To improve security and privacy, we are moving our web pages and services from HTTP to HTTPS.
To give users of web services time to transition to HTTPS, we will support separate HTTP and HTTPS services until the end of 2017.
From January 2018 most HTTP traffic will be automatically redirected to HTTPS. [more...]
View this page in https
Entry: PS50093

General information about the entry

Entry name [info] PKD
Accession [info] PS50093
Entry type [info] MATRIX
Date [info] 01-DEC-2001 CREATED; 10-MAY-2017 DATA UPDATE; 22-NOV-2017 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info] PDOC50093
Associated ProRule [info] PRU00151

Name and characterization of the entry

Description [info] Polycystic kidney disease (PKD) domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ARNDCQEGHILKMFPSTWYVBZX'; LENGTH=85; TOPOLOGY=LINEAR;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=9; N2=80;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=0.4193000; R2=0.0192000; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=3127.2331543; R2=4.8344226; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=421; H_SCORE=5163; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=317; H_SCORE=4660; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: B1=-30; E1=-30; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; I=-20; D=-20;
...
                A   R   N   D   C   Q   E   G   H   I   L   K   M   F   P   S   T   W   Y   V   B   Z   X
/I:         B1=0;
/M: SY='P'; M=  0, -7, -6, -4,-12, -3,  0, -3, -7, -5, -3, -5, -4, -8, 11, -3, -4,-10, -8, -7, -6, -2, -3;
/M: SY='P'; M= -3, -7, -5, -6,-12, -6, -5, -5, -8, -4, -7, -5, -5, -6, 10, -4, -4, -2, -6, -4, -7, -6, -4;
/M: SY='L'; M=  0, -3, -3, -6, -7, -4, -4, -7, -4,  0,  1, -3,  0, -1, -8, -2,  0, -7,  0,  0, -4, -4, -2;
/M: SY='A'; M=  5, -6, -3, -6, -8,  0, -3, -1, -5, -2, -4, -4,  0, -8,  0,  0, -2, -9, -6, -2, -5, -2, -2;
/M: SY='V'; M= -4, -4, -8, -9, -8, -8, -8,-11, -5,  2,  0, -4,  0,  6, -5, -5, -2, -3,  6,  4, -9, -8, -4;
/M: SY='I'; M=  0, -8, -6,-11, -9, -5, -8, -8, -8,  6,  0, -7,  2, -2, -7, -2, -1, -1, -1,  4, -8, -7, -3;
/M: SY='A'; M=  3, -3,  2, -2, -8, -2, -2,  3, -1, -9, -8, -1, -5, -9, -5,  2,  0,-10, -6, -6,  0, -2, -2;
/M: SY='S'; M=  2, -5,  3, -2, -6, -3, -3,  0, -5, -3, -7, -5, -4, -6, -6,  6,  1,-13, -7, -1,  0, -3, -2;
/M: SY='P'; M= -3, -5,  0,  0,-10, -4, -1, -6, -5, -6, -8, -4, -6, -4,  8,  0,  0,-11, -6, -5,  0, -3, -3;
/M: SY='N'; M= -2,  2,  5,  0, -7,  0, -1, -4, -1, -7, -8,  1, -5, -5, -6,  4,  4,-10, -1, -6,  2, -1, -2;
/M: SY='S'; M=  1,  0,  1,  0, -7,  0,  0, -2, -4, -9,-12,  1, -7, -9,  1,  9,  3,-13, -7, -6, -1,  0, -1;
/M: SY='G'; M=  1, -3, -2, -5, -9, -6, -6, 11, -7, -9, -7, -5, -5, -8, -7,  0, -2, -9, -8, -4, -4, -6, -3;
/M: SY='T'; M=  2, -4, -1, -3, -7, -3, -3, -7, -7, -1, -3, -2, -2, -6, -4,  1,  5,-10, -4,  0, -1, -3, -1;
/M: SY='V'; M=  3, -7, -6, -7,  0, -6, -4, -7, -8,  0,  0, -6, -1, -4, -8,  0,  0,-12, -6,  5, -6, -5, -3;
/M: SY='N'; M= -2, -2,  3,  0,-11, -1,  1,  1, -3,-10,-10,  0, -7,-10,  2,  0, -1,-11, -8,-10,  1,  0, -3;
/M: SY='E'; M= -4, -1, -4, -2,-10,  2,  5,-10, -3, -1,  2,  0,  0, -6, -5, -5, -4, -9, -3, -3, -3,  3, -4;
/M: SY='S'; M= -1,  0,  2,  1, -7,  1,  5, -5, -3, -8, -9,  3, -6, -8, -3,  5,  4,-12, -6, -6,  2,  3, -2;
/M: SY='V'; M=  0, -9, -9,-13, -1, -9,-11,-12,-11, 10,  3, -9,  3, -1,-10, -4, -1,-11, -3, 12,-10,-11, -4;
/M: SY='T'; M= -1,  0,  0, -3, -6, -2, -2, -7, -6, -3, -4,  0, -2, -5, -6,  2,  8,-11, -4,  0,  0, -2, -2;
/M: SY='F'; M= -8, -8, -9,-17, -8,-16,-12,-13, -8,  1,  6,-13,  1, 31,-13, -9, -4,  2, 11,  0,-13,-12, -4;
/M: SY='S'; M= -1, -2,  1,  1, -8, -1,  0, -5, -2, -7, -9,  0, -6, -5, -6,  6,  5,-10,  0, -5,  0, -1, -1;
/M: SY='D'; M=  2, -6,  0,  4,-10, -3, -1,  4, -5,-12,-11, -4, -9,-11, -6,  2, -2, -6, -7, -8,  2, -2, -3;
/M: SY='E'; M= -2,  0,  2,  1, -9,  3,  7, -7, -2, -7, -8,  1, -5,-10, -4,  3,  2,-13, -6, -6,  2,  5, -3;
/M: SY='S'; M=  0, -4,  1,  0,-13,  4,  4,  2, -4,-13,-11, -3, -7,-15, -7,  4, -2,-16,-11,-12,  0,  4, -4;
/M: SY='T'; M=  5, -4,  1, -5, -8, -3, -3, -7, -5,-10,-11, -5, -8,-10, -7, 13, 16,-20, -8, -3, -1, -3,  0;
/M: SY='G'; M= -3, -9,  0, -4,-18,-11,-10, 25,-10,-21,-16, -8,-11,-12,-12, -1, -8,-11,-10,-15, -4,-10, -6;
/M: SY='D'; M= -5, -4,  8, 14,-14, -2,  1, -1, -4,-18,-16, -3,-13,-13, -8,  7,  2,-22,-10,-12, 11,  0, -4;
/M: SY='P'; M= -5,-11,  0,  5,-25, -3,  4,-11, -9,-18,-23, -4,-16,-23, 36,  0, -4,-26,-20,-22,  0, -1, -7;
/I:         MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32; I=-10;
/M: SY='V'; M=  2,-11,-14,-18,-14,-12,-13,-19,-14,  7,  0, -8,  3, -3,-17, -3,  3,-17,  0, 14,-14,-13, -6;
/M: SY='S'; M=  9, -9, -4,-11,-12, -7, -8, -7, -9, -7, -8,-10, -6,-12,-14, 10,  6,-26,-12,  0, -8, -8, -3;
/M: SY='Y'; M=-17,-10,-22,-27,-29,-18,-22,-25, -6, -5, -3,-14, -5, 28,-27,-20,-10, 45, 40, -9,-24,-20,-11;
/M: SY='T'; M= -8,  6,  0, -2,-13,  3,  2,-18, -8,-16, -9,  1, -7,-17,-14,  0,  4,-26,-11,-12, -1,  2, -7;
/M: SY='W'; M=-18,-19,-35,-37,-44,-20,-28,-20,-27,-14,-15,-20,-15, 13,-27,-35,-26,125, 26,-23,-36,-20,-17;
/M: SY='D'; M= -6, -9, 15, 27,-19, -3,  5, -8, -5,-23,-20, -5,-19,-24,-11,  9,  6,-34,-16,-17, 23,  1, -5;
/M: SY='F'; M=-14,-18,-21,-35,-19,-28,-25,-29,-19,  9, 15,-26,  8, 46,-27,-19, -8, -3, 16,  7,-28,-24,-10;
/M: SY='G'; M=  1,-17,  1, -7,-27,-15,-12, 44,-17,-31,-26,-15,-18,-27,-12,  2,-13,-23,-26,-23, -6,-14, -8;
/M: SY='D'; M=-13, -9, 14, 51,-28,  1, 17, -6, -2,-35,-27, -1,-25,-36,-10,  1, -7,-36,-19,-27, 37,  9, -9;
/I:         MD=-21;
/M: SY='g'; D=-4; M=  0,-13,  2, -5,-27,-13,-11, 51,-15,-35,-28,-12,-18,-27,-17,  1,-15,-21,-26,-27, -5,-12, -9;
/I:         MD=-21;
/M: SY='s'; D=0; M=  3, -8,  2, -2,-15,  1,  4, -7, -9,-14,-16, -6,-12,-18,-11, 16, 10,-30,-16, -9,  0,  3, -3;
/I:         MD=-21;
/M: SY='s'; D=0; M=  5, -7, -2, -6,-17, -3, -5, -3,-11,-15,-17, -3,-11,-15,-12,  9,  4,-16, -8, -8, -4, -4, -4;
/I:         MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32; I=-5;
/M: SY='s'; D=-4; M=  4, -7, -2,-10,-14, -7, -7, -5,-13,-12,-10, -8, -9, -9,-14, 12,  8,-26,-11, -6, -8, -7, -3;
/I:         DM=-21;
/M: SY='T'; M= -3,  2,  7,  0,-21,  0,  0, -8, -8,-19,-21, -1,-14,-21, -3,  8,  6,-30,-17,-15,  2, -1, -6;
/M: SY='E'; M= -2, -5,  4,  5,-19, 10, 23,  0, -4,-27,-21,  0,-16,-28, -9,  1, -9,-27,-21,-26,  4, 16, -9;
/M: SY='P'; M= -2, -8,-11, -9,-28, -2,  0,-18, -6,-16,-19, -1,-10,-23, 28, -4, -3,-26,-16,-16,-11, -3, -7;
/M: SY='N'; M= -2, -1,  8, -4,-19, -4, -2,-14, -1,-13,-15,  0, -9,-10,-16,  2,  3,-24, -6, -9,  2, -3, -7;
/M: SY='V'; M=  5,-19,-20,-21,-19,-19,-15,-20,-23,  2, -7,-15, -4, -8, 11, -4, -1,-25,-15,  9,-21,-18, -7;
/M: SY='T'; M= -2, -5,  8,  0,-16, -1,  3,-14, -9,-13,-15, -2,-10,-16,-11, 13, 20,-31,-13, -8,  5,  0, -4;
/M: SY='H'; M=-17, -1,  4, -5,-27,  4, -3,-21, 76,-22,-15, -8,  3,-13,-20,-11,-17,-27, 16,-21, -4, -3,-10;
/M: SY='T'; M=  1, -7, -3,-13,-15, -7,-10,-18,-16, -1, -9, -7, -5,-12,-15,  9, 16,-28,-11,  4, -7, -9, -4;
/M: SY='Y'; M=-20,-11,-20,-23,-28,-14,-21,-30, 13,  0,  1,-13,  0, 37,-30,-20,-10, 26, 72, -8,-21,-21,-10;
/M: SY='L'; M=  1, -9, -4, -9,-19, -6, -7,-11,-13, -8, -6,-10, -5,-15, -6,  0,  1,-27,-14, -5, -6, -7, -6;
/M: SY='S'; M=  1,  6,  0,  0,-19,  0,  1,-13,-10,-19,-15,  4,-11,-19,-12,  6,  5,-27,-13,-11,  0,  0, -5;
/M: SY='P'; M=  9,-10, -8,-10,-23, -6, -2,-12,-16,-15,-19, -4,-13,-22, 23,  2,  0,-27,-21,-12, -9, -6, -5;
/M: SY='G'; M=  2,-18,  0, -9,-28,-14,-17, 60,-18,-37,-28,-17,-18,-30,-18,  0,-18,-20,-28,-28, -9,-15, -9;
/M: SY='T'; M= -4, -5,  2,  3,-18, -2,  6,-16,-10,-15,-14, -4,-13,-18, -6,  9, 14,-31,-15,-10,  4,  1, -5;
/M: SY='Y'; M=-18,-13,-18,-24,-17,-18,-22,-29,  9, -2,  0,-16,  0, 35,-30,-18,-10, 14, 54, -5,-21,-22,-10;
/M: SY='T'; M= -4, -3, -3, -8,-18, -4, -3,-18, -4,-12, -8, -6, -6,-13, -9,  6, 17,-28, -8, -8, -5, -4, -4;
/M: SY='V'; M=  0,-20,-26,-29,-13,-24,-25,-28,-26, 27, 17,-21, 11,  1,-26,-13, -3,-25, -7, 35,-27,-25, -9;
/M: SY='T'; M=  0,  4,  3, -5,-15,  3, -1,-14,-10,-16,-17,  2,-10,-17,-11, 13, 21,-27,-12, -9,  0,  0, -3;
/M: SY='L'; M= -4,-18,-27,-28,-16,-20,-21,-26,-20, 20, 33,-24, 17,  5,-27,-21, -6,-21, -3, 19,-27,-20, -9;
/M: SY='T'; M= -2, -5,  1, -7,-15, -8, -7,-12,-14, -8, -9, -6, -7,-12,-14,  7, 18,-28,-12, -1, -2, -8, -4;
/M: SY='A'; M= 19,-19,-20,-24,-11,-18,-18,-16,-23, 10,  6,-16,  2, -7,-20, -3, -1,-23,-12, 21,-20,-18, -5;
/M: SY='S'; M=  8, -9,  4, -5,-10, -4, -5, -2,-11,-13,-16, -8,-10,-14,-10, 20, 18,-28,-14, -6,  0, -5, -1;
/M: SY='N'; M= -8, -4, 33, 24,-18,  0,  3, -3,  2,-20,-22, -2,-17,-20,-14,  7,  0,-34,-16,-22, 29,  1, -7;
/M: SY='S'; M=  3, -6,  6, -1,-18, -4, -3, -4, -2,-16,-16, -6,-12,-17, -1,  6,  1,-26,-14,-14,  1, -4, -5;
/M: SY='V'; M=  8,-13,-10,-16,-13,-13,-11,-11,-17,  2, -2,-10, -1, -6,-17, -2, -2,-20,-10,  9,-12,-12, -6;
/M: SY='G'; M=  1,-12,  5, -3,-20, -9, -7, 35,-12,-28,-25,-12,-17,-23,-13, 10, -5,-24,-22,-21, -2, -8, -6;
/M: SY='S'; M=  0, -5,  3, -5,-18, -2, -3,  0, -2,-17,-16, -7,-11,-11,-14,  5, -2,-14, -9,-15, -2, -3, -6;
/I:         MI=-28; MD=-10; IM=-28; I=-8;
/M: SY='t'; D=15; M=  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  0,  2, -1,  0,  0,  0,  0,  0;
/I:         DM=-10;
/M: SY='a'; D=-5; M= 10, -9, -2,-14,-13,-10,-11,-10,-12,  0, -2, -9, -1, -5,-15,  0, -1,-19, -9,  2, -7,-10, -4;
/I:         DM=-10;
/M: SY='T'; M=  4, -8,  6, -5,-11, -6, -6,-10, -6, -9,-11, -8, -8,-11,-12, 12, 17,-27,-10, -4,  1, -6, -2;
/M: SY='A'; M= 11, -7, -6,-10,-13, -5, -7,-11,-10, -4, -2, -7, -3,-10,-14,  0,  0,-17, -7,  0, -6, -7, -4;
/M: SY='T'; M= -2, -5,  3, -4,-14,  3,  0, -9, -8,-12,-13, -5, -8,-12,-10, 11, 14,-22, -9,-10,  0,  1, -3;
/M: SY='K'; M=  2, -4, -7,-11,-15, -6, -7,-15, -5, -6, -6,  0, -3, -7,-14,  0,  3,-14,  1,  0, -8, -7, -4;
/M: SY='T'; M= -5, -4,  9,  6,-16, -1,  2,-11, -1,-15,-14, -2,-11,-16, -5,  6, 10,-27,-10,-13,  8,  0, -4;
/M: SY='V'; M= -2,-11, -8,-15,-13,-16,-17,-16,-17, 11,  1,-11,  2, -5,-20, -5,  0,-24, -9, 19,-12,-17, -7;
/M: SY='T'; M= -3, -6, -6, -7,-10, -4, -5,-17, -7, -6, -6, -7, -5, -7,-14,  0,  5,-17,  0, -3, -6, -5, -5;
/M: SY='V'; M=  0,-14,-20,-21,-12,-18,-17,-23,-22, 19,  4,-12,  5, -3,-20, -7, -1,-23, -8, 29,-20,-18, -7;
/M: SY='E'; M= -6, -2, -5, -6,-18,  4,  6,-18, -8, -7, -7, -3, -4, -6,-11,  0,  1,-18, -5, -5, -6,  5, -6;
/M: SY='V'; M=  3, -6,-13,-12,-14, -9, -3,-17,-15,  1, -4, -4, -2,-11,-10, -3, -3,-22,-12, 11,-13, -6, -6;
/M: SY='L'; M= -2,-10, -7, -4,-19, -3,  3,-14,-10, -8, -4, -8, -4,-13,  4,  0,  2,-23,-12, -9, -5,  0, -5;
/M: SY='V'; M= -2,-13, -5, -8,-17,-11, -8, -7,-14, -2, -1,-12, -3,-10,-11, -4, -2,-22,-12,  0, -6,-10, -7;
/M: SY='G'; M=  0, -3, -6,-11,-11,-10,-10,  4,-14,-14,-13, -6, -8,-15,-11,  0, -4,-22,-15, -6,-10,-11, -6;
/M: SY='G'; M= -1, -6,  0, -6,-18, -6, -5,  1, -9,-11,-11, -7, -5,-14, -3,  1,  0,-22,-14,-10, -4, -6, -6;
/M: SY='L'; M= -5, -5, -6, -7,-15, -5, -5,-13,-11, -2,  2, -8,  0, -8,-16, -4,  1,-21, -8,  0, -7, -5, -6;
/I:         E1=0;
» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2017_11 which contains 556'196 sequence entries.


Total number of hits 65 in 36 different sequences
Number of true positive hits 65 in 36 different sequences
Number of 'unknown' hits 0
Number of false positive hits 0
Number of false negative sequences 4
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 94.20 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] K_Hofmann
Taxonomic range [info] Archaea, Eukaryotes, Prokaryotes (Bacteria)
Maximum number of repetitions [info] 12
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] PKD
Version [info] 5

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
36 sequences

API_ACHLY   (P15636    ), COLA_CLOPE  (P43153    ), COLA_VIBAL  (P43154    ), 
GPNMB_HUMAN (Q14956    ), GPNMB_MOUSE (Q99P91    ), GPNMB_RAT   (Q6P7C7    ), 
K0319_HUMAN (Q5VV43    ), K0319_MOUSE (Q5SZV5    ), K319L_HUMAN (Q8IZA0    ), 
K319L_MOUSE (Q8K135    ), K319L_PONAB (Q5RFR6    ), LRP11_HUMAN (Q86VZ4    ), 
PK1L1_HUMAN (Q8TDX9    ), PK1L1_MOUSE (Q8R526    ), PK1L1_ORYLA (E7FKV8    ), 
PK1L_ACRMI  (B8UU59    ), PKD1_HUMAN  (P98161    ), PKD1_MOUSE  (O08852    ), 
PMEL_BOVIN  (Q06154    ), PMEL_CHICK  (Q98917    ), PMEL_HUMAN  (P40967    ), 
PMEL_MOUSE  (Q60696    ), PRTV_VIBCH  (Q9KMU6    ), PRTV_VIBCM  (C3LUP3    ), 
QNR71_COTJA (Q90372    ), SORC1_HUMAN (Q8WY21    ), SORC1_MOUSE (Q9JLC4    ), 
SORC2_HUMAN (Q96PQ0    ), SORC2_MOUSE (Q9EPR5    ), SORC3_HUMAN (Q9UPU3    ), 
SORC3_MOUSE (Q8VI51    ), TM130_HUMAN (Q8N3G9    ), TM130_MOUSE (Q6NXM3    ), 
TM130_PONAB (Q5R6F5    ), XANP_XANS2  (Q60106    ), Y1468_METJA (Q58863    )
» more

UniProtKB/Swiss-Prot
False negative sequences
4 sequences

HYBA2_BIFL2 (E8MGH9    ), K0319_RAT   (P0CI71    ), LRP11_MOUSE (Q8CB67    ), 
PK1L2_MOUSE (Q7TN88    )
» more

PDB
[Detailed view]
3 PDB

1B4R; 1WGO; 4L9D

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission