To improve security and privacy, we are moving our web pages and services from HTTP to HTTPS.
To give users of web services time to transition to HTTPS, we will support separate HTTP and HTTPS services until the end of 2017.
From January 2018 most HTTP traffic will be automatically redirected to HTTPS. [more...]
View this page in https
Entry: PS50139

General information about the entry

Entry name [info] DRADA_REPEAT
Accession [info] PS50139
Entry type [info] MATRIX
Date [info] 01-DEC-2001 CREATED; 10-MAY-2017 DATA UPDATE; 27-SEP-2017 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info] PDOC50139
Associated ProRule [info] PRU00073

Name and characterization of the entry

Description [info] DRADA repeat profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=69;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=64;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=0.4537000; R2=0.0154967; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=5005.7827148; R2=4.1058245; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=552; H_SCORE=7272; N_SCORE=9.0; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=391; H_SCORE=6611; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=-50; E1=-50; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='Y'; M=-15,-27,-23,-29,-22, 28,-30, -8, 11,-24, 28, 11,-25,-30,-20,-17,-25,-10,  2,  0, 29,-22;
/M: SY='I'; M= -2,-18,-19,-21,-15, -5,-21,-19, 13,-22, 10,  4,-11,-19,-12,-19,  0,  2,  8,-28, -8,-15;
/M: SY='D'; M=-16, 19,-30, 27,  1,-24,-22,-12, -5,-12,-11,-11,  4,-14, -8,-18, -8,-10, -7,-32,-12, -6;
/M: SY='M'; M= -8, -7,-23, -7,  8, -7,-18,  2, -7, -4, -5,  9, -8,-14,  4, -7, -3, -4,-10,-17,  6,  5;
/M: SY='Q'; M=  6, -6,-24, -9,  5,-28,-14, -2,-20, 10,-17, -6, -3,-13, 23, 19,  0, -7,-18,-20,-13, 12;
/M: SY='D'; M= -6, 21,-22, 24, 23,-27, -8, -1,-27,  0,-27,-22, 18, -9,  6, -5, 14,  1,-24,-37,-20, 14;
/M: SY='P'; M=-12,  1,-31,  1, -2,-23,-22,-10, -2, -9,-12, -5,  0,  5,  4,-13, -7, -9,-11,-28,-14, -1;
/M: SY='E'; M=  8,  1,-24,  2, 23,-27,-14, -9,-24, 16,-20,-14, -3, -6,  8,  3,  0, -7,-18,-24,-17, 16;
/M: SY='E'; M=-10,  6,-30, 12, 44,-34,-20,  4,-26, 10,-20,-12,  0, -4, 36,  4,  0,-10,-30,-26,-16, 40;
/M: SY='K'; M=-12,-11,-30,-14, -4,-19,-26,-14, -6, 22,-13, -1, -6,-15,  1, 20,-13,-10, -5,-20, -7, -4;
/M: SY='I'; M= -5,-30,-20,-35,-30,  0,-35,-30, 40,-25, 15, 15,-25,-25,-25,-25,-15, -5, 40,-25, -5,-30;
/M: SY='C'; M=-10,-24, 66,-30,-26, -8,-30,-26,-11,-30,  7, -4,-24,-36,-26,-26,-18,-10, -2,-38,-18,-26;
/M: SY='D'; M= -8, 25,-26, 28, 20,-30,-11, -2,-30, 11,-26,-20, 17,-10,  5,  1,  1, -7,-26,-32,-18, 13;
/M: SY='Y'; M=  1,-17,-22,-22,-15, 15,-19, -4, -9, -6, -5, -5,-13,-22,-12,  0, -9, -7, -7,  2, 23,-15;
/M: SY='L'; M=-10,-30,-23,-33,-23,  7,-33,-23, 29,-30, 41, 20,-27,-27,-20,-23,-27,-10, 16,-20,  0,-23;
/M: SY='E'; M=-13, -5,-27, -5, 17,  4,-23, -9,-21, 10,-14,-11, -6,-12, -2,  3, -9,-10,-18,-15, -1,  9;
/M: SY='N'; M= -9, 24,-23, 17, 22,-23,-10,  3,-23,  3,-24,-19, 30,-11,  7, -1,  7,  1,-27,-35,-19, 14;
/M: SY='I'; M= -7,-30,-20,-33,-26,  4,-33,-26, 32,-27, 29, 17,-27,-27,-23,-23,-21, -7, 28,-23, -3,-26;
/M: SY='G'; M=  3, -7,-24, -7,-14,-27, 48,-17,-34,-17,-30,-20,  3,-17,-14,-17, 12, -8,-24,-26,-27,-14;
/M: SY='E'; M=-12,  3,-29,  8, 20,-22,-23, -9,-11,  2, -8, -8, -4,-10,  3, -5, -9,-10,-13,-27,-13, 11;
/I:         I=-6; MI=-10; IM=-10;
/M: SY='E'; M= -4,  3,-24,  6, 22,-27,-14, -7,-27, 19,-27,-16,  3, -7, 10,  9,  9, -1,-20,-29,-16, 16;
/M: SY='A'; M= 23, -7,-16,-11,-10,-23, 21,-17,-22,-13,-22,-16, -1,-13,-10,-17, 16,  0,-12,-26,-23,-10;
/M: SY='A'; M= 25, -8,-10,-17,-12,-14,-11,-21, -6,-11, -8, -8, -8,-12,-12,-16, 12, 19,  5,-25,-15,-12;
/M: SY='T'; M= -3, -9,-13,-16,-13, -4,-23,-20, -1,-16,  9, -1, -9,-16,-13,-13,  4, 31,  3,-27, -7,-13;
/M: SY='A'; M= 31,  6,-13, -8, -7,-20,  0,-11,-13, -7,-16,-13, 12,-13, -7,-14, 10,  0, -9,-26,-20, -7;
/M: SY='Y'; M= -1,-18,-21,-20,-15,  1,-22, 10,  2,-17, 11,  5,-16,-24,-11,-14,-14, -9,  1,-14, 14,-15;
/M: SY='A'; M= 18,  5,-20,  4,  5,-30, -8, -7,-19, -2,-17,-11, -1,-10, 13, -9,  5, -5,-15,-24,-17,  9;
/M: SY='L'; M=-10,-21,-23,-21,-11, -2,-27,-17,  4, -5, 25, 11,-21,-24,-11, -4,-24,-10,  1,-20, -3,-11;
/M: SY='N'; M=  8, 11,-13, -1, -5,-17, -6, -9,-15, -7,-20,-15, 19,-13, -5, -9, 19, 19,-11,-33,-17, -5;
/M: SY='R'; M=-13,-16,-30,-19,-13,-16, -8,-13, -7,  1,-10, -3, -6,-20, -5, 21,-11,-12, -6,-20,-11,-13;
/M: SY='Q'; M= -7, -1,-30,  1, 13,-33,  8, -5,-30,  9,-25,-12,  0,-11, 18,  3, -2,-13,-28,-22,-18, 15;
/M: SY='L'; M=-10,-30,-20,-30,-20, 10,-30,-20, 20,-30, 50, 20,-30,-30,-20,-20,-30,-10, 10,-20,  0,-20;
/M: SY='N'; M=  1,  7,-21, -2, -7,-20,  7, -7,-23, -1,-22,-15, 17,-17, -5,  5,  6,  2,-19,-28,-18, -7;
/M: SY='T'; M= -6, -6,-19,-13, -7,-13,-20,-11, -7,  9, -7, 11, -6,-13, -1,  2, -1, 13, -3,-24, -7, -4;
/I:         I=-6; MI=-32; MD=-32; IM=-32;
/M: SY='P'; M= -7, -5,-25,  2, 18,-21,-14, -8,-17, -1,-18,-14, -8, 35,  2, -8, -4, -7,-21,-21,-18,  8; D=-6;
/I:         I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='K'; M=  9, -3,-24, -6,  4,-27,-14,-13,-24, 31,-24,-10, -3,-10,  4, 14, -4, -7,-14,-20,-13,  4;
/M: SY='R'; M=-16, -6,-30, -6,  4,-24,-20, -4,-30, 38,-24,-10,  0,-16, 10, 54,-10,-10,-20,-20,-10,  4;
/M: SY='D'; M=-15, 30,-30, 45, 40,-35,-15,  0,-35,  5,-25,-25, 10, -5, 10, -5,  0,-10,-30,-35,-20, 25;
/M: SY='I'; M= -6,-30,-21,-36,-30,  0,-36,-30, 41,-26, 16, 16,-24,-24,-24,-26,-16, -6, 39,-24, -4,-30;
/M: SY='N'; M=-10, 40,-20, 20,  0,-20,  0, 10,-20,  0,-30,-20, 60,-20,  0,  0, 10,  0,-30,-40,-20,  0;
/M: SY='R'; M=  5, -7,-24,-10,  0,-23,-14, -9,-24, 24,-20,-10, -3,-14,  4, 30, -4, -7,-14,-20,-13,  0;
/M: SY='V'; M= 13,-24,-14,-29,-24, -6,-23,-27, 22,-19,  6,  6,-22,-22,-22,-22, -6, -2, 31,-25,-11,-24;
/M: SY='L'; M=-10,-30,-20,-30,-20, 10,-30,-20, 20,-30, 50, 20,-30,-30,-20,-20,-30,-10, 10,-20,  0,-20;
/M: SY='Y'; M=-17,-23,-30,-26,-23, 21,-33,  4, 16,-16,  6,  6,-20,-27,-13,-16,-20,-10,  2, 14, 55,-23;
/M: SY='D'; M= -8, 31,-22, 43, 12,-32, -6, -4,-32, -4,-30,-26, 16,-10,  0,-10, 16,  2,-22,-40,-20,  6;
/M: SY='L'; M=-10,-28,-20,-30,-20,  8,-28,-17, 20,-27, 45, 27,-28,-28,-17,-18,-28,-10, 10,-20,  0,-18;
/M: SY='E'; M=  2,  3,-26,  6, 34,-31,-16, -1,-23,  6,-18,-12, -2, -5, 26, -1,  2, -8,-24,-25,-17, 30;
/M: SY='R'; M=-18, -8,-30, -8,  2,-22,-20, -2,-30, 34,-22,-10,  0,-18, 10, 62,-10,-10,-20,-20,-10,  2;
/M: SY='Q'; M= -4,  0,-24,  0, 10,-30,-14, -4,-24, 20,-27,-10,  3,-10, 23, 12,  8, -1,-20,-26,-13, 16;
/M: SY='G'; M= 15,-10,-24,-13,-17,-27, 49,-20,-31,-17,-24,-17, -3,-17,-17,-20,  3,-14,-21,-20,-27,-17;
/M: SY='K'; M=-13, 10,-27, 13,  4,-24,-17, -4,-18, 16,-15,  5,  0,-13,  4,  6,-10,-10,-14,-26,-10,  4;
/M: SY='V'; M= -4,-30,-14,-30,-26,  4,-30,-26, 26,-24, 26, 14,-30,-30,-26,-20,-18, -4, 34,-26, -6,-26;
/M: SY='Y'; M=-18,-12,-30,-12, -8,  7,-26, 33,-10, -6, -8,  0,-10,-24,  8, -4,-14,-12,-18,  9, 51, -4;
/M: SY='R'; M= -9, -5,-24, -5,  2,-22,-14, -5,-27, 22,-25,-13,  3,-15,  7, 38,  5, -1,-17,-26,-13,  2;
/M: SY='E'; M= -2,  2,-24,  5, 20,-29,  3, -5,-27, -2,-25,-17,  3, -8, 13, -5, 12, -3,-24,-29,-20, 17;
/M: SY='G'; M=  4,  4,-22,  8, -8,-25, 13,-16,-21,-12,-18,-15, -2,-17,-14,-17,  0, -9, -9,-28,-21,-11;
/M: SY='G'; M=  1, 10,-24, 13, -5,-28, 21,-14,-31,-11,-24,-20,  5,-14,-11,-15,  5, -2,-21,-28,-22, -8;
/M: SY='T'; M= -5, -9,-20,-17,-12,-11,-26,-21,  4, -5, -5, -1, -6,-13, -9, -8,  2, 21,  5,-25, -7,-12;
/M: SY='P'; M=-10,-20,-40,-10,  0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10;
/M: SY='P'; M=-10,-20,-40,-10,  0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10;
/M: SY='L'; M=-13,-24,-26,-27,-17, -2,-30,-17, 14,-12, 20, 11,-18,-24,-11,  4,-21,-10,  7,-20, -3,-17;
/M: SY='W'; M=-20,-40,-50,-40,-30, 10,-20,-30,-20,-20,-20,-20,-40,-30,-20,-20,-40,-30,-30,150, 30,-20;
/M: SY='Y'; M=-12,-12,-23,-15,-10, 15,-21, 10,-15, -4,-12, -6, -5,-21,-10, -3, -5, -6,-12, -9, 18,-10;
/M: SY='L'; M=-10,-27,-22,-32,-22,  5,-29,-16, 26,-24, 35, 32,-25,-25,-14,-19,-25,-10, 14,-20,  0,-19;
/M: SY='T'; M= 10, -8,-10,-16,-14,-10,-18,-22, -2,-12, -6, -6, -8,-14,-14,-14, 12, 31, 10,-28,-12,-14;
/M: SY='D'; M= -8,  6,-22, 11, -3,-21,-19,-16,-13, -9,-16,-14, -4,  5,-11,-14,  2, 10, -5,-33,-17, -8;
/M: SY='E'; M= -6, -3,-24,  0, 17,-20,-18, -9,-18, 11,-12, -9, -4,-11,  5,  4, -1, -4,-15,-27,-13, 11;
/M: SY='A'; M= 14, -3,-16, -8, -2,-21,-10,-15,-18,  9,-20,-12, -1,-10, -2, -1, 11, 11, -8,-26,-15, -2;
/M: SY='Q'; M=-16, 12,-30, 18, 14,-34,-17,  4,-29, 13,-23,-12,  6,-13, 26, 23, -3,-10,-27,-26,-13, 19;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2017_09 which contains 555'594 sequence entries.


Total number of hits 9 in 6 different sequences
Number of true positive hits 9 in 6 different sequences
Number of 'unknown' hits 0
Number of false positive hits 0
Number of false negative sequences 3
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 75.00 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] K_Hofmann
Taxonomic range [info] Eukaryotes, Eukaryotic viruses
Maximum number of repetitions [info] 2
Feature key [info] REPEAT
Feature description [info] DRADA
Version [info] 5

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
6 sequences

DSRAD_HUMAN (P55265    ), DSRAD_MOUSE (Q99MU3    ), DSRAD_RAT   (P55266    ), 
E3_VACCC    (P21081    ), E3_VACCW    (P21605    ), E3_VAR67    (P33863    )
» more

UniProtKB/Swiss-Prot
False negative sequences
3 sequences

ZBP1_HUMAN  (Q9H171    ), ZBP1_MOUSE  (Q9QY24    ), ZBP1_RAT    (Q8VDA5    )

		
PDB
[Detailed view]
11 PDB

1QBJ; 1QGP; 1XMK; 2ACJ; 2GXB; 2L54; 3F21; 3F22; 3F23; 3IRQ; 3IRR

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission