Entry: PS50033

Forthcoming changes to the profile format
General information about the entry

Entry name [info] UBX
Accession [info] PS50033
Entry type [info] MATRIX
Date [info] MAY-2003 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); JUL-2014 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC50033
Associated ProRule [info] PRU00215

Name and characterization of the entry

Description [info] UBX domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=80;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=75;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=0.9019; R2=0.02194156; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=3005.11737; R2=22.85446; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=370; N_SCORE=9.0; H_SCORE=10410; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=255; N_SCORE=6.5; H_SCORE=8833; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=-50; E1=-50; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='P'; M=-10,  0,-27,  5,  5,-22,-18,-11,-18,  0,-16,-13, -3, 10, -3, -4, -4, -3,-16,-30,-17,  0;
/M: SY='A'; M= 10, -6,-22, -6, -1,-22, -7, -7,-19, -1,-15,-11, -5, -3, -3, -2,  1, -6,-14,-25,-16, -4;
/M: SY='S'; M=  3, -7,-22, -6,  5,-20,-11, -9,-12, -3,-17,-10, -4, -7,  4, -8,  6, -1,-10,-25,-12,  4;
/M: SY='D'; M= -7,  6,-26,  9,  5,-24,-10,-11,-18, -7,-22,-17,  4,  9, -5,-12,  3, -2,-16,-33,-20, -1;
/M: SY='V'; M= -3,-10,-19,-11, -8,-11,-23,-15,  1, -6, -5, -3,-11,-18, -8, -7, -2,  6,  9,-24, -6, -9;
/M: SY='C'; M= -1,-12, 38,-20,-19,-14,-23,-24,-12,-20,-13,-12,-10,-23,-18,-20,  6, 14,  0,-38,-19,-19;
/M: SY='R'; M= -7, -2,-21, -5, -2,-17,-15, -8,-18, 10,-17,-10,  5,-16,  0, 18,  4,  5,-11,-28,-12, -2;
/M: SY='I'; M= -8,-30,-23,-35,-27,  3,-35,-27, 36,-28, 28, 18,-25,-25,-22,-25,-21, -8, 27,-22, -2,-27;
/M: SY='Q'; M= -4, -4,-15, -6,  9,-33,-18,  0,-22,  9,-19, -5, -3,-14, 34, 12, -2, -9,-23,-23,-13, 21;
/M: SY='I'; M= -9,-30,-22,-36,-28, 11,-34,-27, 34,-27, 21, 15,-24,-26,-25,-24,-19, -7, 28,-19,  1,-28;
/M: SY='R'; M=-19, -9,-30, -9,  1,-21,-20, -1,-30, 33,-21,-10,  0,-19, 10, 65,-10,-10,-20,-20,-10,  1;
/M: SY='L'; M=-11,-25,-11,-29,-21, 17,-28,-16, 10,-25, 27, 15,-23,-28,-20,-18,-21, -4,  5,-15,  7,-20;
/M: SY='P'; M=  4,-14,-31,-10,  0,-27,-11,-19,-19, -9,-24,-17,-14, 51, -9,-18, -3, -5,-22,-27,-26, -7;
/M: SY='D'; M=-14, 39,-25, 47, 16,-32, -7,  1,-32,  0,-29,-26, 27,-12,  1, -7,  7, -4,-28,-39,-20,  9;
