Entry: PS50046

Forthcoming changes to the profile format
General information about the entry

Entry name [info] PHYTOCHROME_2
Accession [info] PS50046
Entry type [info] MATRIX
Date [info] NOV-1997 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); JUN-2014 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC00218

Name and characterization of the entry

Description [info] Phytochrome chromophore attachment site domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=158;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=153;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=.2839; R2=.01537269; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=-24454.73464; R2=58.58354; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=534; N_SCORE=8.5; H_SCORE=31610; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=404; N_SCORE=6.5; H_SCORE=-786; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=-50; E1=-50; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='N'; M= -7, 29,-18, 20,  1,-21, -5,  0,-21, -3,-26,-20, 36,-15, -2, -5, 14, 11,-22,-38,-18,  0;
/M: SY='I'; M= -6,-23,-21,-28,-20,  0,-26,-19, 23,-24, 21, 17,-18,-22,-14,-20,-12, -4, 13,-24, -4,-18;
/M: SY='R'; M=-13,  7,-28,  6, 20,-25,-16,  0,-28, 21,-23,-15, 11,-12, 11, 29, -3, -8,-25,-27,-15, 14;
/M: SY='D'; M=-15, 13,-28, 22, 19,-28,-18, -1,-24,  3,-12,-12,  2,-12, 13,  4, -6,-10,-23,-29,-14, 16;
/M: SY='L'; M= -8,-24,-18,-30,-23, 13,-30,-24, 18,-24, 19,  9,-21,-24,-23,-20,-13,  3, 18,-19,  1,-23;
/M: SY='C'; M=-13,-26, 18,-30,-25, 18,-30,-17, -1,-27, 15,  2,-24,-33,-25,-21,-21,-10, -1,-15, 10,-25;
/M: SY='D'; M=-18, 32,-30, 46, 14,-30,-15,  5,-31,  0,-24,-21, 11,-13,  8, -7, -3,-10,-27,-26, -4, 10;
/M: SY='T'; M=  4,-14,-13,-20,-17, -8,-21,-23,  9,-16, -3, -1,-11,-17,-16,-17,  7, 17, 17,-29,-11,-17;
/M: SY='I'; M=  3,-21,-18,-28,-22, -4,-26,-23, 22,-20, 11, 13,-19,-20,-17,-20, -8,  3, 21,-24, -7,-21;
/M: SY='V'; M=  8,-27,-10,-28,-27, -3,-25,-28, 24,-18,  7,  7,-27,-27,-27,-20, -7,  0, 42,-28,-12,-27;
/M: SY='E'; M= -9,  5,-27,  9, 35,-30,-20, -1,-24, 11,-19,-12,  0, -5, 25,  4,  2, -1,-25,-27,-15, 30;
/M: SY='E'; M= -8, 12,-27, 22, 49,-30,-17, -1,-30,  7,-22,-21,  3, -2, 16, -2,  5, -6,-27,-32,-20, 32;
/M: SY='V'; M=  6,-27,-13,-30,-27, -3,-27,-28, 27,-20,  8,  8,-25,-25,-25,-22, -8, -2, 39,-27,-10,-27;
/M: SY='R'; M=-16,-10,-27,-11, -1,-12,-19, -2,-25, 19,-18, -9, -1,-19,  9, 48, -6, -7,-18,-19, -7,  1;
/M: SY='E'; M=-13, -3,-28,  0,  9,-20,-23, -6, -9,  1, -4, -4, -5,-15,  9,  8,-10,-10,-12,-24,-10,  7;
/M: SY='F'; M= -4,-26,-18,-32,-22, 25,-24,-17,  9,-24, 25, 14,-23,-26,-22,-19,-19, -8,  5,-11,  6,-20;
/M: SY='T'; M= -5,-14,-15,-19,-15, -1,-25,-20,  4,-19, 18,  4,-14,-19,-15,-15, -3, 22,  5,-25, -5,-15;
/M: SY='G'; M= -3, -1,-29, -4,-12,-29, 46,-14,-35, -6,-30,-18,  9,-18,-12, -9,  0,-15,-28,-23,-25,-12;
/M: SY='Y'; M= -3,-18,-19,-23,-20, 18,-24, -5,  2,-14,  0, -1,-17,-24,-17,-14, -8,  2,  4,  1, 30,-20;
/M: SY='D'; M=-20, 50,-30, 70, 20,-40,-10,  0,-40,  0,-30,-30, 20,-10,  0,-10,  0,-10,-30,-40,-20, 10;
/M: SY='R'; M=-20,-10,-30,-10,  0,-20,-20,  0,-30, 30,-20,-10,  0,-20, 10, 70,-10,-10,-20,-20,-10,  0;
/M: SY='V'; M=  0,-30,-10,-30,-30,  0,-30,-30, 30,-20, 10, 10,-30,-30,-30,-20,-10,  0, 50,-30,-10,-30;
/M: SY='M'; M= -9,-20,-22,-27,-18, -5,-25,-11, 18, -5, 11, 35,-18,-20, -6, -8,-17, -9, 14,-21, -3,-13;
/M: SY='V'; M=  1,-28,-16,-31,-25,  1,-29,-26, 26,-23, 21, 12,-26,-26,-24,-22,-15, -4, 31,-25, -7,-25;
/M: SY='Y'; M=-20,-21,-29,-23,-21, 37,-30, 14,  0,-13,  1,  0,-20,-30,-14,-11,-20,-10, -9, 27, 73,-21;
/M: SY='K'; M=-13, -3,-30, -3,  8,-28,-20, -5,-29, 41,-26, -9,  0,-13, 15, 40, -9,-10,-21,-20,-10, 10;
/M: SY='F'; M=-20,-30,-20,-40,-30, 80,-30,-20,  0,-30, 10,  0,-20,-30,-40,-20,-20,-10,  0, 10, 30,-30;
/M: SY='H'; M= -8, 19,-25, 20,  4,-26,-11, 39,-28, -6,-23,-13, 17,-16,  3, -6, -1,-11,-25,-33, -4,  1;
/M: SY='E'; M=  5,  4,-21,  8, 31,-25,-11, -6,-24,  1,-22,-18,  2, -5,  9, -6, 14,  1,-19,-32,-20, 20;
/M: SY='D'; M=-14, 33,-26, 41, 13,-33,-12,  0,-30,  0,-25,-21, 19,-11,  7, -6,  4,  1,-25,-35,-17, 10;
/M: SY='W'; M=-13,  1,-35,  4, -3,-18,  7,-13,-30,-10,-26,-22, -1,-19, -8,-13,-11,-17,-30, 24, -7, -4;
/M: SY='H'; M=  0, -2,-21, -3, -2,-20,-11, 48,-24,-10,-22, -8,  7,-15,  4, -6,  8, -5,-19,-32,  2, -2;
/M: SY='G'; M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='E'; M=-10, 12,-27, 19, 38,-30,-19, -2,-27,  6,-20,-17,  3, -4, 19, -1,  3, -1,-25,-30,-17, 28;
/M: SY='V'; M=  0,-30,-10,-30,-30,  0,-30,-30, 30,-20, 10, 10,-30,-30,-30,-20,-10,  0, 50,-30,-10,-30;
/M: SY='I'; M= -5,-30,-19,-34,-28,  2,-34,-28, 36,-25, 20, 15,-26,-26,-25,-24,-17, -5, 36,-25, -5,-28;
/M: SY='A'; M= 27,-10,-10,-16,-11,-15, -8,-20, -6,-12,-11, -9, -8,-13,-11,-17, 14, 11,  6,-27,-17,-11;
/M: SY='E'; M=-10, 10,-30, 20, 60,-30,-20,  0,-30, 10,-20,-20,  0,  0, 20,  0,  0,-10,-30,-30,-20, 40;
/M: SY='S'; M=  8, -3, -3, -4, -7,-19,-11,-16,-10,-13,-17,-13, -1,-16, -9,-16, 15,  6, -1,-35,-18, -9;
/M: SY='K'; M= -8,-12, -8,-14,-11,-15,-24, -2, -9,  4,-12, -3,-10,-21, -8,  4, -7, -2,  3,-28, -7,-11;
/M: SY='R'; M= -5,  6,-24, -1, -1,-21,-11, -1,-24, 17,-23,-13, 17,-17,  4, 30, -1, -5,-20,-26,-15, -1;
/I:         MD=-17;
/M: SY='E'; M=-10, 11,-24, 17, 18,-24,-12, -2,-25,  5,-22,-17,  7,  2,  5,  6,  2, -5,-22,-27,-16, 11; D=-3;
/I:         MD=-17;
/M: SY='D'; M= -1, 19,-18, 26,  5,-24,  3, -5,-23, -4,-18,-17,  7, -8, -4,-10,  2, -6,-16,-23,-15,  1; D=-3;
/I:         MD=-17;
/M: SY='L'; M=  2,-16,-12,-19,-12,  0,-14,-10,  9,-13, 19, 18,-16,-16, -8,-12,-12, -5,  5,-14, -3,-10; D=-3;
/I:         MD=-17;
/M: SY='E'; M= -7,  1,-19,  6, 29,-15,-15, -3,-13,  1, -3, -8, -5, -5,  8, -3, -5, -7,-15,-19,-11, 18; D=-3;
/I:         MD=-17;
/M: SY='P'; M= -7,-14,-28, -7,  0,-21,-14,-14,-14, -7,-21,-14,-14, 63, -7,-14, -7, -7,-21,-21,-21, -7; D=-3;
/I:         I=-5; MI=0; MD=-17; IM=0; DM=-17;
/M: SY='Y'; M=-12,-15,-19,-15,-14, 18,-21,  8,  3,-10,  8,  3,-15,-21, -9, -9,-15, -7, -4, 13, 43,-14; D=-3;
/I:         DM=-17;
/M: SY='L'; M= -7,-21,-15,-22,-15,  6,-22,-15, 18,-21, 31, 14,-20,-20,-14,-15,-20, -7, 10,-14,  0,-15; D=-3;
/I:         DM=-17;
/M: SY='G'; M=  0, -7,-21, -7,-14,-21, 49,-14,-28,-14,-21,-14,  0,-14,-14,-14,  0,-14,-21,-14,-21,-14; D=-3;
/I:         DM=-17;
/M: SY='L'; M= -7,-21,-14,-21,-14,  7,-21,-14, 14,-21, 35, 14,-21,-21,-14,-14,-21, -7,  7,-14,  0,-14; D=-3;
/I:         DM=-17;
/M: SY='H'; M=-17,  6,-30,  9,  0,-25, -4, 66,-33,-10,-23, -8, 10,-19,  4, -5, -7,-19,-30,-30,  6, -2;
/M: SY='Y'; M=-20,-23,-27,-26,-23, 45,-30,  8,  0,-16,  3,  0,-20,-30,-19,-13,-20,-10, -7, 24, 65,-23;
/M: SY='P'; M= -8,-18,-13,-12, -4,-28,-20,-21,-21,-13,-29,-20,-17, 62,-12,-21, -6, -7,-25,-34,-29,-12;
/M: SY='A'; M= 15, -9,-19,-12,  0,-20,-13,-14,-12,  6,-13, -8, -9,-13, -3,  4, -1, -4, -2,-23,-15, -2;
/M: SY='T'; M=  9,  0,-13, -4,  4,-17,-11,-14,-16, -7,-17,-14,  1, -8, -3,-10, 21, 24, -7,-31,-16,  1;
/M: SY='D'; M=-17, 26,-28, 38,  6,-26,-18, -8,-17, -9,-10,-15,  6,-15, -6,-15, -8,-10,-15,-34,-14, -1;
/I:         MD=-22;
/M: SY='I'; M= -8,-25,-25,-34,-25,  0,-34,-25, 42,-25, 17, 17,-17,-17,-17,-25,-17, -8, 25,-17,  0,-25; D=-4;
/I:         I=-4; MI=-22; MD=-22; IM=-22; DM=-22;
/M: SY='P'; M= -7,-14,-28, -7,  0,-21,-14,-14,-14, -7,-21,-14,-14, 63, -7,-14, -7, -7,-21,-21,-21, -7; D=-4;
/I:         I=-4; MI=-22; MD=-22; IM=-22; DM=-22;
/M: SY='Q'; M= -5,  0,-16,  0, 11,-22,-11,  5,-11,  5,-11,  0,  0, -5, 32,  5,  0, -5,-16,-11, -5, 22; D=-4;
/I:         I=-4; MI=-22; MD=-22; IM=-22; DM=-22;
/M: SY='P'; M= 18,-10,-15,-11, -4,-17, -6,-14,-10, -7,-13,-10,-10, 22, -7,-14,  1, -3, -9,-17,-17, -7; D=-4;
/I:         I=-4; MI=-22; MD=-22; IM=-22; DM=-22;
/M: SY='A'; M= 17, -3,-10, -6,  0,-17, -3, -7,-11, -4,-13, -8, -1, -7,  6, -7, 12,  3, -7,-18,-12,  3; D=-4;
/I:         I=-4; MI=-22; MD=-22; IM=-22; DM=-22;
/M: SY='R'; M= -3, -7,-18, -9, -2,-14,-11, -3,-18, 15,-12, -7, -2,-12,  4, 34, -4, -5,-11,-14, -9, -2; D=-4;
/I:         DM=-22;
/M: SY='F'; M=-15,-11,-24,-18,-15, 19, -7,-10,-18, -7,-11, -9,  1,-24,-17,  9,-10,-10,-15,-11,  2,-15;
/M: SY='L'; M= -2, -9,-22, -6,  0, -8,-21,-14, -1,-16, 18,  2,-15,-19, -9,-15,-15, -8, -4,-25, -9, -5;
/M: SY='F'; M=-14,-13,-22,-17,  1, 32,-25,-14,-11,-15, -2, -8,-11,-18,-17,-12, -8, -1, -9, -8,  8, -5;
/M: SY='I'; M=-10,-22,-27,-28,-18, -5,-30,-18, 22, -9, 14, 21,-17,-19,-10,-11,-19,-10, 12,-20, -2,-16;
/M: SY='Q'; M= -3,  3,-27,  5,  4,-30, -1,  8,-28,  4,-23,-11,  3,-14, 12,  4, -2,-11,-23,-24,-12,  7;
/M: SY='N'; M=-13, 43,-23, 35,  6,-26, -3,  7,-26,  0,-30,-23, 48,-17,  0, -3,  7, -3,-30,-40,-20,  3;
/I:         MD=-23;
/M: SY='R'; M= -9, -5,-22, -3,  5,-20,-14, -3,-18, 16,-17, -7, -3,  4, 12, 20, -5, -7,-17,-15,-10,  7; D=-4;
/I:         I=-4; MI=-23; MD=-23; IM=-23; DM=-23;
/M: SY='V'; M= -4,-18,-13,-19,-16, -3,-21,-16, 14, -7,  4,  5,-15,-18,-13, -1, -8, -3, 21,-18, -6,-16; D=-4;
/I:         I=-4; MI=-23; MD=-23; IM=-23; DM=-23;
/M: SY='R'; M=-12, -5,-21, -5,  2,-15,-14, -2,-21, 24,-15, -7,  0,-12,  7, 42, -7, -7,-14,-14, -7,  2; D=-4;
/I:         I=-4; MI=-23; MD=-23; IM=-23; DM=-23;
/M: SY='M'; M= -6,-15,-13,-21,-15,  0,-15, -4, 15, -8, 13, 35,-15,-15, -4, -8,-13, -6, 12,-15, -1,-10; D=-4;
/I:         I=-4; MI=-23; MD=-23; IM=-23; DM=-23;
/M: SY='I'; M= -7,-21,-21,-28,-21,  0,-28,-21, 35,-21, 14, 14,-14,-14,-14,-21,-14, -7, 21,-14,  0,-21; D=-4;
/I:         DM=-23;
/M: SY='P'; M=  2,-21,  0,-20,-14,-20,-21,-24, -9,-16,-16,-12,-21, 23,-18,-22, -7, -6, -3,-32,-24,-18;
/M: SY='D'; M=-14, 16, 19, 24, -3,-28,-19,-14,-26,-12,-21,-21,  0,-22,-14,-18, -5, -8,-11,-41,-21, -8;
/M: SY='C'; M=-13,-13, 37,-17,-22, 10,-27,-22,-15,-24, -9,-12,-15,-31,-28,-23,-11, -9, -2,-28, -8,-24;
/M: SY='N'; M=  1,  0,-19, -7, -9, -9,-14, -4, -8,  0,-15, -8,  6,-20, -7, -5,  1, -2, -6,-19,  3, -9;
/M: SY='A'; M= 25, -1,-19, -3, -8,-26, 18,-17,-23,-11,-19,-16, -3,-13,-11,-18,  6, -7,-13,-23,-23,-10;
/M: SY='H'; M= -5, -7,-18, -8, -7,-15,-18, 18,-12, -6,-15, -5, -1,-17, -4, -5,  6,  5, -3,-31, -3, -7;
/M: SY='Y'; M= -8,-15,-31,-13, -7, -8,-20,  8,-15, -4,-16, -9,-13, 12, -5, -1,-10,-10,-18, -9, 13,-10;
/M: SY='V'; M=  0,-25,-15,-26,-22, -4,-25,-23, 15,-13,  9,  6,-23,-26,-20, -6,-11, -3, 28,-26,-10,-22;
/M: SY='R'; M=-13, -6,-31, -3, 12,-24,-21, -7,-26, 25,-20,-11, -4,  0,  7, 29,-10,-10,-21,-23,-14,  7;
/M: SY='V'; M= -6,-21,-19,-21,-15, -7,-27,-21,  8, -1,  9,  7,-21,-24,-15, -4,-16, -6, 17,-24, -7,-15;
/M: SY='Y'; M= -6,-18,-17,-20,-19,  6,-24, -9,  7,-15,  2,  1,-17,-24,-16,-14, -3,  5, 12,-12, 17,-19;
/M: SY='Q'; M=-15, -6,-31, -4,  8,-29,-20, 17,-25, 10,-21, -6, -1, -2, 28, 23, -6,-12,-27,-23, -8, 15;
/M: SY='D'; M= -4, 23,-24, 33, 23,-31, -9, -4,-30, -1,-25,-23, 10, -7,  4, -9,  9, -3,-23,-35,-20, 13;
/I:         MD=-27;
/M: SY='M'; M= -7, -4,-17, -2,  3,-10,-16, -7, -2, -2,  2,  7, -8,-12, -2, -5, -9, -6, -1,-20, -7,  1; D=-5;
/I:         I=-5; MI=0; IM=0; DM=-27;
/M: SY='G'; M=  0, -4,-23, -3, -2,-25, 22,-12,-30, -3,-28,-18,  4,-14, -4, -1, 12, -3,-21,-28,-22, -4;
/M: SY='R'; M=-13,-14,-24,-15, -4,-12,-23, -7, -9,  2,  5,  2,-10,-21,  6, 21,-12, -4, -9,-21, -7, -1;
/M: SY='I'; M= -5,-12,-21,-20,-17, -9,-25,-20, 17,-14, -1,  3, -4,-18,-13,-16, -1,  3, 13,-28, -8,-17;
/M: SY='R'; M=-10,-11,-23,-12, -1,-14,-20, -5,-13,  5,-14, -4, -5,-18, 13, 18, -1, -4, -8,-22, -8,  5;
/M: SY='A'; M= 21, -8,-21,-10, -5,-19, -8,-18,-15,-10,-17,-14,-10, 17,-10,-19,  3, -3,-11,-24,-20, -9;
/M: SY='I'; M= -5,-22,-18,-28,-23, -1,-30,-24, 24,-21, 15, 12,-19,-21,-19,-20, -9,  8, 23,-25, -5,-22;
/M: SY='N'; M= -8,  8,  5,  6,  4,-23,-13, -7,-26, -3,-24,-19, 11,-17, -2,  0,  8,  3,-19,-37,-20,  0;
/M: SY='D'; M=-16,  8,-26, 16,  0,-15,-20,  4,-12,-15,  7, -4, -4,-20, -8,-13,-15,-11,-12,-30, -6, -5;
/M: SY='T'; M= -1,-15, -4,-21,-18, -9,-24,-23,  9,-19, -4, -2,-10,-19,-16,-19,  6, 15, 14,-31,-11,-18;
/M: SY='N'; M= -5,  5,-25,  3,  6,-18, 10, -2,-25, -6,-24,-17, 11,-15, -2, -8,  6, -5,-24,-23,-10,  1;
/M: SY='G'; M=  2,  2,-20,  0, -5,-24, 19,-10,-27, -4,-30,-19, 12,-14, -5, -7, 18,  2,-20,-32,-22, -5;
/I:         I=-6; MI=-29; MD=-29; IM=-29;
/M: SY='T'; M= -4, -3,-10, -8, -7, -6,-14,  3, -2, -8, -4, -1, -1, -8, -4, -7,  3, 13, -1,-16, -1, -7; D=-6;
/I:         I=-6; MI=-29; MD=-29; IM=-29; DM=-29;
/M: SY='L'; M= -7,-16,-13,-16,-12,  8,-17, -6,  9,-15, 22,  9,-16,-17,-10,-10,-16, -6,  3, -5, 10,-12; D=-6;
/I:         I=-6; MI=-29; IM=-29; DM=-29;
/M: SY='R'; M= 12, -9,-19,-14, -6,-19,-12,-11,-19,  8,-14,-10, -4,-14, -1, 21,  2,  2, -9,-21,-14, -6;
/M: SY='A'; M= 17,  1,-15, -1, -5,-22,  5,-15,-20,-10,-21,-17,  2,-11, -7,-15, 17,  8,-10,-29,-20, -6;
/M: SY='P'; M= -2,-24,-26,-24,-15,-10,-25,-23, 10,-20,  6,  2,-23, 15,-17,-22,-15, -8,  4,-25,-14,-19;
/M: SY='H'; M= -4,  3,-22,  3, -2,-16,-14, 29,-21, -9,-18,-10,  4,-16,  0, -8,  5,  1,-17,-25,  6, -3;
/M: SY='N'; M= -5,  8,-25,  8, -3,-26, 12,  2,-29,-10,-29,-19, 13, -2, -5,-11,  8, -5,-26,-33,-20, -5;
/M: SY='C'; M=-10,-20, 93,-27,-25,-22,-28,-28,-28,-27,-22,-20,-20,-18,-27,-28,-10,-10,-13,-47,-30,-27;
/M: SY='H'; M=-20,  0,-30,  0,  0,-20,-20,100,-30,-10,-20,  0, 10,-20, 10,  0,-10,-20,-30,-30, 20,  0;
/M: SY='I'; M= -2,-17,-23,-21,-12,-10,-24,-17,  5, -5,  4,  3,-12,-18, -8,  0, -9, -3,  3,-22, -7,-12;
/M: SY='Q'; M= -8,  0,-28,  0, 17,-34, -8,  2,-23,  4,-20, -6,  0,-10, 37,  3,  2, -5,-27,-22,-14, 27;
/M: SY='Y'; M=-17,-22,-32,-22,-17, 15,-27,  5, -4,-12,  0, -1,-22,-27, -4,-10,-22,-13,-14, 38, 50,-12;
/M: SY='L'; M=-10,-27,-20,-30,-20,  7,-27,-13, 20,-23, 40, 34,-27,-27,-13,-17,-27,-10, 10,-20,  0,-17;
/M: SY='K'; M=  3, -6,-22, -7,  7,-20,-16,-11,-17, 10,-11, -9, -5,-12,  2,  8, -1, -2,-12,-24,-13,  4;
/M: SY='N'; M= -3, 14,-24,  5,  2,-25, -8, 13,-20, -2,-24,-13, 24, -3,  9, -3,  3, -5,-26,-31,-15,  4;
/M: SY='M'; M=-14,-18,-23,-25,-18, 11,-23, 17,  6,-13,  9, 35,-15,-23, -5,-10,-18,-12, -1,-12, 17,-12;
/M: SY='G'; M= -6,  1,-30,  4,  5,-34, 25, -7,-33, -6,-26,-15,  2,-14, 10, -8,  0,-15,-30,-23,-22,  8;
/M: SY='V'; M=  3,-20,-10,-20,-20, -7,-20,-23, 13,-17, -4,  0,-16,-23,-20,-17,  7,  7, 30,-33,-13,-20;
/M: SY='K'; M= -7,-15,-26,-17,-11,-15,-17,-19,  0,  6, -4,  2,-12,-19, -9, -1,-13,-10,  3,-21, -9,-11;
/M: SY='A'; M= 45, -9,-10,-17, -9,-20,  0,-19,-11,-10,-13,-11, -7,-10, -9,-19, 14,  3, -1,-23,-20, -9;
/M: SY='S'; M=  5, 10,-13,  5,  0,-20,  0, -5,-20, -7,-30,-20, 23,-13,  0, -7, 32, 15,-15,-40,-20,  0;
/M: SY='L'; M=-10,-30,-20,-30,-20, 10,-30,-20, 20,-30, 50, 20,-30,-30,-20,-20,-30,-10, 10,-20,  0,-20;
/M: SY='V'; M=  9,-14,-10,-20,-18, -8,-20,-24,  6,-14, -2, -2,-14,-18,-18,-16,  6, 20, 21,-28,-12,-18;
/M: SY='V'; M=  2,-25,-16,-30,-24, -2,-25,-20, 24,-18, 14, 22,-24,-24,-18,-18,-13, -4, 28,-24, -7,-21;
/M: SY='P'; M= 10,-14,-27,-11, -3,-26,-11,-18,-17,-10,-25,-17,-12, 45, -8,-18,  4, -2,-18,-29,-26, -8;
/M: SY='V'; M= -5,-30,-17,-32,-27,  3,-32,-27, 31,-25, 23, 15,-28,-28,-25,-22,-18, -5, 35,-25, -5,-27;
/M: SY='I'; M= -8,-12,-20,-19,-18, -7,-24,  2, 13,-16,  2, 12, -6,-22,-12,-14, -9, -3, 13,-28, -3,-17;
/M: SY='Y'; M=-13,-18,-26,-21,-13,  2,-28,-10,  3, -2, -3,  2,-13,-22, -4,  4,-13, -8,  3,-11,  8,-10;
/M: SY='B'; M=-14, 36,-26, 36, 10,-30, -8,  2,-30, 10,-30,-22, 31,-14,  2,  2,  2, -6,-28,-36,-18,  6;
/M: SY='G'; M= -5,  4,-28,  3,  5,-30, 28, -7,-32, -6,-27,-17, 10,-15,  2, -9,  2,-13,-30,-25,-24,  4;
/M: SY='N'; M=-11, 12,-25,  5,  5,-16,-13, 17,-19,  2,-22,-11, 20,-17, 10,  1,  1, -5,-24,-22,  3,  6;
/I:         I=-4; MI=0; IM=0; DM=-15; MD=-15;
/M: SY='L'; M=-10,-28,-23,-27,-17,  3,-28,-20, 13,-27, 36, 13,-28,-10,-18,-20,-27,-10,  3,-22, -5,-18;
/M: SY='W'; M=-17,-37,-41,-37,-27, 10,-23,-27, -8,-23,  1, -8,-37,-30,-20,-20,-37,-24,-18, 99, 21,-20;
/M: SY='G'; M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='L'; M=-10,-30,-21,-31,-21,  9,-31,-21, 24,-30, 46, 20,-29,-29,-20,-21,-29,-10, 13,-20,  0,-21;
/M: SY='L'; M= -7,-29,-18,-31,-24,  4,-30,-22, 27,-24, 29, 22,-28,-28,-21,-20,-21, -7, 26,-23, -3,-23;
/M: SY='V'; M=  8,-24,-17,-30,-24, -5,-24,-23, 24,-18, 10, 16,-21,-21,-18,-21,-10, -4, 26,-23, -8,-22;
/M: SY='C'; M= 17,-16, 37,-24,-21,-18,-10,-25,-14,-19,-13,-12,-16,-24,-21,-24, -1, -5,  1,-32,-23,-21;
/M: SY='H'; M=-20,  0,-30,  0,  0,-20,-20,100,-30,-10,-20,  0, 10,-20, 10,  0,-10,-20,-30,-30, 20,  0;
/M: SY='H'; M=-17,  5,-29,  4, 10,-24,-18, 68,-28, -4,-21, -4, 12,-16, 17,  1, -6,-16,-30,-30,  8, 10;
/M: SY='C'; M= -1,-11, 53,-18,-16,-20,-21,-21,-22,-18,-19,-15, -9,-25,-11,-19,  5,  6, -9,-39,-22,-13;
/M: SY='S'; M=  0,  0,-18, -2,  4,-24,-12, -8,-21,  9,-24,-12,  4,-10, 11,  4, 17, 13,-14,-30,-14,  7;
/M: SY='P'; M= -5,-13,-30,-10, -4,-25, -6,-16,-22, -4,-25,-17, -9, 34, -7, -3, -1, -2,-22,-27,-23, -9;
/M: SY='P'; M=-15,-13,-34, -9,  1,-25,-20,-10,-26, 15,-25,-14, -8, 28,  2, 28,-10,-10,-24,-24,-18, -3;
/M: SY='R'; M=-17,-15,-10,-18,-13,  2,-24,  9,-17, -1,-11, -5, -8,-26, -8, 18,-12,-11, -9,-17,  6,-13;
/M: SY='I'; M=-11,-13,-24,-14,-14,  2,-28,-12,  9,-14,  1,  3,-14,-22, -7,-14,-12, -8,  8,-15,  7,-12;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-29; IM=0;
/M: SY='H'; M= -6,  2,-14,  2, 11,-14,-11, 12,-13,  0,-10, -5,  1, -5, 11,  0,  1,  1,-13,-15, -3, 10; D=-6;
/I:         DM=-29;
/M: SY='P'; M=-10,-10,-33, -4, 14,-26,-20, -8,-16, -2,-18, -4,-12, 35,  8, -9, -8,-10,-23,-27,-20,  9;
/M: SY='F'; M=-16, -9,-24,-14, -3, 21,-22, -6,-14, -6, -8, -7, -1,-21, -6,  4, -9, -9,-15,-10,  5, -3;
/M: SY='E'; M=-11,  5,-33, 16, 35,-31,-19, -7,-28,  2,-25,-21, -4, 29,  7, -8, -3,-10,-30,-31,-23, 19;
/M: SY='L'; M=-13,-28,-27,-29,-19,  4,-28,-19, 10,-18, 25, 10,-25,-27,-15, -6,-27,-13,  2,  2,  2,-18;
/M: SY='R'; M=-16,  3,-30,  7, 16,-30,-19,  3,-28, 18,-21,-11,  3,-13, 25, 33, -4,-10,-26,-24,-13, 18;
/M: SY='Y'; M=-14,-20,-23,-23,-17, 22,-28, -5,  1,-12, 10,  3,-18,-25,-16,-10,-16, -2, -3,  1, 30,-17;
/M: SY='A'; M= 15,-20,-16,-27,-17,  4,-15,-17,  4,-18, 14,  9,-18,-20,-16,-19,-10, -6,  4,-16, -5,-16;
/M: SY='C'; M= -1,-14, 41,-21,-16,-22,-10,-17,-21,-17,-15, -5,-13,-26, -7,-18, -6,-10,-12,-33,-22,-12;
/M: SY='E'; M=-10,  2,-29,  7, 38,-28,-21,  0,-20,  5,-11, -9, -4, -7, 27,  0, -4,-10,-25,-26,-14, 32;
/M: SY='F'; M=-14,-30,-20,-34,-24, 41,-30,-20, 11,-30, 32, 11,-26,-30,-29,-20,-26,-10,  6, -7, 13,-24;
/M: SY='T'; M=  1,-15,-14,-20,-15,  8,-19,-19, -1,-19,  8, -1,-12,-19,-16,-16,  1, 13,  2,-21, -3,-15;
/M: SY='M'; M= -1, -8,-20,-11, -1,-16,-10,-13, -9, -1, -8,  3, -8,-14, -4, -6, -1,  3, -3,-25,-13, -3;
/M: SY='Q'; M=-11,  2,-30,  5, 30,-35,-20,  6,-24, 12,-20, -7,  0, -8, 43, 13, -1,-10,-29,-23,-13, 36;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2014_07 which contains 546'000 sequence entries.


Total number of hits 49 in 47 different sequences
Number of true positive hits 49 in 47 different sequences
Number of 'unknown' hits
Number of false positive hits
Number of false negative sequences 0
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] K_Hofmann
Taxonomic range [info] Eukaryotes, Prokaryotes (Bacteria)
Maximum number of repetitions [info] 2
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
47 sequences

BPHY_DEIRA  (Q9RZA4), BPHY_PSEAE  (Q9HWR3), PHY1_CERPU  (P25848), 
PHY1_PHYPA  (P36505), PHY1_SELMA  (Q01549), PHY1_SYNY3  (Q55168), 
PHY2_CERPU  (Q39557), PHY2_SYNY3  (Q55434), PHYA1_MAIZE (P19862), 
PHYA1_TOBAC (P33530), PHYA3_AVESA (P06593), PHYA4_AVESA (P06594), 
PHYA5_AVESA (P06595), PHYA_ARATH  (P14712), PHYA_CUCPE  (P06592), 
PHYA_LATSA  (P93673), PHYA_NOSS1  (Q9LCC2), PHYA_ORYSI  (A2XLG5), 
PHYA_ORYSJ  (Q10DU0), PHYA_PEA    (P15001), PHYA_PETCR  (P55141), 
PHYA_POPTM  (O49934), PHYA_SOLTU  (P30733), PHYA_SORBI  (P93526), 
PHYA_SOYBN  (P42500), PHYB1_SOLLC (Q9ZS62), PHYB_ARATH  (P14713), 
PHYB_NOSS1  (Q9R6X3), PHYB_ORYSI  (A2XFW2), PHYB_ORYSJ  (Q10MG9), 
PHYB_SOLTU  (P34094), PHYB_SORBI  (P93527), PHYB_SOYBN  (P42499), 
PHYB_TOBAC  (P29130), PHYC_ARATH  (P14714), PHYC_ORYSI  (A2XM23), 
PHYC_ORYSJ  (Q10CQ8), PHYC_SORBI  (P93528), PHYD_ARATH  (P42497), 
PHYE_ARATH  (P42498), PHYE_IPONI  (P55004), PHY_ADICA   (P42496), 
PHY_MOUSC   (P33529), PHY_PICAB   (Q40762), PHY_PINSY   (Q41046), 
Y041_SYNY3  (Q55445), Y852_SYNP2  (P32039)
» More

PDB
[Detailed view]
20 PDB

1ZTU; 2O9B; 2O9C; 2VEA; 3C2W; 3G6O; 3IBR; 3NHQ; 3NOP; 3NOT; 3NOU; 3S7N; 3S7O; 3S7P; 3S7Q; 3ZQ5; 4BWI; 4IJG; 4O01; 4O0P
» More

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission