To improve security and privacy, we are moving our web pages and services from HTTP to HTTPS.
To give users of web services time to transition to HTTPS, we will support separate HTTP and HTTPS services until the end of 2017.
From January 2018 most HTTP traffic will be automatically redirected to HTTPS. [more...]
View this page in https
Entry: PS50064

General information about the entry

Entry name [info] PARP_ZN_FINGER_2
Accession [info] PS50064
Entry type [info] MATRIX
Date [info] 01-NOV-1997 CREATED; 10-MAY-2017 DATA UPDATE; 27-SEP-2017 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info] PDOC00360
Associated ProRule [info] PRU00264

Name and characterization of the entry

Description [info] Poly(ADP-ribose) polymerase zinc finger domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=89;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=84;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=0.1357000; R2=0.0150670; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=7204.8007812; R2=3.5088968; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 0.5%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=556; H_SCORE=9156; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=423; H_SCORE=8689; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=-40; E1=-40; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='F'; M=-20,-27,-23,-34,-27, 64,-30, -7,  0,-24,  7,  0,-20,-30,-30,-17,-20,-10, -3, 16, 46,-27;
/M: SY='A'; M=  3,-13, -4,-16,-12,-20,  3,-16,-22, -3,-13,-10, -8,-21,-10,  2, -6,-10,-13,-24,-18,-12;
/M: SY='V'; M= 20,-21,-13,-27,-21, -9,-19,-26, 16,-17,  3,  3,-20,-20,-20,-22, -3, -2, 25,-24,-13,-21;
/M: SY='E'; M=-11, 14,-30, 24, 48,-32,-12, -1,-32,  7,-22,-21,  3, -3, 16, -2,  0,-11,-30,-30,-20, 32;
/M: SY='Y'; M=-20,-20,-30,-20,-20, 30,-30, 20,  0,-10,  0,  0,-20,-30,-10,-10,-20,-10,-10, 30, 80,-20;
/M: SY='A'; M= 46, -9,-10,-18, -9,-20,  0,-19,-11,-10,-12,-11, -8,-10, -9,-19, 13,  2, -1,-22,-20, -9;
/M: SY='K'; M=-11, -1,-30, -1,  9,-29,-20, -9,-30, 48,-29,-10,  0,-11, 10, 34,-10,-10,-20,-20,-10,  9;
/M: SY='S'; M=  5, -1,-13, -2, -1,-19, -5,-10,-20, -5,-27,-18,  8,-11,  0,  0, 32, 19,-10,-36,-18, -1;
/M: SY='G'; M= -1,  5,-24,  0, -9,-26, 38,-10,-31,-12,-30,-20, 17,-18,-10,-13, 10, -8,-26,-29,-25,-10;
/M: SY='R'; M=-17, -9,-27,-10, -1,-19,-20, -3,-27, 25,-19,-10,  0,-19,  7, 60, -6, -2,-17,-21,-10, -1;
/M: SY='A'; M= 37, -7,-10,-13, -7,-20,  0,-17,-13,-10,-17,-13, -3,-10, -7,-17, 20,  7, -3,-27,-20, -7;
/M: SY='S'; M=  7, -3,-13, -7, -7,-17,  1,-15,-17,-11,-20,-13,  3,-12, -6,-12, 24, 23, -8,-32,-17, -7;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='K'; M=-12, -2,-30, -2,  8,-28,-20, -8,-30, 47,-28,-10,  0,-12, 10, 36,-10,-10,-20,-20,-10,  8;
/M: SY='G'; M= -3, -5,-29, -5, -7,-29, 30,-15,-35,  8,-30,-16,  1,-15, -7,  0, -1,-14,-25,-21,-22, -7;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='K'; M= -7, -2,-27,  0, 14,-24, -7, -8,-23, 16,-19, -6, -2,-11,  6,  6, -3, -8,-19,-24,-15, 10;
/M: SY='E'; M= -9, 12,-27, 17, 34,-31,-15,  2,-26,  6,-23,-16,  8, -6, 25,  1,  5, -6,-28,-30,-17, 29;
/M: SY='K'; M= -5,  3,-23,  1,  5,-25,-15, -9,-25, 28,-28,-13,  7,-11,  5, 16,  4,  3,-17,-26,-13,  5;
/M: SY='I'; M=-10,-30,-30,-40,-30,  0,-40,-30, 50,-30, 20, 20,-20,-20,-20,-30,-20,-10, 30,-20,  0,-30;
/M: SY='E'; M=  0, -1,-23,  2, 12,-21,-15,-11,-14, -6,-14,-13, -3,  2, -2,-11,  2, -3,-11,-31,-19,  4;
/M: SY='K'; M= -4, -1,-28, -2,  8,-29,-18,-11,-28, 44,-28,-10, -1,-10,  8, 25, -8, -9,-18,-20,-11,  8;
/M: SY='D'; M=-10, 18,-30, 28,  4,-34, 27, -9,-39, -9,-29,-24,  9,-14, -8,-14,  0,-15,-30,-30,-25, -2;
/M: SY='Q'; M= -2, -9,-19,-11, -3,-18,-19,-10, -3, -8, -8, -2, -5,-15, 11, -8,  7,  6, -2,-28,-11,  4;
/M: SY='L'; M= -8,-28, -3,-32,-25,  2,-32,-25, 22,-27, 26, 15,-26,-29,-22,-23,-21, -8, 19,-26, -6,-25;
/M: SY='R'; M=-18,-10,-30,-10, -2,-21,-13, -2,-31, 26,-21,-11,  0,-20,  8, 63, -9,-11,-21,-20,-12, -2;
/M: SY='I'; M=-10,-29,-25,-35,-25,  4,-34,-22, 35,-27, 31, 26,-24,-24,-17,-24,-24,-10, 20,-20,  0,-24;
/M: SY='A'; M= 23, -7,-16,-12, -7,-21,  6,-14,-19, -5,-19,-14, -2,-13, -6, -4, 13,  1, -9,-25,-20, -7;
/M: SY='K'; M= -4,-12,-25,-15, -6,-14,-24,-18, -4, 15,-10, -1,-10,-16, -5,  5,-11, -8,  0,-20, -7, -6;
/M: SY='M'; M= -7,-13,-20,-19,-12, -9,-21, -9,  4,  4,  2, 25,-13,-17, -3, -1,-10,  1,  6,-23, -5, -8;
/M: SY='V'; M= -1,-27,-11,-28,-27, -1,-27,-25, 26,-18,  9, 15,-26,-28,-24,-18, -8,  0, 41,-29, -9,-26;
/M: SY='Q'; M= -9,-13,-26,-12,  0,-14,-24, -6, -5, -5,-10, -1,-13, -5, 14, -6, -7, -7, -6,-18, -3,  6;
/M: SY='D'; M= -5, 18,-19, 22,  5,-23, -6,  3,-25, -6,-28,-21, 17,-13,  0, -8, 18,  5,-19,-35,-12,  2;
/M: SY='P'; M=  4,-15,-28,-13, -5,-23,-16,-21,-14,-11,-21,-15,-15, 47,-11,-18, -1,  2,-15,-28,-24,-11;
/M: SY='F'; M=-14, -9,-24,-10,  7, 14,-23, -7, -7, -9,  0,  7,-11,-16, -6,-10,-12,-10,-10,-15,  2,  2;
/M: SY='F'; M=-11,-13,-22,-16,-11,  8,-22,  7,-11, -3,-11, -3, -7,-21,-11,  0, -6, -7, -5,-18,  5,-11;
/I:         I=-7; MI=-5; MD=-27; IM=-5;
/M: SY='P'; M= -5, -7,-17, -5,  4,-11,-11, -5, -6, -3, -7,  2, -8, 19,  0, -7, -6, -5,-10,-14,-10,  1; D=-5;
/I:         DM=-27;
/M: SY='Q'; M= -3,  0,-13,  0,  7,-17, -8,  0,-12,  9,-13, -4,  1, -5, 17,  6,  3, -2,-12,-13, -7, 12; D=-5;
/I:         DM=-27;
/M: SY='D'; M=-15, 12,-27, 21, -1,-15, -8, -4,-19,-12, -5,-12, -1,-19, -9,-14,-11,-11,-17,-22, -1, -6;
/M: SY='G'; M=  5,-10,-28,-11,-19,-29, 62,-20,-37,-19,-28,-19, -1,-19,-19,-20,  1,-18,-27,-20,-29,-19;
/M: SY='K'; M=-10,  0,-27,  0, -1,-24, -5, -8,-20, 18,-17,  3, -2,-14,  2,  7,-10,-12,-15,-23,-12,  0;
/M: SY='I'; M= -6,-21,-21,-25,-16,-10,-29,-16, 21,-14,  6, 16,-19,-21, -1,-14,-11, -6, 20,-24, -6,-10;
/M: SY='P'; M=-13,  0,-36, 11,  6,-33,-17,-14,-26,  0,-30,-21, -7, 52, -5,-11, -7,-10,-29,-31,-25, -2;
/M: SY='H'; M=-14,  4,-16,  0,  2,-17,-17, 24,-20, -4,-12, -7, 12,-20,  2,  5, -7,-10,-21,-31, -6,  0;
/M: SY='W'; M=-20,-40,-50,-40,-30, 10,-20,-30,-20,-20,-20,-20,-40,-30,-20,-20,-40,-30,-30,150, 30,-20;
/M: SY='Y'; M=-20,-16,-28,-18,-16, 26,-27, 34, -8,-14, -4,  0,-12,-27,-11, -9,-17,-13,-14,  9, 53,-16;
/M: SY='H'; M=-20,  0,-30,  0,  0,-20,-20,100,-30,-10,-20,  0, 10,-20, 10,  0,-10,-20,-30,-30, 20,  0;
/M: SY='P'; M=-11,-19,-29,-18, -7, -1,-27,-14,  0, -9, -2, -2,-18,  6,-12,-13,-15, -9, -5,-15,  2,-11;
/M: SY='E'; M= -4,  6,-22,  8, 13,-26,-10, -7,-25,  7,-25,-16,  5, -9,  8,  1, 12,  7,-18,-30,-16, 11;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='F'; M=-19,-29,-20,-39,-29, 70,-29,-17,  3,-27, 11,  8,-20,-29,-35,-19,-20,-10,  1,  6, 26,-27;
/M: SY='W'; M= -4,-30,-24,-34,-27, 26,-23,-25,  1,-22, -1, -4,-26,-27,-28,-20,-18,-11,  5, 33, 12,-24;
/M: SY='K'; M= -8,  1,-28,  3, 18,-32,-18, -2,-26, 26,-26, -9,  1, -9, 26, 16,  0, -7,-23,-23,-12, 22;
/I:         MD=-27;
/M: SY='K'; M= -5, -4,-13, -4, -1, -8,-10, -6, -7,  8, -3, -2, -2, -9,  0,  7, -5, -3, -6,-13, -5, -1; D=-5;
/I:         I=-7; MI=0; IM=0; DM=-27;
/M: SY='R'; M=-15, -6,-26, -9, -3,-18,-19, -4,-20, 22,-18, -8,  2,-20,  3, 46, -8, -8,-11,-24,-11, -3;
/M: SY='A'; M= 11, -1,-22, -2,  7,-29,  7, -9,-24, -4,-20,-13, -1,-11,  8, -9,  6, -7,-19,-24,-20,  8;
/M: SY='R'; M=-16, -2,-30,  2, 23,-20,-20,  6,-28, 16,-19,-13,  0,-12, 13, 31, -6,-11,-24,-23,-10, 16;
/M: SY='L'; M=  1,-21,-21,-21,-13, -7,-20,-20,  5,-20, 10,  2,-19,  0,-15,-19, -9, -4,  2,-26,-12,-15;
/M: SY='G'; M= -2, -9,-22,-11,-15,-16, 10,-20,-11,-18,-10, -8, -4,-17,-15,-18,  3,  3, -6,-26,-16,-16;
/M: SY='W'; M= -8,-17,-22,-20,-15, 12,-16,-17,-15,-13,-15,-13,-10,-20,-14, -7,  2,  3,-11, 14,  5,-13;
/M: SY='H'; M= -7,-13,-23,-15, -7, -7,-22,  8, -9, -1, -2,  1, -9,-21, -2,  6,-12,-10, -6,-20,  0, -6;
/M: SY='P'; M= -3, -8,-31, -4, -4,-29,  8,-17,-27, -5,-28,-18, -7, 26,-10,-13, -3, -9,-25,-26,-25, -9;
/I:         MD=-23;
/M: SY='E'; M= -2,  4,-15,  6,  7,-15,-11, -8, -8, -5,-10, -9,  1, -7, -1, -8,  5,  2, -6,-21,-10,  2; D=-4;
/I:         MD=-23;
/M: SY='Y'; M= -6,-10,-17,-10, -5,  2, -3, -5, -6, -8, -5, -4, -9,-15, -9, -9, -6, -7, -3, -5,  8, -8; D=-4;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-23; IM=0; DM=-23;
/M: SY='T'; M=  0,  2, -8,  1,  7,-10, -8, -6,-10, -2,-10, -8,  1, -4,  1, -4, 10, 13, -6,-17, -8,  4; D=-4;
/I:         DM=-23;
/M: SY='D'; M=-15, 26,-29, 35, 27,-35,-14,  9,-31,  4,-25,-19, 13, -9, 18, -2,  0,-10,-30,-33,-15, 22;
/M: SY='L'; M= -9,-29,-22,-33,-25,  4,-32,-23, 31,-27, 32, 22,-26,-26,-20,-22,-23, -9, 22,-21, -1,-24;
/M: SY='E'; M=-12,  2,-30,  8, 19,-24,-20, -3,-21,  6,-17, -9, -5,  5, 10, -2, -7,-10,-23,-23, -9, 13;
/M: SY='G'; M= -2,  0,-28, -4,-16,-28, 56,-14,-36,-16,-30,-20, 12,-20,-16,-16,  2,-16,-30,-24,-28,-16;
/M: SY='F'; M=-19,-30,-26,-38,-29, 59,-30,-19,  3,-27,  6,  0,-23,-29,-33,-20,-23,-13, -1, 26, 31,-28;
/M: SY='S'; M= -1,  0,-21,  2, 13,-25, -4, -8,-23, -4,-23,-16,  2, -5, 10, -6, 16,  7,-19,-31,-19, 11;
/M: SY='E'; M= -7,  5,-23,  3, 16,-17,-18, -7, -9, -4,-10,-10,  7,-12,  1, -8,  2,  0,-12,-31,-15,  8;
/M: SY='L'; M=-10,-30,-21,-31,-21,  9,-31,-21, 23,-30, 47, 20,-29,-29,-20,-21,-29,-10, 12,-20,  0,-21;
/M: SY='R'; M= -5, -5,-24, -5,  7,-22,-16, -6,-25, 18,-20,-12,  0,-13,  7, 32,  1, -2,-17,-24,-13,  4;
/M: SY='W'; M= -2, -8,-27, -9,-12,  5,-14,-18,-18,-15,-14,-16,-12,-19,-16,-17, -9, -9,-15, 25,  4,-12;
/M: SY='E'; M= -7, 23,-27, 31, 33,-31,-12, -1,-30,  4,-23,-22, 12, -7,  8, -5,  2, -8,-27,-33,-20, 21;
/M: SY='D'; M=-19, 45,-30, 64, 25,-39,-11,  0,-39,  1,-29,-29, 17, -9,  3, -9,  0,-10,-30,-39,-20, 14;
/M: SY='Q'; M=-10,  0,-30,  0, 16,-36,-20,  2,-24, 25,-24, -4,  0,-10, 41, 18, -4,-10,-26,-20,-10, 28;
/M: SY='E'; M= -1,  7,-27, 12, 36,-30,-16, -3,-26, 11,-20,-15,  0, -5, 19,  1,  0, -8,-24,-27,-18, 27;
/M: SY='K'; M= -4,  1,-23,  1,  9,-24,-16, -6,-20, 12,-18, -6,  0,-11, 10,  9,  1,  2,-15,-25,-12,  9;
/M: SY='I'; M= -8,-30,-21,-34,-26,  4,-34,-26, 34,-28, 28, 18,-26,-26,-22,-24,-21, -8, 28,-22, -2,-26;
/M: SY='K'; M= -8,  0,-25, -2,  5,-25,-20,-12,-25, 36,-25,-10,  0,-10,  5, 21, -3,  4,-15,-22,-10,  5;
/M: SY='K'; M=-11,  9,-29,  9, 12,-32,-17, -5,-29, 35,-29,-12,  7,-11, 14, 21, -6, -9,-23,-24,-12, 13;
/M: SY='A'; M=  8, -8,-20,-12, -3,-19,-15,  5,-11, -4, -6,  1, -6,-14,  8, -6, -1, -2,-10,-22, -7,  2;
/M: SY='I'; M=  1,-27,-21,-32,-23,  0,-29,-25, 27,-26, 25, 14,-23,-23,-20,-24,-18, -7, 21,-21, -4,-23;
/M: SY='P'; M= -2, -6,-32,  1, 23,-29,-17,-12,-23, -2,-23,-19,-10, 39,  2,-12, -3, -9,-26,-29,-24, 11;
/M: SY='A'; M= 12,  4,-18,  0, -6,-21, -6,-14,-14, -9,-16,-14,  2, -4, -9,-14,  7,  6, -8,-29,-19, -8;
/M: SY='I'; M= -5,-23,-25,-27,-25, -8, -4,-25, 14,-25,  7,  6,-16,-22,-21,-24,-12, -9, 10,-22,-10,-25;
/M: SY='K'; M= -2, -3,-26, -3,  1,-29,  6,-11,-29, 17,-28,-13,  1,-12,  6,  7,  2, -8,-21,-23,-17,  4;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2017_09 which contains 555'594 sequence entries.


Total number of hits 33 in 19 different sequences
Number of true positive hits 33 in 19 different sequences
Number of 'unknown' hits 0
Number of false positive hits 0
Number of false negative sequences 0
Number of 'partial' sequences 1
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] K_Hofmann
Taxonomic range [info] Eukaryotes, Prokaryotes (Bacteria)
Maximum number of repetitions [info] 3
Feature key [info] ZN_FING
Feature description [info] PARP-type
Version [info] 5

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
19 sequences

DNLI3_HUMAN (P49916    ), DNLI3_MOUSE (P97386    ), MCSA_STAA8  (Q2G0P7    ), 
PARP1_ARATH (Q9ZP54    ), PARP1_BOVIN (P18493    ), PARP1_CHICK (P26446    ), 
PARP1_CRIGR (Q9R152    ), PARP1_HUMAN (P09874    ), PARP1_MAIZE (Q9ZSV1    ), 
PARP1_MOUSE (P11103    ), PARP1_ORYSJ (Q7EYV7    ), PARP1_RAT   (P27008    ), 
PARP1_XENLA (P31669    ), PARP_DROME  (P35875    ), PARP_SARPE  (Q11208    ), 
PME1_CAEEL  (Q9N4H4    ), YEU7_SCHPO  (O13706    ), YGI7_SCHPO  (Q9Y7K9    ), 
ZDP_ARATH   (Q84JE8    )
» more

UniProtKB/Swiss-Prot
'Partial' sequences
1 sequence

PARP1_ONCMA (Q08824    )

		
PDB
[Detailed view]
16 PDB

1UW0; 1V9X; 2CS2; 2DMJ; 2L30; 2L31; 2N8A; 3OD8; 3ODA; 3ODC; 3ODE; 4AV1; 4DQY; 4OPX; 4OQA; 4OQB
» more

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission