Entry: PS50012

General information about the entry

Entry name [info] RCC1_3
Accession [info] PS50012
Entry type [info] MATRIX
Date [info] DEC-2001 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); JUN-2016 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC00544
Associated ProRule [info] PRU00235

Name and characterization of the entry

Description [info] Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ARNDCQEGHILKMFPSTWYVBZX'; LENGTH=53; TOPOLOGY=LINEAR;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=50;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.1375000; R2=0.0201000; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=2413.7126465; R2=1.7841635; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=367; H_SCORE=3069; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=267; H_SCORE=2890; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: B1=-100; E1=-100; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; I=-20; D=-20;
...
                A   R   N   D   C   Q   E   G   H   I   L   K   M   F   P   S   T   W   Y   V   B   Z   X
/I:         B1=0;
/M: SY='G'; M=  0,-16,  0, -9,-25,-14,-15, 46,-16,-30,-22,-17,-15,-24,-18,  1,-11,-21,-24,-23, -7,-15, -8;
/M: SY='K'; M=-10, 11,  3,  1,-16,  4,  2,-15,  0,-20,-17,  9, -8,-21,-15, -4, -6,-26,-11,-16,  2,  2, -9;
/M: SY='V'; M= -1,-20,-26,-30, -8,-25,-26,-28,-26, 23, 15,-22, 10,  3,-27,-13, -3,-25, -6, 31,-27,-26, -9;
/M: SY='Y'; M=-16,-14,-20,-25,-25,-18,-20,-27,  0,  1,  6,-17,  1, 34,-28,-19, -9, 18, 46, -3,-23,-20,-10;
/M: SY='S'; M= 12,-14, -2,-11, -6,-10,-10, -1,-17,-13,-16,-12,-12,-16,-13, 17, 15,-30,-17, -2, -6,-10, -2;
/M: SY='W'; M=-16,-20,-30,-35,-21,-24,-27,-23,-26,-10, -5,-23,-10, 20,-29,-27,-17, 70, 18,-13,-32,-22,-15;
/M: SY='G'; M=  0,-19,  0, -9,-29,-19,-19, 68,-19,-39,-29,-19,-19,-29,-19,  0,-19,-19,-29,-29, -9,-19, -9;
/M: SY='S'; M= -5, -3, -4,-11,  0, -7,-10,-18,-10,-11, -7, -8, -4,-10,-20,  0,  0,-27, -8, -6, -7, -9, -8;
/M: SY='G'; M= -2,-12, 12, -3,-23,-12,-10, 18,-10,-22,-19,-12,-15,-12,-17,  0, -9,-19,-16,-21,  2,-11, -8;
/M: SY='D'; M= -6,  3,  8, 12,-22,  5, 11,-11, -4,-22,-21,  2,-16,-24,-11,  7,  2,-31,-16,-17, 10,  7, -6;
/M: SY='Q'; M=-11,  0, -1, -3,-14,  3, -2,-19,  5,-14,-11, -2, -2,-12,-19, -6, -6,-21,  0,-12, -1,  0, -9;
/I:         MI=-30; MD=-10; IM=-30; I=-10;
/M: SY='n'; D=10; M=  0,  0,  4,  2, -2,  0,  0,  0,  0, -2, -3,  0, -2, -2, -1,  2,  0, -4, -2, -2,  3,  0,  0;
/I:         MD=-28; DM=-28;
/M: SY='n'; D=10; M= -1,  0,  1,  1,  0,  0,  1, -1,  1, -3, -2,  0, -2, -3, -2,  0, -1, -4, -1, -3,  2,  0, -1;
/I:         DM=-10;
/M: SY='G'; M= -5,-11,  0,-10,-20,-14,-16, 32, -6,-29,-22,-13,-14,-16,-21, -3,-14,-17,-11,-23, -8,-16,-10;
/M: SY='Q'; M= -2,  5, -2, -3,-22, 31, 13,-17,  0,-16,-16,  5, -4,-30,-11,  0, -7,-22,-12,-18, -2, 22, -8;
/M: SY='L'; M= -9,-20,-28,-29,-13,-20,-20,-29,-20, 18, 39,-27, 17,  6,-26,-26, -9,-21, -2, 11,-28,-20,-10;
/M: SY='G'; M=  0,-18,  0, -8,-28,-17,-17, 60,-18,-37,-27,-18,-18,-27,-19,  0,-18,-19,-27,-28, -8,-17, -9;
/I:         MI=-30; MD=-15; IM=-30; I=-10;
/M: SY='l'; D=-5; M=-10,  1,-13,-19,-19, -7,-12,-22, -5,  5, 13, -9,  7,  0,-20,-15, -7,-14,  2,  2,-17,-11, -8;
/I:         MD=-15; DM=-15;
/M: SY='g'; D=-5; M= -2, -9, -3, -3,-18, -7, -4,  9,-10,-15,-11, -8, -8,-15, -5, -1, -5,-18,-12,-11, -5, -6, -6;
/I:         MD=-25; DM=-25;
/M: SY='t'; D=-5; M= -4, -6,  0,  5,-20,  1,  9,-13, -6,-17,-16, -1,-11,-21,  1,  4,  6,-27,-14,-13,  3,  5, -5;
/I:         DM=-25;
/M: SY='s'; D=-5; M= -5, -7,  6,  9,-21, -1,  6, -7, -5,-20,-19, -3,-14,-20, -4,  5,  0,-30,-15,-17,  7,  2, -6;
/I:         DM=-25;
/M: SY='e'; D=-5; M= -4, -4, -2, -1,-23,  0,  7,-10, -8,-12, -9, -1, -5,-17,-13, -4, -7,-24,-13,-10, -1,  3, -8;
/I:         DM=-25;
/M: SY='d'; D=-5; M=-10,  3,  1,  6,-24,  3,  8,-17, -3,-17,-13,  4, -7,-18,-10, -4, -5,-25,-10,-15,  4,  5, -8;
/I:         DM=-25;
/M: SY='e'; D=-5; M= -7,  0,  2,  8,-25,  2, 10, -7, -7,-21,-19,  2,-12,-23, -6,  0, -6,-26,-15,-18,  5,  5, -8;
/I:         DM=-25;
/M: SY='e'; D=-5; M= -6,  0,  0,  0,-17, -1,  3,-13, -9,-13,-14, -1, -9,-17,-14,  2, -1,-27,-13, -7,  0,  0, -7;
/I:         DM=-15;
/M: SY='a'; D=-5; M=  1, -5, -4, -8,-15, -2,  0,-10, -7,-11, -7, -4, -5,-15,-15, -2, -3,-23,-11, -8, -5, -1, -7;
/I:         MI=0; MD=-30; IM=0; DM=-15; I=-5;
/M: SY='P'; M= -9,-19,-19, -9,-39, -9,  0,-19,-19,-19,-29, -9,-19,-29, 88, -9, -9,-29,-29,-29,-19, -9, -9;
/M: SY='T'; M= -3,  0, -6,-11,-17,  1, -4,-18,-13, -7, -9, -2, -5,-16,-15,  1,  8,-21,-10, -3, -8, -2, -6;
/M: SY='L'; M= -9,  2, -8, -8,-21,  2,  1,-22, -8,-10, -5,  1, -3,-18, -4,-11, -9,-24,-11,-11, -9,  0,-10;
/M: SY='V'; M= -5,-17,-18,-27,-14,-20,-23,-26,-22, 22, 11,-20, 11,  0,-24,-11, -1,-25, -6, 25,-22,-23, -9;
/I:         MI=-30; MD=-15; IM=-30; I=-10;
/M: SY='p'; D=-5; M= -5, -2, -7, -6,-23, -2,  0,-11, -9,-12,-13,  0, -7,-17,  8, -4, -4,-20,-11,-11, -8, -3, -7;
/I:         MD=-21; DM=-21;
/M: SY='l'; D=-5; M= -3, -9, -7,-10,-22, -8, -7, -7,-13, -9, -2,-11, -4, -9,-13, -5, -5,-18,-10, -8, -9, -7, -7;
/I:         MD=-21; DM=-21;
/M: SY='l'; D=-5; M= -8, -7,-13,-17,-22,-11, -8,-21,-14,  0,  9, -8,  2,  0,-12,-14, -4,-17, -2, -3,-15,-10, -8;
/I:         MD=-21; DM=-21;
/M: SY='n'; D=-5; M= -1, -3,  5,  3,-20,  0,  2, -6, -5,-18,-18, -1,-12,-20, -1,  3, -1,-22,-14,-17,  3,  1, -6;
/I:         MD=-21; DM=-21;
/M: SY='t'; D=-5; M= -3, -4,  1,  0,-17, -3,  0, -6, -8,-13,-12, -3, -9,-12, -9,  2,  1,-21,-11, -9,  1, -1, -5;
/I:         MI=0; MD=-30; IM=0; DM=-15; I=-5;
/M: SY='K'; M= -6, -1,  3,  1,-25, -2,  0,-14, -2,-14,-19,  1,-10,-21, -2, -2, -5,-28,-13,-13,  1, -2, -8;
/M: SY='V'; M= -5,-23,-24,-34,-13,-25,-28,-31,-27, 28, 11,-24, 10,  5,-26,-15, -6,-17, -2, 30,-29,-28,-10;
/M: SY='V'; M= -4, -5,-14,-18,-14,-11,-13,-25,-19,  6,  0, -6,  2,-10,-21, -8, -3,-26, -9, 12,-16,-13, -9;
/M: SY='Q'; M= -4, -3,  0,  2,-20, 12,  4,-10,  0,-19,-19,  0, -9,-23,-13,  6, -1,-25, -7,-17,  0,  7, -7;
/M: SY='V'; M=  0,-22,-24,-32,-16,-25,-27,-29,-27, 28, 14,-23, 11,  3,-25,-13, -4,-23, -5, 33,-28,-27, -9;
/M: SY='A'; M= 25,-17, -6,-16,-14,-10, -9,  0,-18,-12,-14,-12,-11,-13,-12, 11,  2,-19,-15, -4, -9,-10, -2;
/M: SY='C'; M= 12,-20, -9,-18, 25,-15,-16, -5,-21,-18,-17,-17,-13,-19,-18,  6,  0,-33,-22, -6,-12,-16, -7;
/M: SY='G'; M=  0,-19,  0, -9,-28,-19,-19, 64,-19,-38,-29,-19,-19,-28,-19,  1,-15,-20,-28,-28, -9,-19, -9;
/M: SY='G'; M= -1, -7,  5,  4,-25, -1,  2, 15, -7,-29,-24, -4,-17,-26,-13,  3, -7,-22,-19,-23,  3,  0, -8;
/M: SY='D'; M=-11, -5,  5,  5,-25,  5,  1,-15, 14,-17,-15, -5, -5,-13,-17, -3, -8,-15,  3,-18,  5,  2, -9;
/M: SY='H'; M=-16, -4,  1, -8,-20,  2, -5,-21, 62,-21,-12,-12,  0, -9,-21, -9,-14,-26, 13,-20, -6, -4, -9;
/M: SY='T'; M=  1,-12,  1,-10, -7, -9, -9,-10,-16,-10,-12,-13, -9,-11,-14, 17, 23,-31,-13, -3, -4, -9, -3;
/M: SY='V'; M= -2,-19,-23,-29,-14,-22,-23,-25,-21, 15, 14,-22,  7, 10,-26,-14, -6,-16,  1, 18,-25,-23, -9;
/M: SY='A'; M= 18,-21,-15,-26, -4,-16,-18,-16,-21,  4,  2,-18,  2, -5,-18, -3, -3,-21,-10,  8,-18,-17, -5;
/M: SY='L'; M= -6,-17,-26,-29,-18,-20,-21,-27,-21, 19, 32,-24, 15,  5,-27,-21, -6,-21, -2, 16,-27,-21, -9;
/M: SY='T'; M= -1,-13, -1, -1,-13,-10, -6,-12,-16,-11, -9,-12,-10,-13,-14,  8, 16,-30,-13, -3,  0, -8, -4;
/M: SY='E'; M= -1, -1,  1,  0,-22,  5,  9,-15, -5,-15,-16,  2,-10,-22, -8,  4,  0,-28,-13,-12,  0,  6, -6;
/M: SY='D'; M= -8, -1, 13, 27,-25,  4, 15, -8, -3,-29,-26,  5,-21,-30, -7,  5, -3,-33,-18,-23, 21,  9, -7;
/I:         E1=0;
» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2016_08 which contains 551'987 sequence entries.


Total number of hits 410 in 90 different sequences
Number of true positive hits 397 in 77 different sequences
Number of 'unknown' hits 0
Number of false positive hits 13 in 13 different sequences
Number of false negative sequences 2
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 96.83 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 99.50 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] K_Hofmann
Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 19
Feature key [info] REPEAT
Feature description [info] RCC1
Version [info] 4

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
77 sequences

ALS2_DROME  (Q9VNZ8    ), ALS2_HUMAN  (Q96Q42    ), ALS2_MOUSE  (Q920R0    ), 
ALS2_PANTR  (Q5BIW4    ), ALS2_RAT    (P0C5Y8    ), ATS1_YEAST  (P31386    ), 
BTB1_SCHPO  (O74881    ), FBX24_HUMAN (O75426    ), FBX24_MACFA (Q4R327    ), 
FBX24_MOUSE (Q9D417    ), GACGG_DICDI (Q54VW7    ), GEFC_DICDI  (Q8IS20    ), 
HERC1_HUMAN (Q15751    ), HERC2_DROME (Q9VR91    ), HERC2_HUMAN (O95714    ), 
HERC2_MOUSE (Q4U2R1    ), HERC3_HUMAN (Q15034    ), HERC4_HUMAN (Q5GLZ8    ), 
HERC4_MOUSE (Q6PAV2    ), HERC4_RAT   (Q5PQN1    ), HERC5_HUMAN (Q9UII4    ), 
HERC6_HUMAN (Q8IVU3    ), HERC6_MOUSE (F2Z461    ), HIW_DROME   (Q9NB71    ), 
IBTK_HUMAN  (Q9P2D0    ), IBTK_MOUSE  (Q6ZPR6    ), IBTK_XENLA  (Q6NRS1    ), 
MYCB2_HUMAN (O75592    ), MYCB2_MOUSE (Q7TPH6    ), NEK8_DANRE  (Q90XC2    ), 
NEK8_HUMAN  (Q86SG6    ), NEK8_MOUSE  (Q91ZR4    ), NEK8_RAT    (D3ZGQ5    ), 
NEK9_HUMAN  (Q8TD19    ), NEK9_MOUSE  (Q8K1R7    ), NEK9_XENLA  (Q7ZZC8    ), 
POF9_SCHPO  (O74381    ), RCBT1_HUMAN (Q8NDN9    ), RCBT1_MOUSE (Q6NXM2    ), 
RCBT2_HUMAN (O95199    ), RCBT2_MOUSE (Q99LJ7    ), RCBT2_PONAB (Q5RCZ7    ), 
RCBT2_RAT   (Q6P798    ), RCC1_CAEEL  (Q18211    ), RCC1_CANAX  (P52499    ), 
RCC1_DROME  (P25171    ), RCC1_HUMAN  (P18754    ), RCC1_MESAU  (P23800    ), 
RCC1_MOUSE  (Q8VE37    ), RCC1_SCHPO  (P28745    ), RCC1_XENLA  (P25183    ), 
RCC1_YEAST  (P21827    ), RCC2_DANRE  (Q6NYE2    ), RCC2_HUMAN  (Q9P258    ), 
RCC2_MOUSE  (Q8BK67    ), RCC2_XENLA  (Q52KW8    ), RCCD1_HUMAN (A6NED2    ), 
RCCD1_MACFA (Q4R828    ), RCCD1_MOUSE (Q8BTU7    ), RCCDA_DICDI (Q54X24    ), 
RCCDB_DICDI (P0C7G9    ), RCCDC_DICDI (Q54Q89    ), RPGRH_CAEEL (Q5DX34    ), 
RPGR_CANLF  (Q9N1T2    ), RPGR_HUMAN  (Q92834    ), RPGR_MOUSE  (Q9R0X5    ), 
RPM1_CAEEL  (Q17551    ), SAF1_YEAST  (P38352    ), SPKUL_DICDI (Q8SSY6    ), 
SRGEF_BOVIN (Q3MHW0    ), SRGEF_HUMAN (Q9UGK8    ), SRGEF_MOUSE (Q80YD6    ), 
TIRA_DICDI  (Q54HT1    ), UVR8_ARATH  (Q9FN03    ), WBS16_HUMAN (Q96I51    ), 
WBS16_MOUSE (Q9CYF5    ), YF94_SCHPO  (O42645    )
» more

UniProtKB/Swiss-Prot
False negative sequences
2 sequences

FMP25_YEAST (Q08023    ), TITIN_MOUSE (A2ASS6    )

		
UniProtKB/Swiss-Prot
False positive sequences
13 sequences

MURQ_ENTAE  (Q8GC81    ), MURQ_PHOLL  (Q7N9D8    ), MURQ_PROMT  (Q46L21    ), 
MURQ_SALRD  (Q2S6G3    ), MURQ_STAA3  (Q2FK71    ), MURQ_STAA8  (Q2G1G6    ), 
MURQ_STAAB  (Q2YUY9    ), MURQ_STAAC  (Q5HJI1    ), MURQ_STAAM  (Q99X30    ), 
MURQ_STAAN  (Q7A805    ), MURQ_STAAR  (Q6GKB5    ), MURQ_STAAS  (Q6GCT5    ), 
MURQ_STAAW  (Q7A1Y2    )
» more

PDB
[Detailed view]
19 PDB

1A12; 1I2M; 3KCI; 3MVD; 3OF7; 4D4O; 4D4P; 4D4Q; 4D9S; 4DNU; 4DNV; 4DNW; 4JHN; 4JHP; 4L1M; 4O2W; 4QAM; 4X33; 5HQ2
» more

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission