PROSITE entry PS50152
View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission
General information about the entry
| Entry name [info] | 25A_SYNTH_3 |
| Accession [info] | PS50152 |
| Entry type [info] | MATRIX |
| Date [info] |
01-DEC-2001 CREATED;
07-APR-2021 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE. |
| PROSITE Doc. [info] | PDOC00653 |
Name and characterization of the entry
| Description [info] | 2'-5'-oligoadenylate synthase N-terminal region profile. |
| Matrix / Profile [info] |
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=89; /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=84; /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=-0.1728000; R2=0.0181185; TEXT='NScore'; /NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=3627.7863770; R2=9.8582830; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%'; /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=479; H_SCORE=8350; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!'; /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=369; H_SCORE=7265; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?'; /DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=-30; E1=-30; MI=-80; MD=-80; IM=-80; DM=-80; ... A B C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y Z /I: B1=0; BI=-105; BD=-105; /M: SY='E'; M=-10, 13,-28, 12, 28,-30,-15, 3,-25, 15,-24,-14, 14, -9, 23, 8, 1, -8,-28,-28,-16, 26; /M: SY='E'; M=-11, 13,-28, 22, 30,-31,-19, -1,-23, 4,-19,-14, 1, -8, 18, -3, -1, -9,-20,-30,-17, 24; /M: SY='Y'; M=-20, -6,-28, -3,-13, 23,-25, 8, -9,-11, -5, -7,-11,-25,-13,-12,-15,-10,-13, 10, 48,-15; /M: SY='L'; M=-10,-30,-20,-30,-20, 10,-30,-20, 20,-30, 50, 20,-30,-30,-20,-20,-30,-10, 10,-20, 0,-20; /M: SY='L'; M= 4,-13,-22,-16, -4,-15,-19,-12, -5, 0, 6, 3,-13,-17, 3, -3,-11, -8, -6,-20, -9, 0; /M: SY='P'; M=-10,-20,-40,-10, 0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10; /M: SY='N'; M=-15, 29,-25, 23, 0,-14, -9, 10,-20, -2,-23,-18, 32,-20, -2, -5, 1, -5,-25,-24, 3, -2; /M: SY='T'; M= -2, 2,-18, 1, 12,-20,-15,-11,-20, 5,-20,-15, 2, -8, 3, -1, 15, 19,-13,-31,-15, 7; /M: SY='C'; M= 7, -6, 27,-11, 1,-21,-16,-17,-22,-12,-18,-17, -7,-17, -8,-16, 6, 2,-11,-35,-22, -4; /M: SY='F'; M=-15,-19, 9,-24, -9, 32,-28,-18,-14,-21, -4, -9,-15,-25,-24,-18,-13,-10, -9,-13, 5,-14; /M: SY='Q'; M=-12, -9,-28, -9, 4,-25,-12, -1,-18, 5, -9, -1, -5,-17, 24, 17, -8,-11,-20,-20,-10, 13; /M: SY='A'; M= 11, 2,-17, -1, 4,-19,-12,-11,-13, -5,-10, -4, -4,-10, -2,-12, 5, 7, -7,-26,-15, 1; /M: SY='Q'; M= -8, 4,-23, 9, 6,-24,-15, -4,-15, -6, -9, -7, 0,-15, 15, -6, 2, -3,-16,-29,-12, 10; /M: SY='I'; M= -8,-30,-25,-38,-30, 0,-38,-30, 45,-28, 18, 18,-22,-22,-22,-28,-18, -8, 35,-22, -2,-30; /M: SY='D'; M=-14, 19,-26, 24, 6,-23,-15, -5,-21, 4,-12,-13, 10,-16, -2, -2, -8, -9,-19,-31,-13, 2; /M: SY='S'; M= 1, 2,-17, 5, 14,-22, -7, 8,-24, -5,-26,-17, 8, -9, 6, -6, 24, 8,-17,-36,-14, 9; /M: SY='A'; M= 23,-17,-15,-25,-15, -9,-11,-15, 4,-15, 11, 13,-17,-17,-10,-18, -6, -5, 5,-20,-11,-12; /M: SY='V'; M= -3,-30,-15,-33,-30, 0,-33,-30, 35,-23, 13, 13,-27,-27,-27,-23,-13, -3, 45,-27, -7,-30; /M: SY='N'; M= -9, 32,-19, 20, 1,-21, -6, 2,-21, -2,-25,-19, 40,-16, -2, -4, 11, 10,-23,-38,-18, -1; /M: SY='V'; M= -5,-16,-21,-22,-16, -9,-29,-23, 13, -5, -1, 4,-13,-18,-13, -9, -6, 6, 16,-25, -7,-16; /M: SY='I'; M= -9,-30,-27,-38,-29, 1,-38,-29, 44,-29, 23, 19,-22,-22,-21,-28,-20, -9, 30,-21, -1,-29; /M: SY='C'; M=-12, -4, 61,-15,-18,-20,-21,-16,-28,-13,-22,-18, 2,-32,-16, -6, -5, -8,-16,-42,-24,-18; /M: SY='D'; M=-11, 30,-24, 33, 4,-29, 2, -4,-30, -5,-26,-23, 23,-14, -5, -9, 6, 1,-25,-35,-20, 0; /M: SY='F'; M=-11,-30,-15,-35,-30, 43,-30,-25, 14,-25, 10, 5,-25,-30,-35,-20,-15, -5, 23, -8, 12,-30; /M: SY='L'; M=-10,-28, 9,-32,-25, 1,-32,-25, 16,-30, 27, 11,-25,-30,-22,-25,-23,-10, 10,-27, -7,-25; /M: SY='K'; M=-15, 9,-30, 14, 10,-30,-18, -5,-32, 34,-28,-15, 5,-12, 8, 30, -8,-10,-22,-25,-12, 8; /M: SY='E'; M=-10, 24,-25, 20, 33,-25,-11, 5,-25, 5,-25,-20, 27, -9, 11, 0, 5, -5,-30,-35,-20, 22; /M: SY='R'; M=-14, -8,-28, -9, -5,-15,-19, -7,-14, 2, -8, -7, -1, 3, -3, 17,-11, -8,-17,-26,-14, -7; /M: SY='C'; M=-10,-16, 52,-21,-10,-18,-30,-23,-12,-21,-11,-11,-15,-26,-16,-23,-10,-10, -5,-39,-21,-14; /M: SY='F'; M=-13,-23,-20,-29,-19, 34,-28,-16, 2,-19, 3, 2,-18,-25,-15,-13,-13, -8, 5, -6, 12,-14; /M: SY='R'; M= -3,-13,-23,-18, -7, 1,-18, -8,-18, 5,-11, -7, -7,-19, -1, 23, -7, -8,-12,-13, -3, -5; /I: I=-4; MI=-23; MD=-23; IM=-23; /M: SY='P'; M= -6, -1,-26, 4, 1,-26, 8, -8,-23, -6,-21,-13, -2, 13, 3, -9, -2,-10,-23,-20,-19, 1; D=-4; /I: I=-4; MI=-23; MD=-23; IM=-23; DM=-23; /M: SY='G'; M= 7, -3,-11, -6, -7,-13, 14,-11,-14, -8,-13,-10, 0, -8, -7, -9, 9, 4, -8,-16,-13, -7; D=-4; /I: I=-4; MI=-23; MD=-23; IM=-23; DM=-23; /M: SY='T'; M= 7, -5, -6, -8, -7, -7, -8,-12, -3, -7, -6, -5, -3, -8, -7, -8, 10, 14, 5,-18, -8, -7; D=-4; /I: I=-4; MI=-23; MD=-23; IM=-23; DM=-23; /M: SY='Y'; M=-12,-10,-16,-12,-10, 18,-16, 21, -7,-11, -2, 0, -5,-16, -8, -6,-10, -8, -8, 0, 23,-10; D=-4; /I: I=-4; MI=-23; MD=-23; IM=-23; DM=-23; /M: SY='P'; M= -4, -5,-23, 1, 14,-21,-12, -9,-18, -3,-21,-15, -6, 31, 1, -9, 3, -2,-20,-25,-19, 6; D=-4; /I: I=-4; MI=-23; IM=-23; DM=-23; /M: SY='V'; M= -2,-22,-17,-22,-20, -9,-26,-26, 12,-16, -3, 0,-22, 1,-22,-18, -5, 7, 23,-30,-15,-22; /M: SY='Q'; M= -2,-14, -3,-17, -6,-18,-20,-10,-13, -4, -2, -2,-11,-21, 6, 6, -9, -8,-11,-24,-12, -1; /M: SY='V'; M= -4,-25,-18,-27,-23, -5,-31,-26, 24,-10, 5, 9,-22,-24,-21,-14,-12, -4, 33,-26, -8,-23; /M: SY='Q'; M= -3, -3,-23, -2, 13,-23,-16, -7,-10, -4,-17, -8, 0, -9, 15, -7, 11, 1,-12,-30,-14, 13; /M: SY='K'; M= -8, 0,-30, 2, 16,-32, 0, -6,-31, 18,-26,-13, 0,-10, 14, 8, -4,-12,-26,-22,-17, 15; /M: SY='V'; M= -2,-30,-14,-32,-30, 0,-32,-30, 34,-22, 12, 12,-28,-28,-28,-22,-12, -2, 46,-28, -8,-30; /M: SY='V'; M= 7,-21,-15,-23,-19, -9,-21,-21, 7, -6, -1, 1,-19,-23,-16, 1, -5, -2, 23,-25,-12,-19; /M: SY='K'; M=-12, -9,-30,-11, 1,-24,-25, -8,-10, 19,-15, -1, -5,-14, 15, 19,-10,-10,-11,-20, -8, 6; /M: SY='G'; M= 0,-15,-25,-15,-22,-23, 47,-22,-24,-20,-21,-13, -7,-22,-22,-20, -2,-15,-12,-22,-25,-22; /M: SY='G'; M= 0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20, 0,-20,-20,-20, 0,-20,-30,-20,-30,-20; /M: SY='S'; M= 10, 0,-10, 0, 0,-20, 0,-10,-20,-10,-30,-20, 10,-10, 0,-10, 40, 20,-10,-40,-20, 0; /M: SY='Y'; M= -5, -9,-19,-11,-11, 5,-17, 2, -9,-10,-13, -9, -5,-19, -6,-10, 9, 12, -8, -6, 27,-11; /M: SY='G'; M= 6, -8,-26, -9,-11,-28, 37,-18,-32, -2,-26,-16, -2,-16,-11, -8, -1,-14,-22,-20,-24,-11; /M: SY='K'; M=-12, -2,-30, -2, 8,-28,-20, -8,-30, 45,-28,-10, 0,-12, 10, 39,-10,-10,-20,-20,-10, 8; /M: SY='G'; M= -2, -8,-30, -8,-13,-30, 50,-18,-38, -4,-30,-18, 0,-18,-13, -9, -2,-18,-28,-20,-25,-13; /M: SY='T'; M= 0, 0,-10,-10,-10,-10,-20,-20,-10,-10,-10,-10, 0,-10,-10,-10, 20, 50, 0,-30,-10,-10; /M: SY='T'; M= 6,-13,-12,-21,-17, -7,-19,-18, 6,-12, 1, 11,-13,-17,-12,-14, 2, 16, 14,-26, -9,-15; /M: SY='L'; M= -8,-23,-18,-25,-18, 5,-28,-20, 13,-25, 36, 13,-23,-25,-18,-18,-18, 4, 8,-22, -2,-18; /M: SY='R'; M=-11, -4,-25, -6, 2,-22,-20, -9,-25, 29,-22,-10, 0,-14, 5, 36, -3, 4,-15,-22,-10, 2; /M: SY='G'; M= 0, -8,-26,-10,-18,-26, 54,-20,-35,-18,-26,-18, 0,-18,-18,-18, 4, -8,-25,-22,-26,-18; /M: SY='H'; M=-13, 5,-28, 0, -2,-23, 0, 21,-29, 8,-25,-12, 16,-19, 2, 17, -4,-12,-26,-27, -9, -2; /M: SY='S'; M= 5, 9,-12, 5, 0,-20, 0, -5,-20, -8,-30,-20, 22,-12, 0, -8, 33, 15,-15,-40,-20, 0; /M: SY='D'; M=-15, 32,-25, 47, 8,-31,-15, -7,-24, -5,-21,-21, 8,-15, -7,-12, -2, -8,-12,-38,-18, 1; /M: SY='A'; M= 39,-10,-15,-18,-12,-22, 16,-20,-17,-12,-15,-12, -8,-12,-12,-20, 8, -5, -7,-20,-22,-12; /M: SY='D'; M=-15, 39,-25, 52, 13,-33,-12, -5,-33, -2,-25,-25, 15,-10, -2,-10, 5, 4,-23,-38,-18, 5; /M: SY='L'; M=-10,-30,-20,-30,-20, 10,-30,-20, 20,-30, 50, 20,-30,-30,-20,-20,-30,-10, 10,-20, 0,-20; /M: SY='V'; M= 0,-30,-10,-30,-30, 0,-30,-30, 30,-20, 10, 10,-30,-30,-30,-20,-10, 0, 50,-30,-10,-30; /M: SY='V'; M= -2,-30,-12,-30,-28, 2,-30,-28, 28,-22, 19, 12,-30,-30,-28,-20,-15, -2, 41,-28, -8,-28; /M: SY='F'; M=-18,-30,-22,-40,-30, 62,-32,-22, 12,-30, 12, 5,-20,-28,-35,-22,-20,-10, 7, 3, 23,-30; /M: SY='L'; M=-14,-25,-22,-27,-19, 21,-28, 1, 7,-26, 29, 12,-21,-28,-19,-16,-24,-12, 1,-15, 10,-19; /M: SY='N'; M= -3, 16,-19, 8, 2,-22, -5, -2,-22, 8,-30,-18, 28,-14, 2, 3, 16, 5,-20,-35,-18, 2; /M: SY='N'; M= -9, 11,-26, 10, -2,-21,-14, -9, -8,-10,-18,-13, 12, 0, -6,-14, 3, -2,-13,-34,-17, -6; /M: SY='L'; M=-11,-30,-20,-31,-21, 18,-30,-20, 18,-30, 45, 18,-29,-30,-22,-20,-29,-10, 9,-16, 4,-21; /M: SY='K'; M= -6, -5,-25, -6, 0,-23,-20,-16,-20, 14,-23,-12, -5, 13, -2, 4, 1, 12,-15,-26,-15, -2; /M: SY='T'; M= 2, 0,-15, -4, 1,-21,-12, -9,-16, -5,-20,-12, 4,-10, 10, -5, 23, 24,-11,-32,-14, 5; /M: SY='F'; M=-18,-28,-22,-34,-26, 55,-30,-13, 5,-26, 17, 5,-22,-30,-30,-18,-22,-10, 1, 7, 32,-26; /M: SY='E'; M= -8, 5,-26, 7, 33,-30,-20, 0,-23, 6,-18,-11, 0, -5, 29, 2, 4, 1,-25,-26,-15, 31; /M: SY='D'; M= 1, 27,-22, 37, 10,-32, -6, -6,-30, -4,-25,-24, 11,-10, -2,-12, 9, -2,-20,-35,-20, 4; /M: SY='Q'; M= -8, -7,-25, -7, 8,-31,-22, 1, -8, 3,-13, 2, -7,-15, 39, 3, -2, -8,-12,-22,-10, 24; /M: SY='K'; M= 4,-13,-22,-16, -6,-13,-19,-16, -7, 7, 4, 1,-13,-17, -6, 0,-13, -8, -4,-20, -9, -6; /M: SY='N'; M= 2, 17,-20, 4, -2,-20, -5, 1,-20, 4,-23,-15, 30,-18, 0, 11, 5, -2,-21,-31,-18, -2; /M: SY='R'; M= -9, -9,-23, -7, 6,-15,-18, -7,-16, 4, -6, -7, -5,-17, 3, 19, -2, -3,-13,-26,-12, 2; /M: SY='R'; M=-13, -8,-30, -8, 0,-27, 1, -2,-30, 14,-22,-10, 0,-18, 14, 36, -5,-12,-25,-20,-15, 4; /M: SY='G'; M=-10, 3,-28, -1, -7,-24, 18, 12,-31, -2,-26,-14, 16,-20, -3, 8, -2,-13,-28,-26,-14, -7; /M: SY='E'; M=-12, 15,-30, 23, 31,-32,-18, -4,-32, 24,-26,-18, 5, -6, 11, 10, -4,-10,-26,-28,-16, 21; /M: SY='F'; M=-11,-30,-22,-38,-30, 29,-34,-26, 27,-28, 14, 10,-22,-26,-30,-24,-18, -8, 24,-11, 9,-30; /M: SY='I'; M= -6,-30,-20,-34,-28, 2,-34,-28, 35,-26, 23, 16,-26,-26,-24,-24,-18, -6, 34,-24, -4,-28; /M: SY='E'; M=-12, 14,-30, 20, 25,-34,-18, -3,-31, 24,-26,-15, 5, -8, 17, 11, -4,-10,-26,-27,-15, 21; /M: SY='E'; M= -5, 5,-25, 11, 35,-28,-15, -5,-28, 14,-25,-18, 2, -5, 13, 4, 7, -3,-23,-30,-18, 24; /M: SY='I'; M= -8,-23,-23,-31,-23, 0,-33,-25, 30,-25, 20, 13,-18,-20,-18,-23,-13, 4, 19,-22, -2,-23; /M: SY='R'; M=-13, -6,-30, -6, -2,-25, 0, 11,-32, 16,-25,-11, 2,-18, 3, 28, -8,-14,-24,-22, -9, -2; /M: SY='E'; M= 0, 9,-25, 13, 15,-29,-13, -7,-28, 15,-22,-16, 2,-10, 5, 10, -1, -8,-19,-26,-16, 9; /M: SY='Q'; M=-10, 0,-30, 0, 18,-38,-20, 5,-22, 19,-22, -2, 0,-10, 49, 15, -2,-10,-28,-20,-10, 33; /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;» more |
Numerical results [info]
| Total number of hits | 44 in 34 different sequences |
| Number of true positive hits | 31 in 21 different sequences |
| Number of 'unknown' hits | 0 |
| Number of false positive hits | 13 in 13 different sequences |
| Number of false negative sequences | 0 |
| Number of 'partial' sequences | 0 |
| Precision (true positives / (true positives + false positives)) | 70.45 % |
| Recall (true positives / (true positives + false negatives)) | 100.00 % |
Comments [info]
| Taxonomic range [info] | Eukaryotes, Prokaryotes (Bacteria) |
| Maximum number of repetitions [info] | 3 |
| Matrix type [info] | protein_domain |
| Scaling database [info] | reversed |
| Author [info] | K_Hofmann |
| Version [info] | 8 |
Cross-references [info]
| UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences |
21 sequences
CDNE_RHOMG (G2SLH8), OAS1A_MOUSE (P11928), OAS1A_RAT (Q05961), OAS1B_MOUSE (Q60856), OAS1B_RAT (Q5BKD0), OAS1C_MOUSE (Q924S2), OAS1D_MOUSE (Q8VI95), OAS1_HUMAN (P00973), OAS1_PIG(Q29599), OAS2_BOVIN (F1N3B8), OAS2_HUMAN (P29728), OAS2_MOUSE (E9Q9A9), OAS2_RAT(Q5MYU0), OAS3_HUMAN (Q9Y6K5), OAS3_MOUSE (Q8VI93), OAS3_RAT(Q5MYT7), OASL1_MOUSE (Q8VI94), OASL1_RAT (G3V645), OASL2_MOUSE (Q9Z2F2), OASL2_RAT (Q5MYT9), OASL_HUMAN (Q15646)» more
|
| UniProtKB/Swiss-Prot False positive sequences |
13 sequences
CCA_METAC (Q8TGX2), CCA_PYRAB (Q9V2H1), CCA_SULAC (Q4J9A0), CCA_SULTO (Q973E7), CCA_THEKO (Q5JJ38), CDNC_ECOM1 (D7Y2H2), ILF2_DANRE (Q6NZ06), ILF2_DROME (Q9VG73), ILF2_HUMAN (Q12905), ILF2_MOUSE (Q9CXY6), ILF2_PONAB (Q5RFJ1), ILF2_RAT(Q7TP98), ILF2_XENTR (Q6P8G1)» more |
| PDB [Detailed view] |
10 PDB
1PX5; 4IG8; 4RWN; 4RWO; 4RWP; 4RWQ; 4S3N; 4XQ7; 6E0K; 6E0L |