PROSITE

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=72;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=67;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.1544; R2=.03219072; TEXT='-LogE';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=228; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=166; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=-40; E1=-40; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; MM=1; M0=-1;

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='S'; M= -2,  0,-20,  0,  0,-17,-13, -8,-14, -3,-15,-10,  2,-15,  0, -1,  6,  1, -9,-29,-13, -1;
/M: SY='E'; M= -7, -4,-25, -2, 13,-15,-17, -4,-17,  1,-12,-10, -6, -9,  4,  1, -4, -5,-16,-20, -4,  7;
/M: SY='E'; M=  2,  1,-22,  0,  8,-21,-14, -7,-19,  5,-17,-11,  1,-10,  4,  2,  2, -1,-15,-25,-13,  5;
/M: SY='R'; M= -7, -5,-24, -6,  1, -9,-19, -3,-15,  0, -8, -6, -4,-15, -1,  4, -6, -4,-13,-17, -4, -1;
/M: SY='L'; M=-12,-22,-24,-26,-20, 10,-24,-12, 11,-19, 15, 13,-19,-22,-16,-15,-19, -9,  4,-10,  8,-19;
/M: SY='R'; M= -3, -8,-22, -8,  0,-18,-18,-10,-12,  4,-14, -7, -6,-11, -1, 10, -3, -4, -5,-26,-13, -2;
/M: SY='Q'; M= -6, -5,-22, -5,  3,-17,-17,  1,-15,  0,-11, -5, -3,-14,  6,  5, -3, -4,-14,-23, -8,  3;
/M: SY='I'; M=  1,-18,-20,-23,-17, -4,-21,-19, 12,-19, 10,  6,-14,-18,-14,-16, -9, -2,  9,-23, -7,-17;
/M: SY='L'; M= -7,-25,-22,-28,-19,  5,-27,-19, 16,-22, 18, 12,-22,-16,-16,-19,-17, -8, 11,-20, -2,-19;
/M: SY='E'; M= -8, 14,-24, 17, 24,-28,-13,  2,-26,  4,-22,-17, 10,-10, 12,  1,  3, -6,-24,-31,-17, 18;
/I:         I=-7; MI=-8; MD=-21; IM=-8;
/M: SY='S'; M=  2,  0,-19, -4, -4,-19, -7, -7,-16, -7,-17,-12,  5, -5, -3, -8, 10, 10,-13,-29,-15, -4; D=-4;
/I:         DM=-21;
/M: SY='L'; M=  5,-15,-16,-20,-13, -6,-19,-17,  5,-16,  8,  3,-12,-17,-11,-16, -4,  2,  5,-23, -8,-12; D=-4;
/I:         DM=-21;
/M: SY='P'; M= -6, -1,-25, -1, -3,-19,-14, -8,-11, -7,-16,-10, -1,  3, -5, -9,  0,  0,-11,-28,-14, -6; D=-4;
/I:         DM=-21;
/M: SY='D'; M= -3,  4,-21,  8, -1,-23, -7,-13,-18, -8,-19,-15, -1, -1, -8,-13,  2, -2,-12,-31,-19, -5;
/M: SY='P'; M= -1,-14,-25,-16,-13, -5, -1,-18,-14,-16,-14,-10, -9,  8,-17,-18, -4, -6,-13,-20,-14,-16;
/M: SY='I'; M= -6,-24,-22,-30,-23,  4,-28,-21, 22,-21, 10, 12,-18,-21,-18,-20,-12, -4, 18,-15,  1,-22;
/M: SY='F'; M=-11,-27,-22,-33,-25, 31,-26,-19,  6,-24,  9,  4,-22,-27,-25,-19,-18, -9,  3, 10, 15,-23;
/M: SY='V'; M=  2,-17,-18,-20,-16, -8,-13,-19,  4,-13,  0,  2,-15,-21,-14,-11, -7, -6, 10,-23,-10,-16;
/M: SY='V'; M= -2,-20,-19,-23,-18, -3,-22,-15,  6,-16,  4,  2,-17,-22,-15,-14, -8, -1,  9,-10, -2,-17;
/M: SY='D'; M= -9, 31,-24, 39, 10,-31, -8, -2,-31, -1,-26,-23, 17,-12,  0, -5,  6, -2,-23,-36,-18,  5;
/M:         M=  0, -6,-20, -7,  0,-16,-16, -9, -8, -9, -7, -6, -6, -9, -4,-10, -1, -3, -7,-27,-13, -3;
/M: SY='B'; M= -7, 13,-24, 13,  6,-19,-13, -3,-21,  1,-19,-14, 10,-14,  2, -1,  2, -2,-18,-28,-11,  4;
/M: SY='G'; M=  1, -8,-25,-10,-13,-22, 34,-17,-28,-13,-21,-13, -2,-16,-13,-14,  1, -8,-20,-22,-22,-13;
/I:         I=-7; MI=-8; IM=-8; DM=-15; MD=-15;
/M: SY='R'; M= -9, -7,-21, -8, -4,-15,-17,-10,-13,  0,-13, -7, -5,-12, -4,  2, -9, -8,-12,-15, -8, -5;
/M: SY='I'; M= -8,-25, -9,-31,-24,  4,-30,-24, 20,-24, 10,  9,-20,-24,-20,-23,-15, -7, 17,-21, -3,-23;
/M: SY='I'; M= -4,-13,-16,-19,-14, -3,-22,-16,  7,-17,  5,  4, -9,-20,-12,-15, -4,  2,  7,-26, -7,-14;
/M: SY='Y'; M=-12,-11,-26,-11, -7, 10,-17,  3, -9,-11, -5, -4,-11,-22, -9,-11,-11, -8,-11, -1, 26,-10;
/M: SY='W'; M= -4,-27,-13,-31,-25,  2,-23,-26,  3,-21, -2, -3,-24,-26,-21,-20,-17,-10,  4, 22,  1,-22;
/M: SY='N'; M= -4, 26,-16, 17,  2,-22, -3,  1,-22, -4,-29,-20, 36,-16, -1, -5, 18,  6,-22,-39,-20,  1;
/M: SY='P'; M= -1,  2,-26,  6,  8,-26,-12, -7,-22, -1,-22,-16, -1,  9,  1, -5,  2, -2,-19,-28,-18,  3;
/M: SY='A'; M= 10, -1,-19, -6,  0,-21, -4,-11,-19,  1,-18,-12,  2,-12,  0, -2,  8,  2,-12,-25,-16,  0;
/M: SY='V'; M=  5,-20,-10,-27,-21,  4,-18,-19,  6,-19,  4,  6,-17,-21,-18,-19, -7, -3,  9,-17, -3,-19;
/M: SY='E'; M=  1, -6,-13, -7,  3,-15,-17,-10,-12, -5, -9, -8, -6,-15, -3, -5,  0,  0, -6,-26,-12,  0;
/M: SY='E'; M= -6,  2,-25,  4, 11,-24,-15, -6,-21,  9,-19,-12,  1, -8,  6,  8,  0, -4,-16,-27,-15,  7;
/M: SY='L'; M= -8,-24,-21,-27,-20,  7,-28,-12, 17,-22, 25, 17,-22,-25,-15,-18,-20, -7, 10,-17,  6,-19;
/M: SY='L'; M= -6,-18,-15,-23,-17, 12,-25,-18,  5,-21, 15,  5,-16,-22,-18,-16, -8,  9,  5,-18,  3,-17;
/M: SY='G'; M=  0, -6,-29, -6,-14,-30, 59,-17,-38,-16,-29,-20,  2,-18,-15,-17,  1,-18,-29,-21,-28,-15;
/M: SY='Y'; M=-14,-25,-25,-27,-20, 17,-28, -6,  3,-16,  9,  3,-23,-28,-15,-11,-22,-11, -3, 18, 31,-19;
/M: SY='S'; M= -1, -2,-20, -3,  2,-20,-12, -8,-17, -3,-16,-12,  1, -5,  0, -3,  9,  8,-13,-30,-15,  0;
/M: SY='P'; M= -7,-12,-28, -9,  1,-22,-17,-10,-16,  2,-17, -9, -9, 11,  2,  5, -6, -8,-15,-23,-15, -1;
/M: SY='E'; M= -5,  6,-25, 11, 19,-26,-12,  0,-23,  2,-20,-14,  1, -8,  9, -4,  1, -8,-20,-27,-15, 14;
/M: SY='E'; M=-10, 14,-28, 23, 38,-30,-16, -2,-27,  5,-20,-17,  3, -4, 14, -3,  0, -8,-25,-31,-18, 26;
/M: SY='V'; M= -1,-25,-16,-27,-22,  1,-25,-23, 16,-21, 16,  9,-24,-23,-20,-20,-16, -6, 18,-16, -4,-22;
/M: SY='I'; M= -7,-20,-21,-24,-18, -3,-28,-18, 19,-18, 13, 13,-17,-18,-14,-17,-14, -4, 14,-23, -4,-18;
/M: SY='G'; M= -3, -1,-27,  0, -7,-28, 34,-10,-31,-12,-25,-17,  4,-15, -9,-14,  1,-12,-25,-25,-23, -8;
/M: SY='R'; M=-10, -2,-26, -3,  3,-23,-15, -3,-22, 17,-19, -7,  2,-13,  8, 19, -4, -5,-17,-24,-10,  4;
/M: SY='S'; M= -3,  2,-21, -1, -2,-17,-10, -3,-15, -5,-17, -7,  6, -8,  0, -7,  7,  2,-14,-27,-11, -2;
/I:         MD=-15;
/M: SY='L'; M= -4, -7, -7, -8, -7, -2,-12, -8, -1,-10,  4,  0, -8,-12, -8, -8, -7, -3, -1,-11, -2, -8; D=-1;
/I:         I=-4; MI=-8; MD=-15; IM=-8; DM=-15;
/M: SY='I'; M= -4,-23,-14,-26,-21,  6,-25,-20, 14,-20, 13,  7,-20,-21,-19,-18,-14, -6, 14,-15, -1,-20; D=-1;
/I:         DM=-15;
/M: SY='Y'; M= -8,-16,-22,-18,-14,  1,-14, -9, -5,-11,  0,  0,-13,-23,-11, -8,-12, -8, -5, -9,  6,-14;
/M: SY='E'; M= -8,  9,-24, 14, 17,-21,-15, -3,-22, -1,-17,-14,  3, -9,  5, -5,  1, -5,-19,-29,-14, 11;
/M: SY='F'; M=-12,-21,-19,-25,-18, 13,-27,-10,  7,-17, 12,  7,-17,-25,-15,-10,-16, -6,  5,-14,  8,-17;
/M: SY='I'; M=-10,-24,-14,-28,-22,  9,-29,-16, 12,-20, 10,  7,-20,-24,-17,-16,-15, -5, 10,-13,  6,-20;
/M: SY='H'; M=-12, -2,-27, -1, -1,-17,-10, 31,-22, -7,-15, -5,  1,-13,  1, -4, -6,-12,-21,-25,  1, -2;
/M: SY='P'; M= -8, -9,-32, -4,  3,-26,-16,-11,-18, -5,-22,-15, -9, 38, -4,-11, -5, -6,-22,-29,-21, -4;
/M: SY='E'; M= -8, 12,-18, 18, 24,-28,-12, -3,-28,  3,-21,-18,  4,-10,  7, -3,  1, -7,-24,-31,-18, 15;
/M: SY='D'; M=-10, 17,-22, 24,  5,-23, -9, -6,-25, -6,-21,-19,  6, -9, -5,-10,  2, -3,-19,-30,-13, -1;
/M: SY='R'; M= -7, -9,-23, -9, -4,-14,-19,  1,-10,  0, -6, -2, -7,-19,  1,  7, -7, -6, -6,-23, -4, -3;
/M: SY='E'; M= -1,  2,-23,  4, 10,-22,-10, -8,-21, -1,-18,-14,  0, -4,  1, -4,  0, -6,-18,-27,-16,  5;
/M:         M= -5, -7,-19, -8,  0,-14,-15, -7,-14, -2,-11, -7, -6,-13, -4, -2, -3, -3, -9,-23, -9, -3;
/M: SY='V'; M= -7,-20,-18,-23,-17,  3,-23,-15, 11,-18, 11,  9,-18,-22,-16,-15,-13, -5, 12,-22, -3,-17;
/M: SY='R'; M= -7, -7,-24, -8,  2,-17,-19, -4,-13,  5, -9, -3, -5,-15,  5,  9, -5, -4,-10,-23, -8,  3;
/M: SY='E'; M= -3,  5,-23,  6, 14,-26,-11, -4,-25,  9,-22,-14,  4,-10,  8,  6,  2, -5,-20,-26,-14, 10;
/M:         M= -1,-11,-19,-14, -6,-11,-16,-12, -5, -6, -5, -1, -8,-16, -3, -5, -3, -1, -2,-23, -9, -5;
/I:         I=-5; MI=-8; IM=-8; DM=-15; MD=-15;
/M: SY='L'; M= -9,-20,-22,-23,-16,  4,-27,-12, 12,-20, 18,  9,-18,-23,-13,-15,-16, -6,  7,-18,  3,-16;
/M: SY='Q'; M=-10,  4,-25,  4, 10,-22,-14,  7,-23,  5,-20,-11,  6,-11, 12,  9, -1, -7,-22,-23, -8,  9;
/M: SY='R'; M= -9,  0,-24, -2,  2,-18,-15, -2,-17,  3,-13, -7,  2,-16,  5,  7, -4, -4,-16,-22, -8,  3;
/M: SY='A'; M= 11,-14,-13,-18,-14, -9,-14,-17,  1,-15, -1, -2,-13,-17,-14,-18,  0,  1,  6,-24,-10,-14;
/M: SY='L'; M= -4,-24,-19,-28,-19,  0,-26,-18, 18,-20, 21, 17,-21,-23,-14,-16,-17, -6, 14,-20, -4,-18;
/M: SY='E'; M= -5,  5,-25,  5, 13,-24,-15, -2,-21,  8,-19,-11,  6, -9,  9,  5,  1, -2,-19,-27,-13, 10;
/M: SY='N'; M= -6,  2,-25, -1, -1,-23,  4, -3,-23,  0,-20,-12,  7,-15, -1,  1, -1, -6,-20,-26,-15, -2;
/M: SY='G'; M= -6,  2,-26,  4,  5,-26,  7, -3,-27, -1,-22,-14,  3,-12,  3, -3,  0, -9,-23,-25,-16,  3;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

• UniProtKB/Swiss-Prot release number: 2013_05, total number of sequence entries in that release: 540052.
  
• Total number of hits in UniProtKB/Swiss-Prot: 459 hits in 325 different sequences
  
• Number of hits on proteins that are known to belong to the set under consideration: 459 hits in 325 different sequences
  
• Number of hits on proteins that could potentially belong to the set under consideration: 0 hits in 0 different sequences
  
• Number of false hits (on unrelated proteins): 0 hits in 0 different sequences
  
• Number of known missed hits: 85
  
• Number of partial sequences which belong to the set under consideration, but which are not hit by the pattern or profile because they are partial (fragment) sequences: 0
  
• Precision (true hits / (true hits + false positives)): 100.00 %
  
• Recall (true hits / (true hits + false negatives)): 84.38 %
  

• MATRIX_TYPE: protein_domain
  
• Scaling database: UniProtKB/Swiss-Prot: reversed
  
• Matrix author: K_Hofmann
  
• Taxonomic range: Archaea, Eukaryotes, Prokaryotes (Bacteria)
  
• Maximum known number of repetitions of the pattern in a single protein: 3
  
• FT_KEY: DOMAIN
  
• FT_DESC: PAS
  
• VERSION: 1
  

ADO1_ARATH  (Q94BT6), ADO1_ORYSJ  (Q5Z8K3), ADO2_ARATH  (Q8W420), 
ADO2_ORYSJ  (Q67UX0), ADO3_ARATH  (Q9C9W9), ADO3_ORYSJ  (Q2R2W1), 
AHA1_CAEEL  (O02219), AHRR_HUMAN  (A9YTQ3), AHRR_MOUSE  (Q3U1U7), 
AHRR_RAT    (Q75NT5), AHR_CAEEL   (O44712), AHR_DELLE   (Q95LD9), 
AHR_HUMAN   (P35869), AHR_MOUSE   (P30561), AHR_MUSCR   (Q8R4S7), 
AHR_MUSMC   (Q8R4S6), AHR_MUSMM   (Q8R4S5), AHR_MUSSI   (Q8R4S4), 
AHR_MUSSP   (Q8R4S2), AHR_RABIT   (O02747), AHR_RAT     (P41738), 
ARCB_ECO57  (P58363), ARCB_ECOLI  (P0AEC3), ARCB_SHIFL  (P0AEC4), 
ARNT2_DANRE (Q9DG12), ARNT2_HUMAN (Q9HBZ2), ARNT2_MOUSE (Q61324), 
ARNT2_RAT   (Q78E60), ARNT_BOVIN  (Q9BE97), ARNT_DROME  (O15945), 
ARNT_HUMAN  (P27540), ARNT_MOUSE  (P53762), ARNT_ONCMY  (P79832), 
ARNT_RABIT  (O02748), ARNT_RAT    (P41739), ATOS_ECOLI  (Q06067), 
BAT_HALSA   (Q9HPU8), BDLA_PSEAE  (Q9I3S1), BMAL1_CHICK (Q9I8T7), 
BMAL1_HORSE (A0MLS5), BMAL1_HUMAN (O00327), BMAL1_MESAU (O88529), 
BMAL1_MOUSE (Q9WTL8), BMAL1_NANGA (Q91YA9), BMAL1_PONAB (Q5R4T2), 
BMAL1_RAT   (Q9EPW1), BMAL1_TYTAL (Q6YGZ5), BMAL2_CHICK (Q8QGQ7), 
BMAL2_HUMAN (Q8WYA1), BMAL2_MOUSE (Q2VPD4), BVGS_BORBR  (P26762), 
BVGS_BORPA  (P40330), BVGS_BORPE  (P16575), CEK1_SCHPO  (P38938), 
CGPB_FUSSO  (Q00858), CLOCK_CHICK (Q8QGQ6), CLOCK_DROME (O61735), 
CLOCK_HUMAN (O15516), CLOCK_MOUSE (O08785), CLOCK_NANGA (Q91YB0), 
CLOCK_PONAB (Q5RAK8), CLOCK_RAT   (Q9WVS9), CLOCK_SPACA (Q91YB2), 
CLOCK_SPAJD (Q91YA8), CLOCK_TYTAL (Q6YGZ4), CRTJ_RHOCA  (P26167), 
CYCL_DROME  (O61734), DCTS_RHOCA  (P37739), DCUS_ECO57  (P0AEC9), 
DCUS_ECOL6  (P59340), DCUS_ECOLI  (P0AEC8), DCUS_SHIFL  (P59341), 
DHKH_DICDI  (Q54W36), DHKL_DICDI  (Q54RP6), DOSP_ECOLI  (P76129), 
DPO3E_RHOCB (O68045), DSPA_SYNY3  (P20169), EPAS1_HUMAN (Q99814), 
EPAS1_MOUSE (P97481), EPAS1_RAT   (Q9JHS1), ERT1_ASHGO  (Q754V2), 
ERT1_CANAW  (C4YLC3), ERT1_CANDC  (B9WLA7), ERT1_CANGA  (Q6FML7), 
ERT1_KLULA  (Q6CKI5), ERT1_LACTC  (C5E2K7), ERT1_PICST  (A3LQV7), 
ERT1_POSPM  (B8PBQ6), ERT1_YEAS1  (B3LMS3), ERT1_YEAS2  (C7GMR4), 
ERT1_YEAS7  (A6ZLH8), ERT1_YEAS8  (D3UEY7), ERT1_YEAST  (P38140), 
ERT1_ZYGRC  (C5E1J9), FIXL_AZOC5  (P26489), FIXL_BRAJA  (P23222), 
FIXL_RHIME  (P10955), GMR_ECOLI   (P77334), GSM1_ASHGO  (Q754J3), 
GSM1_CANGA  (Q6FLG1), GSM1_CANTT  (C5MCK5), GSM1_KLULA  (Q6CK33), 
GSM1_PICGU  (A5DRJ2), GSM1_PICPG  (C4QV17), GSM1_VANPO  (A7TQK0), 
HIF1A_BOSMU (Q0PGG7), HIF1A_BOVIN (Q9XTA5), HIF1A_CHICK (Q9YIB9), 
HIF1A_EOSBA (Q309Z6), HIF1A_HUMAN (Q16665), HIF1A_MOUSE (Q61221), 
HIF1A_ONCMY (Q98SW2), HIF1A_RAT   (O35800), HIF1A_XENLA (Q9I8A9), 
HIF1_CAEEL  (G5EGD2), HIF3A_HUMAN (Q9Y2N7), HIF3A_MOUSE (Q0VBL6), 
HIF3A_RAT   (Q9JHS2), HLH34_CAEEL (P90953), HTR3_HALSA  (Q9HQ00), 
KCNAE_DROME (Q02280), KCNH1_BOVIN (O18965), KCNH1_HUMAN (O95259), 
KCNH1_MOUSE (Q60603), KCNH1_RAT   (Q63472), KCNH2_CANFA (Q9TSZ3), 
KCNH2_HUMAN (Q12809), KCNH2_MOUSE (O35219), KCNH2_RABIT (Q8WNY2), 
KCNH2_RAT   (O08962), KCNH3_HUMAN (Q9ULD8), KCNH3_MOUSE (Q9WVJ0), 
KCNH3_RAT   (O89047), KCNH4_HUMAN (Q9UQ05), KCNH4_RAT   (Q9R1T9), 
KINA_BACSU  (P16497), KINC_BACSU  (P39764), KINE_BACSU  (O31661), 
LOVHK_BRUA1 (B2SB67), LOVHK_BRUA2 (Q2YKK7), LOVHK_BRUAB (Q577Y7), 
LOVHK_BRUC2 (A9MBM8), LOVHK_BRUME (Q8YC53), LOVHK_BRUO2 (A5VUS1), 
LOVHK_BRUSI (A9WYQ7), LOVHK_BRUSU (Q8FW73), LOVHK_OCHA4 (A6X554), 
LOVHK_PSE14 (Q48IV1), LOVHK_PSESM (Q881J7), LOVHK_PSEU2 (Q4ZSY3), 
LVHK1_ERYLH (Q2NCA3), LVHK2_ERYLH (Q2NB77), MAK1_SCHPO  (Q9P7Q7), 
NCOA1_HUMAN (Q15788), NCOA1_MOUSE (P70365), NCOA1_PIG   (Q4PJW2), 
NCOA2_DANRE (Q98TW1), NCOA2_HUMAN (Q15596), NCOA2_MOUSE (Q61026), 
NCOA2_RAT   (Q9WUI9), NCOA2_XENLA (Q9W705), NCOA2_XENTR (B5DE09), 
NCOA3_HUMAN (Q9Y6Q9), NCOA3_MOUSE (O09000), NCOA3_XENLA (O57539), 
NIFL_AZOVI  (P30663), NIFL_KLEOX  (P56267), NIFL_KLEPN  (P06772), 
NODV_BRAJA  (P15939), NPAS1_HUMAN (Q99742), NPAS1_MOUSE (P97459), 
NPAS2_CHICK (Q5ZQU2), NPAS2_HUMAN (Q99743), NPAS2_MOUSE (P97460), 
NPAS3_HUMAN (Q8IXF0), NPAS3_MOUSE (Q9QZQ0), NPAS4_DANRE (Q1ECW2), 
NPAS4_HUMAN (Q8IUM7), NPAS4_MOUSE (Q8BGD7), NPAS4_RAT   (Q8CJH6), 
NTRB_AZOBR  (P45670), NTRB_ECO57  (P0AFB6), NTRB_ECOLI  (P0AFB5), 
NTRB_SHIFL  (P0AFB7), NTRY_AZOC5  (Q04850), PASD1_HUMAN (Q8IV76), 
PASK_HUMAN  (Q96RG2), PASK_MOUSE  (Q8CEE6), PDE8A_HUMAN (O60658), 
PDE8A_MOUSE (O88502), PDE8B_HUMAN (O95263), PDE8B_MOUSE (E9Q4S1), 
PDHS_BRUA1  (B2S758), PDHS_BRUA2  (Q2YRB4), PDHS_BRUAB  (Q57BR6), 
PDHS_BRUC2  (A9M715), PDHS_BRUME  (Q8YIM6), PDHS_BRUO2  (A5VRX4), 
PDHS_BRUSI  (B0CI82), PDHS_BRUSU  (Q8FZ86), PDHS_OCHA4  (A6X5X4), 
PER1_HUMAN  (O15534), PER1_MOUSE  (O35973), PER1_RAT    (Q8CHI5), 
PER1_SPAJD  (Q8K3T3), PER2_CHICK  (Q8QGQ8), PER2_HUMAN  (O15055), 
PER2_MOUSE  (O54943), PER2_RAT    (Q9Z301), PER2_SPAJD  (Q8K3T2), 
PER3_HUMAN  (P56645), PER3_MOUSE  (O70361), PER3_RAT    (Q8CJE2), 
PER_ANTPE   (Q17062), PER_DROMA   (Q03353), PER_DROME   (P07663), 
PER_DROPS   (P12348), PER_DROSE   (Q03354), PER_DROSI   (Q03355), 
PER_DROVI   (P12349), PER_DROWI   (Q03297), PER_DROYA   (Q24767), 
PER_HYACE   (Q25020), PER_MANSE   (Q25478), PER_PERAM   (Q25637), 
PHOR_ECOLI  (P08400), PHOR_PSEAE  (P23621), PHOR_SHIDY  (P45609), 
PHOT1_ARATH (O48963), PHOT2_ARATH (P93025), PHOT2_ORYSJ (Q9ST27), 
PHOT_BACSU  (O34627), PHOT_LISIN  (Q92DM1), PHOT_LISMO  (P58724), 
PHT1A_ORYSJ (Q2QYY8), PHT1B_ORYSJ (Q2RBR1), PHY1_CERPU  (P25848), 
PHY1_PHYPA  (P36505), PHY1_SELMA  (Q01549), PHY2_CERPU  (Q39557), 
PHYA1_MAIZE (P19862), PHYA1_TOBAC (P33530), PHYA3_AVESA (P06593), 
PHYA4_AVESA (P06594), PHYA_ARATH  (P14712), PHYA_CUCPE  (P06592), 
PHYA_LATSA  (P93673), PHYA_ORYSI  (A2XLG5), PHYA_ORYSJ  (Q10DU0), 
PHYA_PEA    (P15001), PHYA_PETCR  (P55141), PHYA_POPTM  (O49934), 
PHYA_SOLTU  (P30733), PHYA_SORBI  (P93526), PHYA_SOYBN  (P42500), 
PHYB1_SOLLC (Q9ZS62), PHYB_ARATH  (P14713), PHYB_ORYSI  (A2XFW2), 
PHYB_ORYSJ  (Q10MG9), PHYB_SOLTU  (P34094), PHYB_SORBI  (P93527), 
PHYB_SOYBN  (P42499), PHYB_TOBAC  (P29130), PHYC_ARATH  (P14714), 
PHYC_ORYSI  (A2XM23), PHYC_ORYSJ  (Q10CQ8), PHYC_SORBI  (P93528), 
PHYD_ARATH  (P42497), PHYE_ARATH  (P42498), PHYE_IPONI  (P55004), 
PHY_ADICA   (P42496), PHY_MOUSC   (P33529), PHY_PICAB   (Q40762), 
PHY_PINSY   (Q41046), PLEC_CAUCR  (P37894), PYP_HALHA   (P16113), 
PYP_HALSE   (P81046), PYP_RHOSA   (Q53120), RCOM1_BURXL (Q13YL3), 
RSBP_BACSU  (O07014), SIM1A_DANRE (Q98SJ5), SIM1_HUMAN  (P81133), 
SIM1_MOUSE  (Q61045), SIM1_PANPA  (A1YFY6), SIM1_PANTR  (A2T6X9), 
SIM2_HUMAN  (Q14190), SIM2_MOUSE  (Q61079), SIMA_DROME  (Q24167), 
SIM_DROME   (P05709), STC_CLOBE   (P26047), TCSA_EMENI  (Q9P896), 
TDIS_THAAR  (O87939), TLOV1_ARATH (O64511), TRH_DROME   (Q24119), 
TYRR_ECOLI  (P07604), WALK_STAA1  (A7WWQ7), WALK_STAA2  (A6TXG9), 
WALK_STAA3  (Q2FKN7), WALK_STAA8  (Q2G2U4), WALK_STAA9  (A5INR0), 
WALK_STAAB  (Q2YUQ2), WALK_STAAC  (Q5HJX6), WALK_STAAE  (A6QD58), 
WALK_STAAM  (Q7A305), WALK_STAAN  (Q7A8E0), WALK_STAAR  (Q6GKS6), 
WALK_STAAS  (Q6GD71), WALK_STAAT  (A8YYU2), WALK_STAAU  (Q9RDT3), 
WALK_STAAW  (Q7A215), WALK_STAEQ  (Q5HK19), WALK_STAES  (Q8CU87), 
WALK_STAHJ  (Q4LAJ8), WALK_STAS1  (Q4A159), WALK_STASR  (A5A2P0), 
WC1_NEUCR   (Q01371), WC2_NEUCR   (P78714), Y3085_AZOC5 (Q04855), 
Y4LL_RHISN  (P55552), Y8013_DICDI (Q54VU4), YCF26_PORPU (P51392), 
YCF26_PORYE (Q1XD95), YEGE_ECOLI  (P38097), YGEV_ECOLI  (Q46802), 
YQIR_BACSU  (P54529)

ACUK_CHAGB  (Q2GSA4), ACUK_NECH7  (C7YM38), ACUK_NEUCR  (Q7RUA4), 
ACUK_PHANO  (Q0U7C8), ACUK_PYRTR  (B2W978), ACUK_SCLS1  (A7EAG1), 
ACUK_SORMK  (D1ZRZ5), BPHY_DEIRA  (Q9RZA4), CITA_KLEPN  (P52687), 
CITS_BACHD  (Q9RC53), CITS_BACSU  (O34427), DCRA_DESVH  (P35841), 
DCTS_BACHD  (Q9K997), DCTS_BACSU  (P96601), DHAR_CITFR  (P45512), 
DHAR_ECOLI  (P76016), DHKA_DICDI  (Q54U87), DHKD_DICDI  (Q54SP4), 
DHKI_DICDI  (Q86AT9), DPIB_ECOLI  (P77510), ERT12_YARLI (Q6C764), 
ERT1_COPC7  (A8N767), ERT1_DEBHA  (Q6BY37), ERT1_PICGU  (A5DF43), 
ERT1_PICPG  (C4R1K8), ERT1_SCHCM  (D8Q8R5), ERT1_USTMA  (Q4PD88), 
GSM1_CLAL4  (C4Y4V1), GSM1_DEBHA  (Q6BJW8), GSM1_LODEL  (A5DU46), 
GSM1_PICST  (A3LWY2), GSM1_YEAS1  (B3LQ10), GSM1_YEAS2  (C7GR11), 
GSM1_YEAS7  (A6ZQM3), GSM1_YEAS8  (C8ZBB1), GSM1_YEAST  (P42950), 
GSM1_ZYGRC  (C5DX31), KCNH5_HUMAN (Q8NCM2), KCNH5_MOUSE (Q920E3), 
KCNH5_RAT   (Q9EPI9), KCNH6_HUMAN (Q9H252), KCNH6_RAT   (O54853), 
KCNH7_HUMAN (Q9NS40), KCNH7_MOUSE (Q9ER47), KCNH7_RAT   (O54852), 
KCNH8_HUMAN (Q96L42), KCNH8_MOUSE (P59111), KCNH8_RAT   (Q9QWS8), 
KINB_PSEAI  (O34206), MALK_BACSU  (O05250), NTRB_BRASR  (P10578), 
NTRB_KLEOX  (P06218), NTRB_PROHU  (P28788), NTRB_RHIME  (Q52977), 
NTRB_RHOCB  (P09431), NTRB_SALTI  (P0A2E0), NTRB_SALTY  (P0A2D9), 
NTRB_VIBAL  (P19906), NTRY_AZOBR  (P45675), PHOR_BACSU  (P23545), 
PHOR_HAEIN  (P71380), PHOR_KLEPN  (P45608), PHY1_SYNY3  (Q55168), 
PILS_PSEAE  (P33639), PPK31_SCHPO (O94324), PSK1_YEAST  (P31374), 
PYP_RHOCB   (O69138), PYP_RHOS4   (Q53226), RCOM2_BURXL (Q13IY4), 
RCOM_RHORT  (Q2RNI6), RCSC_ECOLI  (P14376), RCSC_SALTI  (Q56128), 
RCSC_SALTY  (P58662), RESE_BACSU  (P35164), ROCR_BACSU  (P38022), 
SPHS_SYNE7  (P39664), TYRR_CITBR  (O54426), TYRR_ENTAG  (Q9ZIB7), 
TYRR_SALTI  (P0A2D8), TYRR_SALTY  (P0A2D7), Y091_CAUCR  (Q9ABX9), 
YDAM_ECO57  (Q8X8Q3), YDAM_ECOLI  (P77302), YKOW_BACSU  (O34311), 
YYCG_BACSU  (Q45614)

[Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color] [Clustal format, plain text] [Fasta format]

Retrieve the sequence logo from the alignment