/M: SY='G'; M= -1,-10,-30,-10,-19,-29, 63,-19,-39,-16,-29,-19,  0,-20,-18,-13, -1,-19,-29,-20,-29,-19;
/M: SY='S'; M=  0, -1,-20, -3,  0,-20, -2, -7,-22,  2,-23,-14,  5,-13,  2,  2, 12,  5,-16,-25,-11,  1;
/M: SY='R'; M=-12, -8,-23,-10, -4,-14,-19,  1,-20,  9,-16, -8, -1,-18,  4, 29,  0,  3,-12,-24, -7, -2;
/M: SY='L'; M=-12,-19,-24,-20,-13, 10,-28,-18,  9,-19, 23,  8,-19,-24,-17,-15,-21,-10,  3,-17,  1,-15;
/M: SY='V'; M= -5,-15,-20,-17, -9,-13,-24,-15,  7, -6, -3,  6,-13,-18, -1, -5, -4,  1, 11,-26, -9, -6;
/M: SY='R'; M=-14, -3,-27, -6,  3,-21,-19,  4,-18, 10,-15, -6,  4,-17, 13, 28, -5, -8,-18,-24, -9,  5;
/M: SY='R'; M= -9, -4,-26, -5,  7,-23,-19,  1,-26, 21,-20,-10,  0,-14, 10, 32, -4, -3,-18,-23,-10,  6;
/M: SY='F'; M=-19,-29,-12,-39,-30, 74,-30,-21, -2,-30,  8, -1,-20,-31,-39,-21,-19,-10, -1,  6, 26,-30;
/M: SY='N'; M=-11,  6,-25,  2, -2,-18,-14, -5,-15, -1,-13,-11, 12, -2, -4,  2, -4, -5,-19,-31,-16, -4;
/M: SY='S'; M=  7, -5,-20, -7, -2,-21,-10, -7,-18,  1,-20,-13,  0,  1, -2, -2,  8,  1,-14,-28,-16, -3;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-30; IM=0; DM=-30;
/M: SY='S'; M= -2,  4,-17,  1,  1,-17,-11, -3,-15, -8,-15,-11,  9,-14,  1, -8, 15, 12,-12,-33,-13,  1;
/M: SY='E'; M= -8, 11,-26, 16, 17,-22,-16, 13,-23, -3,-15,-13,  5,-12,  4, -7, -2, -6,-21,-27, -6,  9;
/M: SY='P'; M= -3, -5,-24, -3, -2,-22,-16,-14,-18,  2,-21,-14, -4, 13, -5,  0,  5,  8,-13,-29,-18, -5;
/M: SY='I'; M= -5,-26,-19,-30,-24,  1,-30,-23, 26,-23, 20, 16,-22,-24,-19,-21,-14, -2, 24,-25, -5,-23;
/M: SY='Q'; M=-11,  1,-26,  0, 11,-25,-17,  7,-22, 10,-18, -8,  6,-14, 20, 18, -1, -7,-22,-26,-11, 14;
/M: SY='D'; M= -9,  3,-22,  5,  3,-12,-20,-13,-11, -4, -7, -9, -3,-15, -6, -8, -2,  4, -7,-27,-10, -2;
/M: SY='V'; M= -3,-29,-18,-31,-25,  4,-30,-24, 26,-24, 23, 13,-27,-27,-23,-21,-18, -5, 28,-21, -1,-25;
/M: SY='Y'; M=-17,-21,-29,-23,-17, 12,-27, -4, -5, -2, -5, -3,-16,-26,-10, 12,-17,-11, -5, 12, 26,-16;
/M: SY='B'; M= -2, 12,-23, 10, 12,-24, -6, -3,-20,  0,-18,-12, 12,-12,  5, -5,  4, -5,-20,-30,-17,  8;
/M: SY='F'; M=-17,-29,-26,-33,-26, 38,-28,-11,  2,-23,  4,  0,-23,-29,-26,-18,-22,-13,  0, 26, 28,-25;
/M: SY='V'; M= -4,-26, -7,-31,-26, -2,-30,-20, 23,-23, 14, 13,-23,-26,-21,-22,-15, -6, 25,-27, -6,-25;
/M: SY='D'; M= -2,  2,-21,  4,  1,-17,-15, -8,-17,  2,-17,-12, -1,-14, -3,  1,  4,  4, -8,-25, -7, -2;
/I:         I=-3; MD=-17;
/M: SY='S'; M=  3, -3,-12, -3, -4,-14,  1, -9,-11, -8,-11, -8,  0,-10, -2, -8, 10,  4, -6,-21,-12, -3; D=-3;
/I:         I=-3; MI=0; MD=-17; IM=0; DM=-17;
/M: SY='Q'; M= -4, -1,-19, -1,  6,-16,-12,  7,-13, -2,-14, -7,  1, -4, 10, -3,  2, -3,-14,-19, -4,  7; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-17;
/M: SY='R'; M= -1, -4,-21,-10, -3,-10,-15, -7,-13,  7,-12, -3,  1,-15, -2, 11, -4, -4,-10,-20, -9, -3; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-17;
/M: SY='P'; M=-10, -3,-19, -2, -1,-20,-14,-13,-14, -7,-13,-11, -3,  4, -8, -9, -8, -9,-15,-30,-18, -6;
/M: SY='G'; M= -4, -9,-26,-10, -6,-13, 11, -9,-18,-12,-16,-12, -5,-17, -9,-14, -1, -5,-16,-14, -1, -9;
/M: SY='D'; M= -7,  4,-23,  5, -5, -6, -6, -7,-17,-11,-15,-10,  2,-17, -7,-13,  1, -5,-14,-21, -4, -6;
/M: SY='E'; M=  3,  1,-26,  4,  7,-26, -4,  1,-25, -7,-22,-16, -2,  7, -2,-12,  2, -6,-21,-29,-17,  1;
/M: SY='D'; M= -7,  4,-28,  5, -1,-24,  0, -7,-24,  3,-23,-14,  4,-15,  2, -3, -3,-10,-21,-15,-10,  0;
/M: SY='S'; M= -7,  1,-15,  1,  1,-19,-12, -7,-20,  3,-19, -9,  0,-14,  2,  1,  5,  4,-14,-26, -9,  1;
/M: SY='P'; M= -6, -7,-26, -7,  0,-11,-16,-10,-15, -8,-17,-13, -3, 17, -7, -9, -1, -1,-18,-24,-11, -5;
/M: SY='F'; M=-18,-24,-23,-30,-22, 51,-29,-11, -2,-17,  3,  0,-18,-27,-24,-13,-18, -9, -2,  8, 32,-21;
/M: SY='T'; M= -4, -6,-19, -7, -1,-13,-18,-10,-12,  2,-11, -7, -4,-14,  0, -1,  5,  9, -7,-24, -5, -1;
/M: SY='L'; M=-12,-30,-21,-33,-23, 23,-31,-21, 18,-30, 40, 16,-27,-29,-24,-21,-27,-10,  9,-14,  6,-23;
/M: SY='N'; M= -5,  1,-19, -7, -9,-12,-16,  5, -4,-11, -6, -1,  9,-19, -3, -9,  0,  2, -6,-30, -8, -7;
/M: SY='Q'; M= -7, -3,-20, -5, -1,-13,-17, -4,-15, -1,-15, -6, -1,-14, 10,  4,  7, 10,-13,-22, -4,  4;
/M: SY='S'; M=  4,  0,-22, -2, -4,-24,  3, -6,-21, -9,-21,-12,  2, -1, -3,-12,  7,  0,-17,-29,-18, -5;
/M: SY='F'; M=-16,-24,-24,-31,-23, 34,-30, -8,  8,-21,  6,  4,-16,-25,-21,-13,-17,-10,  4, -5, 18,-22;
/M: SY='P'; M=-11,-18,-39, -9,  1,-29,-20,-18,-21, -4,-29,-19,-18, 78, -8,-12,-10,-10,-29,-29,-28, -8;
/M: SY='R'; M=-13, -9,-28,-10, -2,-14,-12, -7,-22, 11,-18,-10, -1,-12,  0, 29, -6, -9,-17,-21,-11, -4;
/I:         I=-5; MD=-26;
/M: SY='R'; M= -7, -6,-24, -5,  0,-21,-18, -9,-20, 23,-18, -8, -4,-15,  2, 29, -7, -7, -9,-21,-11, -1; D=-5;
/I:         I=-5; MI=0; MD=-26; IM=0; DM=-26;
/M: SY='T'; M=  0, -1,-12, -3, -1,-10,-11, -9, -3, -1, -7, -4, -1, -7, -3, -5,  2,  4, -2,-16, -7, -2; D=-5;
/I:         I=-5; DM=-26;
/M: SY='F'; M= -7,-13,-14,-16,-12, 12,-18,-15, -2,-14,  0, -3,-11,  0,-16,-12, -4,  8, -1,-12, -1,-13; D=-5;
/I:         I=-5; DM=-26;
/M: SY='T'; M= -7,-12,-21,-13, -4,-11,-22,-14, -6, -4,  4, -1,-11,-11, -4, -1, -6,  6, -6,-25, -9, -4;
/M:         M= -5, -3,-27, -4, -3,-17,-19, -4, -7, -6, -6, -5, -3,-17, -2, -6, -9,-10, -9,-15, -6, -4;
/M: SY='S'; M= -1,  0,-12, -2, -4,-10,-15,-11,-14, -7,-13,-12,  0,-16, -8,-10,  6,  5, -8,-26, -9, -6;
/M: SY='D'; M=-15, 35,-28, 47, 22,-35, -7, -1,-35,  3,-28,-26, 17, -9,  3, -6,  2, -8,-28,-36,-20, 12;
/M: SY='L'; M= -6, -6,-24, -3,  1,-11,-15, -9, -7,-11,  2, -2,-12,-12, -7,-14,-11, -9, -8,-20, -4, -4;
/M: SY='D'; M= -7, 11,-23, 12,  8,-23, -7, -6,-22,  3,-19,-15, 11,-13,  0, -2,  4, -3,-19,-32,-16,  4;
/M: SY='K'; M= -3, -3,-25, -5,  3,-26,-11,  1,-23, 17,-21, -5, -1,-13, 12, 12, -1, -5,-18,-23,-10,  7;
/M: SY='T'; M= -1, -3,-16, -9, -8,-13,-17,-16, -8, -9,-11, -9,  2, -7, -8,-10, 13, 25, -4,-31,-12, -9;
/M: SY='L'; M=-13,-29,-22,-33,-24, 25,-32,-19, 19,-29, 33, 14,-25,-28,-24,-21,-25,-10, 10,-10, 12,-24;
/M: SY='E'; M= -3, -1,-26,  3, 11,-23,-18, -9,-16,  4,-10, -8, -6, -5,  6, -3, -6, -8,-14,-25,-14,  8;
/M: SY='D'; M=-12, 23,-27, 33, 31,-34,-15,  0,-31,  4,-24,-20,  8, -7, 15, -4,  4, -5,-27,-33,-18, 23;
/M: SY='A'; M= 11,-14,-16,-19,-15, -8,-10,-19,  2,-18,  7,  0,-11,-19,-14,-18, -3,  1,  3,-24,-12,-15;
/M: SY='G'; M= -8, 12,-28, 13,  8,-30, 19, -6,-33, -1,-28,-19, 13,-14,  0, -6,  1,-12,-29,-28,-22,  4;
/M: SY='L'; M=-12,-31,-25,-34,-24, 17,-32,-23, 21,-29, 32, 14,-27,-28,-23,-22,-27,-12, 10, -3,  6,-24;
/M: SY='A'; M=  2,-16,-20,-20,-14, -7,-15,-20,  0,-14,  1, -1,-14,-11,-12,-14, -5,  2,  2,-22,-10,-13;
/M: SY='P'; M= -3,  2,-24, -3, -5,-20,-11, -9,-13, -7,-21,-11,  9, 19, -7,-12,  3,  0,-17,-32,-21, -7;
/M: SY='R'; M= -2,  1,-20,  2,  7,-24,-11, -7,-24,  9,-25,-15,  5,-11,  7, 13, 13,  5,-16,-30,-16,  6;
/M: SY='T'; M=  6, -8,-16,-12, -3,-14,-16,-15, -5, -8, -7, -5, -7,-14, -6, -7,  7, 10,  1,-28,-13, -5;
/M: SY='I'; M=  1,-19,-17,-24,-17, -5,-24,-19, 14,-18, 13, 11,-18,-21,-11,-17, -8,  2, 14,-24, -7,-14;
/M: SY='L'; M= -7,-19,-21,-18,-14, -4,-25,-18, 12,-21, 20,  8,-20,-18,-13,-17,-15, -6,  9,-25, -7,-14;
/M: SY='F'; M=-10,-24,-22,-27,-16, 15,-30,-19, 15,-21, 14,  8,-20,-24,-15,-17,-16, -8, 12,-15,  3,-15;
/M: SY='L'; M= -9,-20,-19,-21,-10,  4,-27,-17,  5,-14, 16,  5,-19,-23,-14, -6,-14, -2,  8,-22, -4,-12;
/I:         E1=0;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2014_08 which contains 546'238 sequence entries.


Total number of hits 68 in 68 different sequences
Number of true positive hits 68 in 68 different sequences
Number of 'unknown' hits
Number of false positive hits
Number of false negative sequences 1
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 98.55 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] K_Hofmann
Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 1
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] UBX
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
68 sequences

ASPC1_HUMAN (Q9BZE9), ASPC1_MOUSE (Q8VBT9), FAF1_HUMAN  (Q9UNN5), 
FAF1_MOUSE  (P54731), FAF1_RAT    (Q924K2), FAF2A_XENLA (Q6AZH6), 
FAF2B_XENLA (Q6GQ69), FAF2_BOVIN  (Q2HJD0), FAF2_HUMAN  (Q96CS3), 
FAF2_MOUSE  (Q3TDN2), FAF2_RAT    (Q5BK32), FAF2_XENTR  (Q28BP9), 
NSF1C_BOVIN (Q3SZC4), NSF1C_CHICK (Q5ZK10), NSF1C_DICDI (Q54BQ5), 
NSF1C_HUMAN (Q9UNZ2), NSF1C_MOUSE (Q9CZ44), NSF1C_PONAB (Q5RBG3), 
NSF1C_RAT   (O35987), UBAX1_ARATH (Q7Y175), UBX10_HUMAN (Q96LJ8), 
UBX10_MOUSE (Q8BG34), UBX11_HUMAN (Q5T124), UBX11_MOUSE (Q9D572), 
UBX11_RAT   (Q8R512), UBX1A_XENLA (Q6IP50), UBX1B_XENLA (Q6GLV4), 
UBX1_EMENI  (P0C8Q0), UBX1_YEAST  (P34223), UBX2A_HUMAN (P68543), 
UBX2A_MOUSE (Q99KJ0), UBX2B_CHICK (Q5ZLK2), UBX2B_HUMAN (Q14CS0), 
UBX2B_MOUSE (Q0KL01), UBX2B_RAT   (P0C627), UBX2B_XENLA (Q0P3R5), 
UBX2_SCHPO  (O14048), UBX3_SCHPO  (Q9UT81), UBX3_YEAST  (Q12229), 
UBX4_SCHPO  (Q9P7L2), UBX4_YEAST  (P54730), UBX5_YEAST  (Q06682), 
UBX6_YEAST  (P47049), UBX7_YEAST  (P38349), UBXN1_BOVIN (Q32KW2), 
UBXN1_DANRE (Q6NXA9), UBXN1_HUMAN (Q04323), UBXN1_MOUSE (Q922Y1), 
UBXN1_RAT   (Q499N6), UBXN1_XENTR (Q6GL77), UBXN4_BOVIN (Q3ZBU9), 
UBXN4_CAEEL (P34631), UBXN4_HUMAN (Q92575), UBXN4_MOUSE (Q8VCH8), 
UBXN4_PONAB (Q5R4I3), UBXN4_RAT   (Q5HZY0), UBXN6_BOVIN (Q2KIJ6), 
UBXN6_HUMAN (Q9BZV1), UBXN6_MOUSE (Q99PL6), UBXN7_DICDI (Q55BU7), 
UBXN7_HUMAN (O94888), UBXN7_MOUSE (Q6P5G6), UBXN7_PONAB (Q5REY7), 
UBXN8_BOVIN (Q2TBH5), UBXN8_HUMAN (O00124), UBXN8_MOUSE (Q9QZ49), 
UCP10_SCHPO (O74498), Y8260_DICDI (Q55GW8)
» More

UniProtKB/Swiss-Prot
False negative sequences
1 sequence

UBX2_YEAST  (Q04228)

		
PDB
[Detailed view]
14 PDB

1H8C; 1I42; 1JRU; 1S3S; 1WJ4; 2CR5; 2DZK; 2KXJ; 3QC8; 3QCA; 3QQ8; 3QWZ; 3QX1; 3R3M
» More

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission