Entry: PS50032

Forthcoming changes to the profile format
General information about the entry

Entry name [info] KA1
Accession [info] PS50032
Entry type [info] MATRIX
Date [info] JUN-2006 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); JUL-2014 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC50032
Associated ProRule [info] PRU00565

Name and characterization of the entry

Description [info] Kinase associated domain 1 (KA1) profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=50;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=45;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.1002729; R2=0.0181136; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=2252.86284; R2=13.85287; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=365; N_SCORE=8.7; H_SCORE=6346; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=243; N_SCORE=6.5; H_SCORE=5630; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-9; D=-20; I=-20; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='S'; M=  4,  4,-22,  5, -2,-25,  2, -7,-23, -5,-20,-15,  3, -9, -3, -9,  7, -1,-17,-29,-17, -3;
/M: SY='D'; M= -7, -1,-25,  5, -1,-20, -9,-14,-12,-10, -9, -9, -6, -7, -8,-13, -5, -6, -8,-29,-16, -5;
/M:         M= -5, -6,-24, -8, -7,-12, -5,-11,-12, -7, -9, -5, -3,-14, -4, -7, -4, -7,-11,-23,-11, -6;
/M: SY='S'; M= -3, -4,-24, -4,  0,-20,  0,-13,-20, -7,-15,-13, -1, -3, -6, -7,  2, -1,-17,-27,-18, -4;
/M: SY='G'; M= -4,  2,-25,  3,  2,-27,  7,-10,-28,  1,-26,-17,  4, -5, -1, -1,  5, -3,-22,-28,-20,  0;
/M: SY='S'; M=  1, -2,-21, -3,  3,-19,-14, -2,-13, -8,-12, -7, -2, -5,  1,-10,  4,  3,-11,-29,-13,  1;
/M: SY='V'; M=  2,-15,-19,-17, -9,-11,-20,-19,  3,-13, -1, -2,-13, -6,-13,-14, -2,  2,  6,-28,-14,-12;
/M: SY='V'; M= -4,-28,-16,-30,-26,  1,-29,-24, 28,-23, 20, 17,-26,-27,-22,-20,-15, -4, 32,-26, -6,-25;
/M: SY='K'; M=-11, -2,-28, -3, 10,-22,-20,  4,-26, 25,-22, -9,  0,-13, 11, 23, -7, -8,-20,-21, -6,  9;
/M: SY='F'; M=-19,-31,-24,-40,-30, 66,-29,-22, -2,-28,  6, -2,-23,-30,-37,-20,-22,-12, -2, 29, 28,-29;
/M: SY='E'; M= -9, 11,-28, 19, 52,-29,-17,  0,-29,  8,-21,-20,  5, -2, 17, -1,  3, -7,-29,-31,-20, 35;
/M: SY='I'; M= -9,-29,-24,-36,-27,  5,-34,-25, 37,-27, 25, 22,-23,-24,-20,-24,-21, -9, 25,-20,  0,-26;
/M: SY='E'; M=-12,  0,-29,  4, 29,-19,-22, 11,-22,  2,-14, -8, -3,-10, 22,  0, -5,-11,-25,-21, -5, 25;
/M: SY='I'; M= -6,-30,-18,-33,-27,  3,-33,-27, 33,-26, 24, 16,-27,-27,-24,-23,-18, -6, 33,-24, -4,-27;
/M: SY='C'; M= -9,-21, 19,-25,-24,  2,-29,-16, -2,-15, -5, -4,-20,-30,-22,-16,-11, -3,  9,-19,  7,-24;
/M: SY='K'; M=-10, -3,-28, -3,  7,-27,-20, -7,-25, 35,-24, -8, -1,-12, 14, 28, -7, -6,-17,-21,-10, 10;
/M: SY='V'; M= -4,-19,-15,-23,-21, -1,-25,-21, 17,-20, 15,  9,-17,-24,-19,-17, -9,  4, 21,-27, -7,-20;
/M: SY='P'; M=-11, -8,-33, -2, 15,-28,-19, -8,-25,  9,-25,-16, -7, 29,  8,  9, -5, -9,-26,-27,-20,  8;
/M: SY='R'; M=-12,  0,-27,  0,  5,-18,-13, -7,-14,  2, -9, -8,  2,-17, -1,  9, -8, -9,-14,-26,-13,  1;
/M: SY='L'; M= -8,-11,-22, -9, -4, -8,-18,-14, -2,-13,  4,  0,-12,-11,-11,-13,-10, -6, -1,-26,-11, -8;
/M: SY='G'; M= -6, -1,-25, -2, -6,-20,  9, -4,-25, -1,-23,-14,  4,-14, -6, -4,  2, -4,-20,-22, -9, -7;
/M: SY='L'; M= -8,-21,-23,-23,-18,  4,-18,-11,  7,-19, 19,  7,-18,-26,-16,-15,-19,-10,  1,-12, 10,-18;
/I:         I=-5; MD=-27;
/M: SY='L'; M= -6,-13,-21,-16,-12, -4,-20,  1,  0,-11,  5,  2, -7,-23, -9, -3,-10, -6,  0,-20,  2,-12; D=-5;
/I:         I=-5; MI=0; MD=-27; IM=0; DM=-27;
/M: SY='G'; M=  0, -9,-20, -9,-15,-18, 38,-15,-22,-15,-17,-12, -3,-16,-15,-15,  1,-11,-14,-17,-20,-15; D=-5;
/I:         I=-5; DM=-27;
/M: SY='I'; M= -7,-30,-20,-33,-26,  3,-33,-25, 33,-26, 27, 19,-26,-26,-22,-23,-20, -7, 28,-23, -3,-26;
/M: SY='D'; M=-16, 14,-28, 20,  9,-28,-16, 11,-28,  5,-20,-13,  7,-14, 12, 12, -2, -6,-23,-29,-10,  8;
/M: SY='F'; M=-16,-27,-22,-33,-23, 37,-30,-18,  8,-21, 18,  8,-20,-27,-25, -9,-21,-10,  4, -6, 13,-23;
/M: SY='K'; M=-12,  0,-29, -2,  9,-29,-19,  2,-24, 25,-21, -6,  3,-14, 24, 25, -6,-10,-23,-22, -9, 16;
/M: SY='R'; M=-18, -8,-30, -8,  2,-22,-20, -2,-30, 34,-22,-10,  0,-18, 10, 62,-10,-10,-20,-20,-10,  2;
/M: SY='I'; M= -7,-27,-21,-31,-24,  0,-31,-23, 29,-20, 21, 19,-24,-25,-19,-19,-19, -7, 25,-23, -3,-23;
/M: SY='S'; M=  2, -1,-12, -1,  2,-22, -6,-11,-23,  0,-23,-16,  2,-13, -1,  0, 14,  5,-14,-32,-18,  0;
/M: SY='G'; M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='D'; M= -9, 16,-26, 17,  3,-27, -7, -6,-24, -5,-28,-21, 16, 15, -4,-11,  6,  1,-25,-36,-22, -2;
/M: SY='T'; M=  5, -7,-19,-11, -3,-17,-13, -8,-11, -7,-10, -4, -5,-11,  7, -8,  7,  9,-10,-22, -7,  1;
/M: SY='W'; M=-16,-31,-33,-33,-25, 22,-25,-20, -3,-23,  3, -4,-29,-29,-21,-19,-27,-17,-11, 60, 25,-21;
/M: SY='Q'; M= -3,-10,-23,-11, -5,-16,-17, -4, -2,-11,  4,  5, -9,-19,  6,-10, -9, -9, -5,-23, -8,  0;
/M: SY='Y'; M=-20,-24,-26,-29,-24, 51,-30,  3,  0,-19,  4,  0,-20,-30,-23,-14,-20,-10, -6, 21, 59,-24;
/M: SY='K'; M=-12,-12,-27,-12, -2,-12,-23,-11,-13, 17, -2,  0,-10,-18,  2, 17,-16,-10,-11,-19, -5, -1;
/M: SY='D'; M=-12, 14,-25, 15, 11,-18,-15, -4,-23,  2,-20,-14, 10, -7,  0,  0,  1, -1,-20,-29,-14,  5;
/M: SY='L'; M=-10,-29,-21,-33,-25, 11,-32,-22, 28,-27, 32, 20,-26,-27,-21,-22,-24, -9, 19,-19,  1,-24;
/M: SY='C'; M= 12,-19, 24,-27,-22, -7,-20,-23, -4,-20, -6, -6,-18,-25,-21,-23, -5, -5,  8,-26,-11,-22;
/M: SY='S'; M=  3,  3,-19,  4,  9,-24,-12,-10,-20,  4,-21,-14,  2,-10,  5, -2, 12,  7,-12,-30,-16,  7;
/M: SY='Q'; M=  5, -2,-24, -3,  4,-25,-10, -1,-21,  6,-15, -9, -2,-13,  9,  8, -2, -8,-16,-23,-12,  5;
/M: SY='I'; M=-12,-30,-27,-39,-29, 20,-37,-27, 35,-30, 21, 15,-21,-23,-25,-27,-21,-10, 21,-13,  7,-29;
/M: SY='L'; M= -5,-22,-19,-24,-16,  2,-24,-10, 11,-24, 28, 14,-20,-25,-14,-17,-16, -6,  5,-24, -2,-15;
/M: SY='R'; M= -8,  6,-23,  4,  3,-18,-15, -3,-21,  5,-20,-13,  9,-14,  2, 10,  4,  3,-16,-28,-11,  1;
/M: SY='E'; M= -8,  6,-26,  9, 19,-21,-13, -3,-24,  6,-19,-12,  3,-10, 10,  3,  1, -7,-21,-26,-14, 15;
/M: SY='L'; M= -8,-22,  1,-24,-19,  1,-27,-19,  8,-26, 30, 12,-24,-29,-19,-20,-23,-10,  4,-26, -7,-19;
/M: SY='R'; M=-12,  0,-28,  0, 11,-26,-10, -3,-28, 20,-23,-12,  4,-13, 12, 26, -3, -7,-23,-23,-14, 10;
/M: SY='L'; M= -1,-27,-17,-29,-22,  6,-22,-22, 15,-24, 27, 13,-26,-27,-22,-20,-19, -7, 16,-21, -4,-21;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2014_08 which contains 546'238 sequence entries.


Total number of hits 28 in 28 different sequences
Number of true positive hits 28 in 28 different sequences
Number of 'unknown' hits
Number of false positive hits
Number of false negative sequences 0
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] N_Hulo
Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 1
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] KA1
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
28 sequences

AMPKA_DICDI (Q54YF2), KIN10_ARATH (Q38997), KIN11_ARATH (P92958), 
KIN1_SCHPO  (P22987), KIN1_YEAST  (P13185), KIN2_YEAST  (P13186), 
MARK1_HUMAN (Q9P0L2), MARK1_MOUSE (Q8VHJ5), MARK1_RAT   (O08678), 
MARK2_HUMAN (Q7KZI7), MARK2_MOUSE (Q05512), MARK2_RAT   (O08679), 
MARK3_HUMAN (P27448), MARK3_MOUSE (Q03141), MARK3_RAT   (Q8VHF0), 
MARK4_HUMAN (Q96L34), MARK4_MOUSE (Q8CIP4), MELK_DANRE  (F1QGZ6), 
MELK_HUMAN  (Q14680), MELK_MOUSE  (Q61846), MELK_XENLA  (Q91821), 
MELK_XENTR  (Q28GW8), MRKA_DICDI  (Q54DF2), MRKB_DICDI  (Q54MV2), 
MRKC_DICDI  (Q54TA3), PAR1_CAEBR  (A8WYE4), PAR1_CAEEL  (Q9TW45), 
RKIN1_SECCE (Q02723)
» More

PDB
[Detailed view]
3 PDB

1UL7; 1V5S; 3OSE

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission