Entry: PS50118

Forthcoming changes to the profile format
General information about the entry

Entry name [info] HMG_BOX_2
Accession [info] PS50118
Entry type [info] MATRIX
Date [info] JAN-2003 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); JUN-2014 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC00305
Associated ProRule [info] PRU00267

Name and characterization of the entry

Description [info] HMG boxes A and B DNA-binding domains profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=69;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=64;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.4607; R2=.01538846; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=-777.835748792271; R2=26.5338164251208; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=457; N_SCORE=8.5; H_SCORE=11348; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=327; N_SCORE=6.5; H_SCORE=7899; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=-70; E1=-70; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='P'; M= -5,-17,-29,-14, -6,-22,-20,-20, -8, -9,-18,-11,-14, 39,-11,-15, -6, -4,-12,-28,-21,-12;
/M: SY='K'; M=-10, -2,-31,  0, 12,-29,-20,-10,-29, 39,-29,-12, -2,  0,  9, 24, -8, -9,-22,-22,-13,  9;
/M: SY='R'; M=-14,-10,-28,-11, -1,-20,-20, -5,-22, 24,-18, -5, -3,-12,  6, 44, -9, -7,-15,-21,-11, -1;
/M: SY='P'; M= -2,-14,-33, -9, -1,-27,-15,-18,-19, -9,-27,-19,-13, 62, -8,-17, -2, -5,-24,-30,-27, -8;
/M: SY='M'; M= -5,-17,-24,-19,-10,-11,-21,-13,  0, -5,  1, 11,-15,  0, -6, -5,-10, -5, -2,-24,-10, -9;
/M: SY='N'; M= -1, 10,-16,  3, -4,-15, -2, -3,-18, -7,-25,-17, 21,-15, -3, -6, 20, 13,-16,-31,-10, -4;
/M: SY='A'; M= 30,-10,-14,-15, -9,-23,  5,-18,-16,-11,-17,-13, -8, -2, -8,-18,  9, -2, -8,-24,-22, -9;
/M: SY='F'; M=-19,-23,-25,-28,-21, 49,-29, -3, -2,-19,  3,  0,-19,-28,-22,-14,-18,-10, -6, 16, 45,-21;
/M: SY='F'; M=-12,-21,-22,-28,-18, 20,-26,-12, 12,-19, 12, 20,-16,-22,-13,-15,-16, -9,  5,-13,  6,-15;
/M: SY='I'; M= -8,-26,-20,-28,-21,  5,-29,-21, 18,-17, 18, 11,-23,-26,-18,-12,-18, -7, 18,-19, -2,-20;
/M: SY='W'; M=-19,-28,-31,-32,-24, 39,-26,-12, -7,-19, -3, -6,-24,-28,-21,-15,-24,-16,-13, 52, 37,-20;
/M: SY='S'; M=  2,-10,  0,-14,-10,-11,-15,-12,-12, -9,-11, -6, -6,-19, -7, -7,  7,  4, -5,-28,-10, -9;
/M: SY='Q'; M= -3,  0,-15, -3,  6,-26,-14, -4,-21,  8,-20, -9,  3,-14, 14,  8,  3, -3,-18,-27,-15,  9;
/M: SY='E'; M= -9, 10,-28, 16, 22,-25,-13,  2,-26,  2,-20,-15,  3, -9,  6, -1, -1, -8,-23,-24,-12, 13;
/M: SY='E'; M= -8, -4,-25, -4, 10,-14,-20,  3,-12,  0, -9, -3, -2,-15,  7, -1, -5, -7,-13,-23, -6,  8;
/M: SY='R'; M=-17,-10,-28,-11,  1,-14,-22,  2,-21, 16,-12, -5, -4,-19,  6, 41,-11,-10,-16,-20, -6,  0;
/M: SY='R'; M= -4, -3,-27, -2,  6,-25,-12,  2,-24,  8,-22,-12, -1, -1,  6, 11, -1, -7,-20,-26,-14,  4;
/M: SY='K'; M= -8,  3,-26,  2, 11,-26,-17, -5,-21, 19,-22,-10,  4,-12, 10, 12, -3, -5,-17,-25,-12, 10;
/I:         I=-5; MI=0; MD=-15; IM=0;
/M: SY='I'; M= -8,-21,-22,-25,-17,  5,-27,-14, 16,-13, 12, 11,-18,-21,-14,-12,-17, -8, 11,-13,  8,-17; D=-3;
/I:         DM=-15;
/M: SY='K'; M=  1, -9,-21,-12, -4,-14,-18,-10,-10,  9, -6,  0, -8,-15, -2,  4, -9, -7, -6,-20, -8, -3; D=-3;
/I:         DM=-15;
/M: SY='E'; M=  1,  0,-23, -1,  6,-22,-11, -1,-18,  5,-15, -8,  0,-12,  6,  1, -1, -6,-15,-24,-11,  5; D=-3;
/I:         MD=-15;
/M: SY='E'; M= -9,  3,-28,  8, 22,-27,-17, -1,-22,  5,-18,-12, -2,  0, 14,  1, -3, -8,-22,-25,-14, 17; D=-3;
/I:         MD=-15;
/M: SY='N'; M=-12, 10,-18,  2, -5, -8,-13, 14,-16, -8,-16,-10, 19,-20, -4, -5, -1, -4,-18,-24, -2, -5; D=-3;
/I:         MD=-15;
/M: SY='P'; M= -6,-16,-34, -9,  1,-28,-18,-18,-19, -6,-27,-18,-15, 66, -8,-15, -5, -6,-25,-29,-26, -7; D=-3;
/I:         I=-5; MI=0; MD=-15; IM=0; DM=-15;
/M: SY='D'; M= -8, 13,-25, 16,  6,-27,  1, -4,-27, -1,-23,-17,  9,-10,  1, -6,  3, -5,-23,-30,-18,  3; D=-3;
/I:         DM=-15;
/M: SY='M'; M= -4,-16,-21,-20,-14, -5,-21,-14,  8, -9, 10, 15,-16,-19,-10,-11,-13, -5,  6,-19, -4,-12; D=-3;
/I:         DM=-15;
/M: SY='H'; M= -5,  3,-23,  1,  5,-23, -9, 13,-24,  4,-24,-12,  8,-12,  6,  4,  7,  0,-20,-30,-10,  4;
/M: SY='N'; M= -7, -1,-19,-11,-12,  0,-17, -9, -1,-11, -7, -4,  8,-20,-12, -8, -2, -1, -2,-25, -7,-12;
/M: SY='A'; M=  9, -6,-18,-10, -6,-19, -1,-13,-14, -4,-15, -7, -1,-12, -5, -7,  9,  5, -9,-26,-16, -6;
/I:         I=-6; MI=-32; MD=-32; IM=-32;
/M: SY='E'; M= -4, 14,-25, 21, 28,-28,-14, -4,-24,  2,-19,-18,  4, -7,  8, -6,  2, -6,-20,-31,-18, 18; D=-6;
/I:         I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='I'; M= -8,-27,-22,-32,-22,  6,-33,-25, 29,-25, 20, 14,-22,-23,-21,-23,-17, -6, 23,-21, -1,-23;
/M: SY='S'; M=  8, -5,-12, -8, -7,-18, -3,-14,-14, -8,-19,-11,  2,-13, -5,-10, 19, 11, -6,-32,-17, -6;
/I:         MD=-25;
/M: SY='K'; M= -8, -2,-26, -1,  5,-25,-15, -9,-24, 30,-24, -9, -1,-12,  8, 21, -5, -7,-16,-21,-11,  6; D=-5;
/I:         I=-5; MI=-25; MD=-25; IM=-25; DM=-25;
/M: SY='R'; M= -5, -9,-23,-12, -4,-15,-20,-10, -3,  4, -6,  2, -6,-14,  1,  5, -7, -6, -3,-20, -8, -3; D=-5;
/I:         I=-5; MI=-25; MD=-25; IM=-25; DM=-25;
/M: SY='L'; M= -4,-24, -4,-27,-21,  0,-22,-21, 12,-24, 22, 10,-22,-25,-18,-20,-18, -8,  9,-20, -6,-20; D=-5;
/I:         I=-5; MI=-25; MD=-25; IM=-25; DM=-25;
/M: SY='G'; M=  7, -7,-22, -8,-11,-25, 42,-16,-30,-14,-25,-17,  0,-15,-13,-16,  7, -9,-21,-22,-24,-12; D=-5;
/I:         DM=-25;
/M: SY='E'; M= -2,  2,-23,  4, 15,-23,-12, -5,-23,  8,-19,-13, -1,-11,  6,  3,  0, -6,-17,-25,-12, 10;
/M: SY='R'; M= -9, -7,-26, -8,  4,-19,-19, -6,-15, 12,-10,  0, -5,-15,  7, 20, -8, -7,-12,-22,-10,  4;
/M: SY='W'; M=-19,-38,-45,-39,-29, 10,-19,-28,-20,-20,-19,-19,-38,-30,-20,-20,-38,-28,-28,137, 29,-20;
/M: SY='K'; M=-10,  2,-27,  0,  6,-26,-15, -1,-26, 29,-26,-10,  7,-14, 10, 25, -4, -7,-20,-24,-11,  7;
/M: SY='N'; M= -2,  3,-21,  1,  4,-19, -9, -7,-16, -2,-12, -9,  5,-14,  0, -2,  2,  0,-15,-28,-14,  2;
/M: SY='L'; M= -9,-24,-18,-26,-14,  3,-27,-14, 15,-21, 32, 22,-24,-25,-12,-16,-23, -9,  7,-21, -2,-13;
/M: SY='S'; M=  0,  1,-19,  0,  3,-22, -9, -8,-20, -3,-23,-15,  4, -2,  1, -6, 16, 11,-14,-32,-17,  1;
/I:         MD=-22;
/M: SY='E'; M= -4,  8,-27, 13, 17,-28,-14, -6,-23,  3,-20,-16,  1,  6,  6, -4, -1, -7,-22,-28,-18, 11; D=-4;
/I:         MD=-22;
/M: SY='E'; M=  2,  4,-22,  4, 12,-25,-11, -6,-23, 11,-21,-13,  3, -9,  7,  3,  5, -1,-17,-26,-15,  9; D=-4;
/I:         I=-6; MI=0; IM=0; DM=-22;
/M: SY='E'; M= -9,  8,-28, 15, 31,-28,-19, -5,-22,  8,-18,-14, -1, -7, 11, -1, -3, -9,-19,-29,-16, 21;
/M: SY='K'; M=-11, -1,-30, -2,  8,-28,-20, -9,-29, 45,-28,-10,  0,-11, 10, 33,-10, -9,-19,-20,-10,  9;
/M: SY='R'; M= -2, -5,-25, -5,  3,-21,-13, -7,-16,  6,-14, -6, -4,-14,  6,  7, -3, -7,-13,-21,-11,  3;
/M: SY='P'; M= -9,-11,-31, -8,  3,-23,-21, -7,-18,  9,-20, -8,-11, 24, -1,  1,-10, -9,-18,-24,-13, -2;
/M: SY='Y'; M=-20,-26,-29,-29,-24, 42,-28,  0, -2,-18,  1, -2,-23,-30,-21,-15,-23,-13, -9, 38, 54,-23;
/M: SY='E'; M=-11, -7,-27, -7,  5, -8,-24, -6, -4, -3, -7, -4, -7,-15, -2, -6, -8, -8, -6,-20, -1,  0;
/M: SY='E'; M= -7,  9,-27, 13, 19,-28,-16,  1,-25, 11,-21,-14,  3, -9, 13,  5, -1, -8,-22,-27,-13, 15;
/M: SY='E'; M= -6, -5,-25, -4, 12,-18,-19, -7,-14,  9, -5,  1, -8,-13,  4,  4,-10, -9,-12,-24,-11,  8;
/M: SY='A'; M= 31,-11,-11,-19,-10,-12, -7,-15, -9,-10, -9, -8,-10,-14, -8,-16,  5, -1, -3,-17, -8, -9;
/M: SY='E'; M= -1,  0,-24,  0, 15,-25,-16, -6,-19, 11,-17, -9, -1,-11, 13,  5,  0, -6,-16,-25,-14, 14;
/I:         I=-6; MI=-32; MD=-32; IM=-32;
/M: SY='R'; M= -5, -1,-26,  1, 13,-24,-15, -7,-24, 18,-19,-11, -1,-12,  7, 19, -3, -7,-17,-24,-14,  9; D=-6;
/I:         I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='D'; M=-10,  6,-25, 12,  8,-19,-19, -7,-13, -7,  0, -6, -4,-16,  1, -7,-10, -9,-13,-27,-11,  4;
/M: SY='R'; M=-11, -6,-29, -6,  3,-22,-20, -5,-23, 27,-19, -7, -4,-15,  9, 28,-10,-10,-17,-15, -6,  5;
/M: SY='E'; M=  4, -6,-22, -7,  5,-20,-17, -9,-13,  5,-11, -6, -7,-13,  5,  1, -3, -4, -8,-23,-11,  5;
/M: SY='R'; M=-13, -3,-27, -2,  9,-23,-20, -4,-20, 16,-14, -6, -2,-15, 12, 25, -8, -9,-16,-23,-11,  9;
/M: SY='Y'; M=-19,-14,-29,-15,-14, 14,-26, 40, -9,-11, -5,  0,-11,-27, -4, -7,-16,-13,-16, 10, 55,-13;
/M: SY='E'; M=-11,  1,-27,  3, 18,-20,-20, -1,-16,  6, -9, -1, -2,-12, 10,  6, -8, -9,-17,-26,-11, 13;
/M: SY='R'; M= -5, -2,-24, -2,  5,-22,-16, -8,-20, 15,-17, -9, -1,-14,  4, 18, -3, -5,-13,-25,-13,  3;
/M: SY='E'; M= -5,  9,-25, 14, 27,-27,-16, -2,-23,  5,-18,-14,  3, -8, 10, -2, -1, -8,-21,-29,-16, 18;
/M: SY='M'; M=-12,-16,-24,-21,-15,  5,-24,  3,  7,-10,  7, 18,-13,-21, -8, -9,-16, -9,  1,-11, 15,-13;
/I:         I=-6; MI=-32; MD=-32; IM=-32;
/M: SY='P'; M= -2, -5,-28, -2,  4,-27,-14,-12,-21,  7,-23,-13, -5, 17,  2,  0, -1, -5,-20,-27,-19,  1; D=-6;
/I:         I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='D'; M= -3, 12,-24, 13,  9,-25, -6, -3,-24,  1,-20,-16,  9,-12,  2, -2,  3, -3,-20,-30,-17,  5;
/M: SY='Y'; M=-18,-20,-29,-22,-18, 24,-27,  6, -4,-11, -2, -2,-19,-28,-12,-11,-21,-12,-12, 33, 54,-17;
/M: SY='K'; M=-10, -3,-27, -5,  4,-19,-18, -8,-16, 16,-16, -6,  0,-14,  2, 16, -8, -8,-12,-22,-10,  2;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2014_07 which contains 546'000 sequence entries.


Total number of hits 505 in 429 different sequences
Number of true positive hits 504 in 428 different sequences
Number of 'unknown' hits 1
Number of false positive hits
Number of false negative sequences 27
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 94.92 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] K_Hofmann, N_Hulo
Taxonomic range [info] Eukaryotes, Eukaryotic viruses
Maximum number of repetitions [info] 6
Feature key [info] DNA_BIND
Feature description [info] HMG box
Version [info] 3

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
428 sequences

ABF2_YEAST  (Q02486), ADW2_ALLMI  (P40634), ADW4_ALLMI  (P40635), 
ADW5_ALLMI  (P40636), AES1_ALLMI  (P40637), AES2_ALLMI  (P40638), 
AES4_ALLMI  (P40639), AES6_ALLMI  (P40640), AMA1_ALLMI  (P40641), 
AMA2_ALLMI  (P40642), AMA3_ALLMI  (P40643), BBX_HUMAN   (Q8WY36), 
BBX_MOUSE   (Q8VBW5), CH01_CHICK  (P40665), CH02_CHICK  (P40666), 
CH03_CHICK  (P40667), CH04_CHICK  (P40668), CH07_CHICK  (P40669), 
CH31_CHICK  (P40670), CH32_CHICK  (P40671), CIC_DROME   (Q9U1H0), 
CIC_HUMAN   (Q96RK0), CIC_MOUSE   (Q924A2), CMB1_SCHPO  (Q10241), 
DICH_DROME  (Q24533), FPR1_PODAS  (P35693), HBP1_BOVIN  (Q2KJ34), 
HBP1_HUMAN  (O60381), HBP1_MOUSE  (Q8R316), HBP1_PONAB  (Q5R7I3), 
HBP1_RAT    (Q62661), HGB1A_HUMAN (B2RPK0), HM20A_CHICK (Q5ZKF4), 
HM20A_HUMAN (Q9NP66), HM20A_MOUSE (Q9DC33), HM20A_XENLA (Q6AZF8), 
HM20A_XENTR (Q6DIJ5), HM20B_BOVIN (Q32L68), HM20B_HUMAN (Q9P0W2), 
HM20B_MOUSE (Q9Z104), HMG10_ARATH (Q9LTT3), HMG11_ARATH (Q9LG02), 
HMG12_ARATH (Q941D1), HMG12_CAEEL (Q09390), HMG13_ARATH (Q9T012), 
HMG14_ARATH (O64702), HMG15_ARATH (Q9MAT6), HMG1A_CHITE (P40622), 
HMG1B_CHITE (P40623), HMG2_DROME  (Q24537), HMGB1_ARATH (O49595), 
HMGB1_BOVIN (P10103), HMGB1_CALJA (B0CM99), HMGB1_CALMO (B1MTB0), 
HMGB1_CANFA (Q6YKA4), HMGB1_CHICK (Q9YH06), HMGB1_CRIGR (P07156), 
HMGB1_HORSE (Q08IE6), HMGB1_HUMAN (P09429), HMGB1_MACFA (Q4R844), 
HMGB1_MOUSE (P63158), HMGB1_PAPAN (A9RA84), HMGB1_PIG   (P12682), 
HMGB1_RAT   (P63159), HMGB2_ARATH (O49596), HMGB2_BOVIN (P40673), 
HMGB2_CHICK (P26584), HMGB2_HUMAN (P26583), HMGB2_MOUSE (P30681), 
HMGB2_PIG   (P17741), HMGB2_RAT   (P52925), HMGB3_ARATH (P93047), 
HMGB3_BOVIN (Q32L31), HMGB3_CHICK (P40618), HMGB3_HUMAN (O15347), 
HMGB3_MOUSE (O54879), HMGB4_ARATH (Q42344), HMGB4_BOVIN (Q32L34), 
HMGB4_HUMAN (Q8WW32), HMGB4_MOUSE (Q6P8W9), HMGB5_ARATH (O49597), 
HMGB6_ARATH (Q9SUP7), HMGB7_ARATH (Q8LDF9), HMGB9_ARATH (Q9SGS2), 
HMGB_TETTH  (P40626), HMGC_TETTH  (P11873), HMGD_DROME  (Q05783), 
HMGH_IIV6   (P40628), HMGH_STRPU  (P40644), HMGL_IPONI  (P40619), 
HMGL_SOYBN  (P26585), HMGL_TRYBR  (P26586), HMGL_VICFA  (P40620), 
HMGL_WHEAT  (P40621), HMGT_ONCMY  (P07746), HMGX3_HUMAN (Q12766), 
HMGX4_HUMAN (Q9UGU5), HMGX4_XENLA (Q6WKW9), HMGX4_XENTR (Q5BL56), 
HMGZ_DROME  (Q06943), HMG_TETPY   (P40625), HMO1_CANAL  (Q59PR9), 
HMO1_YEAST  (Q03973), IXR1_YEAST  (P33417), LEF1_HUMAN  (Q9UJU2), 
LEF1_MOUSE  (P27782), LEF1_RAT    (Q9QXN1), LG27_EUBMA  (P40654), 
LG28_EUBMA  (P40655), LSD1_SCHPO  (Q9Y802), LSD2_SCHPO  (Q10135), 
MAEL_AEDAE  (Q16YA8), MAEL_CULQU  (B0W2W6), MAEL_DROMO  (B4KVI7), 
MAEL_DROVI  (B4LF72), MAEL_PIG    (A4UTQ0), MAT2_COCHE  (Q02991), 
MAT2_COCSA  (Q9P445), MATB_NEUCS  (P36981), MATD_NEUCR  (Q10116), 
MATMC_SCHKA (Q6WRX6), MATMC_SCHPM (C7U331), MATMC_SCHPO (P0CY16), 
MG42_TARMA  (P40651), MG43_TARMA  (P40652), MG44_TARMA  (P40653), 
MLH_TETTS   (P40631), MNB1B_MAIZE (P27347), MTMC3_SCHPO (P0CY17), 
NHP10_YEAST (Q03435), NHP1_BABBO  (P40632), NHP6A_YEAST (P11632), 
NHP6B_YEAST (P11633), NHP6_ASHGO  (Q75B82), NHP6_ASPFU  (Q4WY33), 
NHP6_CANAL  (Q9UVL1), NHP6_CRYNB  (P0CO25), NHP6_CRYNJ  (P0CO24), 
NHP6_DEBHA  (Q6BRB4), NHP6_DICDI  (Q55C24), NHP6_EMENI  (Q5B995), 
NHP6_GIBZE  (Q4IQX3), NHP6_KLULA  (Q6CVH3), NHP6_NEUCR  (Q7S045), 
NHP6_SCHPO  (P87057), NHP6_USTMA  (Q4PBZ9), NHP6_YARLI  (Q6CC79), 
NSD2_HUMAN  (O96028), NSD2_MOUSE  (Q8BVE8), PANG1_DROME (P91943), 
PANG2_DROME (Q8IMA8), PB1_CHICK   (Q90941), PB1_HUMAN   (Q86U86), 
PB1_MOUSE   (Q8BSQ9), PMS1_HUMAN  (P54277), POP1_CAEBR  (A8WWH5), 
POP1_CAEEL  (Q10666), RFG1_CANAL  (Q5A220), ROX1_YEAST  (P25042), 
S17AA_XENLA (Q3KQ35), S17AB_XENLA (Q90ZH9), S17B1_XENLA (O42601), 
S17B1_XENTR (Q8AWH2), S17B2_XENTR (Q6GLH8), S17B3_XENLA (A5D8R3), 
S17B3_XENTR (Q6F2F0), SMCE1_HUMAN (Q969G3), SMCE1_MOUSE (O54941), 
SMCE1_RAT   (Q56A18), SMR2_PODAS  (Q08143), SOX10_CHICK (Q9W757), 
SOX10_HUMAN (P56693), SOX10_MOUSE (Q04888), SOX10_PIG   (A5A763), 
SOX10_RAT   (O55170), SOX10_XENLA (Q8AXX8), SOX10_XENTR (A4IIJ8), 
SOX11_CHICK (P48435), SOX11_HUMAN (P35716), SOX11_MOUSE (Q7M6Y2), 
SOX11_RAT   (P0C1G9), SOX11_XENTR (Q66JF1), SOX12_HUMAN (O15370), 
SOX12_MOUSE (Q04890), SOX12_XENLA (Q8AXQ4), SOX13_HUMAN (Q9UN79), 
SOX13_MOUSE (Q04891), SOX13_XENLA (P40649), SOX13_XENTR (Q28EW4), 
SOX14_CHICK (Q9W7R6), SOX14_DANRE (Q32PP9), SOX14_DROME (P40656), 
SOX14_HUMAN (O95416), SOX14_MACFA (P61259), SOX14_MOUSE (Q04892), 
SOX14_XENLA (B0ZTE2), SOX14_XENTR (A4QNG3), SOX15_DROME (P40657), 
SOX15_HUMAN (O60248), SOX15_MOUSE (P43267), SOX16_MOUSE (Q62247), 
SOX17_HUMAN (Q9H6I2), SOX17_MOUSE (Q61473), SOX18_HUMAN (P35713), 
SOX18_MOUSE (P43680), SOX18_XENTR (B3DLD3), SOX19_MOUSE (Q62249), 
SOX1A_DANRE (Q6DGL6), SOX1B_DANRE (Q2Z1R2), SOX1_CHICK  (O57401), 
SOX1_HUMAN  (O00570), SOX1_MOUSE  (P53783), SOX1_PLEWA  (P37839), 
SOX1_XENLA  (Q2PG84), SOX1_XENTR  (A2TED3), SOX21_CHICK (Q9W7R5), 
SOX21_HUMAN (Q9Y651), SOX21_MOUSE (Q811W0), SOX21_XENLA (B0ZTE1), 
SOX2_CHICK  (P48430), SOX2_DANRE  (Q6P0E1), SOX2_HUMAN  (P48431), 
SOX2_MOUSE  (P48432), SOX2_SHEEP  (P54231), SOX2_XENLA  (O42569), 
SOX2_XENTR  (Q6NVN0), SOX30_HUMAN (O94993), SOX30_MACFA (Q8WNV5), 
SOX30_MOUSE (Q8CGW4), SOX3A_XENLA (P55863), SOX3B_XENLA (Q5FWM3), 
SOX3_CHICK  (P48433), SOX3_DANRE  (Q6EJB7), SOX3_HUMAN  (P41225), 
SOX3_MOUSE  (P53784), SOX3_XENTR  (Q68FA4), SOX4_HUMAN  (Q06945), 
SOX4_MOUSE  (Q06831), SOX5_HUMAN  (P35711), SOX5_MOUSE  (P35710), 
SOX5_XENLA  (P40647), SOX5_XENTR  (B3DM43), SOX6_HUMAN  (P35712), 
SOX6_MOUSE  (P40645), SOX6_PONAB  (Q5RCU4), SOX6_XENTR  (B1H349), 
SOX7_HUMAN  (Q9BT81), SOX7_MOUSE  (P40646), SOX7_XENLA  (O42342), 
SOX7_XENTR  (Q28GD5), SOX8_CHICK  (P57074), SOX8_HUMAN  (P57073), 
SOX8_MOUSE  (Q04886), SOX8_TETNG  (Q6IZ48), SOX8_XENLA  (Q6VVD7), 
SOX9A_XENLA (B7ZR65), SOX9B_XENLA (Q6DFF5), SOX9_CALJA  (Q9BG91), 
SOX9_CANFA  (Q7YRJ7), SOX9_CHICK  (P48434), SOX9_HUMAN  (P48436), 
SOX9_MACMU  (P61753), SOX9_MOUSE  (Q04887), SOX9_PANTR  (Q9BG89), 
SOX9_PIG    (O18896), SOX9_PONPY  (P61754), SOX9_XENTR  (Q6F2E7), 
SP100_GORGO (Q9N1Q6), SP100_HUMAN (P23497), SP100_HYLLA (Q9N1Q5), 
SP100_PANTR (Q9N1Q7), SRY_AKOAZ   (P36388), SRY_ALCAC   (Q863D9), 
SRY_APOAG   (O55063), SRY_APOFL   (O55062), SRY_ARCAU   (Q6T723), 
SRY_ARCFO   (Q6T724), SRY_ARCGZ   (Q6TC44), SRY_AXIPR   (Q863C2), 
SRY_BALAC   (Q864R2), SRY_BALBN   (Q864R1), SRY_BALMU   (Q864R0), 
SRY_BALPH   (Q864Q9), SRY_BISBI   (Q8SPQ2), SRY_BISBO   (Q27949), 
SRY_BOSGF   (Q7JGF9), SRY_BOSIN   (Q7JGF7), SRY_BOSJA   (Q8SPQ1), 
SRY_BOSMU   (Q9XS37), SRY_BOVIN   (Q03255), SRY_BUBBU   (Q69FB1), 
SRY_CALJA   (P51501), SRY_CALUR   (Q6TC43), SRY_CANFA   (Q9XT60), 
SRY_CAPHI   (Q03256), SRY_CERNI   (Q9BH08), SRY_CROSU   (Q95175), 
SRY_CYSCR   (Q6TC37), SRY_DELDE   (Q864P9), SRY_DELLE   (Q864Q3), 
SRY_ELADA   (Q863B7), SRY_ENHLU   (Q6TC27), SRY_ERIBA   (Q6TC30), 
SRY_EUBAS   (Q864Q7), SRY_EUMJU   (Q6TC46), SRY_FELCA   (Q6TC50), 
SRY_GLOMA   (Q864P4), SRY_GORGO   (P48046), SRY_GRAGR   (Q864P7), 
SRY_HALGR   (P36390), SRY_HORSE   (P36389), SRY_HUMAN   (Q05066), 
SRY_HYDLE   (Q6TC40), SRY_HYLLA   (Q28447), SRY_KOGSI   (Q864Q5), 
SRY_LAGOL   (Q864P8), SRY_LUTLU   (Q6TC28), SRY_MACFA   (P36391), 
SRY_MACMU   (Q9BG90), SRY_MEGNO   (Q864Q8), SRY_MELME   (P36392), 
SRY_MESST   (Q864Q4), SRY_MIRAN   (Q6TC39), SRY_MIRLE   (Q6TC38), 
SRY_MONSC   (Q6TC41), SRY_MOSBE   (Q67EX7), SRY_MOSCH   (Q67EX6), 
SRY_MOUSE   (Q05738), SRY_MUSSI   (Q62565), SRY_MUSSP   (Q62563), 
SRY_NEOAN   (Q95202), SRY_NEOPH   (Q864Q1), SRY_ORCBR   (Q864P3), 
SRY_ORCOR   (Q864P5), SRY_PAGGO   (Q6TC36), SRY_PANPA   (Q28778), 
SRY_PANTR   (Q28798), SRY_PENEL   (Q864P6), SRY_PHOHI   (Q6TC32), 
SRY_PHOLR   (Q6TC31), SRY_PHOPH   (Q864Q2), SRY_PHOVI   (Q6TC33), 
SRY_PHYCD   (Q864Q6), SRY_PIG     (P36393), SRY_PONPY   (Q28783), 
SRY_PRZAL   (Q863C0), SRY_PUSCA   (Q6TC34), SRY_RAT     (P36394), 
SRY_SHEEP   (Q03257), SRY_SMIMA   (P36395), SRY_TURTR   (Q864Q0), 
SRY_URSAR   (P36396), SRY_ZALCA   (Q6TC45), SSP1A_CAEEL (P41848), 
SSP1A_ORYSJ (Q9LGR0), SSP1B_CAEEL (O01683), SSP1B_ORYSJ (Q65WY8), 
SSRP1_ARATH (Q05153), SSRP1_CATRO (Q39601), SSRP1_CHICK (Q04678), 
SSRP1_CIOIN (Q4H2R2), SSRP1_DROME (Q05344), SSRP1_DROPS (Q293F6), 
SSRP1_HUMAN (Q08945), SSRP1_MAIZE (Q9LEF5), SSRP1_MOUSE (Q08943), 
SSRP1_RAT   (Q04931), SSRP1_VICFA (O04235), SSRP1_XENLA (Q9W602), 
STE11_PNECA (Q870J1), STE11_SCHPO (P36631), SX11A_XENLA (Q91731), 
SX11B_XENLA (P40650), SX17A_XENTR (Q8AWH3), SX18A_XENLA (Q90ZH8), 
SX18B_XENLA (Q90ZH7), SX19A_DANRE (P47792), SX19B_DANRE (Q9DDD7), 
SX21A_DANRE (Q7SZS1), SX21B_DANRE (Q6RVD7), T7L1A_DANRE (Q9YHE8), 
T7L1A_XENLA (P70062), T7L1B_DANRE (Q800Q5), T7L1B_XENLA (Q90ZB6), 
T7L1C_XENLA (P70063), T7L1D_XENLA (P70064), TCF7_HUMAN  (P36402), 
TCF7_MOUSE  (Q00417), TF7L1_HUMAN (Q9HCS4), TF7L1_MOUSE (Q9Z1J1), 
TF7L1_XENTR (Q6GL68), TF7L2_HUMAN (Q9NQB0), TF7L2_MOUSE (Q924A0), 
TFAM_BOVIN  (Q0II87), TFAM_HUMAN  (Q00059), TFAM_MOUSE  (P40630), 
TFAM_PIG    (Q5D144), TFAM_RAT    (Q91ZW1), TFAM_TRACR  (Q4H0T5), 
TOX2_HUMAN  (Q96NM4), TOX2_RAT    (Q76IQ7), TOX3_HUMAN  (O15405), 
TOX3_MOUSE  (Q80W03), TOX3_RAT    (B7SBD2), TOX4A_XENLA (Q6DJL0), 
TOX4B_XENLA (Q6IRR0), TOX4_BOVIN  (Q0P5K4), TOX4_HUMAN  (O94842), 
TOX4_MOUSE  (Q8BU11), TOX4_PONAB  (Q5R6A9), TOX4_RAT    (Q99PM1), 
TOX4_XENTR  (A4QNP0), TOX_HUMAN   (O94900), TOX_MOUSE   (Q66JW3), 
UBF1A_XENLA (P25979), UBF1B_XENLA (P25980), UBF1_HUMAN  (P17480), 
UBF1_MOUSE  (P25976), UBF1_RAT    (P25977), UBFL1_HUMAN (P0CB47), 
UBFL1_MOUSE (Q3USZ2), UBFL6_HUMAN (P0CB48), VF401_IIV3  (Q196Z2), 
WDHD1_HUMAN (O75717), WDHD1_MOUSE (P59328), WDHD1_XENLA (O13046), 
YHHB_SCHPO  (Q9USU7), YR545_MIMIV (Q5UQA4)
» More

UniProtKB/Swiss-Prot
False negative sequences
27 sequences

MAEL1_DROAN (B3MB79), MAEL1_DROPE (B4GN46), MAEL1_DROPS (B5DR03), 
MAEL2_DROAN (B3MZY6), MAEL2_DROPE (B4GN43), MAEL2_DROPS (B5DRY3), 
MAEL_BOVIN  (Q32KV2), MAEL_DROER  (B3NEF0), MAEL_DROGR  (B4J3A3), 
MAEL_DROME  (Q9VNS0), MAEL_DROSE  (B4IB36), MAEL_DROSI  (B4QL99), 
MAEL_DROYA  (B4PIP5), MAEL_HUMAN  (Q96JY0), MAEL_MACFA  (Q4R786), 
MAEL_MOUSE  (Q8BVN9), MAEL_XENTR  (Q08D62), MATA2_CANAL (Q71U11), 
MATA2_KLULA (Q9HG13), MATA2_YARLL (O93958), MATPC_SCHKA (Q6WRX9), 
MATPC_SCHPM (P10841), TAF1_HUMAN  (P21675), TAF1_MESAU  (Q60544), 
TAF1_MOUSE  (Q80UV9), YF98_SCHPO  (O42648), YGM4_SCHPO  (O42953)
» More

UniProtKB/Swiss-Prot
'Unknown' sequences
1 sequence

SPP41_YEAST (P38904)

		
PDB
[Detailed view]
58 PDB

1AAB; 1CG7; 1CKT; 1E7J; 1GT0; 1HMA; 1HME; 1HMF; 1HRY; 1HRZ; 1HSM; 1HSN; 1I11; 1J3C; 1J3D; 1J3X; 1J46; 1J47; 1J5N; 1K99; 1L8Y; 1L8Z; 1LWM; 1NHM; 1NHN; 1O4X; 1QRV; 1V63; 1V64; 1WGF; 1WXL; 1WZ6; 2CO9; 2CRJ; 2CS1; 2D7L; 2E6O; 2EQZ; 2GZK; 2HDZ; 2LE4; 2LEF; 2LHJ; 2LY4; 2RTU; 2YQI; 2YRQ; 2YUL; 3F27; 3FGH; 3NM9; 3TMM; 3TQ6; 3U2B; 4A3N; 4EUW; 4NNU; 4NOD
» More

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission