PROSITE logo

PROSITE entry PS52041


View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission
General information about the entry

Entry name [info] TOPO_IIB
Accession [info] PS52041
Entry type [info] MATRIX
Date [info] 24-JAN-2024 CREATED;
24-JAN-2024 DATA UPDATE;
29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info] PDOC52041
Associated ProRule [info] PRU01385

Name and characterization of the entry

Description [info] Topoisomerase (Topo) IIB-type catalytic domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=134;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=129;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.1629136; R2=0.0175884; TEXT='-LogE';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=503; N_SCORE=11.0; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=247; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='E';  M= -4,  1,-12,  1,  5,-20,-12, -8,-21,  2,-17,-12,  0,-15,  1, -4,  0, -2,-17,-25,-10,  2;
/M: SY='E';  M= -2,  5,-24, 11, 16,-27,-11, -8,-26,  3,-26,-19,  2,  5,  4, -2, 10,  0,-21,-32,-20,  9;
/M: SY='R';  M= -5, -1,-24,  0,  0,-23,-13, -8,-22,  7,-23,-15,  3, -1,  0, 14,  4, -2,-15,-29,-17, -2;
/M: SY='E';  M=  9, -3,-20, -4, 13,-23,-14,-10,-16,  4,-16,-11, -5,-10,  5, -1,  5,  0,-10,-26,-16,  9;
/M: SY='E';  M= -7,  0,-24,  0,  7,-19,-20,-12, -5, -1,-12, -8,  1,-12, -2, -7,  1, -1, -5,-29,-13,  1;
/M: SY='V';  M= 16,-21,-13,-24,-18, -8,-18,-22, 11,-16,  7,  3,-21,-21,-16,-18, -5, -2, 21,-24,-12,-17;
/M: SY='R';  M= -8,-16,-24,-18, -8, -9,-23,-12, -4,  0,  9,  3,-13,-21, -2, 13,-14, -6, -4,-21, -6, -7;
/M: SY='Q';  M=  3,  4,-20,  1,  7,-25,-11,  2,-21,  5,-23,-12,  9,-11, 11,  1, 10,  2,-18,-29,-13,  9;
/M: SY='R';  M= -9, -9,-27,-12, -5,-17,-20, -3,-19, 14,-17, -8, -4,-17,  1, 24, -7, -3,-14, -9, -5, -4;
/M: SY='I';  M=-10,-30,-26,-36,-26,  4,-36,-26, 39,-30, 31, 20,-24,-24,-20,-26,-24,-10, 23,-20,  0,-26;
/M: SY='E';  M=-12,  2,-29,  0, 13,-19,-21, -4,-14, 12,-16, -9,  5,-13,  5, 10, -6, -9,-16,-23, -7,  8;
/M: SY='D';  M=-11, 11,-26, 16, 12,-27, -9,  5,-26,  2,-23,-16,  9,-13,  7,  5,  3, -7,-21,-31,-15,  8;
/M: SY='L';  M= -9,-22,-21,-24,-18, 18,-27,-19,  9,-22, 25,  8,-21,-25,-21,-17,-21, -9,  4,-14,  4,-19;
/M: SY='V';  M=  8,-20,-15,-25,-20, -1,-15,-23,  9,-19,  6,  2,-18,-21,-20,-19, -4,  1, 15,-23, -9,-20;
/M: SY='Q';  M=-10, -1,-25,  2,  6,-18,-18,  5,-16, -1, -9, -6, -2,-16,  8,  1, -3, -6,-16,-24, -3,  6;
/M: SY='D';  M= -7, 12,-25, 14,  0,-23, -5, -9,-22,  0,-19,-16,  7,-16, -5, -6, -2, -7,-17,-19,-14, -3;
/M: SY='F';  M= -1,-19,-19,-27,-21, 13,-23,-19, 13,-20,  7,  7,-12,-22,-20,-19, -9, -4, 11,-18,  0,-21;
/M: SY='I';  M= -1,-21,-20,-23,-21,  1,-26,-16, 17,-19, 13, 11,-21,-24,-17,-19,-14, -6, 17,-16,  5,-20;
/M: SY='D';  M= -5, 18,-25, 22, 19,-27,-13, -4,-24,  5,-22,-18, 11,-11,  3,  0,  1, -7,-20,-32,-18, 11;
/M: SY='E';  M= -3, 11,-22, 16, 19,-29,-12, -3,-25,  0,-23,-16,  6, -8, 15, -4, 12,  3,-21,-32,-17, 17;
/M: SY='L';  M=-10,-30,-20,-33,-25, 21,-31,-23, 22,-28, 30, 14,-27,-29,-26,-21,-23, -8, 18,-16,  4,-25;
/M: SY='A';  M= 11, -6,-17, -9,  3,-17,-13,-13,-12, -1, -8, -5, -6,-11, -2, -7,  5,  4, -7,-26,-14,  1;
/M: SY='E';  M= -4,  5,-26,  8, 19,-29,-15, -4,-27, 16,-22,-14,  2, -9, 14, 13,  0, -7,-21,-26,-15, 16;
/M: SY='G';  M= -5,  0,-30, -1,-11,-28, 37, -6,-34,-14,-29,-19,  8, -5,-13,-15, -1,-15,-30,-26,-24,-13;
/M: SY='R';  M= -9, -3,-27, -2, 15,-23,-20,  2,-21, 13,-17, -9, -1,-11, 11, 18, -4, -6,-18,-24,-10, 11;
/I:         I=-14; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29;
/M: SY='R';  M= -3, -9,-24,-10, -7,-21, -5,-13,-13, -2,-18, -9, -3, -5, -3,  1,  1, -5, -9,-27,-17, -7;
/I:         I=-9; MD=-19;
/M: SY='P';  M=-11,-15,-33, -9, -5,-13,-21,-15,-10,-12,-15,-11,-16, 44,-12,-18,-12, -9,-18,-20,-11,-12; D=-9;
/I:         I=-9; MI=0; MD=-19; IM=0; DM=-19;
/M: SY='S';  M=  7, -6,-16, -9, -4,-15,-12,-11,-13,  5,-16, -9, -3,-12, -3,  1,  8,  8, -5,-21, -7, -4; D=-9;
/I:         I=-9; DM=-19;
/M: SY='F';  M=-11,-28,-23,-34,-25, 21,-30,-21, 21,-24, 16, 16,-23,-18,-23,-21,-19, -9, 15,-14,  5,-25;
/M: SY='E';  M= -1,  8,-22,  7, 14,-23,-15, -8,-19,  4,-19,-15,  6, -5,  1, -3,  3,  2,-15,-30,-17,  7;
/M: SY='I';  M= -9,-29,-21,-35,-27, 12,-33,-25, 31,-26, 22, 18,-24,-26,-24,-23,-19, -7, 26,-19,  1,-27;
/M: SY='P';  M= -2,-11,-30, -7, -2,-24,-17, -9,-14,-10,-17,-11,-11, 34, -4,-16, -5, -7,-18,-28,-19, -6;
/M: SY='T';  M= -4, -4,-19,-11, -9,-11,-16,-11, -2, -7, -6, -1,  3,-17, -5, -5,  5,  7, -3,-29,-10, -8;
/M: SY='R';  M=-13, -3,-27, -6, -2,-14,-17,  2,-23, 21,-19,-10,  5,-19,  5, 38, -7, -8,-19,-16,  1, -2;
/M: SY='S';  M= -1, -2,-21, -4, -3,-22,  0,-11,-21, -3,-17,-11,  0,-14,  2, -2,  7,  6,-15,-26,-15, -1;
/I:         I=-11; MI=0; MD=-23; IM=0; DM=-23;
/M:         M= -6,-11,-25,-11, -7, -6,-20, -7,-12, -1, -1, -3,-11,-19, -8,  0,-13, -8,-10, -9, -2, -7;
/M: SY='S';  M= -1,  1,-20,  0,  2,-23,  4, -7,-26,  2,-27,-17,  9,-13,  1,  8, 16,  3,-18,-31,-19,  1;
/M: SY='N';  M= -8, 25,-22, 13,  0,-21, -6, 13,-19,  0,-23,-11, 36,-18,  4,  2,  4, -4,-24,-34,-14,  2;
/M: SY='A';  M=  9,-11,-19,-18, -9,-10,-18,-12,  5,-11, -1,  6, -8,-16, -5,-15, -3, -2,  3,-20, -5, -8;
/M: SY='V';  M=  1,-15, -9,-19,-17, -1,-20,-15,  4,-17,  0,  4,-13,-20,-14,-17, -3,  1,  7,-22, -3,-16;
/M: SY='F';  M=-10,-17,-22,-23,-19, 23,-21, -9,  0,-19,  6,  2,-11,-26,-18,-15,-14, -8, -5,  4, 18,-18;
/M: SY='D';  M= -7, 20,-25, 25, 10,-28,-10, -4,-26,  1,-23,-20, 13, -5,  0, -4,  4, -4,-22,-34,-19,  5;
/M: SY='E';  M=-10,  5,-31, 15, 23,-30,-13, -9,-26,  2,-24,-19, -3, 17,  2, -8, -4,-10,-24,-30,-22, 11;
/M: SY='D';  M= -8,  5,-17,  9,  8,-23,-18,-10,-16, -1,-17,-10, -2, -6, -2, -8,  1, -1,-11,-32,-16,  3;
/M: SY='K';  M=  2, -9,-21,-11, -4,-18,-16, -7,-13, 10,-11, -5, -6,-16, -2,  8, -3, -4, -5,-24,-10, -4;
/M: SY='D';  M= -8, 10,-15, 11, -2,-23, -4, -9,-23, -3,-21,-16,  9,-17, -6, -2,  3, -2,-16,-33,-18, -5;
/M: SY='S';  M=  2, -7, -7,-11, -9,-13,-13, -9,-10,-13, -9, -8, -1,-18, -8, -9, 11,  9, -4,-33,-13, -9;
/M: SY='L';  M=-11,-25,-25,-27,-19,  8,-28,-17, 12,-17, 17,  8,-21,-25,-16,-12,-19, -9,  6, -4,  9,-19;
/M:         M=  0, -6,-11, -7, -9,-15,-12,-14,-11, -4,-10, -5, -8,-19,-10, -6, -2, -2, -2,-25,-10,-10;
/M: SY='L';  M= -8,-15,-21,-19,-17,  2,-17,-15,  7,-16, 10,  4,-10,-24,-16,-14,-12, -6,  4,-20, -1,-17;
/M: SY='S';  M=  3,-11,-22, -9, -6,-22,  4,-17,-16, -9,-21,-13, -7,  2,-10,-13,  6, -3, -9,-29,-22, -9;
/M: SY='D';  M=-12, -1,-26,  3, -3,-16,-10,-10,-12, -8, -4, -6, -5,-19, -5, -4, -9, -8,-10,-24, -8, -5;
/M: SY='R';  M= -7, -1,-17, -3,  5,-25,-11, -7,-27, 19,-25,-13,  3,-15,  7, 21,  0, -6,-20,-26,-15,  5;
/M: SY='E';  M= -5, -2,-23, -1, 10,-19,-13,-10,-20,  3,-17,-13, -3, -4,  1, -3,  5,  8,-15,-26,-11,  5;
/M: SY='S';  M= -4, -9,-14, -9, -8,-13,-14,-14, -9, -8,-11, -8, -6,-11, -9,-10,  4,  3, -5,-27, -9, -9;
/M: SY='R';  M= -2, -9,-21,-12, -7,-17,-12,  0,-14,  4,-14, -2, -4,-17, -3, 11, -1, -1, -6,-25, -9, -7;
/M: SY='R';  M=-15,-16,-26,-17, -7, -9,-24, -9, -9,  8, -1,  0,-10,-22,  0, 30,-14, -9, -6,-19, -5, -6;
/I:         I=-12; MD=-25;
/M: SY='S';  M= -3, -5,-10, -6, -3, -9,-13, -7, -8, -5,-14, -9, -2, -9, -4, -7,  6,  1, -6,-20, -2, -5; D=-12;
/I:         I=-12; MI=0; MD=-25; IM=0; DM=-25;
/M: SY='F';  M= -8,-22,-11,-28,-20, 23,-25,-16,  1,-21, 14,  5,-18,-26,-21,-14,-14, -4,  1,-12,  8,-20;
/M:         M= -6, -3,-12, -6, -8,-12,-14, -5,-12, -7, -4, -6,  0,-20, -8, -8, -4, -1,-10,-26, -7, -9;
/M: SY='N';  M= -9, 12,-20,  4, -3,-13,-11,  5,-18,  0,-20, -9, 21,-17, -1,  4,  6,  3,-18,-30,-10, -3;
/M: SY='V';  M=  2,-17,-22,-18, -9,-15,-17,-18,  0, -8, -5, -2,-15, -6, -8, -5, -7, -6,  5,-25,-15,-11;
/M: SY='N';  M= -4,  1,-24, -5, -3,-15, -8, -8,-19,  7,-18,-11,  9,-11, -3,  8, -2, -6,-17,-24,-13, -4;
/M: SY='Q';  M= -9,  4,-26,  3,  8,-28,-10,  9,-26,  9,-24,-11,  7,-13, 17, 11,  3, -5,-24,-27,-11, 12;
/M: SY='A';  M= 14,-11,-18,-15, -6,-13,-14,-13, -8, -3, -7, -6, -9,-15, -6, -3,  2,  0, -2,-20, -8, -7;
/M: SY='K';  M=-11, -4,-28, -3,  6,-23,-15,  1,-26, 19,-23,-11, -1, -7,  8, 19, -4, -6,-21,-21, -6,  5;
/M: SY='R';  M= -6, -4,-23, -8, -2,-19,-18,-11,-16, 17,-18, -8,  1,-15,  0, 20, -1,  2, -9,-25,-11, -2;
/M: SY='F';  M= -6,-27,-12,-35,-25, 26,-29,-23, 14,-28, 18,  7,-21,-26,-26,-23,-18, -9,  9,-12,  6,-25;
/M: SY='A';  M= 11, -5, -9,-10,-11,-16, -9,-15, -6,-13, -6, -2, -5,-17,-11,-17,  1, -1, -1,-27,-15,-11;
/M: SY='Q';  M=-10,-11,-25,-14, -2,-19,-24, -7, -3,  3, -5,  5, -9,-17, 16,  9, -7, -4, -5,-22, -8,  5;
/M: SY='L';  M= -5,-13,-18,-16,-13, -6,-23,-16,  2,-11, 10,  4,-12,-19,-11, -4, -7,  9,  3,-24, -7,-13;
/M: SY='L';  M= -6,-26,-22,-29,-22,  7,-22,-22, 14,-26, 26, 10,-24,-26,-21,-21,-20, -7,  8,-11, -1,-21;
/M: SY='R';  M=-16, -9,-29,-10, -5, -8,-23,  5,-15, 15,-12, -4, -3,-21,  1, 23,-13,-10,-14,-10, 14, -5;
/M: SY='V';  M= -6,-22, -8,-27,-23,  5,-26,-20, 14,-20, 15, 15,-22,-25,-20,-17,-11,  4, 20,-24, -4,-21;
/M: SY='L';  M= -6,-26,-22,-29,-20,  8,-27,-13, 18,-23, 30, 18,-24,-26,-15,-19,-22, -9,  9,-13, 10,-19;
/M: SY='E';  M= -4,  8,-23, 12, 20,-23,-13, -1,-22,  0,-16,-15,  4,-10,  5, -5,  5, -3,-19,-32,-15, 12;
/M: SY='M';  M=-12,-23,-14,-28,-19,  9,-29,-14, 11,-17, 10, 12,-19,-25,-11,-12,-16, -9,  8,-15,  5,-16;
/M: SY='V';  M= -2,-28, -5,-33,-28, -2,-31,-29, 28,-24, 12, 10,-25,-27,-25,-24,-13, -5, 32,-27, -9,-28;
/M: SY='H';  M=-11, -8,-28, -9,  0,-11,-22, 25,-12,  2,-11,  2, -5,-17,  8,  0,-10,-12,-15,-13, 16,  1;
/M: SY='E';  M=-11,  8,-28, 14, 19,-29,-18, -2,-26, 12,-18,-12,  2,-11, 15, 14, -5,-10,-23,-26,-14, 16;
/M: SY='L';  M= -1,-20,-20,-23,-15, -5,-17,-17,  7,-16, 18, 11,-19,-22,-10,-14,-14, -5,  4,-21, -7,-13;
/M: SY='L';  M= -8,-26,-20,-26,-17,  1,-29,-18, 18,-23, 32, 16,-25,-27,-11,-16,-22, -8, 12,-22, -3,-14;
/M: SY='E';  M= -4, -6,-25, -5,  9,-23,-10,-10,-14, -3,-15, -9, -6, -6,  7, -5,  1, -4,-12,-26,-16,  7;
/M: SY='E';  M= -3, -5,-21, -5,  7,-17,-16, -7,-14, -2, -6, -7, -2,-15,  7,  4,  2,  0,-13,-27,-13,  6;
/M: SY='G';  M= -8, 17,-28, 20, -1,-31, 30, -8,-36, -9,-30,-23, 17,-16, -9,-13,  2,-13,-30,-30,-25, -5;
/M: SY='K';  M=-10, -4,-27, -5,  1,-20,-17,-13,-15, 15,-14, -7, -3,-14,  0, 12, -7, -3,-11,-23,-10, -1;
/M: SY='H';  M=-10, -5,-21,-10,-10, -3,-19, 16, -8,-11, -9, -4,  3,-20, -6, -6, -1,  1, -8,-22,  8,-10;
/M: SY='A';  M=  7,-14,-11,-19,-13,-10,-17,-19, -4, -9,-10, -6, -9,-12,-12, -9,  3,  2,  2,-25,-12,-13;
/M: SY='T';  M=  1,  6,-11, -3, -6,-14,-12,-13,-14, -9,-18,-14, 11,-11, -6, -9, 23, 36, -7,-34,-14, -6;
/M: SY='K';  M= -9,-13,-25,-13, -2,-14,-25,-16, -4, 12,  1,  2,-13,-18, -4,  4,-15, -9, -1,-22, -7, -3;
/M: SY='R';  M=-20,-10,-30,-10,  0,-20,-20,  0,-30, 30,-20,-10,  0,-20, 10, 70,-10,-10,-20,-20,-10,  0;
/M: SY='D';  M=-13, 24,-29, 36, 34,-33,-10, -3,-33,  3,-24,-23,  8, -6,  7, -6,  1, -7,-28,-33,-20, 21;
/M: SY='I';  M= -2,-28,-23,-33,-24,  1,-31,-25, 30,-27, 27, 16,-23,-23,-19,-24,-19, -8, 20,-21, -3,-24;
/M: SY='Y';  M=-19,-23,-27,-25,-22, 40,-30,  8,  1,-16,  6,  1,-21,-30,-18,-13,-21,-10, -6, 22, 63,-22;
/M: SY='Y';  M=-20,-20,-30,-20,-20, 30,-30, 20,  0,-10,  0,  0,-20,-30,-10,-10,-20,-10,-10, 30, 80,-20;
/M: SY='T';  M= -4, -4,-19, -9, -7,-12,-18,-10, -4, -6, -3,  5, -3,-16, -5, -2,  0,  7, -1,-27,-10, -7;
/M: SY='N';  M= -9, 19,-22, 19,  2,-21, -4, 10,-24, -7,-23,-17, 21,-16, -1, -7,  9, -2,-22,-33,-10, -1;
/M: SY='K';  M= -6,-13,-24,-11, -1,-18,-23,-18, -6,  5,-12, -6,-14,  1, -7, -3, -7, -5,  2,-27,-15, -5;
/M: SY='N';  M= -3, 10,-21, 10,  5,-24, -6,  6,-23, -4,-22,-14, 12,-14,  4, -5, 10, -1,-20,-33,-14,  4;
/M: SY='L';  M= -5,-25,-24,-27,-18,  1,-25,-23, 10,-22, 15,  4,-24,-24,-17,-19,-18, -7,  6,  6,  0,-17;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-13; IM=0; DM=-13;
/M: SY='F';  M=-19,-30,-21,-38,-30, 69,-29,-19,  1,-28,  8,  0,-22,-30,-37,-20,-20,-10,  1, 16, 30,-29;
/M: SY='K';  M= -7,  5,-27,  5,  5,-29,  4, -6,-30, 10,-25,-15,  6,-14,  6,  9, -1, -8,-24,-25,-17,  5;
/M: SY='D';  M= -9, 20,-18, 24, 11,-28,-12, -4,-29,  5,-25,-20, 12,-13,  1,  3,  3, -2,-22,-34,-18,  6;
/M: SY='Q';  M=-10,  0,-30,  0, 20,-40,-20, 10,-20, 10,-20,  0,  0,-10, 60, 10,  0,-10,-30,-20,-10, 40;
/M: SY='S';  M= 11,  1,-16, -1,  2,-24, -7,-10,-20,  1,-23,-14,  3,-10,  5, -2, 18,  8,-12,-30,-17,  3;
/M: SY='E';  M= -3, -8,-23, -9,  3,-15,-21, -6, -3, -2, -8, -4, -6,-16, -1, -4, -5, -7, -1,-23, -7,  0;
/M: SY='V';  M=  3,-18,-12,-19,-18, -8,-19,-22, 11,-17, -3, -1,-13,-21,-17,-17,  8,  7, 23,-33,-13,-18;
/M: SY='D';  M=-12, 35,-25, 41,  9,-30, -9, -1,-29,  0,-26,-23, 22,-14, -2, -3,  1, -7,-22,-37,-19,  3;
/M: SY='Q';  M= -6, -3,-25, -4,  9,-24,-16, -2,-17,  5,-18, -5,  1, -7, 17, 10,  3, -4,-18,-26,-14, 12;
/M: SY='V';  M= 11,-22,-16,-26,-19, -4,-19,-23,  9,-19, 11,  3,-21,-21,-18,-20, -8, -2, 13,-13, -8,-18;
/M: SY='I';  M= -8,-28,-24,-33,-26, -1,-30,-26, 32,-24, 19, 14,-21,-24,-20,-20,-18, -9, 24,-22, -4,-26;
/M: SY='D';  M= -8, 11,-26, 14, 14,-26, -4, -6,-24,  3,-20,-15,  8,-12,  3, -3,  1, -7,-21,-30,-18,  9;
/M: SY='D';  M=-15, 39,-26, 55, 14,-35,-10, -3,-33, -2,-28,-26, 16,-11, -2,-11,  4, -6,-23,-39,-19,  6;
/M: SY='I';  M= -8,-28,-23,-34,-26,  2,-35,-27, 36,-27, 23, 16,-23,-23,-21,-25,-18, -4, 27,-22, -2,-26;
/M: SY='C';  M= -2, -7, 30, -9,  4,-22,-19,-15,-24,-10,-20,-17, -8,-20, -7,-11,  3, -4,-13,-38,-22, -2;
/M: SY='V';  M=  0, -9, -4,-15,-12, -9,-18,-15, -4,-10,-10, -7, -3,-21,-12, -7,  0, -2,  1,-28,-13,-13;
/M: SY='M';  M= -5,-14,-19,-19,-10, -1,-21,-12,  5,-11, 12, 15,-13,-20, -9,-10,-12, -2,  3,-22, -5, -9;
/M: SY='L';  M= -9,-24,-19,-28,-20, 17,-27,-20, 12,-26, 29, 10,-21,-26,-21,-19,-17, -1,  7,-17,  3,-20;
/M: SY='K';  M= -7,  1,-28, -2,  0,-29,  8, -7,-30, 14,-28,-13,  7,-15,  7, 12, -1,-10,-25,-23,-17,  3;
/M: SY='C';  M= -7,-22, 29,-28,-23, -8,-30,-25,  5,-23,  3,  2,-21,-29,-22,-23,-12, -4, 13,-34,-14,-23;
/M: SY='T';  M=  1, -7,-15, -9, -6,-13,-13,-14,-11,-11,-10,-10, -2, -8, -6, -7, 16, 19, -6,-32,-14, -7;
/I:         I=-15; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='R';  M=-18, -9,-31, -9,  2,-23,-20, -1,-29, 28,-21,-10, -1,-12, 12, 57, -9,-10,-21,-21,-11,  3;
/M: SY='E';  M= -5, -2,-25,  0, 14,-20,-10,  8,-23,  1,-17,-11,  0,-12,  7,  0,  2, -6,-20,-25, -7, 10;
/M: SY='D';  M= -6, 22,-21, 25, 15,-27, -7,  4,-28, -3,-28,-22, 19,-11,  4, -6, 15,  1,-23,-38,-18,  9;
/M: SY='L';  M=-11,-29,-20,-31,-21, 13,-29,-18, 19,-28, 44, 23,-28,-29,-19,-19,-28,-10,  9,-18,  2,-20;
/M: SY='G';  M= -9,  4,-26, -2,-10,-20, 17, 16,-25,-13,-18,-11, 16,-21, -7,-10, -3,-13,-25,-28,-12,-10;
/M: SY='I';  M= -7,-29,-21,-35,-29,  5,-34,-27, 36,-25, 17, 18,-24,-25,-24,-24,-17, -6, 33,-22, -2,-28;
/M: SY='I';  M= -8,-20,-21,-23,-14, -4,-26,-17, 13,-13, 12, 11,-17,-21,-11, -6,-11, -3, 12,-24, -6,-14;
/M: SY='P';  M= 16, -6,-19, -9, -4,-22, -7,-16,-16, -9,-22,-16, -3, 18, -7,-16, 12,  5,-13,-29,-22, -7;
/M: SY='S';  M=  7, -2, -9, -3,  3,-19,-14,-15,-14, -5,-15,-13, -3,-12, -5,-10, 10, 10, -4,-31,-17, -1;
/M: SY='E';  M=  1, -4,-23, -1, 16,-21, -6, -8,-19, -4,-12,-11, -4,-11,  5, -4,  3, -5,-17,-27,-17, 10;
/M: SY='K';  M=-11,  6,-28,  7,  8,-28,-16, -6,-30, 35,-28,-13,  6,-12,  8, 28, -5, -7,-21,-25,-12,  7;
/M: SY='G';  M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='L';  M=  1,-23,-20,-26,-19, -1,-25,-20, 16,-19, 18,  9,-20,-23,-16,-18,-13, -5, 13,-20, -1,-19;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2024_03 which contains 571'609 sequence entries.


Total number of hits 36 in 36 different sequences
Number of true positive hits 36 in 36 different sequences
Number of 'unknown' hits 0
Number of false positive hits 0
Number of false negative sequences 0
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 100.00 %

Comments [info]

Taxonomic range [info] Archaea, Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 1
Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] CJA_Sigrist
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] Topo IIB-type catalytic
Version [info] 1

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
36 sequences

SPO11_ARATH (Q9M4A2), SPO11_CAEEL (Q22236), SPO11_DROME (Q7KPA5), 
SPO11_ENCCU (Q8SVS9), SPO11_HUMAN (Q9Y5K1), SPO11_MOUSE (Q9WTK8), 
SPO11_ORYSI (Q5ZPV8), SPO11_ORYSJ (Q7Y021), SPO11_SCHPO (P40384), 
SPO11_VAIC1 (C4VB43), SPO11_YEAST (P23179), SPO12_ARATH (Q9M4A1), 
SPO12_ORYSI (Q5ZPI9), SPO12_ORYSJ (Q6ZD95), SPO14_ORYSJ (Q2QM00), 
TOP6A_AERPE (Q9YE67), TOP6A_ARATH (Q9LZ03), TOP6A_ARCFU (O29322), 
TOP6A_HALMA (Q5V4R4), TOP6A_HALS3 (B0R4D2), TOP6A_HALSA (Q9HR32), 
TOP6A_HYPBU (A2BLE8), TOP6A_METAC (Q8TQF8), TOP6A_METBF (Q468I6), 
TOP6A_METJA (Q57815), TOP6A_METMA (Q8PUB7), TOP6A_METTH (O27089), 
TOP6A_NATPD (Q3IPW7), TOP6A_ORYSI (A2XFC1), TOP6A_ORYSJ (Q0DSV9), 
TOP6A_PYRAB (Q9V134), TOP6A_PYRFU (Q8U0K9), TOP6A_PYRHO (O59209), 
TOP6A_SACSH (O05208), TOP6A_SULTO (Q971T1), TOP6A_THEKO (Q5JH82)
» more

PDB
[Detailed view]
3 PDB

1D3Y; 2Q2E; 2ZBK