Entry: PS50012

Forthcoming changes to the profile format
General information about the entry

Entry name [info] RCC1_3
Accession [info] PS50012
Entry type [info] MATRIX
Date [info] DEC-2001 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); JUN-2014 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC00544
Associated ProRule [info] PRU00235

Name and characterization of the entry

Description [info] Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ARNDCQEGHILKMFPSTWYVBZX'; LENGTH=53; TOPOLOGY=LINEAR;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=50;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.1375; R2=0.0201; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=2163.90519; R2=10.50339; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=366; N_SCORE=8.5; H_SCORE=5493; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=266; N_SCORE=6.5; H_SCORE=4968; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: B1=-100; E1=-100; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; I=-20; D=-20;
...
                A   R   N   D   C   Q   E   G   H   I   L   K   M   F   P   S   T   W   Y   V   B   Z   X
/I:         B1=0;
/M: SY='G'; M=  0,-16,  0, -9,-25,-14,-15, 46,-16,-30,-22,-17,-15,-24,-18,  1,-11,-21,-24,-23, -7,-15, -8;
/M: SY='K'; M=-10, 11,  3,  1,-16,  4,  2,-15,  0,-20,-17,  9, -8,-21,-15, -4, -6,-26,-11,-16,  2,  2, -9;
/M: SY='V'; M= -1,-20,-26,-30, -8,-25,-26,-28,-26, 23, 15,-22, 10,  3,-27,-13, -3,-25, -6, 31,-27,-26, -9;
/M: SY='Y'; M=-16,-14,-20,-25,-25,-18,-20,-27,  0,  1,  6,-17,  1, 34,-28,-19, -9, 18, 46, -3,-23,-20,-10;
/M: SY='S'; M= 12,-14, -2,-11, -6,-10,-10, -1,-17,-13,-16,-12,-12,-16,-13, 17, 15,-30,-17, -2, -6,-10, -2;
/M: SY='W'; M=-16,-20,-30,-35,-21,-24,-27,-23,-26,-10, -5,-23,-10, 20,-29,-27,-17, 70, 18,-13,-32,-22,-15;
/M: SY='G'; M=  0,-19,  0, -9,-29,-19,-19, 68,-19,-39,-29,-19,-19,-29,-19,  0,-19,-19,-29,-29, -9,-19, -9;
/M: SY='S'; M= -5, -3, -4,-11,  0, -7,-10,-18,-10,-11, -7, -8, -4,-10,-20,  0,  0,-27, -8, -6, -7, -9, -8;
/M: SY='G'; M= -2,-12, 12, -3,-23,-12,-10, 18,-10,-22,-19,-12,-15,-12,-17,  0, -9,-19,-16,-21,  2,-11, -8;
/M: SY='D'; M= -6,  3,  8, 12,-22,  5, 11,-11, -4,-22,-21,  2,-16,-24,-11,  7,  2,-31,-16,-17, 10,  7, -6;
/M: SY='Q'; M=-11,  0, -1, -3,-14,  3, -2,-19,  5,-14,-11, -2, -2,-12,-19, -6, -6,-21,  0,-12, -1,  0, -9;
/I:         MI=-30; MD=-10; IM=-30; I=-10;
/M: SY='n'; D=10; M=  0,  0,  4,  2, -2,  0,  0,  0,  0, -2, -3,  0, -2, -2, -1,  2,  0, -4, -2, -2,  3,  0,  0;
/I:         MD=-28; DM=-28;
/M: SY='n'; D=10; M= -1,  0,  1,  1,  0,  0,  1, -1,  1, -3, -2,  0, -2, -3, -2,  0, -1, -4, -1, -3,  2,  0, -1;
/I:         DM=-10;
/M: SY='G'; M= -5,-11,  0,-10,-20,-14,-16, 32, -6,-29,-22,-13,-14,-16,-21, -3,-14,-17,-11,-23, -8,-16,-10;
/M: SY='Q'; M= -2,  5, -2, -3,-22, 31, 13,-17,  0,-16,-16,  5, -4,-30,-11,  0, -7,-22,-12,-18, -2, 22, -8;
/M: SY='L'; M= -9,-20,-28,-29,-13,-20,-20,-29,-20, 18, 39,-27, 17,  6,-26,-26, -9,-21, -2, 11,-28,-20,-10;
/M: SY='G'; M=  0,-18,  0, -8,-28,-17,-17, 60,-18,-37,-27,-18,-18,-27,-19,  0,-18,-19,-27,-28, -8,-17, -9;
/I:         MI=-30; MD=-15; IM=-30; I=-10;
/M: SY='l'; D=-5; M=-10,  1,-13,-19,-19, -7,-12,-22, -5,  5, 13, -9,  7,  0,-20,-15, -7,-14,  2,  2,-17,-11, -8;
/I:         MD=-15; DM=-15;
/M: SY='g'; D=-5; M= -2, -9, -3, -3,-18, -7, -4,  9,-10,-15,-11, -8, -8,-15, -5, -1, -5,-18,-12,-11, -5, -6, -6;
/I:         MD=-25; DM=-25;
/M: SY='t'; D=-5; M= -4, -6,  0,  5,-20,  1,  9,-13, -6,-17,-16, -1,-11,-21,  1,  4,  6,-27,-14,-13,  3,  5, -5;
/I:         DM=-25;
/M: SY='s'; D=-5; M= -5, -7,  6,  9,-21, -1,  6, -7, -5,-20,-19, -3,-14,-20, -4,  5,  0,-30,-15,-17,  7,  2, -6;
/I:         DM=-25;
/M: SY='e'; D=-5; M= -4, -4, -2, -1,-23,  0,  7,-10, -8,-12, -9, -1, -5,-17,-13, -4, -7,-24,-13,-10, -1,  3, -8;
/I:         DM=-25;
/M: SY='d'; D=-5; M=-10,  3,  1,  6,-24,  3,  8,-17, -3,-17,-13,  4, -7,-18,-10, -4, -5,-25,-10,-15,  4,  5, -8;
/I:         DM=-25;
/M: SY='e'; D=-5; M= -7,  0,  2,  8,-25,  2, 10, -7, -7,-21,-19,  2,-12,-23, -6,  0, -6,-26,-15,-18,  5,  5, -8;
/I:         DM=-25;
/M: SY='e'; D=-5; M= -6,  0,  0,  0,-17, -1,  3,-13, -9,-13,-14, -1, -9,-17,-14,  2, -1,-27,-13, -7,  0,  0, -7;
/I:         DM=-15;
/M: SY='a'; D=-5; M=  1, -5, -4, -8,-15, -2,  0,-10, -7,-11, -7, -4, -5,-15,-15, -2, -3,-23,-11, -8, -5, -1, -7;
/I:         MI=0; MD=-30; IM=0; DM=-15; I=-5;
/M: SY='P'; M= -9,-19,-19, -9,-39, -9,  0,-19,-19,-19,-29, -9,-19,-29, 88, -9, -9,-29,-29,-29,-19, -9, -9;
/M: SY='T'; M= -3,  0, -6,-11,-17,  1, -4,-18,-13, -7, -9, -2, -5,-16,-15,  1,  8,-21,-10, -3, -8, -2, -6;
/M: SY='L'; M= -9,  2, -8, -8,-21,  2,  1,-22, -8,-10, -5,  1, -3,-18, -4,-11, -9,-24,-11,-11, -9,  0,-10;
/M: SY='V'; M= -5,-17,-18,-27,-14,-20,-23,-26,-22, 22, 11,-20, 11,  0,-24,-11, -1,-25, -6, 25,-22,-23, -9;
/I:         MI=-30; MD=-15; IM=-30; I=-10;
/M: SY='p'; D=-5; M= -5, -2, -7, -6,-23, -2,  0,-11, -9,-12,-13,  0, -7,-17,  8, -4, -4,-20,-11,-11, -8, -3, -7;
/I:         MD=-21; DM=-21;
/M: SY='l'; D=-5; M= -3, -9, -7,-10,-22, -8, -7, -7,-13, -9, -2,-11, -4, -9,-13, -5, -5,-18,-10, -8, -9, -7, -7;
/I:         MD=-21; DM=-21;
/M: SY='l'; D=-5; M= -8, -7,-13,-17,-22,-11, -8,-21,-14,  0,  9, -8,  2,  0,-12,-14, -4,-17, -2, -3,-15,-10, -8;
/I:         MD=-21; DM=-21;
/M: SY='n'; D=-5; M= -1, -3,  5,  3,-20,  0,  2, -6, -5,-18,-18, -1,-12,-20, -1,  3, -1,-22,-14,-17,  3,  1, -6;
/I:         MD=-21; DM=-21;
/M: SY='t'; D=-5; M= -3, -4,  1,  0,-17, -3,  0, -6, -8,-13,-12, -3, -9,-12, -9,  2,  1,-21,-11, -9,  1, -1, -5;
/I:         MI=0; MD=-30; IM=0; DM=-15; I=-5;
/M: SY='K'; M= -6, -1,  3,  1,-25, -2,  0,-14, -2,-14,-19,  1,-10,-21, -2, -2, -5,-28,-13,-13,  1, -2, -8;
/M: SY='V'; M= -5,-23,-24,-34,-13,-25,-28,-31,-27, 28, 11,-24, 10,  5,-26,-15, -6,-17, -2, 30,-29,-28,-10;
/M: SY='V'; M= -4, -5,-14,-18,-14,-11,-13,-25,-19,  6,  0, -6,  2,-10,-21, -8, -3,-26, -9, 12,-16,-13, -9;
/M: SY='Q'; M= -4, -3,  0,  2,-20, 12,  4,-10,  0,-19,-19,  0, -9,-23,-13,  6, -1,-25, -7,-17,  0,  7, -7;
/M: SY='V'; M=  0,-22,-24,-32,-16,-25,-27,-29,-27, 28, 14,-23, 11,  3,-25,-13, -4,-23, -5, 33,-28,-27, -9;
/M: SY='A'; M= 25,-17, -6,-16,-14,-10, -9,  0,-18,-12,-14,-12,-11,-13,-12, 11,  2,-19,-15, -4, -9,-10, -2;
/M: SY='C'; M= 12,-20, -9,-18, 25,-15,-16, -5,-21,-18,-17,-17,-13,-19,-18,  6,  0,-33,-22, -6,-12,-16, -7;
/M: SY='G'; M=  0,-19,  0, -9,-28,-19,-19, 64,-19,-38,-29,-19,-19,-28,-19,  1,-15,-20,-28,-28, -9,-19, -9;
/M: SY='G'; M= -1, -7,  5,  4,-25, -1,  2, 15, -7,-29,-24, -4,-17,-26,-13,  3, -7,-22,-19,-23,  3,  0, -8;
/M: SY='D'; M=-11, -5,  5,  5,-25,  5,  1,-15, 14,-17,-15, -5, -5,-13,-17, -3, -8,-15,  3,-18,  5,  2, -9;
/M: SY='H'; M=-16, -4,  1, -8,-20,  2, -5,-21, 62,-21,-12,-12,  0, -9,-21, -9,-14,-26, 13,-20, -6, -4, -9;
/M: SY='T'; M=  1,-12,  1,-10, -7, -9, -9,-10,-16,-10,-12,-13, -9,-11,-14, 17, 23,-31,-13, -3, -4, -9, -3;
/M: SY='V'; M= -2,-19,-23,-29,-14,-22,-23,-25,-21, 15, 14,-22,  7, 10,-26,-14, -6,-16,  1, 18,-25,-23, -9;
/M: SY='A'; M= 18,-21,-15,-26, -4,-16,-18,-16,-21,  4,  2,-18,  2, -5,-18, -3, -3,-21,-10,  8,-18,-17, -5;
/M: SY='L'; M= -6,-17,-26,-29,-18,-20,-21,-27,-21, 19, 32,-24, 15,  5,-27,-21, -6,-21, -2, 16,-27,-21, -9;
/M: SY='T'; M= -1,-13, -1, -1,-13,-10, -6,-12,-16,-11, -9,-12,-10,-13,-14,  8, 16,-30,-13, -3,  0, -8, -4;
/M: SY='E'; M= -1, -1,  1,  0,-22,  5,  9,-15, -5,-15,-16,  2,-10,-22, -8,  4,  0,-28,-13,-12,  0,  6, -6;
/M: SY='D'; M= -8, -1, 13, 27,-25,  4, 15, -8, -3,-29,-26,  5,-21,-30, -7,  5, -3,-33,-18,-23, 21,  9, -7;
/I:         E1=0;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2014_07 which contains 546'000 sequence entries.


Total number of hits 408 in 89 different sequences
Number of true positive hits 395 in 76 different sequences
Number of 'unknown' hits
Number of false positive hits 13 in 13 different sequences
Number of false negative sequences 3
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 96.81 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 99.25 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] K_Hofmann
Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 19
Feature key [info] REPEAT
Feature description [info] RCC1
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
76 sequences

ALS2_HUMAN  (Q96Q42), ALS2_MOUSE  (Q920R0), ALS2_PANTR  (Q5BIW4), 
ALS2_RAT    (P0C5Y8), ATS1_YEAST  (P31386), BTB1_SCHPO  (O74881), 
FBX24_HUMAN (O75426), FBX24_MACFA (Q4R327), FBX24_MOUSE (Q9D417), 
GACGG_DICDI (Q54VW7), GEFC_DICDI  (Q8IS20), HERC1_HUMAN (Q15751), 
HERC2_DROME (Q9VR91), HERC2_HUMAN (O95714), HERC2_MOUSE (Q4U2R1), 
HERC3_HUMAN (Q15034), HERC4_HUMAN (Q5GLZ8), HERC4_MOUSE (Q6PAV2), 
HERC4_RAT   (Q5PQN1), HERC5_HUMAN (Q9UII4), HERC6_HUMAN (Q8IVU3), 
HERC6_MOUSE (F2Z461), HIW_DROME   (Q9NB71), IBTK_HUMAN  (Q9P2D0), 
IBTK_MOUSE  (Q6ZPR6), IBTK_XENLA  (Q6NRS1), MYCB2_HUMAN (O75592), 
MYCB2_MOUSE (Q7TPH6), NEK8_DANRE  (Q90XC2), NEK8_HUMAN  (Q86SG6), 
NEK8_MOUSE  (Q91ZR4), NEK8_RAT    (D3ZGQ5), NEK9_HUMAN  (Q8TD19), 
NEK9_MOUSE  (Q8K1R7), NEK9_XENLA  (Q7ZZC8), POF9_SCHPO  (O74381), 
RCBT1_HUMAN (Q8NDN9), RCBT1_MOUSE (Q6NXM2), RCBT2_HUMAN (O95199), 
RCBT2_MOUSE (Q99LJ7), RCBT2_PONAB (Q5RCZ7), RCBT2_RAT   (Q6P798), 
RCC1_CAEEL  (Q18211), RCC1_CANAX  (P52499), RCC1_DROME  (P25171), 
RCC1_HUMAN  (P18754), RCC1_MESAU  (P23800), RCC1_MOUSE  (Q8VE37), 
RCC1_SCHPO  (P28745), RCC1_XENLA  (P25183), RCC1_YEAST  (P21827), 
RCC2_DANRE  (Q6NYE2), RCC2_HUMAN  (Q9P258), RCC2_MOUSE  (Q8BK67), 
RCC2_XENLA  (Q52KW8), RCCD1_HUMAN (A6NED2), RCCD1_MACFA (Q4R828), 
RCCD1_MOUSE (Q8BTU7), RCCDA_DICDI (Q54X24), RCCDB_DICDI (P0C7G9), 
RCCDC_DICDI (Q54Q89), RPGRH_CAEEL (Q5DX34), RPGR_CANFA  (Q9N1T2), 
RPGR_HUMAN  (Q92834), RPGR_MOUSE  (Q9R0X5), RPM1_CAEEL  (Q17551), 
SAF1_YEAST  (P38352), SPKUL_DICDI (Q8SSY6), SRGEF_BOVIN (Q3MHW0), 
SRGEF_HUMAN (Q9UGK8), SRGEF_MOUSE (Q80YD6), TIRA_DICDI  (Q54HT1), 
UVR8_ARATH  (Q9FN03), WBS16_HUMAN (Q96I51), WBS16_MOUSE (Q9CYF5), 
YF94_SCHPO  (O42645)
» More

UniProtKB/Swiss-Prot
False negative sequences
3 sequences

FMP25_YEAST (Q08023), TITIN_HUMAN (Q8WZ42), TITIN_MOUSE (A2ASS6)

		
UniProtKB/Swiss-Prot
False positive sequences
13 sequences

MURQ_ENTAE  (Q8GC81), MURQ_PHOLL  (Q7N9D8), MURQ_PROMT  (Q46L21), 
MURQ_SALRD  (Q2S6G3), MURQ_STAA3  (Q2FK71), MURQ_STAA8  (Q2G1G6), 
MURQ_STAAB  (Q2YUY9), MURQ_STAAC  (Q5HJI1), MURQ_STAAM  (Q99X30), 
MURQ_STAAN  (Q7A805), MURQ_STAAR  (Q6GKB5), MURQ_STAAS  (Q6GCT5), 
MURQ_STAAW  (Q7A1Y2)
» More

PDB
[Detailed view]
13 PDB

1A12; 1I2M; 3KCI; 3MVD; 3OF7; 4D9S; 4DNU; 4DNV; 4DNW; 4JHN; 4JHP; 4L1M; 4O2W
» More

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission