Entry: PS50093

General information about the entry
Entry name PKD
Accession number PS50093
Entry type MATRIX
Date DEC-2001 (CREATED); DEC-2001 (DATA UPDATE); APR-2013 (INFO UPDATE).
PROSITE Documentation PDOC50093
Associated ProRule PRU00151
Name and characterization of the entry
DescriptionPolycystic kidney disease (PKD) domain profile.
Matrix / Profile 
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ARNDCQEGHILKMFPSTWYVBZX'; LENGTH=85; TOPOLOGY=LINEAR;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=9; N2=80;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=0.4193; R2=0.0192; TEXT='-LogE';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=420; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=316; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: B1=-30; E1=-30; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; I=-20; D=-20;

                A   R   N   D   C   Q   E   G   H   I   L   K   M   F   P   S   T   W   Y   V   B   Z   X
/I:         B1=0;
/M: SY='P'; M=  0, -7, -6, -4,-12, -3,  0, -3, -7, -5, -3, -5, -4, -8, 11, -3, -4,-10, -8, -7, -6, -2, -3;
/M: SY='P'; M= -3, -7, -5, -6,-12, -6, -5, -5, -8, -4, -7, -5, -5, -6, 10, -4, -4, -2, -6, -4, -7, -6, -4;
/M: SY='L'; M=  0, -3, -3, -6, -7, -4, -4, -7, -4,  0,  1, -3,  0, -1, -8, -2,  0, -7,  0,  0, -4, -4, -2;
/M: SY='A'; M=  5, -6, -3, -6, -8,  0, -3, -1, -5, -2, -4, -4,  0, -8,  0,  0, -2, -9, -6, -2, -5, -2, -2;
/M: SY='V'; M= -4, -4, -8, -9, -8, -8, -8,-11, -5,  2,  0, -4,  0,  6, -5, -5, -2, -3,  6,  4, -9, -8, -4;
/M: SY='I'; M=  0, -8, -6,-11, -9, -5, -8, -8, -8,  6,  0, -7,  2, -2, -7, -2, -1, -1, -1,  4, -8, -7, -3;
/M: SY='A'; M=  3, -3,  2, -2, -8, -2, -2,  3, -1, -9, -8, -1, -5, -9, -5,  2,  0,-10, -6, -6,  0, -2, -2;
/M: SY='S'; M=  2, -5,  3, -2, -6, -3, -3,  0, -5, -3, -7, -5, -4, -6, -6,  6,  1,-13, -7, -1,  0, -3, -2;
/M: SY='P'; M= -3, -5,  0,  0,-10, -4, -1, -6, -5, -6, -8, -4, -6, -4,  8,  0,  0,-11, -6, -5,  0, -3, -3;
/M: SY='N'; M= -2,  2,  5,  0, -7,  0, -1, -4, -1, -7, -8,  1, -5, -5, -6,  4,  4,-10, -1, -6,  2, -1, -2;
/M: SY='S'; M=  1,  0,  1,  0, -7,  0,  0, -2, -4, -9,-12,  1, -7, -9,  1,  9,  3,-13, -7, -6, -1,  0, -1;
/M: SY='G'; M=  1, -3, -2, -5, -9, -6, -6, 11, -7, -9, -7, -5, -5, -8, -7,  0, -2, -9, -8, -4, -4, -6, -3;
/M: SY='T'; M=  2, -4, -1, -3, -7, -3, -3, -7, -7, -1, -3, -2, -2, -6, -4,  1,  5,-10, -4,  0, -1, -3, -1;
/M: SY='V'; M=  3, -7, -6, -7,  0, -6, -4, -7, -8,  0,  0, -6, -1, -4, -8,  0,  0,-12, -6,  5, -6, -5, -3;
/M: SY='N'; M= -2, -2,  3,  0,-11, -1,  1,  1, -3,-10,-10,  0, -7,-10,  2,  0, -1,-11, -8,-10,  1,  0, -3;
/M: SY='E'; M= -4, -1, -4, -2,-10,  2,  5,-10, -3, -1,  2,  0,  0, -6, -5, -5, -4, -9, -3, -3, -3,  3, -4;
/M: SY='S'; M= -1,  0,  2,  1, -7,  1,  5, -5, -3, -8, -9,  3, -6, -8, -3,  5,  4,-12, -6, -6,  2,  3, -2;
/M: SY='V'; M=  0, -9, -9,-13, -1, -9,-11,-12,-11, 10,  3, -9,  3, -1,-10, -4, -1,-11, -3, 12,-10,-11, -4;
/M: SY='T'; M= -1,  0,  0, -3, -6, -2, -2, -7, -6, -3, -4,  0, -2, -5, -6,  2,  8,-11, -4,  0,  0, -2, -2;
/M: SY='F'; M= -8, -8, -9,-17, -8,-16,-12,-13, -8,  1,  6,-13,  1, 31,-13, -9, -4,  2, 11,  0,-13,-12, -4;
/M: SY='S'; M= -1, -2,  1,  1, -8, -1,  0, -5, -2, -7, -9,  0, -6, -5, -6,  6,  5,-10,  0, -5,  0, -1, -1;
/M: SY='D'; M=  2, -6,  0,  4,-10, -3, -1,  4, -5,-12,-11, -4, -9,-11, -6,  2, -2, -6, -7, -8,  2, -2, -3;
/M: SY='E'; M= -2,  0,  2,  1, -9,  3,  7, -7, -2, -7, -8,  1, -5,-10, -4,  3,  2,-13, -6, -6,  2,  5, -3;
/M: SY='S'; M=  0, -4,  1,  0,-13,  4,  4,  2, -4,-13,-11, -3, -7,-15, -7,  4, -2,-16,-11,-12,  0,  4, -4;
/M: SY='T'; M=  5, -4,  1, -5, -8, -3, -3, -7, -5,-10,-11, -5, -8,-10, -7, 13, 16,-20, -8, -3, -1, -3,  0;
/M: SY='G'; M= -3, -9,  0, -4,-18,-11,-10, 25,-10,-21,-16, -8,-11,-12,-12, -1, -8,-11,-10,-15, -4,-10, -6;
/M: SY='D'; M= -5, -4,  8, 14,-14, -2,  1, -1, -4,-18,-16, -3,-13,-13, -8,  7,  2,-22,-10,-12, 11,  0, -4;
/M: SY='P'; M= -5,-11,  0,  5,-25, -3,  4,-11, -9,-18,-23, -4,-16,-23, 36,  0, -4,-26,-20,-22,  0, -1, -7;
/I:         MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32; I=-10;
/M: SY='V'; M=  2,-11,-14,-18,-14,-12,-13,-19,-14,  7,  0, -8,  3, -3,-17, -3,  3,-17,  0, 14,-14,-13, -6;
/M: SY='S'; M=  9, -9, -4,-11,-12, -7, -8, -7, -9, -7, -8,-10, -6,-12,-14, 10,  6,-26,-12,  0, -8, -8, -3;
/M: SY='Y'; M=-17,-10,-22,-27,-29,-18,-22,-25, -6, -5, -3,-14, -5, 28,-27,-20,-10, 45, 40, -9,-24,-20,-11;
/M: SY='T'; M= -8,  6,  0, -2,-13,  3,  2,-18, -8,-16, -9,  1, -7,-17,-14,  0,  4,-26,-11,-12, -1,  2, -7;
/M: SY='W'; M=-18,-19,-35,-37,-44,-20,-28,-20,-27,-14,-15,-20,-15, 13,-27,-35,-26,125, 26,-23,-36,-20,-17;
/M: SY='D'; M= -6, -9, 15, 27,-19, -3,  5, -8, -5,-23,-20, -5,-19,-24,-11,  9,  6,-34,-16,-17, 23,  1, -5;
/M: SY='F'; M=-14,-18,-21,-35,-19,-28,-25,-29,-19,  9, 15,-26,  8, 46,-27,-19, -8, -3, 16,  7,-28,-24,-10;
/M: SY='G'; M=  1,-17,  1, -7,-27,-15,-12, 44,-17,-31,-26,-15,-18,-27,-12,  2,-13,-23,-26,-23, -6,-14, -8;
/M: SY='D'; M=-13, -9, 14, 51,-28,  1, 17, -6, -2,-35,-27, -1,-25,-36,-10,  1, -7,-36,-19,-27, 37,  9, -9;
/I:         MD=-21;
/M: SY='g'; D=-4; M=  0,-13,  2, -5,-27,-13,-11, 51,-15,-35,-28,-12,-18,-27,-17,  1,-15,-21,-26,-27, -5,-12, -9;
/I:         MD=-21;
/M: SY='s'; D=0; M=  3, -8,  2, -2,-15,  1,  4, -7, -9,-14,-16, -6,-12,-18,-11, 16, 10,-30,-16, -9,  0,  3, -3;
/I:         MD=-21;
/M: SY='s'; D=0; M=  5, -7, -2, -6,-17, -3, -5, -3,-11,-15,-17, -3,-11,-15,-12,  9,  4,-16, -8, -8, -4, -4, -4;
/I:         MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32; I=-5;
/M: SY='s'; D=-4; M=  4, -7, -2,-10,-14, -7, -7, -5,-13,-12,-10, -8, -9, -9,-14, 12,  8,-26,-11, -6, -8, -7, -3;
/I:         DM=-21;
/M: SY='T'; M= -3,  2,  7,  0,-21,  0,  0, -8, -8,-19,-21, -1,-14,-21, -3,  8,  6,-30,-17,-15,  2, -1, -6;
/M: SY='E'; M= -2, -5,  4,  5,-19, 10, 23,  0, -4,-27,-21,  0,-16,-28, -9,  1, -9,-27,-21,-26,  4, 16, -9;
/M: SY='P'; M= -2, -8,-11, -9,-28, -2,  0,-18, -6,-16,-19, -1,-10,-23, 28, -4, -3,-26,-16,-16,-11, -3, -7;
/M: SY='N'; M= -2, -1,  8, -4,-19, -4, -2,-14, -1,-13,-15,  0, -9,-10,-16,  2,  3,-24, -6, -9,  2, -3, -7;
/M: SY='V'; M=  5,-19,-20,-21,-19,-19,-15,-20,-23,  2, -7,-15, -4, -8, 11, -4, -1,-25,-15,  9,-21,-18, -7;
/M: SY='T'; M= -2, -5,  8,  0,-16, -1,  3,-14, -9,-13,-15, -2,-10,-16,-11, 13, 20,-31,-13, -8,  5,  0, -4;
/M: SY='H'; M=-17, -1,  4, -5,-27,  4, -3,-21, 76,-22,-15, -8,  3,-13,-20,-11,-17,-27, 16,-21, -4, -3,-10;
/M: SY='T'; M=  1, -7, -3,-13,-15, -7,-10,-18,-16, -1, -9, -7, -5,-12,-15,  9, 16,-28,-11,  4, -7, -9, -4;
/M: SY='Y'; M=-20,-11,-20,-23,-28,-14,-21,-30, 13,  0,  1,-13,  0, 37,-30,-20,-10, 26, 72, -8,-21,-21,-10;
/M: SY='L'; M=  1, -9, -4, -9,-19, -6, -7,-11,-13, -8, -6,-10, -5,-15, -6,  0,  1,-27,-14, -5, -6, -7, -6;
/M: SY='S'; M=  1,  6,  0,  0,-19,  0,  1,-13,-10,-19,-15,  4,-11,-19,-12,  6,  5,-27,-13,-11,  0,  0, -5;
/M: SY='P'; M=  9,-10, -8,-10,-23, -6, -2,-12,-16,-15,-19, -4,-13,-22, 23,  2,  0,-27,-21,-12, -9, -6, -5;
/M: SY='G'; M=  2,-18,  0, -9,-28,-14,-17, 60,-18,-37,-28,-17,-18,-30,-18,  0,-18,-20,-28,-28, -9,-15, -9;
/M: SY='T'; M= -4, -5,  2,  3,-18, -2,  6,-16,-10,-15,-14, -4,-13,-18, -6,  9, 14,-31,-15,-10,  4,  1, -5;
/M: SY='Y'; M=-18,-13,-18,-24,-17,-18,-22,-29,  9, -2,  0,-16,  0, 35,-30,-18,-10, 14, 54, -5,-21,-22,-10;
/M: SY='T'; M= -4, -3, -3, -8,-18, -4, -3,-18, -4,-12, -8, -6, -6,-13, -9,  6, 17,-28, -8, -8, -5, -4, -4;
/M: SY='V'; M=  0,-20,-26,-29,-13,-24,-25,-28,-26, 27, 17,-21, 11,  1,-26,-13, -3,-25, -7, 35,-27,-25, -9;
/M: SY='T'; M=  0,  4,  3, -5,-15,  3, -1,-14,-10,-16,-17,  2,-10,-17,-11, 13, 21,-27,-12, -9,  0,  0, -3;
/M: SY='L'; M= -4,-18,-27,-28,-16,-20,-21,-26,-20, 20, 33,-24, 17,  5,-27,-21, -6,-21, -3, 19,-27,-20, -9;
/M: SY='T'; M= -2, -5,  1, -7,-15, -8, -7,-12,-14, -8, -9, -6, -7,-12,-14,  7, 18,-28,-12, -1, -2, -8, -4;
/M: SY='A'; M= 19,-19,-20,-24,-11,-18,-18,-16,-23, 10,  6,-16,  2, -7,-20, -3, -1,-23,-12, 21,-20,-18, -5;
/M: SY='S'; M=  8, -9,  4, -5,-10, -4, -5, -2,-11,-13,-16, -8,-10,-14,-10, 20, 18,-28,-14, -6,  0, -5, -1;
/M: SY='N'; M= -8, -4, 33, 24,-18,  0,  3, -3,  2,-20,-22, -2,-17,-20,-14,  7,  0,-34,-16,-22, 29,  1, -7;
/M: SY='S'; M=  3, -6,  6, -1,-18, -4, -3, -4, -2,-16,-16, -6,-12,-17, -1,  6,  1,-26,-14,-14,  1, -4, -5;
/M: SY='V'; M=  8,-13,-10,-16,-13,-13,-11,-11,-17,  2, -2,-10, -1, -6,-17, -2, -2,-20,-10,  9,-12,-12, -6;
/M: SY='G'; M=  1,-12,  5, -3,-20, -9, -7, 35,-12,-28,-25,-12,-17,-23,-13, 10, -5,-24,-22,-21, -2, -8, -6;
/M: SY='S'; M=  0, -5,  3, -5,-18, -2, -3,  0, -2,-17,-16, -7,-11,-11,-14,  5, -2,-14, -9,-15, -2, -3, -6;
/I:         MI=-28; MD=-10; IM=-28; I=-8;
/M: SY='t'; D=15; M=  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  2, -1,  0,  0,  0,  0,  0;
/I:         DM=-10;
/M: SY='a'; D=-5; M= 10, -9, -2,-14,-13,-10,-11,-10,-12,  0, -2, -9, -1, -5,-15,  0, -1,-19, -9,  2, -7,-10, -4;
/I:         DM=-10;
/M: SY='T'; M=  4, -8,  6, -5,-11, -6, -6,-10, -6, -9,-11, -8, -8,-11,-12, 12, 17,-27,-10, -4,  1, -6, -2;
/M: SY='A'; M= 11, -7, -6,-10,-13, -5, -7,-11,-10, -4, -2, -7, -3,-10,-14,  0,  0,-17, -7,  0, -6, -7, -4;
/M: SY='T'; M= -2, -5,  3, -4,-14,  3,  0, -9, -8,-12,-13, -5, -8,-12,-10, 11, 14,-22, -9,-10,  0,  1, -3;
/M: SY='K'; M=  2, -4, -7,-11,-15, -6, -7,-15, -5, -6, -6,  0, -3, -7,-14,  0,  3,-14,  1,  0, -8, -7, -4;
/M: SY='T'; M= -5, -4,  9,  6,-16, -1,  2,-11, -1,-15,-14, -2,-11,-16, -5,  6, 10,-27,-10,-13,  8,  0, -4;
/M: SY='V'; M= -2,-11, -8,-15,-13,-16,-17,-16,-17, 11,  1,-11,  2, -5,-20, -5,  0,-24, -9, 19,-12,-17, -7;
/M: SY='T'; M= -3, -6, -6, -7,-10, -4, -5,-17, -7, -6, -6, -7, -5, -7,-14,  0,  5,-17,  0, -3, -6, -5, -5;
/M: SY='V'; M=  0,-14,-20,-21,-12,-18,-17,-23,-22, 19,  4,-12,  5, -3,-20, -7, -1,-23, -8, 29,-20,-18, -7;
/M: SY='E'; M= -6, -2, -5, -6,-18,  4,  6,-18, -8, -7, -7, -3, -4, -6,-11,  0,  1,-18, -5, -5, -6,  5, -6;
/M: SY='V'; M=  3, -6,-13,-12,-14, -9, -3,-17,-15,  1, -4, -4, -2,-11,-10, -3, -3,-22,-12, 11,-13, -6, -6;
/M: SY='L'; M= -2,-10, -7, -4,-19, -3,  3,-14,-10, -8, -4, -8, -4,-13,  4,  0,  2,-23,-12, -9, -5,  0, -5;
/M: SY='V'; M= -2,-13, -5, -8,-17,-11, -8, -7,-14, -2, -1,-12, -3,-10,-11, -4, -2,-22,-12,  0, -6,-10, -7;
/M: SY='G'; M=  0, -3, -6,-11,-11,-10,-10,  4,-14,-14,-13, -6, -8,-15,-11,  0, -4,-22,-15, -6,-10,-11, -6;
/M: SY='G'; M= -1, -6,  0, -6,-18, -6, -5,  1, -9,-11,-11, -7, -5,-14, -3,  1,  0,-22,-14,-10, -4, -6, -6;
/M: SY='L'; M= -5, -5, -6, -7,-15, -5, -5,-13,-11, -2,  2, -8,  0, -8,-16, -4,  1,-21, -8,  0, -7, -5, -6;
/I:         E1=0;
Numerical results
  • UniProtKB/Swiss-Prot release number: 2013_06, total number of sequence entries in that release: 540261.
  • Total number of hits in UniProtKB/Swiss-Prot: 58 hits in 31 different sequences
  • Number of hits on proteins that are known to belong to the set under consideration: 58 hits in 31 different sequences
  • Number of hits on proteins that could potentially belong to the set under consideration: 0 hits in 0 different sequences
  • Number of false hits (on unrelated proteins): 0 hits in 0 different sequences
  • Number of known missed hits: 3
  • Number of partial sequences which belong to the set under consideration, but which are not hit by the pattern or profile because they are partial (fragment) sequences: 0
  • Precision (true hits / (true hits + false positives)): 100.00 %
  • Recall (true hits / (true hits + false negatives)): 95.08 %
Comments
  • MATRIX_TYPE: protein_domain
  • Scaling database: UniProtKB/Swiss-Prot: reversed
  • Matrix author: K_Hofmann
  • Taxonomic range: Archaea, Eukaryotes, Prokaryotes (Bacteria)
  • Maximum known number of repetitions of the pattern in a single protein: 12
  • FT_KEY: DOMAIN
  • FT_DESC: PKD
  • VERSION: 1
Cross-references
UniProtKB/Swiss-Prot True positive hits:
API_ACHLY   (P15636), COLA_CLOPE  (P43153), COLA_VIBAL  (P43154), 
GPNMB_HUMAN (Q14956), GPNMB_MOUSE (Q99P91), GPNMB_RAT   (Q6P7C7), 
K0319_HUMAN (Q5VV43), K0319_MOUSE (Q5SZV5), K319L_HUMAN (Q8IZA0), 
K319L_MOUSE (Q8K135), K319L_PONAB (Q5RFR6), LRP11_HUMAN (Q86VZ4), 
PK1L1_HUMAN (Q8TDX9), PKD1_HUMAN  (P98161), PKD1_MOUSE  (O08852), 
PMEL_BOVIN  (Q06154), PMEL_CHICK  (Q98917), PMEL_HUMAN  (P40967), 
PMEL_MOUSE  (Q60696), QNR71_COTJA (Q90372), SORC1_HUMAN (Q8WY21), 
SORC1_MOUSE (Q9JLC4), SORC2_HUMAN (Q96PQ0), SORC2_MOUSE (Q9EPR5), 
SORC3_HUMAN (Q9UPU3), SORC3_MOUSE (Q8VI51), TM130_HUMAN (Q8N3G9), 
TM130_MOUSE (Q6NXM3), TM130_PONAB (Q5R6F5), XANP_XANS2  (Q60106), 
Y1468_METJA (Q58863)
False negative hits (sequences which belong to the set under consideration, but which have not been picked up by the pattern or profile):
K0319_RAT   (P0CI71), LRP11_MOUSE (Q8CB67), PK1L2_MOUSE (Q7TN88)
Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits:

[Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color] [Clustal format, plain text] [Fasta format]

Retrieve the sequence logo from the alignment

PDB
[Detailed view]		 1B4R; 1WGO;

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)

If you would like to retrieve all the Swiss-Prot entries referenced in the DR lines of this entry (with the exception of false positive hits) , you can enter a file name. These entries will then be saved to a file under this name. (Please note that this temporary file will only be kept for 1 week.)

File name:

Format: Swiss-Prot Fasta

or