To improve security and privacy, we are moving our web pages and services from HTTP to HTTPS.
To give users of web services time to transition to HTTPS, we will support separate HTTP and HTTPS services until the end of 2017.
From January 2018 most HTTP traffic will be automatically redirected to HTTPS. [more...]
View this page in https
Entry: PS50033

General information about the entry

Entry name [info] UBX
Accession [info] PS50033
Entry type [info] MATRIX
Date [info] 01-MAY-2003 CREATED; 10-MAY-2017 DATA UPDATE; 27-SEP-2017 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info] PDOC50033
Associated ProRule [info] PRU00215

Name and characterization of the entry

Description [info] UBX domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=80;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=75;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=0.9019000; R2=0.0219416; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=3905.3808594; R2=5.4853559; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=370; H_SCORE=5935; N_SCORE=9.0; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=256; H_SCORE=5310; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=-50; E1=-50; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='P'; M=-10,  0,-27,  5,  5,-22,-18,-11,-18,  0,-16,-13, -3, 10, -3, -4, -4, -3,-16,-30,-17,  0;
/M: SY='A'; M= 10, -6,-22, -6, -1,-22, -7, -7,-19, -1,-15,-11, -5, -3, -3, -2,  1, -6,-14,-25,-16, -4;
/M: SY='S'; M=  3, -7,-22, -6,  5,-20,-11, -9,-12, -3,-17,-10, -4, -7,  4, -8,  6, -1,-10,-25,-12,  4;
/M: SY='D'; M= -7,  6,-26,  9,  5,-24,-10,-11,-18, -7,-22,-17,  4,  9, -5,-12,  3, -2,-16,-33,-20, -1;
/M: SY='V'; M= -3,-10,-19,-11, -8,-11,-23,-15,  1, -6, -5, -3,-11,-18, -8, -7, -2,  6,  9,-24, -6, -9;
/M: SY='C'; M= -1,-12, 38,-20,-19,-14,-23,-24,-12,-20,-13,-12,-10,-23,-18,-20,  6, 14,  0,-38,-19,-19;
/M: SY='R'; M= -7, -2,-21, -5, -2,-17,-15, -8,-18, 10,-17,-10,  5,-16,  0, 18,  4,  5,-11,-28,-12, -2;
/M: SY='I'; M= -8,-30,-23,-35,-27,  3,-35,-27, 36,-28, 28, 18,-25,-25,-22,-25,-21, -8, 27,-22, -2,-27;
/M: SY='Q'; M= -4, -4,-15, -6,  9,-33,-18,  0,-22,  9,-19, -5, -3,-14, 34, 12, -2, -9,-23,-23,-13, 21;
/M: SY='I'; M= -9,-30,-22,-36,-28, 11,-34,-27, 34,-27, 21, 15,-24,-26,-25,-24,-19, -7, 28,-19,  1,-28;
/M: SY='R'; M=-19, -9,-30, -9,  1,-21,-20, -1,-30, 33,-21,-10,  0,-19, 10, 65,-10,-10,-20,-20,-10,  1;
/M: SY='L'; M=-11,-25,-11,-29,-21, 17,-28,-16, 10,-25, 27, 15,-23,-28,-20,-18,-21, -4,  5,-15,  7,-20;
/M: SY='P'; M=  4,-14,-31,-10,  0,-27,-11,-19,-19, -9,-24,-17,-14, 51, -9,-18, -3, -5,-22,-27,-26, -7;
/M: SY='D'; M=-14, 39,-25, 47, 16,-32, -7,  1,-32,  0,-29,-26, 27,-12,  1, -7,  7, -4,-28,-39,-20,  9;
/M: SY='G'; M= -1,-10,-30,-10,-19,-29, 63,-19,-39,-16,-29,-19,  0,-20,-18,-13, -1,-19,-29,-20,-29,-19;
/M: SY='S'; M=  0, -1,-20, -3,  0,-20, -2, -7,-22,  2,-23,-14,  5,-13,  2,  2, 12,  5,-16,-25,-11,  1;
/M: SY='R'; M=-12, -8,-23,-10, -4,-14,-19,  1,-20,  9,-16, -8, -1,-18,  4, 29,  0,  3,-12,-24, -7, -2;
/M: SY='L'; M=-12,-19,-24,-20,-13, 10,-28,-18,  9,-19, 23,  8,-19,-24,-17,-15,-21,-10,  3,-17,  1,-15;
/M: SY='V'; M= -5,-15,-20,-17, -9,-13,-24,-15,  7, -6, -3,  6,-13,-18, -1, -5, -4,  1, 11,-26, -9, -6;
/M: SY='R'; M=-14, -3,-27, -6,  3,-21,-19,  4,-18, 10,-15, -6,  4,-17, 13, 28, -5, -8,-18,-24, -9,  5;
/M: SY='R'; M= -9, -4,-26, -5,  7,-23,-19,  1,-26, 21,-20,-10,  0,-14, 10, 32, -4, -3,-18,-23,-10,  6;
/M: SY='F'; M=-19,-29,-12,-39,-30, 74,-30,-21, -2,-30,  8, -1,-20,-31,-39,-21,-19,-10, -1,  6, 26,-30;
/M: SY='N'; M=-11,  6,-25,  2, -2,-18,-14, -5,-15, -1,-13,-11, 12, -2, -4,  2, -4, -5,-19,-31,-16, -4;
/M: SY='S'; M=  7, -5,-20, -7, -2,-21,-10, -7,-18,  1,-20,-13,  0,  1, -2, -2,  8,  1,-14,-28,-16, -3;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-30; IM=0; DM=-30;
/M: SY='S'; M= -2,  4,-17,  1,  1,-17,-11, -3,-15, -8,-15,-11,  9,-14,  1, -8, 15, 12,-12,-33,-13,  1;
/M: SY='E'; M= -8, 11,-26, 16, 17,-22,-16, 13,-23, -3,-15,-13,  5,-12,  4, -7, -2, -6,-21,-27, -6,  9;
/M: SY='P'; M= -3, -5,-24, -3, -2,-22,-16,-14,-18,  2,-21,-14, -4, 13, -5,  0,  5,  8,-13,-29,-18, -5;
/M: SY='I'; M= -5,-26,-19,-30,-24,  1,-30,-23, 26,-23, 20, 16,-22,-24,-19,-21,-14, -2, 24,-25, -5,-23;
/M: SY='Q'; M=-11,  1,-26,  0, 11,-25,-17,  7,-22, 10,-18, -8,  6,-14, 20, 18, -1, -7,-22,-26,-11, 14;
/M: SY='D'; M= -9,  3,-22,  5,  3,-12,-20,-13,-11, -4, -7, -9, -3,-15, -6, -8, -2,  4, -7,-27,-10, -2;
/M: SY='V'; M= -3,-29,-18,-31,-25,  4,-30,-24, 26,-24, 23, 13,-27,-27,-23,-21,-18, -5, 28,-21, -1,-25;
/M: SY='Y'; M=-17,-21,-29,-23,-17, 12,-27, -4, -5, -2, -5, -3,-16,-26,-10, 12,-17,-11, -5, 12, 26,-16;
/M: SY='B'; M= -2, 12,-23, 10, 12,-24, -6, -3,-20,  0,-18,-12, 12,-12,  5, -5,  4, -5,-20,-30,-17,  8;
/M: SY='F'; M=-17,-29,-26,-33,-26, 38,-28,-11,  2,-23,  4,  0,-23,-29,-26,-18,-22,-13,  0, 26, 28,-25;
/M: SY='V'; M= -4,-26, -7,-31,-26, -2,-30,-20, 23,-23, 14, 13,-23,-26,-21,-22,-15, -6, 25,-27, -6,-25;
/M: SY='D'; M= -2,  2,-21,  4,  1,-17,-15, -8,-17,  2,-17,-12, -1,-14, -3,  1,  4,  4, -8,-25, -7, -2;
/I:         I=-3; MD=-17;
/M: SY='S'; M=  3, -3,-12, -3, -4,-14,  1, -9,-11, -8,-11, -8,  0,-10, -2, -8, 10,  4, -6,-21,-12, -3; D=-3;
/I:         I=-3; MI=0; MD=-17; IM=0; DM=-17;
/M: SY='Q'; M= -4, -1,-19, -1,  6,-16,-12,  7,-13, -2,-14, -7,  1, -4, 10, -3,  2, -3,-14,-19, -4,  7; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-17;
/M: SY='R'; M= -1, -4,-21,-10, -3,-10,-15, -7,-13,  7,-12, -3,  1,-15, -2, 11, -4, -4,-10,-20, -9, -3; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-17;
/M: SY='P'; M=-10, -3,-19, -2, -1,-20,-14,-13,-14, -7,-13,-11, -3,  4, -8, -9, -8, -9,-15,-30,-18, -6;
/M: SY='G'; M= -4, -9,-26,-10, -6,-13, 11, -9,-18,-12,-16,-12, -5,-17, -9,-14, -1, -5,-16,-14, -1, -9;
/M: SY='D'; M= -7,  4,-23,  5, -5, -6, -6, -7,-17,-11,-15,-10,  2,-17, -7,-13,  1, -5,-14,-21, -4, -6;
/M: SY='E'; M=  3,  1,-26,  4,  7,-26, -4,  1,-25, -7,-22,-16, -2,  7, -2,-12,  2, -6,-21,-29,-17,  1;
/M: SY='D'; M= -7,  4,-28,  5, -1,-24,  0, -7,-24,  3,-23,-14,  4,-15,  2, -3, -3,-10,-21,-15,-10,  0;
/M: SY='S'; M= -7,  1,-15,  1,  1,-19,-12, -7,-20,  3,-19, -9,  0,-14,  2,  1,  5,  4,-14,-26, -9,  1;
/M: SY='P'; M= -6, -7,-26, -7,  0,-11,-16,-10,-15, -8,-17,-13, -3, 17, -7, -9, -1, -1,-18,-24,-11, -5;
/M: SY='F'; M=-18,-24,-23,-30,-22, 51,-29,-11, -2,-17,  3,  0,-18,-27,-24,-13,-18, -9, -2,  8, 32,-21;
/M: SY='T'; M= -4, -6,-19, -7, -1,-13,-18,-10,-12,  2,-11, -7, -4,-14,  0, -1,  5,  9, -7,-24, -5, -1;
/M: SY='L'; M=-12,-30,-21,-33,-23, 23,-31,-21, 18,-30, 40, 16,-27,-29,-24,-21,-27,-10,  9,-14,  6,-23;
/M: SY='N'; M= -5,  1,-19, -7, -9,-12,-16,  5, -4,-11, -6, -1,  9,-19, -3, -9,  0,  2, -6,-30, -8, -7;
/M: SY='Q'; M= -7, -3,-20, -5, -1,-13,-17, -4,-15, -1,-15, -6, -1,-14, 10,  4,  7, 10,-13,-22, -4,  4;
/M: SY='S'; M=  4,  0,-22, -2, -4,-24,  3, -6,-21, -9,-21,-12,  2, -1, -3,-12,  7,  0,-17,-29,-18, -5;
/M: SY='F'; M=-16,-24,-24,-31,-23, 34,-30, -8,  8,-21,  6,  4,-16,-25,-21,-13,-17,-10,  4, -5, 18,-22;
/M: SY='P'; M=-11,-18,-39, -9,  1,-29,-20,-18,-21, -4,-29,-19,-18, 78, -8,-12,-10,-10,-29,-29,-28, -8;
/M: SY='R'; M=-13, -9,-28,-10, -2,-14,-12, -7,-22, 11,-18,-10, -1,-12,  0, 29, -6, -9,-17,-21,-11, -4;
/I:         I=-5; MD=-26;
/M: SY='R'; M= -7, -6,-24, -5,  0,-21,-18, -9,-20, 23,-18, -8, -4,-15,  2, 29, -7, -7, -9,-21,-11, -1; D=-5;
/I:         I=-5; MI=0; MD=-26; IM=0; DM=-26;
/M: SY='T'; M=  0, -1,-12, -3, -1,-10,-11, -9, -3, -1, -7, -4, -1, -7, -3, -5,  2,  4, -2,-16, -7, -2; D=-5;
/I:         I=-5; DM=-26;
/M: SY='F'; M= -7,-13,-14,-16,-12, 12,-18,-15, -2,-14,  0, -3,-11,  0,-16,-12, -4,  8, -1,-12, -1,-13; D=-5;
/I:         I=-5; DM=-26;
/M: SY='T'; M= -7,-12,-21,-13, -4,-11,-22,-14, -6, -4,  4, -1,-11,-11, -4, -1, -6,  6, -6,-25, -9, -4;
/M:         M= -5, -3,-27, -4, -3,-17,-19, -4, -7, -6, -6, -5, -3,-17, -2, -6, -9,-10, -9,-15, -6, -4;
/M: SY='S'; M= -1,  0,-12, -2, -4,-10,-15,-11,-14, -7,-13,-12,  0,-16, -8,-10,  6,  5, -8,-26, -9, -6;
/M: SY='D'; M=-15, 35,-28, 47, 22,-35, -7, -1,-35,  3,-28,-26, 17, -9,  3, -6,  2, -8,-28,-36,-20, 12;
/M: SY='L'; M= -6, -6,-24, -3,  1,-11,-15, -9, -7,-11,  2, -2,-12,-12, -7,-14,-11, -9, -8,-20, -4, -4;
/M: SY='D'; M= -7, 11,-23, 12,  8,-23, -7, -6,-22,  3,-19,-15, 11,-13,  0, -2,  4, -3,-19,-32,-16,  4;
/M: SY='K'; M= -3, -3,-25, -5,  3,-26,-11,  1,-23, 17,-21, -5, -1,-13, 12, 12, -1, -5,-18,-23,-10,  7;
/M: SY='T'; M= -1, -3,-16, -9, -8,-13,-17,-16, -8, -9,-11, -9,  2, -7, -8,-10, 13, 25, -4,-31,-12, -9;
/M: SY='L'; M=-13,-29,-22,-33,-24, 25,-32,-19, 19,-29, 33, 14,-25,-28,-24,-21,-25,-10, 10,-10, 12,-24;
/M: SY='E'; M= -3, -1,-26,  3, 11,-23,-18, -9,-16,  4,-10, -8, -6, -5,  6, -3, -6, -8,-14,-25,-14,  8;
/M: SY='D'; M=-12, 23,-27, 33, 31,-34,-15,  0,-31,  4,-24,-20,  8, -7, 15, -4,  4, -5,-27,-33,-18, 23;
/M: SY='A'; M= 11,-14,-16,-19,-15, -8,-10,-19,  2,-18,  7,  0,-11,-19,-14,-18, -3,  1,  3,-24,-12,-15;
/M: SY='G'; M= -8, 12,-28, 13,  8,-30, 19, -6,-33, -1,-28,-19, 13,-14,  0, -6,  1,-12,-29,-28,-22,  4;
/M: SY='L'; M=-12,-31,-25,-34,-24, 17,-32,-23, 21,-29, 32, 14,-27,-28,-23,-22,-27,-12, 10, -3,  6,-24;
/M: SY='A'; M=  2,-16,-20,-20,-14, -7,-15,-20,  0,-14,  1, -1,-14,-11,-12,-14, -5,  2,  2,-22,-10,-13;
/M: SY='P'; M= -3,  2,-24, -3, -5,-20,-11, -9,-13, -7,-21,-11,  9, 19, -7,-12,  3,  0,-17,-32,-21, -7;
/M: SY='R'; M= -2,  1,-20,  2,  7,-24,-11, -7,-24,  9,-25,-15,  5,-11,  7, 13, 13,  5,-16,-30,-16,  6;
/M: SY='T'; M=  6, -8,-16,-12, -3,-14,-16,-15, -5, -8, -7, -5, -7,-14, -6, -7,  7, 10,  1,-28,-13, -5;
/M: SY='I'; M=  1,-19,-17,-24,-17, -5,-24,-19, 14,-18, 13, 11,-18,-21,-11,-17, -8,  2, 14,-24, -7,-14;
/M: SY='L'; M= -7,-19,-21,-18,-14, -4,-25,-18, 12,-21, 20,  8,-20,-18,-13,-17,-15, -6,  9,-25, -7,-14;
/M: SY='F'; M=-10,-24,-22,-27,-16, 15,-30,-19, 15,-21, 14,  8,-20,-24,-15,-17,-16, -8, 12,-15,  3,-15;
/M: SY='L'; M= -9,-20,-19,-21,-10,  4,-27,-17,  5,-14, 16,  5,-19,-23,-14, -6,-14, -2,  8,-22, -4,-12;
/I:         E1=0;
» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2017_09 which contains 555'594 sequence entries.


Total number of hits 86 in 84 different sequences
Number of true positive hits 86 in 84 different sequences
Number of 'unknown' hits 0
Number of false positive hits 0
Number of false negative sequences 1
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 98.85 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] K_Hofmann
Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 2
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] UBX
Version [info] 5

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
84 sequences

ASPC1_HUMAN (Q9BZE9    ), ASPC1_MOUSE (Q8VBT9    ), FAF1_HUMAN  (Q9UNN5    ), 
FAF1_MOUSE  (P54731    ), FAF1_RAT    (Q924K2    ), FAF2A_XENLA (Q6AZH6    ), 
FAF2B_XENLA (Q6GQ69    ), FAF2_BOVIN  (Q2HJD0    ), FAF2_HUMAN  (Q96CS3    ), 
FAF2_MOUSE  (Q3TDN2    ), FAF2_RAT    (Q5BK32    ), FAF2_XENTR  (Q28BP9    ), 
NSF1C_BOVIN (Q3SZC4    ), NSF1C_CHICK (Q5ZK10    ), NSF1C_DICDI (Q54BQ5    ), 
NSF1C_HUMAN (Q9UNZ2    ), NSF1C_MOUSE (Q9CZ44    ), NSF1C_PONAB (Q5RBG3    ), 
NSF1C_RAT   (O35987    ), PUX10_ARATH (Q9M0N1    ), PUX11_ARATH (Q9ZW74    ), 
PUX12_ARATH (Q9LUG7    ), PUX13_ARATH (Q9C5G7    ), PUX14_ARATH (P0DKI4    ), 
PUX15_ARATH (Q94HV8    ), PUX16_ARATH (P0DKI5    ), PUX1_ARATH  (Q9LK22    ), 
PUX2_ARATH  (Q9ZU93    ), PUX3_ARATH  (Q9SUG6    ), PUX4_ARATH  (Q8RWU7    ), 
PUX5_ARATH  (Q7Y175    ), PUX6_ARATH  (F4IXN6    ), PUX7_ARATH  (Q94JZ8    ), 
PUX8_ARATH  (F4JPR7    ), PUX9_ARATH  (Q4V3D3    ), UBX10_DANRE (Q0P3Z8    ), 
UBX10_HUMAN (Q96LJ8    ), UBX10_MOUSE (Q8BG34    ), UBX11_HUMAN (Q5T124    ), 
UBX11_MOUSE (Q9D572    ), UBX11_RAT   (Q8R512    ), UBX1A_XENLA (Q6IP50    ), 
UBX1B_XENLA (Q6GLV4    ), UBX1_EMENI  (P0C8Q0    ), UBX1_YEAST  (P34223    ), 
UBX2A_HUMAN (P68543    ), UBX2A_MOUSE (Q99KJ0    ), UBX2B_CHICK (Q5ZLK2    ), 
UBX2B_HUMAN (Q14CS0    ), UBX2B_MOUSE (Q0KL01    ), UBX2B_RAT   (P0C627    ), 
UBX2B_XENLA (Q0P3R5    ), UBX2_SCHPO  (O14048    ), UBX3_SCHPO  (Q9UT81    ), 
UBX3_YEAST  (Q12229    ), UBX4_SCHPO  (Q9P7L2    ), UBX4_YEAST  (P54730    ), 
UBX5_YEAST  (Q06682    ), UBX6_YEAST  (P47049    ), UBX7_YEAST  (P38349    ), 
UBXN1_BOVIN (Q32KW2    ), UBXN1_DANRE (Q6NXA9    ), UBXN1_HUMAN (Q04323    ), 
UBXN1_MOUSE (Q922Y1    ), UBXN1_RAT   (Q499N6    ), UBXN1_XENTR (Q6GL77    ), 
UBXN4_BOVIN (Q3ZBU9    ), UBXN4_CAEEL (P34631    ), UBXN4_HUMAN (Q92575    ), 
UBXN4_MOUSE (Q8VCH8    ), UBXN4_PONAB (Q5R4I3    ), UBXN4_RAT   (Q5HZY0    ), 
UBXN6_BOVIN (Q2KIJ6    ), UBXN6_HUMAN (Q9BZV1    ), UBXN6_MOUSE (Q99PL6    ), 
UBXN7_DICDI (Q55BU7    ), UBXN7_HUMAN (O94888    ), UBXN7_MOUSE (Q6P5G6    ), 
UBXN7_PONAB (Q5REY7    ), UBXN8_BOVIN (Q2TBH5    ), UBXN8_HUMAN (O00124    ), 
UBXN8_MOUSE (Q9QZ49    ), UCP10_SCHPO (O74498    ), Y8260_DICDI (Q55GW8    )
» more

UniProtKB/Swiss-Prot
False negative sequences
1 sequence

UBX2_YEAST  (Q04228    )

		
PDB
[Detailed view]
16 PDB

1H8C; 1I42; 1JRU; 1S3S; 1WJ4; 2CR5; 2DZK; 2KXJ; 3QC8; 3QCA; 3QQ8; 3QWZ; 3QX1; 3R3M; 5IFS; 5IFW
» more

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission