PROSITE entry PS52041
View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission
General information about the entry
| Entry name [info] | TOPO_IIB |
| Accession [info] | PS52041 |
| Entry type [info] | MATRIX |
| Date [info] |
24-JAN-2024 CREATED;
24-JAN-2024 DATA UPDATE; 27-MAR-2024 INFO UPDATE. |
| PROSITE Doc. [info] | PDOC52041 |
| Associated ProRule [info] | PRU01385 |
Name and characterization of the entry
| Description [info] | Topoisomerase (Topo) IIB-type catalytic domain profile. |
| Matrix / Profile [info] |
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=134; /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=129; /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.1629136; R2=0.0175884; TEXT='-LogE'; /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=503; N_SCORE=11.0; MODE=1; TEXT='!'; /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=247; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?'; /DEFAULT: M0=-8; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; ... A B C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y Z /I: B1=0; BI=-105; BD=-105; /M: SY='E'; M= -4, 1,-12, 1, 5,-20,-12, -8,-21, 2,-17,-12, 0,-15, 1, -4, 0, -2,-17,-25,-10, 2; /M: SY='E'; M= -2, 5,-24, 11, 16,-27,-11, -8,-26, 3,-26,-19, 2, 5, 4, -2, 10, 0,-21,-32,-20, 9; /M: SY='R'; M= -5, -1,-24, 0, 0,-23,-13, -8,-22, 7,-23,-15, 3, -1, 0, 14, 4, -2,-15,-29,-17, -2; /M: SY='E'; M= 9, -3,-20, -4, 13,-23,-14,-10,-16, 4,-16,-11, -5,-10, 5, -1, 5, 0,-10,-26,-16, 9; /M: SY='E'; M= -7, 0,-24, 0, 7,-19,-20,-12, -5, -1,-12, -8, 1,-12, -2, -7, 1, -1, -5,-29,-13, 1; /M: SY='V'; M= 16,-21,-13,-24,-18, -8,-18,-22, 11,-16, 7, 3,-21,-21,-16,-18, -5, -2, 21,-24,-12,-17; /M: SY='R'; M= -8,-16,-24,-18, -8, -9,-23,-12, -4, 0, 9, 3,-13,-21, -2, 13,-14, -6, -4,-21, -6, -7; /M: SY='Q'; M= 3, 4,-20, 1, 7,-25,-11, 2,-21, 5,-23,-12, 9,-11, 11, 1, 10, 2,-18,-29,-13, 9; /M: SY='R'; M= -9, -9,-27,-12, -5,-17,-20, -3,-19, 14,-17, -8, -4,-17, 1, 24, -7, -3,-14, -9, -5, -4; /M: SY='I'; M=-10,-30,-26,-36,-26, 4,-36,-26, 39,-30, 31, 20,-24,-24,-20,-26,-24,-10, 23,-20, 0,-26; /M: SY='E'; M=-12, 2,-29, 0, 13,-19,-21, -4,-14, 12,-16, -9, 5,-13, 5, 10, -6, -9,-16,-23, -7, 8; /M: SY='D'; M=-11, 11,-26, 16, 12,-27, -9, 5,-26, 2,-23,-16, 9,-13, 7, 5, 3, -7,-21,-31,-15, 8; /M: SY='L'; M= -9,-22,-21,-24,-18, 18,-27,-19, 9,-22, 25, 8,-21,-25,-21,-17,-21, -9, 4,-14, 4,-19; /M: SY='V'; M= 8,-20,-15,-25,-20, -1,-15,-23, 9,-19, 6, 2,-18,-21,-20,-19, -4, 1, 15,-23, -9,-20; /M: SY='Q'; M=-10, -1,-25, 2, 6,-18,-18, 5,-16, -1, -9, -6, -2,-16, 8, 1, -3, -6,-16,-24, -3, 6; /M: SY='D'; M= -7, 12,-25, 14, 0,-23, -5, -9,-22, 0,-19,-16, 7,-16, -5, -6, -2, -7,-17,-19,-14, -3; /M: SY='F'; M= -1,-19,-19,-27,-21, 13,-23,-19, 13,-20, 7, 7,-12,-22,-20,-19, -9, -4, 11,-18, 0,-21; /M: SY='I'; M= -1,-21,-20,-23,-21, 1,-26,-16, 17,-19, 13, 11,-21,-24,-17,-19,-14, -6, 17,-16, 5,-20; /M: SY='D'; M= -5, 18,-25, 22, 19,-27,-13, -4,-24, 5,-22,-18, 11,-11, 3, 0, 1, -7,-20,-32,-18, 11; /M: SY='E'; M= -3, 11,-22, 16, 19,-29,-12, -3,-25, 0,-23,-16, 6, -8, 15, -4, 12, 3,-21,-32,-17, 17; /M: SY='L'; M=-10,-30,-20,-33,-25, 21,-31,-23, 22,-28, 30, 14,-27,-29,-26,-21,-23, -8, 18,-16, 4,-25; /M: SY='A'; M= 11, -6,-17, -9, 3,-17,-13,-13,-12, -1, -8, -5, -6,-11, -2, -7, 5, 4, -7,-26,-14, 1; /M: SY='E'; M= -4, 5,-26, 8, 19,-29,-15, -4,-27, 16,-22,-14, 2, -9, 14, 13, 0, -7,-21,-26,-15, 16; /M: SY='G'; M= -5, 0,-30, -1,-11,-28, 37, -6,-34,-14,-29,-19, 8, -5,-13,-15, -1,-15,-30,-26,-24,-13; /M: SY='R'; M= -9, -3,-27, -2, 15,-23,-20, 2,-21, 13,-17, -9, -1,-11, 11, 18, -4, -6,-18,-24,-10, 11; /I: I=-14; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29; /M: SY='R'; M= -3, -9,-24,-10, -7,-21, -5,-13,-13, -2,-18, -9, -3, -5, -3, 1, 1, -5, -9,-27,-17, -7; /I: I=-9; MD=-19; /M: SY='P'; M=-11,-15,-33, -9, -5,-13,-21,-15,-10,-12,-15,-11,-16, 44,-12,-18,-12, -9,-18,-20,-11,-12; D=-9; /I: I=-9; MI=0; MD=-19; IM=0; DM=-19; /M: SY='S'; M= 7, -6,-16, -9, -4,-15,-12,-11,-13, 5,-16, -9, -3,-12, -3, 1, 8, 8, -5,-21, -7, -4; D=-9; /I: I=-9; DM=-19; /M: SY='F'; M=-11,-28,-23,-34,-25, 21,-30,-21, 21,-24, 16, 16,-23,-18,-23,-21,-19, -9, 15,-14, 5,-25; /M: SY='E'; M= -1, 8,-22, 7, 14,-23,-15, -8,-19, 4,-19,-15, 6, -5, 1, -3, 3, 2,-15,-30,-17, 7; /M: SY='I'; M= -9,-29,-21,-35,-27, 12,-33,-25, 31,-26, 22, 18,-24,-26,-24,-23,-19, -7, 26,-19, 1,-27; /M: SY='P'; M= -2,-11,-30, -7, -2,-24,-17, -9,-14,-10,-17,-11,-11, 34, -4,-16, -5, -7,-18,-28,-19, -6; /M: SY='T'; M= -4, -4,-19,-11, -9,-11,-16,-11, -2, -7, -6, -1, 3,-17, -5, -5, 5, 7, -3,-29,-10, -8; /M: SY='R'; M=-13, -3,-27, -6, -2,-14,-17, 2,-23, 21,-19,-10, 5,-19, 5, 38, -7, -8,-19,-16, 1, -2; /M: SY='S'; M= -1, -2,-21, -4, -3,-22, 0,-11,-21, -3,-17,-11, 0,-14, 2, -2, 7, 6,-15,-26,-15, -1; /I: I=-11; MI=0; MD=-23; IM=0; DM=-23; /M: M= -6,-11,-25,-11, -7, -6,-20, -7,-12, -1, -1, -3,-11,-19, -8, 0,-13, -8,-10, -9, -2, -7; /M: SY='S'; M= -1, 1,-20, 0, 2,-23, 4, -7,-26, 2,-27,-17, 9,-13, 1, 8, 16, 3,-18,-31,-19, 1; /M: SY='N'; M= -8, 25,-22, 13, 0,-21, -6, 13,-19, 0,-23,-11, 36,-18, 4, 2, 4, -4,-24,-34,-14, 2; /M: SY='A'; M= 9,-11,-19,-18, -9,-10,-18,-12, 5,-11, -1, 6, -8,-16, -5,-15, -3, -2, 3,-20, -5, -8; /M: SY='V'; M= 1,-15, -9,-19,-17, -1,-20,-15, 4,-17, 0, 4,-13,-20,-14,-17, -3, 1, 7,-22, -3,-16; /M: SY='F'; M=-10,-17,-22,-23,-19, 23,-21, -9, 0,-19, 6, 2,-11,-26,-18,-15,-14, -8, -5, 4, 18,-18; /M: SY='D'; M= -7, 20,-25, 25, 10,-28,-10, -4,-26, 1,-23,-20, 13, -5, 0, -4, 4, -4,-22,-34,-19, 5; /M: SY='E'; M=-10, 5,-31, 15, 23,-30,-13, -9,-26, 2,-24,-19, -3, 17, 2, -8, -4,-10,-24,-30,-22, 11; /M: SY='D'; M= -8, 5,-17, 9, 8,-23,-18,-10,-16, -1,-17,-10, -2, -6, -2, -8, 1, -1,-11,-32,-16, 3; /M: SY='K'; M= 2, -9,-21,-11, -4,-18,-16, -7,-13, 10,-11, -5, -6,-16, -2, 8, -3, -4, -5,-24,-10, -4; /M: SY='D'; M= -8, 10,-15, 11, -2,-23, -4, -9,-23, -3,-21,-16, 9,-17, -6, -2, 3, -2,-16,-33,-18, -5; /M: SY='S'; M= 2, -7, -7,-11, -9,-13,-13, -9,-10,-13, -9, -8, -1,-18, -8, -9, 11, 9, -4,-33,-13, -9; /M: SY='L'; M=-11,-25,-25,-27,-19, 8,-28,-17, 12,-17, 17, 8,-21,-25,-16,-12,-19, -9, 6, -4, 9,-19; /M: M= 0, -6,-11, -7, -9,-15,-12,-14,-11, -4,-10, -5, -8,-19,-10, -6, -2, -2, -2,-25,-10,-10; /M: SY='L'; M= -8,-15,-21,-19,-17, 2,-17,-15, 7,-16, 10, 4,-10,-24,-16,-14,-12, -6, 4,-20, -1,-17; /M: SY='S'; M= 3,-11,-22, -9, -6,-22, 4,-17,-16, -9,-21,-13, -7, 2,-10,-13, 6, -3, -9,-29,-22, -9; /M: SY='D'; M=-12, -1,-26, 3, -3,-16,-10,-10,-12, -8, -4, -6, -5,-19, -5, -4, -9, -8,-10,-24, -8, -5; /M: SY='R'; M= -7, -1,-17, -3, 5,-25,-11, -7,-27, 19,-25,-13, 3,-15, 7, 21, 0, -6,-20,-26,-15, 5; /M: SY='E'; M= -5, -2,-23, -1, 10,-19,-13,-10,-20, 3,-17,-13, -3, -4, 1, -3, 5, 8,-15,-26,-11, 5; /M: SY='S'; M= -4, -9,-14, -9, -8,-13,-14,-14, -9, -8,-11, -8, -6,-11, -9,-10, 4, 3, -5,-27, -9, -9; /M: SY='R'; M= -2, -9,-21,-12, -7,-17,-12, 0,-14, 4,-14, -2, -4,-17, -3, 11, -1, -1, -6,-25, -9, -7; /M: SY='R'; M=-15,-16,-26,-17, -7, -9,-24, -9, -9, 8, -1, 0,-10,-22, 0, 30,-14, -9, -6,-19, -5, -6; /I: I=-12; MD=-25; /M: SY='S'; M= -3, -5,-10, -6, -3, -9,-13, -7, -8, -5,-14, -9, -2, -9, -4, -7, 6, 1, -6,-20, -2, -5; D=-12; /I: I=-12; MI=0; MD=-25; IM=0; DM=-25; /M: SY='F'; M= -8,-22,-11,-28,-20, 23,-25,-16, 1,-21, 14, 5,-18,-26,-21,-14,-14, -4, 1,-12, 8,-20; /M: M= -6, -3,-12, -6, -8,-12,-14, -5,-12, -7, -4, -6, 0,-20, -8, -8, -4, -1,-10,-26, -7, -9; /M: SY='N'; M= -9, 12,-20, 4, -3,-13,-11, 5,-18, 0,-20, -9, 21,-17, -1, 4, 6, 3,-18,-30,-10, -3; /M: SY='V'; M= 2,-17,-22,-18, -9,-15,-17,-18, 0, -8, -5, -2,-15, -6, -8, -5, -7, -6, 5,-25,-15,-11; /M: SY='N'; M= -4, 1,-24, -5, -3,-15, -8, -8,-19, 7,-18,-11, 9,-11, -3, 8, -2, -6,-17,-24,-13, -4; /M: SY='Q'; M= -9, 4,-26, 3, 8,-28,-10, 9,-26, 9,-24,-11, 7,-13, 17, 11, 3, -5,-24,-27,-11, 12; /M: SY='A'; M= 14,-11,-18,-15, -6,-13,-14,-13, -8, -3, -7, -6, -9,-15, -6, -3, 2, 0, -2,-20, -8, -7; /M: SY='K'; M=-11, -4,-28, -3, 6,-23,-15, 1,-26, 19,-23,-11, -1, -7, 8, 19, -4, -6,-21,-21, -6, 5; /M: SY='R'; M= -6, -4,-23, -8, -2,-19,-18,-11,-16, 17,-18, -8, 1,-15, 0, 20, -1, 2, -9,-25,-11, -2; /M: SY='F'; M= -6,-27,-12,-35,-25, 26,-29,-23, 14,-28, 18, 7,-21,-26,-26,-23,-18, -9, 9,-12, 6,-25; /M: SY='A'; M= 11, -5, -9,-10,-11,-16, -9,-15, -6,-13, -6, -2, -5,-17,-11,-17, 1, -1, -1,-27,-15,-11; /M: SY='Q'; M=-10,-11,-25,-14, -2,-19,-24, -7, -3, 3, -5, 5, -9,-17, 16, 9, -7, -4, -5,-22, -8, 5; /M: SY='L'; M= -5,-13,-18,-16,-13, -6,-23,-16, 2,-11, 10, 4,-12,-19,-11, -4, -7, 9, 3,-24, -7,-13; /M: SY='L'; M= -6,-26,-22,-29,-22, 7,-22,-22, 14,-26, 26, 10,-24,-26,-21,-21,-20, -7, 8,-11, -1,-21; /M: SY='R'; M=-16, -9,-29,-10, -5, -8,-23, 5,-15, 15,-12, -4, -3,-21, 1, 23,-13,-10,-14,-10, 14, -5; /M: SY='V'; M= -6,-22, -8,-27,-23, 5,-26,-20, 14,-20, 15, 15,-22,-25,-20,-17,-11, 4, 20,-24, -4,-21; /M: SY='L'; M= -6,-26,-22,-29,-20, 8,-27,-13, 18,-23, 30, 18,-24,-26,-15,-19,-22, -9, 9,-13, 10,-19; /M: SY='E'; M= -4, 8,-23, 12, 20,-23,-13, -1,-22, 0,-16,-15, 4,-10, 5, -5, 5, -3,-19,-32,-15, 12; /M: SY='M'; M=-12,-23,-14,-28,-19, 9,-29,-14, 11,-17, 10, 12,-19,-25,-11,-12,-16, -9, 8,-15, 5,-16; /M: SY='V'; M= -2,-28, -5,-33,-28, -2,-31,-29, 28,-24, 12, 10,-25,-27,-25,-24,-13, -5, 32,-27, -9,-28; /M: SY='H'; M=-11, -8,-28, -9, 0,-11,-22, 25,-12, 2,-11, 2, -5,-17, 8, 0,-10,-12,-15,-13, 16, 1; /M: SY='E'; M=-11, 8,-28, 14, 19,-29,-18, -2,-26, 12,-18,-12, 2,-11, 15, 14, -5,-10,-23,-26,-14, 16; /M: SY='L'; M= -1,-20,-20,-23,-15, -5,-17,-17, 7,-16, 18, 11,-19,-22,-10,-14,-14, -5, 4,-21, -7,-13; /M: SY='L'; M= -8,-26,-20,-26,-17, 1,-29,-18, 18,-23, 32, 16,-25,-27,-11,-16,-22, -8, 12,-22, -3,-14; /M: SY='E'; M= -4, -6,-25, -5, 9,-23,-10,-10,-14, -3,-15, -9, -6, -6, 7, -5, 1, -4,-12,-26,-16, 7; /M: SY='E'; M= -3, -5,-21, -5, 7,-17,-16, -7,-14, -2, -6, -7, -2,-15, 7, 4, 2, 0,-13,-27,-13, 6; /M: SY='G'; M= -8, 17,-28, 20, -1,-31, 30, -8,-36, -9,-30,-23, 17,-16, -9,-13, 2,-13,-30,-30,-25, -5; /M: SY='K'; M=-10, -4,-27, -5, 1,-20,-17,-13,-15, 15,-14, -7, -3,-14, 0, 12, -7, -3,-11,-23,-10, -1; /M: SY='H'; M=-10, -5,-21,-10,-10, -3,-19, 16, -8,-11, -9, -4, 3,-20, -6, -6, -1, 1, -8,-22, 8,-10; /M: SY='A'; M= 7,-14,-11,-19,-13,-10,-17,-19, -4, -9,-10, -6, -9,-12,-12, -9, 3, 2, 2,-25,-12,-13; /M: SY='T'; M= 1, 6,-11, -3, -6,-14,-12,-13,-14, -9,-18,-14, 11,-11, -6, -9, 23, 36, -7,-34,-14, -6; /M: SY='K'; M= -9,-13,-25,-13, -2,-14,-25,-16, -4, 12, 1, 2,-13,-18, -4, 4,-15, -9, -1,-22, -7, -3; /M: SY='R'; M=-20,-10,-30,-10, 0,-20,-20, 0,-30, 30,-20,-10, 0,-20, 10, 70,-10,-10,-20,-20,-10, 0; /M: SY='D'; M=-13, 24,-29, 36, 34,-33,-10, -3,-33, 3,-24,-23, 8, -6, 7, -6, 1, -7,-28,-33,-20, 21; /M: SY='I'; M= -2,-28,-23,-33,-24, 1,-31,-25, 30,-27, 27, 16,-23,-23,-19,-24,-19, -8, 20,-21, -3,-24; /M: SY='Y'; M=-19,-23,-27,-25,-22, 40,-30, 8, 1,-16, 6, 1,-21,-30,-18,-13,-21,-10, -6, 22, 63,-22; /M: SY='Y'; M=-20,-20,-30,-20,-20, 30,-30, 20, 0,-10, 0, 0,-20,-30,-10,-10,-20,-10,-10, 30, 80,-20; /M: SY='T'; M= -4, -4,-19, -9, -7,-12,-18,-10, -4, -6, -3, 5, -3,-16, -5, -2, 0, 7, -1,-27,-10, -7; /M: SY='N'; M= -9, 19,-22, 19, 2,-21, -4, 10,-24, -7,-23,-17, 21,-16, -1, -7, 9, -2,-22,-33,-10, -1; /M: SY='K'; M= -6,-13,-24,-11, -1,-18,-23,-18, -6, 5,-12, -6,-14, 1, -7, -3, -7, -5, 2,-27,-15, -5; /M: SY='N'; M= -3, 10,-21, 10, 5,-24, -6, 6,-23, -4,-22,-14, 12,-14, 4, -5, 10, -1,-20,-33,-14, 4; /M: SY='L'; M= -5,-25,-24,-27,-18, 1,-25,-23, 10,-22, 15, 4,-24,-24,-17,-19,-18, -7, 6, 6, 0,-17; /I: I=-6; MI=0; MD=-13; IM=0; DM=-13; /M: SY='F'; M=-19,-30,-21,-38,-30, 69,-29,-19, 1,-28, 8, 0,-22,-30,-37,-20,-20,-10, 1, 16, 30,-29; /M: SY='K'; M= -7, 5,-27, 5, 5,-29, 4, -6,-30, 10,-25,-15, 6,-14, 6, 9, -1, -8,-24,-25,-17, 5; /M: SY='D'; M= -9, 20,-18, 24, 11,-28,-12, -4,-29, 5,-25,-20, 12,-13, 1, 3, 3, -2,-22,-34,-18, 6; /M: SY='Q'; M=-10, 0,-30, 0, 20,-40,-20, 10,-20, 10,-20, 0, 0,-10, 60, 10, 0,-10,-30,-20,-10, 40; /M: SY='S'; M= 11, 1,-16, -1, 2,-24, -7,-10,-20, 1,-23,-14, 3,-10, 5, -2, 18, 8,-12,-30,-17, 3; /M: SY='E'; M= -3, -8,-23, -9, 3,-15,-21, -6, -3, -2, -8, -4, -6,-16, -1, -4, -5, -7, -1,-23, -7, 0; /M: SY='V'; M= 3,-18,-12,-19,-18, -8,-19,-22, 11,-17, -3, -1,-13,-21,-17,-17, 8, 7, 23,-33,-13,-18; /M: SY='D'; M=-12, 35,-25, 41, 9,-30, -9, -1,-29, 0,-26,-23, 22,-14, -2, -3, 1, -7,-22,-37,-19, 3; /M: SY='Q'; M= -6, -3,-25, -4, 9,-24,-16, -2,-17, 5,-18, -5, 1, -7, 17, 10, 3, -4,-18,-26,-14, 12; /M: SY='V'; M= 11,-22,-16,-26,-19, -4,-19,-23, 9,-19, 11, 3,-21,-21,-18,-20, -8, -2, 13,-13, -8,-18; /M: SY='I'; M= -8,-28,-24,-33,-26, -1,-30,-26, 32,-24, 19, 14,-21,-24,-20,-20,-18, -9, 24,-22, -4,-26; /M: SY='D'; M= -8, 11,-26, 14, 14,-26, -4, -6,-24, 3,-20,-15, 8,-12, 3, -3, 1, -7,-21,-30,-18, 9; /M: SY='D'; M=-15, 39,-26, 55, 14,-35,-10, -3,-33, -2,-28,-26, 16,-11, -2,-11, 4, -6,-23,-39,-19, 6; /M: SY='I'; M= -8,-28,-23,-34,-26, 2,-35,-27, 36,-27, 23, 16,-23,-23,-21,-25,-18, -4, 27,-22, -2,-26; /M: SY='C'; M= -2, -7, 30, -9, 4,-22,-19,-15,-24,-10,-20,-17, -8,-20, -7,-11, 3, -4,-13,-38,-22, -2; /M: SY='V'; M= 0, -9, -4,-15,-12, -9,-18,-15, -4,-10,-10, -7, -3,-21,-12, -7, 0, -2, 1,-28,-13,-13; /M: SY='M'; M= -5,-14,-19,-19,-10, -1,-21,-12, 5,-11, 12, 15,-13,-20, -9,-10,-12, -2, 3,-22, -5, -9; /M: SY='L'; M= -9,-24,-19,-28,-20, 17,-27,-20, 12,-26, 29, 10,-21,-26,-21,-19,-17, -1, 7,-17, 3,-20; /M: SY='K'; M= -7, 1,-28, -2, 0,-29, 8, -7,-30, 14,-28,-13, 7,-15, 7, 12, -1,-10,-25,-23,-17, 3; /M: SY='C'; M= -7,-22, 29,-28,-23, -8,-30,-25, 5,-23, 3, 2,-21,-29,-22,-23,-12, -4, 13,-34,-14,-23; /M: SY='T'; M= 1, -7,-15, -9, -6,-13,-13,-14,-11,-11,-10,-10, -2, -8, -6, -7, 16, 19, -6,-32,-14, -7; /I: I=-15; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32; /M: SY='R'; M=-18, -9,-31, -9, 2,-23,-20, -1,-29, 28,-21,-10, -1,-12, 12, 57, -9,-10,-21,-21,-11, 3; /M: SY='E'; M= -5, -2,-25, 0, 14,-20,-10, 8,-23, 1,-17,-11, 0,-12, 7, 0, 2, -6,-20,-25, -7, 10; /M: SY='D'; M= -6, 22,-21, 25, 15,-27, -7, 4,-28, -3,-28,-22, 19,-11, 4, -6, 15, 1,-23,-38,-18, 9; /M: SY='L'; M=-11,-29,-20,-31,-21, 13,-29,-18, 19,-28, 44, 23,-28,-29,-19,-19,-28,-10, 9,-18, 2,-20; /M: SY='G'; M= -9, 4,-26, -2,-10,-20, 17, 16,-25,-13,-18,-11, 16,-21, -7,-10, -3,-13,-25,-28,-12,-10; /M: SY='I'; M= -7,-29,-21,-35,-29, 5,-34,-27, 36,-25, 17, 18,-24,-25,-24,-24,-17, -6, 33,-22, -2,-28; /M: SY='I'; M= -8,-20,-21,-23,-14, -4,-26,-17, 13,-13, 12, 11,-17,-21,-11, -6,-11, -3, 12,-24, -6,-14; /M: SY='P'; M= 16, -6,-19, -9, -4,-22, -7,-16,-16, -9,-22,-16, -3, 18, -7,-16, 12, 5,-13,-29,-22, -7; /M: SY='S'; M= 7, -2, -9, -3, 3,-19,-14,-15,-14, -5,-15,-13, -3,-12, -5,-10, 10, 10, -4,-31,-17, -1; /M: SY='E'; M= 1, -4,-23, -1, 16,-21, -6, -8,-19, -4,-12,-11, -4,-11, 5, -4, 3, -5,-17,-27,-17, 10; /M: SY='K'; M=-11, 6,-28, 7, 8,-28,-16, -6,-30, 35,-28,-13, 6,-12, 8, 28, -5, -7,-21,-25,-12, 7; /M: SY='G'; M= 0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20, 0,-20,-20,-20, 0,-20,-30,-20,-30,-20; /M: SY='L'; M= 1,-23,-20,-26,-19, -1,-25,-20, 16,-19, 18, 9,-20,-23,-16,-18,-13, -5, 13,-20, -1,-19; /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;» more |
Numerical results [info]
| Total number of hits | 36 in 36 different sequences |
| Number of true positive hits | 36 in 36 different sequences |
| Number of 'unknown' hits | 0 |
| Number of false positive hits | 0 |
| Number of false negative sequences | 0 |
| Number of 'partial' sequences | 0 |
| Precision (true positives / (true positives + false positives)) | 100.00 % |
| Recall (true positives / (true positives + false negatives)) | 100.00 % |
Comments [info]
| Matrix type [info] | protein_domain |
| Scaling database [info] | reversed |
| Author [info] | CJA_Sigrist |
| Taxonomic range [info] | Archaea, Eukaryotes |
| Maximum number of repetitions [info] | 1 |
| Feature key [info] | DOMAIN |
| Feature description [info] | Topo IIB-type catalytic |
| Version [info] | 1 |
Cross-references [info]
| UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences |
36 sequences
SPO11_ARATH (Q9M4A2), SPO11_CAEEL (Q22236), SPO11_DROME (Q7KPA5), SPO11_ENCCU (Q8SVS9), SPO11_HUMAN (Q9Y5K1), SPO11_MOUSE (Q9WTK8), SPO11_ORYSI (Q5ZPV8), SPO11_ORYSJ (Q7Y021), SPO11_SCHPO (P40384), SPO11_VAIC1 (C4VB43), SPO11_YEAST (P23179), SPO12_ARATH (Q9M4A1), SPO12_ORYSI (Q5ZPI9), SPO12_ORYSJ (Q6ZD95), SPO14_ORYSJ (Q2QM00), TOP6A_AERPE (Q9YE67), TOP6A_ARATH (Q9LZ03), TOP6A_ARCFU (O29322), TOP6A_HALMA (Q5V4R4), TOP6A_HALS3 (B0R4D2), TOP6A_HALSA (Q9HR32), TOP6A_HYPBU (A2BLE8), TOP6A_METAC (Q8TQF8), TOP6A_METBF (Q468I6), TOP6A_METJA (Q57815), TOP6A_METMA (Q8PUB7), TOP6A_METTH (O27089), TOP6A_NATPD (Q3IPW7), TOP6A_ORYSI (A2XFC1), TOP6A_ORYSJ (Q0DSV9), TOP6A_PYRAB (Q9V134), TOP6A_PYRFU (Q8U0K9), TOP6A_PYRHO (O59209), TOP6A_SACSH (O05208), TOP6A_SULTO (Q971T1), TOP6A_THEKO (Q5JH82)» more
|
| PDB [Detailed view] |
3 PDB
1D3Y; 2Q2E; 2ZBK |