Entry: PS50139

Forthcoming changes to the profile format
General information about the entry

Entry name [info] DRADA_REPEAT
Accession [info] PS50139
Entry type [info] MATRIX
Date [info] DEC-2001 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); JUL-2014 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC50139
Associated ProRule [info] PRU00073

Name and characterization of the entry

Description [info] DRADA repeat profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=69;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=64;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=.4537; R2=.01549666; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=1820.92708; R2=19.82986; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=552; N_SCORE=9.0; H_SCORE=11478; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=390; N_SCORE=6.5; H_SCORE=9555; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=-50; E1=-50; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='Y'; M=-15,-27,-23,-29,-22, 28,-30, -8, 11,-24, 28, 11,-25,-30,-20,-17,-25,-10,  2,  0, 29,-22;
/M: SY='I'; M= -2,-18,-19,-21,-15, -5,-21,-19, 13,-22, 10,  4,-11,-19,-12,-19,  0,  2,  8,-28, -8,-15;
/M: SY='D'; M=-16, 19,-30, 27,  1,-24,-22,-12, -5,-12,-11,-11,  4,-14, -8,-18, -8,-10, -7,-32,-12, -6;
/M: SY='M'; M= -8, -7,-23, -7,  8, -7,-18,  2, -7, -4, -5,  9, -8,-14,  4, -7, -3, -4,-10,-17,  6,  5;
/M: SY='Q'; M=  6, -6,-24, -9,  5,-28,-14, -2,-20, 10,-17, -6, -3,-13, 23, 19,  0, -7,-18,-20,-13, 12;
/M: SY='D'; M= -6, 21,-22, 24, 23,-27, -8, -1,-27,  0,-27,-22, 18, -9,  6, -5, 14,  1,-24,-37,-20, 14;
/M: SY='P'; M=-12,  1,-31,  1, -2,-23,-22,-10, -2, -9,-12, -5,  0,  5,  4,-13, -7, -9,-11,-28,-14, -1;
/M: SY='E'; M=  8,  1,-24,  2, 23,-27,-14, -9,-24, 16,-20,-14, -3, -6,  8,  3,  0, -7,-18,-24,-17, 16;
/M: SY='E'; M=-10,  6,-30, 12, 44,-34,-20,  4,-26, 10,-20,-12,  0, -4, 36,  4,  0,-10,-30,-26,-16, 40;
/M: SY='K'; M=-12,-11,-30,-14, -4,-19,-26,-14, -6, 22,-13, -1, -6,-15,  1, 20,-13,-10, -5,-20, -7, -4;
/M: SY='I'; M= -5,-30,-20,-35,-30,  0,-35,-30, 40,-25, 15, 15,-25,-25,-25,-25,-15, -5, 40,-25, -5,-30;
/M: SY='C'; M=-10,-24, 66,-30,-26, -8,-30,-26,-11,-30,  7, -4,-24,-36,-26,-26,-18,-10, -2,-38,-18,-26;
/M: SY='D'; M= -8, 25,-26, 28, 20,-30,-11, -2,-30, 11,-26,-20, 17,-10,  5,  1,  1, -7,-26,-32,-18, 13;
/M: SY='Y'; M=  1,-17,-22,-22,-15, 15,-19, -4, -9, -6, -5, -5,-13,-22,-12,  0, -9, -7, -7,  2, 23,-15;
/M: SY='L'; M=-10,-30,-23,-33,-23,  7,-33,-23, 29,-30, 41, 20,-27,-27,-20,-23,-27,-10, 16,-20,  0,-23;
/M: SY='E'; M=-13, -5,-27, -5, 17,  4,-23, -9,-21, 10,-14,-11, -6,-12, -2,  3, -9,-10,-18,-15, -1,  9;
/M: SY='N'; M= -9, 24,-23, 17, 22,-23,-10,  3,-23,  3,-24,-19, 30,-11,  7, -1,  7,  1,-27,-35,-19, 14;
/M: SY='I'; M= -7,-30,-20,-33,-26,  4,-33,-26, 32,-27, 29, 17,-27,-27,-23,-23,-21, -7, 28,-23, -3,-26;
/M: SY='G'; M=  3, -7,-24, -7,-14,-27, 48,-17,-34,-17,-30,-20,  3,-17,-14,-17, 12, -8,-24,-26,-27,-14;
/M: SY='E'; M=-12,  3,-29,  8, 20,-22,-23, -9,-11,  2, -8, -8, -4,-10,  3, -5, -9,-10,-13,-27,-13, 11;
/I:         I=-6; MI=-10; IM=-10;
/M: SY='E'; M= -4,  3,-24,  6, 22,-27,-14, -7,-27, 19,-27,-16,  3, -7, 10,  9,  9, -1,-20,-29,-16, 16;
/M: SY='A'; M= 23, -7,-16,-11,-10,-23, 21,-17,-22,-13,-22,-16, -1,-13,-10,-17, 16,  0,-12,-26,-23,-10;
/M: SY='A'; M= 25, -8,-10,-17,-12,-14,-11,-21, -6,-11, -8, -8, -8,-12,-12,-16, 12, 19,  5,-25,-15,-12;
/M: SY='T'; M= -3, -9,-13,-16,-13, -4,-23,-20, -1,-16,  9, -1, -9,-16,-13,-13,  4, 31,  3,-27, -7,-13;
/M: SY='A'; M= 31,  6,-13, -8, -7,-20,  0,-11,-13, -7,-16,-13, 12,-13, -7,-14, 10,  0, -9,-26,-20, -7;
/M: SY='Y'; M= -1,-18,-21,-20,-15,  1,-22, 10,  2,-17, 11,  5,-16,-24,-11,-14,-14, -9,  1,-14, 14,-15;
/M: SY='A'; M= 18,  5,-20,  4,  5,-30, -8, -7,-19, -2,-17,-11, -1,-10, 13, -9,  5, -5,-15,-24,-17,  9;
/M: SY='L'; M=-10,-21,-23,-21,-11, -2,-27,-17,  4, -5, 25, 11,-21,-24,-11, -4,-24,-10,  1,-20, -3,-11;
/M: SY='N'; M=  8, 11,-13, -1, -5,-17, -6, -9,-15, -7,-20,-15, 19,-13, -5, -9, 19, 19,-11,-33,-17, -5;
/M: SY='R'; M=-13,-16,-30,-19,-13,-16, -8,-13, -7,  1,-10, -3, -6,-20, -5, 21,-11,-12, -6,-20,-11,-13;
/M: SY='Q'; M= -7, -1,-30,  1, 13,-33,  8, -5,-30,  9,-25,-12,  0,-11, 18,  3, -2,-13,-28,-22,-18, 15;
/M: SY='L'; M=-10,-30,-20,-30,-20, 10,-30,-20, 20,-30, 50, 20,-30,-30,-20,-20,-30,-10, 10,-20,  0,-20;
/M: SY='N'; M=  1,  7,-21, -2, -7,-20,  7, -7,-23, -1,-22,-15, 17,-17, -5,  5,  6,  2,-19,-28,-18, -7;
/M: SY='T'; M= -6, -6,-19,-13, -7,-13,-20,-11, -7,  9, -7, 11, -6,-13, -1,  2, -1, 13, -3,-24, -7, -4;
/I:         I=-6; MI=-32; MD=-32; IM=-32;
/M: SY='P'; M= -7, -5,-25,  2, 18,-21,-14, -8,-17, -1,-18,-14, -8, 35,  2, -8, -4, -7,-21,-21,-18,  8; D=-6;
/I:         I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='K'; M=  9, -3,-24, -6,  4,-27,-14,-13,-24, 31,-24,-10, -3,-10,  4, 14, -4, -7,-14,-20,-13,  4;
/M: SY='R'; M=-16, -6,-30, -6,  4,-24,-20, -4,-30, 38,-24,-10,  0,-16, 10, 54,-10,-10,-20,-20,-10,  4;
/M: SY='D'; M=-15, 30,-30, 45, 40,-35,-15,  0,-35,  5,-25,-25, 10, -5, 10, -5,  0,-10,-30,-35,-20, 25;
/M: SY='I'; M= -6,-30,-21,-36,-30,  0,-36,-30, 41,-26, 16, 16,-24,-24,-24,-26,-16, -6, 39,-24, -4,-30;
/M: SY='N'; M=-10, 40,-20, 20,  0,-20,  0, 10,-20,  0,-30,-20, 60,-20,  0,  0, 10,  0,-30,-40,-20,  0;
/M: SY='R'; M=  5, -7,-24,-10,  0,-23,-14, -9,-24, 24,-20,-10, -3,-14,  4, 30, -4, -7,-14,-20,-13,  0;
/M: SY='V'; M= 13,-24,-14,-29,-24, -6,-23,-27, 22,-19,  6,  6,-22,-22,-22,-22, -6, -2, 31,-25,-11,-24;
/M: SY='L'; M=-10,-30,-20,-30,-20, 10,-30,-20, 20,-30, 50, 20,-30,-30,-20,-20,-30,-10, 10,-20,  0,-20;
/M: SY='Y'; M=-17,-23,-30,-26,-23, 21,-33,  4, 16,-16,  6,  6,-20,-27,-13,-16,-20,-10,  2, 14, 55,-23;
/M: SY='D'; M= -8, 31,-22, 43, 12,-32, -6, -4,-32, -4,-30,-26, 16,-10,  0,-10, 16,  2,-22,-40,-20,  6;
/M: SY='L'; M=-10,-28,-20,-30,-20,  8,-28,-17, 20,-27, 45, 27,-28,-28,-17,-18,-28,-10, 10,-20,  0,-18;
/M: SY='E'; M=  2,  3,-26,  6, 34,-31,-16, -1,-23,  6,-18,-12, -2, -5, 26, -1,  2, -8,-24,-25,-17, 30;
/M: SY='R'; M=-18, -8,-30, -8,  2,-22,-20, -2,-30, 34,-22,-10,  0,-18, 10, 62,-10,-10,-20,-20,-10,  2;
/M: SY='Q'; M= -4,  0,-24,  0, 10,-30,-14, -4,-24, 20,-27,-10,  3,-10, 23, 12,  8, -1,-20,-26,-13, 16;
/M: SY='G'; M= 15,-10,-24,-13,-17,-27, 49,-20,-31,-17,-24,-17, -3,-17,-17,-20,  3,-14,-21,-20,-27,-17;
/M: SY='K'; M=-13, 10,-27, 13,  4,-24,-17, -4,-18, 16,-15,  5,  0,-13,  4,  6,-10,-10,-14,-26,-10,  4;
/M: SY='V'; M= -4,-30,-14,-30,-26,  4,-30,-26, 26,-24, 26, 14,-30,-30,-26,-20,-18, -4, 34,-26, -6,-26;
/M: SY='Y'; M=-18,-12,-30,-12, -8,  7,-26, 33,-10, -6, -8,  0,-10,-24,  8, -4,-14,-12,-18,  9, 51, -4;
/M: SY='R'; M= -9, -5,-24, -5,  2,-22,-14, -5,-27, 22,-25,-13,  3,-15,  7, 38,  5, -1,-17,-26,-13,  2;
/M: SY='E'; M= -2,  2,-24,  5, 20,-29,  3, -5,-27, -2,-25,-17,  3, -8, 13, -5, 12, -3,-24,-29,-20, 17;
/M: SY='G'; M=  4,  4,-22,  8, -8,-25, 13,-16,-21,-12,-18,-15, -2,-17,-14,-17,  0, -9, -9,-28,-21,-11;
/M: SY='G'; M=  1, 10,-24, 13, -5,-28, 21,-14,-31,-11,-24,-20,  5,-14,-11,-15,  5, -2,-21,-28,-22, -8;
/M: SY='T'; M= -5, -9,-20,-17,-12,-11,-26,-21,  4, -5, -5, -1, -6,-13, -9, -8,  2, 21,  5,-25, -7,-12;
/M: SY='P'; M=-10,-20,-40,-10,  0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10;
/M: SY='P'; M=-10,-20,-40,-10,  0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10;
/M: SY='L'; M=-13,-24,-26,-27,-17, -2,-30,-17, 14,-12, 20, 11,-18,-24,-11,  4,-21,-10,  7,-20, -3,-17;
/M: SY='W'; M=-20,-40,-50,-40,-30, 10,-20,-30,-20,-20,-20,-20,-40,-30,-20,-20,-40,-30,-30,150, 30,-20;
/M: SY='Y'; M=-12,-12,-23,-15,-10, 15,-21, 10,-15, -4,-12, -6, -5,-21,-10, -3, -5, -6,-12, -9, 18,-10;
/M: SY='L'; M=-10,-27,-22,-32,-22,  5,-29,-16, 26,-24, 35, 32,-25,-25,-14,-19,-25,-10, 14,-20,  0,-19;
/M: SY='T'; M= 10, -8,-10,-16,-14,-10,-18,-22, -2,-12, -6, -6, -8,-14,-14,-14, 12, 31, 10,-28,-12,-14;
/M: SY='D'; M= -8,  6,-22, 11, -3,-21,-19,-16,-13, -9,-16,-14, -4,  5,-11,-14,  2, 10, -5,-33,-17, -8;
/M: SY='E'; M= -6, -3,-24,  0, 17,-20,-18, -9,-18, 11,-12, -9, -4,-11,  5,  4, -1, -4,-15,-27,-13, 11;
/M: SY='A'; M= 14, -3,-16, -8, -2,-21,-10,-15,-18,  9,-20,-12, -1,-10, -2, -1, 11, 11, -8,-26,-15, -2;
/M: SY='Q'; M=-16, 12,-30, 18, 14,-34,-17,  4,-29, 13,-23,-12,  6,-13, 26, 23, -3,-10,-27,-26,-13, 19;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2014_08 which contains 546'238 sequence entries.


Total number of hits 9 in 6 different sequences
Number of true positive hits 9 in 6 different sequences
Number of 'unknown' hits
Number of false positive hits
Number of false negative sequences 3
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 75.00 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] K_Hofmann
Taxonomic range [info] Eukaryotes, Eukaryotic viruses
Maximum number of repetitions [info] 2
Feature key [info] REPEAT
Feature description [info] DRADA
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
6 sequences

DSRAD_HUMAN (P55265), DSRAD_MOUSE (Q99MU3), DSRAD_RAT   (P55266), 
E3_VACCC    (P21081), E3_VACCW    (P21605), E3_VAR67    (P33863)
» More

UniProtKB/Swiss-Prot
False negative sequences
3 sequences

ZBP1_HUMAN  (Q9H171), ZBP1_MOUSE  (Q9QY24), ZBP1_RAT    (Q8VDA5)

		
PDB
[Detailed view]
11 PDB

1QBJ; 1QGP; 1XMK; 2ACJ; 2GXB; 2L54; 3F21; 3F22; 3F23; 3IRQ; 3IRR

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission