PROSITE entry PS52029

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

Entry name [info]	LD_TPASE
Accession [info]	PS52029
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	08-NOV-2023 CREATED; 08-NOV-2023 DATA UPDATE; 27-MAR-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC52029
Associated ProRule [info]	PRU01373

Name and characterization of the entry

Description [info]

L,D-transpeptidase (L,D-TPase) catalytic domain profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=123;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=118;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.5167563; R2=0.0192041; TEXT='-LogE';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=364; N_SCORE=9.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=208; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M:         M= -6,-12,-21,-14,-10, -2,-19,-11, -3,-12, -4, -3, -9,-14,-11,-12, -4,  0, -1,-21, -2,-11;
/M: SY='Y';  M= -9,-19,-23,-23,-21,  7,-14, -8,  2,-19,  2,  3,-14,-24,-17,-16,-12, -6,  1, -5,  9,-19;
/M: SY='I';  M= -3,-28,-22,-34,-28,  1,-29,-27, 33,-25, 14, 14,-22,-23,-22,-25,-14, -7, 30,-22, -4,-27;
/M: SY='V';  M= -7,-11,-18,-13, -5,-11,-21,-14,  0, -6, -4,  0, -9,-18, -5, -5, -7, -4,  2,-25,-10, -6;
/M: SY='V';  M=  7,-21,-17,-26,-21, -8,-24,-26, 18,-19,  2,  3,-19,-12,-19,-21, -4,  2, 22,-26,-11,-22;
/M: SY='N';  M= -6, 17,-22, 14,  1,-14, -6, -1,-21, -6,-22,-17, 20,-16, -5, -7,  6, -2,-19,-31,-13, -2;
/M: SY='V';  M= -7,-16,-23,-16,-11,-11,-22,-18,  3, -4,  2,  3,-15,-12,-11, -8,-11, -5,  5,-25, -9,-12;
/M: SY='S';  M= -3, -3,-19, -3,  2,-20, -8,-12,-21,  0,-20,-14, -1, -1, -4, -2,  3, -2,-16,-28,-18, -2;
/M: SY='E';  M=  4,  4,-21,  5,  9,-26, -6, -5,-24,  4,-22,-15,  4,-10,  4, -1,  8,  0,-18,-28,-17,  6;
/M: SY='R';  M=-11, -6,-27, -7,  1,-18,-16,  6,-22, 12,-19, -6,  0,-13, 13, 22, -4, -8,-20,-19, -3,  4;
/M: SY='R';  M= -7, -3,-24, -4,  3,-17,-18, -7,-15,  4,-16, -8, -2,-14,  3,  5,  1,  1,-11,-21, -9,  2;
/M: SY='L';  M= -7,-24,-20,-26,-18,  6,-26,-17, 15,-23, 33, 20,-24,-26,-16,-15,-23, -9,  9,-20, -2,-17;
/M: SY='Y';  M= -4,-10,-24,-11, -2, -7,-18, -7, -9, -7, -9, -6,-10,-17, -3, -8, -5, -2, -8, -6,  5, -3;
/M: SY='V';  M= -6,-24,-20,-26,-20,  7,-28,-14, 15,-18, 15,  9,-23,-27,-15,-14,-16, -6, 16,-13, 11,-19;
/M: SY='Y';  M=-12,-21,-26,-23,-18, 12,-24, -8, -1,-10, -2, -1,-19,-25,-14, -7,-14, -7, -2, 15, 24,-17;
/M: SY='E';  M= -7,  1,-24,  3, 11,-22,-18, -4,-16,  1,-15,-10,  0, -7,  6,  1, -1, -4,-13,-29,-14,  7;
/M: SY='B';  M= -8, 12,-21, 12,  2,-24, -7, -5,-22,  2,-19,-13, 10,-16, -1, -1, -1, -6,-19,-29,-14,  0;
/I:         I=-14; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29;
/M: SY='G';  M=  4,  0,-25, -3,-10,-28, 40,-13,-32,-13,-27,-19,  7,-17,-10,-15,  6,-11,-25,-25,-26,-10;
/I:         I=-12; MI=0; MD=-25; IM=0; DM=-25;
/M: SY='R';  M=-10,  1,-22, -1,  5,-25,-13,  2,-24, 13,-22,-10,  5,-15,  9, 15, -3, -6,-20,-25,-12,  5;
/M: SY='V';  M= -8,-16,-21,-17,-12, -3,-26,-18,  5, -8,  6,  4,-16,-18,-12, -8,-12, -2,  9,-23, -6,-12;
/M: SY='V';  M=  2,-20,-19,-25,-20, -2,-22,-20, 16,-19,  7,  8,-18,-21,-18,-20,-10, -4, 18,-22, -6,-20;
/I:         I=-13; MD=-27;
/M: SY='R';  M= -7, -6,-22, -9, -5, -7, -9, -8,-12,  0, -7, -3, -3,-17, -3,  3, -7, -7,-11,-16, -5, -4; D=-13;
/I:         I=-13; MI=0; MD=-27; IM=0; DM=-27;
/M: SY='S';  M=  1, -6,-17, -6,  1,-16,-15,-12, -8, -5,-11, -8, -5,-10, -3, -3,  6,  5, -2,-27,-14, -2; D=-13;
/I:         I=-13; DM=-27;
/M: SY='Y';  M=-11,-19,-22,-25,-19, 22,-24, -8,  3,-16,  2,  5,-15,-23,-15,-14, -9, -1, -1,  0, 23,-18;
/M: SY='P';  M=-10,-12,-33, -7,  0,-25,-17,-13,-17,  1,-21,-12,-10, 34, -3, -1, -8, -9,-20,-27,-20, -5;
/M: SY='V';  M=  7,-23,  3,-29,-24, -7,-25,-27, 15,-21,  4,  3,-20,-24,-22,-23, -7, -1, 22,-28,-12,-24;
/M: SY='S';  M=  4, -9, -5,-13,-10,-16, -8,-18, -9,-12,-12, -9, -6,-17,-11,-13,  7,  4, -2,-30,-16,-11;
/M: SY='V';  M= -4,-20,-19,-23,-18, -4,-26,-21, 16,-17,  6,  6,-17,-18,-16,-17, -5,  4, 18,-25, -5,-18;
/M: SY='G';  M= -2,-13,-29,-13,-20,-22, 55,-19,-33,-21,-22,-16, -4,-19,-20,-20, -4,-18,-26,-18,-23,-20;
/M: SY='K';  M=  0, -3,-22, -4,  2,-21,-14, -9,-19, 13,-17, -8,  0,-13,  4, 13,  2, -2,-13,-25,-13,  2;
/M: SY='G';  M= -2, -2,-24, -4, -6,-22,  1,-12,-18, -7,-17,-10,  1,  1, -6,-11,  1, -2,-17,-28,-19, -7;
/I:         I=-8; MD=-16;
/M: SY='G';  M= -5,  8,-25, 13, -1,-29, 21,-11,-32, -6,-25,-19,  5,-14, -6,-10,  4, -7,-23,-27,-21, -4; D=-8;
/I:         I=-8; MI=0; MD=-16; IM=0; DM=-16;
/M: SY='D';  M= -9, 17,-15, 25, 11,-18, -6,  0,-19,  2,-14,-13,  7, -5,  2,  1,  1, -4,-14,-19,-10,  6; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-16;
/M: SY='R';  M= -6, -4,-23, -7, -8,-10, -8, -4,-17, -4,-10, -7, -1,-19, -7,  2, -4, -2,-13,-17, -5, -9;
/M: SY='P';  M=  2,-10,-25, -9, -1,-22,-17,-14,-14,  4,-14, -7,-10,  8, -1, -2, -4, -4,-10,-24,-16, -3;
/M: SY='T';  M=  0, -4,-11,-12,-12, -7,-20,-20, -7,-12, -7, -8, -3,-13,-12,-11, 16, 40,  3,-29, -9,-12;
/M: SY='P';  M= -9,-13,-36, -7,  1,-29,-19,-15,-19, -5,-26,-16,-12, 60, -2,-12, -8, -9,-27,-28,-25, -4;
/M:         M= -6, -9,-24,-12, -1,-14,-20,-14,  0, -6, -5, -1, -7, -9, -5, -6, -5, -2, -1,-26,-12, -5;
/M: SY='G';  M=  0, -9,-28,-11,-18,-26, 53,-17,-32,-16,-24,-11, -1,-19,-16,-17, -2,-17,-25,-21,-26,-17;
/M: SY='V';  M= -5,-14,-21,-18,-12,  2,-24,-17,  5,-13, -3, -2,-11,-20,-15,-13, -5,  0,  7,-15,  0,-14;
/I:         I=-14; MD=-29;
/M: SY='Y';  M=-14,-17,-22,-21,-17, 27,-23,  6, -5,-16, -1, -1,-12,-24,-15,-12,-10, -3, -7,  4, 31,-17; D=-14;
/I:         I=-14; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29;
/M: SY='K';  M= -5, -9,-24,-11, -3,-11,-20, -5,-12,  4,-15, -7, -6, -9, -1,  1, -2,  0, -9,-17,  2, -4;
/M: SY='I';  M= -4,-29,-19,-33,-27,  2,-33,-28, 34,-25, 22, 15,-26,-26,-24,-23,-17, -6, 33,-24, -5,-27;
/M: SY='T';  M= -7, -3,-21, -6, -5,-11,-13,-10, -8, -9, -9, -6, -1,-17, -4, -8,  1,  4, -7,-21, -8, -5;
/M: SY='N';  M= -5,  0,-23, -2,  0,-20, -3, -7,-20, -2,-20,-12,  5, -9,  2,  2,  5, -2,-16,-28,-16,  0;
/I:         I=-2; MD=-4;
/M: SY='K';  M= -7, -7,-25, -8, -1,-21,-13,-10,-18, 20,-16, -5, -4,-16,  2, 19, -8, -9, -9,-21,-11,  0; D=-2;
/I:         I=-2; MD=-4;
/M: SY='F';  M= -9,-15,-23,-17, -5,  9,-21, -6, -7, -7, -1, -2,-12,-20, -7, -3,-11, -9, -6,-11,  6, -6; D=-2;
/I:         I=-2; MD=-4;
/M: SY='E';  M= -6, -5,-24, -3,  3,-14,-11, -7,-14,  0,-10, -8, -5,-16, -2,  1, -5, -7,-11,-20, -5, -1; D=-2;
/I:         I=-2; MD=-4;
/M: SY='N';  M= -8,  7,-25,  3,  0,-22, -4, -2,-24,  3,-23,-14, 12, -9,  2,  6,  1, -2,-22,-22,-14,  0; D=-2;
/I:         I=-2; MD=-4;
/M: SY='P';  M= -1,-17,-28,-15, -9,-14, -9,-15,-13,-10,-16, -9,-14, 24,-12,-15, -7, -9,-15,-18,-15,-12; D=-2;
/I:         I=-2; MD=-4;
/M: SY='D';  M=-11,  4,-26,  8, -3,-15,-16, -7,-17, -5,-17,-14, -1, -6, -7, -8, -3, -1,-13,-15, -4, -6; D=-2;
/I:         I=-2; MD=-4;
/M: SY='W';  M=-10,-17,-24,-20,-14,  1,-17,-10, -4, -6, -3,  2,-14,-19, -8, -2,-14, -8, -7, 21,  8,-11; D=-2;
/I:         I=-2; MD=-4;
/M: SY='N';  M= -6,  4,-18,  3, -1,-13, -8, -2,-13, -3,-15, -8,  6, -9, -2, -4,  3,  0,-12,-22, -7, -3; D=-2;
/I:         I=-2; MD=-4;
/M: SY='S';  M=  3, -4,-15, -6, -4,-14, -4, -9,-10, -2,-15, -8,  0, -3, -4, -5,  4,  0, -6,-20,-11, -5; D=-2;
/I:         I=-2; MD=-4;
/M: SY='P';  M= -5, -6,-16, -6, -2,-13, -8, -8,-12,  3,-13, -6, -3,  8, -1,  5,  0,  2,-10,-16,-10, -3; D=-2;
/I:         I=-2; MD=-4;
/M: SY='P';  M= -1, -4,-15, -5, -4,-10, -7, -4, -8, -4,-11, -7, -2, 10, -4, -7, -1,  1, -9,-14, -7, -6; D=-2;
/I:         I=-2; MD=-4;
/M: SY='K';  M= -2, -2,-12, -3,  0, -9,-10, -6, -6,  3, -7, -4, -2, -7, -1,  1,  0,  1, -4,-12, -3, -1; D=-2;
/I:         I=-2; MD=-4;
/M: SY='M';  M= -5, -3,-13, -5, -4, -8, -6, -1, -2, -6,  0,  4, -2, -9,  0, -6, -4, -2, -4,-13, -4, -2; D=-2;
/I:         I=-2; MD=-4;
/M: SY='Y';  M= -3,-11, -8,-13,-11,  0,-11, -4,  2, -9, -1,  3, -9,-13, -6, -9, -6, -5,  2, -4,  4, -9; D=-2;
/I:         I=-2; MI=0; MD=-4; IM=0; DM=-4;
/M: SY='A';  M=  3, -4,  2, -4, -3,-14, -5, -8,-12, -6,-13, -9, -4,  3, -2, -9,  3, -2, -9,-18,-13, -3; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-4;
/M: SY='P';  M=  4,  0,-16,  2, -2,-15,  3,-10,-16, -7,-15,-12, -2,  6, -7,-11,  1, -5,-13,-17,-14, -5; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-4;
/M: SY='G';  M=  0,  6,-16,  6,  0,-19, 14, -6,-20, -5,-17,-13,  7,-10, -3, -8,  3, -5,-16,-19,-15, -1; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-4;
/M: SY='P';  M= -1,-10,-21, -8, -6,-15, -2,-12,-12, -9,-14,-10, -8, 22, -9,-12, -4, -5,-13,-17,-13, -9; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-4;
/M: SY='D';  M= -8,  2,-23,  3, -1,-10, -5,  1,-18, -7,-16,-12,  3,-12, -3, -9,  0, -4,-18,-12,  2, -3; D=-2;
/I:         I=-2; DM=-4;
/M: SY='N';  M= -9,  9,-25,  6,  3,-23, -7, 11,-23,  0,-21,-12, 15,-10,  6,  3,  2, -6,-24,-30,-12,  3;
/M: SY='P';  M=  0,-12,-23,-11, -3,-12,-17,-13, -9, -9,-13,-10,-10,  9, -8,-13,  3,  1, -9,-23, -9, -7;
/M: SY='Y';  M= -7,-13,-22,-14,-14,  2,-18, -6, -1,-16,  4,  2,-12,-19,-12,-15,-10, -5, -4,-11,  8,-14;
/M: SY='G';  M= -3,-14,-22,-14,-15,-14, 21,-13,-21,-13,-16,-11, -9,-18,-15,-14, -6,-13,-15,-14, -6,-17;
/M: SY='N';  M= -2,  7,-22,  2,  2,-21,-12,  0,-19,  1,-19,-13, 11, -6, -1,  2,  2,  0,-17,-30,-15, -1;
/M: SY='Y';  M=-17,-19,-30,-21,-14,  9,-26,  1, -2, -9,  2,  1,-16,-25, -7, -2,-19,-12, -9, 15, 30,-13;
/M: SY='W';  M=  7,-12,-26,-17,-12,-10,-12,-14,-14, -4,-14,-10,-10,-14, -8,-10, -8, -8,-13, 18,  1, -9;
/M: SY='I';  M= -9,-24,-19,-30,-22, 13,-28,-19, 17,-19, 14, 16,-21,-24,-17,-15,-15, -4, 17,-17,  2,-19;
/M: SY='N';  M= -7, -2,-26, -5, -7,-17,  3, -1,-22, -2,-22,-12,  6,-13, -2,  2,  0, -6,-20,-20, -6, -6;
/M: SY='L';  M= -6,-23,-21,-29,-20, 10,-27,-21, 13,-19, 16, 11,-19,-22,-18,-17,-15, -2,  9,-13,  2,-19;
/I:         I=-4; MD=-8;
/M: SY='P';  M= -6, -2,-23,  0, -1,-17,-11,-10,-17, -6,-22,-15,  0, 26, -6,-10,  4,  1,-18,-25,-15, -5; D=-4;
/I:         I=-4; MD=-8;
/M: SY='Y';  M= -6, -5,-13, -7, -6,  8,-11,  5, -5, -6, -5, -3, -2,-12, -2, -5, -3, -3, -7, -1, 15, -5; D=-4;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-8; IM=0; DM=-8;
/M: SY='G';  M= -7, -1,-27, -3,-10,-17, 17, -8,-27, -9,-24,-16,  5,-19, -8, -9,  0,-10,-24,-10,-11, -9;
/M: SY='S';  M= -3,  3,-23,  3, -3,-25,  9, -6,-27, -5,-26,-17,  8, -9, -4, -3, 10,  1,-20,-30,-19, -4;
/M: SY='G';  M= 11, -9,-23,-12,-10,-19, 19,-12,-20,-13,-17,-12, -5,-13,-11,-17,  1,-10,-16,-18,-13,-12;
/M: SY='I';  M=-12,-20,-26,-23,-18,  7,-32,-13, 21,-20,  8,  7,-17,-22,-17,-20,-16, -9, 13,-13, 12,-20;
/M: SY='F';  M= -6,-21,-26,-24,-20, 15, -4,-13,-12,-15, -6, -6,-15,-24,-19,-12,-14,-13,-11, 11, 14,-19;
/M: SY='I';  M= -7,-27,-21,-33,-25,  9,-30,-22, 27,-25, 23, 19,-23,-25,-20,-22,-18, -7, 21,-19,  0,-24;
/M: SY='H';  M=-20,  0,-30,  0,  1,-21,-20, 97,-30, -9,-20,  0, 10,-20, 12,  0,-10,-20,-30,-30, 19,  1;
/M: SY='G';  M=  2, -1,-23, -1, -9,-24, 22,-14,-25,-13,-18,-13,  0,-16,-10,-15,  5, -4,-17,-26,-21, -9;
/M: SY='T';  M=  2, -6,-17,-13, -9,-11,-18,-11, -4, -8, -9, -3, -3,-14, -2, -8,  8, 16, -2,-22, -4, -6;
/M: SY='P';  M=-10, -6,-24, -4, -1,-21,-18, -9,-18, -5,-21,-15, -4, 23, -5, -3, -3, -4,-19,-29,-17, -6;
/I:         I=-6; MD=-12;
/M: SY='N';  M= -6, -3,-24, -6, -6,-12, -5, -9,-16, -5,-14, -8,  1,-13, -4, -4, -5, -8,-17, -2, -8, -5; D=-6;
/I:         I=-6; MD=-12;
/M: SY='N';  M= -4,  3,-22,  2,  1,-22,  1, -1,-23,  0,-23,-14,  6, -1, -1, -3,  5, -3,-20,-26,-15, -1; D=-6;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-12; IM=0; DM=-12;
/M:         M= -2, -4,-17, -4, -4,-10, -5, -7,-10, -7, -8, -7, -4,-10, -7, -7, -2, -3, -6,-14, -8, -6; D=-6;
/I:         I=-6; DM=-12;
/M:         M= -4, -5,-16, -5, -6, -7, -5, -9, -7, -9, -4, -2, -4,-12, -8,-10, -1, -2, -5,-18, -7, -7; D=-6;
/I:         I=-6; DM=-12;
/M: SY='I';  M= -4,-19,-19,-24,-18,  6,-22,-17, 16,-15,  6,  5,-14,-17,-14,-12,-11, -6, 11, -7,  3,-18; D=-6;
/I:         I=-6; DM=-12;
/M: SY='H';  M= -7,  2,-21,  0, -2,-19,  5,  6,-19, -3,-17, -8,  6,-10,  5, -1,  0, -7,-19,-18, -8,  1; D=-6;
/I:         I=-6; DM=-12;
/M: SY='G';  M= -4,  0,-19, -1, -1,-18,  8, -5,-21,  1,-16,-11,  4,-12, -2,  4,  0, -5,-16,-19,-13, -2; D=-6;
/I:         I=-6; DM=-12;
/M:         M= -4, -1,-17, -1, -1, -4,-12, -2,-12, -4, -9, -8, -1, -6, -5, -3, -2, -2,-11,-14, -1, -4; D=-6;
/I:         I=-6; DM=-12;
/M: SY='A';  M=  2,-13,-21,-13,-11,-13, -8,-18, -7,-10, -6, -5,-11, -4,-13,-13, -6, -5, -2,-23,-15,-12; D=-6;
/I:         I=-6; DM=-12;
/M: SY='S';  M=  6, -1,-11, -3, -3,-17, -7,-13,-17,-10,-24,-17,  6, -6, -3,-10, 32, 28, -8,-37,-17, -3;
/M: SY='H';  M= -5,  0,-24, -3, -2,-20,-12, 27,-18, -3,-19, -7,  8,-16,  2,  1,  1, -7,-17,-29, -4, -2;
/M: SY='G';  M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='C';  M= -9,-19,115,-29,-29,-20,-29,-29,-30,-29,-20,-20,-19,-39,-29,-29, -8, -9,-10,-50,-30,-29;
/M: SY='I';  M= -8,-29,-24,-36,-29,  5,-36,-25, 38,-26, 17, 17,-23,-24,-22,-25,-18, -8, 30,-19,  3,-28;
/M: SY='R';  M=  4, -1,-22, -7, -3,-21, -8, -6,-20,  8,-19,-12,  7,-13,  1, 20,  0, -5,-15,-25,-16, -3;
/M: SY='L';  M= -8,-27,-18,-30,-23,  7,-28,-19, 22,-24, 32, 23,-27,-27,-19,-18,-22, -6, 19,-21, -1,-21;
/M: SY='S';  M= -5, -2,-20, -3,  1,-14,-16,  3,-16, -6,-14,-10,  2,-11, -1, -2,  8,  7,-12,-28, -7, -1;
/I:         I=-14; MD=-29;
/M: SY='N';  M=-10, 12,-25, 11,  3,-22,-11, -5,-18, -2,-23,-16, 15, 12, -3, -4,  0, -3,-21,-30,-19, -2; D=-14;
/I:         I=-14; MI=-29; MD=-29; IM=-29; DM=-29;
/M: SY='D';  M= -5,  7,-24, 12, 10,-24, -9, -6,-23,  2,-19,-16,  2, -4,  4,  1,  1, -6,-20,-22,-15,  6; D=-14;
/I:         I=-14; DM=-29;
/M: SY='D';  M=-12, 23,-26, 26,  5,-25,-11,  0,-22,  0,-20,-15, 15,-15, -2, -6, -3, -8,-18,-32,-12,  1;
/M: SY='A';  M= 12,-19,-17,-26,-18, -7,-15,-18, 11,-18, 11, 12,-17,-19,-13,-19, -7, -4, 11,-22, -9,-16;
/M: SY='E';  M= -5,  3,-25,  4, 12,-22,-16, -5,-19, 12,-19,-10,  1,-12,  6,  8, -1, -6,-15,-25,-11,  8;
/M: SY='E';  M=-11, -1,-30,  3, 15,-19,-18, -3,-26,  8,-20,-14, -4,-13,  8,  8, -6, -9,-23, -3, -5, 11;
/M: SY='L';  M=-10,-28,-21,-31,-24, 15,-31,-18, 22,-25, 28, 17,-26,-28,-21,-20,-22, -8, 17,-14, 10,-24;
/M: SY='F';  M= -4,-20,-22,-25,-20, 29,-20, -8, -3,-18,  3, -1,-17,-24,-20,-17,-14, -9, -4,  7, 26,-20;
/M: SY='D';  M= -7,  8,-27, 11,  9,-27, -9, -5,-24,  2,-23,-16,  5, -5,  7, -1,  1, -6,-22,-23,-16,  8;
/I:         I=-10; MI=0; MD=-22; IM=0; DM=-22;
/M: SY='M';  M= -5,-14,-20,-19,-16, -1,-18, -8,  3,-12,  3,  7,-11,-21,-11,-10, -8,  0,  2,-12,  4,-14; D=-10;
/I:         I=-10; DM=-22;
/M: SY='V';  M= -1,-26,-13,-29,-23,  1,-27,-24, 22,-23, 22, 13,-25,-26,-22,-20,-16, -4, 25,-24, -6,-23; D=-10;
/I:         I=-10; DM=-22;
/M: SY='P';  M= -8, -8,-19, -7, -2,-20,-19,-13,-16,  2,-17,-11, -6,  7, -4,  2, -1,  2,-12,-29,-16, -4;
/I:         I=-5; MI=0; MD=-9; IM=0; DM=-9;
/M: SY='E';  M= -1, -6,-21, -7,  1,-12,-15, -7, -8, -2, -8, -4, -6,-16, -3, -4, -4, -6, -4,-22, -7, -1; D=-5;
/I:         I=-5; DM=-9;
/M: SY='G';  M= -2, -5,-28, -6, -8,-25, 34,-12,-34, -3,-27,-16,  2,-17,-10, -7, -1,-15,-25,-21,-21, -9;
/M: SY='T';  M= -2,  1,-18, -3, -9,-14,-19,-17, -6,-10,-10, -9, -2,-15,-11,-11,  6, 18,  1,-25,-11,-10;
/M: SY='P';  M= -8, -9,-28, -9, -2,-16,-17, -9,-18,  3,-18, -9, -7,  9, -2,  7, -5, -2,-16,-23,-12, -4;
/M: SY='V';  M= -4,-29,-17,-31,-28, -1,-27,-28, 30,-24, 15, 12,-26,-27,-26,-23,-14, -5, 36,-26, -7,-28;
/M:         M= -7,-10,-23,-11, -4,-12,-22, -6, -2, -9,  0,  0, -8,-18, -3, -6, -7, -3, -3,-21, -6, -4;
/M: SY='V';  M= -4,-24,-19,-28,-25,  2,-30,-26, 25,-21, 11,  9,-21,-24,-23,-19,-12, -2, 29,-24, -5,-25;
/M: SY='Y';  M=-11,-17,-23,-21,-17, 15,-25, -7,  2,-18,  3,  0,-12,-20,-16,-15,-10, -1, -1, -5, 16,-17;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2024_02 which contains 571'282 sequence entries.

Total number of hits	27 in 27 different sequences
Number of true positive hits	27 in 27 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	0
Number of false negative sequences	0
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	reversed
Author [info]	CJA_Sigrist
Taxonomic range [info]	Prokaryotes (Bacteria)
Maximum number of repetitions [info]	1
Feature key [info]	DOMAIN
Feature description [info]	L,D-TPase catalytic
Version [info]	1

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences

27 sequences

ERFK_ECOLI  (P39176), ERFK_SALTY  (P40680), LDT1_MYCTO  (Q7DAG3),

LDT1_MYCTU  (O53638), LDT2_MYCTO  (O53223), LDT2_MYCTU  (I6Y9J2), 
LDT3_MYCTU  (O06825), LDT4_MYCTU  (O07436), LDT5_MYCBO  (P64704), 
LDT5_MYCTO  (P9WKV2), LDT5_MYCTU  (P9WKV3), LPPS_CORGL  (Q8NMT9), 
Y1667_HAEIN (P44285), YAFK_ECO57  (P0AAA0), YAFK_ECOLI  (P0AA99), 
YAT5_FUSBL  (P05448), YBIS_ECO57  (P0AAY0), YBIS_ECOL6  (P0AAX9), 
YBIS_ECOLI  (P0AAX8), YCBB_ECOLI  (P22525), YCFS_ECOLI  (P75954), 
YCIB_BACSU  (C0SP99), YKUD_BACLD  (Q65K99), YKUD_BACSU  (O34816), 
YKUD_SHOC1  (Q5WC42), YNHG_ECOLI  (P76193), YQJB_BACSU  (P54539)

» more

Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits:
[Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color]
[Clustal format, plain text] [Fasta format]
Retrieve the sequence logo from the alignment

PDB
[Detailed view]

66 PDB

1Y7M; 2MTZ; 3TUR; 3TX4; 3U1P; 3U1Q; 3VAE; 3VYN; 3VYO; 3VYP; 3ZQD; 4A1I; 4A1J; 4A1K; 4A52; 4GSQ; 4GSR; 4GSU; 4HUC; 4JMN; 4JMX; 4K73; 4QR7; 4QRA; 4QRB; 4QTF; 4ZFQ; 5D7H; 5DC2; 5DCC; 5DU7; 5DUJ; 5DVP; 5DZJ; 5DZP; 5E1G; 5E1I; 5E51; 5E5L; 5K69; 5LB1; 5LBG; 6D4K; 6D51; 6D5A; 6IYV; 6IYW; 6LQB; 6NTW; 6RLG; 6RRM; 7A0Z; 7A10; 7A11; 7A1C; 7A1E; 7F71; 7F8P; 7KEM; 8A1J; 8A1K; 8A1L; 8A1M; 8A1N; 8A1O; 8AHO
» more