Due to maintenance work, this service will not be available Thursday August 21st between 7am and 8am CEST.
Entry: PS50064

Forthcoming changes to the profile format
General information about the entry

Entry name [info] PARP_ZN_FINGER_2
Accession [info] PS50064
Entry type [info] MATRIX
Date [info] NOV-1997 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); JUN-2014 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC00360
Associated ProRule [info] PRU00264

Name and characterization of the entry

Description [info] Poly(ADP-ribose) polymerase zinc finger domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=89;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=84;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=.1357; R2=.01506700; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=4458.14126; R2=25.48686; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=555; N_SCORE=8.5; H_SCORE=16921; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=422; N_SCORE=6.5; H_SCORE=15214; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=-40; E1=-40; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='F'; M=-20,-27,-23,-34,-27, 64,-30, -7,  0,-24,  7,  0,-20,-30,-30,-17,-20,-10, -3, 16, 46,-27;
/M: SY='A'; M=  3,-13, -4,-16,-12,-20,  3,-16,-22, -3,-13,-10, -8,-21,-10,  2, -6,-10,-13,-24,-18,-12;
/M: SY='V'; M= 20,-21,-13,-27,-21, -9,-19,-26, 16,-17,  3,  3,-20,-20,-20,-22, -3, -2, 25,-24,-13,-21;
/M: SY='E'; M=-11, 14,-30, 24, 48,-32,-12, -1,-32,  7,-22,-21,  3, -3, 16, -2,  0,-11,-30,-30,-20, 32;
/M: SY='Y'; M=-20,-20,-30,-20,-20, 30,-30, 20,  0,-10,  0,  0,-20,-30,-10,-10,-20,-10,-10, 30, 80,-20;
/M: SY='A'; M= 46, -9,-10,-18, -9,-20,  0,-19,-11,-10,-12,-11, -8,-10, -9,-19, 13,  2, -1,-22,-20, -9;
/M: SY='K'; M=-11, -1,-30, -1,  9,-29,-20, -9,-30, 48,-29,-10,  0,-11, 10, 34,-10,-10,-20,-20,-10,  9;
/M: SY='S'; M=  5, -1,-13, -2, -1,-19, -5,-10,-20, -5,-27,-18,  8,-11,  0,  0, 32, 19,-10,-36,-18, -1;
/M: SY='G'; M= -1,  5,-24,  0, -9,-26, 38,-10,-31,-12,-30,-20, 17,-18,-10,-13, 10, -8,-26,-29,-25,-10;
/M: SY='R'; M=-17, -9,-27,-10, -1,-19,-20, -3,-27, 25,-19,-10,  0,-19,  7, 60, -6, -2,-17,-21,-10, -1;
/M: SY='A'; M= 37, -7,-10,-13, -7,-20,  0,-17,-13,-10,-17,-13, -3,-10, -7,-17, 20,  7, -3,-27,-20, -7;
/M: SY='S'; M=  7, -3,-13, -7, -7,-17,  1,-15,-17,-11,-20,-13,  3,-12, -6,-12, 24, 23, -8,-32,-17, -7;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='K'; M=-12, -2,-30, -2,  8,-28,-20, -8,-30, 47,-28,-10,  0,-12, 10, 36,-10,-10,-20,-20,-10,  8;
/M: SY='G'; M= -3, -5,-29, -5, -7,-29, 30,-15,-35,  8,-30,-16,  1,-15, -7,  0, -1,-14,-25,-21,-22, -7;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='K'; M= -7, -2,-27,  0, 14,-24, -7, -8,-23, 16,-19, -6, -2,-11,  6,  6, -3, -8,-19,-24,-15, 10;
/M: SY='E'; M= -9, 12,-27, 17, 34,-31,-15,  2,-26,  6,-23,-16,  8, -6, 25,  1,  5, -6,-28,-30,-17, 29;
/M: SY='K'; M= -5,  3,-23,  1,  5,-25,-15, -9,-25, 28,-28,-13,  7,-11,  5, 16,  4,  3,-17,-26,-13,  5;
/M: SY='I'; M=-10,-30,-30,-40,-30,  0,-40,-30, 50,-30, 20, 20,-20,-20,-20,-30,-20,-10, 30,-20,  0,-30;
/M: SY='E'; M=  0, -1,-23,  2, 12,-21,-15,-11,-14, -6,-14,-13, -3,  2, -2,-11,  2, -3,-11,-31,-19,  4;
/M: SY='K'; M= -4, -1,-28, -2,  8,-29,-18,-11,-28, 44,-28,-10, -1,-10,  8, 25, -8, -9,-18,-20,-11,  8;
/M: SY='D'; M=-10, 18,-30, 28,  4,-34, 27, -9,-39, -9,-29,-24,  9,-14, -8,-14,  0,-15,-30,-30,-25, -2;
/M: SY='Q'; M= -2, -9,-19,-11, -3,-18,-19,-10, -3, -8, -8, -2, -5,-15, 11, -8,  7,  6, -2,-28,-11,  4;
/M: SY='L'; M= -8,-28, -3,-32,-25,  2,-32,-25, 22,-27, 26, 15,-26,-29,-22,-23,-21, -8, 19,-26, -6,-25;
/M: SY='R'; M=-18,-10,-30,-10, -2,-21,-13, -2,-31, 26,-21,-11,  0,-20,  8, 63, -9,-11,-21,-20,-12, -2;
/M: SY='I'; M=-10,-29,-25,-35,-25,  4,-34,-22, 35,-27, 31, 26,-24,-24,-17,-24,-24,-10, 20,-20,  0,-24;
/M: SY='A'; M= 23, -7,-16,-12, -7,-21,  6,-14,-19, -5,-19,-14, -2,-13, -6, -4, 13,  1, -9,-25,-20, -7;
/M: SY='K'; M= -4,-12,-25,-15, -6,-14,-24,-18, -4, 15,-10, -1,-10,-16, -5,  5,-11, -8,  0,-20, -7, -6;
/M: SY='M'; M= -7,-13,-20,-19,-12, -9,-21, -9,  4,  4,  2, 25,-13,-17, -3, -1,-10,  1,  6,-23, -5, -8;
/M: SY='V'; M= -1,-27,-11,-28,-27, -1,-27,-25, 26,-18,  9, 15,-26,-28,-24,-18, -8,  0, 41,-29, -9,-26;
/M: SY='Q'; M= -9,-13,-26,-12,  0,-14,-24, -6, -5, -5,-10, -1,-13, -5, 14, -6, -7, -7, -6,-18, -3,  6;
/M: SY='D'; M= -5, 18,-19, 22,  5,-23, -6,  3,-25, -6,-28,-21, 17,-13,  0, -8, 18,  5,-19,-35,-12,  2;
/M: SY='P'; M=  4,-15,-28,-13, -5,-23,-16,-21,-14,-11,-21,-15,-15, 47,-11,-18, -1,  2,-15,-28,-24,-11;
/M: SY='F'; M=-14, -9,-24,-10,  7, 14,-23, -7, -7, -9,  0,  7,-11,-16, -6,-10,-12,-10,-10,-15,  2,  2;
/M: SY='F'; M=-11,-13,-22,-16,-11,  8,-22,  7,-11, -3,-11, -3, -7,-21,-11,  0, -6, -7, -5,-18,  5,-11;
/I:         I=-7; MI=-5; MD=-27; IM=-5;
/M: SY='P'; M= -5, -7,-17, -5,  4,-11,-11, -5, -6, -3, -7,  2, -8, 19,  0, -7, -6, -5,-10,-14,-10,  1; D=-5;
/I:         DM=-27;
/M: SY='Q'; M= -3,  0,-13,  0,  7,-17, -8,  0,-12,  9,-13, -4,  1, -5, 17,  6,  3, -2,-12,-13, -7, 12; D=-5;
/I:         DM=-27;
/M: SY='D'; M=-15, 12,-27, 21, -1,-15, -8, -4,-19,-12, -5,-12, -1,-19, -9,-14,-11,-11,-17,-22, -1, -6;
/M: SY='G'; M=  5,-10,-28,-11,-19,-29, 62,-20,-37,-19,-28,-19, -1,-19,-19,-20,  1,-18,-27,-20,-29,-19;
/M: SY='K'; M=-10,  0,-27,  0, -1,-24, -5, -8,-20, 18,-17,  3, -2,-14,  2,  7,-10,-12,-15,-23,-12,  0;
/M: SY='I'; M= -6,-21,-21,-25,-16,-10,-29,-16, 21,-14,  6, 16,-19,-21, -1,-14,-11, -6, 20,-24, -6,-10;
/M: SY='P'; M=-13,  0,-36, 11,  6,-33,-17,-14,-26,  0,-30,-21, -7, 52, -5,-11, -7,-10,-29,-31,-25, -2;
/M: SY='H'; M=-14,  4,-16,  0,  2,-17,-17, 24,-20, -4,-12, -7, 12,-20,  2,  5, -7,-10,-21,-31, -6,  0;
/M: SY='W'; M=-20,-40,-50,-40,-30, 10,-20,-30,-20,-20,-20,-20,-40,-30,-20,-20,-40,-30,-30,150, 30,-20;
/M: SY='Y'; M=-20,-16,-28,-18,-16, 26,-27, 34, -8,-14, -4,  0,-12,-27,-11, -9,-17,-13,-14,  9, 53,-16;
/M: SY='H'; M=-20,  0,-30,  0,  0,-20,-20,100,-30,-10,-20,  0, 10,-20, 10,  0,-10,-20,-30,-30, 20,  0;
/M: SY='P'; M=-11,-19,-29,-18, -7, -1,-27,-14,  0, -9, -2, -2,-18,  6,-12,-13,-15, -9, -5,-15,  2,-11;
/M: SY='E'; M= -4,  6,-22,  8, 13,-26,-10, -7,-25,  7,-25,-16,  5, -9,  8,  1, 12,  7,-18,-30,-16, 11;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='F'; M=-19,-29,-20,-39,-29, 70,-29,-17,  3,-27, 11,  8,-20,-29,-35,-19,-20,-10,  1,  6, 26,-27;
/M: SY='W'; M= -4,-30,-24,-34,-27, 26,-23,-25,  1,-22, -1, -4,-26,-27,-28,-20,-18,-11,  5, 33, 12,-24;
/M: SY='K'; M= -8,  1,-28,  3, 18,-32,-18, -2,-26, 26,-26, -9,  1, -9, 26, 16,  0, -7,-23,-23,-12, 22;
/I:         MD=-27;
/M: SY='K'; M= -5, -4,-13, -4, -1, -8,-10, -6, -7,  8, -3, -2, -2, -9,  0,  7, -5, -3, -6,-13, -5, -1; D=-5;
/I:         I=-7; MI=0; IM=0; DM=-27;
/M: SY='R'; M=-15, -6,-26, -9, -3,-18,-19, -4,-20, 22,-18, -8,  2,-20,  3, 46, -8, -8,-11,-24,-11, -3;
/M: SY='A'; M= 11, -1,-22, -2,  7,-29,  7, -9,-24, -4,-20,-13, -1,-11,  8, -9,  6, -7,-19,-24,-20,  8;
/M: SY='R'; M=-16, -2,-30,  2, 23,-20,-20,  6,-28, 16,-19,-13,  0,-12, 13, 31, -6,-11,-24,-23,-10, 16;
/M: SY='L'; M=  1,-21,-21,-21,-13, -7,-20,-20,  5,-20, 10,  2,-19,  0,-15,-19, -9, -4,  2,-26,-12,-15;
/M: SY='G'; M= -2, -9,-22,-11,-15,-16, 10,-20,-11,-18,-10, -8, -4,-17,-15,-18,  3,  3, -6,-26,-16,-16;
/M: SY='W'; M= -8,-17,-22,-20,-15, 12,-16,-17,-15,-13,-15,-13,-10,-20,-14, -7,  2,  3,-11, 14,  5,-13;
/M: SY='H'; M= -7,-13,-23,-15, -7, -7,-22,  8, -9, -1, -2,  1, -9,-21, -2,  6,-12,-10, -6,-20,  0, -6;
/M: SY='P'; M= -3, -8,-31, -4, -4,-29,  8,-17,-27, -5,-28,-18, -7, 26,-10,-13, -3, -9,-25,-26,-25, -9;
/I:         MD=-23;
/M: SY='E'; M= -2,  4,-15,  6,  7,-15,-11, -8, -8, -5,-10, -9,  1, -7, -1, -8,  5,  2, -6,-21,-10,  2; D=-4;
/I:         MD=-23;
/M: SY='Y'; M= -6,-10,-17,-10, -5,  2, -3, -5, -6, -8, -5, -4, -9,-15, -9, -9, -6, -7, -3, -5,  8, -8; D=-4;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-23; IM=0; DM=-23;
/M: SY='T'; M=  0,  2, -8,  1,  7,-10, -8, -6,-10, -2,-10, -8,  1, -4,  1, -4, 10, 13, -6,-17, -8,  4; D=-4;
/I:         DM=-23;
/M: SY='D'; M=-15, 26,-29, 35, 27,-35,-14,  9,-31,  4,-25,-19, 13, -9, 18, -2,  0,-10,-30,-33,-15, 22;
/M: SY='L'; M= -9,-29,-22,-33,-25,  4,-32,-23, 31,-27, 32, 22,-26,-26,-20,-22,-23, -9, 22,-21, -1,-24;
/M: SY='E'; M=-12,  2,-30,  8, 19,-24,-20, -3,-21,  6,-17, -9, -5,  5, 10, -2, -7,-10,-23,-23, -9, 13;
/M: SY='G'; M= -2,  0,-28, -4,-16,-28, 56,-14,-36,-16,-30,-20, 12,-20,-16,-16,  2,-16,-30,-24,-28,-16;
/M: SY='F'; M=-19,-30,-26,-38,-29, 59,-30,-19,  3,-27,  6,  0,-23,-29,-33,-20,-23,-13, -1, 26, 31,-28;
/M: SY='S'; M= -1,  0,-21,  2, 13,-25, -4, -8,-23, -4,-23,-16,  2, -5, 10, -6, 16,  7,-19,-31,-19, 11;
/M: SY='E'; M= -7,  5,-23,  3, 16,-17,-18, -7, -9, -4,-10,-10,  7,-12,  1, -8,  2,  0,-12,-31,-15,  8;
/M: SY='L'; M=-10,-30,-21,-31,-21,  9,-31,-21, 23,-30, 47, 20,-29,-29,-20,-21,-29,-10, 12,-20,  0,-21;
/M: SY='R'; M= -5, -5,-24, -5,  7,-22,-16, -6,-25, 18,-20,-12,  0,-13,  7, 32,  1, -2,-17,-24,-13,  4;
/M: SY='W'; M= -2, -8,-27, -9,-12,  5,-14,-18,-18,-15,-14,-16,-12,-19,-16,-17, -9, -9,-15, 25,  4,-12;
/M: SY='E'; M= -7, 23,-27, 31, 33,-31,-12, -1,-30,  4,-23,-22, 12, -7,  8, -5,  2, -8,-27,-33,-20, 21;
/M: SY='D'; M=-19, 45,-30, 64, 25,-39,-11,  0,-39,  1,-29,-29, 17, -9,  3, -9,  0,-10,-30,-39,-20, 14;
/M: SY='Q'; M=-10,  0,-30,  0, 16,-36,-20,  2,-24, 25,-24, -4,  0,-10, 41, 18, -4,-10,-26,-20,-10, 28;
/M: SY='E'; M= -1,  7,-27, 12, 36,-30,-16, -3,-26, 11,-20,-15,  0, -5, 19,  1,  0, -8,-24,-27,-18, 27;
/M: SY='K'; M= -4,  1,-23,  1,  9,-24,-16, -6,-20, 12,-18, -6,  0,-11, 10,  9,  1,  2,-15,-25,-12,  9;
/M: SY='I'; M= -8,-30,-21,-34,-26,  4,-34,-26, 34,-28, 28, 18,-26,-26,-22,-24,-21, -8, 28,-22, -2,-26;
/M: SY='K'; M= -8,  0,-25, -2,  5,-25,-20,-12,-25, 36,-25,-10,  0,-10,  5, 21, -3,  4,-15,-22,-10,  5;
/M: SY='K'; M=-11,  9,-29,  9, 12,-32,-17, -5,-29, 35,-29,-12,  7,-11, 14, 21, -6, -9,-23,-24,-12, 13;
/M: SY='A'; M=  8, -8,-20,-12, -3,-19,-15,  5,-11, -4, -6,  1, -6,-14,  8, -6, -1, -2,-10,-22, -7,  2;
/M: SY='I'; M=  1,-27,-21,-32,-23,  0,-29,-25, 27,-26, 25, 14,-23,-23,-20,-24,-18, -7, 21,-21, -4,-23;
/M: SY='P'; M= -2, -6,-32,  1, 23,-29,-17,-12,-23, -2,-23,-19,-10, 39,  2,-12, -3, -9,-26,-29,-24, 11;
/M: SY='A'; M= 12,  4,-18,  0, -6,-21, -6,-14,-14, -9,-16,-14,  2, -4, -9,-14,  7,  6, -8,-29,-19, -8;
/M: SY='I'; M= -5,-23,-25,-27,-25, -8, -4,-25, 14,-25,  7,  6,-16,-22,-21,-24,-12, -9, 10,-22,-10,-25;
/M: SY='K'; M= -2, -3,-26, -3,  1,-29,  6,-11,-29, 17,-28,-13,  1,-12,  6,  7,  2, -8,-21,-23,-17,  4;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2014_07 which contains 546'000 sequence entries.


Total number of hits 32 in 18 different sequences
Number of true positive hits 32 in 18 different sequences
Number of 'unknown' hits
Number of false positive hits
Number of false negative sequences 0
Number of 'partial' sequences 1
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] K_Hofmann
Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 3
Feature key [info] ZN_FING
Feature description [info] PARP-type
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
18 sequences

DNLI3_HUMAN (P49916), DNLI3_MOUSE (P97386), PARP1_ARATH (Q9ZP54), 
PARP1_BOVIN (P18493), PARP1_CHICK (P26446), PARP1_CRIGR (Q9R152), 
PARP1_HUMAN (P09874), PARP1_MAIZE (Q9ZSV1), PARP1_MOUSE (P11103), 
PARP1_ORYSJ (Q7EYV7), PARP1_RAT   (P27008), PARP1_XENLA (P31669), 
PARP_DROME  (P35875), PARP_SARPE  (Q11208), PME1_CAEEL  (Q9N4H4), 
YEU7_SCHPO  (O13706), YGI7_SCHPO  (Q9Y7K9), ZDP_ARATH   (Q84JE8)
» More

UniProtKB/Swiss-Prot
'Partial' sequences
1 sequence

PARP1_ONCMA (Q08824)

		
PDB
[Detailed view]
12 PDB

1UW0; 1V9X; 2CS2; 2DMJ; 2L30; 2L31; 3OD8; 3ODA; 3ODC; 3ODE; 4AV1; 4DQY

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission