Entry: PS50143

Forthcoming changes to the profile format
General information about the entry

Entry name [info] BIR_REPEAT_2
Accession [info] PS50143
Entry type [info] MATRIX
Date [info] DEC-2001 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); OCT-2014 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC00987
Associated ProRule [info] PRU00029

Name and characterization of the entry

Description [info] BIR repeat profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=66;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=61;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=0.8155; R2=0.01295764; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=734.80514; R2=19.39378; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=593; N_SCORE=8.5; H_SCORE=10742; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=438; N_SCORE=6.5; H_SCORE=9249; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=-50; E1=-50; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='R'; M=-19, -9,-30, -9,  1,-21,-20, -1,-30, 31,-21,-10,  0,-19, 10, 68,-10,-10,-20,-20,-10,  1;
/M: SY='L'; M=-12,-22,-23,-23,-15,  5,-27, -5,  7,-14, 22, 14,-20,-25,-12, -8,-22,-10,  2,-16,  6,-15;
/M: SY='R'; M= -2, -4,-21, -7, -5,-13,-13,-10,-15,  7,-14, -7,  0,-17, -4, 11, -2, -4, -8,-23,-11, -5;
/M: SY='T'; M=  3, -1,-11, -7, -8,-14, -8,-17,-15,-11,-17,-14,  3,-11, -8,-11, 25, 37, -5,-32,-14, -8;
/M: SY='F'; M=-19,-28,-21,-36,-28, 70,-29,-14, -1,-27,  7, -1,-19,-29,-35,-18,-18, -9, -2, 11, 36,-28;
/M: SY='Q'; M= -1, -2,-22, -2,  6,-23, -9, -4,-19,  1,-18, -9, -1,-12,  8, -2,  5,  0,-14,-26,-13,  7;
/M: SY='N'; M= -5, 21,-21, 19,  6,-23, -6,  1,-23, -2,-24,-18, 22,-13,  0, -6, 10,  4,-21,-34,-16,  3;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-23; IM=0; DM=-23;
/M: SY='W'; M=-20,-35,-40,-38,-29, 30,-24,-22,-13,-22,-10,-13,-33,-30,-24,-19,-33,-23,-20,101, 35,-23;
/M: SY='P'; M= -3,-16,-33,-11,  0,-26,-18,-19,-15, -8,-23,-15,-16, 56, -8,-17, -6, -7,-20,-28,-25, -7;
/M: SY='I'; M= -7,-18,-23,-21,-15,  3,-24,-10,  4,-14,  4,  2,-12,-18,-13, -7,-10, -5,  2,-17,  3,-16;
/M: SY='D'; M= -5,  8,-20,  9,  4,-22, -6,  2,-24, -1,-23,-14,  8,-12,  2, -3,  6, -3,-20,-28,-10,  2;
/M:         M= -3, -7,-17,-11,-11, -7,-14,-13, -7, -8, -6, -4, -4,-21,-10, -6, -5, -5, -3,-21, -9,-10;
/M:         M= -9,-10,-26,-11, -7,-11,-22,-13, -4, -7, -4, -3, -7, -2, -7, -5, -8, -5, -7,-25,-10, -9;
/M:         M= -1,-11,-24,-10, -5,-20,-13,-15,-10, -4,-14, -7,-11, -7, -1, -7, -4, -6, -5,-16,-13, -4;
/I:         I=-5; MD=-25;
/M: SY='N'; M= -6,  0,-18, -5, -6, -2,-10, -4, -9, -6,-12, -7,  7,-13, -5, -4,  3,  0,-10,-20, -3, -6; D=-5;
/I:         I=-5; MI=0; MD=-25; IM=0; DM=-25;
/M: SY='P'; M=  0,-15,-23,-14, -7,-13,-18,-16, -2,-10,-11, -7,-13, 15,-10,-15, -2, -2, -2,-22,-11,-11; D=-5;
/I:         I=-5; DM=-25;
/M: SY='E'; M= -6,  8,-23, 10, 23,-28,-15,  3,-26,  6,-21,-15,  6, -9, 15,  4,  3, -4,-24,-29,-15, 18;
/M: SY='Q'; M=  0,  4,-23,  4, 10,-25,-14, -5,-19,  8,-18, -7,  1,-11, 11,  3,  3, -2,-15,-27,-14, 10;
/M: SY='L'; M=-10,-28,-20,-31,-22, 11,-29,-18, 21,-26, 38, 25,-27,-28,-18,-19,-26, -9, 13,-19,  1,-20;
/M: SY='A'; M= 35,-12,-11,-20,-12,-17, -6,-20, -3,-12, -9, -7,-10,-13,-11,-19, 10,  2,  6,-24,-18,-12;
/M: SY='R'; M= -1,  0,-23, -2,  6,-23,-14, -6,-20, 14,-20,-11,  3,-14,  7, 17,  0, -5,-14,-25,-14,  5;
/M: SY='A'; M= 31, -3,-13,-13, -8,-18, -3,-14,-12, -6,-12,-10,  1,-13, -7,-10,  8,  0, -6,-24,-18, -8;
/M: SY='G'; M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='F'; M=-17,-30,-21,-37,-27, 60,-29,-19,  4,-29, 18,  6,-23,-29,-33,-19,-23,-11,  2,  7, 22,-27;
/M: SY='Y'; M=-18,-20,-26,-23,-20, 35,-29,  3,  0,-13,  3,  2,-18,-28,-17, -9,-19,-10, -5, 14, 49,-20;
/M: SY='Y'; M=-12,-15,-16,-17,-16, 17,-24, 13, -9,-12, -6, -5,-13,-26,-11,-10,-12, -8,-11,  5, 41,-17;
/M: SY='T'; M= -5, -6,-15,-13,-13, -4,-23,-17,  0,-14,  1, -3, -6,-17,-12,-13,  4, 24,  4,-25, -4,-13;
/M: SY='G'; M=  0, -4,-27, -5,-11,-28, 39, -8,-32,-13,-26,-16,  3,-13,-10,-15,  2,-14,-26,-24,-23,-11;
/M: SY='V'; M= -5,-11,-22,-12, -8,-14,-20,-13, -3, -2,-10, -5, -6, -6, -8, -1, -4, -3,  1,-27,-12, -9;
/M: SY='G'; M= -3, -3,-27, -4, -7,-23,  9,-13,-24, -3,-22,-14,  0,-13, -4, -3, -1, -7,-20,-15,-16, -6;
/M: SY='D'; M=-14, 24,-27, 36, 12,-28,-12, -6,-25, -5,-14,-18,  7,-13, -3,-11, -4, -9,-20,-34,-16,  5;
/M: SY='E'; M= -9,  0,-28,  2,  9,-23, -9,  2,-22,  4,-19,-11,  0, -9,  4,  3, -4, -9,-20,-25,-12,  5;
/I:         I=-4; MD=-19;
/M: SY='V'; M=  1,-19,-14,-21,-19, -7,-21,-24, 11,-10,  1,  2,-19,-19,-19,-13, -5,  5, 23,-26,-11,-19; D=-4;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-19; IM=0; DM=-19;
/M: SY='R'; M= -4, -6,-22, -6,  5,-20,-17, -5,-16, 16,-15, -5, -5,-13, 11, 18, -5, -7,-11,-17, -7,  7; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-19;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='F'; M= -8,-20,-16,-26,-16, 31,-24,-10, -5,-20, -1, -4,-15,-17,-23,-17,-11, -8, -4, -7, 12,-18;
/M: SY='F'; M=-10,-18, 11,-24,-22, 16,-16, -9,-15,-21,-10,-10,-12,-28,-22,-18, -9, -8,-10, -9, 12,-22;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='G'; M= -8,  7,-27,  9,  0,-26, 11,  8,-30, -3,-24,-14,  8,-16, -3, -6,  0,-11,-25,-29,-14, -2;
/M: SY='V'; M= -2,-20,-13,-23,-20,-10, -4,-20,  1,-17,  3,  4,-17,-24,-16,-14,-11, -9,  7,-24,-13,-19;
/M: SY='E'; M= -7,-11,-16,-11,  1,-19,-12,-14,-11,  1,-11, -5, -9,-17, -3, -1, -8,-10, -6,-25,-15, -2;
/M: SY='L'; M= -9,-27,-21,-32,-23, 12,-32,-23, 24,-28, 31, 15,-24,-26,-22,-22,-21, -4, 16,-19,  1,-23;
/M: SY='K'; M=-11,  3,-17,  4, -1,-14,-14, -7,-23,  5,-19,-12,  1,-16, -2,  5, -2, -3,-17,-23, -7, -2;
/I:         I=-4; MD=-22;
/M: SY='N'; M= -9, 16,-10, 12,  0,-21,  0, -2,-23,  1,-23,-17, 21,-15, -2,  2,  3, -4,-21,-29,-17, -1; D=-4;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-22; IM=0; DM=-22;
/M: SY='W'; M=-16,-33,-35,-35,-27, 13,-21,-25,-16,-20,-13,-15,-31,-29,-21,-19,-31,-21,-22,101, 24,-20;
/M: SY='E'; M= -8,  2,-26,  6, 21,-24,-16, -3,-21,  7,-16,-11, -1,-11, 10,  4, -1, -7,-18,-28,-14, 15;
/M: SY='P'; M= -9, -9,-27, -6,  5,-15,-21, -6,-13, -3,-12, -9, -9,  6,  2, -4, -3, -2,-16,-20, -3,  1;
/M: SY='G'; M= -6,  2,-18,  1,  0,-23,  8,-11,-24, -4,-20,-15,  5,-17, -6, -4,  1, -7,-18,-29,-20, -3;
/M: SY='D'; M=-16, 36,-29, 51, 22,-36,-12, -2,-37,  7,-29,-26, 14, -9,  4, -2,  0, -9,-28,-36,-19, 13;
/M: SY='D'; M=-12, 19,-19, 24,  6,-26,-10,  2,-24, -5,-18,-16, 12,-16,  1, -8, -1, -7,-20,-34,-15,  3;
/M: SY='P'; M=  4,-19,-29,-16, -8,-22,-18,-22, -7,-13,-17,-12,-18, 46,-13,-21, -6, -5,-10,-27,-23,-13;
/M: SY='W'; M= -8,-23,-31,-26,-13,  0,-22,-17, -1,-14, -1,  5,-23,-21, -7,-15,-20,-14, -7, 33,  6, -9;
/M: SY='E'; M= -7, -2,-26,  0, 18,-17,-17, -3,-20,  3,-17,-12, -3, -9, 10,  4,  1, -5,-18,-22, -8, 13;
/M: SY='E'; M= -7,  3,-26,  6, 18,-26,-16, -4,-23, 11,-19,-12,  0,-12, 12, 14, -3, -8,-18,-26,-15, 14;
/M: SY='H'; M=-20,  0,-30,  0,  0,-20,-20,100,-30,-10,-20,  0, 10,-20, 10,  0,-10,-20,-30,-30, 20,  0;
/M: SY='K'; M=  5, -9,-22,-12, -4,-20,-11,-11,-16, 11,-14, -7, -7,-15,  1, 10, -4, -4, -9,-19,-10, -2;
/M: SY='R'; M= -8, -7,-25, -9,  0,-16,-19, -9,-22, 22,-17, -8, -3,-15,  4, 26, -5, -2,-14,-20, -8,  1;
/I:         I=-5; MD=-26;
/M: SY='W'; M=-10,-23,-24,-24,-17,  5,-18, -9, -7,-17, -2, -4,-20,-24,-15,-13,-17,-13, -7, 26,  8,-15; D=-5;
/I:         I=-5; MD=-26;
/M: SY='S'; M= -3, -5,-16, -9, -8,  6,-12, -5,-13,-10,-13,-10,  1,-17, -9, -6,  9,  6, -9,-18,  2, -9; D=-5;
/I:         I=-5; MD=-26;
/M: SY='P'; M= -8,-10,-33, -2,  4,-28,-17,-13,-20, -5,-26,-17,-12, 56, -2,-10, -6, -8,-26,-27,-24, -3; D=-5;
/I:         I=-5; MI=0; MD=-26; IM=0; DM=-26;
/M: SY='N'; M=-10,  8,-25,  5,  3,-20,-13,  4,-16,  1,-20,-11, 14,-13,  7,  2,  1, -5,-19,-26, -7,  4;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='E'; M= -3, -7,-27, -4,  6,-17,-10, -9,-18, -3,-15,-12, -7,  3, -2, -6, -3, -7,-17,-21,-10,  1;
/M: SY='F'; M=-19,-27,-22,-35,-27, 61,-29,-12,  2,-24, 11,  5,-20,-29,-31,-16,-20,-10, -1,  9, 33,-26;
/M: SY='V'; M= -2,-27,-17,-30,-24,  3,-28,-23, 22,-21, 20, 14,-25,-26,-22,-17,-16, -5, 26,-23, -5,-23;
/M: SY='R'; M=-12, -6,-26, -9,  0,-14,-21, -3, -9,  4, -2,  1, -2,-19,  8, 11,-11, -8,-12,-21, -5,  2;
/I:         E1=0;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2014_11 which contains 547'085 sequence entries.


Total number of hits 120 in 71 different sequences
Number of true positive hits 120 in 71 different sequences
Number of 'unknown' hits
Number of false positive hits
Number of false negative sequences 0
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] K_Hofmann
Taxonomic range [info] Eukaryotes, Eukaryotic viruses
Maximum number of repetitions [info] 3
Feature key [info] REPEAT
Feature description [info] BIR
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
71 sequences

BI51A_XENLA (Q8JGN5), BI51B_XENLA (Q4R1J6), BI52A_XENLA (Q50L39), 
BI52B_XENLA (Q804H7), BIR1A_MOUSE (Q9QWK5), BIR1B_MOUSE (Q9QUK4), 
BIR1E_MOUSE (Q9R016), BIR1F_MOUSE (Q9JIB6), BIR1G_MOUSE (Q9JIB3), 
BIR1_SCHPO  (O14064), BIR1_YEAST  (P47134), BIR51_XENTR (Q28H51), 
BIR52_XENTR (Q28ER3), BIR7A_XENLA (Q8JHV9), BIR7B_XENLA (A9ULZ2), 
BIRC1_HUMAN (Q13075), BIRC2_HUMAN (Q13490), BIRC2_MOUSE (Q62210), 
BIRC3_CANFA (A1E2V0), BIRC3_HUMAN (Q13489), BIRC3_MOUSE (O08863), 
BIRC5_BOVIN (Q6J1J1), BIRC5_CANFA (Q8I009), BIRC5_FELCA (Q6I6F4), 
BIRC5_HUMAN (O15392), BIRC5_MOUSE (O70201), BIRC5_PIG   (Q9GLN5), 
BIRC5_PONAB (Q5RAH9), BIRC5_RAT   (Q9JHY7), BIRC6_HUMAN (Q9NR09), 
BIRC6_MOUSE (O88738), BIRC7_HUMAN (Q96CA5), BIRC7_MOUSE (A2AWP0), 
BIRC7_XENTR (A9JTP3), BIRC8_GORGO (Q95M71), BIRC8_HUMAN (Q96P09), 
BIRC8_PANTR (Q95M72), BIR_CHICK   (Q90660), IAP1_DROME  (Q24306), 
IAP1_NPVAC  (P41435), IAP1_NPVOP  (O10296), IAP1_OSHVF  (Q6R7I2), 
IAP2_DROME  (Q24307), IAP2_NPVAC  (P41454), IAP2_NPVOP  (O10324), 
IAP2_OSHVF  (Q6R7E2), IAP3_NPVOP  (P41437), IAP3_OSHVF  (Q6R7D0), 
IAP4_OSHVF  (Q6R7C4), IAPL_ASFC1  (P68764), IAPL_ASFC3  (O11451), 
IAPL_ASFCH  (P68763), IAPL_ASFE1  (P69181), IAPL_ASFE7  (P69182), 
IAPL_ASFH8  (P69183), IAPL_ASFL6  (P69184), IAPL_ASFM1  (O11452), 
IAPL_ASFP5  (P68765), IAP_ASFB7   (P69180), IAP_ASFK5   (P0C9X4), 
IAP_ASFM2   (O11453), IAP_ASFP4   (P0C9X5), IAP_ASFWA   (P0C9X6), 
IAP_GVCPM   (P41436), PIAP_PIG    (O62640), VF193_IIV6  (P47732), 
XIAP_HUMAN  (P98170), XIAP_MOUSE  (Q60989), XIAP_RAT    (Q9R0I6), 
XIAP_XENLA  (A5D8Q0), XIAP_XENTR  (Q5BKL8)
» More


View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission