Entry: PS50064

Forthcoming changes to the profile format
General information about the entry

Entry name [info] PARP_ZN_FINGER_2
Accession [info] PS50064
Entry type [info] MATRIX
Date [info] NOV-1997 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); SEP-2014 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC00360
Associated ProRule [info] PRU00264

Name and characterization of the entry

Description [info] Poly(ADP-ribose) polymerase zinc finger domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=89;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=84;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=.1357; R2=.01506700; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=4458.14126; R2=25.48686; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=555; N_SCORE=8.5; H_SCORE=16921; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=422; N_SCORE=6.5; H_SCORE=15214; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=-40; E1=-40; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='F'; M=-20,-27,-23,-34,-27, 64,-30, -7,  0,-24,  7,  0,-20,-30,-30,-17,-20,-10, -3, 16, 46,-27;
/M: SY='A'; M=  3,-13, -4,-16,-12,-20,  3,-16,-22, -3,-13,-10, -8,-21,-10,  2, -6,-10,-13,-24,-18,-12;
/M: SY='V'; M= 20,-21,-13,-27,-21, -9,-19,-26, 16,-17,  3,  3,-20,-20,-20,-22, -3, -2, 25,-24,-13,-21;
/M: SY='E'; M=-11, 14,-30, 24, 48,-32,-12, -1,-32,  7,-22,-21,  3, -3, 16, -2,  0,-11,-30,-30,-20, 32;
/M: SY='Y'; M=-20,-20,-30,-20,-20, 30,-30, 20,  0,-10,  0,  0,-20,-30,-10,-10,-20,-10,-10, 30, 80,-20;
/M: SY='A'; M= 46, -9,-10,-18, -9,-20,  0,-19,-11,-10,-12,-11, -8,-10, -9,-19, 13,  2, -1,-22,-20, -9;
/M: SY='K'; M=-11, -1,-30, -1,  9,-29,-20, -9,-30, 48,-29,-10,  0,-11, 10, 34,-10,-10,-20,-20,-10,  9;
/M: SY='S'; M=  5, -1,-13, -2, -1,-19, -5,-10,-20, -5,-27,-18,  8,-11,  0,  0, 32, 19,-10,-36,-18, -1;
/M: SY='G'; M= -1,  5,-24,  0, -9,-26, 38,-10,-31,-12,-30,-20, 17,-18,-10,-13, 10, -8,-26,-29,-25,-10;
/M: SY='R'; M=-17, -9,-27,-10, -1,-19,-20, -3,-27, 25,-19,-10,  0,-19,  7, 60, -6, -2,-17,-21,-10, -1;
/M: SY='A'; M= 37, -7,-10,-13, -7,-20,  0,-17,-13,-10,-17,-13, -3,-10, -7,-17, 20,  7, -3,-27,-20, -7;
/M: SY='S'; M=  7, -3,-13, -7, -7,-17,  1,-15,-17,-11,-20,-13,  3,-12, -6,-12, 24, 23, -8,-32,-17, -7;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='K'; M=-12, -2,-30, -2,  8,-28,-20, -8,-30, 47,-28,-10,  0,-12, 10, 36,-10,-10,-20,-20,-10,  8;
/M: SY='G'; M= -3, -5,-29, -5, -7,-29, 30,-15,-35,  8,-30,-16,  1,-15, -7,  0, -1,-14,-25,-21,-22, -7;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='K'; M= -7, -2,-27,  0, 14,-24, -7, -8,-23, 16,-19, -6, -2,-11,  6,  6, -3, -8,-19,-24,-15, 10;
/M: SY='E'; M= -9, 12,-27, 17, 34,-31,-15,  2,-26,  6,-23,-16,  8, -6, 25,  1,  5, -6,-28,-30,-17, 29;
/M: SY='K'; M= -5,  3,-23,  1,  5,-25,-15, -9,-25, 28,-28,-13,  7,-11,  5, 16,  4,  3,-17,-26,-13,  5;
/M: SY='I'; M=-10,-30,-30,-40,-30,  0,-40,-30, 50,-30, 20, 20,-20,-20,-20,-30,-20,-10, 30,-20,  0,-30;
/M: SY='E'; M=  0, -1,-23,  2, 12,-21,-15,-11,-14, -6,-14,-13, -3,  2, -2,-11,  2, -3,-11,-31,-19,  4;
/M: SY='K'; M= -4, -1,-28, -2,  8,-29,-18,-11,-28, 44,-28,-10, -1,-10,  8, 25, -8, -9,-18,-20,-11,  8;
/M: SY='D'; M=-10, 18,-30, 28,  4,-34, 27, -9,-39, -9,-29,-24,  9,-14, -8,-14,  0,-15,-30,-30,-25, -2;
/M: SY='Q'; M= -2, -9,-19,-11, -3,-18,-19,-10, -3, -8, -8, -2, -5,-15, 11, -8,  7,  6, -2,-28,-11,  4;
/M: SY='L'; M= -8,-28, -3,-32,-25,  2,-32,-25, 22,-27, 26, 15,-26,-29,-22,-23,-21, -8, 19,-26, -6,-25;
/M: SY='R'; M=-18,-10,-30,-10, -2,-21,-13, -2,-31, 26,-21,-11,  0,-20,  8, 63, -9,-11,-21,-20,-12, -2;
/M: SY='I'; M=-10,-29,-25,-35,-25,  4,-34,-22, 35,-27, 31, 26,-24,-24,-17,-24,-24,-10, 20,-20,  0,-24;
/M: SY='A'; M= 23, -7,-16,-12, -7,-21,  6,-14,-19, -5,-19,-14, -2,-13, -6, -4, 13,  1, -9,-25,-20, -7;
/M: SY='K'; M= -4,-12,-25,-15, -6,-14,-24,-18, -4, 15,-10, -1,-10,-16, -5,  5,-11, -8,  0,-20, -7, -6;
/M: SY='M'; M= -7,-13,-20,-19,-12, -9,-21, -9,  4,  4,  2, 25,-13,-17, -3, -1,-10,  1,  6,-23, -5, -8;
/M: SY='V'; M= -1,-27,-11,-28,-27, -1,-27,-25, 26,-18,  9, 15,-26,-28,-24,-18, -8,  0, 41,-29, -9,-26;
/M: SY='Q'; M= -9,-13,-26,-12,  0,-14,-24, -6, -5, -5,-10, -1,-13, -5, 14, -6, -7, -7, -6,-18, -3,  6;
/M: SY='D'; M= -5, 18,-19, 22,  5,-23, -6,  3,-25, -6,-28,-21, 17,-13,  0, -8, 18,  5,-19,-35,-12,  2;
/M: SY='P'; M=  4,-15,-28,-13, -5,-23,-16,-21,-14,-11,-21,-15,-15, 47,-11,-18, -1,  2,-15,-28,-24,-11;
/M: SY='F'; M=-14, -9,-24,-10,  7, 14,-23, -7, -7, -9,  0,  7,-11,-16, -6,-10,-12,-10,-10,-15,  2,  2;
/M: SY='F'; M=-11,-13,-22,-16,-11,  8,-22,  7,-11, -3,-11, -3, -7,-21,-11,  0, -6, -7, -5,-18,  5,-11;
/I:         I=-7; MI=-5; MD=-27; IM=-5;
/M: SY='P'; M= -5, -7,-17, -5,  4,-11,-11, -5, -6, -3, -7,  2, -8, 19,  0, -7, -6, -5,-10,-14,-10,  1; D=-5;
/I:         DM=-27;
/M: SY='Q'; M= -3,  0,-13,  0,  7,-17, -8,  0,-12,  9,-13, -4,  1, -5, 17,  6,  3, -2,-12,-13, -7, 12; D=-5;
/I:         DM=-27;
/M: SY='D'; M=-15, 12,-27, 21, -1,-15, -8, -4,-19,-12, -5,-12, -1,-19, -9,-14,-11,-11,-17,-22, -1, -6;
/M: SY='G'; M=  5,-10,-28,-11,-19,-29, 62,-20,-37,-19,-28,-19, -1,-19,-19,-20,  1,-18,-27,-20,-29,-19;
/M: SY='K'; M=-10,  0,-27,  0, -1,-24, -5, -8,-20, 18,-17,  3, -2,-14,  2,  7,-10,-12,-15,-23,-12,  0;
/M: SY='I'; M= -6,-21,-21,-25,-16,-10,-29,-16, 21,-14,  6, 16,-19,-21, -1,-14,-11, -6, 20,-24, -6,-10;
/M: SY='P'; M=-13,  0,-36, 11,  6,-33,-17,-14,-26,  0,-30,-21, -7, 52, -5,-11, -7,-10,-29,-31,-25, -2;
/M: SY='H'; M=-14,  4,-16,  0,  2,-17,-17, 24,-20, -4,-12, -7, 12,-20,  2,  5, -7,-10,-21,-31, -6,  0;
/M: SY='W'; M=-20,-40,-50,-40,-30, 10,-20,-30,-20,-20,-20,-20,-40,-30,-20,-20,-40,-30,-30,150, 30,-20;
/M: SY='Y'; M=-20,-16,-28,-18,-16, 26,-27, 34, -8,-14, -4,  0,-12,-27,-11, -9,-17,-13,-14,  9, 53,-16;
/M: SY='H'; M=-20,  0,-30,  0,  0,-20,-20,100,-30,-10,-20,  0, 10,-20, 10,  0,-10,-20,-30,-30, 20,  0;
/M: SY='P'; M=-11,-19,-29,-18, -7, -1,-27,-14,  0, -9, -2, -2,-18,  6,-12,-13,-15, -9, -5,-15,  2,-11;
/M: SY='E'; M= -4,  6,-22,  8, 13,-26,-10, -7,-25,  7,-25,-16,  5, -9,  8,  1, 12,  7,-18,-30,-16, 11;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='F'; M=-19,-29,-20,-39,-29, 70,-29,-17,  3,-27, 11,  8,-20,-29,-35,-19,-20,-10,  1,  6, 26,-27;
/M: SY='W'; M= -4,-30,-24,-34,-27, 26,-23,-25,  1,-22, -1, -4,-26,-27,-28,-20,-18,-11,  5, 33, 12,-24;
/M: SY='K'; M= -8,  1,-28,  3, 18,-32,-18, -2,-26, 26,-26, -9,  1, -9, 26, 16,  0, -7,-23,-23,-12, 22;
/I:         MD=-27;
/M: SY='K'; M= -5, -4,-13, -4, -1, -8,-10, -6, -7,  8, -3, -2, -2, -9,  0,  7, -5, -3, -6,-13, -5, -1; D=-5;
/I:         I=-7; MI=0; IM=0; DM=-27;
/M: SY='R'; M=-15, -6,-26, -9, -3,-18,-19, -4,-20, 22,-18, -8,  2,-20,  3, 46, -8, -8,-11,-24,-11, -3;
/M: SY='A'; M= 11, -1,-22, -2,  7,-29,  7, -9,-24, -4,-20,-13, -1,-11,  8, -9,  6, -7,-19,-24,-20,  8;
/M: SY='R'; M=-16, -2,-30,  2, 23,-20,-20,  6,-28, 16,-19,-13,  0,-12, 13, 31, -6,-11,-24,-23,-10, 16;
/M: SY='L'; M=  1,-21,-21,-21,-13, -7,-20,-20,  5,-20, 10,  2,-19,  0,-15,-19, -9, -4,  2,-26,-12,-15;
/M: SY='G'; M= -2, -9,-22,-11,-15,-16, 10,-20,-11,-18,-10, -8, -4,-17,-15,-18,  3,  3, -6,-26,-16,-16;
/M: SY='W'; M= -8,-17,-22,-20,-15, 12,-16,-17,-15,-13,-15,-13,-10,-20,-14, -7,  2,  3,-11, 14,  5,-13;
/M: SY='H'; M= -7,-13,-23,-15, -7, -7,-22,  8, -9, -1, -2,  1, -9,-21, -2,  6,-12,-10, -6,-20,  0, -6;
/M: SY='P'; M= -3, -8,-31, -4, -4,-29,  8,-17,-27, -5,-28,-18, -7, 26,-10,-13, -3, -9,-25,-26,-25, -9;
/I:         MD=-23;
/M: SY='E'; M= -2,  4,-15,  6,  7,-15,-11, -8, -8, -5,-10, -9,  1, -7, -1, -8,  5,  2, -6,-21,-10,  2; D=-4;
/I:         MD=-23;
/M: SY='Y'; M= -6,-10,-17,-10, -5,  2, -3, -5, -6, -8, -5, -4, -9,-15, -9, -9, -6, -7, -3, -5,  8, -8; D=-4;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-23; IM=0; DM=-23;
/M: SY='T'; M=  0,  2, -8,  1,  7,-10, -8, -6,-10, -2,-10, -8,  1, -4,  1, -4, 10, 13, -6,-17, -8,  4; D=-4;
/I:         DM=-23;
/M: SY='D'; M=-15, 26,-29, 35, 27,-35,-14,  9,-31,  4,-25,-19, 13, -9, 18, -2,  0,-10,-30,-33,-15, 22;
/M: SY='L'; M= -9,-29,-22,-33,-25,  4,-32,-23, 31,-27, 32, 22,-26,-26,-20,-22,-23, -9, 22,-21, -1,-24;
/M: SY='E'; M=-12,  2,-30,  8, 19,-24,-20, -3,-21,  6,-17, -9, -5,  5, 10, -2, -7,-10,-23,-23, -9, 13;
/M: SY='G'; M= -2,  0,-28, -4,-16,-28, 56,-14,-36,-16,-30,-20, 12,-20,-16,-16,  2,-16,-30,-24,-28,-16;
/M: SY='F'; M=-19,-30,-26,-38,-29, 59,-30,-19,  3,-27,  6,  0,-23,-29,-33,-20,-23,-13, -1, 26, 31,-28;
/M: SY='S'; M= -1,  0,-21,  2, 13,-25, -4, -8,-23, -4,-23,-16,  2, -5, 10, -6, 16,  7,-19,-31,-19, 11;
/M: SY='E'; M= -7,  5,-23,  3, 16,-17,-18, -7, -9, -4,-10,-10,  7,-12,  1, -8,  2,  0,-12,-31,-15,  8;
/M: SY='L'; M=-10,-30,-21,-31,-21,  9,-31,-21, 23,-30, 47, 20,-29,-29,-20,-21,-29,-10, 12,-20,  0,-21;
/M: SY='R'; M= -5, -5,-24, -5,  7,-22,-16, -6,-25, 18,-20,-12,  0,-13,  7, 32,  1, -2,-17,-24,-13,  4;
/M: SY='W'; M= -2, -8,-27, -9,-12,  5,-14,-18,-18,-15,-14,-16,-12,-19,-16,-17, -9, -9,-15, 25,  4,-12;
/M: SY='E'; M= -7, 23,-27, 31, 33,-31,-12, -1,-30,  4,-23,-22, 12, -7,  8, -5,  2, -8,-27,-33,-20, 21;
/M: SY='D'; M=-19, 45,-30, 64, 25,-39,-11,  0,-39,  1,-29,-29, 17, -9,  3, -9,  0,-10,-30,-39,-20, 14;
/M: SY='Q'; M=-10,  0,-30,  0, 16,-36,-20,  2,-24, 25,-24, -4,  0,-10, 41, 18, -4,-10,-26,-20,-10, 28;
/M: SY='E'; M= -1,  7,-27, 12, 36,-30,-16, -3,-26, 11,-20,-15,  0, -5, 19,  1,  0, -8,-24,-27,-18, 27;
/M: SY='K'; M= -4,  1,-23,  1,  9,-24,-16, -6,-20, 12,-18, -6,  0,-11, 10,  9,  1,  2,-15,-25,-12,  9;
/M: SY='I'; M= -8,-30,-21,-34,-26,  4,-34,-26, 34,-28, 28, 18,-26,-26,-22,-24,-21, -8, 28,-22, -2,-26;
/M: SY='K'; M= -8,  0,-25, -2,  5,-25,-20,-12,-25, 36,-25,-10,  0,-10,  5, 21, -3,  4,-15,-22,-10,  5;
/M: SY='K'; M=-11,  9,-29,  9, 12,-32,-17, -5,-29, 35,-29,-12,  7,-11, 14, 21, -6, -9,-23,-24,-12, 13;
/M: SY='A'; M=  8, -8,-20,-12, -3,-19,-15,  5,-11, -4, -6,  1, -6,-14,  8, -6, -1, -2,-10,-22, -7,  2;
/M: SY='I'; M=  1,-27,-21,-32,-23,  0,-29,-25, 27,-26, 25, 14,-23,-23,-20,-24,-18, -7, 21,-21, -4,-23;
/M: SY='P'; M= -2, -6,-32,  1, 23,-29,-17,-12,-23, -2,-23,-19,-10, 39,  2,-12, -3, -9,-26,-29,-24, 11;
/M: SY='A'; M= 12,  4,-18,  0, -6,-21, -6,-14,-14, -9,-16,-14,  2, -4, -9,-14,  7,  6, -8,-29,-19, -8;
/M: SY='I'; M= -5,-23,-25,-27,-25, -8, -4,-25, 14,-25,  7,  6,-16,-22,-21,-24,-12, -9, 10,-22,-10,-25;
/M: SY='K'; M= -2, -3,-26, -3,  1,-29,  6,-11,-29, 17,-28,-13,  1,-12,  6,  7,  2, -8,-21,-23,-17,  4;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2014_10 which contains 546'790 sequence entries.


Total number of hits 32 in 18 different sequences
Number of true positive hits 32 in 18 different sequences
Number of 'unknown' hits
Number of false positive hits
Number of false negative sequences 0
Number of 'partial' sequences 1
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] K_Hofmann
Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 3
Feature key [info] ZN_FING
Feature description [info] PARP-type
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
18 sequences

DNLI3_HUMAN (P49916), DNLI3_MOUSE (P97386), PARP1_ARATH (Q9ZP54), 
PARP1_BOVIN (P18493), PARP1_CHICK (P26446), PARP1_CRIGR (Q9R152), 
PARP1_HUMAN (P09874), PARP1_MAIZE (Q9ZSV1), PARP1_MOUSE (P11103), 
PARP1_ORYSJ (Q7EYV7), PARP1_RAT   (P27008), PARP1_XENLA (P31669), 
PARP_DROME  (P35875), PARP_SARPE  (Q11208), PME1_CAEEL  (Q9N4H4), 
YEU7_SCHPO  (O13706), YGI7_SCHPO  (Q9Y7K9), ZDP_ARATH   (Q84JE8)
» More

UniProtKB/Swiss-Prot
'Partial' sequences
1 sequence

PARP1_ONCMA (Q08824)

		
PDB
[Detailed view]
15 PDB

1UW0; 1V9X; 2CS2; 2DMJ; 2L30; 2L31; 3OD8; 3ODA; 3ODC; 3ODE; 4AV1; 4DQY; 4OPX; 4OQA; 4OQB
» More

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission