Entry: PS50194

Forthcoming changes to the profile format
General information about the entry

Entry name [info] FILAMIN_REPEAT
Accession [info] PS50194
Entry type [info] MATRIX
Date [info] DEC-2001 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); JUN-2014 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC50194
Associated ProRule [info] PRU00087

Name and characterization of the entry

Description [info] Filamin/ABP280 repeat profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=95;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=90;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=.8348; R2=.02054852; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=2540.70232; R2=19.84564; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=373; N_SCORE=8.5; H_SCORE=9943; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=275; N_SCORE=6.5; H_SCORE=8018; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=-60; E1=-60; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; MM=1; M0=-1;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='S'; M= -2, -7,-19, -8, -3,-19, -7,-14,-14, -2,-14, -9, -4,-11, -6, -5,  1, -1, -8,-27,-16, -5;
/M: SY='P'; M= -2, -4,-26,  0,  6,-24,-11, -9,-18, -6,-17,-12, -5, 12,  1,-10, -1, -6,-18,-28,-19,  2;
/M: SY='A'; M=  6, -8,-18, -9, -8,-17, -9,-17, -7,-12,-10, -8, -8, -6,-10,-16,  2,  0, -2,-27,-16,-10;
/M:         M= -1,-12, -7,-13,-15,-10, -5,-11,-11,-17,-11, -9, -9,-16,-16,-17,  0, -4, -4,-27,-11,-16;
/M: SY='D'; M=-14, 34,-27, 45, 14,-31, -8,  4,-33, -2,-26,-23, 19,-12,  0, -8,  2, -8,-27,-36,-17,  7;
/M: SY='P'; M= 19,-13,-19,-16, -7,-21,-11,-19,-11,-11,-14,-11,-12, 20, -9,-19,  2, -1, -9,-25,-21,-10;
/M: SY='S'; M=  3,  4,-18,  5,  5,-24, -4, -6,-23, -3,-26,-17,  8, -7,  4, -4, 20,  8,-16,-34,-18,  4;
/M: SY='K'; M= -8, -2,-27, -3,  5,-24,-17, -2,-24, 28,-21, -8,  1,-14,  8, 24, -7, -9,-18,-22,-10,  6;
/M: SY='V'; M=  4,-25, -6,-27,-24, -5,-25,-27, 19,-20,  4,  4,-23,-23,-24,-20, -5,  0, 32,-30,-12,-24;
/M: SY='K'; M= -8, -6,-24, -8, -1,-16,-21,-10,-14, 14,-13, -5, -4,-15,  1, 14, -4,  1, -8,-21, -5, -2;
/M: SY='V'; M= 16,-21, -3,-26,-21, -9,-19,-25, 11,-18,  0,  0,-19,-21,-20,-21, -1, -1, 23,-27,-14,-21;
/M: SY='Y'; M= -9, -6,-24, -8, -6, -4,-15, -3,-16, -3,-15,-11, -3,-18, -4, -1, -2,  2,-14, -3, 10, -6;
/M: SY='G'; M=  0, -7,-29, -6,-16,-29, 59,-18,-38,-18,-28,-20,  1,-19,-17,-19,  1,-17,-28,-22,-28,-16;
/M: SY='P'; M= -3,-11,-30, -6,  2,-22,-18,-14,-14, -8,-13,-12,-13, 33, -6,-13, -8, -8,-18,-27,-20, -5;
/M: SY='G'; M=  0, -4,-28, -4,-12,-30, 49,-16,-35,-15,-28,-19,  3,-15,-12,-16,  2,-15,-28,-23,-27,-12;
/M: SY='L'; M= -9,-21,-20,-22,-15,  2,-27,-17, 13,-21, 28, 12,-20,-26,-15,-14,-20, -8,  8,-23, -4,-15;
/M: SY='E'; M= -5,  1,-24,  4, 16,-25,-14, -3,-20,  4,-19,-11,  0, -9, 11,  2,  4, -3,-16,-29,-15, 13;
/M: SY='R'; M= -5, -7,-26, -7,  0,-24, -4, -9,-23,  9,-22,-12, -2, -6,  0, 12, -1, -6,-16,-25,-16, -2;
/M: SY='A'; M=  9, -4,-20, -7, -5,-21,  7,-15,-18, -8,-15,-11, -2,-12, -8,-12,  5,  0,-12,-25,-19, -7;
/I:         I=-5; MI=0; MD=-15; IM=0;
/M: SY='R'; M= -9,-12,-22,-14, -7, -4,-20,-10, -6,  0, -8, -3, -7,-11, -6,  3, -7, -4, -4,-19, -4, -8; D=-3;
/I:         DM=-15;
/M: SY='V'; M=  3,-22,-13,-25,-21, -4,-25,-25, 16,-17,  8,  5,-21,-24,-21,-16, -8,  1, 26,-25,-10,-21;
/M: SY='G'; M= -6,  3,-25,  0, -9,-22, 27, -9,-30, -7,-25,-17, 12,-19,-11, -7,  0,-12,-25,-25,-20,-10;
/M: SY='E'; M= -6, -1,-25,  1, 14,-24,-18, -2,-20, 12,-19,-10, -1, -7, 12,  6, -1, -5,-17,-26,-12, 13;
/M: SY='P'; M= -4, -8,-27, -5,  2,-23,-18,-12,-15, -4,-20,-13, -8, 23, -4,-10,  0,  1,-14,-29,-18, -3;
/M: SY='A'; M= 16, -6,-10,-13, -9,-18, -9,-15,-10, -8,-13, -9, -3,-14, -5, -9, 10,  9, -2,-27,-16, -7;
/M: SY='E'; M= -7,  5,-24,  9, 19,-21,-15,  0,-22,  2,-18,-14,  1,-10,  7, -3,  4, -1,-19,-26, -8, 12;
/M: SY='F'; M=-17,-28,-20,-36,-27, 57,-30,-18,  6,-28, 14,  4,-21,-29,-32,-19,-19, -9,  4,  2, 22,-27;
/M: SY='T'; M= -4, -4,-18, -8, -8,-11,-19,-12, -4, -8, -6, -4, -3,-15, -7, -9,  3, 10,  0,-27, -8, -8;
/M: SY='V'; M= -6,-30,-15,-34,-29,  4,-33,-28, 33,-25, 18, 14,-26,-27,-26,-24,-16, -5, 35,-24, -4,-29;
/M: SY='D'; M=-14, 21,-28, 29, 12,-25,-13,  2,-28,  1,-21,-18, 10,-13,  2, -3, -3, -9,-23,-27,-11,  6;
/M: SY='A'; M= 11,-12, -4,-19,-14,-13,-12,-21, -6,-15, -6, -7,-10,-15,-13,-17,  4, 10,  1,-26,-14,-14;
/I:         I=-5; MI=0; MD=-16; IM=0;
/M: SY='R'; M= -3, -3,-19, -5, -2,-18, -8,-10,-18,  5,-18,-11,  1,-11, -1,  7,  3,  2,-12,-24,-13, -3; D=-3;
/I:         DM=-16;
/M: SY='N'; M=  0,  4,-23,  3,  4,-24, -1, -8,-22,  2,-21,-14,  5,-10, -1, -2,  3, -3,-17,-27,-18,  1; D=-3;
/I:         DM=-16;
/M: SY='A'; M= 25, -4,-16, -9, -6,-21,  2,-16,-14, -9,-14,-12, -3,-12, -8,-16,  8,  0, -7,-23,-18, -7;
/M: SY='G'; M= -1, -4,-28, -2,-11,-28, 43,-17,-33,-13,-26,-18,  0,-17,-14,-16,  0,-14,-24,-23,-25,-12;
/M:         M= -1, -5,-21, -6,  0,-18, -7,-10,-15, -2,-14, -9, -4,-11, -2, -6, -1, -4,-12,-25,-13, -1;
/M: SY='G'; M=  2,  2,-25,  2, -8,-28, 35,-14,-32,-12,-28,-20,  7,-15,-11,-14,  6, -9,-24,-26,-25,-10;
/M: SY='D'; M= -6,  2,-27,  4,  4,-26, -5, -6,-22,  2,-19,-10,  1, -2,  3, -3, -2, -7,-20,-27,-17,  3;
/M: SY='L'; M= -8,-29,-20,-31,-23, 13,-30,-22, 21,-27, 31, 16,-27,-25,-23,-21,-23, -8, 16,-19,  0,-23;
/M: SY='E'; M= -5,  1,-22,  1,  7,-21,-11, -9,-20,  3,-16,-12,  0,-12,  3,  2,  4,  4,-14,-27,-13,  4;
/M: SY='V'; M=  9,-23,-11,-28,-23, -4,-22,-26, 18,-20,  7,  6,-22,-23,-22,-21, -7, -1, 27,-25,-10,-23;
/M: SY='S'; M= -1, -4,-21, -6,  1,-19,-10, -6,-16,  0,-16, -9, -2,-14,  2,  0,  5,  3,-10,-25,-10,  0;
/M: SY='V'; M= -2,-28,-15,-33,-28,  1,-32,-28, 32,-24, 13, 12,-25,-26,-25,-23,-13, -4, 36,-25, -6,-28;
/M: SY='E'; M= -7, -5,-17, -5,  5,-18,-19, -3,-15,  2,-12, -7, -4,-13,  3,  4, -1,  0,-10,-27,-11,  3; D=-2;
/M: SY='G'; M= -2,  4,-23,  7, -5,-27, 23,-11,-29,-12,-25,-19,  4,-12,-10,-14,  6, -6,-21,-29,-23, -7; D=-2;
/M: SY='P'; M= -5,-15,-35, -7, -1,-27,-14,-18,-19,-10,-25,-18,-15, 64, -9,-19, -6, -9,-26,-29,-27, -9; D=-2;
/M: SY='S'; M=  1,  8,-16,  9,  5,-23, -8, -6,-22,  0,-23,-15,  7,-11,  2, -3, 14,  6,-15,-32,-16,  3; D=-2;
/M: SY='G'; M= -3, -7,-28, -7, -7,-27, 27,-15,-29, -5,-25,-15, -1,-10, -8, -6, -1,-12,-23,-22,-22, -8; D=-2;
/M: SY='A'; M=  2, -5,-18, -7, -4,-19, -9,-11,-14, -1,-16,-10, -2, -7, -5, -2,  1, -3, -8,-27,-16, -5; D=-2;
/I:         I=-4; MI=-15; MD=-20; IM=-15; DM=-20;
/M: SY='P'; M= -6, -5,-12, -3,  2,-15,-13,-11, -9, -4,-10, -7, -7,  4, -4, -8, -5, -4, -7,-22,-13, -2; D=-2;
/I:         DM=-20;
/M: SY='V'; M= -1, -9,-16,-11, -1, -9,-18, -9,  0, -8, -3, -2, -8,-12, -7, -9, -4, -3,  3,-21, -8, -5; D=-2;
/I:         DM=-20;
/M: SY='E'; M=-12,  6,-28, 14, 17,-28,-15, -2,-27,  4,-23,-17,  0, 10,  2, -3, -5, -9,-25,-29,-17,  8;
/M: SY='V'; M=  0,-21, -3,-26,-22, -6,-25,-22, 11,-19,  2,  3,-19,-16,-20,-20, -8, -1, 17,-28,-11,-22;
/M: SY='E'; M= -7,  4,-20,  5,  6,-19,-15, -2,-19,  2,-16,-10,  3,-15,  3,  0, -1, -4,-15,-26, -9,  4;
/M: SY='V'; M= -5,-24, -5,-28,-22, -5,-29,-23, 17,-19,  8, 10,-21,-21,-17,-18,-13, -5, 19,-26, -9,-21;
/M: SY='E'; M= -8, -7,-24, -7,  3,-17,-22, -9, -6,  3, -9, -2, -8,-13,  3, -2, -5, -3, -4,-24, -8,  2;
/M: SY='D'; M=-13, 21,-28, 30, 16,-31,-13,  3,-30,  6,-23,-18,  8, -9,  4,  3, -2, -9,-24,-32,-15,  9;
/M: SY='N'; M=-10,  1,-21, -5, -5,-12,-14,  2, -9, -5, -6, -2,  9,-21, -3,  0, -5, -5,-11,-28, -9, -5;
/M: SY='G'; M= -5,  0,-29,  2,  1,-28, 14, -6,-29, -3,-26,-15,  3, -3, -2, -6, -1,-11,-25,-26,-20, -2;
/M: SY='D'; M=-13, 32,-27, 40, 15,-33, -8,  3,-32,  1,-28,-23, 21, -7,  4, -6,  3, -7,-28,-36,-19,  9;
/I:         I=-6; MI=-29; MD=-29; IM=-29;
/M: SY='G'; M= -3,  0,-27, -1,-10,-26, 36, -7,-32,-12,-26,-17,  6,-18,-10,-10,  1,-12,-25,-24,-21,-11; D=-6;
/I:         I=-6; MI=-29; MD=-29; IM=-29; DM=-29;
/M: SY='T'; M= -3, -5,-14, -9, -5,-14,-17, -9,-11, -3,-11, -6, -3,-13, -3, -3,  8, 19, -4,-27, -9, -5; D=-6;
/I:         I=-6; MI=-29; IM=-29; DM=-29;
/M: SY='Y'; M=-16,-19,-10,-22,-21, 21,-28,  4, -3,-16, -2, -2,-17,-28,-16,-14,-15, -8, -6,  6, 39,-20;
/M: SY='S'; M= -3,  0,-18, -2, -3,-19, -8, -9,-18, -3,-15,-10,  1,-16, -3, -1,  3,  3,-12,-26,-14, -4;
/M: SY='V'; M=  3,-26, -4,-30,-27, -2,-27,-27, 22,-21,  7,  8,-24,-26,-25,-22,-10, -3, 32,-27,-10,-26;
/M: SY='S'; M= -1, -4,-16, -6,  2,-16,-14,-11,-17,  2,-18,-12, -1,-13, -1,  5,  9,  9, -9,-27,-13,  0;
/M: SY='Y'; M=-19,-24,-22,-27,-24, 43,-30,  3, -1,-17,  2, -1,-21,-30,-21,-14,-20,-11, -7, 24, 57,-24;
/M: SY='T'; M= -4,-12,-17,-16,-12, -7,-24,-18,  2, -9, -2, -2,-10,-18,-12, -8,  0, 12,  8,-22, -5,-13;
/M: SY='P'; M= -6,-20,-36,-13, -4,-24,-20,-20,-14,-12,-23,-14,-20, 70,-11,-20,-10, -9,-22,-28,-25,-12;
/M: SY='K'; M= -4, -6,-23, -7,  0,-15,-20, -7,-12,  4,-10, -4, -6,-12,  2,  3, -4, -1, -9,-21, -5,  0;
/M: SY='E'; M= -6,  0,-21,  4, 23,-25,-18, -2,-20,  4,-16,-11, -4,-10, 11, -1, -1, -5,-16,-28,-15, 17;
/M: SY='P'; M= -1, -8,-25, -7,  0,-21,-16,-15,-12, -5,-16,-10, -9, 15, -6,-10, -3, -1,-10,-28,-19, -5;
/M: SY='G'; M= -1,-11,-29,-11,-19,-28, 59,-20,-34,-18,-27,-17, -2,-20,-19,-18, -1,-18,-24,-20,-27,-19;
/M: SY='D'; M=-10,  6,-26,  9,  7,-23,-18,-10,-17,  1,-17,-13,  1,  3, -2, -4, -2,  0,-15,-30,-16,  1;
/M: SY='H'; M=-19,-11,-30,-11,-10,  6,-25, 52,-14,-10, -9,  0, -6,-24, -1, -6,-15,-14,-18,  2, 47,-10;
/M: SY='T'; M= -2, -5,-18, -8, -2,-14,-16,-12, -9, -6, -9, -7, -3,-15, -4, -6,  6, 12, -3,-29,-12, -3;
/M: SY='I'; M= -5,-28,-20,-32,-27,  1,-33,-28, 34,-25, 18, 14,-25,-25,-23,-24,-16, -5, 33,-22, -4,-27;
/M: SY='N'; M= -7,  6,-20,  5,  2,-17,-10, -1,-17, -5,-16,-10,  7,-15, -2, -7,  4,  1,-14,-29,-10, -1;
/M: SY='V'; M= -3,-29,-15,-32,-29, -1,-32,-29, 33,-23, 13, 13,-26,-26,-25,-23,-13, -3, 39,-27, -7,-29;
/M: SY='K'; M= -9, -7,-23,-10, -4, -9,-21,-12,-12,  7, -8, -5, -6,-16, -3,  6, -4,  5, -8,-18, -3, -4;
/M: SY='Y'; M=-16,-27,-24,-30,-24, 29,-28,-11,  2,-18,  5,  0,-24,-29,-22,-16,-22,-11, -1, 24, 33,-23;
/M: SY='N'; M= -2, 15,-24, 13, -2,-27, 15, -5,-28, -6,-25,-19, 18,-16, -5, -8,  4, -8,-24,-30,-21, -4;
/M: SY='G'; M= -5,  3,-29,  7, -7,-30, 42,-12,-37,-12,-29,-21,  5,-17,-12,-14,  0,-16,-29,-24,-23,-10;
/I:         MD=-35;
/M: SY='E'; M= -8,  1,-24,  3, 14,-21,-17, -3,-15,  1,-14, -8,  0,-10,  8, -2, -2, -6,-12,-28,-13, 10; D=-5;
/I:         I=-10; MI=-10; IM=-10; DM=-27;
/M: SY='H'; M=-10, -2,-30,  0,  5,-25,-17, 24,-23, -5,-23,-11,  1, 16,  5, -7, -3, -9,-25,-30, -9,  2;
/M: SY='I'; M= -6,-28,-19,-33,-27, -1,-33,-26, 33,-24, 14, 13,-23,-25,-22,-23,-15, -5, 32,-22, -4,-27;
/M: SY='P'; M= -5,-12,-32, -7,  1,-27,-14,-14,-21, -2,-25,-16,-11, 41, -4, -9, -5, -7,-24,-24,-22, -4;
/M: SY='G'; M= -2,  1,-25, -1, -5,-24, 20, -9,-28, -5,-23,-15,  6,-17, -6, -5,  1,-10,-22,-25,-20, -6;
/M: SY='S'; M= 10, -4,-10, -6, -5,-14, -1,-12,-17,-11,-24,-16,  4,-13, -5,-11, 28, 13, -9,-33,-15, -5;
/M: SY='P'; M=-10,-20,-39,-10,  0,-29,-20,-20,-20, -9,-29,-19,-20, 86,-10,-19,-10,-10,-29,-30,-29,-10;
/M: SY='F'; M=-15,-25,-20,-32,-24, 48,-28,-14,  2,-22,  7,  2,-18,-27,-26,-16,-16, -8,  0,  2, 25,-23;
/M: SY='R'; M= -6, -5,-24, -6,  3,-20,-19, -9,-14,  8,-14, -6, -4, -9,  5,  9, -1,  2,-11,-24,-11,  3;
/M: SY='V'; M=  1,-25, -3,-28,-25, -1,-27,-27, 18,-21,  7,  5,-23,-27,-24,-21, -8,  0, 30,-28, -9,-25;
/M: SY='K'; M= -8, -5,-22, -6, -1,-16,-18,  1,-15,  5,-13, -4, -2,-12,  1,  4, -5, -4,-11,-24, -5, -1;
/M: SY='V'; M=  3,-27,-11,-31,-27, -4,-26,-28, 25,-22, 10,  9,-24,-25,-24,-23,-11, -4, 33,-26,-10,-27;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2014_07 which contains 546'000 sequence entries.


Total number of hits 232 in 44 different sequences
Number of true positive hits 230 in 42 different sequences
Number of 'unknown' hits
Number of false positive hits 2 in 2 different sequences
Number of false negative sequences 0
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 99.14 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] K_Hofmann
Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 24
Feature key [info] REPEAT
Feature description [info] Filamin
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
42 sequences

AREL1_HUMAN (O15033), AREL1_MOUSE (Q8CHG5), DYHA_CHLRE  (Q39610), 
FLNA_DROME  (Q9VEN1), FLNA_HUMAN  (P21333), FLNA_MOUSE  (Q8BTM8), 
FLNB_HUMAN  (O75369), FLNB_MOUSE  (Q80X90), FLNB_RABIT  (Q9MZD2), 
FLNC_HUMAN  (Q14315), FLNC_MOUSE  (Q8VHX6), FLNC_RAT    (D3ZHA0), 
GELA_DICDI  (P13466), GEX2_ARATH  (F4K4R6), HIW_DROME   (Q9NB71), 
KDEL1_DANRE (Q7ZVE6), KDEL1_HUMAN (Q6UW63), KDEL1_MOUSE (Q9JHP7), 
KDEL2_HUMAN (Q7Z4H8), KDEL2_RAT   (Q566E5), LIN41_BOVIN (E1BJS7), 
LIN41_CAEEL (Q9U489), LIN41_CHICK (Q1PRL4), LIN41_DANRE (E7FAM5), 
LIN41_HUMAN (Q2Q1W2), LIN41_MOUSE (Q1PSW8), LIN41_RAT   (D3ZVM4), 
LIN41_XENTR (F6QEU4), MYCB2_HUMAN (O75592), MYCB2_MOUSE (Q7TPH6), 
TRI45_BOVIN (Q5BIM1), TRI45_HUMAN (Q9H8W5), TRI45_MOUSE (Q6PFY8), 
TRIM2_AILME (D2GXS7), TRIM2_BOVIN (A4IF63), TRIM2_CALJA (F7H9X2), 
TRIM2_HUMAN (Q9C040), TRIM2_MOUSE (Q9ESN6), TRIM2_RAT   (D3ZQG6), 
TRIM3_HUMAN (O75382), TRIM3_MOUSE (Q9R1R2), TRIM3_RAT   (O70277)
» More

UniProtKB/Swiss-Prot
False positive sequences
2 sequences

SOD5_CANAL  (Q5AD07), Y9956_DICDI (Q55EI8)

		
PDB
[Detailed view]
46 PDB

1KSR; 1QFH; 1V05; 1WLH; 2AAV; 2BP3; 2BRQ; 2D7M; 2D7N; 2D7O; 2D7P; 2D7Q; 2DI7; 2DI8; 2DI9; 2DIA; 2DIB; 2DIC; 2DJ4; 2DLG; 2DMB; 2DMC; 2DS4; 2E9I; 2E9J; 2EE6; 2EE9; 2EEA; 2EEB; 2EEC; 2EED; 2J3S; 2JF1; 2K3T; 2K7P; 2K7Q; 2K9U; 2NQC; 2W0P; 3CNK; 3ISW; 3RGH; 3V8O; 4B7L; 4M9P; 4MGX
» More

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission