PROSITE entry PS50184

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

Entry name [info]	VWFC_2
Accession [info]	PS50184
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-NOV-2002 CREATED; 10-MAY-2017 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC00928
Associated ProRule [info]	PRU00220

Name and characterization of the entry

Description [info]

VWFC domain profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=61;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=56;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=-1.8590000; R2=0.0091000; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=4813.4291992; R2=2.8005822; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=1139; H_SCORE=8003; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=919; H_SCORE=7387; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=-30; E1=-30; MM=1; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='P';  M=  1, -8,-26, -8, -4,-23,  3,-16,-19, -7,-20,-14, -5,  5, -8, -9,  1, -4,-16,-26,-20, -8;
/M: SY='A';  M=  7,-13,-18,-16,-12,-15,-12,-18, -4,-11, -8, -5,-11, -6,-10,-11,  1,  2,  3,-27,-16,-12;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='V';  M= -7,-23,-12,-25,-19,  1,-27,-16, 11,-19,  6,  6,-21,-25,-18,-17,-12, -4, 16,-13,  1,-19;
/M: SY='H';  M=-11, -9,-29, -9, -7,-15,  7, 21,-24,-12,-16, -5, -2,-20,  4, -8, -7,-16,-24,-17,  0, -3;
/M: SY='N';  M=-10, 12,-28, 12,  7,-25, -4, -5,-24, -3,-24,-18, 14,  7, -2, -6,  1, -6,-26,-33,-21,  1;
/I:         MI=-10; MD=-20; IM=-10; II=-8; DM=-20; I=0,0,-15,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0;
/M: SY='G';  M= -1,  0,-26, -4,-14,-27, 51,-14,-34,-16,-30,-20, 11,-19,-14,-16,  6,-12,-28,-26,-27,-14;
/M: SY='E';  M= -2,-10,-20,-10,  2,-16,-21,-12, -6, -1, -6, -2,-10,-16,  2,  1, -2,  2,  1,-26,-12,  2;
/M:         M= -7,-14,-25,-14, -1,-14,-23,-14,  0, -6, -7, -1,-12, -1, -1, -7, -5, -4, -2,-25,-12, -3;
/M: SY='Y';  M=-17,-18,-27,-20,-17, 16,-28, 12, -2, -6, -3,  0,-15,-26,-10, -2,-16,-10, -4,  6, 42,-17;
/M: SY='Q';  M= -2, -3,-26, -3, 10,-27,-11, -2,-22,  9,-20, -9, -1, -7, 16,  8,  0, -7,-21,-24,-14, 12;
/M: SY='N';  M= -7,  5,-24,  4, -1, -9,-14,-10,-15, -9,-19,-15,  6,  5,-10,-12, -1, -4,-15,-28,-14, -6;
/M: SY='G';  M= -5, -5,-28, -7,-12,-25, 35,-13,-32, -6,-24,-16,  5,-20,-11, -1, -2,-14,-25,-23,-23,-12;
/M: SY='E';  M=-12, 19,-28, 29, 33,-32,-16,  9,-32,  6,-24,-19,  8, -7, 13, -2,  2, -9,-28,-33,-15, 22;
/M: SY='T';  M= -1,-11,-18,-14, -8, -9,-20, -7, -2,-13, -8, -2, -9, -8,-10,-13,  3,  7,  3,-28, -8,-10;
/M: SY='W';  M=-16,-36,-36,-38,-30, 24,-24,-28, -6,-22, -8,-10,-34,-30,-26,-20,-30,-20, -9, 85, 23,-24;
/M: SY='Q';  M= -8, -6,-24, -7,  4,-18,-18, -7,-11,  5,-12, -2, -7,-14,  9,  0, -3,  0, -8,-20, -4,  6;
/M: SY='P';  M= -2,-17,-23,-17, -9, -9,-20,-19, -3,-14,-11, -6,-15, 17,-13,-17, -2,  0, -2,-26,-14,-13;
/M: SY='D';  M= -8, 28,-25, 34, 13,-31,  1, -3,-31, -3,-28,-24, 20,-12,  0, -9,  8, -4,-26,-36,-21,  6;
/I:         MI=-5; MD=-20; IM=-5; II=-7; DM=-20; I=0,0,-15,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0;
/M: SY='P';  M= -1, -6,-13, -4, -1,-13, -7, -9, -9, -1,-14, -8, -4, 14, -3, -5,  5,  1, -7,-18,-12, -3; D=-5;
/I:         DM=-20;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='Q';  M=-10,  5,-25,  4,  8,-28,-19,  4,-23, 13,-21, -8,  3,-11, 20, 11,  1,  3,-20,-25, -9, 13;
/M:         M=-11, -2,-25, -3, -2,-13,-24, -6, -1, -5, -7, -4, -4,-16, -6, -9, -6, -2, -1,-23, -1, -5;
/I:         MI=-10; MD=-20; IM=-10; II=-8; DM=-20; I=0,0,-15,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='T';  M= -2,-11,-12,-16,-16, -8,-23,-16,  2,-11, -4, -3,-10,-18,-15, -9,  6, 26, 15,-29, -9,-16;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='T';  M=-10,  2,-23,  2,  0,-17,-20, -9, -9, -5, -2, -2, -1,-16,  2, -5, -4,  3, -9,-27,-10,  1;
/M: SY='D';  M= -6, 22,-23, 26, 12,-28, -6, -5,-26,  0,-25,-20, 15,-12,  0, -7,  7, -2,-20,-35,-19,  6;
/I:         MI=-5; MD=-20; IM=-5; II=-5; DM=-20; I=0,0,-15,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0;
/M: SY='G';  M=  3, -8,-24,-11,-16,-19, 40,-18,-29,-18,-22,-16,  1,-19,-17,-18,  5, -9,-21,-22,-22,-16;
/M: SY='K';  M=  2, -3,-21, -8, -2,-14,-12,-10,-16,  5,-17,-10,  2,-16, -2,  2,  1, -3,-12,-17,-10, -2;
/M: SY='T';  M= -3,-13,-18,-18,-16,-11,-17,-22,  2, -7, -5, -2,-10,-18,-14, -8,  0, 13, 11,-26,-11,-16;
/M: SY='I';  M= -6,-26,-22,-28,-23, -3,-18,-23, 19,-24, 18, 11,-22,-25,-18,-21,-17, -9, 17,-22, -7,-22;
/I:         MI=-5; MD=-20; IM=-5; II=-5; DM=-20; I=0,0,-15,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='R';  M= -8,  3,-24,  4,  1,-22,-18,  1,-18,  4,-15, -7,  1,-14,  4,  6, -1,  0,-13,-27, -9,  1;
/M: SY='P';  M=-11, -2,-32,  3,  7,-29,-19, -2,-23,  4,-23,-13, -5, 26,  6, -3, -6, -7,-25,-28,-16,  5;
/M: SY='V';  M= -8,-17,-23,-20,-12,-11,-27,-18,  7,  2,  0,  5,-14,-20, -6,  1,-12, -5, 10,-23, -7,-11;
/I:         I=-8; MI=-25; MD=-20; IM=-25;
/M: SY='P';  M= -6, -9,-23, -9,  1,-16,-19,-13, -6, -5,-10, -6, -7,  8, -1, -6, -1,  3, -8,-23,-12, -2; D=-6;
/I:         DM=-20;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/I:         MD=-20;
/M: SY='P';  M= -5,  2,-28,  7, 12,-27,-12, -8,-22, -4,-26,-19,  2, 29,  1,-10,  3, -4,-25,-31,-22,  4; D=-4;
/I:         MD=-20;
/M: SY='E';  M= -8, -1,-21,  1,  3,-17,-16, -7,-10, -2, -7, -3, -4, -2,  3, -3, -3, -2,-11,-22,-10,  2; D=-4;
/I:         MD=-20;
/M: SY='E';  M= -1, -1,-17,  1,  6,-16, -4, -7,-14, -1,-13, -9, -3,  6,  0, -5,  0, -3,-12,-17,-13,  3; D=-4;
/I:         MI=-5; MD=-20; IM=-5; II=-5; DM=-20; I=0,0,-15,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0;
/M: SY='P';  M= -4,-11,-25,-13,-10,-14,-15,-16, -3,-13, -4, -1,-10,  7,-11,-15, -6,  0, -6,-27,-15,-12;
/M: SY='D';  M= -4,  6,-23,  8, -2,-22,-10, -8,-18,-10,-18,-15,  2,  1, -7,-13,  6,  5,-14,-32,-16, -5;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='P';  M=  0,-10,-27, -7,  4,-24,-16,-15,-18,  1,-21,-14, -9, 24, -3, -5,  0, -2,-16,-28,-20, -2;
/M: SY='N';  M= -6,  5,-21,  2,  0,-10,-10, -8,-14,-10,-15,-13, 11, -9, -7,-10,  5,  1,-14,-31,-14, -4;
/M: SY='P';  M=  3, -5,-30,  1, -1,-29,  5,-16,-26,-10,-26,-19, -7, 28,-10,-18, -2,-10,-24,-27,-26, -7;
/M: SY='E';  M= -9, -7,-25, -6,  7, -7, -8, -8,-21, -1,-15,-12, -4,-15, -3,  6, -1, -3,-16,-19, -6,  1;
/M: SY='F';  M=-11,-15,-22,-19, -9,  2,-26,-16,  0, -5,  1,  0,-12,-19,-11,  2, -9,  1,  2,-19, -3,-11;
/M: SY='P';  M=-10,-22,-27,-19,-11, -6,-26,-14,  2,-11,  0, -1,-20,  5,-13, -8,-15, -8,  1,-18, -1,-15;
/M: SY='E';  M=-10, -9,-25, -6,  4, -9,-24,-13, -5, -4, -4, -2,-12, -8, -4, -8,-10, -8, -3,-23, -9,  0;
/I:         MI=0; MD=-20; IM=0; II=-5; DM=-20; I=0,0,-50,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0;
/M: SY='P';  M= -1, -3,-15, -4, -4,-12,-11, -3, -5, -6, -8, -5, -1,  3, -4, -8, -3, -4, -5,-19,-10, -5; D=-4;
/I:         DM=-21;
/M: SY='P';  M=  4,  0,-16,  0,  1,-16, -3, -9,-13, -5,-15,-11,  0, 12, -4, -9,  3, -1,-13,-19,-15, -3; D=-4;
/I:         DM=-21;
/M: SY='G';  M= -5,  4,-30,  9, -9,-32, 77,-15,-39,-12,-30,-22,  4,-17,-14,-15, -1,-17,-29,-24,-27,-12;
/M: SY='E';  M= -8,  6,-26, 10, 57,-29,-19, -2,-25, 10,-20,-15,  1, -4, 21,  3,  4, -1,-24,-28,-16, 29;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='P';  M= -6, -5,-32, -1,  9,-29, -3,-12,-26, -1,-27,-19, -3, 31, -3, -9, -4,-10,-28,-28,-25,  1;
/I:         MI=-8; MD=-20; IM=-8; II=-5; DM=-20; I=0,0,-15,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0;
/M: SY='V';  M= -7,-15,-21,-15, -9, -9,-23, -8,  0, -1, -8, -2,-11,-21, -8,  4, -4, -3,  8,-23, -2,-11;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='E';  M= -7, -4,-28,  2,  7,-20,-18,-12,-17, -3,-13,-12, -9,  1, -1, -9, -6, -8,-16,-14,-13,  3;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2024_05 which contains 572'214 sequence entries.

Total number of hits	269 in 120 different sequences
Number of true positive hits	269 in 120 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	0
Number of false negative sequences	23
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	92.12 %

Comments [info]

Taxonomic range [info]	Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info]	23
Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	reversed
Author [info]	K_Hofmann, N_Hulo
Feature key [info]	DOMAIN
Feature description [info]	VWFC
Version [info]	5

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences

120 sequences

BMPER_HUMAN (Q8N8U9), BMPER_MOUSE (Q8CJ69), CCN1_CHICK  (P19336),

CCN1_HUMAN  (O00622), CCN1_MOUSE  (P18406), CCN1_PANTR  (A5A6L1), 
CCN1_RAT(Q9ES72), CCN2_BOVIN  (O18739), CCN2_HUMAN  (P29279), 
CCN2_MOUSE  (P29268), CCN2_PIG(O19113), CCN2_RAT(Q9R1E9), 
CCN3_CHICK  (P28686), CCN3_COTJA  (P42642), CCN3_HUMAN  (P48745), 
CCN3_MOUSE  (Q64299), CCN3_RAT(Q9QZQ5), CCN3_XENLA  (P51609), 
CCN4_HUMAN  (O95388), CCN4_MOUSE  (O54775), CCN4_RAT(Q99PP0), 
CCN5_HUMAN  (O76076), CCN5_MOUSE  (Q9Z0G4), CCN5_RAT(Q9JHC6), 
CHRD_DANRE  (O57472), CHRD_HUMAN  (Q9H2X0), CHRD_MOUSE  (Q9Z0E2), 
CHRD_RAT(Q63148), CHRD_XENLA  (Q91713), CO1A1_BOVIN (P02453), 
CO1A1_CANLF (Q9XSJ7), CO1A1_CHICK (P02457), CO1A1_CYNPY (Q9YIB4), 
CO1A1_HUMAN (P02452), CO1A1_MOUSE (P11087), CO1A1_RAT   (P02454), 
CO2A1_BOVIN (P02459), CO2A1_HUMAN (P02458), CO2A1_MOUSE (P28481), 
CO2A1_XENLA (Q91717), CO2A1_XENTR (Q6P4Z2), CO3A1_CHICK (P12105), 
CO3A1_HUMAN (P02461), CO3A1_MOUSE (P08121), CO3A1_RAT   (P13941), 
CO5A2_HUMAN (P05997), CO5A2_MOUSE (Q3U962), CRDL1_CHICK (Q90ZD5), 
CRDL1_HUMAN (Q9BU40), CRDL1_MOUSE (Q920C1), CRDL1_RAT   (Q76LD0), 
CRDL2_HUMAN (Q6WN34), CRDL2_MOUSE (Q8VEA6), CRIM1_CHICK (Q8AWW5), 
CRIM1_DANRE (Q7T3Q2), CRIM1_HUMAN (Q9NZV1), CRIM1_MOUSE (Q9JLL0), 
ECM2_BOVIN  (Q3MHH9), ECM2_HUMAN  (O94769), ECM2_MOUSE  (Q5FW85), 
FRAS1_HUMAN (Q86XX4), FRAS1_MOUSE (Q80T14), JAG2_HUMAN  (Q9Y219), 
KCP_HUMAN   (Q6ZWJ8), KCP_MOUSE   (Q3U492), KCP_XENLA   (Q9IBG7), 
MUC19_BOVIN (P98091), MUC19_HUMAN (Q7Z5P9), MUC19_MOUSE (Q6PZE0), 
MUC2L_RAT   (P98089), MUC2_HUMAN  (Q02817), MUC2_MOUSE  (Q80Z19), 
MUC5A_HUMAN (P98088), MUC5B_CHICK (Q98UI9), MUC5B_HUMAN (Q9HC84), 
MUCAP_PIG   (P12021), MUCB1_XENLA (P38565), NELL1_HUMAN (Q92832), 
NELL1_MOUSE (Q2VWQ2), NELL1_RAT   (Q62919), NELL2_BOVIN (A6QR11), 
NELL2_DANRE (A1A5Y0), NELL2_HUMAN (Q99435), NELL2_MOUSE (Q61220), 
NELL2_PONAB (Q5R3Z7), NELL2_RAT   (Q62918), NELL2_XENLA (Q7ZXL5), 
NELL2_XENTR (A2VCU8), NEL_CHICK   (Q90827), PXDNL_HUMAN (A1KZ92), 
PXDN_DROME  (Q9VZZ4), PXDN_HUMAN  (Q92626), PXDN_MOUSE  (Q3UQ28), 
PXDN_XENTR  (A4IGL7), SAS_DROME   (Q04164), SOG_DROME   (Q24025), 
SSPO_BOVIN  (P98167), SSPO_CHICK  (Q2PC93), SSPO_HUMAN  (A2VEC9), 
SSPO_MOUSE  (Q8CG65), SSPO_RAT(Q700K0), TSP1_BOVIN  (Q28178), 
TSP1_HUMAN  (P07996), TSP1_MOUSE  (P35441), TSP1_XENLA  (P35448), 
TSP2_BOVIN  (Q95116), TSP2_CHICK  (P35440), TSP2_HUMAN  (P35442), 
TSP2_MOUSE  (Q03350), VWC2L_DANRE (B0UZC8), VWC2L_HUMAN (B2RUY7), 
VWC2L_MOUSE (Q505H4), VWC2_HUMAN  (Q2TAL6), VWC2_MOUSE  (Q8C8N3), 
VWCE_HUMAN  (Q96DN2), VWCE_MOUSE  (Q3U515), VWF_CANLF   (Q28295), 
VWF_HUMAN   (P04275), VWF_MOUSE   (Q8CIZ8), VWF_PIG (Q28833)

» more

Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits:
[Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color]
[Clustal format, plain text] [Fasta format]
Retrieve the sequence logo from the alignment

UniProtKB/Swiss-Prot
False negative sequences

23 sequences

AMNLS_CANLF (Q6UKI2), AMNLS_HUMAN (Q9BXJ7), AMNLS_MOUSE (Q99JB7),

AMNLS_PIG   (F1SAM7), FSTL1_BOVIN (Q58D84), FSTL1_HUMAN (Q12841), 
FSTL1_MACFA (Q9GKY0), FSTL1_MOUSE (Q62356), FSTL1_PONAB (Q5R9Y1), 
FSTL1_RAT   (Q62632), HMCT_BOMMO  (P98092), IDD_HUMAN   (P98153), 
IDD_MOUSE   (P98154), JAG1B_DANRE (Q90Y54), MUC2_RAT(Q62635), 
TECTA_CHICK (Q9YH85), TECTA_HUMAN (O75443), TECTA_MOUSE (O08523), 
VWC2L_MACFA (Q95K75), ZAN_HUMAN   (Q9Y493), ZAN_MOUSE   (O88799), 
ZAN_PIG (Q28983), ZAN_RABIT   (P57999)

» more

PDB
[Detailed view]

17 PDB

1U5M; 5NB8; 5NIR; 6N29; 6TM2; 7A5O; 7KWO; 7PMV; 7PNF; 7POV; 7PP6; 7QCL; 7QCU; 7ZWH; 8D3C; 8D3D; 8OES
» more