Entry: PS50225

Forthcoming changes to the profile format
General information about the entry

Entry name [info] SOCS
Accession [info] PS50225
Entry type [info] MATRIX
Date [info] MAY-2002 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); SEP-2014 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC50225
Associated ProRule [info] PRU00194

Name and characterization of the entry

Description [info] SOCS box domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=50;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=45;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=0.1047; R2=0.01771829; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=1584.23095; R2=14.94919; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=473; N_SCORE=8.5; H_SCORE=7818; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=360; N_SCORE=6.5; H_SCORE=6981; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=-20; E1=-50; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='M'; M= -9,-16,-24,-17, -9,-10,-15, -7, -1, -6,  3, 10,-15,-21,  4, -6,-13,-10, -3,-16,  0, -3;
/M: SY='L'; M= -9,-29,-19,-30,-21,  8,-29,-19, 21,-27, 42, 23,-29,-29,-19,-19,-26, -9, 15,-21, -1,-20;
/M: SY='R'; M= -6, -1,-21, -1, -4,-21, -6,-12,-21,  4,-20,-13,  1,-15, -4, 10,  6,  7,-11,-28,-15, -5;
/M: SY='R'; M= -5,-11,-25,-16, -7,-17,-23, -4, -4,  2, -9, -1, -5,-16,  2, 10, -6, -3, -4,-22, -6, -5;
/M: SY='P'; M=-11, -9,-31, -2,  0,-24,-18,-12,-20, -2,-19,-15, -9, 31, -4,  2, -5, -6,-21,-29,-20, -5;
/M: SY='L'; M=-13,-30,-26,-32,-23, 18,-30,-17, 15,-26, 29, 11,-28,-29,-20,-20,-28,-12,  4,  7, 16,-22;
/I:         I=-5; MI=0; MD=-28; IM=0; DM=-28;
/M: SY='R'; M=-14, -2,-22, -4,  0,-15,-13,  1,-22, 19,-16, -9,  7,-15,  6, 45, -5, -6,-16,-18, -9,  0; D=-5;
/I:         I=-5; DM=-28;
/M: SY='R'; M= -5,-10,-27, -9, -1,-19,-16, -4,-20,  6,-20,-11, -6,  3,  7, 17, -1, -5,-19,-20, -7,  0;
/M: SY='S'; M=  7, -3,-15, -6, -2,-19, -9,-12,-19,  2,-22,-14,  3,-11, -1,  3, 20, 17, -9,-30,-15, -2;
/M: SY='N'; M= -9,  7,-23,  2,  6,-12,-12, -4,-22,  9,-23,-15, 14,-15,  1, 10,  5, -2,-20,-27,-11,  4;
/M: SY='P'; M=  6,-23,-21,-21,-15,-15,-21,-25,  4,-15, -8, -5,-23, 17,-19,-20, -6, -4, 12,-28,-19,-19;
/M: SY='H'; M= -9,-15,-27,-15, -7, -8,-20,  9,-15, -5, -7, -4, -9, -1, -5,  7,-12,-11,-15,-21, -4, -9;
/M: SY='S'; M=  4, -4,-16, -4, -2,-20, -8,-14,-18,-10,-26,-18,  2,  9, -4,-12, 27, 20,-12,-36,-20, -4;
/M: SY='L'; M=-10,-30,-20,-30,-20, 10,-30,-20, 20,-30, 50, 20,-30,-30,-20,-20,-30,-10, 10,-20,  0,-20;
/M: SY='Q'; M= -5, -4,-27, -5, 13,-33,-19,  4,-15,  4,-11,  1, -4,-12, 45,  4, -2, -9,-23,-20,-10, 29;
/M: SY='H'; M=-19,  7,-30, 11,  7,-19,-19, 67,-29, -6,-20, -7,  8,-17,  8, -2, -8,-17,-28,-26, 16,  4;
/M: SY='L'; M=-11,-30,-21,-32,-22, 15,-31,-21, 21,-30, 44, 18,-28,-29,-22,-21,-28,-10, 11,-18,  2,-22;
/M: SY='C'; M= -8,-18,106,-27,-27,-20,-27,-28,-29,-28,-21,-20,-17,-37,-27,-28, -5, -7,-10,-49,-29,-27;
/M: SY='R'; M=-18,-12, -7,-13, -5,-20,-22, -5,-30, 21,-20,-12, -3,-23,  4, 55,-10,-10,-18,-25,-13, -5;
/M: SY='L'; M= -6,-18,-24,-20, -9, -9,-23,-12,  3, -4, 12, 11,-15,-20, -1,  3,-16, -9, -1,-20, -6, -6;
/M: SY='T'; M=  4,-11, -1,-15,-10,-17,-17,-15,-11, -4,-13, -8, -8,-18, -4,  1,  5,  7,  0,-29,-15, -8;
/M: SY='I'; M= -6,-30,-22,-36,-30,  0,-36,-30, 42,-26, 16, 16,-24,-24,-24,-26,-16, -6, 38,-24, -4,-30;
/M: SY='R'; M=-11, -3, -8, -9,-10,-15,-18, -8,-12,  4,-15, -9,  6,-24, -7, 19, -5, -5, -4,-31,-15,-10;
/M: SY='R'; M= -4,  0,-25,  0,  0,-25, -4,  3,-28, 11,-24,-13,  3,-15,  2, 17,  2, -7,-20,-26,-12, -1;
/M: SY='C'; M= -3, -8, 29,-17,-17,-14,-21, -8,-14,-18,-10, -9, -5,-26,-16,-17, -2,  3, -4,-36,-15,-17;
/M: SY='V'; M= -4,-19,-15,-24,-20, -1,-27,-21, 15,-19, 14, 12,-18,-21,-17,-17, -6, 12, 19,-26, -6,-19;
/M: SY='G'; M= -2, -4,-29, -1, -5,-29, 17,-15,-28,-11,-26,-18, -4, 12, -6,-15,  0, -7,-25,-26,-25, -7;
/I:         I=-5; MI=0; MD=-28; IM=0; DM=-28;
/M: SY='V'; M= -6,-13,-14,-16,-13,  0,-20,-11,  6, -9,  5,  3,-12,-16,-10, -4, -6,  6,  8,-13,  3,-13; D=-5;
/I:         I=-5; DM=-28;
/M: SY='H'; M= -7,  5,-20,  8,  9,-22, -2, 12,-22,  2,-19,-10,  4, -9,  8,  0,  1, -7,-19,-21, -8,  8; D=-5;
/I:         I=-5; DM=-28;
/M: SY='E'; M= -7,  1,-23,  2,  7,-18, -9, -7,-15, -8, -6, -8,  1,-15,  3, -8,  0, -2,-16,-28,-14,  5;
/M: SY='V'; M= -8,-28,-19,-30,-26,  8,-32,-18, 26,-22, 17, 12,-26,-28,-22,-20,-18, -6, 27,-14, 12,-26;
/M: SY='D'; M= -7, 17,-27, 25, 14,-30,-12, -5,-29,  3,-25,-20,  5,-11,  7, -5,  1, -7,-24,-17,-14, 11;
/M: SY='K'; M= -1, -4,-14, -7,  0,-24, -3,-14,-26,  9,-22,-13, -2,-14, -3,  5,  0,  0,-16,-25,-17, -2;
/M: SY='L'; M= -9,-30,-20,-31,-22,  8,-31,-22, 24,-29, 42, 19,-29,-29,-21,-21,-27, -9, 16,-21, -1,-22;
/I:         I=-8; MI=-8; MD=-33; IM=-8; DM=-33;
/M: SY='P'; M=-10,-18,-39, -9,  2,-31,-20,-17,-20, -8,-29,-18,-18, 79, -2,-17, -9,-10,-30,-29,-28, -4;
/M: SY='L'; M=-10,-30,-22,-32,-22,  8,-32,-22, 26,-30, 44, 20,-28,-28,-20,-22,-28,-10, 14,-20,  0,-22;
/M: SY='P'; M=-10,-14,-38, -7,  0,-29,-18,-17,-20, -9,-30,-20,-12, 79, -9,-18, -8, -9,-30,-31,-29, -9;
/M: SY='P'; M= -4,-11,-27,-10, -4,-21, -1,-16,-14,-11,-19,-12, -5,  8, -8,-11,  4, -1,-14,-28,-20, -8;
/M: SY='R'; M=  3,-14,-23,-16, -8,-14,-17,-10,-10,  5,-11, -2,-12, -6, -4,  9, -7, -6, -5,-18, -6, -8;
/M: SY='L'; M=-10,-28,-21,-31,-21,  7,-29,-18, 23,-26, 41, 27,-27,-27,-16,-19,-27,-10, 12,-20,  0,-19;
/M: SY='R'; M= -9,-10,-28,-12, -1,-20,-21, -8,-15, 19,-11, -3, -6,-17,  8, 29,-11, -9,-12,-20, -9,  1;
/M: SY='D'; M= -7, 17,-25, 25, 19,-29,-12, -3,-30,  6,-24,-21,  8,-10,  5,  7,  5, -5,-22,-32,-18, 11;
/M: SY='Y'; M=-20,-20,-27,-23,-20, 38,-28, 20, -5,-16,  0,  0,-15,-28,-16,-12,-18,-12,-10, 15, 55,-20;
/M: SY='L'; M=-10,-30,-20,-30,-20, 10,-30,-20, 20,-30, 50, 20,-30,-30,-20,-20,-30,-10, 10,-20,  0,-20;
/M: SY='K'; M= -8,  0,-24,  3,  7,-21,-17, -9,-19, 12,-13, -9, -2,-14,  2,  8, -2, -4,-14,-27,-12,  4;
/M: SY='Y'; M= -7, -5,-25, -3,  7,-11,-10,  3,-18, -4,-17,-10, -3,-15, 10, -5,  4, -3,-19,-12, 11,  7;
/M: SY='Y'; M=-17,-18,-27,-19, -9, 23,-27,  1, -6, -9,  1, -1,-15,-24, -6, -2,-16,-10,-11,  5, 32, -9;
/M: SY='P'; M= -9,  0,-27,  0, -3,-21,-18, -1,-10, -6,-18,-10,  3,  5, -4,-10,  0, -5,-13,-31,-12, -6;
/M: SY='F'; M= -5,-20,-21,-26,-18, 22,-22,-11, -1,-16,  1,  7,-16,-10,-18,-16,-10, -2, -3, -7, 12,-18;
/M: SY='Q'; M=  1, -5,-28, -5,  9,-32,-16, -5,-21, 13,-22, -7, -5,  4, 25,  5, -2, -8,-22,-21,-15, 16;
/I:         E1=0;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2014_10 which contains 546'790 sequence entries.


