PROSITE entry PS52050

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

Entry name [info]	WYL
Accession [info]	PS52050
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	05-FEB-2025 CREATED; 05-FEB-2025 DATA UPDATE; 05-FEB-2025 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC52050
Associated ProRule [info]	PRU01395

Name and characterization of the entry

Description [info]

WYL domain profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=80;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=75;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.8468754; R2=0.0251795; TEXT='-LogE';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=265; N_SCORE=9.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=146; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='R';  M= -3, -2,-20, -3,  3,-21,-12, -9,-19,  2,-19,-12,  0, -5,  3,  4,  4,  1,-15,-28,-16,  1;
/M: SY='D';  M=-11,  5,-28,  8,  3,-24,-15, -4,-21,  1,-20,-14,  4,  7,  2,  2, -2, -4,-21,-29,-15,  0;
/M:         M= -4, -9,-20,-12, -5, -7,-17,-10, -9, -6, -8, -6, -6,-14, -6, -5, -4, -3, -7,-21, -7, -6;
/M: SY='E';  M= -3, -8,-23, -7,  2,-17,-18,-14, -7, -4, -9, -6, -8, -4, -4, -8, -1,  0, -5,-27,-17, -2;
/M: SY='D';  M=-11,  3,-24,  5, -3,-11,-15, -4,-15, -6, -9, -9,  0,-16, -7, -5, -4, -2,-12,-24, -4, -6;
/M: SY='E';  M= -2, -5,-25, -4,  6,-21,-16, -4,-17,  2,-16, -9, -5, -1,  2,  0, -2, -4,-15,-25,-13,  3;
/M: SY='E';  M= -2,  3,-25,  6, 17,-24,-10, -3,-23,  1,-19,-15,  1, -3,  5, -4,  2, -4,-21,-27,-15, 10;
/M: SY='V';  M= -7,-14,-19,-18,-16, -5,-26,-14, 10,-14,  4,  3,-12,-22,-15,-15,-10, -2, 11,-25, -3,-17;
/M: SY='L';  M= -7,-28,-21,-31,-22,  9,-30,-22, 23,-25, 27, 15,-24,-24,-20,-20,-21, -8, 17,-19,  0,-22;
/M: SY='R';  M=  0, -1,-22, -2,  0,-19, -8,-10,-22,  2,-20,-14,  1,-14, -1,  6,  6,  3,-15,-21,-14, -1;
/M: SY='A';  M=  2, -1,-22, -5,  1,-18,-16, -9, -9, -5, -9, -5,  0, -7, -1, -8, -1,  1, -9,-27,-13, -1;
/M: SY='L';  M= -9,-30,-18,-33,-25,  9,-33,-24, 27,-29, 32, 17,-26,-27,-23,-23,-23, -9, 20,-20,  0,-25;
/M: SY='R';  M=-12,-13,-26,-13, -1,-12,-22, -6, -9,  3, -1,  1, -9,-19,  8, 14,-11, -8,-14,-19, -4,  1;
/M: SY='R';  M= -7,  0,-25,  0, 10,-23,-18, -2,-22, 13,-17,-10,  1,-12, 11, 16, -1,  0,-18,-25,-11,  9;
/M: SY='A';  M= 35,-10,-14,-18, -9,-19, -1,-13,-13, -7,-10, -9, -8,-13, -8,-10,  6, -3, -4,-20,-16, -9;
/M: SY='I';  M= -9,-26, -3,-33,-25, -1,-33,-24, 24,-25, 15, 14,-21,-25,-19,-23,-18, -8, 18,-24, -4,-24;
/M: SY='R';  M= -9, -4,-26, -4,  6,-19,-20, -4,-16,  8,-10, -4, -4,-15,  5, 12, -7, -6,-13,-21, -9,  5;
/M: SY='E';  M= -7,  3,-24,  3,  9,-23, -5, -5,-24,  3,-20,-14,  5,-12,  5,  4,  5,  2,-20,-28,-16,  6;
/M: SY='R';  M= -6, -5,-24, -6,  0,-22, -8, -7,-21,  7,-13, -7, -3,-14,  4, 11, -7, -9,-17,-23,-13,  1;
/M: SY='R';  M= -6, -8, -4,-10, -2,-20,-17, -8,-18,  2,-16, -9, -4,-18,  3,  8,  0, -1,-12,-28,-13, -1;
/M: SY='R';  M= -3,-13,-17,-15,-10,-14,-15,-10,-13,  1,-12, -6, -9,-16, -5,  9, -4, -3, -6,-19, -8, -9;
/M: SY='L';  M= -8,-28,-10,-32,-25,  9,-30,-23, 20,-25, 22, 13,-25,-28,-23,-20,-19, -6, 20,-22, -2,-24;
/M: SY='R';  M= -8,  0,-23,  0,  9,-20,-17, -5,-22,  8,-19,-13,  1,-12,  4, 13,  5,  6,-15,-25,-12,  6;
/M: SY='I';  M=-11,-29,-22,-36,-27, 24,-33,-24, 26,-28, 22, 14,-23,-26,-26,-23,-20, -8, 19,-13,  7,-27;
/I:         I=-14; MD=-29;
/M: SY='R';  M= -8, -5,-22, -7, -3,-15,-17, -7,-13,  3,-11, -6, -3,-16, -3, 10, -2,  3, -7,-25, -9, -4; D=-14;
/I:         I=-14; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29;
/M: SY='Y';  M=-16,-18,-28,-20,-19, 28,-27, 16, -2,-11, -2, -1,-17,-28,-11,-11,-16, -9,-10, 22, 66,-19;
/M: SY='R';  M= -5, -4,-24, -4,  6,-18,-16, -7,-15,  3, -9, -6, -3,-15,  6,  9, -4, -6,-12,-24,-12,  5;
/I:         I=-5; MD=-9;
/M: SY='N';  M= -2,  3,-21,  1, -4,-21, 10, -7,-22, -4,-25,-16, 11,-15, -3, -5, 11, -1,-18,-28,-16, -4; D=-5;
/I:         I=-5; MD=-9;
/M:         M= -5, -8,-23,-10, -8,-13, -2, -9,-13, -6,-12, -4, -4,-10, -4, -3, -1, -4,-12,-21,-10, -7; D=-5;
/I:         I=-5; MD=-9;
/M: SY='N';  M= -3,  6,-20,  5, -1,-18, -6, -3,-17, -4,-16,-11,  7,-12, -1, -4,  5, -1,-15,-28,-13, -1; D=-5;
/I:         I=-5; MD=-9;
/M: SY='G';  M=  0,  4,-20,  2, -3,-22, 14, -9,-24, -4,-23,-15,  8,-13, -4, -7,  8,  0,-18,-25,-17, -4; D=-5;
/I:         I=-5; MD=-9;
/M: SY='P';  M= -6, -6,-26, -3,  1,-20, -7, -9,-18,  0,-20,-12, -6, 16, -3, -4, -3, -5,-17,-21,-13, -3; D=-5;
/I:         I=-5; MI=0; MD=-9; IM=0; DM=-9;
/M:         M= -4,-10,-25,-10, -3,-17, -2,-15,-14, -7,-15,-10, -7, -5, -7, -7, -3, -4,-11,-19,-14, -6; D=-5;
/I:         I=-5; DM=-9;
/M: SY='R';  M= -2, -7,-21, -9, -2,-14,-12, -7,-15,  3,-16, -8, -2,-15,  0,  9,  3, -1, -9,-21,-11, -2; D=-5;
/I:         I=-5; DM=-9;
/M: SY='E';  M= -8,  0,-17,  2,  5,-14,-20, -8,-13, -3, -8, -9, -4,-16, -3, -5, -3,  0, -8,-26, -7,  0; D=-5;
/I:         I=-5; DM=-9;
/M: SY='R';  M=-17,-13,-31,-13, -4,-13,-22,  1,-19,  9,-15, -8, -8,-16,  3, 27,-13,-11,-17, -1,  0, -3;
/M: SY='E';  M= -8, -5,-22, -3,  1,-15,-20, -8, -8, -5, -7, -5, -7,-13, -4, -5, -6, -3, -5,-26, -8, -2;
/M: SY='I';  M= -5,-28,-20,-31,-26,  3,-27,-25, 27,-25, 21, 13,-25,-26,-23,-23,-17, -7, 26,-22, -3,-26;
/M: SY='S';  M= -3, -2,-21, -2,  1,-16,-17, -8,-12, -7,-11, -8, -4,-14, -1, -8,  3,  3, -9,-21,-10,  0;
/M: SY='P';  M=-10,-19,-34,-12, -2,-25,-21,-19,-18, -8,-26,-17,-18, 69, -9,-12,-10,-10,-25,-28,-26,-11;
/M: SY='Y';  M=-11,-18,-19,-19,-13,  7,-23,  7, -5,-16,  3,  1,-14,-24,-10,-12,-13, -9, -7, -4, 17,-13;
/M: SY='R';  M= -2, -4,-25, -5,  3,-19,  0, -9,-24,  4,-19,-11, -2,-14, -1,  5, -1, -5,-18,-21,-13,  1;
/M: SY='L';  M= -8,-30,-21,-32,-24,  6,-32,-23, 28,-28, 36, 20,-27,-27,-21,-22,-24, -8, 21,-22, -2,-23;
/I:         I=-13; MI=0; MD=-27; IM=0; DM=-27;
/M: SY='V';  M= -9,-17,-22,-18,-10, -4,-22,-15,  4, -9,  5,  4,-15,-22,-12, -3,-12, -6,  8,-20, -5,-12;
/M: SY='Y';  M=-11,-18,-17,-21,-16, 18,-23, -4, -2,-17,  2, -1,-14,-22,-16,-14,-13, -8, -5, -6, 20,-17;
/M: SY='H';  M= -6,  0,-23,  0, -2,-19, -2,  7,-25, -3,-22,-13,  4,-15, -2, -1,  5, -2,-19,-23, -7, -3;
/I:         I=-10; MD=-22;
/M: SY='N';  M= -6,  7,-26,  4, -1,-23,  7, -3,-24, -1,-21,-12, 11,-16, -1,  1, -1,-10,-22,-26,-16, -2; D=-10;
/I:         I=-10; MD=-22;
/M: SY='G';  M= -3, -3,-22, -5, -9,-16,  7,-10,-17, -9,-16,-10,  1,-17, -6,-10,  4, -2,-13,-23,-11, -8; D=-10;
/I:         I=-10; MI=0; MD=-22; IM=0; DM=-22;
/M: SY='R';  M= -7,  0,-18, -4, -1,-14,-12, -4,-18,  5,-15,-10,  8,-16,  1, 15,  2, -1,-15,-24,-10, -1; D=-10;
/I:         I=-10; DM=-22;
/M: SY='W';  M=-15,-29,-34,-30,-22, 12,-23,-15, -4,-17, -2, -4,-28,-26,-15,-14,-26,-17,-12, 64, 27,-18; D=-10;
/I:         I=-10; DM=-22;
/M: SY='Y';  M=-16,-17,-27,-17,-15, 11,-24, 19, -3,-13,  3,  2,-14,-26, -9, -9,-17,-11, -8,  2, 39,-16;
/M: SY='L';  M= -3,-28,-13,-29,-24,  3,-28,-24, 21,-25, 29, 13,-28,-29,-23,-20,-19, -5, 25,-25, -6,-24;
/M: SY='V';  M= -2,-17,-21,-21,-14, -1,-19,-15,  1, -9, -1,  0,-11,-20,-12, -2, -7, -4,  3,-20, -5,-14;
/M: SY='A';  M= 20,-15, -3,-21,-17,-17,  6,-22,-15,-17,-12,-11,-12,-18,-16,-21,  0, -7, -8,-12,-18,-16;
/M: SY='Y';  M=-16,-14,-26,-14, -2, 10,-25,  2, -9, -8, -5, -5,-15,-22, -5, -7,-15,-11,-13, 12, 28, -5;
/I:         I=-4; MD=-7;
/M: SY='C';  M= -8, -3, 11, -3, -6,-10,-17, -7,-12, -7,-10, -8, -5,-18,-10, -9, -6, -5, -5,-23, -7, -8; D=-4;
/I:         I=-4; MD=-7;
/M: SY='H';  M= -6, -8,-21, -7, -2,-16, -7,  2,-13,-10, -9, -6, -6, -5, -6,-10, -6, -7,-13,-23, -9, -6; D=-4;
/I:         I=-4; MD=-7;
/M: SY='D';  M=-10,  8,-25, 11,  5,-24,-12, -3,-22,  6,-16,-11,  3,-13,  3,  4, -4, -5,-17,-27,-12,  3; D=-4;
/I:         I=-4; MD=-7;
/M: SY='R';  M= -9, -5,-25, -7, -4,-13,-12, -1,-15,  2,-15, -8,  0,-18, -1,  9, -3, -6,-13,-18, -3, -5; D=-4;
/I:         I=-4; MD=-7;
/M: SY='E';  M= -6, -1,-26, -1,  2,-20, -3, -9,-20,  2,-16,-10,  2, -6, -1,  0, -4, -9,-19,-24,-16,  0; D=-4;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-7; IM=0; DM=-7;
/M: SY='E';  M= -2,  3,-22,  5,  8,-27, -8, -3,-24,  6,-19,-12,  1,-10,  6,  3, -2, -8,-19,-25,-15,  6; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-7;
/M: SY='F';  M=-11,-15,-20,-19,-14,  5,-23,-14,  1,-17,  1, -1,-11, -5,-16,-16,-14, -7, -5,-14,  1,-16; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-7;
/M: SY='R';  M=-10,-12,-24,-13, -5,-14,-18, -4,-14, 10,-11, -2, -6,-19,  1, 27, -7, -6, -6,-22, -8, -5; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-7;
/M: SY='T';  M= -5, -2,-16, -3, -8,-13,-19,-11, -2,-11, -5, -4, -3,-18,-10,-11,  0,  6,  3,-30,-10,-10; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-7;
/M: SY='F';  M=-17,-25,-25,-30,-23, 44,-27,-14, -1,-23,  5, -2,-21,-27,-26,-17,-20, -9, -5, 23, 29,-22; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-7;
/M: SY='R';  M=-10,-10,-26,-10, -4,-17,-19, -6,-19, 12,-14, -8, -4,-12,  1, 34, -7, -6,-12,-22,-10, -5;
/M: SY='L';  M= -8,-29,-12,-32,-24,  7,-31,-23, 23,-28, 32, 16,-26,-28,-22,-22,-23, -9, 17,-22, -2,-24;
/M: SY='D';  M= -7, 23,-24, 30, 11,-30, -8,  4,-29, -2,-24,-20, 13,-12,  2, -7,  6, -4,-23,-35,-16,  6;
/M: SY='R';  M=-16, -7,-29, -6,  3,-19,-18,  3,-27, 22,-19,-10,  0,-18,  8, 49, -8,-10,-20,-20, -6,  1;
/M: SY='I';  M= -9,-28,-25,-36,-28,  2,-35,-25, 39,-25, 19, 23,-22,-22,-19,-23,-19, -9, 28,-21, -1,-26;
/M: SY='T';  M= -6, -6,-21, -6, -5,-13,-16, -9,-10, -4, -7, -5, -5,-18, -3,  0, -2,  1, -5,-25, -9, -5;
/M: SY='D';  M= -7,  8,-22, 12,  9,-23, -4, -4,-26, -3,-22,-17,  6,-13,  4, -3,  7, -3,-20,-29,-15,  6;
/M: SY='V';  M=  1,-24,-13,-27,-22, -2,-27,-24, 19,-20,  9,  7,-22,-22,-20,-20,-10, -2, 24,-24, -6,-22;
/M: SY='E';  M= -2,  0,-18,  0, 13,-24,-15, -7,-19,  5,-19,-13,  0, -5,  3, -1,  0, -4,-15,-29,-17,  8;
/M: SY='V';  M= -5,-17,-22,-16, -8, -6,-22,-16,  3,-14,  2,  1,-16, -7,-13,-16, -9, -5,  4,-22, -8,-12;
/M: SY='L';  M= -4,-15,-19,-16,-10, -9,-20,-15,  5,-16,  6,  4,-12,-17, -8,-14, -3,  1,  5,-27, -9, -9;
/M: SY='D';  M= -5,  6,-21,  9,  7,-21,-10, -6,-18, -6,-18,-14,  2,-12, -1,-10,  4, -2,-14,-30,-15,  2;
/M: SY='D';  M=-10, 10,-26, 13, 11,-23,-13, -4,-21,  2,-19,-15,  6, -9,  1, -1, -1, -5,-18,-28,-14,  6;
/M: SY='P';  M= -3, -5,-21, -7, -3,-17,-16,-14,-12, -6,-16,-11, -4,  2, -6, -8,  1, -1,-10,-27,-15, -6;
/M: SY='Y';  M= -4,-12,-25,-13, -6, -3,-11,  1,-14,-10,-11, -8, -8,-13, -8, -9, -6, -9,-12,-11,  2, -8;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2025_01 which contains 572'970 sequence entries.

Total number of hits	14 in 14 different sequences
Number of true positive hits	14 in 14 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	0
Number of false negative sequences	0
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	100.00 %

Comments [info]

Taxonomic range [info]	Prokaryotes (Bacteria)
Maximum number of repetitions [info]	1
Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	reversed
Author [info]	CJA_Sigrist
Feature key [info]	DOMAIN
Feature description [info]	WYL
Version [info]	1

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences

14 sequences

CAPW_ECOKT  (P0DX70), CAPW_ECOLX  (P0DX76), CAPW_PSEAI  (P0DX74),

CAPW_STEMA  (A0A8X6EH27), PAFB_MYCBO  (P64942), PAFB_MYCLE  (P54076), 
PAFB_MYCTO  (P9WIM0), PAFB_MYCTU  (P9WIM1), PAFC_MYCLE  (P54075), 
PAFC_MYCTO  (P9WIL8), PAFC_MYCTU  (P9WIL9), SIWR_MYCS2  (A0QS56), 
YFJR_ECOLI  (P52133), YOBV_BACSU  (O34920)

» more

Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits:
[Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color]
[Clustal format, plain text] [Fasta format]
Retrieve the sequence logo from the alignment

PDB
[Detailed view]

2 PDB

7TB5; 7TB6