PROSITE entry PS52029
View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission
General information about the entry
| Entry name [info] | LD_TPASE |
| Accession [info] | PS52029 |
| Entry type [info] | MATRIX |
| Date [info] |
08-NOV-2023 CREATED;
08-NOV-2023 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE. |
| PROSITE Doc. [info] | PDOC52029 |
| Associated ProRule [info] | PRU01373 |
Name and characterization of the entry
| Description [info] | L,D-transpeptidase (L,D-TPase) catalytic domain profile. |
| Matrix / Profile [info] |
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=123; /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=118; /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.5167563; R2=0.0192041; TEXT='-LogE'; /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=364; N_SCORE=9.5; MODE=1; TEXT='!'; /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=208; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?'; /DEFAULT: M0=-8; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; ... A B C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y Z /I: B1=0; BI=-105; BD=-105; /M: M= -6,-12,-21,-14,-10, -2,-19,-11, -3,-12, -4, -3, -9,-14,-11,-12, -4, 0, -1,-21, -2,-11; /M: SY='Y'; M= -9,-19,-23,-23,-21, 7,-14, -8, 2,-19, 2, 3,-14,-24,-17,-16,-12, -6, 1, -5, 9,-19; /M: SY='I'; M= -3,-28,-22,-34,-28, 1,-29,-27, 33,-25, 14, 14,-22,-23,-22,-25,-14, -7, 30,-22, -4,-27; /M: SY='V'; M= -7,-11,-18,-13, -5,-11,-21,-14, 0, -6, -4, 0, -9,-18, -5, -5, -7, -4, 2,-25,-10, -6; /M: SY='V'; M= 7,-21,-17,-26,-21, -8,-24,-26, 18,-19, 2, 3,-19,-12,-19,-21, -4, 2, 22,-26,-11,-22; /M: SY='N'; M= -6, 17,-22, 14, 1,-14, -6, -1,-21, -6,-22,-17, 20,-16, -5, -7, 6, -2,-19,-31,-13, -2; /M: SY='V'; M= -7,-16,-23,-16,-11,-11,-22,-18, 3, -4, 2, 3,-15,-12,-11, -8,-11, -5, 5,-25, -9,-12; /M: SY='S'; M= -3, -3,-19, -3, 2,-20, -8,-12,-21, 0,-20,-14, -1, -1, -4, -2, 3, -2,-16,-28,-18, -2; /M: SY='E'; M= 4, 4,-21, 5, 9,-26, -6, -5,-24, 4,-22,-15, 4,-10, 4, -1, 8, 0,-18,-28,-17, 6; /M: SY='R'; M=-11, -6,-27, -7, 1,-18,-16, 6,-22, 12,-19, -6, 0,-13, 13, 22, -4, -8,-20,-19, -3, 4; /M: SY='R'; M= -7, -3,-24, -4, 3,-17,-18, -7,-15, 4,-16, -8, -2,-14, 3, 5, 1, 1,-11,-21, -9, 2; /M: SY='L'; M= -7,-24,-20,-26,-18, 6,-26,-17, 15,-23, 33, 20,-24,-26,-16,-15,-23, -9, 9,-20, -2,-17; /M: SY='Y'; M= -4,-10,-24,-11, -2, -7,-18, -7, -9, -7, -9, -6,-10,-17, -3, -8, -5, -2, -8, -6, 5, -3; /M: SY='V'; M= -6,-24,-20,-26,-20, 7,-28,-14, 15,-18, 15, 9,-23,-27,-15,-14,-16, -6, 16,-13, 11,-19; /M: SY='Y'; M=-12,-21,-26,-23,-18, 12,-24, -8, -1,-10, -2, -1,-19,-25,-14, -7,-14, -7, -2, 15, 24,-17; /M: SY='E'; M= -7, 1,-24, 3, 11,-22,-18, -4,-16, 1,-15,-10, 0, -7, 6, 1, -1, -4,-13,-29,-14, 7; /M: SY='B'; M= -8, 12,-21, 12, 2,-24, -7, -5,-22, 2,-19,-13, 10,-16, -1, -1, -1, -6,-19,-29,-14, 0; /I: I=-14; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29; /M: SY='G'; M= 4, 0,-25, -3,-10,-28, 40,-13,-32,-13,-27,-19, 7,-17,-10,-15, 6,-11,-25,-25,-26,-10; /I: I=-12; MI=0; MD=-25; IM=0; DM=-25; /M: SY='R'; M=-10, 1,-22, -1, 5,-25,-13, 2,-24, 13,-22,-10, 5,-15, 9, 15, -3, -6,-20,-25,-12, 5; /M: SY='V'; M= -8,-16,-21,-17,-12, -3,-26,-18, 5, -8, 6, 4,-16,-18,-12, -8,-12, -2, 9,-23, -6,-12; /M: SY='V'; M= 2,-20,-19,-25,-20, -2,-22,-20, 16,-19, 7, 8,-18,-21,-18,-20,-10, -4, 18,-22, -6,-20; /I: I=-13; MD=-27; /M: SY='R'; M= -7, -6,-22, -9, -5, -7, -9, -8,-12, 0, -7, -3, -3,-17, -3, 3, -7, -7,-11,-16, -5, -4; D=-13; /I: I=-13; MI=0; MD=-27; IM=0; DM=-27; /M: SY='S'; M= 1, -6,-17, -6, 1,-16,-15,-12, -8, -5,-11, -8, -5,-10, -3, -3, 6, 5, -2,-27,-14, -2; D=-13; /I: I=-13; DM=-27; /M: SY='Y'; M=-11,-19,-22,-25,-19, 22,-24, -8, 3,-16, 2, 5,-15,-23,-15,-14, -9, -1, -1, 0, 23,-18; /M: SY='P'; M=-10,-12,-33, -7, 0,-25,-17,-13,-17, 1,-21,-12,-10, 34, -3, -1, -8, -9,-20,-27,-20, -5; /M: SY='V'; M= 7,-23, 3,-29,-24, -7,-25,-27, 15,-21, 4, 3,-20,-24,-22,-23, -7, -1, 22,-28,-12,-24; /M: SY='S'; M= 4, -9, -5,-13,-10,-16, -8,-18, -9,-12,-12, -9, -6,-17,-11,-13, 7, 4, -2,-30,-16,-11; /M: SY='V'; M= -4,-20,-19,-23,-18, -4,-26,-21, 16,-17, 6, 6,-17,-18,-16,-17, -5, 4, 18,-25, -5,-18; /M: SY='G'; M= -2,-13,-29,-13,-20,-22, 55,-19,-33,-21,-22,-16, -4,-19,-20,-20, -4,-18,-26,-18,-23,-20; /M: SY='K'; M= 0, -3,-22, -4, 2,-21,-14, -9,-19, 13,-17, -8, 0,-13, 4, 13, 2, -2,-13,-25,-13, 2; /M: SY='G'; M= -2, -2,-24, -4, -6,-22, 1,-12,-18, -7,-17,-10, 1, 1, -6,-11, 1, -2,-17,-28,-19, -7; /I: I=-8; MD=-16; /M: SY='G'; M= -5, 8,-25, 13, -1,-29, 21,-11,-32, -6,-25,-19, 5,-14, -6,-10, 4, -7,-23,-27,-21, -4; D=-8; /I: I=-8; MI=0; MD=-16; IM=0; DM=-16; /M: SY='D'; M= -9, 17,-15, 25, 11,-18, -6, 0,-19, 2,-14,-13, 7, -5, 2, 1, 1, -4,-14,-19,-10, 6; D=-8; /I: I=-8; DM=-16; /M: SY='R'; M= -6, -4,-23, -7, -8,-10, -8, -4,-17, -4,-10, -7, -1,-19, -7, 2, -4, -2,-13,-17, -5, -9; /M: SY='P'; M= 2,-10,-25, -9, -1,-22,-17,-14,-14, 4,-14, -7,-10, 8, -1, -2, -4, -4,-10,-24,-16, -3; /M: SY='T'; M= 0, -4,-11,-12,-12, -7,-20,-20, -7,-12, -7, -8, -3,-13,-12,-11, 16, 40, 3,-29, -9,-12; /M: SY='P'; M= -9,-13,-36, -7, 1,-29,-19,-15,-19, -5,-26,-16,-12, 60, -2,-12, -8, -9,-27,-28,-25, -4; /M: M= -6, -9,-24,-12, -1,-14,-20,-14, 0, -6, -5, -1, -7, -9, -5, -6, -5, -2, -1,-26,-12, -5; /M: SY='G'; M= 0, -9,-28,-11,-18,-26, 53,-17,-32,-16,-24,-11, -1,-19,-16,-17, -2,-17,-25,-21,-26,-17; /M: SY='V'; M= -5,-14,-21,-18,-12, 2,-24,-17, 5,-13, -3, -2,-11,-20,-15,-13, -5, 0, 7,-15, 0,-14; /I: I=-14; MD=-29; /M: SY='Y'; M=-14,-17,-22,-21,-17, 27,-23, 6, -5,-16, -1, -1,-12,-24,-15,-12,-10, -3, -7, 4, 31,-17; D=-14; /I: I=-14; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29; /M: SY='K'; M= -5, -9,-24,-11, -3,-11,-20, -5,-12, 4,-15, -7, -6, -9, -1, 1, -2, 0, -9,-17, 2, -4; /M: SY='I'; M= -4,-29,-19,-33,-27, 2,-33,-28, 34,-25, 22, 15,-26,-26,-24,-23,-17, -6, 33,-24, -5,-27; /M: SY='T'; M= -7, -3,-21, -6, -5,-11,-13,-10, -8, -9, -9, -6, -1,-17, -4, -8, 1, 4, -7,-21, -8, -5; /M: SY='N'; M= -5, 0,-23, -2, 0,-20, -3, -7,-20, -2,-20,-12, 5, -9, 2, 2, 5, -2,-16,-28,-16, 0; /I: I=-2; MD=-4; /M: SY='K'; M= -7, -7,-25, -8, -1,-21,-13,-10,-18, 20,-16, -5, -4,-16, 2, 19, -8, -9, -9,-21,-11, 0; D=-2; /I: I=-2; MD=-4; /M: SY='F'; M= -9,-15,-23,-17, -5, 9,-21, -6, -7, -7, -1, -2,-12,-20, -7, -3,-11, -9, -6,-11, 6, -6; D=-2; /I: I=-2; MD=-4; /M: SY='E'; M= -6, -5,-24, -3, 3,-14,-11, -7,-14, 0,-10, -8, -5,-16, -2, 1, -5, -7,-11,-20, -5, -1; D=-2; /I: I=-2; MD=-4; /M: SY='N'; M= -8, 7,-25, 3, 0,-22, -4, -2,-24, 3,-23,-14, 12, -9, 2, 6, 1, -2,-22,-22,-14, 0; D=-2; /I: I=-2; MD=-4; /M: SY='P'; M= -1,-17,-28,-15, -9,-14, -9,-15,-13,-10,-16, -9,-14, 24,-12,-15, -7, -9,-15,-18,-15,-12; D=-2; /I: I=-2; MD=-4; /M: SY='D'; M=-11, 4,-26, 8, -3,-15,-16, -7,-17, -5,-17,-14, -1, -6, -7, -8, -3, -1,-13,-15, -4, -6; D=-2; /I: I=-2; MD=-4; /M: SY='W'; M=-10,-17,-24,-20,-14, 1,-17,-10, -4, -6, -3, 2,-14,-19, -8, -2,-14, -8, -7, 21, 8,-11; D=-2; /I: I=-2; MD=-4; /M: SY='N'; M= -6, 4,-18, 3, -1,-13, -8, -2,-13, -3,-15, -8, 6, -9, -2, -4, 3, 0,-12,-22, -7, -3; D=-2; /I: I=-2; MD=-4; /M: SY='S'; M= 3, -4,-15, -6, -4,-14, -4, -9,-10, -2,-15, -8, 0, -3, -4, -5, 4, 0, -6,-20,-11, -5; D=-2; /I: I=-2; MD=-4; /M: SY='P'; M= -5, -6,-16, -6, -2,-13, -8, -8,-12, 3,-13, -6, -3, 8, -1, 5, 0, 2,-10,-16,-10, -3; D=-2; /I: I=-2; MD=-4; /M: SY='P'; M= -1, -4,-15, -5, -4,-10, -7, -4, -8, -4,-11, -7, -2, 10, -4, -7, -1, 1, -9,-14, -7, -6; D=-2; /I: I=-2; MD=-4; /M: SY='K'; M= -2, -2,-12, -3, 0, -9,-10, -6, -6, 3, -7, -4, -2, -7, -1, 1, 0, 1, -4,-12, -3, -1; D=-2; /I: I=-2; MD=-4; /M: SY='M'; M= -5, -3,-13, -5, -4, -8, -6, -1, -2, -6, 0, 4, -2, -9, 0, -6, -4, -2, -4,-13, -4, -2; D=-2; /I: I=-2; MD=-4; /M: SY='Y'; M= -3,-11, -8,-13,-11, 0,-11, -4, 2, -9, -1, 3, -9,-13, -6, -9, -6, -5, 2, -4, 4, -9; D=-2; /I: I=-2; MI=0; MD=-4; IM=0; DM=-4; /M: SY='A'; M= 3, -4, 2, -4, -3,-14, -5, -8,-12, -6,-13, -9, -4, 3, -2, -9, 3, -2, -9,-18,-13, -3; D=-2; /I: I=-2; DM=-4; /M: SY='P'; M= 4, 0,-16, 2, -2,-15, 3,-10,-16, -7,-15,-12, -2, 6, -7,-11, 1, -5,-13,-17,-14, -5; D=-2; /I: I=-2; DM=-4; /M: SY='G'; M= 0, 6,-16, 6, 0,-19, 14, -6,-20, -5,-17,-13, 7,-10, -3, -8, 3, -5,-16,-19,-15, -1; D=-2; /I: I=-2; DM=-4; /M: SY='P'; M= -1,-10,-21, -8, -6,-15, -2,-12,-12, -9,-14,-10, -8, 22, -9,-12, -4, -5,-13,-17,-13, -9; D=-2; /I: I=-2; DM=-4; /M: SY='D'; M= -8, 2,-23, 3, -1,-10, -5, 1,-18, -7,-16,-12, 3,-12, -3, -9, 0, -4,-18,-12, 2, -3; D=-2; /I: I=-2; DM=-4; /M: SY='N'; M= -9, 9,-25, 6, 3,-23, -7, 11,-23, 0,-21,-12, 15,-10, 6, 3, 2, -6,-24,-30,-12, 3; /M: SY='P'; M= 0,-12,-23,-11, -3,-12,-17,-13, -9, -9,-13,-10,-10, 9, -8,-13, 3, 1, -9,-23, -9, -7; /M: SY='Y'; M= -7,-13,-22,-14,-14, 2,-18, -6, -1,-16, 4, 2,-12,-19,-12,-15,-10, -5, -4,-11, 8,-14; /M: SY='G'; M= -3,-14,-22,-14,-15,-14, 21,-13,-21,-13,-16,-11, -9,-18,-15,-14, -6,-13,-15,-14, -6,-17; /M: SY='N'; M= -2, 7,-22, 2, 2,-21,-12, 0,-19, 1,-19,-13, 11, -6, -1, 2, 2, 0,-17,-30,-15, -1; /M: SY='Y'; M=-17,-19,-30,-21,-14, 9,-26, 1, -2, -9, 2, 1,-16,-25, -7, -2,-19,-12, -9, 15, 30,-13; /M: SY='W'; M= 7,-12,-26,-17,-12,-10,-12,-14,-14, -4,-14,-10,-10,-14, -8,-10, -8, -8,-13, 18, 1, -9; /M: SY='I'; M= -9,-24,-19,-30,-22, 13,-28,-19, 17,-19, 14, 16,-21,-24,-17,-15,-15, -4, 17,-17, 2,-19; /M: SY='N'; M= -7, -2,-26, -5, -7,-17, 3, -1,-22, -2,-22,-12, 6,-13, -2, 2, 0, -6,-20,-20, -6, -6; /M: SY='L'; M= -6,-23,-21,-29,-20, 10,-27,-21, 13,-19, 16, 11,-19,-22,-18,-17,-15, -2, 9,-13, 2,-19; /I: I=-4; MD=-8; /M: SY='P'; M= -6, -2,-23, 0, -1,-17,-11,-10,-17, -6,-22,-15, 0, 26, -6,-10, 4, 1,-18,-25,-15, -5; D=-4; /I: I=-4; MD=-8; /M: SY='Y'; M= -6, -5,-13, -7, -6, 8,-11, 5, -5, -6, -5, -3, -2,-12, -2, -5, -3, -3, -7, -1, 15, -5; D=-4; /I: I=-4; MI=0; MD=-8; IM=0; DM=-8; /M: SY='G'; M= -7, -1,-27, -3,-10,-17, 17, -8,-27, -9,-24,-16, 5,-19, -8, -9, 0,-10,-24,-10,-11, -9; /M: SY='S'; M= -3, 3,-23, 3, -3,-25, 9, -6,-27, -5,-26,-17, 8, -9, -4, -3, 10, 1,-20,-30,-19, -4; /M: SY='G'; M= 11, -9,-23,-12,-10,-19, 19,-12,-20,-13,-17,-12, -5,-13,-11,-17, 1,-10,-16,-18,-13,-12; /M: SY='I'; M=-12,-20,-26,-23,-18, 7,-32,-13, 21,-20, 8, 7,-17,-22,-17,-20,-16, -9, 13,-13, 12,-20; /M: SY='F'; M= -6,-21,-26,-24,-20, 15, -4,-13,-12,-15, -6, -6,-15,-24,-19,-12,-14,-13,-11, 11, 14,-19; /M: SY='I'; M= -7,-27,-21,-33,-25, 9,-30,-22, 27,-25, 23, 19,-23,-25,-20,-22,-18, -7, 21,-19, 0,-24; /M: SY='H'; M=-20, 0,-30, 0, 1,-21,-20, 97,-30, -9,-20, 0, 10,-20, 12, 0,-10,-20,-30,-30, 19, 1; /M: SY='G'; M= 2, -1,-23, -1, -9,-24, 22,-14,-25,-13,-18,-13, 0,-16,-10,-15, 5, -4,-17,-26,-21, -9; /M: SY='T'; M= 2, -6,-17,-13, -9,-11,-18,-11, -4, -8, -9, -3, -3,-14, -2, -8, 8, 16, -2,-22, -4, -6; /M: SY='P'; M=-10, -6,-24, -4, -1,-21,-18, -9,-18, -5,-21,-15, -4, 23, -5, -3, -3, -4,-19,-29,-17, -6; /I: I=-6; MD=-12; /M: SY='N'; M= -6, -3,-24, -6, -6,-12, -5, -9,-16, -5,-14, -8, 1,-13, -4, -4, -5, -8,-17, -2, -8, -5; D=-6; /I: I=-6; MD=-12; /M: SY='N'; M= -4, 3,-22, 2, 1,-22, 1, -1,-23, 0,-23,-14, 6, -1, -1, -3, 5, -3,-20,-26,-15, -1; D=-6; /I: I=-6; MI=0; MD=-12; IM=0; DM=-12; /M: M= -2, -4,-17, -4, -4,-10, -5, -7,-10, -7, -8, -7, -4,-10, -7, -7, -2, -3, -6,-14, -8, -6; D=-6; /I: I=-6; DM=-12; /M: M= -4, -5,-16, -5, -6, -7, -5, -9, -7, -9, -4, -2, -4,-12, -8,-10, -1, -2, -5,-18, -7, -7; D=-6; /I: I=-6; DM=-12; /M: SY='I'; M= -4,-19,-19,-24,-18, 6,-22,-17, 16,-15, 6, 5,-14,-17,-14,-12,-11, -6, 11, -7, 3,-18; D=-6; /I: I=-6; DM=-12; /M: SY='H'; M= -7, 2,-21, 0, -2,-19, 5, 6,-19, -3,-17, -8, 6,-10, 5, -1, 0, -7,-19,-18, -8, 1; D=-6; /I: I=-6; DM=-12; /M: SY='G'; M= -4, 0,-19, -1, -1,-18, 8, -5,-21, 1,-16,-11, 4,-12, -2, 4, 0, -5,-16,-19,-13, -2; D=-6; /I: I=-6; DM=-12; /M: M= -4, -1,-17, -1, -1, -4,-12, -2,-12, -4, -9, -8, -1, -6, -5, -3, -2, -2,-11,-14, -1, -4; D=-6; /I: I=-6; DM=-12; /M: SY='A'; M= 2,-13,-21,-13,-11,-13, -8,-18, -7,-10, -6, -5,-11, -4,-13,-13, -6, -5, -2,-23,-15,-12; D=-6; /I: I=-6; DM=-12; /M: SY='S'; M= 6, -1,-11, -3, -3,-17, -7,-13,-17,-10,-24,-17, 6, -6, -3,-10, 32, 28, -8,-37,-17, -3; /M: SY='H'; M= -5, 0,-24, -3, -2,-20,-12, 27,-18, -3,-19, -7, 8,-16, 2, 1, 1, -7,-17,-29, -4, -2; /M: SY='G'; M= 0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20, 0,-20,-20,-20, 0,-20,-30,-20,-30,-20; /M: SY='C'; M= -9,-19,115,-29,-29,-20,-29,-29,-30,-29,-20,-20,-19,-39,-29,-29, -8, -9,-10,-50,-30,-29; /M: SY='I'; M= -8,-29,-24,-36,-29, 5,-36,-25, 38,-26, 17, 17,-23,-24,-22,-25,-18, -8, 30,-19, 3,-28; /M: SY='R'; M= 4, -1,-22, -7, -3,-21, -8, -6,-20, 8,-19,-12, 7,-13, 1, 20, 0, -5,-15,-25,-16, -3; /M: SY='L'; M= -8,-27,-18,-30,-23, 7,-28,-19, 22,-24, 32, 23,-27,-27,-19,-18,-22, -6, 19,-21, -1,-21; /M: SY='S'; M= -5, -2,-20, -3, 1,-14,-16, 3,-16, -6,-14,-10, 2,-11, -1, -2, 8, 7,-12,-28, -7, -1; /I: I=-14; MD=-29; /M: SY='N'; M=-10, 12,-25, 11, 3,-22,-11, -5,-18, -2,-23,-16, 15, 12, -3, -4, 0, -3,-21,-30,-19, -2; D=-14; /I: I=-14; MI=-29; MD=-29; IM=-29; DM=-29; /M: SY='D'; M= -5, 7,-24, 12, 10,-24, -9, -6,-23, 2,-19,-16, 2, -4, 4, 1, 1, -6,-20,-22,-15, 6; D=-14; /I: I=-14; DM=-29; /M: SY='D'; M=-12, 23,-26, 26, 5,-25,-11, 0,-22, 0,-20,-15, 15,-15, -2, -6, -3, -8,-18,-32,-12, 1; /M: SY='A'; M= 12,-19,-17,-26,-18, -7,-15,-18, 11,-18, 11, 12,-17,-19,-13,-19, -7, -4, 11,-22, -9,-16; /M: SY='E'; M= -5, 3,-25, 4, 12,-22,-16, -5,-19, 12,-19,-10, 1,-12, 6, 8, -1, -6,-15,-25,-11, 8; /M: SY='E'; M=-11, -1,-30, 3, 15,-19,-18, -3,-26, 8,-20,-14, -4,-13, 8, 8, -6, -9,-23, -3, -5, 11; /M: SY='L'; M=-10,-28,-21,-31,-24, 15,-31,-18, 22,-25, 28, 17,-26,-28,-21,-20,-22, -8, 17,-14, 10,-24; /M: SY='F'; M= -4,-20,-22,-25,-20, 29,-20, -8, -3,-18, 3, -1,-17,-24,-20,-17,-14, -9, -4, 7, 26,-20; /M: SY='D'; M= -7, 8,-27, 11, 9,-27, -9, -5,-24, 2,-23,-16, 5, -5, 7, -1, 1, -6,-22,-23,-16, 8; /I: I=-10; MI=0; MD=-22; IM=0; DM=-22; /M: SY='M'; M= -5,-14,-20,-19,-16, -1,-18, -8, 3,-12, 3, 7,-11,-21,-11,-10, -8, 0, 2,-12, 4,-14; D=-10; /I: I=-10; DM=-22; /M: SY='V'; M= -1,-26,-13,-29,-23, 1,-27,-24, 22,-23, 22, 13,-25,-26,-22,-20,-16, -4, 25,-24, -6,-23; D=-10; /I: I=-10; DM=-22; /M: SY='P'; M= -8, -8,-19, -7, -2,-20,-19,-13,-16, 2,-17,-11, -6, 7, -4, 2, -1, 2,-12,-29,-16, -4; /I: I=-5; MI=0; MD=-9; IM=0; DM=-9; /M: SY='E'; M= -1, -6,-21, -7, 1,-12,-15, -7, -8, -2, -8, -4, -6,-16, -3, -4, -4, -6, -4,-22, -7, -1; D=-5; /I: I=-5; DM=-9; /M: SY='G'; M= -2, -5,-28, -6, -8,-25, 34,-12,-34, -3,-27,-16, 2,-17,-10, -7, -1,-15,-25,-21,-21, -9; /M: SY='T'; M= -2, 1,-18, -3, -9,-14,-19,-17, -6,-10,-10, -9, -2,-15,-11,-11, 6, 18, 1,-25,-11,-10; /M: SY='P'; M= -8, -9,-28, -9, -2,-16,-17, -9,-18, 3,-18, -9, -7, 9, -2, 7, -5, -2,-16,-23,-12, -4; /M: SY='V'; M= -4,-29,-17,-31,-28, -1,-27,-28, 30,-24, 15, 12,-26,-27,-26,-23,-14, -5, 36,-26, -7,-28; /M: M= -7,-10,-23,-11, -4,-12,-22, -6, -2, -9, 0, 0, -8,-18, -3, -6, -7, -3, -3,-21, -6, -4; /M: SY='V'; M= -4,-24,-19,-28,-25, 2,-30,-26, 25,-21, 11, 9,-21,-24,-23,-19,-12, -2, 29,-24, -5,-25; /M: SY='Y'; M=-11,-17,-23,-21,-17, 15,-25, -7, 2,-18, 3, 0,-12,-20,-16,-15,-10, -1, -1, -5, 16,-17; /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;» more |
Numerical results [info]
| Total number of hits | 27 in 27 different sequences |
| Number of true positive hits | 27 in 27 different sequences |
| Number of 'unknown' hits | 0 |
| Number of false positive hits | 0 |
| Number of false negative sequences | 0 |
| Number of 'partial' sequences | 0 |
| Precision (true positives / (true positives + false positives)) | 100.00 % |
| Recall (true positives / (true positives + false negatives)) | 100.00 % |
Comments [info]
| Taxonomic range [info] | Prokaryotes (Bacteria) |
| Maximum number of repetitions [info] | 1 |
| Matrix type [info] | protein_domain |
| Scaling database [info] | reversed |
| Author [info] | CJA_Sigrist |
| Feature key [info] | DOMAIN |
| Feature description [info] | L,D-TPase catalytic |
| Version [info] | 1 |
Cross-references [info]
| UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences |
27 sequences
ERFK_ECOLI (P39176), ERFK_SALTY (P40680), LDT1_MYCTO (Q7DAG3), LDT1_MYCTU (O53638), LDT2_MYCTO (O53223), LDT2_MYCTU (I6Y9J2), LDT3_MYCTU (O06825), LDT4_MYCTU (O07436), LDT5_MYCBO (P64704), LDT5_MYCTO (P9WKV2), LDT5_MYCTU (P9WKV3), LPPS_CORGL (Q8NMT9), Y1667_HAEIN (P44285), YAFK_ECO57 (P0AAA0), YAFK_ECOLI (P0AA99), YAT5_FUSBL (P05448), YBIS_ECO57 (P0AAY0), YBIS_ECOL6 (P0AAX9), YBIS_ECOLI (P0AAX8), YCBB_ECOLI (P22525), YCFS_ECOLI (P75954), YCIB_BACSU (C0SP99), YKUD_BACLD (Q65K99), YKUD_BACSU (O34816), YKUD_SHOC1 (Q5WC42), YNHG_ECOLI (P76193), YQJB_BACSU (P54539)» more
|
| PDB [Detailed view] |
69 PDB
1Y7M; 2MTZ; 3TUR; 3TX4; 3U1P; 3U1Q; 3VAE; 3VYN; 3VYO; 3VYP; 3ZQD; 4A1I; 4A1J; 4A1K; 4A52; 4GSQ; 4GSR; 4GSU; 4HUC; 4JMN; 4JMX; 4K73; 4QR7; 4QRA; 4QRB; 4QTF; 4ZFQ; 5D7H; 5DC2; 5DCC; 5DU7; 5DUJ; 5DVP; 5DZJ; 5DZP; 5E1G; 5E1I; 5E51; 5E5L; 5K69; 5LB1; 5LBG; 6D4K; 6D51; 6D5A; 6IYV; 6IYW; 6LQB; 6NTW; 6RLG; 6RRM; 7A0Z; 7A10; 7A11; 7A1C; 7A1E; 7F71; 7F8P; 7KEM; 8A1J; 8A1K; 8A1L; 8A1M; 8A1N; 8A1O; 8AHO; 8BK3; 8IKR; 8J65 » more |