PROSITE entry PS50106
View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
PURL: https://purl.expasy.org/prosite/signature/PS50106
Direct ScanProsite submission
General information about the entry
Entry name [info] | PDZ |
Accession [info] | PS50106 |
Entry type [info] | MATRIX |
Date [info] |
01-DEC-2001 CREATED;
26-FEB-2020 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE. |
PROSITE Doc. [info] | PDOC50106 |
Associated ProRule [info] | PRU00143 |
Name and characterization of the entry
Description [info] | PDZ domain profile. |
Matrix / Profile [info] |
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=86; /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=81; /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.1898000; R2=0.0201000; TEXT='NScore'; /NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=3249.1350098; R2=5.8276424; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%'; /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=364; H_SCORE=5370; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!'; /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=265; H_SCORE=4793; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?'; /DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=-50; E1=-50; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; ... A B C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y Z /I: B1=0; BI=-105; BD=-105; /M: SY='E'; M= -7, -5,-22, -6, 1,-12,-17, -9, -7, -7, 0, -2, -6,-15, -5, -7, -6, -1, -7,-26, -9, -3; /M: SY='V'; M= -3,-28,-16,-31,-27, -1,-30,-27, 29,-22, 14, 13,-24,-26,-23,-20,-14, -4, 33,-25, -7,-26; /M: SY='E'; M= -4, 0,-20, -1, 6,-19,-17, -7,-16, 1,-13,-10, -1,-11, 2, -2, 3, 6,-11,-28,-12, 3; /M: SY='L'; M= -9,-28,-20,-31,-23, 10,-30,-20, 22,-26, 30, 17,-25,-26,-20,-20,-23, -9, 16,-19, 2,-22; /M: SY='Q'; M= -8, -5,-25, -4, 6,-20,-17, -2,-13, -1,-14, -6, -4, -7, 7, -2, -5, -7,-13,-25,-11, 5; /M: SY='K'; M= -8, -5,-24, -6, 3,-24,-19, -9,-22, 25,-20, -7, -4,-10, 6, 22, -8, -7,-14,-23,-12, 3; /M: SY='S'; M= -4, 3,-23, 3, 1,-21, -3, -8,-18, -5,-20,-12, 4,-10, -2, -7, 5, -2,-14,-29,-17, -1; /M: SY='S'; M= -1, 2,-23, 4, 5,-24, -8,-11,-22, 3,-22,-15, 1, -1, -1, -2, 6, 2,-16,-29,-18, 1; /M: SY='K'; M= -4, 1,-24, 0, 5,-24, -5, -4,-23, 7,-21,-12, 4,-13, 6, 6, 1, -5,-18,-26,-14, 5; /M: SY='G'; M= -3, -3,-27, -4, -5,-24, 26,-11,-30, -6,-25,-16, 3,-12, -7, -8, 1,-11,-25,-23,-21, -6; /I: MD=-17; /M: SY='E'; M= -4, -6,-20, -4, 2,-12, -5, -7,-12, -4,-11, -8, -4, -3, -2, -6, -1, -5,-12,-17, -8, -1; D=-3; /I: I=-5; MI=0; IM=0; DM=-17; /M: SY='L'; M=-12,-26,-22,-28,-20, 15,-28,-15, 12,-23, 28, 14,-24,-28,-18,-15,-24,-10, 6, -7, 9,-19; /M: SY='G'; M= 0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20, 0,-20,-20,-20, 0,-20,-30,-20,-30,-20; /M: SY='F'; M= -9,-28,-20,-35,-26, 31,-30,-23, 18,-27, 19, 9,-22,-26,-28,-22,-18, -7, 15,-10, 9,-26; /M: SY='S'; M= 0, -2,-16, -4, 0,-18,-10, -9,-15, -4,-18,-11, 3,-13, 0, -3, 14, 11, -9,-30,-13, 0; /M: SY='I'; M= -7,-28,-21,-31,-24, 4,-28,-25, 27,-26, 23, 13,-24,-25,-22,-22,-18, -7, 23,-22, -4,-25; /M: SY='A'; M= 4, -5,-16, -8, -4,-19,-11,-11,-11, -1,-15, -8, -2,-16, -2, -3, 4, 2, -4,-28,-14, -4; /M: SY='G'; M= 0, -6,-26, -6, -6,-23, 20,-15,-23,-10,-20,-13, -2,-11,-10,-12, 1, -9,-18,-23,-20, -9; /I: MD=-15; /M: SY='G'; M= -4, -2,-25, -3, -3,-21, 16, -7,-23, -8,-19,-12, 2,-16, -5, -7, 0, -9,-19,-23,-15, -5; D=-2; /I: MD=-15; /M: SY='K'; M= -7, 1,-23, 2, 4,-19,-10, -7,-17, 5,-17,-11, 2,-10, 0, 3, 0, -3,-13,-25,-12, 1; D=-2; /I: MD=-15; /M: SY='D'; M= -7, 12,-24, 16, 5,-25, -1, -3,-24, -2,-22,-17, 8, -9, -1, -6, 1, -7,-20,-25,-16, 2; D=-2; /I: MD=-15; /M: SY='K'; M= -5, 2,-19, 0, 1,-17, -8, -3,-18, 4,-17,-10, 4,-13, 1, 2, 0, -4,-14,-22, -9, 1; D=-2; /I: MD=-15; /M: M= -4, -4,-19, -4, -2,-17, -3, -9,-13, -4,-12, -7, -3, -5, -3, -5, -2, -5,-11,-21,-13, -4; D=-2; /I: MD=-15; /M: SY='H'; M= -3, -7,-17, -8, -3,-12, -8, 3, -7, -4, -8, 0, -4, -5, 0, -4, -3, -5, -6,-18, -6, -3; D=-2; /I: MD=-15; /M: SY='E'; M= -7, -2,-18, 0, 2,-13, -7, -6,-11, -1,-10, -7, -2, 2, -1, -2, -4, -5,-12,-16, -9, 0; D=-2; /I: MD=-15; /M: SY='A'; M= 1, -2,-12, -2, -2,-12, -2, -5, -9, -1, -9, -5, -2, -3, -1, -3, 0, -2, -6,-14, -9, -2; D=-2; /I: I=-5; MI=0; MD=-15; IM=0; DM=-15; /M: SY='G'; M= 0, -7,-17, -8,-12,-17, 30,-11,-21,-14,-17,-11, -1,-13,-12,-13, 2, -8,-16,-17,-17,-13; D=-2; /I: DM=-15; /M: SY='I'; M= -2,-24, -9,-29,-23, -3,-29,-22, 22,-22, 11, 9,-20,-23,-18,-22,-12, -5, 22,-24, -6,-23; D=-2; /I: DM=-15; /M: SY='F'; M=-11,-22,-21,-26,-19, 23,-28,-12, 7,-16, 7, 4,-18,-25,-18,-13,-13, -4, 7, -6, 19,-19; /M: SY='I'; M= -6,-30,-19,-35,-30, 1,-35,-30, 39,-25, 15, 15,-25,-25,-25,-25,-15, -5, 38,-24, -4,-30; /M: SY='S'; M= 3, -1,-14, -5, -2,-19,-10, -9,-17, 1,-20,-11, 3,-13, -1, -2, 11, 8,-10,-28,-14, -2; /M: SY='D'; M= -5, 7,-23, 9, 8,-23, -7, -3,-26, 5,-23,-16, 7,-12, 3, 4, 6, -2,-20,-29,-15, 5; /M: SY='V'; M= -5,-29,-19,-32,-27, 1,-32,-27, 31,-23, 17, 15,-26,-21,-24,-22,-16, -5, 33,-25, -6,-27; /M: SY='M'; M= -9, -9,-21,-11, -7, -6,-22,-11, 0, -9, 1, 3, -8,-19, -6, -8, -9, -5, 0,-23, -4, -7; /M: SY='P'; M= -6, -5,-31, 0, 8,-27,-16, -6,-23, 3,-24,-14, -6, 27, 2, -2, -4, -8,-23,-28,-19, 2; /M: SY='G'; M= -6, 5,-28, 6, -8,-27, 35,-12,-34,-10,-27,-19, 8,-16,-11,-11, 1,-12,-27,-25,-23,-10; /I: I=-6; MI=-32; MD=-32; IM=-32; /M: SY='G'; M= 3, -6,-15, -7,-10,-23, 24,-14,-26,-14,-25,-17, 2,-15, -9,-14, 14, 1,-17,-29,-22,-10; D=-6; /I: I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32; /M: SY='P'; M= 4,-15,-27,-13, -6,-19,-15,-17,-10, -9,-13, -7,-14, 28, -9,-15, -6, -6,-12,-25,-19,-10; /M: SY='A'; M= 39,-12,-12,-20,-11,-18, -3,-20, -6,-12, -8, -8,-11,-11,-11,-19, 8, 0, 2,-22,-18,-11; /M: SY='A'; M= 13, 3,-21, 4, 10,-25, -8, -5,-21, -3,-17,-14, -2, -6, 1,-11, 4, -5,-15,-26,-17, 5; /I: MD=-23; /M: SY='K'; M= -4, -3,-21, -4, 4,-21,-17, -7,-15, 9,-12, -5, -3,-14, 7, 8, -4, -5,-12,-23,-11, 5; D=-4; /I: MD=-23; /M: SY='D'; M= -6, 8,-11, 12, 4,-17, -9, -5,-15, -2,-14,-12, 3, -8, -1, -4, 4, 0, -9,-23,-11, 1; D=-4; /I: I=-6; MI=0; MD=-23; IM=0; DM=-23; /M: SY='G'; M= 10, -5,-19, -8, -8,-21, 25,-13,-23, -8,-18,-13, -1,-11, -9,-12, 2, -9,-16,-18,-19, -9; D=-4; /I: DM=-23; /M: SY='G'; M= -3, -6,-22, -7, -8,-24, 18,-12,-27, -1,-22,-13, 0,-18, -6, 3, -1,-10,-19,-23,-19, -8; D=-4; /I: DM=-23; /M: SY='L'; M= -9,-30,-22,-33,-24, 6,-33,-24, 30,-29, 37, 20,-27,-27,-21,-23,-25, -9, 20,-21, -1,-24; /M: SY='R'; M=-10, 0,-26, -1, 7,-25,-18, 7,-23, 16,-20, -7, 2,-14, 16, 18, -4, -8,-20,-23, -7, 10; /M: SY='A'; M= 5,-15,-22,-15, -5,-17,-19,-18, -2, -7, -9, -5,-14, 3, -9,-12, -4, -4, 3,-27,-16, -8; /M: SY='G'; M= -1, -7,-29, -8,-17,-27, 56,-15,-36,-18,-27,-18, 2,-20,-17,-18, -1,-18,-28,-21,-26,-17; /M: SY='D'; M=-19, 47,-29, 66, 19,-39,-10, 1,-39, 0,-29,-29, 19,-10, 0,-10, 1, -9,-29,-39,-19, 9; /M: SY='R'; M=-10,-13,-23,-13, 0,-14,-24, -9, -5, 2, -7, -1,-11,-17, 3, 9, -9, -7, -2,-21, -8, 0; /M: SY='I'; M= -9,-30,-25,-36,-28, 2,-36,-28, 41,-29, 25, 18,-23,-23,-21,-27,-20, -9, 27,-21, -1,-28; /M: SY='L'; M= -6,-24,-16,-27,-20, 2,-29,-19, 18,-23, 25, 13,-22,-25,-18,-18,-17, -2, 14,-23, -3,-20; /M: SY='E'; M= 4, -2,-21, -3, 7,-21, -4, -7,-21, 1,-20,-12, 0,-11, 3, -2, 7, -2,-16,-25,-13, 5; /M: SY='V'; M= -3,-29,-18,-33,-28, 1,-32,-28, 34,-23, 15, 13,-26,-26,-25,-23,-14, -4, 37,-25, -6,-28; /M: SY='N'; M=-10, 36,-20, 22, 2,-23, 0, 7,-23, 0,-29,-20, 49,-19, 0, 0, 8, -2,-29,-38,-20, 1; /M: SY='G'; M= -3, 2,-27, 2, -9,-29, 38,-11,-34,-12,-28,-19, 8,-17, -9,-12, 3,-12,-27,-26,-24, -9; /I: MD=-12; /M: SY='T'; M= -5, -6,-21, -8, -1,-17,-21,-11, -6, 2,-10, -4, -6,-15, 2, 1, -1, 3, 0,-26,-11, 0; D=-2; /I: MD=-12; /M: SY='D'; M= -3, 4,-20, 7, 1,-23, -8,-10,-20, -5,-22,-16, 2, 7, -4,-10, 7, 2,-15,-31,-18, -2; D=-2; /I: I=-5; MI=0; MD=-12; IM=0; DM=-12; /M: SY='L'; M= -6,-22,-16,-25,-20, 5,-26,-20, 18,-20, 20, 12,-20,-23,-19,-17,-14, 0, 18,-20, -3,-19; D=-2; /I: DM=-12; /M: SY='E'; M= -6, -2,-23, -1, 9,-20,-15, -6,-17, 6,-16, -9, -1,-11, 4, 8, 1, -2,-12,-26,-13, 6; D=-2; /I: DM=-12; /M: SY='G'; M= -4, 8,-24, 6, -3,-25, 13, -5,-25, -7,-23,-15, 12,-15, -5, -9, 3, -7,-21,-29,-19, -4; D=-2; /I: DM=-12; /M: SY='M'; M= -4,-20,-18,-24,-17, 0,-21,-14, 6,-14, 8, 10,-17,-22,-13,-13,-12, -5, 7,-15, -3,-15; /M: SY='T'; M= 0, 0,-15, -4, -4,-16,-11,-13,-15, -8,-17,-12, 2, -6, -5, -9, 14, 18, -9,-31,-15, -5; /M: SY='H'; M=-11, -9,-26,-11, -5,-10,-22, 27, -9,-10, -3, 2, -4,-18, 1, -4,-11,-11,-11,-22, 7, -5; /M: SY='E'; M= -6, 8,-24, 11, 14,-23,-16, -2,-20, 0,-15,-12, 2,-11, 6, -1, 1, -3,-17,-29,-13, 9; /M: SY='E'; M= -8, 9,-27, 15, 23,-28,-16, -3,-25, 6,-20,-15, 3, -7, 14, 3, 1, -6,-22,-28,-16, 18; /M: SY='A'; M= 25,-17, -8,-23,-16,-12,-12,-21, 3,-15, 0, -1,-15,-18,-14,-20, 1, -1, 11,-24,-15,-15; /M: SY='V'; M= -1,-16,-18,-18,-14,-10,-23,-17, 8, -9, 0, 3,-15,-22, -9, -8, -6, -2, 16,-24, -9,-12; /M: SY='E'; M= -1, 2,-22, 1, 7,-23,-12, -7,-18, 3,-15,-10, 1,-13, 5, 1, 0, -3,-15,-27,-14, 5; /M: SY='L'; M= 3,-19,-20,-24,-15, -2,-21,-18, 7,-14, 9, 6,-17,-20,-12,-11,-10, -4, 7,-19, -4,-14; /M: SY='L'; M= -8,-28,-21,-32,-23, 6,-31,-22, 26,-27, 33, 19,-25,-25,-19,-22,-22, -7, 17,-20, -1,-22; /M: SY='R'; M=-10, -3,-27, -2, 6,-24,-19, -6,-22, 24,-19, -7, -2,-14, 9, 26, -6, -7,-15,-23,-11, 6; /M: SY='N'; M= -2, 5,-24, 3, 8,-24, -3, -4,-24, 6,-22,-14, 9,-11, 3, 5, 3, -5,-21,-28,-17, 5; /M: SY='T'; M= 12, -8,-11,-13, -9,-14,-11,-17, -8,-10,-11, -9, -5,-12, -9,-13, 12, 13, -1,-28,-14, -9; /M: SY='G'; M= -3, -8,-27, -6, -6,-23, 13,-12,-24, -8,-21,-14, -3, 1, -8,-11, 0, -8,-20,-25,-19, -8; /M: SY='N'; M= -4, 4,-27, 5, 4,-27, 2, -8,-27, 4,-27,-16, 6, -2, 2, 0, 3, -6,-23,-27,-19, 2; /M: SY='E'; M= -5, -3,-23, -3, 5,-19,-16,-10,-12, 2,-13, -7, -4,-11, -1, -2, -2, -2, -7,-27,-13, 1; /M: SY='V'; M= -2,-24,-14,-25,-21, -3,-27,-25, 20,-20, 14, 8,-23,-23,-21,-19,-12, -2, 26,-27, -9,-22; /M: SY='T'; M= -3, -7,-20,-10, -4,-14,-17, -3,-12, 0,-12, -5, -4,-16, 0, 1, 3, 7, -6,-24, -5, -3; /M: SY='L'; M= -9,-27,-20,-30,-21, 7,-30,-20, 22,-26, 36, 21,-26,-27,-18,-19,-24, -7, 15,-21, -1,-20; /M: M= -7,-10,-23,-12, -4,-14,-17,-12, -3, -2, -4, 0, -8,-18, -4, -5, -7, -3, -1,-24, -9, -5; /M: SY='I'; M= -3,-26,-18,-29,-24, 1,-30,-24, 25,-23, 19, 12,-23,-24,-20,-21,-14, -2, 25,-23, -3,-23; /M: SY='T'; M= -2, -9,-18,-12, -4,-14,-17,-13, -5, -7, -3, -1, -7,-15, -2, -8, -2, 1, -4,-25,-11, -3; /M: SY='R'; M=-13, -8,-28, -8, -2,-17,-20, -1,-19, 12,-16, -8, -3, -7, 4, 25, -7, -6,-16,-21, -6, -2; /M: M= -8, -3,-26, -1, -4,-17,-10,-11,-16, -4,-13, -9, -3, -3, -5, -2, -6, -8,-13,-26,-15, -6; /M: SY='E'; M= -8, 1,-28, 4, 6,-26, -6, -2,-26, 5,-23,-14, 2, -2, 5, 4, -1, -7,-22,-26,-15, 4; /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;» more |
Post-processing [info]
COMPETES_HIT_WITH | PS51865 |
Numerical results [info]
Total number of hits | 1'062 in 643 different sequences |
Number of true positive hits | 1'062 in 643 different sequences |
Number of 'unknown' hits | 0 |
Number of false positive hits | 0 |
Number of false negative sequences | 99 |
Number of 'partial' sequences | 1 |
Precision (true positives / (true positives + false positives)) | 100.00 % |
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) | 91.47 % |
Comments [info]
Taxonomic range [info] | Eukaryotes, Prokaryotes (Bacteria) |
Maximum number of repetitions [info] | 13 |
Matrix type [info] | protein_domain |
Scaling database [info] | reversed |
Author [info] | K_Hofmann |
Feature key [info] | DOMAIN |
Feature description [info] | PDZ |
Version [info] | 7 |
Cross-references [info]