Entry: PS50128

Forthcoming changes to the profile format
General information about the entry

Entry name [info] SURP
Accession [info] PS50128
Entry type [info] MATRIX
Date [info] JAN-2003 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); SEP-2014 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC50128
Associated ProRule [info] PRU00263

Name and characterization of the entry

Description [info] SURP motif repeat profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=43;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=5; N2=39;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.3965; R2=0.01767527; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=951.67347; R2=15.04082; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=401; N_SCORE=8.5; H_SCORE=6141; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=288; N_SCORE=6.5; H_SCORE=5298; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-50; I=-50; B1=-1000; E1=-1000; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='I'; M= -8,-24,-18,-29,-24, -3,-33,-25, 28,-22, 14, 11,-20,-23,-18,-20,-15, -4, 24,-25, -5,-23;
/M: SY='I'; M= -6,-29,-23,-36,-28,  3,-35,-28, 39,-27, 19, 16,-23,-24,-23,-26,-18, -7, 31,-21, -2,-28;
/M: SY='E'; M=-13, 14,-29, 19, 21,-30,-17,  0,-29, 19,-25,-16,  7,-10, 10, 12, -4, -9,-24,-28,-14, 15;
/M: SY='K'; M= -9, -9,-24,-11, -6,-11,-19,-11,-10,  8, -4, -2, -6,-18, -5,  7,-10, -3, -7,-21, -5, -6;
/M: SY='T'; M= -2,-10, -9,-18,-15, -2,-23,-19,  0,-15,  2, -1,-10,-17,-14,-14,  4, 26,  5,-25, -4,-15;
/M: SY='A'; M= 38,-13,-11,-21,-13,-16, -6,-21, -2,-12, -7, -6,-12,-14,-13,-20,  7,  1,  8,-23,-18,-13;
/M: SY='Q'; M= -9, -1,-21,  0, 11,-25,-15, -3,-22,  7,-17, -9,  1,-13, 17, 11,  1, -3,-20,-27,-14, 13;
/M: SY='F'; M=-18,-25,-20,-31,-25, 52,-29, -5,  0,-23,  6,  0,-18,-29,-27,-17,-17, -9, -3,  9, 38,-25;
/M: SY='V'; M=  0,-28,-14,-30,-28,  0,-29,-26, 28,-20,  9, 10,-26,-27,-25,-20,-10, -1, 39,-25, -5,-27;
/M: SY='A'; M= 28,-12,-10,-18,-11,-17, -8,-19, -5,-10,-10, -7, -9,-14, -9,-16, 10,  2,  4,-25,-17,-10;
/M: SY='R'; M= -7, -7,-27, -8,  4,-24,-19, -7,-22, 22,-20, -8, -4,-15, 12, 27, -7, -8,-15,-15,-10,  6;
/I:         I=-14; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29;
/M: SY='N'; M=-13, 15,-22,  9,  0,-15,-10, 12,-22,  2,-23,-14, 23,-19,  2,  3, -2, -7,-25,-24, -2,  0;
/M: SY='G'; M=  0,-10,-30,-10,-19,-30, 66,-20,-40,-17,-30,-20,  0,-20,-19,-18,  0,-20,-30,-20,-29,-19;
/M: SY='P'; M= -3,-10,-24, -9, -3,-18,-16,-14,-12, -1, -9, -6, -9,  1, -3, -2, -3, -1,-10,-26,-14, -4;
/M: SY='E'; M= -6,  0,-26,  2, 18,-22,-18, -3,-16,  2,-14, -8, -2, -7, 13,  0,  0, -5,-18,-25,-11, 15;
/M: SY='F'; M=-13,-25,-20,-32,-23, 49,-27,-16,  3,-22,  9,  4,-19,-26,-28,-17,-17, -8,  2,  0, 20,-23;
/M: SY='E'; M= -8,  1,-28,  7, 36,-24,-19, -4,-20,  4,-11,-12, -5, -7, 13,  2, -4,-10,-21,-27,-16, 24;
/M: SY='A'; M=  1, -2,-23, -5,  1,-20,-13, -8,-12, -1,-13, -6, -1,-10,  1, -3,  0, -1,-10,-25,-13,  0;
/M: SY='M'; M= -4,-10,-22,-14, -5,-14,-16,-10, -6,  4, -6,  6, -8,-16,  0,  3, -5, -4, -3,-23, -9, -3;
/M: SY='L'; M= -6,-25,-21,-29,-20,  1,-29,-21, 23,-24, 26, 17,-22,-24,-15,-20,-18, -4, 16,-22, -3,-19;
/M: SY='R'; M= -8,-14,-23,-18, -9,-11,-20, -8, -4,  5,  0, 13,-10,-19, -1, 14,-10, -6, -2,-22, -7, -6;
/I:         I=-15; MD=-32;
/M: SY='E'; M=  0,  6,-21,  6, 13,-24,-14, -6,-18,  3,-15,-11,  2,-10,  9, -2,  3,  1,-15,-26,-14, 11; D=-15;
/I:         I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='R'; M=-13,  2,-27,  2,  5,-24,-17, -1,-27, 25,-23,-11,  6,-15,  9, 33, -4, -7,-21,-25,-11,  5;
/I:         I=-10; MD=-21;
/M: SY='E'; M= -6,  3,-18,  3, 11,-16,-14, -1,-10,  1,-12, -7,  2,-10,  9, -2,  0, -3,-10,-19, -6, 10; D=-10;
/I:         I=-10; MI=0; MD=-21; IM=0; DM=-21;
/M:         M= -4,  0,-22, -2, -2,-16,-14, -9, -9, -3,-12, -4,  0, -8,  0, -7, -3, -4, -8,-21,-12, -1; D=-10;
/I:         I=-10; DM=-21;
/M: SY='N'; M= -9, 16,-24, 12,  1,-23, -1,  0,-23,  2,-24,-15, 21,-12, -2,  1,  3, -2,-22,-31,-17, -1; D=-10;
/I:         I=-10; DM=-21;
/M: SY='N'; M=-10, 26,-23, 23,  7,-22, -8,  2,-22, -2,-23,-18, 28,-12, -1, -4,  4, -3,-23,-34,-16,  2; D=-10;
/I:         I=-10; DM=-21;
/M: SY='P'; M=  2, -5,-26, -3,  2,-21,-13,-10,-18, -6,-19,-14, -7, 18, -1,-13,  0, -1,-18,-23,-13, -1;
/I:         I=-15; MD=-32;
/M: SY='Q'; M= -8, -6,-25, -8,  4,-21,-18, -2,-16, 13,-12,  1, -4,-11, 17, 17, -7, -7,-16,-19, -7,  9; D=-15;
/I:         I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='F'; M=-19,-29,-21,-38,-28, 68,-30,-16,  2,-29, 13,  2,-20,-29,-36,-20,-21,-10,  1,  5, 26,-28;
/M: SY='D'; M= -8, 15,-25, 16,  9,-26, -5,  1,-27,  2,-23,-17, 14,-10,  2,  0,  3, -4,-23,-32,-16,  4;
/M: SY='F'; M=-20,-30,-20,-40,-30, 80,-30,-20,  0,-30, 10,  0,-20,-30,-40,-20,-20,-10,  0, 10, 30,-30;
/M: SY='L'; M=-10,-28,-21,-30,-21,  8,-26,-18, 20,-26, 39, 24,-27,-28,-18,-19,-26,-10, 11,-20, -1,-20;
/M: SY='R'; M=-13,  1,-27, -2,  3,-14,-14,  0,-23, 14,-20,-10,  6,-16,  2, 15, -6, -8,-20,-17, -6,  2;
/I:         I=-15; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='P'; M= -3, -5,-27, -1,  7,-23,-11,-12,-21, -4,-25,-17, -5, 23, -1,-11,  5, -2,-21,-29,-20,  1;
/M: SY='S'; M= -3,  9,-22,  8,  4,-24,  0,-10,-25, -1,-24,-17,  8,-12, -1, -6, 10,  6,-19,-28,-17,  2;
/M: SY='H'; M=-13, 22,-26, 24,  9,-27, -9, 29,-29, -3,-25,-16, 21,-15,  5, -4,  2, -9,-28,-34, -7,  6;
/M: SY='P'; M= -6, -5,-21, -3,  1,-18,-11, -6,-21, -9,-21,-16, -4, 14, -5,-11,  1, -3,-20,-27,-14, -4;
/M: SY='Y'; M=-12,-19,-26,-20,-15, 10,-25,  0, -1,-11,  7,  4,-17,-15,-10, -6,-17, -9, -7, -4, 23,-15;
/M: SY='H'; M=-14, -2,-19, -5, -6,  0,-20, 34,-19,-10,-14, -6,  3,-22, -3, -6, -8,-12,-19,-17, 17, -6;
/M:         M= -1, -7,-25, -8, -2,-13, -8, -1,-18, -6,-18,-11, -4,  0, -3, -7,  0, -4,-17,-20, -5, -4;
/M: SY='Y'; M=-16,-21,-24,-24,-21, 32,-28,  1,  1,-14,  4,  0,-19,-27,-18,-12,-15, -4, -2, 11, 47,-21;
/M: SY='Y'; M=-17,-21,-26,-24,-20, 37,-28,  5, -2,-13,  2,  0,-19,-28,-16,-11,-19,-10, -7, 18, 55,-20;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2014_10 which contains 546'790 sequence entries.


Total number of hits 38 in 23 different sequences
Number of true positive hits 38 in 23 different sequences
Number of 'unknown' hits
Number of false positive hits
Number of false negative sequences 0
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] CJA_Sigrist
Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 2
Feature key [info] REPEAT
Feature description [info] SURP motif
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
23 sequences

CHERP_HUMAN (Q8IWX8), CHERP_MOUSE (Q8CGZ0), PRP21_YEAST (P32524), 
SA114_SCHPO (O13900), SF3A1_ARATH (Q8RXF1), SF3A1_BOVIN (A2VDN6), 
SF3A1_DICDI (Q86A14), SF3A1_HUMAN (Q15459), SF3A1_MOUSE (Q8K4Z5), 
SFSWA_HUMAN (Q12872), SFSWA_MOUSE (Q3USH5), SFSWA_RAT   (D3ZTQ1), 
SR140_HUMAN (O15042), SR140_MOUSE (Q6NV83), SR140_PONAB (Q5R7X2), 
SUGP1_ARATH (Q94C11), SUGP1_HUMAN (Q8IWZ8), SUGP1_MOUSE (Q8CH02), 
SUGP1_RAT   (Q68FU8), SUGP2_HUMAN (Q8IX01), SUGP2_MOUSE (Q8CH09), 
SUWA_DROME  (P12297), SWAP_CAEEL  (Q10580)
» More

PDB
[Detailed view]
7 PDB

1UG0; 1X4O; 2DT6; 2DT7; 2E5Z; 2E60; 4DGW

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission