Entry: PS50152

Forthcoming changes to the profile format
General information about the entry

Entry name [info] 25A_SYNTH_3
Accession [info] PS50152
Entry type [info] MATRIX
Date [info] DEC-2001 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); SEP-2014 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC00653

Name and characterization of the entry

Description [info] 2'-5'-oligoadenylate synthase N-terminal region profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=89;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=84;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=-0.1728; R2=0.01811854; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=-4225.57404; R2=32.09817; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=478; N_SCORE=8.5; H_SCORE=17344; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=368; N_SCORE=6.5; H_SCORE=7587; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=-30; E1=-30; MI=-80; MD=-80; IM=-80; DM=-80;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='E'; M=-10, 13,-28, 12, 28,-30,-15,  3,-25, 15,-24,-14, 14, -9, 23,  8,  1, -8,-28,-28,-16, 26;
/M: SY='E'; M=-11, 13,-28, 22, 30,-31,-19, -1,-23,  4,-19,-14,  1, -8, 18, -3, -1, -9,-20,-30,-17, 24;
/M: SY='Y'; M=-20, -6,-28, -3,-13, 23,-25,  8, -9,-11, -5, -7,-11,-25,-13,-12,-15,-10,-13, 10, 48,-15;
/M: SY='L'; M=-10,-30,-20,-30,-20, 10,-30,-20, 20,-30, 50, 20,-30,-30,-20,-20,-30,-10, 10,-20,  0,-20;
/M: SY='L'; M=  4,-13,-22,-16, -4,-15,-19,-12, -5,  0,  6,  3,-13,-17,  3, -3,-11, -8, -6,-20, -9,  0;
/M: SY='P'; M=-10,-20,-40,-10,  0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10;
/M: SY='N'; M=-15, 29,-25, 23,  0,-14, -9, 10,-20, -2,-23,-18, 32,-20, -2, -5,  1, -5,-25,-24,  3, -2;
/M: SY='T'; M= -2,  2,-18,  1, 12,-20,-15,-11,-20,  5,-20,-15,  2, -8,  3, -1, 15, 19,-13,-31,-15,  7;
/M: SY='C'; M=  7, -6, 27,-11,  1,-21,-16,-17,-22,-12,-18,-17, -7,-17, -8,-16,  6,  2,-11,-35,-22, -4;
/M: SY='F'; M=-15,-19,  9,-24, -9, 32,-28,-18,-14,-21, -4, -9,-15,-25,-24,-18,-13,-10, -9,-13,  5,-14;
/M: SY='Q'; M=-12, -9,-28, -9,  4,-25,-12, -1,-18,  5, -9, -1, -5,-17, 24, 17, -8,-11,-20,-20,-10, 13;
/M: SY='A'; M= 11,  2,-17, -1,  4,-19,-12,-11,-13, -5,-10, -4, -4,-10, -2,-12,  5,  7, -7,-26,-15,  1;
/M: SY='Q'; M= -8,  4,-23,  9,  6,-24,-15, -4,-15, -6, -9, -7,  0,-15, 15, -6,  2, -3,-16,-29,-12, 10;
/M: SY='I'; M= -8,-30,-25,-38,-30,  0,-38,-30, 45,-28, 18, 18,-22,-22,-22,-28,-18, -8, 35,-22, -2,-30;
/M: SY='D'; M=-14, 19,-26, 24,  6,-23,-15, -5,-21,  4,-12,-13, 10,-16, -2, -2, -8, -9,-19,-31,-13,  2;
/M: SY='S'; M=  1,  2,-17,  5, 14,-22, -7,  8,-24, -5,-26,-17,  8, -9,  6, -6, 24,  8,-17,-36,-14,  9;
/M: SY='A'; M= 23,-17,-15,-25,-15, -9,-11,-15,  4,-15, 11, 13,-17,-17,-10,-18, -6, -5,  5,-20,-11,-12;
/M: SY='V'; M= -3,-30,-15,-33,-30,  0,-33,-30, 35,-23, 13, 13,-27,-27,-27,-23,-13, -3, 45,-27, -7,-30;
/M: SY='N'; M= -9, 32,-19, 20,  1,-21, -6,  2,-21, -2,-25,-19, 40,-16, -2, -4, 11, 10,-23,-38,-18, -1;
/M: SY='V'; M= -5,-16,-21,-22,-16, -9,-29,-23, 13, -5, -1,  4,-13,-18,-13, -9, -6,  6, 16,-25, -7,-16;
/M: SY='I'; M= -9,-30,-27,-38,-29,  1,-38,-29, 44,-29, 23, 19,-22,-22,-21,-28,-20, -9, 30,-21, -1,-29;
/M: SY='C'; M=-12, -4, 61,-15,-18,-20,-21,-16,-28,-13,-22,-18,  2,-32,-16, -6, -5, -8,-16,-42,-24,-18;
/M: SY='D'; M=-11, 30,-24, 33,  4,-29,  2, -4,-30, -5,-26,-23, 23,-14, -5, -9,  6,  1,-25,-35,-20,  0;
/M: SY='F'; M=-11,-30,-15,-35,-30, 43,-30,-25, 14,-25, 10,  5,-25,-30,-35,-20,-15, -5, 23, -8, 12,-30;
/M: SY='L'; M=-10,-28,  9,-32,-25,  1,-32,-25, 16,-30, 27, 11,-25,-30,-22,-25,-23,-10, 10,-27, -7,-25;
/M: SY='K'; M=-15,  9,-30, 14, 10,-30,-18, -5,-32, 34,-28,-15,  5,-12,  8, 30, -8,-10,-22,-25,-12,  8;
/M: SY='E'; M=-10, 24,-25, 20, 33,-25,-11,  5,-25,  5,-25,-20, 27, -9, 11,  0,  5, -5,-30,-35,-20, 22;
/M: SY='R'; M=-14, -8,-28, -9, -5,-15,-19, -7,-14,  2, -8, -7, -1,  3, -3, 17,-11, -8,-17,-26,-14, -7;
/M: SY='C'; M=-10,-16, 52,-21,-10,-18,-30,-23,-12,-21,-11,-11,-15,-26,-16,-23,-10,-10, -5,-39,-21,-14;
/M: SY='F'; M=-13,-23,-20,-29,-19, 34,-28,-16,  2,-19,  3,  2,-18,-25,-15,-13,-13, -8,  5, -6, 12,-14;
/M: SY='R'; M= -3,-13,-23,-18, -7,  1,-18, -8,-18,  5,-11, -7, -7,-19, -1, 23, -7, -8,-12,-13, -3, -5;
/I:         I=-4; MI=-23; MD=-23; IM=-23;
/M: SY='P'; M= -6, -1,-26,  4,  1,-26,  8, -8,-23, -6,-21,-13, -2, 13,  3, -9, -2,-10,-23,-20,-19,  1; D=-4;
/I:         I=-4; MI=-23; MD=-23; IM=-23; DM=-23;
/M: SY='G'; M=  7, -3,-11, -6, -7,-13, 14,-11,-14, -8,-13,-10,  0, -8, -7, -9,  9,  4, -8,-16,-13, -7; D=-4;
/I:         I=-4; MI=-23; MD=-23; IM=-23; DM=-23;
/M: SY='T'; M=  7, -5, -6, -8, -7, -7, -8,-12, -3, -7, -6, -5, -3, -8, -7, -8, 10, 14,  5,-18, -8, -7; D=-4;
/I:         I=-4; MI=-23; MD=-23; IM=-23; DM=-23;
/M: SY='Y'; M=-12,-10,-16,-12,-10, 18,-16, 21, -7,-11, -2,  0, -5,-16, -8, -6,-10, -8, -8,  0, 23,-10; D=-4;
/I:         I=-4; MI=-23; MD=-23; IM=-23; DM=-23;
/M: SY='P'; M= -4, -5,-23,  1, 14,-21,-12, -9,-18, -3,-21,-15, -6, 31,  1, -9,  3, -2,-20,-25,-19,  6; D=-4;
/I:         I=-4; MI=-23; IM=-23; DM=-23;
/M: SY='V'; M= -2,-22,-17,-22,-20, -9,-26,-26, 12,-16, -3,  0,-22,  1,-22,-18, -5,  7, 23,-30,-15,-22;
/M: SY='Q'; M= -2,-14, -3,-17, -6,-18,-20,-10,-13, -4, -2, -2,-11,-21,  6,  6, -9, -8,-11,-24,-12, -1;
/M: SY='V'; M= -4,-25,-18,-27,-23, -5,-31,-26, 24,-10,  5,  9,-22,-24,-21,-14,-12, -4, 33,-26, -8,-23;
/M: SY='Q'; M= -3, -3,-23, -2, 13,-23,-16, -7,-10, -4,-17, -8,  0, -9, 15, -7, 11,  1,-12,-30,-14, 13;
/M: SY='K'; M= -8,  0,-30,  2, 16,-32,  0, -6,-31, 18,-26,-13,  0,-10, 14,  8, -4,-12,-26,-22,-17, 15;
/M: SY='V'; M= -2,-30,-14,-32,-30,  0,-32,-30, 34,-22, 12, 12,-28,-28,-28,-22,-12, -2, 46,-28, -8,-30;
/M: SY='V'; M=  7,-21,-15,-23,-19, -9,-21,-21,  7, -6, -1,  1,-19,-23,-16,  1, -5, -2, 23,-25,-12,-19;
/M: SY='K'; M=-12, -9,-30,-11,  1,-24,-25, -8,-10, 19,-15, -1, -5,-14, 15, 19,-10,-10,-11,-20, -8,  6;
/M: SY='G'; M=  0,-15,-25,-15,-22,-23, 47,-22,-24,-20,-21,-13, -7,-22,-22,-20, -2,-15,-12,-22,-25,-22;
/M: SY='G'; M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='S'; M= 10,  0,-10,  0,  0,-20,  0,-10,-20,-10,-30,-20, 10,-10,  0,-10, 40, 20,-10,-40,-20,  0;
/M: SY='Y'; M= -5, -9,-19,-11,-11,  5,-17,  2, -9,-10,-13, -9, -5,-19, -6,-10,  9, 12, -8, -6, 27,-11;
/M: SY='G'; M=  6, -8,-26, -9,-11,-28, 37,-18,-32, -2,-26,-16, -2,-16,-11, -8, -1,-14,-22,-20,-24,-11;
/M: SY='K'; M=-12, -2,-30, -2,  8,-28,-20, -8,-30, 45,-28,-10,  0,-12, 10, 39,-10,-10,-20,-20,-10,  8;
/M: SY='G'; M= -2, -8,-30, -8,-13,-30, 50,-18,-38, -4,-30,-18,  0,-18,-13, -9, -2,-18,-28,-20,-25,-13;
/M: SY='T'; M=  0,  0,-10,-10,-10,-10,-20,-20,-10,-10,-10,-10,  0,-10,-10,-10, 20, 50,  0,-30,-10,-10;
/M: SY='T'; M=  6,-13,-12,-21,-17, -7,-19,-18,  6,-12,  1, 11,-13,-17,-12,-14,  2, 16, 14,-26, -9,-15;
/M: SY='L'; M= -8,-23,-18,-25,-18,  5,-28,-20, 13,-25, 36, 13,-23,-25,-18,-18,-18,  4,  8,-22, -2,-18;
/M: SY='R'; M=-11, -4,-25, -6,  2,-22,-20, -9,-25, 29,-22,-10,  0,-14,  5, 36, -3,  4,-15,-22,-10,  2;
/M: SY='G'; M=  0, -8,-26,-10,-18,-26, 54,-20,-35,-18,-26,-18,  0,-18,-18,-18,  4, -8,-25,-22,-26,-18;
/M: SY='H'; M=-13,  5,-28,  0, -2,-23,  0, 21,-29,  8,-25,-12, 16,-19,  2, 17, -4,-12,-26,-27, -9, -2;
/M: SY='S'; M=  5,  9,-12,  5,  0,-20,  0, -5,-20, -8,-30,-20, 22,-12,  0, -8, 33, 15,-15,-40,-20,  0;
/M: SY='D'; M=-15, 32,-25, 47,  8,-31,-15, -7,-24, -5,-21,-21,  8,-15, -7,-12, -2, -8,-12,-38,-18,  1;
/M: SY='A'; M= 39,-10,-15,-18,-12,-22, 16,-20,-17,-12,-15,-12, -8,-12,-12,-20,  8, -5, -7,-20,-22,-12;
/M: SY='D'; M=-15, 39,-25, 52, 13,-33,-12, -5,-33, -2,-25,-25, 15,-10, -2,-10,  5,  4,-23,-38,-18,  5;
/M: SY='L'; M=-10,-30,-20,-30,-20, 10,-30,-20, 20,-30, 50, 20,-30,-30,-20,-20,-30,-10, 10,-20,  0,-20;
/M: SY='V'; M=  0,-30,-10,-30,-30,  0,-30,-30, 30,-20, 10, 10,-30,-30,-30,-20,-10,  0, 50,-30,-10,-30;
/M: SY='V'; M= -2,-30,-12,-30,-28,  2,-30,-28, 28,-22, 19, 12,-30,-30,-28,-20,-15, -2, 41,-28, -8,-28;
/M: SY='F'; M=-18,-30,-22,-40,-30, 62,-32,-22, 12,-30, 12,  5,-20,-28,-35,-22,-20,-10,  7,  3, 23,-30;
/M: SY='L'; M=-14,-25,-22,-27,-19, 21,-28,  1,  7,-26, 29, 12,-21,-28,-19,-16,-24,-12,  1,-15, 10,-19;
/M: SY='N'; M= -3, 16,-19,  8,  2,-22, -5, -2,-22,  8,-30,-18, 28,-14,  2,  3, 16,  5,-20,-35,-18,  2;
/M: SY='N'; M= -9, 11,-26, 10, -2,-21,-14, -9, -8,-10,-18,-13, 12,  0, -6,-14,  3, -2,-13,-34,-17, -6;
/M: SY='L'; M=-11,-30,-20,-31,-21, 18,-30,-20, 18,-30, 45, 18,-29,-30,-22,-20,-29,-10,  9,-16,  4,-21;
/M: SY='K'; M= -6, -5,-25, -6,  0,-23,-20,-16,-20, 14,-23,-12, -5, 13, -2,  4,  1, 12,-15,-26,-15, -2;
/M: SY='T'; M=  2,  0,-15, -4,  1,-21,-12, -9,-16, -5,-20,-12,  4,-10, 10, -5, 23, 24,-11,-32,-14,  5;
/M: SY='F'; M=-18,-28,-22,-34,-26, 55,-30,-13,  5,-26, 17,  5,-22,-30,-30,-18,-22,-10,  1,  7, 32,-26;
/M: SY='E'; M= -8,  5,-26,  7, 33,-30,-20,  0,-23,  6,-18,-11,  0, -5, 29,  2,  4,  1,-25,-26,-15, 31;
/M: SY='D'; M=  1, 27,-22, 37, 10,-32, -6, -6,-30, -4,-25,-24, 11,-10, -2,-12,  9, -2,-20,-35,-20,  4;
/M: SY='Q'; M= -8, -7,-25, -7,  8,-31,-22,  1, -8,  3,-13,  2, -7,-15, 39,  3, -2, -8,-12,-22,-10, 24;
/M: SY='K'; M=  4,-13,-22,-16, -6,-13,-19,-16, -7,  7,  4,  1,-13,-17, -6,  0,-13, -8, -4,-20, -9, -6;
/M: SY='N'; M=  2, 17,-20,  4, -2,-20, -5,  1,-20,  4,-23,-15, 30,-18,  0, 11,  5, -2,-21,-31,-18, -2;
/M: SY='R'; M= -9, -9,-23, -7,  6,-15,-18, -7,-16,  4, -6, -7, -5,-17,  3, 19, -2, -3,-13,-26,-12,  2;
/M: SY='R'; M=-13, -8,-30, -8,  0,-27,  1, -2,-30, 14,-22,-10,  0,-18, 14, 36, -5,-12,-25,-20,-15,  4;
/M: SY='G'; M=-10,  3,-28, -1, -7,-24, 18, 12,-31, -2,-26,-14, 16,-20, -3,  8, -2,-13,-28,-26,-14, -7;
/M: SY='E'; M=-12, 15,-30, 23, 31,-32,-18, -4,-32, 24,-26,-18,  5, -6, 11, 10, -4,-10,-26,-28,-16, 21;
/M: SY='F'; M=-11,-30,-22,-38,-30, 29,-34,-26, 27,-28, 14, 10,-22,-26,-30,-24,-18, -8, 24,-11,  9,-30;
/M: SY='I'; M= -6,-30,-20,-34,-28,  2,-34,-28, 35,-26, 23, 16,-26,-26,-24,-24,-18, -6, 34,-24, -4,-28;
/M: SY='E'; M=-12, 14,-30, 20, 25,-34,-18, -3,-31, 24,-26,-15,  5, -8, 17, 11, -4,-10,-26,-27,-15, 21;
/M: SY='E'; M= -5,  5,-25, 11, 35,-28,-15, -5,-28, 14,-25,-18,  2, -5, 13,  4,  7, -3,-23,-30,-18, 24;
/M: SY='I'; M= -8,-23,-23,-31,-23,  0,-33,-25, 30,-25, 20, 13,-18,-20,-18,-23,-13,  4, 19,-22, -2,-23;
/M: SY='R'; M=-13, -6,-30, -6, -2,-25,  0, 11,-32, 16,-25,-11,  2,-18,  3, 28, -8,-14,-24,-22, -9, -2;
/M: SY='E'; M=  0,  9,-25, 13, 15,-29,-13, -7,-28, 15,-22,-16,  2,-10,  5, 10, -1, -8,-19,-26,-16,  9;
/M: SY='Q'; M=-10,  0,-30,  0, 18,-38,-20,  5,-22, 19,-22, -2,  0,-10, 49, 15, -2,-10,-28,-20,-10, 33;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2014_10 which contains 546'790 sequence entries.


Total number of hits 40 in 30 different sequences
Number of true positive hits 28 in 18 different sequences
Number of 'unknown' hits
Number of false positive hits 12 in 12 different sequences
Number of false negative sequences 0
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 70.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] K_Hofmann
Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 3
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
18 sequences

OAS1A_MOUSE (P11928), OAS1A_RAT   (Q05961), OAS1B_MOUSE (Q60856), 
OAS1B_RAT   (Q5BKD0), OAS1_HUMAN  (P00973), OAS1_PIG    (Q29599), 
OAS2_BOVIN  (F1N3B8), OAS2_HUMAN  (P29728), OAS2_MOUSE  (E9Q9A9), 
OAS2_RAT    (Q5MYU0), OAS3_HUMAN  (Q9Y6K5), OAS3_MOUSE  (Q8VI93), 
OAS3_RAT    (Q5MYT7), OASL1_MOUSE (Q8VI94), OASL1_RAT   (G3V645), 
OASL2_MOUSE (Q9Z2F2), OASL2_RAT   (Q5MYT9), OASL_HUMAN  (Q15646)
» More

UniProtKB/Swiss-Prot
False positive sequences
12 sequences

CCA_METAC   (Q8TGX2), CCA_PYRAB   (Q9V2H1), CCA_SULAC   (Q4J9A0), 
CCA_SULTO   (Q973E7), CCA_THEKO   (Q5JJ38), ILF2_DANRE  (Q6NZ06), 
ILF2_DROME  (Q9VG73), ILF2_HUMAN  (Q12905), ILF2_MOUSE  (Q9CXY6), 
ILF2_PONAB  (Q5RFJ1), ILF2_RAT    (Q7TP98), ILF2_XENTR  (Q6P8G1)
» More

PDB
[Detailed view]
2 PDB

1PX5; 4IG8

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission