PROSITE entry PS50935
View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission
General information about the entry
| PURL [info] | https://purl.expasy.org/prosite/signature/PS50935 |
| Entry name [info] | SSB |
| Accession [info] | PS50935 |
| Entry type [info] | MATRIX |
| Date [info] |
01-OCT-2003 CREATED;
10-MAY-2017 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE. |
| PROSITE Doc. [info] | PDOC00602 |
| Associated ProRule [info] | PRU00252 |
Name and characterization of the entry
| Description [info] | Single-strand binding (SSB) domain profile. |
| Matrix / Profile [info] |
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=105; /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=100; /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.8648449; R2=0.0204135; TEXT='NScore'; /NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=5503.3300781; R2=4.0550160; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 0.5%'; /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=326; H_SCORE=6825; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!'; /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=228; H_SCORE=6428; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?'; /DEFAULT: B0=-50; E0=-50; M0=-8; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; ... A B C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y Z /I: B0=0; B1=0; BI=-105; BD=-105; /M: SY='M'; M= -9,-17,-21,-24,-18, -1,-24,-10, 18,-15, 17, 33,-17,-19, -8,-14,-17, -6, 11,-23, -3,-14; /I: I=-14; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29; /M: SY='N'; M= -8, 35,-19, 16, -2,-19, -2, 7,-18, -2,-26,-18, 53,-19, -1, -2, 9, 2,-26,-38,-19, -2; /I: I=-15; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32; /M: SY='K'; M= -9, -3,-23, -5, 4,-22,-19, 4,-23, 16,-19, -7, 0,-12, 10, 15, -3, -4,-18,-24, -8, 5; /M: SY='V'; M= -4,-28, -9,-31,-28, 2,-30,-28, 26,-24, 15, 10,-26,-28,-26,-22,-14, -3, 33,-26, -7,-28; /M: SY='I'; M= -7,-14,-18,-20,-15, -1,-25,-12, 10,-16, 3, 7,-11,-20,-11,-15, -6, 1, 9,-22, -2,-14; /M: SY='L'; M= -8,-29,-20,-31,-22, 8,-30,-21, 23,-28, 40, 18,-28,-28,-21,-21,-25, -9, 15,-19, 0,-22; /M: SY='V'; M= -3,-18,-16,-21,-16, -5,-25,-20, 15,-18, 5, 6,-15,-21,-15,-18, -6, -1, 17,-26, -7,-17; /M: SY='G'; M= 6,-10,-27,-12,-19,-28, 59,-20,-35,-19,-27,-18, -2,-19,-19,-20, 1,-17,-25,-20,-28,-19; /M: SY='R'; M=-13, 0,-24, -6, -4,-12,-16, 1,-18, 8,-15, -9, 9,-20, 0, 25, -4, -2,-16,-23, -7, -4; /M: SY='L'; M= -5,-29,-16,-31,-25, 5,-31,-25, 26,-26, 29, 15,-27,-28,-23,-22,-20, -6, 25,-23, -4,-25; /M: SY='T'; M= 7, -9,-11,-15,-14,-15, 0,-21, -9,-15,-10, -9, -6,-16,-15,-16, 6, 12, 0,-27,-16,-15; /M: SY='R'; M= -5, 0,-22, -1, 4,-22,-14, -5,-24, 13,-21,-12, 3,-12, 6, 17, 1, -2,-18,-26,-13, 4; /M: SY='D'; M= -9, 27,-23, 37, 16,-32,-12, -5,-30, 1,-24,-22, 10,-11, 1, -6, 2, -6,-21,-35,-19, 8; /M: SY='P'; M= -5,-18,-32,-12, -4,-20,-18,-19,-13,-12,-19,-14,-17, 51,-11,-17, -8, -8,-18,-27,-22,-11; /M: SY='E'; M= -9, 4,-26, 9, 25,-24,-19, -4,-20, 6,-16,-12, -2, -8, 12, 2, -2, -7,-18,-27,-13, 18; /M: SY='L'; M= -8,-22,-21,-25,-17, 4,-27,-16, 13,-17, 17, 13,-19,-22,-13,-12,-17, -7, 10,-19, 0,-16; /M: SY='R'; M=-13, -7,-27, -8, 1,-18,-19, -4,-26, 27,-20, -9, 0,-17, 6, 43, -7, -7,-17,-21, -9, 1; /I: I=-9; MI=0; MD=-19; IM=0; DM=-19; /M: SY='Y'; M=-12,-13,-24,-15, -9, 7,-24, 5, -3, -6, -3, 1,-12,-20, -2, -6,-11, -6, -7, 2, 27, -7; D=-9; /I: I=-9; DM=-19; /M: SY='T'; M= -2, -8,-13,-14,-12, -3,-16,-18, -5,-14, -6, -6, -6,-15,-13,-13, 11, 26, 2,-25, -7,-13; D=-9; /I: I=-9; DM=-19; /M: SY='P'; M= -5, -3,-28, 0, 6,-26,-11,-11,-22, 1,-25,-16, -2, 23, 1, -5, 1, -3,-22,-29,-20, 2; D=-9; /I: I=-9; DM=-19; /M: SY='N'; M= 3, 7,-20, 4, 5,-22, 4, -7,-23, -5,-23,-16, 12,-13, 0, -8, 11, 0,-19,-30,-19, 2; /I: I=-15; MD=-32; /M: SY='G'; M= -3, 0,-28, -1,-11,-29, 50,-14,-36,-12,-29,-20, 7,-18,-13,-14, 1,-16,-29,-23,-27,-12; D=-15; /I: I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32; /M: SY='K'; M= -5, -2,-22, -7, -4,-18,-17, -9, -8, 2,-12, -3, 1,-15, 0, -1, 0, 2, -6,-26,-10, -3; /M: SY='P'; M= 10,-10,-19,-11, -2,-20,-13,-15,-14, -7,-15,-12, -9, 12, -7,-12, 3, 2,-11,-27,-19, -6; /M: SY='V'; M= -6,-23,-21,-24,-21, -2,-26,-15, 15,-16, 4, 6,-20,-17,-17,-15,-12, -6, 19,-20, 0,-21; /I: I=-15; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32; /M: SY='V'; M= 9,-18, -5,-23,-19, -6,-18,-22, 5,-18, 3, 0,-17,-21,-18,-19, -1, 4, 13,-26,-10,-19; /M: SY='N'; M= -4, 4,-17, 0, -1,-18,-12, -7,-16, 0,-18,-12, 9,-16, -2, 3, 6, 3,-12,-30,-14, -2; /M: SY='F'; M=-13,-26,-18,-33,-21, 43,-29,-20, 6,-26, 13, 4,-19,-26,-28,-20,-18, -8, 3, -5, 14,-22; /M: SY='T'; M= -2, -7,-14,-11, -9,-11,-13,-13, -9, -9,-10, -5, -2,-15, -6, -5, 9, 12, -4,-26,-11, -8; /M: SY='L'; M= -8,-28,-21,-31,-23, 5,-31,-22, 27,-27, 33, 19,-25,-26,-19,-22,-22, -7, 19,-22, -2,-22; /M: SY='A'; M= 34,-10,-14,-16, -5,-20, -3,-18, -9, -8,-10, -9,-10,-12, -8,-17, 7, -2, 0,-22,-19, -7; /M: SY='V'; M= -3,-12, -8,-16,-16, -8,-20, -8, 1,-14, -5, -2, -9,-22,-15,-12, 0, 8, 11,-29, -6,-16; /I: I=-13; MI=0; MD=-27; IM=0; DM=-27; /M: SY='N'; M= -9, 14,-20, 7, 5,-17,-10, 1,-22, 1,-23,-15, 21,-14, 4, 2, 6, -1,-22,-30,-14, 4; /I: I=-5; MI=0; MD=-11; IM=0; DM=-11; /M: SY='R'; M= -9, 1,-24, 5, 8,-23,-12, -5,-25, 8,-22,-16, 4, -8, 4, 19, 5, -1,-19,-29,-16, 4; D=-5; /I: I=-5; DM=-11; /M: SY='R'; M= -9, -4,-25, -6, -2,-15,-10, -6,-19, 4,-19,-10, 3, -9, 2, 12, -2, -5,-17,-20,-11, -1; D=-5; /I: I=-5; DM=-11; /M: SY='Y'; M=-12,-18,-26,-22,-16, 12,-22, -5, -5, -8, -2, -1,-14,-23,-11, -1,-15, -9, -6, 8, 19,-14; D=-5; /I: I=-5; DM=-11; /M: SY='R'; M=-11, -5,-26, -7, 0,-15,-15, -5,-17, 11,-15, -5, -1,-16, 4, 17, -7, -7,-14,-20, -6, 0; D=-5; /I: I=-5; DM=-11; /M: SY='D'; M= -9, 20,-23, 21, 14,-25, -6, -1,-26, 3,-25,-19, 17, -9, 3, -3, 6, -2,-24,-31,-15, 8; D=-5; /I: I=-5; DM=-11; /M: SY='K'; M= 1, 1,-20, -1, 6,-22, -5, -6,-20, 7,-20,-12, 5, -8, 5, 5, 4, -3,-16,-24,-15, 5; D=-5; /I: I=-5; DM=-11; /M: SY='B'; M= -4, 11,-12, 11, 7,-14, -5, 0,-13, 3,-13, -9, 9, -6, 5, 0, 3, 0,-12,-16, -8, 6; D=-5; /I: I=-5; DM=-11; /M: SY='G'; M= -6, 11,-27, 14, -1,-31, 31, -9,-35, -9,-28,-21, 10,-15, -6,-12, 2,-12,-28,-27,-24, -4; D=-5; /I: I=-5; DM=-11; /M: SY='E'; M= -9, 5,-26, 8, 19,-20,-17, 1,-22, 4,-17,-11, 3, -8, 13, 3, -1, -7,-22,-24, -9, 15; D=-5; /I: I=-5; DM=-11; /M: M= -3,-11,-23,-13, -5,-11,-21,-12, -6, -5, -8, -5,-10, -6, -6, -5, -4, 0, -4,-20, -7, -7; /I: I=-6; MD=-12; /M: SY='R'; M= -7, -1,-19, -1, 8,-20,-13, -1,-19, 9,-16, -9, 1, -6, 10, 14, -1, -5,-17,-21,-11, 8; D=-6; /I: I=-6; MD=-12; /M: SY='E'; M= -2, 3,-14, 3, 11,-15, -9, -1,-11, 3,-10, -6, 2, -6, 10, 1, 1, -2,-11,-15, -9, 10; D=-6; /I: I=-6; MD=-12; /M: SY='K'; M= -2, -5,-10, -5, 0, -7,-11, -5, -3, 1, -4, -2, -5, -8, -1, 1, -2, 0, 1,-12, -4, -1; D=-6; /I: I=-6; MD=-12; /M: SY='T'; M= -1, -4, -9, -6, -3, -6,-11, -9, -5, -5, -6, -5, -4, -5, -4, -6, 4, 12, -1, -7, -3, -3; D=-6; /I: I=-6; MD=-12; /M: SY='D'; M=-10, 6,-12, 11, 4,-15,-14, -3,-17, -8, -9,-11, -2,-14, -5,-10, -4, -5,-13,-22, -8, -1; D=-6; /I: I=-6; MD=-12; /M: SY='W'; M=-16,-23,-29,-26,-16, 28,-23,-13,-10,-15, -6, -8,-19,-23,-16,-12,-18,-12,-13, 39, 25,-14; D=-6; /I: I=-6; MD=-12; /M: SY='I'; M=-12,-22,-21,-28,-21, 10,-30, 1, 16,-24, 13, 11,-15,-23,-16,-19,-18,-11, 9,-17, 8,-21; D=-6; /I: I=-6; MD=-12; /M: SY='R'; M=-10, 5,-26, 7, 8,-24,-13, -4,-24, 7,-23,-15, 6, 1, 6, 11, 1, -4,-22,-27,-16, 5; D=-6; /I: I=-6; MD=-12; /M: SY='V'; M= 0,-25, 12,-29,-26, -5,-28,-27, 16,-22, 6, 4,-23,-27,-24,-23,-11, -4, 25,-29,-12,-26; D=-6; /I: I=-6; MD=-12; /M: SY='V'; M= -4,-13,-14,-16,-12, -9,-23,-18, 9, -9, -2, 1,-11,-20,-12, -8, -4, 1, 16,-27,-10,-13; D=-6; /I: I=-6; MD=-12; /M: SY='I'; M= 8,-20,-18,-26,-20, -5,-14,-23, 13,-20, 9, 5,-17,-19,-18,-21, -8, -4, 13,-20, -9,-20; D=-6; /I: I=-6; MI=0; MD=-12; IM=0; DM=-12; /M: SY='W'; M=-13,-25,-33,-26,-21, 15,-16,-19,-14,-17,-10,-12,-23,-25,-17,-14,-20,-16,-17, 60, 18,-16; D=-6; /I: I=-6; DM=-12; /M: SY='G'; M= -6, -3,-29, -3, -9,-27, 34,-12,-34, -5,-27,-17, 5,-14, -8, 0, -1,-13,-27,-23,-23,-10; D=-6; /I: I=-6; DM=-12; /M: SY='K'; M= -8, 3,-23, 0, 3,-24,-11, -5,-25, 19,-24,-12, 7,-11, 3, 18, -3, -7,-20,-26,-14, 2; D=-6; /I: I=-6; DM=-12; /M: SY='L'; M= -2,-13,-22,-16, -5,-13,-21,-11, -2, -8, 6, 4,-12,-14, 4, -5, -9, -3, -6,-22, -9, -2; /M: SY='A'; M= 31,-10,-14,-17,-10,-15, 0,-17,-11,-10,-11,-10, -8,-14,-10,-15, 7, -2, -2,-20,-16,-10; /M: SY='E'; M=-10, 10,-27, 16, 31,-24,-17, -3,-24, 4,-18,-17, 3, -8, 10, -1, 1, -6,-23,-28,-16, 21; /I: I=-15; MD=-32; /M: SY='I'; M= -4, -9,-19,-16,-12, -1,-18,-15, 5,-13, -1, 1, -4,-19,-12,-13, -4, 0, 5,-23, -7,-13; D=-15; /I: I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32; /M: SY='I'; M= 3,-25,-13,-31,-23, 0,-25,-24, 16,-23, 14, 9,-23,-24,-20,-22,-15, -7, 14,-12, -4,-22; /M: SY='A'; M= 8, -2,-17, -5, -2,-21, -1, -9,-19, -4,-16,-11, -1,-15, -3, -8, 2, -4,-13,-24,-15, -3; /I: I=-13; MD=-27; /M: SY='E'; M= -9, 9,-26, 12, 18,-29,-15, 0,-25, 13,-23,-13, 7, -6, 15, 7, 1, -5,-23,-28,-15, 16; D=-13; /I: I=-13; MD=-27; /M: SY='Y'; M=-11, -8,-21,-11,-10, 10,-19, 8, -6, -6, -5, -4, -5,-20, -4, -5, -7, -2,-10, 4, 34,-10; D=-13; /I: I=-13; MI=-27; MD=-27; IM=-27; DM=-27; /M: SY='L'; M= -7,-24,-16,-28,-21, 8,-29,-18, 17,-24, 23, 12,-22,-26,-19,-19,-18, -5, 14,-19, 2,-21; D=-13; /I: I=-13; DM=-27; /M: SY='K'; M= -8, -2,-26, -3, 3,-23,-13, 0,-24, 19,-24,-10, 3,-12, 7, 19, -2, -5,-19,-24,-10, 4; /M: SY='K'; M= -8, -6,-29, -5, 5,-25,-20,-13,-21, 30,-22, -8, -6, -3, 4, 16,-10, -9,-14,-22,-12, 4; /M: SY='G'; M= 0,-10,-30,-10,-20,-30, 69,-20,-40,-20,-30,-20, 0,-20,-20,-20, 1,-19,-30,-20,-30,-20; /M: SY='D'; M= -4, 10,-21, 13, 3,-24,-12, -5,-20, 1,-21,-14, 6,-13, 3, -1, 8, 3,-12,-31,-14, 3; /M: SY='R'; M= -8,-11,-25,-12, -3,-14,-18, -8,-10, 5, -3, 1, -8,-15, 2, 10,-11, -8,-10,-21, -8, -2; /M: SY='I'; M= -4,-28,-17,-32,-26, 2,-31,-27, 30,-25, 20, 14,-25,-26,-23,-23,-16, -5, 30,-24, -5,-26; /M: SY='M'; M= -3,-15,-22,-18,-11, -2,-14, -8, -1,-12, -1, 2,-11,-19, -8,-10, -6, -5, -2,-16, 2,-10; /M: SY='V'; M= -4,-29,-13,-33,-29, 1,-31,-29, 32,-24, 14, 12,-26,-27,-27,-23,-14, -4, 38,-26, -7,-29; /M: SY='E'; M= -6, -1,-24, 1, 17,-21,-19, -6,-12, -2,-13, -8, -3,-11, 10, -6, 2, -2,-11,-24,-12, 13; /M: SY='G'; M= 0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20, 0,-20,-20,-20, 0,-20,-30,-20,-30,-20; /M: SY='R'; M=-12, -7,-25, -7, 5, -9,-18, -3,-23, 11,-18,-11, -1,-14, 2, 24, -2, -4,-16,-21, -7, 2; /M: SY='L'; M=-10,-28,-22,-32,-22, 6,-31,-21, 26,-27, 35, 21,-26,-26,-18,-21,-25, -9, 15,-18, 0,-21; /M: SY='R'; M= -6, -5,-24, -6, 2,-22,-15, -1,-18, 9,-17, -7, -2,-15, 9, 14, -1, -4,-13,-23, -9, 4; /M: SY='T'; M= -7, -7,-18,-12, -7, -8,-19, -7, -7, -8, -7, 0, -4,-13, 0, -5, 2, 9, -7,-21, -1, -5; /M: SY='R'; M=-11, 5,-26, 6, 4,-21, -8, 3,-26, 8,-23,-15, 9,-16, 4, 17, 1, -5,-22,-24, -8, 2; /M: SY='K'; M= -4, -1,-22, -2, 6,-23,-12, -2,-21, 10,-22,-10, 4,-12, 9, 10, 7, 2,-16,-28,-13, 7; /M: SY='W'; M=-16,-25,-34,-26,-21, 13,-22,-10, -7,-12, -8, -7,-23,-27,-15, -9,-23,-16,-12, 51, 33,-18; /I: I=-8; MD=-17; /M: SY='E'; M= -6, 1,-21, 3, 17,-20,-18, -4,-16, 3,-13, -9, -3, -6, 9, -1, 2, 3,-14,-24,-10, 13; D=-8; /I: I=-8; MD=-17; /M: SY='D'; M= -4, 13,-17, 15, 3,-20, -1, -4,-21, 1,-18,-14, 9, -9, 0, 1, 3, -2,-15,-22,-13, 1; D=-8; /I: I=-8; MI=0; MD=-17; IM=0; DM=-17; /M: SY='Q'; M= -8, 4,-22, 3, 11,-24,-12, -1,-20, 14,-20, -9, 6, -5, 17, 12, 0, -4,-20,-21,-12, 13; D=-8; /I: I=-8; DM=-17; /M: SY='D'; M= -9, 22,-22, 29, 19,-26,-10, 0,-25, 1,-21,-18, 11, -7, 8, -4, 5, -3,-22,-29,-14, 14; D=-8; /I: I=-8; DM=-17; /M: SY='G'; M= -1, -4,-23, -5,-12,-23, 45,-13,-29,-13,-23,-15, 4,-16,-13,-13, 1,-13,-23,-19,-23,-12; D=-8; /I: I=-8; DM=-17; /M: SY='N'; M= -6, 3,-20, 0, 5,-17,-14, -4,-12, 4,-15, -7, 6,-12, 5, 0, 1, 1,-11,-24,-11, 5; D=-8; /I: I=-8; DM=-17; /M: SY='K'; M= -8, 0,-25, -2, 0,-23,-10, -9,-22, 17,-22, -9, 4,-11, 2, 15, -1, -1,-16,-25,-14, 0; /M: SY='R'; M=-11, -6,-25, -6, 2,-18,-20, 2,-17, 10,-14, -7, -1,-17, 6, 22, -4, -5,-12,-25, -9, 2; /M: SY='Y'; M= -7, -6,-22, -9, -7, -2,-18, -1,-11, -2,-13, -7, -2,-17, -1, -3, 2, 4,-11,-12, 14, -5; /M: SY='K'; M= -1, -9,-21,-12, -7,-17,-12,-13, -9, 4,-13, -4, -5,-16, -3, 4, 0, -1, -4,-23,-11, -6; /I: I=-12; MI=0; MD=-25; IM=0; DM=-25; /M: SY='T'; M= -4,-16,-19,-20,-16, -4,-23,-16, 5,-15, 3, 3,-14,-10,-14,-15, -5, 9, 6,-18, -1,-16; D=-12; /I: I=-12; DM=-25; /M: SY='E'; M= -8, 2,-25, 5, 21,-22,-18, -4,-18, 6,-16,-10, -1,-11, 10, 3, -1, -5,-14,-26,-12, 15; D=-12; /I: I=-12; DM=-25; /M: SY='I'; M= -7,-29,-15,-34,-28, 6,-33,-27, 31,-25, 19, 14,-25,-26,-24,-23,-17, -6, 30,-22, -3,-27; D=-12; /I: I=-12; DM=-25; /M: SY='V'; M= -7,-11,-21,-14, -8,-10,-23, -4, 0, -8, -4, 0, -8,-18, -5, -5, -4, 1, 3,-26, -5, -8; /M: SY='A'; M= 20,-19,-15,-26,-19,-10,-15,-24, 11,-17, 2, 1,-17,-18,-17,-21, -2, -1, 17,-23,-13,-19; /M: SY='E'; M= -7, 14,-24, 19, 22,-27,-14, -2,-25, 1,-20,-17, 8, -9, 10, -4, 6, 0,-22,-32,-17, 16; /M: SY='N'; M= -7, 8,-23, 4, 6,-22, -8, 0,-22, 6,-23,-12, 15,-14, 8, 9, 5, -1,-20,-29,-15, 6; /M: SY='I'; M= -8,-26,-18,-32,-25, 8,-31,-23, 26,-24, 15, 15,-21,-24,-21,-22,-16, -7, 22,-19, 0,-25; /M: SY='E'; M=-10, 0,-27, 1, 12,-21,-15, 0,-16, 1,-15, -8, 1,-12, 9, 1, -2, -6,-17,-26,-11, 9; /M: SY='F'; M=-13,-21,-22,-25,-15, 22,-25,-12, 0,-18, 8, 3,-17,-14,-18,-12,-16, -8, -3,-11, 7,-16; /M: SY='L'; M= -8,-21,-22,-23,-18, 3,-24,-18, 14,-22, 20, 10,-19,-20,-16,-18,-17, -8, 8,-20, -2,-18; /M: SY='D'; M= -3, 9,-22, 11, 7,-24, -2, -6,-24, -4,-20,-16, 6,-12, 0, -6, 7, 0,-18,-30,-16, 3; /I: E0=0; E1=0; IE=-105; DE=-105;» more |
Numerical results [info]
| Total number of hits | 277 in 273 different sequences |
| Number of true positive hits | 277 in 273 different sequences |
| Number of 'unknown' hits | 0 |
| Number of false positive hits | 0 |
| Number of false negative sequences | 2 |
| Number of 'partial' sequences | 0 |
| Precision (true positives / (true positives + false positives)) | 100.00 % |
| Recall (true positives / (true positives + false negatives)) | 99.28 % |
Comments [info]
| Taxonomic range [info] | Bacteriophages, Eukaryotes, Prokaryotes (Bacteria) |
| Maximum number of repetitions [info] | 2 |
| Matrix type [info] | protein_domain |
| Scaling database [info] | reversed |
| Author [info] | CJA_Sigrist |
| Feature key [info] | DOMAIN |
| Feature description [info] | SSB |
| Version [info] | 5 |
Cross-references [info]
| UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences |
273 sequences
MTSS1_CAEEL (P34496), OSB1_ARATH (Q9SX99), OSB2_ARATH (Q8GXH3), OSB3_ARATH (Q8GWJ4), OSB4_ARATH (Q9FYJ2), PRIB_ACTP2 (A3N1H2), PRIB_ACTP7 (B3GY58), PRIB_ACTPJ (B0BQB2), PRIB_ACTSZ (A6VMD5), PRIB_BORBR (P67674), PRIB_BORPA (P67675), PRIB_BORPE (P67673), PRIB_CITK8 (A8AMJ7), PRIB_CROS8 (A7MM77), PRIB_ECO24 (A7ZV72), PRIB_ECO27 (B7UQL0), PRIB_ECO45 (B7MLK6), PRIB_ECO55 (B7LCR2), PRIB_ECO57 (P67676), PRIB_ECO81 (B7MT75), PRIB_ECO8A (B7M9G3), PRIB_ECOBW (C4ZR78), PRIB_ECOHS (A8A7U7), PRIB_ECOK1 (A1AJA6), PRIB_ECOL5 (Q0T9J2), PRIB_ECOLC (B1IT05), PRIB_ECOLI (P07013), PRIB_ECOLU (B7NGD5), PRIB_ECOSE (B6I2A7), PRIB_ECOUT (Q1R359), PRIB_ENT38 (A4W5T0), PRIB_ERWT9 (B2VCW0), PRIB_ESCF3 (B7LLY3), PRIB_HAEDU (Q7VMD6), PRIB_HAEI8 (Q4QN02), PRIB_HAEIE (A5U9U9), PRIB_HAEIN (P44748), PRIB_HISS1 (Q0I4E6), PRIB_HISS2 (B0US44), PRIB_NEIG1 (Q5F924), PRIB_NEIM0 (A9LZQ2), PRIB_NEIMA (Q9JU25), PRIB_NEIMB (Q9JZ30), PRIB_NEIMF (A1KUE9), PRIB_NITEU (Q82XQ7), PRIB_PASMU (Q9CLN9), PRIB_PECAS (Q6D136), PRIB_PECCP (C6DE14), PRIB_PHOLL (Q7MYU8), PRIB_PHOPR (Q6LM42), PRIB_PROMH (B4F276), PRIB_SALA4 (B5F3B8), PRIB_SALAR (A9MFL0), PRIB_SALCH (Q57GJ0), PRIB_SALDC (B5FSA2), PRIB_SALEP (B5R0R9), PRIB_SALG2 (B5R9E9), PRIB_SALHS (B4TFD6), PRIB_SALNS (B4T3F2), PRIB_SALPA (Q5PJ57), PRIB_SALPC (C0Q6F9), PRIB_SALPK (B5BKL0), PRIB_SALSV (B4TT34), PRIB_SALTI (Q8Z164), PRIB_SALTY (Q8ZK82), PRIB_SERP5 (A8G8W5), PRIB_SHEB2 (B8E9N7), PRIB_SHEB5 (A3D8Q4), PRIB_SHEB8 (A6WJ80), PRIB_SHEB9 (A9L121), PRIB_SHEHH (B0TUU8), PRIB_SHEON (Q8EAH3), PRIB_SHEPA (A8H8L1), PRIB_SHEPC (A4Y3F1), PRIB_SHEPW (B8CIQ2), PRIB_SHESH (A8FR96), PRIB_SHESW (A1RNI8), PRIB_SHEWM (B1KHY9), PRIB_SHIB3 (B2TY74), PRIB_SHIBS (Q31TD2), PRIB_SHIDS (Q328J8), PRIB_SHIFL (P67677), PRIB_SHISS (Q3YUE6), PRIB_VIBCH (Q9KUZ1), PRIB_VIBPA (Q87L73), PRIB_VIBVU (Q8DCL5), PRIB_VIBVY (Q7MH89), PRIB_YERE8 (A1JIS9), PRIB_YERP3 (A7FMW4), PRIB_YERPA (Q1CBW5), PRIB_YERPE (Q8ZB82), PRIB_YERPN (Q1CEH1), PRIB_YERPS (Q66FA1), RIM1_SCHPO (O14087), RIM1_YEAST (P32445), SSB1_CHLTE (Q8KB47), SSB1_CLOAB (Q97KH4), SSB1_KLEP7 (A6TGW7), SSB1_LACLA (Q9CGS5), SSB1_LISIN (Q92FR5), SSB1_LISMO (Q8YAR8), SSB1_NOSS1 (P0A4K0), SSB1_PSEPU (Q847G1), SSB1_SALTI (P0A2F7), SSB1_SALTY (P0A2F6), SSB1_STAAC (Q5HIS8), SSB1_STAAM (Q931K4), SSB1_STAAS (Q6G7V6), SSB1_STRA3 (P66850), SSB1_STRA5 (P66851), SSB1_STRAW (Q82FG5), SSB1_STRCO (Q9KYI9), SSB1_STRP6 (Q5XE77), SSB1_STRP8 (Q8P2H3), SSB1_SYNY3 (Q55499), SSB1_TROW8 (Q83NU2), SSB1_TROWT (Q83N34), SSB1_XYLFA (Q9PHE7), SSB2_CHLTE (Q8KAM2), SSB2_CLOAB (Q97HT8), SSB2_ECOLX (P28043), SSB2_LACLA (Q9CDM9), SSB2_LISIN (Q92FK7), SSB2_LISMO (Q8Y4X1), SSB2_NOSS1 (Q8ZSD2), SSB2_PSEPU (Q8VMM4), SSB2_SALTI (Q9RHF4), SSB2_SALTY (Q93GP7), SSB2_STAAC (Q5HJ26), SSB2_STAAM (Q932A8), SSB2_STAAS (Q6GCA6), SSB2_STRA3 (Q8E7H6), SSB2_STRA5 (Q8E220), SSB2_STRAW (Q82CI4), SSB2_STRCO (Q9X8U3), SSB2_STRP6 (Q5XA62), SSB2_STRP8 (Q8NZJ0), SSB2_SYNY3 (P73145), SSB2_TROW8 (P66857), SSB2_TROWT (P66856), SSB2_XYLFA (Q9PDI7), SSB3_CLOAB (Q97CX3), SSB3_LISIN (Q928X8), SSB3_STRA5 (Q8E0Z9), SSB4_STRA5 (Q8DXI7), SSB7_ECOLX (P28044), SSBA_BACSU (P37455), SSBB_BACSU (C0SPB6), SSBF_ECOLI (P18310), SSBPA_XENLA (P09380), SSBPB_XENLA (P09381), SSBP_ARATH (Q84J78), SSBP_BOVIN (Q32PB0), SSBP_DANRE (B8A5I7), SSBP_DROME (P54622), SSBP_ECOLX (P18022), SSBP_HUMAN (Q04837), SSBP_MOUSE (Q9CYR0), SSBP_PONAB (Q5RDQ0), SSBP_RABIT (Q95KK4), SSBP_RAT(P28042), SSBR_ECOLX (P28045), SSB_AGRFC (Q8UF87), SSB_ANAVA (P0A4K1), SSB_AQUAE (O66475), SSB_BACAN (Q81JI3), SSB_BACCR (Q814G6), SSB_BACTN (Q8A7M7), SSB_BIFLO (Q8G757), SSB_BORBR (P66847), SSB_BORBU (O51141), SSB_BORPA (P59928), SSB_BORPE (P66846), SSB_BPP1(Q9XJG4), SSB_BRADU (Q89L50), SSB_BRUA2 (Q2YPX7), SSB_BRUAB (P0C118), SSB_BRUME (Q8YHC2), SSB_BRUSU (Q8G0J1), SSB_BUCAI (P57610), SSB_BUCAP (Q8K933), SSB_BUCBP (Q89A53), SSB_CALS4 (Q8R6M2), SSB_CAMJE (O69302), SSB_CAUVC (Q9A894), SSB_CERS4 (Q9ZAQ8), SSB_CHLCV (Q823K0), SSB_CHLMU (Q9PKZ4), SSB_CHLPN (Q9Z8F7), SSB_CHLTR (O84048), SSB_CLOPE (Q8XH44), SSB_CLOTE (Q899R2), SSB_COREF (Q8FLP9), SSB_CORGL (Q8NLG0), SSB_COXBU (Q83EP4), SSB_CUPNH (P59927), SSB_DEIRA (Q9RY51), SSB_ECO57 (P0AGE2), SSB_ECOL6 (P0AGE1), SSB_ECOLI (P0AGE0), SSB_ENTFA (Q839Y9), SSB_FUSNN (Q8RE26), SSB_HAEDU (P59930), SSB_HAEIN (P44409), SSB_HALH5 (Q9K5N9), SSB_HELHP (P59931), SSB_HELPJ (Q9ZJY2), SSB_HELPY (O25841), SSB_LACPL (Q890K1), SSB_LEPIC (Q72UU3), SSB_LEPIN (Q8F052), SSB_MALP2 (Q8EWT6), SSB_MYCBO (P0A611), SSB_MYCGE (P47337), SSB_MYCLE (P46390), SSB_MYCPN (P75542), SSB_MYCPU (Q98PV9), SSB_MYCS2 (Q9AFI5), SSB_MYCTO (P9WGD4), SSB_MYCTU (P9WGD5), SSB_NEIMA (P66848), SSB_NEIMB (P66849), SSB_NITEU (Q82S98), SSB_OCEIH (Q8CX55), SSB_ONYPE (P60471), SSB_PAEAU (Q8KSB6), SSB_PAENI (Q8GAN5), SSB_PASMU (Q9CJP4), SSB_PROMI (P28046), SSB_PROVU (Q8L2A6), SSB_PSEAE (P40947), SSB_PSEPK (Q88QK5), SSB_PSESM (Q889U1), SSB_RALN1 (Q8Y2B4), SSB_RHILO (Q98M41), SSB_RHIME (P56898), SSB_RHOBA (P59932), SSB_RICBR (Q1RK72), SSB_RICCN (Q92G30), SSB_RICFE (Q4UJW3), SSB_RICPR (Q9ZCC2), SSB_RICTY (Q68Y11), SSB_SERMA (P25762), SSB_SHEHA (P77953), SSB_SHEON (Q8EA81), SSB_SHIFL (P0AGE3), SSB_STAAN (Q99SQ9), SSB_STAAR (Q6GF73), SSB_STAAW (Q8NVN2), SSB_STAES (Q8CNK0), SSB_STRMU (Q8DSD8), SSB_STRP1 (P66852), SSB_STRP3 (P0DF76), SSB_STRPN (P66854), SSB_STRPQ (P0DF77), SSB_STRR6 (P66855), SSB_THEAQ (Q9KH06), SSB_THEMA (Q9WZ73), SSB_THET8 (Q5SLP9), SSB_THETH (O85824), SSB_THEVB (Q8DIU1), SSB_TREPA (O83101), SSB_UREPA (Q9PPT7), SSB_VIBCH (Q9KUW2), SSB_VIBPA (Q87LA3), SSB_VIBVU (Q8DCJ0), SSB_WIGBR (Q8D254), SSB_WOLSU (P59933), SSB_XANAC (Q8PIJ2), SSB_XANCP (Q8P778), SSB_XYLFT (Q87DQ5), SSB_YERPE (Q8ZJ06), YCF41_PORPU (P51237)» more
|
| UniProtKB/Swiss-Prot False negative sequences |
2 sequences
YCF41_NEOYE (Q1XDQ0), YCF41_TRICV (P49536) |
| PDB [Detailed view] |
57 PDB
1EQQ; 1EYG; 1KAW; 1QVC; 1S3O; 1SE8; 1SRU; 1TXY; 1UE1; 1UE5; 1UE6; 1UE7; 1V1Q; 1WOC; 1X3E; 1X3F; 1X3G; 1Z9F; 2CCZ; 2CWA; 2DUD; 2FXQ; 2IHE; 2IHF; 2PNH; 2VW9; 3A5U; 3AFP; 3AFQ; 3EIV; 3FHW; 3K8A; 3KLW; 3TQY; 3UDG; 3ULL; 3VDY; 4DAM; 4MZ9; 5WQV; 5YUN; 5YUO; 6BHW; 6BHX; 6CQK; 6CQM; 6CQO; 6IRQ; 6JDG; 6RUP; 7F25; 7F2N; 7F5Y; 7F5Z; 7VUM; 8FAK; 8UZT » more |