Due to maintenance work, this service may be impaired on Sunday February 1st between 12.00 pm and 06.00 pm CEST.
Entry: PS50174

Forthcoming changes to the profile format
General information about the entry

Entry name [info] G_PATCH
Accession [info] PS50174
Entry type [info] MATRIX
Date [info] JAN-2002 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); NOV-2014 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC50174
Associated ProRule [info] PRU00092

Name and characterization of the entry

Description [info] G-patch domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=47;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=5; N2=43;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.0889; R2=0.01709775; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=1314.57037; R2=18.72346; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=433; N_SCORE=8.5; H_SCORE=8336; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=316; N_SCORE=6.5; H_SCORE=7231; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-9; D=-20; I=-20; B1=-60; E1=-60; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='T'; M= -4, -4,-23, -4, -2,-19,-12,-11,-13, -5,-15,-10, -5, -2, -4, -9,  2,  5,-10,-26,-12, -4;
/M: SY='E'; M= -6,  8,-23,  9, 10,-25, -2, -4,-24,  2,-23,-13,  9,-12,  5,  1,  8, -2,-20,-31,-18,  7;
/M: SY='N'; M= -5, 11,-24,  6, -3,-24,  7, -7,-25, -4,-28,-19, 19, -3, -5, -5,  8,  0,-24,-32,-22, -5;
/M: SY='I'; M= -8,-23,-23,-27,-20,  1,-30,-23, 16,-15,  6,  6,-19,-11,-18,-14,-13, -3, 15,-21, -4,-21;
/M: SY='G'; M=  8,-10,-24,-11,-15,-25, 43,-19,-28,-17,-23,-16, -3,-18,-17,-19,  4,-12,-17,-23,-26,-16;
/M: SY='H'; M= -9, -8,-23,-11, -6, -5,-14, 10,-13, -7,-10, -2, -3,-19, -1, -4, -5, -5,-12,-17,  5, -4;
/M: SY='K'; M= -5, -2,-20, -3,  6,-28,-17, -7,-26, 25,-24,-10, -1,-13, 13, 23, -4, -8,-19,-23,-13,  8;
/M: SY='M'; M= -9,-24,-20,-29,-20,  5,-26,-13, 19,-20, 28, 31,-23,-24,-11,-16,-21, -9, 11,-20,  0,-15;
/M: SY='L'; M=-10,-25,-20,-29,-18,  4,-26,-11, 18,-20, 35, 35,-25,-25, -8,-15,-25,-10,  8,-20,  0,-13;
/M: SY='Q'; M= -3, -7,-19, -7,  7,-20,-19, -8,-12, -2, -6, -2, -8,-11,  9, -1, -5, -5,-11,-25,-13,  7;
/M: SY='K'; M= -1,  2,-24,  0,  4,-27, -9, -9,-26, 23,-26,-13,  4,-12,  5, 15,  2, -3,-18,-25,-14,  4;
/M: SY='M'; M=-10,-17,-16,-24,-16,  0,-18, -2,  6,-10,  8, 31,-15,-21,  0, -8,-13, -6,  0,-16,  4, -9;
/M: SY='G'; M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='W'; M=-20,-34,-43,-35,-27, 18,-23,-18,-13,-19,-11,-13,-34,-30,-19,-18,-34,-24,-22,109, 40,-20;
/M: SY='K'; M= -9, -5,-26, -5,  5,-20,-19, -8,-21, 23,-19, -9, -2,-13,  5, 23, -3, -1,-14,-22, -8,  3;
/I:         I=-6; MD=-32;
/M: SY='E'; M= -7, -4,-30,  4, 25,-27,-15, -9,-22,  2,-21,-16, -8, 24,  6, -7, -4, -9,-23,-27,-21, 14; D=-6;
/I:         I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='G'; M=  0, -7,-29, -7,-16,-29, 61,-18,-38,-18,-30,-20,  3,-19,-17,-18,  2,-17,-29,-22,-29,-16;
/M: SY='Q'; M=-10,  0,-27,  0, 12,-27,-14,  1,-21, 11,-18, -2, -1,-11, 20,  8, -3, -6,-20,-24,-11, 16;
/M: SY='G'; M=  0,-10,-29,-10,-20,-29, 66,-20,-39,-20,-29,-20,  0,-20,-20,-20,  1,-17,-29,-20,-29,-20;
/M: SY='L'; M=-10,-30,-21,-31,-21,  9,-31,-21, 24,-30, 46, 20,-29,-29,-20,-21,-29,-10, 13,-20,  0,-21;
/M: SY='G'; M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='K'; M= -6, -9,-24, -9, -1,-17,-19, -6,-15, 14,-12, -5, -6,-13,  2, 11, -6, -5,-11,-21, -5, -1;
/M: SY='N'; M= -4,  6,-23,  3,  4,-24, -7,  4,-23,  5,-23,-13, 12,-11,  6,  5,  5, -4,-21,-29,-14,  4;
/M: SY='E'; M= -5,  2,-23,  3, 15,-24, -2,  3,-27, -1,-21,-15,  5, -8,  3, -1,  1, -9,-24,-29,-17,  8;
/M: SY='Q'; M=-10,  5,-27,  7, 13,-31,-17,  1,-19,  8,-20, -6,  3, -7, 26,  4, -1, -7,-21,-26,-13, 19;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='G'; M=  1, -6,-29, -7,-13,-29, 53,-17,-37,-13,-29,-19,  2,-18,-15,-15,  0,-17,-28,-21,-27,-14;
/M: SY='I'; M=-10,-15,-26,-20,-15, -9,-28,-14, 18,-17,  8, 10,-10,-19, -6,-13,-12, -8,  7,-24, -4,-13;
/M: SY='K'; M=  2,-10,-21,-13, -7,-17,-18,-15, -6,  3,-11, -5, -7, -9, -5,  1, -2, -1, -1,-25,-13, -7;
/M: SY='B'; M= -8, 10,-23,  9,  8,-20,-15,  2,-18, -2,-16,-11,  9,-13,  5, -4,  3,  1,-17,-30,-11,  6;
/M: SY='P'; M= -2,-15,-31,-10, -2,-26,-16,-18,-16, -6,-25,-16,-12, 49, -7,-13, -1, -4,-20,-29,-24, -8;
/M: SY='I'; M= -9,-25,-23,-28,-20,  0,-31,-18, 24,-21, 16, 11,-19,-23,-17,-16,-16, -7, 19,-23, -2,-21;
/M: SY='E'; M= -4, -3,-26, -2,  8,-24,-12, -4,-18,  5,-16, -7, -2, -5,  6,  2, -3, -8,-17,-25,-14,  6;
/M: SY='A'; M= 11,-16,-11,-20,-17,-10, -9,-20, -2,-12, -3, -3,-15,-20,-16,-15, -1,  1,  8,-22,-10,-17;
/M: SY='E'; M= -8, -3,-28, -2, 14,-22,-11, -6,-18,  8,-18,-10, -3,-11,  4,  2, -4, -8,-16,-24,-11,  8;
/M: SY='V'; M= -2,-11,-21,-12,-10,-15,-14,-18,  1, -8, -6, -2, -9,-18, -9,-12, -2, -3,  5,-27,-12,-11;
/M: SY='R'; M= -8, -2,-17, -7, -3,-17,-17, -9,-14,  3,-16, -9,  4,-18,  2,  6,  0,  0,-12,-20,-11, -1;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-22; IM=0; DM=-22;
/M: SY='D'; M= -6,  2,-23,  3,  3,-22,-13, -6,-18,  1,-15, -8,  0,-10,  2,  0,  1,  1,-13,-28,-13,  2;
/M: SY='K'; M= -3,  8,-24,  9,  4,-24, -5, -7,-27, 10,-24,-16,  8,-13,  1,  7,  1, -6,-20,-26,-15,  2;
/M: SY='R'; M=-13, -2,-28, -5, -3,-21, -5, -3,-25, 13,-22,-11,  7,-19,  6, 26, -6,-10,-21,-16,-10,  0;
/M: SY='K'; M=  0, -9,-23, -9,  1,-15, -8,-13,-18,  3,-14,-10, -7, -9, -4,  3, -3, -4,-12,-22,-13, -2;
/M: SY='G'; M=  1, -4,-27, -3,-11,-29, 50,-17,-36,-16,-29,-20,  2,-17,-14,-17,  6,-13,-26,-24,-27,-13;
/M: SY='L'; M= -9,-25,-20,-28,-20, 12,-29,-21, 14,-20, 22, 10,-22,-26,-20,-13,-18, -5, 13,-18,  1,-20;
/M: SY='G'; M= -4, -5,-30, -3,-10,-28, 42,-16,-32,-12,-25,-17,  0,-18,-13,-12, -2,-17,-25,-22,-25,-12;
/M: SY='A'; M=  8,-13,-14,-19,-11, -5,-17, -7, -5,-11, -6, -4,-11,-19, -8,-14, -6, -7, -3, -9,  3,-10;
/M: SY='S'; M=  0, -2,-22, -2, -1,-13, -6,-10,-18, -3,-17,-13,  0,-12, -5, -5,  2, -4,-12,-23,-11, -3;
/M:         M= -2,-10,-23,-11, -5,-15, -1,-14,-16,  0, -9, -4, -7,-17, -7, -3, -5, -8,-11,-22,-13, -6;
/M: SY='P'; M= -8, -2,-27,  2,  8,-23,-17,-10,-18,  4,-19,-11, -4,  9,  1, -1,  0, -2,-17,-29,-17,  3;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2015_01 which contains 547'357 sequence entries.


Total number of hits 193 in 193 different sequences
Number of true positive hits 193 in 193 different sequences
Number of 'unknown' hits
Number of false positive hits
Number of false negative sequences 2
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 98.97 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] K_Hofmann, CJA_Sigrist
Taxonomic range [info] Eukaryotes, Eukaryotic viruses
Maximum number of repetitions [info] 1
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] G-patch
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
193 sequences

AGGF1_HUMAN (Q8N302), AGGF1_MOUSE (Q7TN31), C3H18_ORYSJ (Q6K687), 
C3H22_ARATH (Q9SK49), CHERP_HUMAN (Q8IWX8), CHERP_MOUSE (Q8CGZ0), 
CMTR1_AILME (D2HRF1), CMTR1_BOVIN (A2VE39), CMTR1_DANRE (Q803R5), 
CMTR1_HUMAN (Q8N1G2), CMTR1_MOUSE (Q9DBC3), CMTR1_PONAB (Q5R981), 
CMTR1_RAT   (Q5U2Z5), CMTR1_XENLA (Q6GQ76), DR111_ARATH (P42698), 
GAG_IPMA    (P11365), GPAN1_CAEEL (Q09655), GPAN1_DROME (Q9V7A7), 
GPAN1_HUMAN (O95872), GPAN1_MOUSE (Q61858), GPKOW_DANRE (Q90X38), 
GPKOW_HUMAN (Q92917), GPKOW_MOUSE (Q56A08), GPKOW_XENLA (Q6NU07), 
GPT11_BOVIN (Q2KI19), GPT11_DANRE (Q6DGZ0), GPT11_HUMAN (Q8N954), 
GPT11_MOUSE (Q3UFS4), GPT11_XENTR (Q6DF57), GPTC1_BOVIN (Q24K12), 
GPTC1_CAEEL (Q21827), GPTC1_DROME (Q9VUA0), GPTC1_HUMAN (Q9BRR8), 
GPTC1_MOUSE (Q9DBM1), GPTC2_HUMAN (Q9NW75), GPTC2_MOUSE (Q7TQC7), 
GPTC3_HUMAN (Q96I76), GPTC3_MOUSE (Q8BIY1), GPTC4_BOVIN (Q2KJE1), 
GPTC4_HUMAN (Q5T3I0), GPTC4_MOUSE (Q3TFK5), GPTC4_RAT   (Q566R3), 
GPTC4_XENLA (Q4V842), GPTC4_XENTR (Q6P859), GPTC8_HUMAN (Q9UKJ3), 
GPTC8_MOUSE (A2A6A1), MOS2_ARATH  (Q9C801), MOS2_CAEEL  (Q21924), 
MTR1A_CAEBR (A8XYX2), MTR1B_CAEBR (A8XYX3), MTR1_CAEEL  (Q9NAA5), 
MTR1_DICDI  (Q54WR1), MTR1_DROME  (Q9W4N2), NKRF_HUMAN  (O15226), 
NKRF_MOUSE  (Q8BY02), PINX1_HUMAN (Q96BK5), PINX1_MOUSE (Q9CZX5), 
PINX1_RAT   (A4L691), POK9_HUMAN  (P63128), PXR1_AJECN  (A6R371), 
PXR1_ASHGO  (Q751P0), PXR1_ASPCL  (A1CD56), PXR1_ASPFU  (Q4WG40), 
PXR1_ASPNC  (A2R156), PXR1_ASPOR  (Q2UDW7), PXR1_ASPTN  (Q0CU52), 
PXR1_BOTFB  (A6RIE1), PXR1_CANAL  (Q5A660), PXR1_CANGA  (Q6FTR8), 
PXR1_CHAGB  (Q2HFA6), PXR1_COCIM  (Q1DQE9), PXR1_DEBHA  (Q6BUE3), 
PXR1_KLULA  (Q6CTA7), PXR1_LODEL  (A5E4P1), PXR1_MAGO7  (A4R0T9), 
PXR1_NEOFI  (A1DC33), PXR1_NEUCR  (Q7SHT5), PXR1_PHANO  (Q0UWF6), 
PXR1_PICGU  (A5DRH5), PXR1_SCHPO  (Q9URX9), PXR1_SCLS1  (A7EFS3), 
PXR1_VANPO  (A7TG30), PXR1_YARLI  (Q6C1L3), PXR1_YEAS7  (A6ZUT6), 
PXR1_YEAST  (P53335), RBM10_HUMAN (P98175), RBM10_MOUSE (Q99KG3), 
RBM10_RAT   (P70501), RBM5A_XENLA (A0JMV4), RBM5B_XENLA (Q6DDU9), 
RBM5_BOVIN  (Q1RMU5), RBM5_HUMAN  (P52756), RBM5_MOUSE  (Q91YE7), 
RBM5_RAT    (B2GV05), RBM5_XENTR  (A4IGK4), RBM6_HUMAN  (P78332), 
SON_HUMAN   (P18583), SON_MOUSE   (Q9QX47), SP382_YEAST (Q06411), 
SPF45_HUMAN (Q96I25), SPF45_MOUSE (Q8JZX4), SPP2_ASPFU  (Q4WP02), 
SPP2_EMENI  (Q5B4R9), SPP2_USTMA  (Q4P9X4), SQS1_ASHGO  (Q75E62), 
SQS1_CANAL  (Q59UG4), SQS1_CANGA  (Q6FP19), SQS1_DEBHA  (Q6BYP9), 
SQS1_KLULA  (Q6CQ59), SQS1_LODEL  (A5DSB5), SQS1_PICGU  (A5DEF8), 
SQS1_PODAS  (Q875B6), SQS1_VANPO  (A7TQN2), SQS1_YARLI  (Q6C233), 
SQS1_YEAS7  (A6ZRL6), SQS1_YEAST  (P53866), STIP1_ARATH (Q9SHG6), 
STIP2_ARATH (Q9SLC6), SUGP1_ARATH (Q94C11), SUGP1_HUMAN (Q8IWZ8), 
SUGP1_MOUSE (Q8CH02), SUGP1_RAT   (Q68FU8), SUGP2_HUMAN (Q8IX01), 
SUGP2_MOUSE (Q8CH09), TFP11_BOVIN (Q29RR5), TFP11_CAEEL (Q17784), 
TFP11_CANFA (A1XD97), TFP11_CHICK (Q5ZII9), TFP11_DANRE (Q6DI35), 
TFP11_DICDI (A1XDC0), TFP11_DROME (Q9Y103), TFP11_HUMAN (Q9UBB9), 
TFP11_MACFA (A1XD95), TFP11_MACMU (A1XD94), TFP11_MONDO (A4UMC6), 
TFP11_MOUSE (Q9ERA6), TFP11_PANTR (A1XD93), TFP11_PIG   (Q06AK6), 
TFP11_PONAB (Q5R5K8), TFP11_RABIT (A4UMC5), TFP11_RAT   (Q5U2Y6), 
TFP11_XENLA (Q66J74), TFP11_XENTR (Q0IIX9), TGHH_ORYSI  (B8B2G4), 
TGHH_ORYSJ  (Q67VW6), VP113_HUMAN (P63121), VPK04_HUMAN (P63124), 
VPK10_HUMAN (P10265), VPK18_HUMAN (P63123), VPK19_HUMAN (P63120), 
VPK21_HUMAN (P63119), VPK24_HUMAN (P63129), VPK25_HUMAN (P63125), 
VPK6_HUMAN  (Q9Y6I0), VPK7_HUMAN  (P63131), VPK8_HUMAN  (P63122), 
VPK9_HUMAN  (P63127), VPRT_JSRV   (P31625), VPRT_MPMV   (P07570), 
VPRT_SMRVH  (P21407), VPRT_SRV1   (P04024), VPRT_SRV2   (P51518), 
Y5282_DICDI (Q54XG0), YAB4_SCHPO  (Q09806), YDMD_SCHPO  (P87143), 
YG0G_SCHPO  (O94728), YKR3_SCHPO  (Q9UTK6), YL271_YEAST (Q06152), 
YND2_SCHPO  (O74363), YQ7D_SCHPO  (O94585), ZGPAT_AEDAE (Q17CQ8), 
ZGPAT_ANOGA (Q7PYU6), ZGPAT_BOVIN (Q17QX2), ZGPAT_DANRE (Q7SXW2), 
ZGPAT_DROAN (B3MPC0), ZGPAT_DROER (B3N8L3), ZGPAT_DROGR (B4JCG4), 
ZGPAT_DROME (Q9VL59), ZGPAT_DROMO (B4KH32), ZGPAT_DROPE (B4G7U3), 
ZGPAT_DROPS (Q29NF3), ZGPAT_DROSE (B4HWD7), ZGPAT_DROSI (B4Q8A7), 
ZGPAT_DROVI (B4M9F7), ZGPAT_DROYA (B4NYQ2), ZGPAT_HUMAN (Q8N5A5), 
ZGPAT_MOUSE (Q8VDM1), ZGPAT_NEMVE (A7SBN6), ZGPAT_RAT   (Q5PPF5), 
ZGPAT_SALSA (C0HAV3), ZGPAT_SHEEP (C5IJB0), ZGPAT_XENLA (Q5U4Z3), 
ZGPAT_XENTR (Q28H71)
» More

UniProtKB/Swiss-Prot
False negative sequences
2 sequences

SPP2_YEAST  (Q02521), TGH_ARATH   (Q8GXN9)

		

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission