PROSITE entry PS50071

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
PURL: https://purl.expasy.org/prosite/signature/PS50071

Direct ScanProsite submission

General information about the entry

Entry name [info]	HOMEOBOX_2
Accession [info]	PS50071
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-NOV-1997 CREATED; 10-MAY-2017 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC00027
Associated ProRule [info]	PRU00108

Name and characterization of the entry

Description [info]

'Homeobox' domain profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=61;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=56;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.1179000; R2=0.0161953; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=3296.3750000; R2=2.4588416; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=456; H_SCORE=4418; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=333; H_SCORE=4115; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=-60; E1=-60; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='R';  M= -4, -4,-23, -5, -2,-21, -3, -8,-21,  1,-20,-12,  0,-10, -1,  2,  1, -5,-17,-22,-14, -2;
/M: SY='R';  M= -7,  1,-25,  1,  4,-24,-13, -4,-22, 10,-20,-10,  1, -9,  5, 11, -1, -5,-17,-26,-14,  3;
/M: SY='R';  M= -5, -2,-25, -2,  1,-24, -7, -7,-23,  8,-22,-12,  2, -6,  4,  9,  0, -5,-18,-26,-16,  1;
/M: SY='R';  M=-12, -5,-26, -6,  2,-21,-17, -6,-25, 23,-22,-10, -1,-11,  5, 31, -6, -6,-18,-21,-11,  2;
/M: SY='R';  M=-11, -5,-28, -6,  4,-23,-15, -6,-26, 25,-22,-11,  0,-14,  7, 35, -6, -8,-18,-20,-11,  3;
/M: SY='K';  M= -7, -6,-26, -6,  0,-21,-14, -9,-19, 11,-20,-10, -2,  0,  0,  8, -3, -4,-15,-24,-13, -2;
/M: SY='R';  M=-16, -9,-28, -9,  0,-21,-18, -2,-28, 27,-20, -9, -1,-17,  9, 54, -9, -9,-19,-20, -9,  1;
/M: SY='T';  M= -4, -6,-14,-11, -9,-11,-17,-12,-11, -6, -9, -7, -4,-14, -6, -2,  7, 21, -4,-26, -8, -8;
/M: SY='T';  M=  1, -8,-16,-12, -8,-13,-14,-12,-11, -3,-12, -8, -3,-13, -7,  1,  4,  5, -5,-27,-13, -9;
/M: SY='F';  M=-14,-24,-23,-30,-23, 35,-29,-12,  8,-23, 12,  5,-18,-25,-23,-18,-19, -9,  2,  0, 22,-23;
/M: SY='T';  M=  0,  3,-17, -1,  1,-19,-10,-12,-18, -5,-20,-15,  5, -4, -4, -8, 16, 22,-12,-32,-16, -2;
/M: SY='E';  M= -4,  1,-24,  2,  4,-23,-12, -8,-19,  3,-19,-13,  0, -1,  0,  1,  2, -1,-15,-28,-16,  1;
/M: SY='E';  M= -5,  2,-25,  3, 11,-18,-15,  1,-18,  0,-15,-11,  1,-11,  4, -3, -2, -5,-17,-24, -7,  7;
/M: SY='Q';  M= -3, -4,-25, -4, 12,-30,-19,  1,-14,  3,-16, -3, -3,-11, 34,  1,  1, -5,-18,-22,-10, 23;
/M: SY='L';  M= -7,-20,-20,-22,-15, -4,-26,-19,  9,-11, 14,  7,-17,-22,-13, -5,-13, -1,  9,-23, -6,-15;
/M: SY='E';  M= -5, -3,-24, -3,  4,-18,-13, -4,-16,  0,-12, -8, -2,-12,  4,  1, -2, -4,-15,-23,-10,  3;
/M: SY='E';  M= -1,-10,-21,-11,  3,-12,-19,-12, -5, -5, -6, -4, -9,-13, -3, -5, -3, -2, -3,-23,-10, -1;
/M: SY='L';  M=-10,-29,-19,-30,-20, 10,-29,-19, 19,-29, 47, 21,-29,-30,-19,-20,-29,-10,  9,-19,  0,-20;
/M: SY='E';  M=-11,  5,-29, 10, 35,-26,-20,  1,-26, 14,-18,-13,  0, -7, 17, 10, -4,-10,-25,-25,-13, 25;
/M: SY='K';  M= -1,  2,-23,  0,  6,-24,-14, -5,-21, 15,-21,-10,  3,-12,  7, 11,  1, -3,-16,-25,-13,  6;
/M: SY='E';  M= -5,-10,-22,-10,  4, -9,-19, -2,-14, -5,-11, -8, -9,-16, -2, -5, -5, -6,-12, -5,  2,  0;
/M: SY='F';  M=-19,-29,-22,-37,-28, 68,-30,-15,  1,-27, 10,  1,-21,-30,-35,-19,-21,-10, -1, 13, 34,-28;
/M: SY='Q';  M= -5, -2,-24, -2,  7,-19,-17,  4,-16,  3, -9, -4, -2,-15,  8,  2, -6, -8,-16,-23, -7,  7;
/M: SY='E';  M= -8, -5,-23, -6,  3,-11,-20, -5,-13,  2,-11, -6, -4,-16,  2,  2, -5, -5,-11,-20, -4,  2;
/I:         I=-8; MI=-8; IM=-8; DM=-15; MD=-15;
/M: SY='N';  M= -9, 17,-13,  9,  2,-22, -9,  5,-22, -2,-24,-15, 23,-17,  4, -3,  6,  0,-23,-32,-14,  3;
/M: SY='P';  M= -7, -5,-28, -4,  3,-26,-16, -2,-22,  6,-24,-11, -2, 15,  6,  6, -2, -6,-22,-27,-16,  2;
/M: SY='Y';  M=-15,-13,-28,-15,-13, 13,-25, 10, -8,  0, -7, -4,-10,-25, -6,  0,-13, -7,-12, 10, 46,-13;
/M: SY='P';  M=-10,-24,-32,-19, -9,-14,-25,-21, -1,-18,  0, -3,-24, 40,-15,-21,-17,-10,-10,-26,-18,-15;
/M: SY='S';  M=  1,  8,-13,  6,  0,-20, -7,-10,-20, -7,-22,-17,  9,-11, -4, -9, 20, 19,-12,-34,-17, -2;
/M: SY='R';  M= -4, -7,-24, -6,  2,-21,-14, -9,-17,  5,-16,-10, -5, -5,  0,  8, -2, -5,-12,-24,-14,  0;
/M: SY='E';  M= -4, -1,-25,  1, 13,-23,-15, -3,-21,  5,-17,-10, -3, -5,  9,  2, -1, -6,-18,-24,-12, 10;
/M: SY='E';  M=-10,  3,-26,  7, 17,-25,-18, -4,-22, 11,-17,-10,  0,-11, 10, 14, -3, -6,-17,-26,-14, 13;
/M: SY='R';  M=-15,-12,-28,-14, -4,-16,-23, -8,-14, 19,-11, -3, -6,-19,  3, 35,-12,-10,-10,-19, -7, -4;
/M: SY='E';  M= -5, -4,-23, -4,  8,-18,-20, -7,-10, -1,-10, -6, -4,-13,  5, -1, -2, -3,-10,-24,-10,  6;
/M: SY='E';  M= -7,  2,-25,  4, 20,-24,-17,  0,-21,  7,-16, -9,  1,-10, 14,  6, -1, -5,-19,-26,-12, 16;
/M: SY='L';  M=-10,-29,-23,-32,-23,  8,-32,-21, 27,-28, 38, 20,-27,-27,-20,-22,-26,-10, 16,-18,  1,-23;
/M: SY='A';  M= 35, -9,-11,-16, -9,-18, -2,-18, -9,-11,-12,-10, -7,-12, -9,-17, 13,  4,  0,-25,-19, -9;
/M: SY='Q';  M= -4,  1,-25,  1,  9,-23,-16,  1,-20,  9,-17, -9,  1,-13, 10,  9, -1, -6,-16,-25,-11,  9;
/M: SY='E';  M= -4, -2,-23, -2, 10,-22,-17, -5,-16,  5,-14, -6, -2,-12, 10,  3,  0, -2,-14,-25,-12, 10;
/M: SY='L';  M= -6,-22,-13,-25,-18,  3,-27,-21, 12,-24, 27, 10,-21,-25,-18,-18,-15,  4,  9,-23, -4,-18;
/I:         I=-4; MI=-8; IM=-8; DM=-15; MD=-15;
/M: SY='G';  M= -6,  4,-23,  2, -4,-26, 16, -4,-28, -4,-24,-14, 10,-16, -3, -5,  1,-10,-24,-27,-19, -4;
/M: SY='L';  M= -9,-28,-20,-30,-20,  7,-29,-19, 20,-27, 40, 21,-27,-26,-18,-20,-26, -9, 11,-20,  0,-19;
/M: SY='T';  M= -2,  3,-17,  1,  2,-21,-12,-10,-19, -3,-21,-14,  4, -4,  0, -5, 14, 16,-13,-32,-16,  1;
/M: SY='E';  M= -9, -3,-28,  2, 18,-20,-21, -8,-17,  5,-14,-10, -6,  1,  4,  1, -5, -6,-16,-25,-13, 10;
/M: SY='R';  M= -6, -3,-22, -4,  2,-19,-15, -6,-20,  9,-17,-11,  1,-14,  3, 18,  1,  1,-14,-26,-12,  0;
/M: SY='Q';  M= -8, -4,-25, -4,  9,-29,-21,  1,-13,  6,-15, -2, -3,-14, 33,  9, -1, -5,-15,-23,-10, 20;
/M: SY='V';  M= -4,-29,-17,-32,-29,  0,-32,-29, 34,-23, 14, 13,-26,-26,-26,-22,-14, -4, 40,-26, -7,-29;
/M: SY='K';  M= -6, -1,-23, -2,  6,-26,-16, -6,-22, 20,-22, -9,  2,-13, 11, 16, -1, -4,-17,-24,-12,  8;
/M: SY='I';  M= -5,-12,-20,-19,-18, -7,-25,-18, 17,-14,  1,  4, -5,-21,-15,-16, -7, -1, 16,-27, -8,-18;
/M: SY='W';  M=-20,-39,-48,-40,-30, 14,-21,-29,-18,-21,-18,-18,-39,-30,-21,-20,-39,-29,-28,140, 30,-21;
/M: SY='F';  M=-19,-30,-20,-39,-29, 77,-30,-19,  1,-29, 10,  0,-20,-30,-39,-20,-20,-10,  1,  9, 30,-29;
/M: SY='Q';  M= -7, -4,-16, -7,  6,-29,-19,  0,-14,  2,-16, -1, -2,-14, 29,  1, -1, -7,-18,-24,-11, 17;
/M: SY='N';  M=-10, 35,-21, 19,  1,-21, -2,  8,-20,  0,-28,-19, 51,-18,  1, -1,  9,  0,-28,-38,-19,  1;
/M: SY='R';  M= -8, -7,-26, -9,  0,-21,-17, -2,-24, 20,-19, -8, -1,-16,  8, 40, -5, -5,-16,-21,-10,  1;
/M: SY='R';  M=-19,-10,-30,-10,  0,-19,-20,  0,-29, 28,-19, -9,  0,-20, 10, 65,-10, -9,-20,-20, -9,  0;
/M: SY='A';  M=  6,-10,-18,-16, -8,-13,-15, -6, -8, -2, -8,  2, -7,-16,  2,  1, -2, -2, -6,-18, -5, -4;
/M: SY='R';  M=-11, -4,-28, -4,  5,-24,-19, -6,-27, 35,-24,-10,  0,-14,  9, 37, -7, -7,-19,-20, -9,  5;
/M: SY='W';  M= -7,-10,-23,-10, -3,-10,-18, -8,-11, -9, -7, -5,-11,-18, -3,-10, -9, -9,-12,  1, -1, -3;
/M: SY='R';  M=-12, -6,-30, -7,  2,-23,-15, -8,-27, 31,-23, -9, -2,-14,  6, 34,-10,-11,-19,-15,-10,  2;
/M: SY='R';  M=-11, -5,-27, -7,  0,-18,-19, -5,-22, 21,-19, -9, -1,-15,  4, 25, -8, -7,-16,-16, -7,  1;
/M: SY='Q';  M= -5, -3,-23, -4,  4,-21,-14, -6,-14,  2,-13, -7, -1,-10,  6,  2,  0, -4,-13,-27,-13,  4;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2025_03 which contains 573'661 sequence entries.

Total number of hits	1'714 in 1'637 different sequences
Number of true positive hits	1'702 in 1'625 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	12 in 12 different sequences
Number of false negative sequences	54
Number of 'partial' sequences	6

Precision (true positives / (true positives + false positives))	99.30 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	96.92 %

Comments [info]

Taxonomic range [info]	Eukaryotes, Eukaryotic viruses
Maximum number of repetitions [info]	4
Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	reversed
Author [info]	K_Hofmann
Feature key [info]	DNA_BIND
Feature description [info]	Homeobox
Version [info]	5

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences	1625 sequences ABDA_AEDAE (P29552), ABDA_ANOGA (O76762), ABDA_APIME (P15856), » more Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits: [Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color] [Clustal format, plain text] [Fasta format] Retrieve the sequence logo from the alignment
UniProtKB/Swiss-Prot False negative sequences	54 sequences ADN1A_DANRE (F1QLG5), ADN2A_DANRE (A4QP16), ADNP2_HUMAN (Q6IQ32), » more
UniProtKB/Swiss-Prot 'Partial' sequences	6 sequences BCD_DROSU (P55924), DLX1_RAT(Q64202), DLX2_RAT(Q64204), » more
UniProtKB/Swiss-Prot False positive sequences	12 sequences CERS2_BOVIN (Q3ZBF8), CERS2_HUMAN (Q96G23), CERS2_MOUSE (Q924Z4), » more
PDB [Detailed view]	232 PDB 1AHD; 1AKH; 1APL; 1AU7; 1B72; 1B8I; 1BW5; 1CQT; 1DU0; 1DU6; 1E3O; 1ENH; » more