PROSITE entry PS50174
View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission
General information about the entry
| Entry name [info] | G_PATCH |
| Accession [info] | PS50174 |
| Entry type [info] | MATRIX |
| Date [info] |
01-JAN-2002 CREATED;
10-MAY-2017 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE. |
| PROSITE Doc. [info] | PDOC50174 |
| Associated ProRule [info] | PRU00092 |
Name and characterization of the entry
| Description [info] | G-patch domain profile. |
| Matrix / Profile [info] |
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=47; /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=5; N2=43; /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.0889000; R2=0.0170978; TEXT='NScore'; /NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=1365.4576416; R2=4.1952276; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%'; /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=434; H_SCORE=3186; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!'; /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=317; H_SCORE=2695; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?'; /DEFAULT: M0=-9; D=-20; I=-20; B1=-60; E1=-60; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; ... A B C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y Z /I: B1=0; BI=-105; BD=-105; /M: SY='T'; M= -4, -4,-23, -4, -2,-19,-12,-11,-13, -5,-15,-10, -5, -2, -4, -9, 2, 5,-10,-26,-12, -4; /M: SY='E'; M= -6, 8,-23, 9, 10,-25, -2, -4,-24, 2,-23,-13, 9,-12, 5, 1, 8, -2,-20,-31,-18, 7; /M: SY='N'; M= -5, 11,-24, 6, -3,-24, 7, -7,-25, -4,-28,-19, 19, -3, -5, -5, 8, 0,-24,-32,-22, -5; /M: SY='I'; M= -8,-23,-23,-27,-20, 1,-30,-23, 16,-15, 6, 6,-19,-11,-18,-14,-13, -3, 15,-21, -4,-21; /M: SY='G'; M= 8,-10,-24,-11,-15,-25, 43,-19,-28,-17,-23,-16, -3,-18,-17,-19, 4,-12,-17,-23,-26,-16; /M: SY='H'; M= -9, -8,-23,-11, -6, -5,-14, 10,-13, -7,-10, -2, -3,-19, -1, -4, -5, -5,-12,-17, 5, -4; /M: SY='K'; M= -5, -2,-20, -3, 6,-28,-17, -7,-26, 25,-24,-10, -1,-13, 13, 23, -4, -8,-19,-23,-13, 8; /M: SY='M'; M= -9,-24,-20,-29,-20, 5,-26,-13, 19,-20, 28, 31,-23,-24,-11,-16,-21, -9, 11,-20, 0,-15; /M: SY='L'; M=-10,-25,-20,-29,-18, 4,-26,-11, 18,-20, 35, 35,-25,-25, -8,-15,-25,-10, 8,-20, 0,-13; /M: SY='Q'; M= -3, -7,-19, -7, 7,-20,-19, -8,-12, -2, -6, -2, -8,-11, 9, -1, -5, -5,-11,-25,-13, 7; /M: SY='K'; M= -1, 2,-24, 0, 4,-27, -9, -9,-26, 23,-26,-13, 4,-12, 5, 15, 2, -3,-18,-25,-14, 4; /M: SY='M'; M=-10,-17,-16,-24,-16, 0,-18, -2, 6,-10, 8, 31,-15,-21, 0, -8,-13, -6, 0,-16, 4, -9; /M: SY='G'; M= 0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20, 0,-20,-20,-20, 0,-20,-30,-20,-30,-20; /M: SY='W'; M=-20,-34,-43,-35,-27, 18,-23,-18,-13,-19,-11,-13,-34,-30,-19,-18,-34,-24,-22,109, 40,-20; /M: SY='K'; M= -9, -5,-26, -5, 5,-20,-19, -8,-21, 23,-19, -9, -2,-13, 5, 23, -3, -1,-14,-22, -8, 3; /I: I=-6; MD=-32; /M: SY='E'; M= -7, -4,-30, 4, 25,-27,-15, -9,-22, 2,-21,-16, -8, 24, 6, -7, -4, -9,-23,-27,-21, 14; D=-6; /I: I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32; /M: SY='G'; M= 0, -7,-29, -7,-16,-29, 61,-18,-38,-18,-30,-20, 3,-19,-17,-18, 2,-17,-29,-22,-29,-16; /M: SY='Q'; M=-10, 0,-27, 0, 12,-27,-14, 1,-21, 11,-18, -2, -1,-11, 20, 8, -3, -6,-20,-24,-11, 16; /M: SY='G'; M= 0,-10,-29,-10,-20,-29, 66,-20,-39,-20,-29,-20, 0,-20,-20,-20, 1,-17,-29,-20,-29,-20; /M: SY='L'; M=-10,-30,-21,-31,-21, 9,-31,-21, 24,-30, 46, 20,-29,-29,-20,-21,-29,-10, 13,-20, 0,-21; /M: SY='G'; M= 0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20, 0,-20,-20,-20, 0,-20,-30,-20,-30,-20; /M: SY='K'; M= -6, -9,-24, -9, -1,-17,-19, -6,-15, 14,-12, -5, -6,-13, 2, 11, -6, -5,-11,-21, -5, -1; /M: SY='N'; M= -4, 6,-23, 3, 4,-24, -7, 4,-23, 5,-23,-13, 12,-11, 6, 5, 5, -4,-21,-29,-14, 4; /M: SY='E'; M= -5, 2,-23, 3, 15,-24, -2, 3,-27, -1,-21,-15, 5, -8, 3, -1, 1, -9,-24,-29,-17, 8; /M: SY='Q'; M=-10, 5,-27, 7, 13,-31,-17, 1,-19, 8,-20, -6, 3, -7, 26, 4, -1, -7,-21,-26,-13, 19; /I: I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32; /M: SY='G'; M= 1, -6,-29, -7,-13,-29, 53,-17,-37,-13,-29,-19, 2,-18,-15,-15, 0,-17,-28,-21,-27,-14; /M: SY='I'; M=-10,-15,-26,-20,-15, -9,-28,-14, 18,-17, 8, 10,-10,-19, -6,-13,-12, -8, 7,-24, -4,-13; /M: SY='K'; M= 2,-10,-21,-13, -7,-17,-18,-15, -6, 3,-11, -5, -7, -9, -5, 1, -2, -1, -1,-25,-13, -7; /M: SY='B'; M= -8, 10,-23, 9, 8,-20,-15, 2,-18, -2,-16,-11, 9,-13, 5, -4, 3, 1,-17,-30,-11, 6; /M: SY='P'; M= -2,-15,-31,-10, -2,-26,-16,-18,-16, -6,-25,-16,-12, 49, -7,-13, -1, -4,-20,-29,-24, -8; /M: SY='I'; M= -9,-25,-23,-28,-20, 0,-31,-18, 24,-21, 16, 11,-19,-23,-17,-16,-16, -7, 19,-23, -2,-21; /M: SY='E'; M= -4, -3,-26, -2, 8,-24,-12, -4,-18, 5,-16, -7, -2, -5, 6, 2, -3, -8,-17,-25,-14, 6; /M: SY='A'; M= 11,-16,-11,-20,-17,-10, -9,-20, -2,-12, -3, -3,-15,-20,-16,-15, -1, 1, 8,-22,-10,-17; /M: SY='E'; M= -8, -3,-28, -2, 14,-22,-11, -6,-18, 8,-18,-10, -3,-11, 4, 2, -4, -8,-16,-24,-11, 8; /M: SY='V'; M= -2,-11,-21,-12,-10,-15,-14,-18, 1, -8, -6, -2, -9,-18, -9,-12, -2, -3, 5,-27,-12,-11; /M: SY='R'; M= -8, -2,-17, -7, -3,-17,-17, -9,-14, 3,-16, -9, 4,-18, 2, 6, 0, 0,-12,-20,-11, -1; /I: I=-4; MI=0; MD=-22; IM=0; DM=-22; /M: SY='D'; M= -6, 2,-23, 3, 3,-22,-13, -6,-18, 1,-15, -8, 0,-10, 2, 0, 1, 1,-13,-28,-13, 2; /M: SY='K'; M= -3, 8,-24, 9, 4,-24, -5, -7,-27, 10,-24,-16, 8,-13, 1, 7, 1, -6,-20,-26,-15, 2; /M: SY='R'; M=-13, -2,-28, -5, -3,-21, -5, -3,-25, 13,-22,-11, 7,-19, 6, 26, -6,-10,-21,-16,-10, 0; /M: SY='K'; M= 0, -9,-23, -9, 1,-15, -8,-13,-18, 3,-14,-10, -7, -9, -4, 3, -3, -4,-12,-22,-13, -2; /M: SY='G'; M= 1, -4,-27, -3,-11,-29, 50,-17,-36,-16,-29,-20, 2,-17,-14,-17, 6,-13,-26,-24,-27,-13; /M: SY='L'; M= -9,-25,-20,-28,-20, 12,-29,-21, 14,-20, 22, 10,-22,-26,-20,-13,-18, -5, 13,-18, 1,-20; /M: SY='G'; M= -4, -5,-30, -3,-10,-28, 42,-16,-32,-12,-25,-17, 0,-18,-13,-12, -2,-17,-25,-22,-25,-12; /M: SY='A'; M= 8,-13,-14,-19,-11, -5,-17, -7, -5,-11, -6, -4,-11,-19, -8,-14, -6, -7, -3, -9, 3,-10; /M: SY='S'; M= 0, -2,-22, -2, -1,-13, -6,-10,-18, -3,-17,-13, 0,-12, -5, -5, 2, -4,-12,-23,-11, -3; /M: M= -2,-10,-23,-11, -5,-15, -1,-14,-16, 0, -9, -4, -7,-17, -7, -3, -5, -8,-11,-22,-13, -6; /M: SY='P'; M= -8, -2,-27, 2, 8,-23,-17,-10,-18, 4,-19,-11, -4, 9, 1, -1, 0, -2,-17,-29,-17, 3; /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;» more |
Numerical results [info]
| Total number of hits | 201 in 201 different sequences |
| Number of true positive hits | 201 in 201 different sequences |
| Number of 'unknown' hits | 0 |
| Number of false positive hits | 0 |
| Number of false negative sequences | 2 |
| Number of 'partial' sequences | 0 |
| Precision (true positives / (true positives + false positives)) | 100.00 % |
| Recall (true positives / (true positives + false negatives)) | 99.01 % |
Comments [info]
| Taxonomic range [info] | Eukaryotes, Eukaryotic viruses |
| Maximum number of repetitions [info] | 1 |
| Matrix type [info] | protein_domain |
| Scaling database [info] | reversed |
| Author [info] | K_Hofmann, CJA_Sigrist |
| Feature key [info] | DOMAIN |
| Feature description [info] | G-patch |
| Version [info] | 5 |
Cross-references [info]
| UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences |
201 sequences
AGGF1_HUMAN (Q8N302), AGGF1_MOUSE (Q7TN31), C3H18_ORYSJ (Q6K687), C3H22_ARATH (Q9SK49), CHERP_HUMAN (Q8IWX8), CHERP_MOUSE (Q8CGZ0), CMTR1_AILME (D2HRF1), CMTR1_BOVIN (A2VE39), CMTR1_DANRE (Q803R5), CMTR1_DROME (Q9W4N2), CMTR1_HUMAN (Q8N1G2), CMTR1_MOUSE (Q9DBC3), CMTR1_PONAB (Q5R981), CMTR1_RAT (Q5U2Z5), CMTR1_XENLA (Q6GQ76), DR111_ARATH (P42698), GAG_IPMA(P11365), GPAN1_CAEEL (Q09655), GPAN1_DROME (Q9V7A7), GPAN1_HUMAN (O95872), GPAN1_MOUSE (Q61858), GPDP1_ARATH (Q940M0), GPKOW_CAEEL (Q21924), GPKOW_DANRE (Q90X38), GPKOW_HUMAN (Q92917), GPKOW_MOUSE (Q56A08), GPKOW_XENLA (Q6NU07), GPT11_BOVIN (Q2KI19), GPT11_DANRE (Q6DGZ0), GPT11_HUMAN (Q8N954), GPT11_MOUSE (Q3UFS4), GPT11_XENTR (Q6DF57), GPTC1_BOVIN (Q24K12), GPTC1_CAEEL (Q21827), GPTC1_DROME (Q9VUA0), GPTC1_HUMAN (Q9BRR8), GPTC1_MOUSE (Q9DBM1), GPTC2_HUMAN (Q9NW75), GPTC2_MOUSE (Q7TQC7), GPTC3_HUMAN (Q96I76), GPTC3_MOUSE (Q8BIY1), GPTC4_BOVIN (Q2KJE1), GPTC4_HUMAN (Q5T3I0), GPTC4_MOUSE (Q3TFK5), GPTC4_RAT (Q566R3), GPTC4_XENLA (Q4V842), GPTC4_XENTR (Q6P859), GPTC8_HUMAN (Q9UKJ3), GPTC8_MOUSE (A2A6A1), MOS2_ARATH (Q9C801), MTR1A_CAEBR (A8XYX2), MTR1B_CAEBR (A8XYX3), MTR1_CAEEL (Q9NAA5), MTR1_DICDI (Q54WR1), NKRF_HUMAN (O15226), NKRF_MOUSE (Q8BY02), PINX1_HUMAN (Q96BK5), PINX1_MOUSE (Q9CZX5), PINX1_RAT (A4L691), POK9_HUMAN (P63128), POL_JSRV(P31623), POL_MPMV(P07572), POL_SMRVH (P03364), POL_SRV1(P04025), POL_SRV2(P51517), PRO_JSRV(P31625), PRO_MPMV(P07570), PRO_SMRVH (P21407), PRO_SRV1(P04024), PRO_SRV2(P51518), PXR1_AJECN (A6R371), PXR1_ASPCL (A1CD56), PXR1_ASPFU (Q4WG40), PXR1_ASPNC (A2R156), PXR1_ASPOR (Q2UDW7), PXR1_ASPTN (Q0CU52), PXR1_BOTFB (A6RIE1), PXR1_CANAL (Q5A660), PXR1_CANGA (Q6FTR8), PXR1_CHAGB (Q2HFA6), PXR1_COCIM (Q1DQE9), PXR1_DEBHA (Q6BUE3), PXR1_EREGS (Q751P0), PXR1_KLULA (Q6CTA7), PXR1_LODEL (A5E4P1), PXR1_NEOFI (A1DC33), PXR1_NEUCR (Q7SHT5), PXR1_PHANO (Q0UWF6), PXR1_PICGU (A5DRH5), PXR1_PYRO7 (A4R0T9), PXR1_SCHPO (Q9URX9), PXR1_SCLS1 (A7EFS3), PXR1_VANPO (A7TG30), PXR1_YARLI (Q6C1L3), PXR1_YEAS7 (A6ZUT6), PXR1_YEAST (P53335), RBM10_HUMAN (P98175), RBM10_MOUSE (Q99KG3), RBM10_RAT (P70501), RBM5A_XENLA (A0JMV4), RBM5B_XENLA (Q6DDU9), RBM5_BOVIN (Q1RMU5), RBM5_HUMAN (P52756), RBM5_MOUSE (Q91YE7), RBM5_RAT(B2GV05), RBM5_XENTR (A4IGK4), RBM6_HUMAN (P78332), SON_DROME (Q9VHB0), SON_HUMAN (P18583), SON_MOUSE (Q9QX47), SP382_YEAST (Q06411), SPF45_HUMAN (Q96I25), SPF45_MOUSE (Q8JZX4), SPP2_ASPFU (Q4WP02), SPP2_EMENI (Q5B4R9), SPP2_USTMA (Q4P9X4), SQS1_CANAL (Q59UG4), SQS1_CANGA (Q6FP19), SQS1_DEBHA (Q6BYP9), SQS1_EREGS (Q75E62), SQS1_KLULA (Q6CQ59), SQS1_LODEL (A5DSB5), SQS1_PICGU (A5DEF8), SQS1_PODAS (Q875B6), SQS1_VANPO (A7TQN2), SQS1_YARLI (Q6C233), SQS1_YEAS7 (A6ZRL6), SQS1_YEAST (P53866), STIP1_ARATH (Q9SHG6), STIP2_ARATH (Q9SLC6), SUA_ARATH (F4JCU0), SUGP1_ARATH (Q94C11), SUGP1_HUMAN (Q8IWZ8), SUGP1_MOUSE (Q8CH02), SUGP1_RAT (Q68FU8), SUGP2_HUMAN (Q8IX01), SUGP2_MOUSE (Q8CH09), TFP11_BOVIN (Q29RR5), TFP11_CAEEL (Q17784), TFP11_CANLF (A1XD97), TFP11_CHICK (Q5ZII9), TFP11_DANRE (Q6DI35), TFP11_DICDI (A1XDC0), TFP11_DROME (Q9Y103), TFP11_HUMAN (Q9UBB9), TFP11_MACFA (A1XD95), TFP11_MACMU (A1XD94), TFP11_MONDO (A4UMC6), TFP11_MOUSE (Q9ERA6), TFP11_PANTR (A1XD93), TFP11_PIG (Q06AK6), TFP11_PONAB (Q5R5K8), TFP11_RABIT (A4UMC5), TFP11_RAT (Q5U2Y6), TFP11_XENLA (Q66J74), TFP11_XENTR (Q0IIX9), TGHH_ORYSI (B8B2G4), TGHH_ORYSJ (Q67VW6), VP113_HUMAN (P63121), VPK04_HUMAN (P63124), VPK10_HUMAN (P10265), VPK18_HUMAN (P63123), VPK19_HUMAN (P63120), VPK21_HUMAN (P63119), VPK24_HUMAN (P63129), VPK25_HUMAN (P63125), VPK6_HUMAN (Q9Y6I0), VPK7_HUMAN (P63131), VPK8_HUMAN (P63122), VPK9_HUMAN (P63127), Y5282_DICDI (Q54XG0), YAB4_SCHPO (Q09806), YDMD_SCHPO (P87143), YG0G_SCHPO (O94728), YKR3_SCHPO (Q9UTK6), YL271_YEAST (Q06152), YND2_SCHPO (O74363), YQ7D_SCHPO (O94585), ZGPAT_AEDAE (Q17CQ8), ZGPAT_ANOGA (Q7PYU6), ZGPAT_BOVIN (Q17QX2), ZGPAT_DANRE (Q7SXW2), ZGPAT_DROAN (B3MPC0), ZGPAT_DROER (B3N8L3), ZGPAT_DROGR (B4JCG4), ZGPAT_DROME (Q9VL59), ZGPAT_DROMO (B4KH32), ZGPAT_DROPE (B4G7U3), ZGPAT_DROPS (Q29NF3), ZGPAT_DROSE (B4HWD7), ZGPAT_DROSI (B4Q8A7), ZGPAT_DROVI (B4M9F7), ZGPAT_DROYA (B4NYQ2), ZGPAT_HUMAN (Q8N5A5), ZGPAT_MOUSE (Q8VDM1), ZGPAT_NEMVE (A7SBN6), ZGPAT_RAT (Q5PPF5), ZGPAT_SALSA (C0HAV3), ZGPAT_SHEEP (C5IJB0), ZGPAT_XENLA (Q5U4Z3), ZGPAT_XENTR (Q28H71)» more
|
| UniProtKB/Swiss-Prot False negative sequences |
2 sequences
SPP2_YEAST (Q02521), TGH_ARATH (Q8GXN9) |
| PDB [Detailed view] |
14 PDB
5Y88; 6SH6; 6SH7; 7DVQ; 7QTT; 8CH6; 8EJM; 8GXL; 8GXM; 8P4E; 8P4F; 8RO0; 8RO1; 8W8F » more |