PROSITE logo

PROSITE entry PS50013


View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission
General information about the entry

Entry name [info] CHROMO_2
Accession [info] PS50013
Entry type [info] MATRIX
Date [info] 01-NOV-1995 CREATED;
08-NOV-2023 DATA UPDATE;
29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info] PDOC00517
Associated ProRule [info] PRU00053

Name and characterization of the entry

Description [info] Chromo and chromo shadow domain profile.
Matrix / Profile [info] 
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=59;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=54;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=0.4848000; R2=0.0181000; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=3396.3852539; R2=2.6844263; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=443; H_SCORE=4586; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=333; H_SCORE=4290; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=-70; E1=-70; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

...
 
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='Y';  M=-16,-17,-26,-17,-13, 19,-27,  0, -3,-13,  4,  0,-17,-25,-12,-11,-18,-11, -6,  4, 28,-13;
/M: SY='E';  M=  3, -6,-20, -4,  9,-18,-18,-15, -7, -7,-11, -9, -9, -6, -4,-12,  3,  1,  0,-30,-17,  2;
/M: SY='V';  M=  3,-24,-21,-24,-17, -9,-23,-25,  9,-16, -1, -1,-23, -1,-19,-20,-10, -6, 14,-16,-12,-19;
/M: SY='E';  M=-10,  7,-31, 17, 53,-30,-16, -2,-30,  8,-21,-20, -1,  4, 17, -2, -1,-10,-30,-30,-21, 34;
/M: SY='R';  M=-10,  1,-24,  3,  7,-26,-17, -6,-29, 28,-24,-13,  1,-14,  7, 32, -6, -8,-19,-24,-13,  5;
/M: SY='I';  M= -9,-28,-26,-35,-27,  2,-35,-28, 36,-27, 16, 14,-21,-15,-21,-26,-17, -6, 25,-21, -2,-27;
/M: SY='L';  M= -9,-26,-22,-28,-18,  2,-31,-21, 22,-21, 29, 16,-24,-25,-17,-16,-22, -9, 15,-22, -3,-19;
/I:         I=-6; MI=0; IM=0; DM=-20; MD=-20;
/M: SY='D';  M= -4, 14,-21, 21, 10,-32,  1, -7,-31, -1,-24,-20,  5,-12,  3, -6,  1,-10,-24,-30,-20,  6;
/M: SY='A';  M=  3, -8,-15,-13, -9,-17,-12,  1,-14, -4,-12, -6, -4,-17, -6, -2,  1,  2, -7,-26, -9, -9;
/M: SY='R';  M=-11, -4,-26, -6,  2,-21,-18, -6,-20, 18,-20, -9,  2,-15,  7, 29, -1, -1,-14,-25,-11,  2;
/M: SY='B';  M= -8,  5,-22,  5, -1,-20,-11, -9,-13,  2,-15, -6,  4,-17, -5, -2, -3, -5, -6,-30,-15, -3;
/M: SY='R';  M= -5, -2,-17, -4,  0,-22,-13, -9,-19,  7,-20,-12,  1,-12,  1, 10,  0, -3,-13,-28,-16, -1;
/M: SY='R';  M=-10,  5,-22,  2,  5,-27,-11, -4,-27, 21,-27,-13,  9,-15, 10, 22,  0, -6,-22,-27,-14,  7;
/I:         I=-3; MI=0; MD=-15; IM=0;
/M: SY='G';  M= -2, -4,-25, -5,-10,-23, 40,-11,-31,-12,-25,-17,  5,-17,-11,-11,  3,-12,-25,-20,-20,-11; D=-2;
/I:         DM=-15;
/M: SY='R';  M= -9,  1,-24,  1,  4,-21, -7, -6,-19,  6,-14, -8,  3,-14,  6,  8, -4, -5,-17,-23,-13,  4; D=-2;
/I:         DM=-15;
/M: SY='L';  M=-10,-23,-21,-23,-16,  6,-25,-13,  9,-17, 16,  6,-21,-14,-16,-11,-17, -7,  6,-14,  6,-17; D=-2;
/I:         DM=-15;
/M: SY='E';  M= -9,  0,-25,  3, 22,-18,-21, -5,-13,  2,-11, -4, -5, -9, 10, -4, -3, -5,-12,-25,-12, 16; D=-2;
/I:         DM=-15;
/M: SY='Y';  M=-18,-25,-25,-30,-25, 46,-31, -2,  5,-20,  8,  2,-21,-29,-23,-16,-20,-10, -1, 15, 49,-25;
/M: SY='L';  M=-13,-26,-23,-28,-20, 19,-30,-11, 12,-23, 29, 12,-24,-28,-17,-15,-25,-10,  3, -7, 18,-19;
/M: SY='V';  M= -6,-29,-10,-32,-27,  1,-31,-25, 28,-24, 20, 17,-26,-27,-23,-22,-17, -6, 31,-26, -6,-26;
/M: SY='K';  M=-10, -1,-29, -1,  9,-29,-20, -8,-28, 42,-27, -9,  0,-11, 12, 29, -7, -6,-19,-21,-10, 10;
/M: SY='W';  M=-20,-39,-48,-40,-30, 15,-21,-29,-19,-21,-18,-19,-39,-30,-21,-20,-39,-29,-28,140, 30,-21;
/M: SY='K';  M= -7, -7,-25, -8,  3,-21,-21,-11,-16, 22,-11, -4, -7,-15,  6, 15,-10, -6,-11,-21, -9,  4;
/M: SY='G';  M= -4,  3,-29,  3,-12,-29, 49,-13,-37,-13,-30,-21, 10,-19,-14,-13,  1,-16,-30,-25,-27,-13;
/M: SY='Y';  M=-13,-21,-26,-21,-17, 15,-20, -4, -2,-16,  2, -2,-19,-26,-14,-14,-15, -8, -6, 16, 32,-17;
/M: SY='D';  M= -2, 14,-22, 18,  3,-28, -1, -4,-27, -7,-27,-21, 11, -2, -3,-12, 12,  1,-21,-35,-20, -1;
/M: SY='E';  M=-11,  9,-28, 12, 15,-19,-18, 13,-19, -2,-17,-11,  5,-13,  9, -5, -3, -9,-21,-21,  2, 10;
/I:         I=-5; MI=0; MD=-20; IM=0;
/M: SY='A';  M=  5,  1,-18,  0, -1,-16, -9,-11,-14, -3,-14,-11,  0,-11, -4, -6,  4,  1,-10,-14,-11, -2; D=-5;
/I:         DM=-20;
/M: SY='E';  M=-12, 12,-26, 20, 29,-25,-16, 22,-28,  1,-20,-15,  6, -8, 10, -3,  0,-10,-26,-28, -6, 18; D=-5;
/I:         DM=-20;
/M: SY='N';  M= -9, 11, -7,  1, -7,-17,-12,  3,-14, -9,-14, -6, 19,-13, -6, -9, -3, -6,-18,-35,-15, -7;
/M: SY='T';  M=  0, -5,-11,-11,-11,-11,-18,-12, -6,-12,-11, -8, -3,-14,-10,-11, 17, 32,  5,-32,-10,-11;
/M: SY='W';  M=-17,-34,-45,-33,-24,  3,-21,-27,-17,-19,-17,-17,-34, -9,-18,-20,-32,-22,-26,101, 16,-18;
/M: SY='E';  M=  3,  5,-24, 10, 39,-27,-14, -5,-25,  4,-20,-18,  0, -3, 12, -5,  8, -3,-22,-30,-20, 26;
/M: SY='P';  M= -6, -5,-28, -2,  1,-25,-16,-15,-21,  0,-26,-17, -4, 35, -5, -8,  3,  5,-21,-31,-21, -4;
/M: SY='E';  M= -4, -5,-26, -1, 22,-19,-17, -8,-14, -1, -9,-10, -8, -7,  3, -6, -5, -9,-13,-24,-12, 12;
/M: SY='A';  M= 11, -1,-19, -2, 10,-20,-11,-12,-15, -3,-12,-12, -3,-10, -1,-10,  6,  2, -9,-27,-17,  4;
/M: SY='N';  M=-11, 25,-22, 16,  0,-18, -8,  7,-18, -4,-20,-14, 34,-19,  1, -4,  4, -1,-23,-33,-12,  0;
/M: SY='L';  M= -9,-25,-18,-29,-19,  0,-31,-21, 23,-21, 24, 17,-23,-24,-17,-18,-21, -9, 17,-23, -4,-19;
/M: SY='K';  M= -3, -2,-24,  0,  4,-22,-14,-13,-15,  6,-15, -9, -4, -9,  0, -2, -2, -4, -9,-27,-14,  1;
/I:         I=-5; MI=0; IM=0; DM=-25; MD=-25;
/M: SY='C';  M= -2, -5, 31, -8,-15,-17,-13,-14,-22,-19,-16,-15, -8,-25,-18,-22, -5,-10,-11,-34,-18,-17;
/M: SY='P';  M= -3,-14,-28,-12, -2,-21,-18,-13,-13, -6,-14, -8,-13, 28,  0,-10, -4, -4,-17,-25,-16, -3;
/M: SY='Q';  M=-10,  0,-26,  2, 15,-27,-20, -3,-19, 11,-17, -8, -2,-12, 21, 14, -2, -4,-16,-25,-12, 17;
/M: SY='M';  M= -8,-21,-14,-24,-16, -3,-26,-13,  9,-11, 16, 17,-20,-24, -9, -8,-19, -9,  6,-20, -2,-13;
/M: SY='I';  M= -8,-27,-21,-30,-22,  3,-32,-21, 28,-23, 22, 17,-25,-25,-19,-20,-19, -7, 25,-20,  1,-22;
/M: SY='D';  M= -9,  1,-27,  4,  4,-19,-21, -9,-10,  3, -9, -7, -3,-14,  0,  0, -8, -9,-10,-24, -7,  1;
/M: SY='E';  M= -1,  8,-23,  5, 13,-21,-12,  6,-19, -1,-18,-12, 10,-12,  9, -2,  2, -6,-20,-27,-12, 10;
/M: SY='F';  M=-19,-26,-24,-32,-26, 57,-30, -5,  1,-22,  6,  0,-20,-30,-28,-16,-20,-10, -2, 16, 48,-26;
/M: SY='Y';  M=-15,-11,-22,-11,  1,  1,-25,  9,-13, -3, -8, -3,-11,-20,  5, -4,-13,-12,-17, -1, 21,  2;
/M: SY='K';  M= -7,  4,-26,  3, 17,-26,-16, -3,-25, 18,-22,-13,  6,-11, 12, 16,  0, -5,-21,-26,-14, 14;
/M: SY='R';  M=-10, -3,-26, -1, 14,-23,-17, -1,-25, 16,-20,-12,  0,-12, 10, 21, -1, -5,-20,-21,-11, 11;
/M: SY='R';  M=-13,  2,-27, -1,  4,-13,-17, 11,-21,  4,-16,-10,  8,-18,  6, 13, -6,-10,-22,-15, -1,  4;
/M: SY='Q';  M= -8, -5,-27, -5, -2,-19,-14, -6,-12,  0, -5, -3, -3,-13,  4, -1,-10,-10,-14,-24,-10,  0;
/M: SY='S';  M=  0, -4,-19, -6, -4,-16, -9, -8,-10, -8,-11, -3, -3,-14, -5,-10,  7,  7, -6,-29,-12, -5;
/M: SY='W';  M=-10,-10,-28,-10, -4, -8,-17,-13,-17,  3,-16,-11,-10,-18, -6,  1, -9, -6,-13,  9,  1, -4;
/M: SY='H';  M=-12,  0,-29,  3,  9,-20,-18, 11,-21,  5,-18, -8, -2, -5,  4,  4, -6, -8,-20,-23, -3,  4;
/M: SY='E';  M= -2, -1,-21, -2,  7,-21,-11,-10,-19,  2,-18,-12,  1, -5,  2,  0,  7,  6,-14,-28,-16,  4;
/M: SY='P';  M=-11, -3,-24, -1,  0,-20,-16, -6,-21, -2,-22,-15, -2, 12,  1, -4, -5, -6,-23,-17, -9, -1;
/M: SY='E';  M= -8, -2,-26, -1,  5,-16,-18, -9,-11, -6,-14, -9, -2,  5, -2, -8, -3, -6,-14,-28,-15,  0;
/M: SY='K';  M= -5, -1,-27, -1,  9,-22,-10, -7,-23, 14,-20,-12,  1, -7,  3,  9, -4, -8,-20,-22,-11,  5;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» more

Post-processing [info]

COMPETES_HIT_WITH PS52032

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2024_06 which contains 572'619 sequence entries.


Total number of hits 150 in 111 different sequences
Number of true positive hits 149 in 110 different sequences
Number of 'unknown' hits 0
Number of false positive hits 1
Number of false negative sequences 4
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 99.33 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 97.39 %

Comments [info]

Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 2
Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] K_Hofmann
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] Chromo
Version [info] 6

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences		 110 sequences 

CBX1_HUMAN  (P83916), CBX1_MOUSE  (P83917), CBX2_HUMAN  (Q14781), 

CBX2_MOUSE  (P30658), CBX3_HUMAN  (Q13185), CBX3_MOUSE  (P23198), 
CBX3_PONAB  (Q5R6X7), CBX4_HUMAN  (O00257), CBX4_MOUSE  (O55187), 
CBX5_HUMAN  (P45973), CBX5_MOUSE  (Q61686), CBX6_HUMAN  (O95503), 
CBX6_MOUSE  (Q9DBY5), CBX7_HUMAN  (O95931), CBX7_MOUSE  (Q8VDS3), 
CBX7_RAT(P60889), CBX8_HUMAN  (Q9HC52), CBX8_MOUSE  (Q9QXV1), 
CBXH1_CAEEL (G5EET5), CBXH2_CAEEL (G5EDE2), CDY1_HUMAN  (Q9Y6F8), 
CDY2_HUMAN  (Q9Y6F7), CDYL2_HUMAN (Q8N8U2), CDYL2_MOUSE (Q9D5D8), 
CDYL_HUMAN  (Q9Y232), CDYL_MOUSE  (Q9WTK2), CDYL_RAT(Q6AYK9), 
CEC1_CAEEL  (P34618), CEC3_CAEEL  (P45968), CEC4_CAEEL  (Q19972), 
CHD1_BOMMO  (A9X4T1), CHD1_CHICK  (B6ZLK2), CHD1_DROME  (Q7KU24), 
CHD1_HUMAN  (O14646), CHD1_MOUSE  (P40201), CHD1_YEAST  (P32657), 
CHD2_HUMAN  (O14647), CHD2_MOUSE  (E9PZM4), CHD3_CAEEL  (Q22516), 
CHD3_DROME  (O16102), CHD3_HUMAN  (Q12873), CHD4_HUMAN  (Q14839), 
CHD4_MOUSE  (Q6PDQ2), CHD5_HUMAN  (Q8TDI0), CHD5_MOUSE  (A2A8L1), 
CHD5_RAT(D3ZD32), CHD6_HUMAN  (Q8TD26), CHD6_MOUSE  (A3KFM7), 
CHD6_RAT(D3ZA12), CHD7_CHICK  (Q06A37), CHD7_HUMAN  (Q9P2D1), 
CHD7_MOUSE  (A2AJK6), CHD8_DANRE  (B0R0I6), CHD8_HUMAN  (Q9HCK8), 
CHD8_MOUSE  (Q09XV5), CHD8_RAT(Q9JIX5), CHD8_XENTR  (B5DE69), 
CHD9_HUMAN  (Q3L8U1), CHD9_MOUSE  (Q8BYH8), CHDM_DROME  (O97159), 
CHP1_SCHPO  (Q10103), CHP2_SCHPO  (O42934), CHR4_ARATH  (F4KBP5), 
CHR5_ARATH  (F4IV99), CHR7_ARATH  (F4JTF6), CLR4_SCHPO  (O60016), 
CMT1_ARATH  (O49139), CMT1_MAIZE  (Q9AXT8), CMT1_ORYSJ  (A0A0P0VUY4), 
CMT2_ARATH  (Q94F87), CMT2_MAIZE  (Q9ARI6), CMT2_ORYSJ  (Q5KQL9), 
CMT3_ARATH  (Q94F88), CMT3_MAIZE  (Q8LPU5), CMT3_ORYSJ  (C0SQ89), 
DMT5_CRYNH  (J9VI03), ELF1_SCHPO  (O14134), HP1_DROME   (P05205), 
HP1_DROVI   (P29227), HRP1_SCHPO  (Q9US25), HRP3_SCHPO  (O14139), 
LE418_CAEEL (G5EBZ4), LHP1_ARATH  (Q946J8), LHP1_ORYSJ  (Q339W7), 
LHP1_SOLLC  (Q944N1), MPP8_HUMAN  (Q99549), MPP8_MOUSE  (Q3TYA6), 
MPP8_RAT(G3V8T1), NEW1_YEAST  (Q08972), PC_DROME(P26017), 
PKL_ARATH   (Q9S775), RHINO_DROME (Q7JXA8), SR43C_ARATH (O22265), 
SR43C_ORYSJ (Q8LSQ2), SUV39_DROME (P45975), SUV39_DROPS (Q294B9), 
SUV91_BOVIN (Q2NL30), SUV91_HUMAN (O43463), SUV91_MOUSE (O54864), 
SUV91_PONAB (Q5RB81), SUV91_XENLA (Q6NRE8), SUV92_BOVIN (Q32PH7), 
SUV92_CHICK (Q5F3W5), SUV92_HUMAN (Q9H5I1), SUV92_MACFA (Q4R3E0), 
SUV92_MOUSE (Q9EQQ0), SUV92_XENTR (Q28CQ7), SV91A_DANRE (Q6DGD3), 
SWI6_CRYNH  (J9VQZ0), SWI6_SCHPO  (P40381)
» more

UniProtKB/Swiss-Prot
False negative sequences		 4 sequences 

DCAF1_HUMAN (Q9Y4B6), DCAF1_MOUSE (Q80TR8), MSL3_DROME  (P50536), 

MSL3_DROVI  (Q9NBL2)
» more

UniProtKB/Swiss-Prot
False positive sequences		 1 sequence 

GENL2_ARATH (Q9M2Z3)


				
	

	

		PDB
[Detailed view]		
		
			125 PDB
			


			1AP0; 1DZ1; 1E0B; 1G6Z; 1GUW; 1KNA; 1KNE; 1PDQ; 1PFB; 1Q3L; 1S4Z; 1X32; 
			
				1X3P; 1X3Q; 2B2T; 2B2U; 2B2V; 2B2W; 2B2Y; 2D9U; 2DNT; 2DNV; 2DY7; 2DY8; 
				2EE1; 2EPB; 2FMM; 2H1E; 2HUG; 2K1B; 2K28; 2KVM; 2L11; 2L12; 2L1B; 2MJ8; 
				2N88; 2RSN; 2RSO; 2RVL; 2RVM; 2RVN; 3DEO; 3DEP; 3DM1; 3F2U; 3FDT; 3G7L; 
				3GV6; 3H91; 3I3C; 3I8Z; 3I90; 3I91; 3KUP; 3LWE; 3MTS; 3MWY; 3P7J; 3Q6S; 
				3QO2; 3R93; 3SVM; 3TZD; 3UI2; 4FSX; 4FT2; 4FT4; 4HAE; 4MN3; 4NW2; 4O42; 
				4O9I; 4QUC; 4QUF; 4U68; 4X3K; 4X3S; 4X3T; 4X3U; 5AFW; 5E4W; 5E4X; 5EJW; 
				5EPJ; 5EPK; 5EPL; 5EQ0; 5JJZ; 5O9G; 5T1G; 5T1I; 6ASZ; 6AT0; 6D07; 6D08; 
				6FTX; 6G0L; 6GUU; 6HW2; 6MHA; 6Q3M; 6RYR; 6RYU; 6S47; 6V2D; 6V2H; 6V2R; 
				6V2S; 6V3N; 6V41; 6V8W; 7M5U; 7N27; 7NKX; 7R76; 7R77; 7R78; 7T02; 7TN2; 
				7UBU; 7VYW; 7VZ2; 8SII; 8SP6
			
			

			» more