To improve security and privacy, we are moving our web pages and services from HTTP to HTTPS.
To give users of web services time to transition to HTTPS, we will support separate HTTP and HTTPS services until the end of 2017.
From January 2018 most HTTP traffic will be automatically redirected to HTTPS. [more...]
View this page in https
Entry: PS50152

General information about the entry

Entry name [info] 25A_SYNTH_3
Accession [info] PS50152
Entry type [info] MATRIX
Date [info] 01-DEC-2001 CREATED; 10-MAY-2017 DATA UPDATE; 22-NOV-2017 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info] PDOC00653

Name and characterization of the entry

Description [info] 2'-5'-oligoadenylate synthase N-terminal region profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=89;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=84;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=-0.1728000; R2=0.0181185; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=3787.6572266; R2=9.5544357; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=479; H_SCORE=8364; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=369; H_SCORE=7313; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=-30; E1=-30; MI=-80; MD=-80; IM=-80; DM=-80;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='E'; M=-10, 13,-28, 12, 28,-30,-15,  3,-25, 15,-24,-14, 14, -9, 23,  8,  1, -8,-28,-28,-16, 26;
/M: SY='E'; M=-11, 13,-28, 22, 30,-31,-19, -1,-23,  4,-19,-14,  1, -8, 18, -3, -1, -9,-20,-30,-17, 24;
/M: SY='Y'; M=-20, -6,-28, -3,-13, 23,-25,  8, -9,-11, -5, -7,-11,-25,-13,-12,-15,-10,-13, 10, 48,-15;
/M: SY='L'; M=-10,-30,-20,-30,-20, 10,-30,-20, 20,-30, 50, 20,-30,-30,-20,-20,-30,-10, 10,-20,  0,-20;
/M: SY='L'; M=  4,-13,-22,-16, -4,-15,-19,-12, -5,  0,  6,  3,-13,-17,  3, -3,-11, -8, -6,-20, -9,  0;
/M: SY='P'; M=-10,-20,-40,-10,  0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10;
/M: SY='N'; M=-15, 29,-25, 23,  0,-14, -9, 10,-20, -2,-23,-18, 32,-20, -2, -5,  1, -5,-25,-24,  3, -2;
/M: SY='T'; M= -2,  2,-18,  1, 12,-20,-15,-11,-20,  5,-20,-15,  2, -8,  3, -1, 15, 19,-13,-31,-15,  7;
/M: SY='C'; M=  7, -6, 27,-11,  1,-21,-16,-17,-22,-12,-18,-17, -7,-17, -8,-16,  6,  2,-11,-35,-22, -4;
/M: SY='F'; M=-15,-19,  9,-24, -9, 32,-28,-18,-14,-21, -4, -9,-15,-25,-24,-18,-13,-10, -9,-13,  5,-14;
/M: SY='Q'; M=-12, -9,-28, -9,  4,-25,-12, -1,-18,  5, -9, -1, -5,-17, 24, 17, -8,-11,-20,-20,-10, 13;
/M: SY='A'; M= 11,  2,-17, -1,  4,-19,-12,-11,-13, -5,-10, -4, -4,-10, -2,-12,  5,  7, -7,-26,-15,  1;
/M: SY='Q'; M= -8,  4,-23,  9,  6,-24,-15, -4,-15, -6, -9, -7,  0,-15, 15, -6,  2, -3,-16,-29,-12, 10;
/M: SY='I'; M= -8,-30,-25,-38,-30,  0,-38,-30, 45,-28, 18, 18,-22,-22,-22,-28,-18, -8, 35,-22, -2,-30;
/M: SY='D'; M=-14, 19,-26, 24,  6,-23,-15, -5,-21,  4,-12,-13, 10,-16, -2, -2, -8, -9,-19,-31,-13,  2;
/M: SY='S'; M=  1,  2,-17,  5, 14,-22, -7,  8,-24, -5,-26,-17,  8, -9,  6, -6, 24,  8,-17,-36,-14,  9;
/M: SY='A'; M= 23,-17,-15,-25,-15, -9,-11,-15,  4,-15, 11, 13,-17,-17,-10,-18, -6, -5,  5,-20,-11,-12;
/M: SY='V'; M= -3,-30,-15,-33,-30,  0,-33,-30, 35,-23, 13, 13,-27,-27,-27,-23,-13, -3, 45,-27, -7,-30;
/M: SY='N'; M= -9, 32,-19, 20,  1,-21, -6,  2,-21, -2,-25,-19, 40,-16, -2, -4, 11, 10,-23,-38,-18, -1;
/M: SY='V'; M= -5,-16,-21,-22,-16, -9,-29,-23, 13, -5, -1,  4,-13,-18,-13, -9, -6,  6, 16,-25, -7,-16;
/M: SY='I'; M= -9,-30,-27,-38,-29,  1,-38,-29, 44,-29, 23, 19,-22,-22,-21,-28,-20, -9, 30,-21, -1,-29;
/M: SY='C'; M=-12, -4, 61,-15,-18,-20,-21,-16,-28,-13,-22,-18,  2,-32,-16, -6, -5, -8,-16,-42,-24,-18;
/M: SY='D'; M=-11, 30,-24, 33,  4,-29,  2, -4,-30, -5,-26,-23, 23,-14, -5, -9,  6,  1,-25,-35,-20,  0;
/M: SY='F'; M=-11,-30,-15,-35,-30, 43,-30,-25, 14,-25, 10,  5,-25,-30,-35,-20,-15, -5, 23, -8, 12,-30;
/M: SY='L'; M=-10,-28,  9,-32,-25,  1,-32,-25, 16,-30, 27, 11,-25,-30,-22,-25,-23,-10, 10,-27, -7,-25;
/M: SY='K'; M=-15,  9,-30, 14, 10,-30,-18, -5,-32, 34,-28,-15,  5,-12,  8, 30, -8,-10,-22,-25,-12,  8;
/M: SY='E'; M=-10, 24,-25, 20, 33,-25,-11,  5,-25,  5,-25,-20, 27, -9, 11,  0,  5, -5,-30,-35,-20, 22;
/M: SY='R'; M=-14, -8,-28, -9, -5,-15,-19, -7,-14,  2, -8, -7, -1,  3, -3, 17,-11, -8,-17,-26,-14, -7;
/M: SY='C'; M=-10,-16, 52,-21,-10,-18,-30,-23,-12,-21,-11,-11,-15,-26,-16,-23,-10,-10, -5,-39,-21,-14;
/M: SY='F'; M=-13,-23,-20,-29,-19, 34,-28,-16,  2,-19,  3,  2,-18,-25,-15,-13,-13, -8,  5, -6, 12,-14;
/M: SY='R'; M= -3,-13,-23,-18, -7,  1,-18, -8,-18,  5,-11, -7, -7,-19, -1, 23, -7, -8,-12,-13, -3, -5;
/I:         I=-4; MI=-23; MD=-23; IM=-23;
/M: SY='P'; M= -6, -1,-26,  4,  1,-26,  8, -8,-23, -6,-21,-13, -2, 13,  3, -9, -2,-10,-23,-20,-19,  1; D=-4;
/I:         I=-4; MI=-23; MD=-23; IM=-23; DM=-23;
/M: SY='G'; M=  7, -3,-11, -6, -7,-13, 14,-11,-14, -8,-13,-10,  0, -8, -7, -9,  9,  4, -8,-16,-13, -7; D=-4;
/I:         I=-4; MI=-23; MD=-23; IM=-23; DM=-23;
/M: SY='T'; M=  7, -5, -6, -8, -7, -7, -8,-12, -3, -7, -6, -5, -3, -8, -7, -8, 10, 14,  5,-18, -8, -7; D=-4;
/I:         I=-4; MI=-23; MD=-23; IM=-23; DM=-23;
/M: SY='Y'; M=-12,-10,-16,-12,-10, 18,-16, 21, -7,-11, -2,  0, -5,-16, -8, -6,-10, -8, -8,  0, 23,-10; D=-4;
/I:         I=-4; MI=-23; MD=-23; IM=-23; DM=-23;
/M: SY='P'; M= -4, -5,-23,  1, 14,-21,-12, -9,-18, -3,-21,-15, -6, 31,  1, -9,  3, -2,-20,-25,-19,  6; D=-4;
/I:         I=-4; MI=-23; IM=-23; DM=-23;
/M: SY='V'; M= -2,-22,-17,-22,-20, -9,-26,-26, 12,-16, -3,  0,-22,  1,-22,-18, -5,  7, 23,-30,-15,-22;
/M: SY='Q'; M= -2,-14, -3,-17, -6,-18,-20,-10,-13, -4, -2, -2,-11,-21,  6,  6, -9, -8,-11,-24,-12, -1;
/M: SY='V'; M= -4,-25,-18,-27,-23, -5,-31,-26, 24,-10,  5,  9,-22,-24,-21,-14,-12, -4, 33,-26, -8,-23;
/M: SY='Q'; M= -3, -3,-23, -2, 13,-23,-16, -7,-10, -4,-17, -8,  0, -9, 15, -7, 11,  1,-12,-30,-14, 13;
/M: SY='K'; M= -8,  0,-30,  2, 16,-32,  0, -6,-31, 18,-26,-13,  0,-10, 14,  8, -4,-12,-26,-22,-17, 15;
/M: SY='V'; M= -2,-30,-14,-32,-30,  0,-32,-30, 34,-22, 12, 12,-28,-28,-28,-22,-12, -2, 46,-28, -8,-30;
/M: SY='V'; M=  7,-21,-15,-23,-19, -9,-21,-21,  7, -6, -1,  1,-19,-23,-16,  1, -5, -2, 23,-25,-12,-19;
/M: SY='K'; M=-12, -9,-30,-11,  1,-24,-25, -8,-10, 19,-15, -1, -5,-14, 15, 19,-10,-10,-11,-20, -8,  6;
/M: SY='G'; M=  0,-15,-25,-15,-22,-23, 47,-22,-24,-20,-21,-13, -7,-22,-22,-20, -2,-15,-12,-22,-25,-22;
/M: SY='G'; M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='S'; M= 10,  0,-10,  0,  0,-20,  0,-10,-20,-10,-30,-20, 10,-10,  0,-10, 40, 20,-10,-40,-20,  0;
/M: SY='Y'; M= -5, -9,-19,-11,-11,  5,-17,  2, -9,-10,-13, -9, -5,-19, -6,-10,  9, 12, -8, -6, 27,-11;
/M: SY='G'; M=  6, -8,-26, -9,-11,-28, 37,-18,-32, -2,-26,-16, -2,-16,-11, -8, -1,-14,-22,-20,-24,-11;
/M: SY='K'; M=-12, -2,-30, -2,  8,-28,-20, -8,-30, 45,-28,-10,  0,-12, 10, 39,-10,-10,-20,-20,-10,  8;
/M: SY='G'; M= -2, -8,-30, -8,-13,-30, 50,-18,-38, -4,-30,-18,  0,-18,-13, -9, -2,-18,-28,-20,-25,-13;
/M: SY='T'; M=  0,  0,-10,-10,-10,-10,-20,-20,-10,-10,-10,-10,  0,-10,-10,-10, 20, 50,  0,-30,-10,-10;
/M: SY='T'; M=  6,-13,-12,-21,-17, -7,-19,-18,  6,-12,  1, 11,-13,-17,-12,-14,  2, 16, 14,-26, -9,-15;
/M: SY='L'; M= -8,-23,-18,-25,-18,  5,-28,-20, 13,-25, 36, 13,-23,-25,-18,-18,-18,  4,  8,-22, -2,-18;
/M: SY='R'; M=-11, -4,-25, -6,  2,-22,-20, -9,-25, 29,-22,-10,  0,-14,  5, 36, -3,  4,-15,-22,-10,  2;
/M: SY='G'; M=  0, -8,-26,-10,-18,-26, 54,-20,-35,-18,-26,-18,  0,-18,-18,-18,  4, -8,-25,-22,-26,-18;
/M: SY='H'; M=-13,  5,-28,  0, -2,-23,  0, 21,-29,  8,-25,-12, 16,-19,  2, 17, -4,-12,-26,-27, -9, -2;
/M: SY='S'; M=  5,  9,-12,  5,  0,-20,  0, -5,-20, -8,-30,-20, 22,-12,  0, -8, 33, 15,-15,-40,-20,  0;
/M: SY='D'; M=-15, 32,-25, 47,  8,-31,-15, -7,-24, -5,-21,-21,  8,-15, -7,-12, -2, -8,-12,-38,-18,  1;
/M: SY='A'; M= 39,-10,-15,-18,-12,-22, 16,-20,-17,-12,-15,-12, -8,-12,-12,-20,  8, -5, -7,-20,-22,-12;
/M: SY='D'; M=-15, 39,-25, 52, 13,-33,-12, -5,-33, -2,-25,-25, 15,-10, -2,-10,  5,  4,-23,-38,-18,  5;
/M: SY='L'; M=-10,-30,-20,-30,-20, 10,-30,-20, 20,-30, 50, 20,-30,-30,-20,-20,-30,-10, 10,-20,  0,-20;
/M: SY='V'; M=  0,-30,-10,-30,-30,  0,-30,-30, 30,-20, 10, 10,-30,-30,-30,-20,-10,  0, 50,-30,-10,-30;
/M: SY='V'; M= -2,-30,-12,-30,-28,  2,-30,-28, 28,-22, 19, 12,-30,-30,-28,-20,-15, -2, 41,-28, -8,-28;
/M: SY='F'; M=-18,-30,-22,-40,-30, 62,-32,-22, 12,-30, 12,  5,-20,-28,-35,-22,-20,-10,  7,  3, 23,-30;
/M: SY='L'; M=-14,-25,-22,-27,-19, 21,-28,  1,  7,-26, 29, 12,-21,-28,-19,-16,-24,-12,  1,-15, 10,-19;
/M: SY='N'; M= -3, 16,-19,  8,  2,-22, -5, -2,-22,  8,-30,-18, 28,-14,  2,  3, 16,  5,-20,-35,-18,  2;
/M: SY='N'; M= -9, 11,-26, 10, -2,-21,-14, -9, -8,-10,-18,-13, 12,  0, -6,-14,  3, -2,-13,-34,-17, -6;
/M: SY='L'; M=-11,-30,-20,-31,-21, 18,-30,-20, 18,-30, 45, 18,-29,-30,-22,-20,-29,-10,  9,-16,  4,-21;
/M: SY='K'; M= -6, -5,-25, -6,  0,-23,-20,-16,-20, 14,-23,-12, -5, 13, -2,  4,  1, 12,-15,-26,-15, -2;
/M: SY='T'; M=  2,  0,-15, -4,  1,-21,-12, -9,-16, -5,-20,-12,  4,-10, 10, -5, 23, 24,-11,-32,-14,  5;
/M: SY='F'; M=-18,-28,-22,-34,-26, 55,-30,-13,  5,-26, 17,  5,-22,-30,-30,-18,-22,-10,  1,  7, 32,-26;
/M: SY='E'; M= -8,  5,-26,  7, 33,-30,-20,  0,-23,  6,-18,-11,  0, -5, 29,  2,  4,  1,-25,-26,-15, 31;
/M: SY='D'; M=  1, 27,-22, 37, 10,-32, -6, -6,-30, -4,-25,-24, 11,-10, -2,-12,  9, -2,-20,-35,-20,  4;
/M: SY='Q'; M= -8, -7,-25, -7,  8,-31,-22,  1, -8,  3,-13,  2, -7,-15, 39,  3, -2, -8,-12,-22,-10, 24;
/M: SY='K'; M=  4,-13,-22,-16, -6,-13,-19,-16, -7,  7,  4,  1,-13,-17, -6,  0,-13, -8, -4,-20, -9, -6;
/M: SY='N'; M=  2, 17,-20,  4, -2,-20, -5,  1,-20,  4,-23,-15, 30,-18,  0, 11,  5, -2,-21,-31,-18, -2;
/M: SY='R'; M= -9, -9,-23, -7,  6,-15,-18, -7,-16,  4, -6, -7, -5,-17,  3, 19, -2, -3,-13,-26,-12,  2;
/M: SY='R'; M=-13, -8,-30, -8,  0,-27,  1, -2,-30, 14,-22,-10,  0,-18, 14, 36, -5,-12,-25,-20,-15,  4;
/M: SY='G'; M=-10,  3,-28, -1, -7,-24, 18, 12,-31, -2,-26,-14, 16,-20, -3,  8, -2,-13,-28,-26,-14, -7;
/M: SY='E'; M=-12, 15,-30, 23, 31,-32,-18, -4,-32, 24,-26,-18,  5, -6, 11, 10, -4,-10,-26,-28,-16, 21;
/M: SY='F'; M=-11,-30,-22,-38,-30, 29,-34,-26, 27,-28, 14, 10,-22,-26,-30,-24,-18, -8, 24,-11,  9,-30;
/M: SY='I'; M= -6,-30,-20,-34,-28,  2,-34,-28, 35,-26, 23, 16,-26,-26,-24,-24,-18, -6, 34,-24, -4,-28;
/M: SY='E'; M=-12, 14,-30, 20, 25,-34,-18, -3,-31, 24,-26,-15,  5, -8, 17, 11, -4,-10,-26,-27,-15, 21;
/M: SY='E'; M= -5,  5,-25, 11, 35,-28,-15, -5,-28, 14,-25,-18,  2, -5, 13,  4,  7, -3,-23,-30,-18, 24;
/M: SY='I'; M= -8,-23,-23,-31,-23,  0,-33,-25, 30,-25, 20, 13,-18,-20,-18,-23,-13,  4, 19,-22, -2,-23;
/M: SY='R'; M=-13, -6,-30, -6, -2,-25,  0, 11,-32, 16,-25,-11,  2,-18,  3, 28, -8,-14,-24,-22, -9, -2;
/M: SY='E'; M=  0,  9,-25, 13, 15,-29,-13, -7,-28, 15,-22,-16,  2,-10,  5, 10, -1, -8,-19,-26,-16,  9;
/M: SY='Q'; M=-10,  0,-30,  0, 18,-38,-20,  5,-22, 19,-22, -2,  0,-10, 49, 15, -2,-10,-28,-20,-10, 33;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2017_11 which contains 556'196 sequence entries.


Total number of hits 42 in 32 different sequences
Number of true positive hits 30 in 20 different sequences
Number of 'unknown' hits 0
Number of false positive hits 12 in 12 different sequences
Number of false negative sequences 0
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 71.43 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] K_Hofmann
Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 3
Version [info] 5

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
20 sequences

OAS1A_MOUSE (P11928    ), OAS1A_RAT   (Q05961    ), OAS1B_MOUSE (Q60856    ), 
OAS1B_RAT   (Q5BKD0    ), OAS1C_MOUSE (Q924S2    ), OAS1D_MOUSE (Q8VI95    ), 
OAS1_HUMAN  (P00973    ), OAS1_PIG    (Q29599    ), OAS2_BOVIN  (F1N3B8    ), 
OAS2_HUMAN  (P29728    ), OAS2_MOUSE  (E9Q9A9    ), OAS2_RAT    (Q5MYU0    ), 
OAS3_HUMAN  (Q9Y6K5    ), OAS3_MOUSE  (Q8VI93    ), OAS3_RAT    (Q5MYT7    ), 
OASL1_MOUSE (Q8VI94    ), OASL1_RAT   (G3V645    ), OASL2_MOUSE (Q9Z2F2    ), 
OASL2_RAT   (Q5MYT9    ), OASL_HUMAN  (Q15646    )
» more

UniProtKB/Swiss-Prot
False positive sequences
12 sequences

CCA_METAC   (Q8TGX2    ), CCA_PYRAB   (Q9V2H1    ), CCA_SULAC   (Q4J9A0    ), 
CCA_SULTO   (Q973E7    ), CCA_THEKO   (Q5JJ38    ), ILF2_DANRE  (Q6NZ06    ), 
ILF2_DROME  (Q9VG73    ), ILF2_HUMAN  (Q12905    ), ILF2_MOUSE  (Q9CXY6    ), 
ILF2_PONAB  (Q5RFJ1    ), ILF2_RAT    (Q7TP98    ), ILF2_XENTR  (Q6P8G1    )
» more

PDB
[Detailed view]
8 PDB

1PX5; 4IG8; 4RWN; 4RWO; 4RWP; 4RWQ; 4S3N; 4XQ7

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission