Entry: PS50135

Forthcoming changes to the profile format
General information about the entry

Entry name [info] ZF_ZZ_2
Accession [info] PS50135
Entry type [info] MATRIX
Date [info] DEC-2001 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); SEP-2014 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC50135
Associated ProRule [info] PRU00228

Name and characterization of the entry

Description [info] Zinc finger ZZ-type profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=48;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=5; N2=44;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.4853; R2=.01125105; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=1942.13750; R2=14.94375; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=623; N_SCORE=8.5; H_SCORE=9937; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=445; N_SCORE=6.5; H_SCORE=8607; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=-50; E1=-50; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='V'; M= -2,-14,-21,-16,-15, -1,-16,-19,  0,-11, -4,  1,-13,-12,-17,-14, -8, -4,  5,-21, -7,-16;
/M: SY='H'; M=-11, -7,-25, -8, -5,-11,-11, 25,-22,  0,-19, -7,  1,-18, -2,  4, -3, -9,-16,-24,  1, -5;
/M: SY='H'; M=-16, -1,-30, -2, -1,-12,-18, 29,-22, -2,-17, -4,  2,-12,  1,  1,-11,-14,-23,-13,  4, -2;
/M: SY='N'; M= -6,  4,-25,  4,  5,-26, -3,  0,-22, -1,-23,-13,  6, -4,  4, -5,  3, -6,-20,-29,-17,  4;
/M: SY='V'; M=  1,-20,-19,-26,-23,  6,-25,-16, 16,-18,  4,  4,-15,-24,-20,-19,-10, -5, 17,-14,  8,-23;
/M: SY='E'; M= -4, -5,-14, -6,  4,-21,-18, -4,-18,  2,-18,-11, -3, -5,  2,  0,  3,  3,-14,-29,-13,  2;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='B'; M= -3, 33,-21, 31,  6,-27, -4,  0,-26, -2,-27,-22, 30,-14, -1, -8,  9, -2,-24,-37,-20,  2;
/M: SY='G'; M= -4, -3,-26, -4, -7,-18,  8,-12,-16, -8,-17,-11,  0,-17,-10,-12, -2, -9,-12,-21,-10, -9;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/I:         I=-6; MI=-29; MD=-29; IM=-29; DM=-29;
/M: SY='G'; M=  0, -4,-15, -4, -2,-16, 10, -6,-18,  4,-15, -8,  0, -9,  1,  4,  1, -5,-13,-13,-11, -1; D=-5;
/I:         DM=-25;
/M:         M= -2, -8, -5,-11, -4, -9, -9,-11, -8,-11, -4, -2, -6,-17, -5,-11, -3, -5, -6,-22,-11, -4; D=-5;
/I:         DM=-25;
/M:         M= -5, -5, -5, -5, -2,-17,-10,-14,-18, -2, -9, -9, -6,-17, -7, -3, -5, -2,-12,-25,-14, -5; D=-5;
/I:         DM=-25;
/M: SY='P'; M= -5,-13,-14,-11, -8,-18,-19, -9, -9,-10,-16, -9,-11, 15,-10,-11, -4, -5, -7,-29,-16,-12; D=-5;
/I:         DM=-25;
/M: SY='I'; M=-10,-22,-22,-29,-22, 11,-29,-13, 19,-23, 11, 13,-15,-22,-18,-20,-12, -4, 13,-18,  4,-21;
/M: SY='I'; M= -2,-16,-20,-21,-16, -8,-23,-18, 14,-16,  3,  8,-12,-13,-11,-16, -5,  0, 13,-27,-10,-15;
/M: SY='G'; M= -3, -9,-31, -8,-11,-29, 50,-17,-37,-13,-29,-19, -2,-10,-14,-12, -2,-18,-29,-22,-28,-13;
/M: SY='F'; M= -3,-15,-17,-20,-16, 13,-19,-13, -3,-18, -3, -5, -9,-13,-19,-15,  0,  4,  1,-19, -1,-17;
/M: SY='R'; M=-18,-12,-28,-13, -4,-17,-21, -2,-21, 23,-14, -3, -4,-21,  6, 56,-11, -9,-12,-21, -9, -3;
/M: SY='Y'; M=-19,-26,-29,-29,-25, 38,-28, -2, -1,-17,  0, -2,-24,-30,-21,-15,-22,-12, -6, 39, 53,-23;
/M: SY='R'; M=-11, -5,-26, -5,  1,-22,-19,  9,-23, 19,-21, -7,  0,-16,  8, 25, -3, -4,-15,-24, -6,  3;
/M: SY='C'; M= -6,-16, 96,-24,-24,-20,-24,-26,-28,-26,-22,-20,-14,-34,-24,-26, -1, -4,-10,-48,-28,-24;
/I:         I=-6; MI=-10; IM=-10; DM=-15; MD=-15;
/M: SY='Q'; M= -2, -7,-20,-10, -1,-14,-18,-10, -5, -6,  0, -1, -5,-17,  3, -6, -2,  0, -6,-26,-11,  1;
/M: SY='V'; M= -7,-15,-23,-16, -6,-14,-25,-13,  3, -2,  0,  3,-12,-19,  1,  1, -8, -6,  4,-24, -8, -4;
/M: SY='C'; M=-11,-16, 92,-24,-24,-21,-28,-14,-30,-22,-21,-17,-15,-36,-23,-22,-10,-11,-13,-46,-23,-24;
/M: SY='P'; M= -7, -5,-27,  0, 10,-14,-18, -3,-19, -8,-19,-14, -6, 14, -4,-12, -1, -6,-18,-27,-13,  2;
/M: SY='D'; M=-13, 40,-24, 41, 13,-30, -6,  4,-30,  0,-29,-24, 35,-14,  1, -5,  7, -4,-29,-39,-20,  7;
/M: SY='Y'; M=-20,-19,-29,-21,-19, 32,-29, 22, -3,-12, -1,  0,-17,-29,-12,-10,-19,-11,-11, 23, 69,-19;
/M: SY='D'; M=-17, 36,-29, 46, 13,-35, -5,  9,-35, -1,-28,-23, 21,-13,  5, -7,  0,-10,-30,-36,-16,  9;
/M: SY='L'; M= -9,-30,-22,-33,-23,  7,-33,-23, 28,-29, 39, 19,-27,-27,-21,-23,-26, -9, 18,-21, -1,-23;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='E'; M=  1,  1,-22,  1,  6,-19,-17, -9,-11, -5,-12, -8, -3,-12,  6, -9,  2, -1, -9,-25,-12,  6;
/M: SY='S'; M= -3, -3,-21, -5, -6,-19, -9,-15,-10, -5,-18,-11,  0, -6, -7, -9,  8,  5, -6,-30,-16, -8;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='Y'; M=-16,-14,-27,-14,  1, 25,-26, -1,-11, -6, -5, -6,-13,-20,-10, -7,-14,-10,-13,  3, 29, -5;
/M: SY='N'; M= -3,  0,-21, -5, -8, -7, -8,-11,-13,-11,-16,-13,  7, -8,-10, -9,  6,  1,-12,-27,-12, -9;
/M: SY='T'; M=  2, -4,-19, -8, -4,-20, -9, -6,-17,  2,-18, -9, -1,-13,  0, -2,  8,  9, -8,-27,-12, -2;
/M: SY='G'; M= -6, -6,-27, -7, -5,-25,  8, -2,-25,  2,-22, -7, -2, -7,  0, -2, -2, -7,-20,-24,-14, -3;
/M: SY='R'; M= -9, -6,-25, -8, -4,-15,-11, -6,-13,  4,-12, -6,  1,-18,  2,  7, -3, -6,-13,-21, -5, -2;
/I:         I=-6; MI=-29; MD=-29; IM=-29;
/M: SY='Y'; M= -4, -3,-12, -5, -8, -3,  3, -3, -7, -7, -8, -5,  1,-12, -7, -7, -1,  0, -6, -6,  4, -8; D=-6;
/I:         DM=-29;
/M: SY='H'; M=  0,  0,-18, -2,  5,-17, -8, 22,-19, -6,-14, -7,  2,-10,  2, -6,  2,  0,-15,-22, -4,  2; D=-6;
/I:         DM=-29;
/M: SY='H'; M=-12,  2,-29,  6,  4,-24, -4, 12,-29,  2,-24,-14,  2, -5,  0,  1, -4, -9,-25,-24, -7,  0;
/M: SY='E'; M= -8,  6,-28, 12, 20,-29, -3, -8,-29,  3,-24,-18,  1,  1,  5, -5,  1, -4,-25,-28,-20, 12;
/M: SY='H'; M=-17,  0,-29, -2,  1,-16,-21, 63,-20, -8,-16, -1,  8,-19,  9, -3, -9,-15,-23,-24, 16,  1;
/M: SY='E'; M= -7, -2,-24, -3,  9,-20,-19,  6,-20,  9,-14, -8, -1,-12,  4,  8, -2,  1,-16,-26, -7,  5;
/M: SY='M'; M=-11,-20,-24,-24,-14, -7,-23, -9,  8, -4,  9, 26,-18,-12, -5,  1,-17, -9,  4,-22, -6,-11;
/M: SY='L'; M= -5,-16,-22,-18, -7,  2,-23,  4,  1,-15,  9,  7,-15,-20, -8,-13,-14,-10, -2,-17,  6, -9;
/M: SY='R'; M=-13,  3,-28,  5,  4,-16,-19,  7,-19,  9,-14, -9,  2,-17,  2, 10, -9,-10,-18,-19,  3,  1;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2014_10 which contains 546'790 sequence entries.


Total number of hits 96 in 87 different sequences
Number of true positive hits 96 in 87 different sequences
Number of 'unknown' hits
Number of false positive hits
Number of false negative sequences 3
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 96.97 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] K_Hofmann
Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 3
Feature key [info] ZN_FING
Feature description [info] ZZ-type
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
87 sequences

ADA2_CANAL  (Q59WH0), ADA2_SCHPO  (Q9P7J7), ADA2_YEAST  (Q02336), 
BIG_ARATH   (Q9SRU2), BIG_ORYSJ   (B9G2A8), CBP1_CAEEL  (P34545), 
CBP_HUMAN   (Q92793), CBP_MOUSE   (P45481), CBP_RAT     (Q6JHU9), 
DMDA_DROME  (Q9VDW6), DMDB_DROME  (Q9VDW3), DMDD_DROME  (Q0KI50), 
DMDE_DROME  (Q7YU29), DMD_CAEEL   (Q9TW65), DMD_CANFA   (O97592), 
DMD_CHICK   (P11533), DMD_HUMAN   (P11532), DMD_MOUSE   (P11531), 
DMD_PIG     (Q5GN48), DRP2_HUMAN  (Q13474), DRP2_MOUSE  (Q05AA6), 
DRP2_RAT    (Q9EPA0), DTN1_CAEEL  (Q9Y048), DTNA_HUMAN  (Q9Y4J8), 
DTNA_MOUSE  (Q9D2N4), DTNB_HUMAN  (O60941), DTNB_MOUSE  (O70585), 
DTNB_RAT    (P84060), DYTN_DANRE  (A2CI97), DYTN_HUMAN  (A2CJ06), 
DYTN_MOUSE  (A2CI98), EP300_HUMAN (Q09472), EP300_MOUSE (B2RWS6), 
HAC12_ARATH (Q9FWQ5), HAC1_ARATH  (Q9C5X9), HAC2_ARATH  (Q9FYH1), 
HAC4_ARATH  (Q9LG11), HAC5_ARATH  (Q9LE42), HACL1_ORYSJ (Q6YXY2), 
HACL2_ORYSJ (Q5Z8V7), HACL3_ORYSJ (Q9XHY7), HERC2_HUMAN (O95714), 
HERC2_MOUSE (Q4U2R1), KCMF1_BOVIN (Q1LZE1), KCMF1_DANRE (Q7T321), 
KCMF1_HUMAN (Q9P0J7), KCMF1_MOUSE (Q80UY2), KCMF1_XENLA (Q6GPB6), 
MIB1_DANRE  (Q804S5), MIB1_HUMAN  (Q86YT6), MIB1_MOUSE  (Q80SY4), 
MIB1_XENLA  (Q6GNY1), MIB2_CHICK  (Q5ZIJ9), MIB2_HUMAN  (Q96AX9), 
MIB2_MOUSE  (Q8R516), MIB2_RAT    (Q68LP1), MIB_DROME   (Q9VUX2), 
NBR1_HUMAN  (Q14596), NBR1_MOUSE  (P97432), NBR1_PONAB  (Q5RC94), 
NBR1_RAT    (Q501R9), PRT1_ARATH  (Q8LBL5), REF2P_DROME (P14199), 
REF2P_DROSI (Q24629), SQSTM_HUMAN (Q13501), SQSTM_MOUSE (Q64337), 
SQSTM_PONAB (Q5RBA5), SQSTM_RAT   (O08623), SWI3D_ARATH (Q8VY05), 
TAD2A_ARATH (Q9SFD5), TAD2B_ARATH (Q9ATB4), TAD2B_DANRE (Q503N9), 
TAD2B_DROME (Q8I8V0), TAD2B_HUMAN (Q86TJ2), TAD2B_PONAB (Q5RBN9), 
TAD2B_XENLA (Q6NRB5), TADA2_ORYSJ (Q75LL6), UTRO_HUMAN  (P46939), 
Y3893_DICDI (Q54QG5), YN8B_SCHPO  (Q9P792), YOY6_CAEEL  (P34664), 
ZSWM2_HUMAN (Q8NEG5), ZSWM2_MOUSE (Q9D9X6), ZZEF1_HUMAN (O43149), 
ZZEF1_MOUSE (Q5SSH7), ZZZ3_HUMAN  (Q8IYH5), ZZZ3_MOUSE  (Q6KAQ7)
» More

UniProtKB/Swiss-Prot
False negative sequences
3 sequences

RSC8_YEAST  (P43609), SSR2_SCHPO  (O14470), TAD2A_DROME (Q7KSD8)

		
PDB
[Detailed view]
4 PDB

1TOT; 2DIP; 2E5R; 2FC7

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission