Entry: PS50013

Forthcoming changes to the profile format
General information about the entry

Entry name [info] CHROMO_2
Accession [info] PS50013
Entry type [info] MATRIX
Date [info] NOV-1995 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); JUN-2014 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC00517
Associated ProRule [info] PRU00053

Name and characterization of the entry

Description [info] Chromo and chromo shadow domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=59;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=54;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=0.4848; R2=0.0181; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=1864.23006; R2=15.43865; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=443; N_SCORE=8.5; H_SCORE=7854; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=332; N_SCORE=6.5; H_SCORE=6990; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=-70; E1=-70; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='Y'; M=-16,-17,-26,-17,-13, 19,-27,  0, -3,-13,  4,  0,-17,-25,-12,-11,-18,-11, -6,  4, 28,-13;
/M: SY='E'; M=  3, -6,-20, -4,  9,-18,-18,-15, -7, -7,-11, -9, -9, -6, -4,-12,  3,  1,  0,-30,-17,  2;
/M: SY='V'; M=  3,-24,-21,-24,-17, -9,-23,-25,  9,-16, -1, -1,-23, -1,-19,-20,-10, -6, 14,-16,-12,-19;
/M: SY='E'; M=-10,  7,-31, 17, 53,-30,-16, -2,-30,  8,-21,-20, -1,  4, 17, -2, -1,-10,-30,-30,-21, 34;
/M: SY='R'; M=-10,  1,-24,  3,  7,-26,-17, -6,-29, 28,-24,-13,  1,-14,  7, 32, -6, -8,-19,-24,-13,  5;
/M: SY='I'; M= -9,-28,-26,-35,-27,  2,-35,-28, 36,-27, 16, 14,-21,-15,-21,-26,-17, -6, 25,-21, -2,-27;
/M: SY='L'; M= -9,-26,-22,-28,-18,  2,-31,-21, 22,-21, 29, 16,-24,-25,-17,-16,-22, -9, 15,-22, -3,-19;
/I:         I=-6; MI=0; IM=0; DM=-20; MD=-20;
/M: SY='D'; M= -4, 14,-21, 21, 10,-32,  1, -7,-31, -1,-24,-20,  5,-12,  3, -6,  1,-10,-24,-30,-20,  6;
/M: SY='A'; M=  3, -8,-15,-13, -9,-17,-12,  1,-14, -4,-12, -6, -4,-17, -6, -2,  1,  2, -7,-26, -9, -9;
/M: SY='R'; M=-11, -4,-26, -6,  2,-21,-18, -6,-20, 18,-20, -9,  2,-15,  7, 29, -1, -1,-14,-25,-11,  2;
/M: SY='B'; M= -8,  5,-22,  5, -1,-20,-11, -9,-13,  2,-15, -6,  4,-17, -5, -2, -3, -5, -6,-30,-15, -3;
/M: SY='R'; M= -5, -2,-17, -4,  0,-22,-13, -9,-19,  7,-20,-12,  1,-12,  1, 10,  0, -3,-13,-28,-16, -1;
/M: SY='R'; M=-10,  5,-22,  2,  5,-27,-11, -4,-27, 21,-27,-13,  9,-15, 10, 22,  0, -6,-22,-27,-14,  7;
/I:         I=-3; MI=0; MD=-15; IM=0;
/M: SY='G'; M= -2, -4,-25, -5,-10,-23, 40,-11,-31,-12,-25,-17,  5,-17,-11,-11,  3,-12,-25,-20,-20,-11; D=-2;
/I:         DM=-15;
/M: SY='R'; M= -9,  1,-24,  1,  4,-21, -7, -6,-19,  6,-14, -8,  3,-14,  6,  8, -4, -5,-17,-23,-13,  4; D=-2;
/I:         DM=-15;
/M: SY='L'; M=-10,-23,-21,-23,-16,  6,-25,-13,  9,-17, 16,  6,-21,-14,-16,-11,-17, -7,  6,-14,  6,-17; D=-2;
/I:         DM=-15;
/M: SY='E'; M= -9,  0,-25,  3, 22,-18,-21, -5,-13,  2,-11, -4, -5, -9, 10, -4, -3, -5,-12,-25,-12, 16; D=-2;
/I:         DM=-15;
/M: SY='Y'; M=-18,-25,-25,-30,-25, 46,-31, -2,  5,-20,  8,  2,-21,-29,-23,-16,-20,-10, -1, 15, 49,-25;
/M: SY='L'; M=-13,-26,-23,-28,-20, 19,-30,-11, 12,-23, 29, 12,-24,-28,-17,-15,-25,-10,  3, -7, 18,-19;
/M: SY='V'; M= -6,-29,-10,-32,-27,  1,-31,-25, 28,-24, 20, 17,-26,-27,-23,-22,-17, -6, 31,-26, -6,-26;
/M: SY='K'; M=-10, -1,-29, -1,  9,-29,-20, -8,-28, 42,-27, -9,  0,-11, 12, 29, -7, -6,-19,-21,-10, 10;
/M: SY='W'; M=-20,-39,-48,-40,-30, 15,-21,-29,-19,-21,-18,-19,-39,-30,-21,-20,-39,-29,-28,140, 30,-21;
/M: SY='K'; M= -7, -7,-25, -8,  3,-21,-21,-11,-16, 22,-11, -4, -7,-15,  6, 15,-10, -6,-11,-21, -9,  4;
/M: SY='G'; M= -4,  3,-29,  3,-12,-29, 49,-13,-37,-13,-30,-21, 10,-19,-14,-13,  1,-16,-30,-25,-27,-13;
/M: SY='Y'; M=-13,-21,-26,-21,-17, 15,-20, -4, -2,-16,  2, -2,-19,-26,-14,-14,-15, -8, -6, 16, 32,-17;
/M: SY='D'; M= -2, 14,-22, 18,  3,-28, -1, -4,-27, -7,-27,-21, 11, -2, -3,-12, 12,  1,-21,-35,-20, -1;
/M: SY='E'; M=-11,  9,-28, 12, 15,-19,-18, 13,-19, -2,-17,-11,  5,-13,  9, -5, -3, -9,-21,-21,  2, 10;
/I:         I=-5; MI=0; MD=-20; IM=0;
/M: SY='A'; M=  5,  1,-18,  0, -1,-16, -9,-11,-14, -3,-14,-11,  0,-11, -4, -6,  4,  1,-10,-14,-11, -2; D=-5;
/I:         DM=-20;
/M: SY='E'; M=-12, 12,-26, 20, 29,-25,-16, 22,-28,  1,-20,-15,  6, -8, 10, -3,  0,-10,-26,-28, -6, 18; D=-5;
/I:         DM=-20;
/M: SY='N'; M= -9, 11, -7,  1, -7,-17,-12,  3,-14, -9,-14, -6, 19,-13, -6, -9, -3, -6,-18,-35,-15, -7;
/M: SY='T'; M=  0, -5,-11,-11,-11,-11,-18,-12, -6,-12,-11, -8, -3,-14,-10,-11, 17, 32,  5,-32,-10,-11;
/M: SY='W'; M=-17,-34,-45,-33,-24,  3,-21,-27,-17,-19,-17,-17,-34, -9,-18,-20,-32,-22,-26,101, 16,-18;
/M: SY='E'; M=  3,  5,-24, 10, 39,-27,-14, -5,-25,  4,-20,-18,  0, -3, 12, -5,  8, -3,-22,-30,-20, 26;
/M: SY='P'; M= -6, -5,-28, -2,  1,-25,-16,-15,-21,  0,-26,-17, -4, 35, -5, -8,  3,  5,-21,-31,-21, -4;
/M: SY='E'; M= -4, -5,-26, -1, 22,-19,-17, -8,-14, -1, -9,-10, -8, -7,  3, -6, -5, -9,-13,-24,-12, 12;
/M: SY='A'; M= 11, -1,-19, -2, 10,-20,-11,-12,-15, -3,-12,-12, -3,-10, -1,-10,  6,  2, -9,-27,-17,  4;
/M: SY='N'; M=-11, 25,-22, 16,  0,-18, -8,  7,-18, -4,-20,-14, 34,-19,  1, -4,  4, -1,-23,-33,-12,  0;
/M: SY='L'; M= -9,-25,-18,-29,-19,  0,-31,-21, 23,-21, 24, 17,-23,-24,-17,-18,-21, -9, 17,-23, -4,-19;
/M: SY='K'; M= -3, -2,-24,  0,  4,-22,-14,-13,-15,  6,-15, -9, -4, -9,  0, -2, -2, -4, -9,-27,-14,  1;
/I:         I=-5; MI=0; IM=0; DM=-25; MD=-25;
/M: SY='C'; M= -2, -5, 31, -8,-15,-17,-13,-14,-22,-19,-16,-15, -8,-25,-18,-22, -5,-10,-11,-34,-18,-17;
/M: SY='P'; M= -3,-14,-28,-12, -2,-21,-18,-13,-13, -6,-14, -8,-13, 28,  0,-10, -4, -4,-17,-25,-16, -3;
/M: SY='Q'; M=-10,  0,-26,  2, 15,-27,-20, -3,-19, 11,-17, -8, -2,-12, 21, 14, -2, -4,-16,-25,-12, 17;
/M: SY='M'; M= -8,-21,-14,-24,-16, -3,-26,-13,  9,-11, 16, 17,-20,-24, -9, -8,-19, -9,  6,-20, -2,-13;
/M: SY='I'; M= -8,-27,-21,-30,-22,  3,-32,-21, 28,-23, 22, 17,-25,-25,-19,-20,-19, -7, 25,-20,  1,-22;
/M: SY='D'; M= -9,  1,-27,  4,  4,-19,-21, -9,-10,  3, -9, -7, -3,-14,  0,  0, -8, -9,-10,-24, -7,  1;
/M: SY='E'; M= -1,  8,-23,  5, 13,-21,-12,  6,-19, -1,-18,-12, 10,-12,  9, -2,  2, -6,-20,-27,-12, 10;
/M: SY='F'; M=-19,-26,-24,-32,-26, 57,-30, -5,  1,-22,  6,  0,-20,-30,-28,-16,-20,-10, -2, 16, 48,-26;
/M: SY='Y'; M=-15,-11,-22,-11,  1,  1,-25,  9,-13, -3, -8, -3,-11,-20,  5, -4,-13,-12,-17, -1, 21,  2;
/M: SY='K'; M= -7,  4,-26,  3, 17,-26,-16, -3,-25, 18,-22,-13,  6,-11, 12, 16,  0, -5,-21,-26,-14, 14;
/M: SY='R'; M=-10, -3,-26, -1, 14,-23,-17, -1,-25, 16,-20,-12,  0,-12, 10, 21, -1, -5,-20,-21,-11, 11;
/M: SY='R'; M=-13,  2,-27, -1,  4,-13,-17, 11,-21,  4,-16,-10,  8,-18,  6, 13, -6,-10,-22,-15, -1,  4;
/M: SY='Q'; M= -8, -5,-27, -5, -2,-19,-14, -6,-12,  0, -5, -3, -3,-13,  4, -1,-10,-10,-14,-24,-10,  0;
/M: SY='S'; M=  0, -4,-19, -6, -4,-16, -9, -8,-10, -8,-11, -3, -3,-14, -5,-10,  7,  7, -6,-29,-12, -5;
/M: SY='W'; M=-10,-10,-28,-10, -4, -8,-17,-13,-17,  3,-16,-11,-10,-18, -6,  1, -9, -6,-13,  9,  1, -4;
/M: SY='H'; M=-12,  0,-29,  3,  9,-20,-18, 11,-21,  5,-18, -8, -2, -5,  4,  4, -6, -8,-20,-23, -3,  4;
/M: SY='E'; M= -2, -1,-21, -2,  7,-21,-11,-10,-19,  2,-18,-12,  1, -5,  2,  0,  7,  6,-14,-28,-16,  4;
/M: SY='P'; M=-11, -3,-24, -1,  0,-20,-16, -6,-21, -2,-22,-15, -2, 12,  1, -4, -5, -6,-23,-17, -9, -1;
/M: SY='E'; M= -8, -2,-26, -1,  5,-16,-18, -9,-11, -6,-14, -9, -2,  5, -2, -8, -3, -6,-14,-28,-15,  0;
/M: SY='K'; M= -5, -1,-27, -1,  9,-22,-10, -7,-23, 14,-20,-12,  1, -7,  3,  9, -4, -8,-20,-22,-11,  5;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2014_07 which contains 546'000 sequence entries.


Total number of hits 135 in 99 different sequences
Number of true positive hits 134 in 98 different sequences
Number of 'unknown' hits
Number of false positive hits 1
Number of false negative sequences 17
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 99.26 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 88.74 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] K_Hofmann
Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 2
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] Chromo
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
98 sequences

CBX1_HUMAN  (P83916), CBX1_MOUSE  (P83917), CBX2_HUMAN  (Q14781), 
CBX2_MOUSE  (P30658), CBX3_HUMAN  (Q13185), CBX3_MOUSE  (P23198), 
CBX3_PONAB  (Q5R6X7), CBX4_HUMAN  (O00257), CBX4_MOUSE  (O55187), 
CBX5_HUMAN  (P45973), CBX5_MOUSE  (Q61686), CBX6_HUMAN  (O95503), 
CBX6_MOUSE  (Q9DBY5), CBX7_HUMAN  (O95931), CBX7_MOUSE  (Q8VDS3), 
CBX7_RAT    (P60889), CBX8_HUMAN  (Q9HC52), CBX8_MOUSE  (Q9QXV1), 
CDY1_HUMAN  (Q9Y6F8), CDY2_HUMAN  (Q9Y6F7), CDYL1_HUMAN (Q9Y232), 
CDYL2_HUMAN (Q8N8U2), CDYL2_MOUSE (Q9D5D8), CDYL_MOUSE  (Q9WTK2), 
CDYL_RAT    (Q6AYK9), CEC1_CAEEL  (P34618), CHD1_BOMMO  (A9X4T1), 
CHD1_CHICK  (B6ZLK2), CHD1_DROME  (Q7KU24), CHD1_HUMAN  (O14646), 
CHD1_MOUSE  (P40201), CHD1_YEAST  (P32657), CHD2_HUMAN  (O14647), 
CHD2_MOUSE  (E9PZM4), CHD3_CAEEL  (Q22516), CHD3_DROME  (O16102), 
CHD3_HUMAN  (Q12873), CHD4_HUMAN  (Q14839), CHD4_MOUSE  (Q6PDQ2), 
CHD5_HUMAN  (Q8TDI0), CHD5_MOUSE  (A2A8L1), CHD5_RAT    (D3ZD32), 
CHD6_HUMAN  (Q8TD26), CHD6_MOUSE  (A3KFM7), CHD6_RAT    (D3ZA12), 
CHD7_CHICK  (Q06A37), CHD7_HUMAN  (Q9P2D1), CHD7_MOUSE  (A2AJK6), 
CHD8_DANRE  (B0R0I6), CHD8_HUMAN  (Q9HCK8), CHD8_MOUSE  (Q09XV5), 
CHD8_RAT    (Q9JIX5), CHD8_XENTR  (B5DE69), CHD9_HUMAN  (Q3L8U1), 
CHD9_MOUSE  (Q8BYH8), CHDM_DROME  (O97159), CHP1_SCHPO  (Q10103), 
CHP2_SCHPO  (O42934), CLR4_SCHPO  (O60016), CMT1_ARATH  (O49139), 
CMT1_MAIZE  (Q9AXT8), CMT2_ARATH  (Q94F87), CMT2_MAIZE  (Q9ARI6), 
CMT3_ARATH  (Q94F88), CMT3_MAIZE  (Q8LPU5), ELF1_SCHPO  (O14134), 
HP1_DROME   (P05205), HP1_DROVI   (P29227), HRP1_SCHPO  (Q9US25), 
HRP3_SCHPO  (O14139), LE418_CAEEL (G5EBZ4), LHP1_ARATH  (Q946J8), 
LHP1_ORYSJ  (Q339W7), LHP1_SOLLC  (Q944N1), MPP8_HUMAN  (Q99549), 
MPP8_MOUSE  (Q3TYA6), MPP8_RAT    (G3V8T1), NEW1_YEAST  (Q08972), 
PC_DROME    (P26017), PKL_ARATH   (Q9S775), SR43C_ARATH (O22265), 
SR43C_ORYSJ (Q8LSQ2), SUV39_DROME (P45975), SUV39_DROPS (Q294B9), 
SUV91_BOVIN (Q2NL30), SUV91_HUMAN (O43463), SUV91_MOUSE (O54864), 
SUV91_PONAB (Q5RB81), SUV91_XENLA (Q6NRE8), SUV92_BOVIN (Q32PH7), 
SUV92_CHICK (Q5F3W5), SUV92_HUMAN (Q9H5I1), SUV92_MACFA (Q4R3E0), 
SUV92_MOUSE (Q9EQQ0), SUV92_XENTR (Q28CQ7), SV91A_DANRE (Q6DGD3), 
SWI6_SCHPO  (P40381), YNZ8_CAEEL  (P45968)
» More

UniProtKB/Swiss-Prot
False negative sequences
17 sequences

ESA1_ASPOR  (Q2UMQ5), ESA1_SCHPO  (O94446), ESA1_YEAST  (Q08649), 
KAT8_HUMAN  (Q9H7Z6), KAT8_MOUSE  (Q9D1P2), KAT8_RAT    (Q5XI06), 
MS3L1_HUMAN (Q8N5Y2), MS3L1_MOUSE (Q9WVG9), MS3L1_PONAB (Q5R6Y9), 
MS3L2_HUMAN (P0C860), MSL3_DROME  (P50536), MSL3_DROVI  (Q9NBL2), 
MYST1_ARATH (Q9FLF7), MYST1_ORYSJ (Q8LI34), MYST2_ARATH (Q9LXD7), 
VPRBP_HUMAN (Q9Y4B6), VPRBP_MOUSE (Q80TR8)
» More

UniProtKB/Swiss-Prot
False positive sequences
1 sequence

GENL2_ARATH (Q9M2Z3)

		
PDB
[Detailed view]
63 PDB

1AP0; 1DZ1; 1E0B; 1G6Z; 1GUW; 1KNA; 1KNE; 1PDQ; 1PFB; 1Q3L; 1S4Z; 1X32; 1X3P; 2B2T; 2B2U; 2B2V; 2B2W; 2B2Y; 2D9U; 2DNT; 2DNV; 2DY7; 2DY8; 2EE1; 2EPB; 2FMM; 2H1E; 2K1B; 2K28; 2KVM; 2L11; 2L12; 2L1B; 2MJ8; 2RSN; 2RSO; 3DM1; 3F2U; 3FDT; 3G7L; 3GV6; 3H91; 3I3C; 3I8Z; 3I90; 3I91; 3KUP; 3LWE; 3MTS; 3MWY; 3P7J; 3Q6S; 3QO2; 3R93; 3SVM; 3TZD; 4FSX; 4FT2; 4FT4; 4HAE; 4MN3; 4NW2; 4O42
» More

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission