Entry: PS50090

Forthcoming changes to the profile format
General information about the entry

Entry name [info] MYB_LIKE
Accession [info] PS50090
Entry type [info] MATRIX
Date [info] DEC-2001 (CREATED); FEB-2007 (DATA UPDATE); SEP-2014 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC00037
Associated ProRule [info] PRU00133

Name and characterization of the entry

Description [info] Myb-like domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=52;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=1; N2=52;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=0.3846165; R2=0.0116124; TEXT='NScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=483; N_SCORE=5.9875995; MODE=1; TEXT='R';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=301; N_SCORE=3.8741427; MODE=1; TEXT='R?';
/DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=-40; E1=-40; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='R'; M= -7,  1,-24, -2, -1,-21, -6, -2,-22,  7,-19,-11,  7,-15,  0, 12,  0, -4,-17,-27,-13, -2;
/M: SY='P'; M= -5, -9,-28, -6,  2,-24,-14,-13,-15, -4,-21,-12, -8, 23, -2, -8, -1, -4,-15,-28,-20, -3;
/M: SY='N'; M= -9,  7,-26,  8,  6,-22, -6, -2,-24,  3,-23,-15,  9, -8,  0,  2,  1, -6,-21,-28,-14,  2;
/M: SY='L'; M= -7,-14,-23,-15, -9,-11,-22, -8, -2, -4,  1,  1,-11,-17, -7,  0,-11, -7,  0,-22, -6, -9;
/M: SY='K'; M= -5,  2,-22, -3,  0,-22,-11, -8,-19, 13,-21,-11,  7,-15,  1, 11, -1, -4,-14,-26,-14,  0;
/M: SY='R'; M= -9, -6,-28, -6,  3,-23,-12, -8,-27, 24,-23,-11, -2,-10,  5, 30, -5, -7,-19,-21,-13,  2;
/M: SY='G'; M= -2, -2,-23, -3, -7,-23, 21,-13,-26, -6,-23,-14,  4,-16, -9, -6,  5, -4,-18,-27,-21, -8;
/M: SY='P'; M=  0, -3,-22, -4,  0,-21,-13,-10,-18,  2,-20,-13,  2,  5, -3,  1,  3, -1,-16,-28,-16, -3;
/M: SY='W'; M=-19,-38,-43,-40,-30, 21,-23,-28,-13,-22,-13,-15,-36,-30,-23,-21,-36,-26,-22,117, 28,-22;
/M: SY='T'; M=  1, -1,-13, -5, -5,-15,-13,-16,-14, -8,-17,-13,  1, -6, -7,-10, 21, 31, -5,-33,-14, -6;
/M: SY='E'; M= -7,  0,-27,  2, 10,-24,-18, -4,-20, 10,-19,-10, -2, -3,  6,  5, -4, -7,-16,-26,-13,  7;
/M: SY='E'; M= -6, 10,-26, 17, 34,-29,-16, -3,-26,  5,-21,-18,  1, -2, 12, -3,  3, -5,-23,-31,-19, 23;
/M: SY='E'; M=-11, 14,-30, 24, 55,-31,-19,  0,-31,  9,-21,-21,  2, -1, 19, -1,  0,-10,-30,-31,-20, 37;
/M: SY='D'; M=-14, 25,-27, 36, 19,-30,-14, -2,-27,  0,-20,-18,  8,-10,  4, -7,  0, -5,-21,-34,-16, 11;
/M: SY='E'; M= -9,  1,-27,  3, 16,-21,-20, -4,-16,  4,-10, -7, -2,-12, 13,  4, -5, -8,-17,-24,-11, 14;
/M: SY='M'; M=  0,-13,-23,-17, -6,-11,-21,-13, -1, -1,  0,  3,-11,-16, -3, -3, -9, -6, -2,-21, -8, -5;
/M: SY='L'; M= -9,-30,-22,-33,-23, 12,-32,-23, 25,-29, 38, 18,-27,-27,-22,-22,-26, -9, 15,-18,  1,-23;
/M: SY='I'; M= -7,-21,-23,-24,-14, -4,-29,-18, 14,-11, 10,  8,-18,-19,-12,-10,-15, -7, 11,-20, -1,-15;
/M: SY='E'; M= -5,  4,-24,  4, 10,-24,-15, -2,-22, 10,-18,-11,  3,-12,  7,  8,  1, -2,-18,-27,-12,  8;
/M: SY='L'; M=  2,-20,-20,-24,-18,  1,-14,-14,  4,-20, 15,  5,-18,-23,-16,-18,-14, -7,  2,-14,  1,-17;
/M: SY='V'; M= -5,-21,-17,-24,-19, -6,-28, -4, 13,-16,  6,  7,-17,-24,-15,-11,-13, -7, 17,-25, -2,-19;
/M: SY='E'; M= -4,  1,-25, -1, 12,-24,-14, -1,-21, 11,-19, -8,  3,-12, 12, 11,  0, -6,-18,-26,-13, 11;
/I:         MD=-15;
/M: SY='E'; M= -7,  0,-25, -1, 13,-21,-18, -5,-16,  9,-14, -7,  0,-12,  8,  5, -3, -4,-15,-25,-12, 10; D=-1;
/I:         MD=-15;
/M: SY='H'; M=-13,-12,-23,-15,-12,  4,-22, 13, -3,-13,  5,  6, -7,-24, -8, -9,-14, -9, -7,-13, 13,-11; D=-1;
/I:         MD=-15;
/M: SY='G'; M= -2, -7,-27, -5,-13,-25, 39,-16,-29,-14,-24,-16, -2, -8,-14,-16, -1,-15,-23,-20,-23,-14; D=-1;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-15; IM=0; DM=-15;
/M: SY='E'; M= -4, -1,-14, -1,  3,-14, -8, -1,-13, -1,-11, -6, -1, -3,  1, -3,  0,  0,-11,-18, -8,  1; D=-1;
/I:         DM=-15;
/M: SY='N'; M= -7,  5,-25,  0, -4,-21,  3, -5,-18, -6,-19,-12, 11,-10, -5, -7,  0, -5,-19,-28,-16, -6;
/M: SY='R'; M=-10,  4,-18,  2,  0,-20,-13, -2,-21,  5,-16,-10,  8,-18,  4, 13, -3, -7,-19,-28,-13,  1;
/M: SY='W'; M=-20,-39,-49,-39,-30, 11,-20,-28,-19,-20,-19,-19,-39,-30,-20,-20,-39,-29,-29,146, 32,-20;
/M: SY='S'; M=  0,  2,-21,  2,  5,-22,-10, -6,-21,  5,-20,-14,  4,-13,  2,  6,  7,  2,-14,-28,-14,  3;
/M: SY='E'; M= -2, -3,-22, -2,  8,-17,-17,-11,-14,  2,-11, -9, -5,-13,  0, -1, -1, -3, -9,-26,-13,  4;
/M: SY='I'; M= -8,-30,-25,-37,-29,  1,-37,-28, 43,-28, 21, 19,-23,-23,-21,-27,-19, -8, 31,-22, -2,-29;
/M: SY='A'; M= 27, -8,-15,-12, -5,-21, -1,-16,-15, -8,-18,-14, -5, -2, -6,-15, 15,  3, -7,-27,-20, -6;
/M: SY='K'; M= -4,  0,-25,  1,  8,-24,-13, -3,-22, 12,-20,-10,  1,-10,  6, 10,  0, -5,-17,-26,-13,  6;
/I:         MD=-18;
/M: SY='H'; M=-11, -6,-22, -8, -4,-12,-17, 12,-15,  2,-10, -2, -1,-19,  1,  7, -8, -9,-15,-20,  2, -3; D=-3;
/I:         MD=-18;
/M: SY='L'; M= -2,-24,-18,-29,-21,  9,-24,-17, 16,-22, 23, 17,-22,-24,-18,-18,-17, -6, 13,-18,  1,-19; D=-3;
/I:         I=-5; MI=0; MD=-18; IM=0; DM=-18;
/M: SY='P'; M= -8,-14,-29,-11, -6,-16, -2,-13,-15,-10,-13, -9,-11, 16, -9,-13, -9,-10,-18,-19,-12,-10; D=-3;
/I:         DM=-18;
/M: SY='N'; M= -6,  3,-23, -1, -6,-20,  8, -4,-23, -4,-20,-13, 10,-17, -5, -2,  3, -2,-19,-27,-15, -6;
/M: SY='R'; M=-18, -8,-30, -8,  2,-22,-20,  1,-30, 32,-22,-10,  0,-18, 10, 60,-10, -9,-20,-20, -9,  2;
/M: SY='T'; M= -1, -2,  0, -9, -9,-15,-14,-16,-13,-11,-16,-11,  1,-13, -9,-10, 16, 24, -6,-34,-15, -9;
/M: SY='D'; M= -6,  4,-29, 10,  2,-27,  3,-11,-28, -4,-26,-20,  0,  4, -6, -9,  0, -7,-23,-24,-18, -3;
/M: SY='K'; M= -8,  6,-24,  1,  5,-20,-16, -4,-16, 11,-19, -9, 11,-15,  4,  6, -2, -3,-15,-25,-12,  4;
/M: SY='Q'; M= -2,  6,-23,  8, 16,-29,-13, -1,-21,  3,-21,-10,  4,-10, 22,  0,  8, -2,-21,-28,-15, 19;
/M: SY='C'; M= -9,-23, 67,-32,-29,-12,-32,-29, -5,-29, -6, -7,-21,-34,-27,-28,-12, -8,  6,-40,-20,-29;
/M: SY='R'; M=-12, -7,-28, -8,  3,-22,-21, -3,-21, 26,-18, -4, -3,-15, 11, 32, -9, -9,-16,-20, -8,  5;
/M: SY='N'; M=-10,  9,-24,  7,  5,-13,-15,  6,-15, -5,-10, -9, 10,-17, -1, -6, -3, -6,-17,-27, -5,  2;
/M: SY='R'; M=-18,-10,-30,-10, -2,-12,-22,  8,-24, 21,-18, -7, -3,-20,  7, 39,-12,-11,-19,-11,  7, -1;
/M: SY='W'; M=-19,-34,-41,-36,-28, 23,-23,-21,-14,-20,-12,-14,-33,-29,-21,-18,-32,-22,-21,104, 36,-21;
/M: SY='N'; M=-10,  3,-23, -2,  2,-17,-17,  2,-14,  3,-12, -6,  9,-17,  5,  8, -4, -4,-16,-26, -9,  2;
/M: SY='N'; M= -6,  7,-21,  0,  1,-19,-11, -6,-18,  7,-20,-12, 14,-15,  2,  7,  4,  3,-15,-29,-14,  1;
/M: SY='Y'; M=-11,-17,-22,-19,-16,  3,-26,  7,  4,-16,  8,  6,-14,-25,-10,-11,-14, -5,  1,-11, 18,-15;
/M: SY='L'; M= -8,-23,-21,-26,-19,  5,-27,-16, 15,-20, 24, 13,-21,-23,-17,-16,-20, -8, 10,-19,  1,-19;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Post-processing [info]

COMPETES_HIT_WITH PS51294(4); PS51293

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2014_10 which contains 546'790 sequence entries.


Total number of hits 83 in 69 different sequences
Number of true positive hits 77 in 63 different sequences
Number of 'unknown' hits
Number of false positive hits 6 in 6 different sequences
Number of false negative sequences 49
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 92.77 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 61.11 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] K_Hofmann, PS_Langendijk_Genevaux
Taxonomic range [info] Eukaryotes, Prokaryotes (Bacteria), Eukaryotic viruses
Maximum number of repetitions [info] 3
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] myb-like
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
63 sequences

AEF1_GIBZE  (Q4IB96), BAS1_YEAST  (P22035), DMTF1_DANRE (Q6DG03), 
DMTF1_HUMAN (Q9Y222), DMTF1_MOUSE (Q8CE22), DMTF1_RAT   (Q66HG1), 
DOM_DROME   (Q9NDJ2), EAF11_USTMA (Q4P209), EAF1_ASHGO  (Q756L0), 
EAF1_ASPFU  (Q4WP03), EAF1_CANAL  (Q5A119), EAF1_DEBHA  (Q6BI82), 
EAF1_EMENI  (Q5B4Q8), EAF1_KLULA  (Q6CMB8), EAF1_NEUCR  (Q7SBU6), 
EAF1_YARLI  (Q6C7K8), EAF1_YEAST  (Q06337), EAF_SCHPO   (O59773), 
EP400_HUMAN (Q96L91), EP400_MOUSE (Q8CHI8), ETA2_SCHPO  (O14108), 
ETC3_ARATH  (Q9M157), GON4L_HUMAN (Q3T8J9), GON4L_MOUSE (Q9DB00), 
GON4L_RAT   (Q535K8), GSTT2_ARATH (Q8L727), GSTT3_ARATH (Q9FHE1), 
GTL1_ARATH  (Q9C882), GTL2_ARATH  (Q8H181), MYB1_PLAF7  (Q8IEF6), 
MYBC_DICDI  (Q54TN2), MYBM_DICDI  (Q55GK3), MYBN_DICDI  (Q54CT1), 
MYBO_DICDI  (Q54FL0), MYBR_DICDI  (Q54DP7), MYBT_DICDI  (Q54DQ3), 
MYBV_DICDI  (Q54X08), MYBW_DICDI  (Q55BV7), MYBZ_DICDI  (Q54Q45), 
MYB_AVIMB   (P01104), MYPOP_HUMAN (Q86VE0), MYPOP_MOUSE (Q8R4U1), 
MYPOP_XENLA (Q08B72), NCOR1_CAEEL (P34333), PIE1_ARATH  (Q7X9V2), 
PTL_ARATH   (Q9LZS0), REB1_YEAST  (P21538), RPI1_YEAST  (P23250), 
RSFA_BACSU  (P39650), SNPC4_HUMAN (Q5SXM2), SNPC4_MOUSE (Q8BP86), 
TCL1_ARATH  (D3GKW6), TGT1_ARATH  (Q9FX53), TGT2_ARATH  (Q39117), 
TGT3A_ARATH (Q9SDW0), TGT3B_ARATH (O80450), TGT4_ARATH  (Q9LU92), 
TRY_ARATH   (Q8GV05), TTF1_HUMAN  (Q15361), TTF1_MOUSE  (Q62187), 
UBF1A_XENLA (P25979), YD026_YEAST (Q12457), YMA9_CAEEL  (P34454)
» More

UniProtKB/Swiss-Prot
False negative sequences
49 sequences

ASIL1_ARATH (Q9SYG2), ASIL2_ARATH (Q9LJG8), BDP1_HUMAN  (A6H8Y1), 
BDP1_MOUSE  (Q571C7), CEF1_ASHGO  (Q756C3), CEF1_KLULA  (Q6CU65), 
CHD6_HUMAN  (Q8TD26), CHD6_MOUSE  (A3KFM7), CHD6_RAT    (D3ZA12), 
CPC_ARATH   (O22059), EAF1_CRYNB  (P0CO99), EAF1_CRYNJ  (P0CO98), 
ETC1_ARATH  (Q9LNI5), ETC2_ARATH  (Q84RD1), MSD1_HUMAN  (Q6ZTZ1), 
MSD1_MOUSE  (Q8BIL2), MSD2_CHICK  (Q5ZHX5), MSD2_HUMAN  (Q6P1R3), 
MSD2_MOUSE  (Q6NZR2), MSD3_BOVIN  (Q0III0), MSD3_HUMAN  (Q96H12), 
MSD3_MOUSE  (Q9CR78), MSD3_XENLA  (Q7ZYM8), MSD3_XENTR  (Q28J92), 
MSD4_BOVIN  (Q2KJB9), MSD4_HUMAN  (Q8NCY6), MSD4_MOUSE  (Q91YU3), 
MSD4_RAT    (Q501L3), MSD4_XENTR  (Q6GLA1), MYBB_DICDI  (O15816), 
MYBL_DICDI  (Q54NA6), MYBU_DICDI  (Q54QC0), MYBY_DICDI  (Q54PP6), 
REB1_KLULA  (Q05950), RTF_SCHPO   (Q9UUI6), TAZ1_SCHPO  (P79005), 
TCL2_ARATH  (B3H4X8), TE2IP_BOVIN (Q0VCT3), TE2IP_CHICK (Q7T0L4), 
TE2IP_DANRE (Q6NYJ3), TE2IP_HUMAN (Q9NYB0), TE2IP_MACFA (Q4R4I0), 
TE2IP_MOUSE (Q91VL8), TE2IP_RAT   (Q5EAN7), TE2IP_XENLA (Q71M44), 
TE2IP_XENTR (B8QB46), TERB1_DANRE (Q1LX29), TERB1_HUMAN (Q8NA31), 
TERB1_MOUSE (Q8C0V1)
» More

UniProtKB/Swiss-Prot
False positive sequences
6 sequences

DNJC1_MOUSE (Q61712), DNJC2_BOVIN (Q1RMH9), MYB_DROME   (P04197), 
SWC4_ASPFU  (Q4WNY4), SWC4_CANAL  (Q5AAJ7), SWC4_EMENI  (Q5B4T5)
» More

PDB
[Detailed view]
4 PDB

1H8A; 1UG2; 2EBI; 2JMW

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission