Entry: PS50133

General information about the entry
Entry name FCH
Accession number PS50133
Entry type MATRIX
Date AUG-2002 (CREATED); AUG-2002 (DATA UPDATE); APR-2013 (INFO UPDATE).
PROSITE Documentation PDOC50133
Associated ProRule PRU00083
Name and characterization of the entry
DescriptionFCH domain profile.
Matrix / Profile 
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=63;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=58;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.7667; R2=0.01513211; TEXT='-LogE';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=444; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=312; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-7; D=-20; I=-20; B1=-60; E1=-60; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='M'; M= -5,-13,-16,-16, -8, -9,-20, -6,  2,-10,  5, 13,-13,-19, -3,-10, -8, -3,  1,-24, -5, -6;
/M: SY='E'; M= -5,  2,-25,  5, 11,-22, -2, -7,-23, -1,-17,-14,  1,-13,  3, -4,  3, -5,-20,-26,-14,  7;
/M: SY='F'; M=-15,-28,-23,-35,-27, 46,-29,-17,  8,-25, 10,  5,-22,-28,-29,-19,-20,-10,  5, 11, 26,-26;
/M: SY='S'; M=  3, -3,-15, -4, -5,-22,  7,-13,-22, -6,-21,-15,  2,-16, -7, -5,  9, -2,-13,-29,-20, -7;
/M: SY='D'; M= -4,  9,-22, 10,  3,-21, -9, -8,-21, -2,-20,-16,  7, -8, -3, -6,  7,  5,-16,-29,-13, -1;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29;
/M: SY='E'; M= -3,  1,-21,  0,  6,-20,-10,  1,-19, -1,-16,-11,  3,-15,  5, -2, -1, -7,-18,-23, -7,  4;
/M: SY='F'; M=-14,-30,-20,-36,-26, 43,-30,-21, 13,-29, 25, 10,-24,-29,-30,-20,-23, -9,  9, -6, 14,-26;
/M: SY='W'; M=-15,-27,-33,-28,-19,  0,-23,-14,-11,-12, -9, -8,-25,-25,-12,-12,-26,-19,-16, 59, 14,-14;
/M: SY='D'; M= -4, 14,-15, 17, 10,-27,  0, -7,-28, -5,-26,-21, 11,-12, -1,-10, 13,  1,-21,-35,-21,  5;
/M: SY='E'; M= -6,  2,-25,  5,  9,-26,-15, -6,-20,  3,-20,-12,  1, -2,  8,  4,  3, -3,-16,-29,-16,  7;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-23; IM=0; DM=-23;
/M: SY='Y'; M=-13,-21,-22,-24,-18, 17,-27,  2,  4,-17,  7,  7,-16,-25,-13,-11,-15, -8,  3, -9, 18,-17;
/M: SY='D'; M= -5, 13,-26, 16, 16,-29, -9, -2,-29, 11,-25,-17,  9,-10,  7,  5,  2, -7,-23,-29,-17, 11;
/M: SY='V'; M=  4,-14, -3,-18,-11,-13,-21,-17, -1, -9, -6, -3,-12,-20,-12,-10, -4, -2,  8,-28,-13,-13;
/M: SY='L'; M= -6,-25,-19,-27,-20,  7,-28,-20, 17,-26, 35, 14,-23,-26,-19,-19,-21, -3, 11,-21, -2,-20;
/M: SY='L'; M=-11,-11,-23,-14, -6,  1,-22, -7, -1,-12,  6,  3, -9,-21, -5, -7,-13, -8, -4,-19,  0, -6;
/M: SY='Q'; M= -9,  5,-26,  7, 11,-26,-14,  0,-23, 10,-20,-11,  3,-13, 13,  9,  1, -5,-19,-27,-13, 11;
/M: SY='R'; M=-17,-11,-21,-13, -6,-13,-21,  5,-21,  9,-13, -5, -5,-22,  4, 27,-13,-12,-18, -8,  1, -4;
/M: SY='L'; M= -8,-14,-21,-19,-13, -5,-23,-11,  6,-16,  8,  6,-11,-20, -5,-13, -8,  2,  3,-23, -4, -9;
/M: SY='D'; M=-11, 13,-28, 18, 18,-29,-15, -2,-27, 14,-23,-14,  6,-11, 13,  5, -2, -8,-24,-26,-12, 15;
/M: SY='B'; M= -5,  9,-26,  9,  4,-24,-13,  3,-22,  2,-20,-11,  6,-15,  7, -2, -2, -8,-20,-17,-10,  5;
/M: SY='G'; M= -4, -5,-27, -4,  2,-23, 21,-12,-28, -8,-24,-17, -1,-15, -5, -8,  2,-11,-22,-17,-18, -2;
/M: SY='L'; M= -7,-19,-14,-22,-14, -7,-23,-12,  4,-13,  8,  5,-16,-21,-11, -7,-14, -8,  3,-23, -5,-14;
/M: SY='R'; M=-12,  3,-26,  7, 11,-23,-18, -4,-22, 12,-16,-11,  0,-13,  7, 15, -4, -5,-17,-27,-12,  7;
/M: SY='L'; M= -5,-15,-21,-18,-11,  0,-22,-14,  2,-17, 11,  4,-14,-21, -9,-14,-10, -1, -1,-12,  0,-10;
/M: SY='C'; M= -6,-16, 15,-22,-18, -4,-23,-18, -1,-23, 12,  2,-14,-28,-17,-19,-12, -4,  0,-30,-11,-18;
/M: SY='E'; M= -9, 11,-28, 17, 31,-31,-15, -3,-30, 16,-24,-17,  4, -6, 14,  7,  0, -8,-26,-28,-17, 22;
/M: SY='D'; M=-10, 16,-26, 24, 21,-28,-13, -4,-26,  3,-19,-16,  5, -9,  6, -3,  2, -3,-22,-32,-17, 14;
/M: SY='L'; M=-11,-28,-21,-32,-24, 18,-30,-17, 21,-24, 25, 21,-25,-27,-20,-19,-22, -9, 16,-14,  8,-23;
/M: SY='K'; M=  0, -9,-20,-12, -2,-20,-17,-11, -8,  4,-11, -1, -7,-15,  3,  4, -4, -7, -6,-23,-12, -1;
/M: SY='Q'; M= -7,  5,-24,  6, 10,-24,-13, -5,-21,  7,-20,-11,  4,-12, 12,  4,  3, -3,-18,-27,-13, 11;
/M: SY='F'; M=-17,-27,-18,-33,-26, 44,-28,-13,  0,-24,  8,  1,-22,-30,-27,-18,-20,-10, -2, 16, 30,-25;
/M: SY='I'; M= -9,-24,-20,-29,-22, 15,-27,-15, 16,-21, 15, 16,-20,-24,-18,-18,-14, -4, 13,-14,  9,-21;
/M: SY='R'; M= -7, -5,-27, -7,  3,-24,-18,  2,-24, 23,-21, -8, -1,-14, 11, 29, -5, -7,-18,-22, -9,  5;
/M: SY='E'; M= -7,  1,-27,  4, 28,-26,-19, -4,-23, 15,-16, -9, -3, -8, 16,  9, -4, -9,-21,-25,-14, 22;
/M: SY='R'; M=-19, -9,-30, -9,  0,-19,-20,  0,-29, 31,-20,-10, -1,-19,  9, 62,-10,-10,-20,-18, -6,  0;
/M: SY='A'; M= 25,-12,-15,-20,-12,-14, -5,-17, -4,-11, -6, -2,-10,-14,-10,-17,  4, -1,  1,-21,-12,-12;
/M: SY='E'; M=  0,  5,-24,  6, 16,-27,-14, -6,-23, 12,-22,-13,  3, -9, 11,  5,  4, -3,-19,-27,-16, 13;
/M: SY='I'; M=  0,-24,-16,-30,-23,  2,-27,-24, 22,-24, 12,  8,-18,-22,-19,-23,-10, -5, 18,-22, -5,-23;
/M: SY='E'; M=-12, 18,-30, 29, 51,-31,-17,  0,-31,  8,-22,-22,  6, -3, 16, -2,  0,-10,-30,-32,-20, 33;
/M: SY='E'; M= -7, -1,-26,  1, 18,-24,-19, -6,-21, 14,-14, -9, -4,-11, 11, 12, -5, -7,-17,-25,-13, 14;
/M: SY='E'; M= -5, 10,-26, 17, 33,-29,-14, -4,-27,  6,-21,-18,  2, -5, 11, -2,  3, -6,-23,-30,-19, 22;
/M: SY='Y'; M=-19,-17,-29,-17,-17, 24,-28, 29, -5,-11, -3, -1,-15,-28, -8, -9,-17,-11,-12, 19, 67,-17;
/M: SY='A'; M= 27, -9,-14,-13,-10,-20, 10,-18,-15,-12,-18,-13, -4,-13,-10,-17, 15,  2, -5,-26,-21,-10;
/M: SY='K'; M= -9, -3,-24, -2,  7,-26,-12, -7,-24, 18,-22,-10, -1,-13, 10, 18, -3, -7,-18,-24,-14,  8;
/M: SY='Q'; M= -2,  2,-23, -1,  7,-24,-11, -5,-20,  9,-20, -8,  4,-12, 11,  7,  5,  0,-17,-27,-14,  8;
/M: SY='L'; M=-10,-29,-20,-30,-21,  9,-30,-20, 21,-28, 46, 22,-29,-29,-19,-20,-28,-10, 12,-20,  0,-20;
/M: SY='Q'; M= -2, -5,-22, -7,  2,-18,-11,  5,-18, -2,-14, -7,  0,-15,  6,  1,  1, -3,-15,-25, -9,  3;
/M: SY='K'; M= -4,  3,-25,  1,  8,-26,-12, -2,-26, 20,-24,-12,  5,-12,  8, 14,  0, -3,-20,-25,-12,  7;
/M: SY='L'; M=-10,-27,-24,-30,-20,  4,-29,-17, 19,-25, 30, 17,-25,-26,-15,-19,-24,-10,  9,-10,  1,-18;
/M: SY='A'; M= 18, -7, -9,-12, -7,-14, -8,-15,-11,-10,-15,-12, -3,-14, -8,-12, 15,  8, -2,-27,-14, -8;
/M: SY='K'; M= -4,  2,-24,  1,  6,-24,-10, -6,-22, 15,-21,-10,  5,-14,  6, 13,  0, -6,-17,-26,-14,  5;
/M: SY='K'; M= -8,  2,-26,  1,  9,-27,-11, -2,-25, 16,-24,-11,  4,-10, 14, 13,  0, -4,-22,-25,-13, 11;
/I:         I=-3; MD=-15;
/M: SY='Y'; M= -7,-16,-17,-20,-17,  8,-18,-11, -5,-13, -3, -2,-14,-22,-14,-12, -9, -2, -5,  3, 12,-15; D=-3;
/I:         I=-3; MI=0; MD=-15; IM=0; DM=-15;
/M: SY='L'; M= -6,-12,-16,-13, -8,  3,-16, -9,  0,-11,  7,  3,-12,-14, -9, -9,-11, -4, -2,  1,  2, -8; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-15;
/M: SY='R'; M=-14, -5,-26, -5,  3,-20,-17,  0,-26, 30,-20, -8,  0,-14,  9, 47, -9, -9,-18,-18, -8,  3; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-15;
/M: SY='S'; M=  4, -1,-19, -2,  7,-23, -1, -8,-20,  1,-20,-12,  1, -7,  6, -4,  8,  0,-15,-24,-16,  7; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-15;
/M: SY='T'; M= -5, -7,-18, -8, -4,-12,-14, -4, -7, -6, -8, -3, -5,-12, -2, -5,  2,  3, -4,-23, -5, -4; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-15;
/M: SY='V'; M= -1,-13,-18,-15,-10, -2,-19,-12, -1, -5, -4,  1,-11,-18, -9, -7, -4, -3,  5,-20, -5,-10; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-15;
/M: SY='E'; M=-12, 16,-24, 24, 27,-30,-13, -1,-31,  4,-24,-21,  6, -4,  7, -1,  2, -6,-26,-33,-19, 16;
/M: SY='E'; M= -8,  7,-24,  9, 14,-24,-13, -3,-23, 10,-21,-14,  7,-12,  5,  6,  2, -3,-19,-30,-14,  9;
/M:         M= -4, -3,-23, -7, -3,-14, -5, -7,-14, -7, -9, -5,  0,-15, -5, -9, -4, -5,-14,-18,-11, -4;
/M: SY='E'; M=  0,  4,-24,  5, 13,-21,-14, -8,-19, -2,-19,-15,  1,  2,  4, -8,  4, -2,-18,-28,-17,  8;
/M: SY='Q'; M= -5,  2,-22,  3, 10,-22,-14,  0,-17,  1,-19,-10,  4,-12, 11, -2,  9,  1,-15,-28,-10, 10;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
Numerical results
  • UniProtKB/Swiss-Prot release number: 2013_06, total number of sequence entries in that release: 540261.
  • Total number of hits in UniProtKB/Swiss-Prot: 90 hits in 90 different sequences
  • Number of hits on proteins that are known to belong to the set under consideration: 89 hits in 89 different sequences
  • Number of hits on proteins that could potentially belong to the set under consideration: 0 hits in 0 different sequences
  • Number of false hits (on unrelated proteins): 1 hits in 1 different sequences
  • Number of known missed hits: 1
  • Number of partial sequences which belong to the set under consideration, but which are not hit by the pattern or profile because they are partial (fragment) sequences: 0
  • Precision (true hits / (true hits + false positives)): 98.89 %
  • Recall (true hits / (true hits + false negatives)): 98.89 %
Comments
  • MATRIX_TYPE: protein_domain
  • Scaling database: UniProtKB/Swiss-Prot: reversed
  • Matrix author: N_Hulo
  • Taxonomic range: Eukaryotes, Eukaryotic viruses
  • Maximum known number of repetitions of the pattern in a single protein: 1
  • FT_KEY: DOMAIN
  • FT_DESC: FCH
  • VERSION: 1
Cross-references
UniProtKB/Swiss-Prot True positive hits:
BZZ1_SCHPO  (Q09746), BZZ1_YEAST  (P38822), CDC15_SCHPO (Q09822), 
CIP4_DANRE  (Q5U3Q6), CIP4_HUMAN  (Q15642), CIP4_MOUSE  (Q8CJ53), 
CIP4_PONAB  (Q5RCJ1), CIP4_RAT    (P97531), CYK2_YEAST  (Q05080), 
EG13_ECHGR  (Q07839), EM13_ECHMU  (Q07840), FBP1L_HUMAN (Q5T0N5), 
FBP1L_MOUSE (Q8K012), FBP1L_RAT   (Q2HWF0), FBP1L_XENLA (Q6DCZ7), 
FBP1L_XENTR (Q6GUF4), FCHO1_DANRE (E7FBF7), FCHO1_HUMAN (O14526), 
FCHO1_MOUSE (Q8K285), FCHO2_DANRE (Q502I9), FCHO2_HUMAN (Q0JRZ9), 
FCHO2_MOUSE (Q3UQN2), FCHO2_PONAB (Q5R807), FCHO2_RAT   (D3ZYR1), 
FCSD1_HUMAN (Q86WN1), FCSD1_MOUSE (Q6PFY1), FCSD2_HUMAN (O94868), 
FCSD2_MOUSE (Q3USJ8), FER_CANFA   (Q9TTY2), FER_HUMAN   (P16591), 
FER_MOUSE   (P70451), FER_RAT     (P09760), FES_FELCA   (P14238), 
FES_FSVGA   (P00542), FES_HUMAN   (P07332), FES_MOUSE   (P16879), 
FNBP1_HUMAN (Q96RU3), FNBP1_MOUSE (Q80TY0), FNBP1_RAT   (Q8R511), 
FNBP1_XENLA (Q6GNV5), FPS_AVISP   (P00541), FPS_DROME   (P18106), 
FPS_FUJSV   (P00530), GAS7_HUMAN  (O60861), GAS7_MOUSE  (Q60780), 
GAS7_RAT    (O55148), IMP2_SCHPO  (Q10199), MGP1_DICDI  (Q54GD0), 
MGP2_DICDI  (Q55CK2), MGP3_DICDI  (Q55DK5), MGP4_DICDI  (Q54QF4), 
NOSTN_BOVIN (Q2KJB5), NOSTN_HUMAN (Q8IVI9), NOSTN_MOUSE (Q6WKZ7), 
NOSTN_RAT   (Q5I0D6), PACN1_BOVIN (A7MBI0), PACN1_DANRE (Q4V920), 
PACN1_HUMAN (Q9BY11), PACN1_MOUSE (Q61644), PACN1_PONAB (Q5R411), 
PACN1_RAT   (Q9Z0W5), PACN2_CHICK (O13154), PACN2_HUMAN (Q9UNF0), 
PACN2_MOUSE (Q9WVE8), PACN2_RAT   (Q9QY17), PACN2_XENLA (Q9DDA9), 
PACN3_HUMAN (Q9UKS6), PACN3_MOUSE (Q99JB8), PPIP1_HUMAN (O43586), 
PPIP1_MOUSE (P97814), PPIP2_HUMAN (Q9H939), PPIP2_MOUSE (Q99M15), 
RGA7_SCHPO  (O94466), RGA8_SCHPO  (Q09697), RGD1_YEAST  (P38339), 
RGD2_YEAST  (P43556), RHG04_HUMAN (P98171), SRG2C_HUMAN (P0DJJ0), 
SRGP1_HUMAN (Q7Z6B7), SRGP1_MOUSE (Q91Z69), SRGP2_DANRE (B0S6J3), 
SRGP2_HUMAN (O75044), SRGP2_MOUSE (Q91Z67), SRGP2_RAT   (D4A208), 
SRGP3_HUMAN (O43295), SRGP3_MOUSE (Q812A2), SYP1_SCHPO  (O43059), 
Y1676_DICDI (Q75JD4), Y4695_DICDI (Q555L8)
False negative hits (sequences which belong to the set under consideration, but which have not been picked up by the pattern or profile):
RGA9_SCHPO  (Q9UUJ3)
False positive hits (sequences which do not belong to the set under consideration):
HMHA1_XENLA (Q6DE55)
Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits:

[Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color] [Clustal format, plain text] [Fasta format]

Retrieve the sequence logo from the alignment

PDB
[Detailed view]		 2EFK; 2EFL; 2V0O; 2X3V; 2X3W; 2X3X; 3ABH; 3ACO; 3HAH; 3HAI; 3HAJ; 3LLL; 3M3W; 3Q0K; 3Q84; 3QE6; 3QNI; 3SYV; 4DYL;

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)

If you would like to retrieve all the Swiss-Prot entries referenced in the DR lines of this entry (with the exception of false positive hits) , you can enter a file name. These entries will then be saved to a file under this name. (Please note that this temporary file will only be kept for 1 week.)

File name:

Format: Swiss-Prot Fasta

or