Due to maintenance work, this service may be impaired on Sunday February 1st between 12.00 pm and 06.00 pm CEST.
Entry: PS50143

Forthcoming changes to the profile format
General information about the entry

Entry name [info] BIR_REPEAT_2
Accession [info] PS50143
Entry type [info] MATRIX
Date [info] DEC-2001 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); DEC-2014 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC00987
Associated ProRule [info] PRU00029

Name and characterization of the entry

Description [info] BIR repeat profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=66;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=61;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=0.8155; R2=0.01295764; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=734.80514; R2=19.39378; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=593; N_SCORE=8.5; H_SCORE=10742; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=438; N_SCORE=6.5; H_SCORE=9249; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=-50; E1=-50; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='R'; M=-19, -9,-30, -9,  1,-21,-20, -1,-30, 31,-21,-10,  0,-19, 10, 68,-10,-10,-20,-20,-10,  1;
/M: SY='L'; M=-12,-22,-23,-23,-15,  5,-27, -5,  7,-14, 22, 14,-20,-25,-12, -8,-22,-10,  2,-16,  6,-15;
/M: SY='R'; M= -2, -4,-21, -7, -5,-13,-13,-10,-15,  7,-14, -7,  0,-17, -4, 11, -2, -4, -8,-23,-11, -5;
/M: SY='T'; M=  3, -1,-11, -7, -8,-14, -8,-17,-15,-11,-17,-14,  3,-11, -8,-11, 25, 37, -5,-32,-14, -8;
/M: SY='F'; M=-19,-28,-21,-36,-28, 70,-29,-14, -1,-27,  7, -1,-19,-29,-35,-18,-18, -9, -2, 11, 36,-28;
/M: SY='Q'; M= -1, -2,-22, -2,  6,-23, -9, -4,-19,  1,-18, -9, -1,-12,  8, -2,  5,  0,-14,-26,-13,  7;
/M: SY='N'; M= -5, 21,-21, 19,  6,-23, -6,  1,-23, -2,-24,-18, 22,-13,  0, -6, 10,  4,-21,-34,-16,  3;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-23; IM=0; DM=-23;
/M: SY='W'; M=-20,-35,-40,-38,-29, 30,-24,-22,-13,-22,-10,-13,-33,-30,-24,-19,-33,-23,-20,101, 35,-23;
/M: SY='P'; M= -3,-16,-33,-11,  0,-26,-18,-19,-15, -8,-23,-15,-16, 56, -8,-17, -6, -7,-20,-28,-25, -7;
/M: SY='I'; M= -7,-18,-23,-21,-15,  3,-24,-10,  4,-14,  4,  2,-12,-18,-13, -7,-10, -5,  2,-17,  3,-16;
/M: SY='D'; M= -5,  8,-20,  9,  4,-22, -6,  2,-24, -1,-23,-14,  8,-12,  2, -3,  6, -3,-20,-28,-10,  2;
/M:         M= -3, -7,-17,-11,-11, -7,-14,-13, -7, -8, -6, -4, -4,-21,-10, -6, -5, -5, -3,-21, -9,-10;
/M:         M= -9,-10,-26,-11, -7,-11,-22,-13, -4, -7, -4, -3, -7, -2, -7, -5, -8, -5, -7,-25,-10, -9;
/M:         M= -1,-11,-24,-10, -5,-20,-13,-15,-10, -4,-14, -7,-11, -7, -1, -7, -4, -6, -5,-16,-13, -4;
/I:         I=-5; MD=-25;
/M: SY='N'; M= -6,  0,-18, -5, -6, -2,-10, -4, -9, -6,-12, -7,  7,-13, -5, -4,  3,  0,-10,-20, -3, -6; D=-5;
/I:         I=-5; MI=0; MD=-25; IM=0; DM=-25;
/M: SY='P'; M=  0,-15,-23,-14, -7,-13,-18,-16, -2,-10,-11, -7,-13, 15,-10,-15, -2, -2, -2,-22,-11,-11; D=-5;
/I:         I=-5; DM=-25;
/M: SY='E'; M= -6,  8,-23, 10, 23,-28,-15,  3,-26,  6,-21,-15,  6, -9, 15,  4,  3, -4,-24,-29,-15, 18;
/M: SY='Q'; M=  0,  4,-23,  4, 10,-25,-14, -5,-19,  8,-18, -7,  1,-11, 11,  3,  3, -2,-15,-27,-14, 10;
/M: SY='L'; M=-10,-28,-20,-31,-22, 11,-29,-18, 21,-26, 38, 25,-27,-28,-18,-19,-26, -9, 13,-19,  1,-20;
/M: SY='A'; M= 35,-12,-11,-20,-12,-17, -6,-20, -3,-12, -9, -7,-10,-13,-11,-19, 10,  2,  6,-24,-18,-12;
/M: SY='R'; M= -1,  0,-23, -2,  6,-23,-14, -6,-20, 14,-20,-11,  3,-14,  7, 17,  0, -5,-14,-25,-14,  5;
/M: SY='A'; M= 31, -3,-13,-13, -8,-18, -3,-14,-12, -6,-12,-10,  1,-13, -7,-10,  8,  0, -6,-24,-18, -8;
/M: SY='G'; M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='F'; M=-17,-30,-21,-37,-27, 60,-29,-19,  4,-29, 18,  6,-23,-29,-33,-19,-23,-11,  2,  7, 22,-27;
/M: SY='Y'; M=-18,-20,-26,-23,-20, 35,-29,  3,  0,-13,  3,  2,-18,-28,-17, -9,-19,-10, -5, 14, 49,-20;
/M: SY='Y'; M=-12,-15,-16,-17,-16, 17,-24, 13, -9,-12, -6, -5,-13,-26,-11,-10,-12, -8,-11,  5, 41,-17;
/M: SY='T'; M= -5, -6,-15,-13,-13, -4,-23,-17,  0,-14,  1, -3, -6,-17,-12,-13,  4, 24,  4,-25, -4,-13;
/M: SY='G'; M=  0, -4,-27, -5,-11,-28, 39, -8,-32,-13,-26,-16,  3,-13,-10,-15,  2,-14,-26,-24,-23,-11;
/M: SY='V'; M= -5,-11,-22,-12, -8,-14,-20,-13, -3, -2,-10, -5, -6, -6, -8, -1, -4, -3,  1,-27,-12, -9;
/M: SY='G'; M= -3, -3,-27, -4, -7,-23,  9,-13,-24, -3,-22,-14,  0,-13, -4, -3, -1, -7,-20,-15,-16, -6;
/M: SY='D'; M=-14, 24,-27, 36, 12,-28,-12, -6,-25, -5,-14,-18,  7,-13, -3,-11, -4, -9,-20,-34,-16,  5;
/M: SY='E'; M= -9,  0,-28,  2,  9,-23, -9,  2,-22,  4,-19,-11,  0, -9,  4,  3, -4, -9,-20,-25,-12,  5;
/I:         I=-4; MD=-19;
/M: SY='V'; M=  1,-19,-14,-21,-19, -7,-21,-24, 11,-10,  1,  2,-19,-19,-19,-13, -5,  5, 23,-26,-11,-19; D=-4;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-19; IM=0; DM=-19;
/M: SY='R'; M= -4, -6,-22, -6,  5,-20,-17, -5,-16, 16,-15, -5, -5,-13, 11, 18, -5, -7,-11,-17, -7,  7; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-19;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='F'; M= -8,-20,-16,-26,-16, 31,-24,-10, -5,-20, -1, -4,-15,-17,-23,-17,-11, -8, -4, -7, 12,-18;
/M: SY='F'; M=-10,-18, 11,-24,-22, 16,-16, -9,-15,-21,-10,-10,-12,-28,-22,-18, -9, -8,-10, -9, 12,-22;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='G'; M= -8,  7,-27,  9,  0,-26, 11,  8,-30, -3,-24,-14,  8,-16, -3, -6,  0,-11,-25,-29,-14, -2;
/M: SY='V'; M= -2,-20,-13,-23,-20,-10, -4,-20,  1,-17,  3,  4,-17,-24,-16,-14,-11, -9,  7,-24,-13,-19;
/M: SY='E'; M= -7,-11,-16,-11,  1,-19,-12,-14,-11,  1,-11, -5, -9,-17, -3, -1, -8,-10, -6,-25,-15, -2;
/M: SY='L'; M= -9,-27,-21,-32,-23, 12,-32,-23, 24,-28, 31, 15,-24,-26,-22,-22,-21, -4, 16,-19,  1,-23;
/M: SY='K'; M=-11,  3,-17,  4, -1,-14,-14, -7,-23,  5,-19,-12,  1,-16, -2,  5, -2, -3,-17,-23, -7, -2;
/I:         I=-4; MD=-22;
/M: SY='N'; M= -9, 16,-10, 12,  0,-21,  0, -2,-23,  1,-23,-17, 21,-15, -2,  2,  3, -4,-21,-29,-17, -1; D=-4;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-22; IM=0; DM=-22;
/M: SY='W'; M=-16,-33,-35,-35,-27, 13,-21,-25,-16,-20,-13,-15,-31,-29,-21,-19,-31,-21,-22,101, 24,-20;
/M: SY='E'; M= -8,  2,-26,  6, 21,-24,-16, -3,-21,  7,-16,-11, -1,-11, 10,  4, -1, -7,-18,-28,-14, 15;
/M: SY='P'; M= -9, -9,-27, -6,  5,-15,-21, -6,-13, -3,-12, -9, -9,  6,  2, -4, -3, -2,-16,-20, -3,  1;
/M: SY='G'; M= -6,  2,-18,  1,  0,-23,  8,-11,-24, -4,-20,-15,  5,-17, -6, -4,  1, -7,-18,-29,-20, -3;
/M: SY='D'; M=-16, 36,-29, 51, 22,-36,-12, -2,-37,  7,-29,-26, 14, -9,  4, -2,  0, -9,-28,-36,-19, 13;
/M: SY='D'; M=-12, 19,-19, 24,  6,-26,-10,  2,-24, -5,-18,-16, 12,-16,  1, -8, -1, -7,-20,-34,-15,  3;
/M: SY='P'; M=  4,-19,-29,-16, -8,-22,-18,-22, -7,-13,-17,-12,-18, 46,-13,-21, -6, -5,-10,-27,-23,-13;
/M: SY='W'; M= -8,-23,-31,-26,-13,  0,-22,-17, -1,-14, -1,  5,-23,-21, -7,-15,-20,-14, -7, 33,  6, -9;
/M: SY='E'; M= -7, -2,-26,  0, 18,-17,-17, -3,-20,  3,-17,-12, -3, -9, 10,  4,  1, -5,-18,-22, -8, 13;
/M: SY='E'; M= -7,  3,-26,  6, 18,-26,-16, -4,-23, 11,-19,-12,  0,-12, 12, 14, -3, -8,-18,-26,-15, 14;
/M: SY='H'; M=-20,  0,-30,  0,  0,-20,-20,100,-30,-10,-20,  0, 10,-20, 10,  0,-10,-20,-30,-30, 20,  0;
/M: SY='K'; M=  5, -9,-22,-12, -4,-20,-11,-11,-16, 11,-14, -7, -7,-15,  1, 10, -4, -4, -9,-19,-10, -2;
/M: SY='R'; M= -8, -7,-25, -9,  0,-16,-19, -9,-22, 22,-17, -8, -3,-15,  4, 26, -5, -2,-14,-20, -8,  1;
/I:         I=-5; MD=-26;
/M: SY='W'; M=-10,-23,-24,-24,-17,  5,-18, -9, -7,-17, -2, -4,-20,-24,-15,-13,-17,-13, -7, 26,  8,-15; D=-5;
/I:         I=-5; MD=-26;
/M: SY='S'; M= -3, -5,-16, -9, -8,  6,-12, -5,-13,-10,-13,-10,  1,-17, -9, -6,  9,  6, -9,-18,  2, -9; D=-5;
/I:         I=-5; MD=-26;
/M: SY='P'; M= -8,-10,-33, -2,  4,-28,-17,-13,-20, -5,-26,-17,-12, 56, -2,-10, -6, -8,-26,-27,-24, -3; D=-5;
/I:         I=-5; MI=0; MD=-26; IM=0; DM=-26;
/M: SY='N'; M=-10,  8,-25,  5,  3,-20,-13,  4,-16,  1,-20,-11, 14,-13,  7,  2,  1, -5,-19,-26, -7,  4;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='E'; M= -3, -7,-27, -4,  6,-17,-10, -9,-18, -3,-15,-12, -7,  3, -2, -6, -3, -7,-17,-21,-10,  1;
/M: SY='F'; M=-19,-27,-22,-35,-27, 61,-29,-12,  2,-24, 11,  5,-20,-29,-31,-16,-20,-10, -1,  9, 33,-26;
/M: SY='V'; M= -2,-27,-17,-30,-24,  3,-28,-23, 22,-21, 20, 14,-25,-26,-22,-17,-16, -5, 26,-23, -5,-23;
/M: SY='R'; M=-12, -6,-26, -9,  0,-14,-21, -3, -9,  4, -2,  1, -2,-19,  8, 11,-11, -8,-12,-21, -5,  2;
/I:         E1=0;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2015_01 which contains 547'357 sequence entries.


Total number of hits 120 in 71 different sequences
Number of true positive hits 120 in 71 different sequences
Number of 'unknown' hits
Number of false positive hits
Number of false negative sequences 0
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] K_Hofmann
Taxonomic range [info] Eukaryotes, Eukaryotic viruses
Maximum number of repetitions [info] 3
Feature key [info] REPEAT
Feature description [info] BIR
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
71 sequences

BI51A_XENLA (Q8JGN5), BI51B_XENLA (Q4R1J6), BI52A_XENLA (Q50L39), 
BI52B_XENLA (Q804H7), BIR1A_MOUSE (Q9QWK5), BIR1B_MOUSE (Q9QUK4), 
BIR1E_MOUSE (Q9R016), BIR1F_MOUSE (Q9JIB6), BIR1G_MOUSE (Q9JIB3), 
BIR1_SCHPO  (O14064), BIR1_YEAST  (P47134), BIR51_XENTR (Q28H51), 
BIR52_XENTR (Q28ER3), BIR7A_XENLA (Q8JHV9), BIR7B_XENLA (A9ULZ2), 
BIRC1_HUMAN (Q13075), BIRC2_HUMAN (Q13490), BIRC2_MOUSE (Q62210), 
BIRC3_CANFA (A1E2V0), BIRC3_HUMAN (Q13489), BIRC3_MOUSE (O08863), 
BIRC5_BOVIN (Q6J1J1), BIRC5_CANFA (Q8I009), BIRC5_FELCA (Q6I6F4), 
BIRC5_HUMAN (O15392), BIRC5_MOUSE (O70201), BIRC5_PIG   (Q9GLN5), 
BIRC5_PONAB (Q5RAH9), BIRC5_RAT   (Q9JHY7), BIRC6_HUMAN (Q9NR09), 
BIRC6_MOUSE (O88738), BIRC7_HUMAN (Q96CA5), BIRC7_MOUSE (A2AWP0), 
BIRC7_XENTR (A9JTP3), BIRC8_GORGO (Q95M71), BIRC8_HUMAN (Q96P09), 
BIRC8_PANTR (Q95M72), BIR_CHICK   (Q90660), IAP1_DROME  (Q24306), 
IAP1_NPVAC  (P41435), IAP1_NPVOP  (O10296), IAP1_OSHVF  (Q6R7I2), 
IAP2_DROME  (Q24307), IAP2_NPVAC  (P41454), IAP2_NPVOP  (O10324), 
IAP2_OSHVF  (Q6R7E2), IAP3_NPVOP  (P41437), IAP3_OSHVF  (Q6R7D0), 
IAP4_OSHVF  (Q6R7C4), IAPL_ASFC1  (P68764), IAPL_ASFC3  (O11451), 
IAPL_ASFCH  (P68763), IAPL_ASFE1  (P69181), IAPL_ASFE7  (P69182), 
IAPL_ASFH8  (P69183), IAPL_ASFL6  (P69184), IAPL_ASFM1  (O11452), 
IAPL_ASFP5  (P68765), IAP_ASFB7   (P69180), IAP_ASFK5   (P0C9X4), 
IAP_ASFM2   (O11453), IAP_ASFP4   (P0C9X5), IAP_ASFWA   (P0C9X6), 
IAP_GVCPM   (P41436), PIAP_PIG    (O62640), VF193_IIV6  (P47732), 
XIAP_HUMAN  (P98170), XIAP_MOUSE  (Q60989), XIAP_RAT    (Q9R0I6), 
XIAP_XENLA  (A5D8Q0), XIAP_XENTR  (Q5BKL8)
» More

PDB
[Detailed view]
97 PDB

1C9Q; 1E31; 1F3H; 1F9X; 1G3F; 1G73; 1I3O; 1JD4; 1JD5; 1JD6; 1M4M; 1NW9; 1OXN; 1OXQ; 1OY7; 1Q4Q; 1QBH; 1SDZ; 1SE0; 1TFQ; 1TFT; 1TW6; 1XB0; 1XB1; 1XOX; 2I3H; 2I3I; 2JK7; 2OPY; 2OPZ; 2POI; 2POP; 2QFA; 2QRA; 2RAW; 2RAX; 2UVL; 2VM5; 2VSL; 3CLX; 3CM2; 3CM7; 3D9T; 3D9U; 3EYL; 3F7G; 3F7H; 3F7I; 3G76; 3GT9; 3GTA; 3HL5; 3M0A; 3M0D; 3M1D; 3MUP; 3OZ1; 3SIP; 3SIQ; 3T6P; 3UEC; 3UED; 3UEE; 3UEF; 3UEG; 3UEH; 3UEI; 3UIG; 3UIH; 3UII; 3UIJ; 3UIK; 3UW4; 3UW5; 4A0I; 4A0J; 4A0N; 4EB9; 4EC4; 4HY0; 4HY4; 4HY5; 4J3Y; 4J44; 4J45; 4J46; 4J47; 4J48; 4KJU; 4KJV; 4KMN; 4KMP; 4LGE; 4LGU; 4MTI; 4MTZ; 4MU7
» More

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission