Entry: PS50168

Forthcoming changes to the profile format
General information about the entry

Entry name [info] DED
Accession [info] PS50168
Entry type [info] MATRIX
Date [info] DEC-2001 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); SEP-2014 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC50168
Associated ProRule [info] PRU00065

Name and characterization of the entry

Description [info] Death effector domain (DED) profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=79;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=74;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=.8021; R2=.02218110; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=2817.23846; R2=17.54615; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=347; N_SCORE=8.5; H_SCORE=8116; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=256; N_SCORE=6.5; H_SCORE=7327; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=-50; E1=-50; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; MM=1; M0=-1;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='P'; M= -6, -4,-26,  0,  2,-21,-18,-11,-11, -6,-12, -5, -8,  9, -1, -8, -4, -4,-12,-28,-16, -1;
/M: SY='Y'; M=-14,-18,-23,-21,-17, 27,-24,  3, -5,-17, -1, -3,-13,-20,-16,-13, -9, -3, -8,  2, 33,-18;
/M: SY='R'; M=-10,-12,-25,-13, -6,-13,-13, -4,-19, 10,-11, -6, -6,-20, -2, 27, -9, -9,-11,-21, -8, -6;
/M: SY='T'; M= -7, -7,-14, -7, -3,-13,-21,-12, -7, -6, -6, -6, -7,-14, -5, -6, -3,  2, -3,-26, -8, -5;
/M: SY='L'; M= -8,-18,-18,-21,-15,  4,-24,-16,  6,-16, 17,  9,-15,-23,-12,-12,-12,  1,  5,-22, -3,-13;
/M: SY='L'; M= -9,-28,-20,-31,-23,  8,-29,-18, 24,-25, 34, 26,-26,-27,-18,-19,-24, -9, 17,-20,  0,-21;
/M: SY='Y'; M= -4,-18,-22,-21,-14,  1,-23,  2,  1,-12,  4,  3,-15,-23, -7, -6,-12, -8,  0,-12, 11,-12;
/M: SY='B'; M= -4,  9,-15,  9,  6,-24,-13,  5,-20, -6,-18,-12,  8,-14,  5, -8,  3, -5,-18,-32,-13,  5;
/M: SY='I'; M= -7,-28,-21,-33,-26,  2,-34,-27, 34,-26, 24, 16,-24,-24,-22,-24,-18, -4, 28,-23, -3,-26;
/M: SY='N'; M= -4,  5,-21,  2, -2,-17,  5, -8,-20,-10,-17,-14,  9,-16, -6,-10,  8,  4,-17,-28,-13, -4;
/M: SY='E'; M= -6, 15,-24, 15, 21,-21,-10, -2,-24,  0,-22,-18, 14,-10,  7, -5,  6, -2,-24,-30,-16, 14;
/M: SY='N'; M= -4, 11,-22,  7, 10,-18, -5,  3,-21, -4,-21,-12, 16,-13,  4, -6,  8, -2,-21,-31,-14,  7;
/M: SY='L'; M= -9,-30,-21,-33,-24, 12,-32,-23, 26,-29, 37, 17,-27,-28,-23,-22,-25, -9, 18,-19,  1,-24;
/M: SY='D'; M= -8, 23,-22, 29,  5,-28, -1, -8,-29, -6,-26,-22, 14,-12, -4,-11, 12,  7,-20,-36,-19,  0;
/M: SY='S'; M=  1,  4,-19,  6,  3,-22, -8,-10,-19, -3,-17,-14,  2,-13,  0, -4, 10,  3,-11,-31,-16,  1;
/M: SY='E'; M= -7, 12,-24, 16, 26,-28,-12,  2,-27,  7,-25,-18, 10, -8, 12,  0,  9, -2,-24,-33,-17, 19;
/M: SY='D'; M=-14, 29,-29, 42, 39,-34,-15,  1,-34,  5,-25,-24, 12, -5, 10, -4,  1, -9,-30,-35,-20, 25;
/I:         I=-8; MI=-10; MD=-29; IM=-10;
/M: SY='L'; M= -8,-15,-19,-15, -9, -4,-24,-10,  4,-12, 14,  8,-15,-21,-10, -7,-13, -2,  5,-23, -5,-10; D=-6;
/I:         DM=-29;
/M: SY='E'; M= -4, -6,-24, -5, 13,-12,-19, -7,-13,  3,-10, -7, -6,-12,  2,  0, -3, -4,-12,-20, -5,  6;
/M: SY='S'; M= -6, -3,-11, -4,  1,-18,-17, -9,-13, -4,-11, -7, -2,-17,  1,  0,  3,  1, -8,-31,-14,  1;
/M: SY='L'; M=-11,-27,-21,-30,-21, 11,-28,-15, 17,-22, 32, 22,-25,-27,-16,-13,-24, -9, 10,-16,  5,-19;
/M: SY='M'; M=-11,-16,-17,-18,-10, -7,-26,-12, -3,  5,  3,  6,-14,-21, -6,  2,-18,-10, -4,-17,  2, -9;
/M: SY='F'; M=-17,-27,-12,-35,-27, 63,-28,-18, -3,-27,  5, -3,-18,-29,-35,-19,-15, -8, -2,  4, 25,-27;
/M: SY='L'; M= -2,-27,-20,-30,-20,  5,-27,-21, 20,-27, 38, 16,-26,-26,-19,-21,-23, -9, 11,-20, -3,-20;
/M: SY='C'; M= -8,-21, 57,-28,-24,-11,-27,-24,-10,-27,  0, -4,-19,-32,-23,-25,-11, -7, -2,-39,-19,-24;
/M: SY='R'; M= -7,  3,-25,  0,  0,-21,-16, -1,-16,  9,-13, -4,  5,-16,  4, 12, -6, -8,-15,-25,-10,  1;
/M: SY='D'; M=-11, 15,-30, 23, 13,-31,  3, -6,-30, -5,-23,-20,  7, -2,  1,-10, -2,-11,-28,-31,-21,  6;
/M: SY='Y'; M=-10, -8,-14, -9, -7, -1,-21, -5,-10, -5, -6, -6, -7,-22, -9, -1, -9, -6, -7,-15,  7, -9;
/M: SY='I'; M= -2,-26,-22,-32,-23,  3,-29,-24, 25,-24, 18, 13,-22,-17,-20,-23,-16, -7, 18,-20, -4,-23;
/M: SY='P'; M= -6,-14,-31, -9, -2,-25, -6,-17,-18, -9,-23,-15,-11, 37, -8,-15, -2, -7,-21,-29,-24, -8;
/I:         MD=-18;
/M: SY='R'; M= -6,  1,-24,  0,  2,-22,-10, -6,-22, 13,-21,-12,  5, -8,  4, 14,  0, -5,-18,-25,-14,  2; D=-4;
/I:         MD=-18;
/M: SY='R'; M= -6, -2,-10, -2,  2,-17, -8, -2,-18,  4,-17,-10,  2, -6,  0,  5,  1, -4,-13,-22,-12,  0; D=-4;
/I:         I=-5; MI=0; MD=-18; IM=0; DM=-18;
/M: SY='K'; M= -1, -2,-13, -2,  4,-13,-10, -6,-11, 16,-11, -4, -2, -6,  2,  8, -4, -4, -5,-11, -6,  3; D=-4;
/I:         DM=-18;
/M: SY='L'; M=  0,-11,-14,-11, -6, -7,-12,-11,  1,-11,  4,  0,-10,  0, -5,-11, -3, -2, -2,-17, -8, -6; D=-4;
/I:         DM=-18;
/M: SY='E'; M=  1,  3, -7,  5, 11,-19,  0, -7,-20, -4,-16,-14,  1, -7,  0, -7,  7, -2,-14,-22,-15,  6; D=-4;
/I:         DM=-18;
/M: SY='E'; M= -7,  1,-21,  4, 12,-20,-15, -8,-18,  8,-17,-12, -2,  3,  3,  4,  1,  1,-14,-23,-13,  6; D=-4;
/I:         DM=-18;
/M: SY='S'; M= -4, -8,-15, -8, -3,-12,-18,-15, -5,-10,-13, -9, -6, -4, -8,-13,  4,  0, -3,-28,-13, -6; D=-4;
/I:         DM=-18;
/M: SY='K'; M= -7, -7,-13,-10, -2,-21,-19,-10,-15, 11,-17, -1, -5,-11,  5,  7, -1,  1,-10,-26,-12,  1;
/M: SY='N'; M= -4,  7, -2,  0, -4,-18,-13,-10,-16, -8,-20,-15, 14,-16, -5, -6, 12, 12,-12,-36,-17, -5;
/M: SY='A'; M=  4,-18,-11,-23,-19,  4, -7,-18, -5,-20,  2, -3,-15,-23,-20,-19, -6, -4,  0,-17, -3,-19;
/M: SY='L'; M= -6,-18,-10,-18,-10, -5,-24,-17,  2,-15, 12,  2,-17,-23,-13, -8, -9, -2,  6,-28,-10,-12;
/M: SY='D'; M= -9, 27,-25, 35, 12,-30,-11, -3,-26, -1,-22,-18, 12,-12,  2, -5,  2, -6,-19,-35,-18,  6;
/M: SY='L'; M= -4,-29,-24,-33,-23, 16,-26,-23, 11,-25, 19,  6,-26,-26,-22,-21,-22,-11,  6,  8,  6,-22;
/M: SY='F'; M= -6,-25,-16,-29,-23, 27,-25,-21,  8,-24, 13,  4,-20,-26,-26,-19,-11, -3, 12,-14,  5,-23;
/M: SY='S'; M= -4,  0,-16,  0,  0,-20,-15,-10,-15, -2,-16,-12,  1,-10, -1, -1,  5,  0,-11,-31,-16, -2;
/M: SY='F'; M=  2,-15,-19,-20, -9,  5,-19, -9, -2,-14,  3,  3,-12,-18,-12,-12, -6, -3, -1,-18, -2,-10;
/M: SY='L'; M=-10,-29,-21,-31,-21,  9,-30,-19, 22,-29, 46, 22,-29,-29,-19,-20,-29,-10, 11,-20,  0,-20;
/M: SY='E'; M= -8, -2,-17,  2, 27,-22,-21, -6,-17, -1,-10,-10, -5,-10, 10, -3, -2, -7,-17,-29,-16, 18;
/M: SY='E'; M= -8, 14,-26, 18, 23,-29,-14, -3,-28, 15,-25,-18, 10, -9, 10,  7,  2, -6,-24,-30,-17, 17;
/M: SY='Q'; M= -7,-12,-23,-13, -3,-13,-22,  1, -7, -1, -2,  4,-10,-19,  6,  5, -9, -5, -5,-20, -2,  0;
/M: SY='N'; M= -3,  2,-24, -1, -5,-20,  5,  4,-21, -5,-17,-11,  9,-19, -5, -1, -2,-10,-18,-27,-14, -6;
/M: SY='M'; M= -4,-11,-13,-13, -9,-12,-21,-15, -2, -4,  2,  5,-12,-20, -8, -7, -9, -5,  0,-26, -9, -9;
/M: SY='L'; M= -8,-26,-21,-28,-19,  2,-30,-22, 19,-19, 30, 15,-25,-26,-18,-15,-23, -8, 15,-22, -3,-19;
/M: SY='S'; M=  0,  6,-21,  9,  8,-25,  4, -9,-27, -5,-25,-19,  6,-11, -1, -6, 15,  4,-19,-32,-20,  4;
/M: SY='P'; M= -5,-10,-19, -7,  7,-22,-16,-15,-18,  0,-16,-12,-11, 12, -4, -6, -6, -5,-16,-28,-19,  0;
/M: SY='D'; M= -2,  9,-25, 14,  4,-28,  2, -8,-23, -8,-19,-15,  3,-13,  2,-11,  4, -6,-18,-29,-18,  3;
/M: SY='N'; M= -8, 13,-16,  9, -1,-22,-11,  2,-21, -1,-24,-16, 17,-17,  0, -4,  1, -6,-21,-22,-12, -1;
/M: SY='L'; M= -9,-17,-22,-17,-12, -3,-26,-13,  7,-18, 19, 10,-19,-18, -8,-14,-17, -5,  3,-21, -2,-10;
/I:         I=-5; MI=-27; MD=-27; IM=-27;
/M: SY='S'; M= -4,  4,-16,  6,  0,-12, -7, -9,-13, -8,-15,-12,  2, -4, -5,-10,  9,  6, -9,-23,-11, -3; D=-5;
/I:         I=-5; MI=-27; MD=-27; IM=-27; DM=-27;
/M: SY='F'; M= -8,-21,  2,-25,-20, 12,-24,-17, 11,-21, 12,  5,-18,-22,-20,-17,-14, -6, 11,-14,  2,-20; D=-5;
/I:         I=-5; MI=-27; MD=-27; IM=-27; DM=-27;
/M: SY='L'; M= -9,-24,-17,-26,-18, 12,-25,-17, 17,-24, 36, 15,-23,-24,-17,-17,-23, -8,  9,-14,  2,-18; D=-5;
/I:         I=-5; MI=-27; IM=-27; DM=-27;
/M: SY='K'; M=  2, -8,-23, -9,  7,-19,-18,-10,-10,  8,-10,  0, -9,-13,  2,  5, -5, -7, -5,-23,-13,  4;
/M: SY='E'; M=-12,  9,-28, 14, 28,-27,-19, 10,-28,  9,-21,-14,  4, -8, 14,  6, -1, -4,-25,-29,-11, 20;
/M: SY='L'; M= -9,-27,  4,-31,-23,  2,-30,-21, 14,-27, 30, 16,-26,-30,-20,-22,-23, -9, 11,-26, -6,-22;
/M: SY='L'; M=-11,-28, -4,-31,-23, 16,-29,-20, 11,-29, 35, 15,-27,-31,-23,-21,-26,-10,  6,-19,  1,-22;
/M: SY='Y'; M= -6,-10,-19,-13, -4,  0,-21,  2,-16,  5,-12, -7, -9,-19, -5,  2, -9, -6,-13, -7, 16, -6;
/M: SY='T'; M= -1, -9,-21,-15, -8,-16,-20,-12, -1, -5, -8, -2, -5,-16,  3,  0,  1,  4,  1,-25,-10, -4;
/M: SY='I'; M= -6,-28,-21,-31,-24,  2,-31,-25, 30,-26, 24, 15,-23,-25,-21,-23,-17, -6, 24,-24, -4,-24;
/M: SY='R'; M=-13, -5,-19, -7, -5,-22, -4,  6,-26,  6,-21,-10,  4,-21,  4, 23, -5,-11,-20,-25,-12, -3;
/M: SY='R'; M=-18, -9,-31, -8,  2,-23,-20, -2,-29, 29,-22,-10, -1,-12, 11, 57, -9,-10,-21,-21,-11,  3;
/I:         I=-6; MI=-32; MD=-32; IM=-32;
/M: SY='M'; M= -7,-18,-21,-21,-14,  7,-21, -5,  4,-14,  6,  8,-14,-11,-12,-13,-12, -7, -1,-13,  5,-14; D=-6;
/I:         I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='D'; M=-16, 38,-29, 53, 15,-37, -5, -3,-38,  3,-30,-27, 16,-11,  0, -6,  1, -9,-28,-37,-20,  7;
/M: SY='L'; M=-10,-30,-20,-31,-21,  9,-31,-21, 22,-30, 46, 20,-29,-29,-20,-21,-28,-10, 13,-20,  0,-21;
/M: SY='L'; M= -4,-25,-11,-27,-19,  1,-26,-21, 13,-23, 28, 11,-24,-27,-18,-18,-19, -6, 11,-24, -6,-19;
/M: SY='R'; M=-10, -7,-26, -9,  1,-21,-22, -9,-16, 20,-14, -4, -5,-15,  9, 21, -7, -2,-11,-22, -9,  4;
/M: SY='N'; M= -5, -1,-21, -8, -6,-16,-15, -1, -9,  1,-12,  1,  6,-17,  2,  6,  1,  1, -8,-27,-10, -4;
/M: SY='I'; M=-10,-28,-23,-32,-24,  3,-33,-22, 28,-22, 23, 15,-23,-25,-19,-15,-21, -8, 21,-20,  1,-24;
/M: SY='F'; M=-11, -6,-21,-10, -7,  9,-21,-11, -6,-10, -4, -4, -3,-21,-10, -9, -7, -5, -5,-19, -1, -7;
/M: SY='D'; M= -6, 10,-18, 11,  3,-27, -2, -8,-25,  1,-20,-15,  6,-16, -1, -5, -3, -9,-19,-29,-18,  1;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2014_10 which contains 546'790 sequence entries.


Total number of hits 33 in 23 different sequences
Number of true positive hits 33 in 23 different sequences
Number of 'unknown' hits
Number of false positive hits
Number of false negative sequences 0
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] K_Hofmann
Taxonomic range [info] Eukaryotes, Eukaryotic viruses
Maximum number of repetitions [info] 2
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] DED
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
23 sequences

CASP8_HUMAN (Q14790), CASP8_MOUSE (O89110), CASPA_HUMAN (Q92851), 
CFLAR_HUMAN (O15519), CFLAR_MOUSE (O35732), CFLAR_PONAB (Q5RD56), 
CFLA_EHV2   (Q66674), CFLA_MCV1   (Q98325), DEDD2_HUMAN (Q8WXF8), 
DEDD2_MOUSE (Q8QZV0), DEDD_HUMAN  (O75618), DEDD_MOUSE  (Q9Z1L3), 
DEDD_RAT    (Q9Z2K0), FADD_BOVIN  (Q645M6), FADD_HUMAN  (Q13158), 
FADD_MOUSE  (Q61160), PEA15_CRIGR (Q9Z297), PEA15_HUMAN (Q15121), 
PEA15_MOUSE (Q62048), PEA15_PONAB (Q5R529), PEA15_RAT   (Q5U318), 
VFLIP_HHV8P (F5HEZ4), VG71_SHV21  (Q01044)
» More

PDB
[Detailed view]
11 PDB

1A1W; 1A1Z; 1N3K; 2BBR; 2BBZ; 2F1S; 2GF5; 2LS7; 4IZ5; 4IZ7; 4IZA

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission