-14, -4,-26,-13,-20,-16,-10,-23,-16,-16, 53,-10,-20, -3, -6,-19,-26,-26,-10;
/M: SY='P';  M= -5,-25,-25,-20,-15,-15,-25,-25,  5,-15,-10, -5,-25, 30,-20,-20,-10, -5, 10,-30,-20,-20;
/M: SY='L';  M= -5,-30,-15,-30,-25,  5,-30,-25, 25,-25, 30, 15,-30,-30,-25,-20,-20, -5, 30,-25, -5,-25;
/M: SY='P';  M=  0,-10,-25, -5,  0,-25,-10,-15,-20,-10,-30,-20, -5, 40, -5,-15, 15,  5,-20,-35,-25, -5;
/M: SY='P';  M=  0,-10,-25, -5,  0,-25,-10,-15,-20,-10,-30,-20, -5, 40, -5,-15, 15,  5,-20,-35,-25, -5;
/M: SY='D';  M=-20, 50,-30, 70, 20,-40,-10,  0,-40,  0,-30,-30, 20,-10,  0,-10,  0,-10,-30,-40,-20, 10;
/M: SY='D';  M=-20, 50,-30, 70, 20,-40,-10,  0,-40,  0,-30,-30, 20,-10,  0,-10,  0,-10,-30,-40,-20, 10;
/M: SY='E';  M=-10, 10,-30, 20, 60,-30,-20,  0,-30, 10,-20,-20,  0,  0, 20,  0,  0,-10,-30,-30,-20, 40;
/M: SY='A';  M= 50,-10,-10,-20,-10,-20,  0,-20,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-20, 10,  0,  0,-20,-20,-10;
/M: SY='G';  M=  5, -5,-20, -5,-10,-25, 35,-15,-30,-15,-30,-20,  5,-15,-10,-15, 20,  0,-20,-30,-25,-10;
/M: SY='L';  M=  0,-15,-15,-15,-10, -5,-15,-15,  0,-20, 10,  0,-10,-20,-10,-15,  5,  5,  0,-30,-10,-10;
/M: SY='Q';  M=-10,  0,-30,  0, 20,-40,-20, 10,-20, 10,-20,  0,  0,-10, 60, 10,  0,-10,-30,-20,-10, 40;
/M: SY='P';  M=  0,-10,-25, -5,  0,-25,-10,-15,-20,-10,-30,-20, -5, 40, -5,-15, 15,  5,-20,-35,-25, -5;
/M: SY='K';  M=-10,  0,-30,  0, 10,-30,-20,-10,-30, 50,-30,-10,  0,-10, 10, 30,-10,-10,-20,-20,-10, 10;
/M: SY='P';  M=-10,-20,-40,-10,  0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10;
/M: SY='L';  M=-10,-30,-20,-30,-20, 10,-30,-20, 20,-30, 50, 20,-30,-30,-20,-20,-30,-10, 10,-20,  0,-20;
/M: SY='A';  M= 25, -5,-10,-15,-10,-15,-10,-20,-10,-10,-10,-10, -5,-10,-10,-15, 15, 25,  0,-25,-15,-10;
/M: SY='T';  M=  0,  0,-10,-10,-10,-10,-20,-20,-10,-10,-10,-10,  0,-10,-10,-10, 20, 50,  0,-30,-10,-10;
/M: SY='P';  M=-10,-10,-35, -5, 10,-35,-20, -5,-20,  0,-25,-10,-10, 40, 25, -5, -5,-10,-30,-25,-20, 15;
/M: SY='P';  M=-10,-20,-40,-10,  0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10;
/M: SY='P';  M=-10,-20,-40,-10,  0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10;
/M: SY='I';  M= -5,-30,-20,-35,-30,  0,-35,-30, 40,-25, 15, 15,-25,-25,-25,-25,-15, -5, 40,-25, -5,-30;
/M: SY='I';  M=-10,-30,-25,-35,-25,  5,-35,-25, 35,-30, 35, 20,-25,-25,-20,-25,-25,-10, 20,-20,  0,-25;
/M: SY='A';  M= 50,-10,-10,-20,-10,-20,  0,-20,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-20, 10,  0,  0,-20,-20,-10;
/M: SY='L';  M= -5,-15,-15,-20,-15,  0,-25,-20,  5,-20, 20,  5,-15,-20,-15,-15, -5, 20,  5,-25, -5,-15;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2024_02 which contains 571'282 sequence entries.

Total number of hits	12 in 12 different sequences
Number of true positive hits	12 in 12 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	0
Number of false negative sequences	0
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	reversed
Author [info]	CJA_Sigrist
Taxonomic range [info]	Eukaryotic viruses
Maximum number of repetitions [info]	1
Feature key [info]	DOMAIN
Feature description [info]	gL alphaherpesvirus-type
Version [info]	1

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences

12 sequences

GL_EHV1B(P28941), GL_EHV1V(P84455), GL_GAHVG(P52510),

GL_GAHVM(Q77MS8), GL_HHV11(P10185), GL_HHV1K(Q96912), 
GL_HHV2H(P28278), GL_PSHV1(Q6UDG5), GL_SUHVF(P52511), 
GL_SUHVK(P52512), GL_VZVD (P09308), GL_VZVO (Q9J3N1)

» more

Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits:
[Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color]
[Clustal format, plain text] [Fasta format]
Retrieve the sequence logo from the alignment

PDB
[Detailed view]

3 PDB

3M1C; 4XHJ; 4XI5