Total number of hits 116 in 116 different sequences
Number of true positive hits 116 in 116 different sequences
Number of 'unknown' hits
Number of false positive hits
Number of false negative sequences 2
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 98.31 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] K_Hofmann
Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 1
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] SOCS box
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
116 sequences

ASB10_HUMAN (Q8WXI3), ASB10_MOUSE (Q91ZT7), ASB11_BOVIN (Q3SZE4), 
ASB11_HUMAN (Q8WXH4), ASB11_MOUSE (Q9CQ31), ASB11_PONAB (Q5RFS1), 
ASB13_HUMAN (Q8WXK3), ASB13_MOUSE (Q8VBX0), ASB14_HUMAN (A6NK59), 
ASB14_MOUSE (Q8C6Y6), ASB14_RAT   (P0C927), ASB15_BOVIN (Q8HXA6), 
ASB15_HUMAN (Q8WXK1), ASB15_MOUSE (Q8VHS6), ASB16_HUMAN (Q96NS5), 
ASB16_MOUSE (Q8VHS5), ASB17_BOVIN (Q32KY8), ASB17_CANFA (Q8HYV8), 
ASB17_HUMAN (Q8WXJ9), ASB17_MACFA (Q95LR4), ASB17_MOUSE (Q8VHP9), 
ASB18_HUMAN (Q6ZVZ8), ASB18_MOUSE (Q8VHA6), ASB1_HUMAN  (Q9Y576), 
ASB1_MOUSE  (Q9WV74), ASB2_BOVIN  (Q3SX45), ASB2_HUMAN  (Q96Q27), 
ASB2_MOUSE  (Q8K0L0), ASB2_RAT    (Q5U2S6), ASB3_BOVIN  (Q08DV6), 
ASB3_HUMAN  (Q9Y575), ASB3_MOUSE  (Q9WV72), ASB4_HUMAN  (Q9Y574), 
ASB4_MOUSE  (Q9WV71), ASB5_BOVIN  (Q17QS6), ASB5_HUMAN  (Q8WWX0), 
ASB5_MOUSE  (Q9D1A4), ASB5_RABIT  (Q862Z2), ASB6_HUMAN  (Q9NWX5), 
ASB6_MOUSE  (Q91ZU1), ASB6_PONAB  (Q5R4M7), ASB7_HUMAN  (Q9H672), 
ASB7_MACFA  (Q9BGT9), ASB7_MOUSE  (Q91ZU0), ASB7_PONAB  (Q5RCK5), 
ASB8_BOVIN  (Q08E43), ASB8_HUMAN  (Q9H765), ASB8_MACFA  (Q4R544), 
ASB8_MOUSE  (Q91ZT9), ASB8_PONAB  (Q5R6D7), ASB9_HUMAN  (Q96DX5), 
ASB9_MOUSE  (Q91ZT8), CISH_BOVIN  (Q2HJ53), CISH_CHICK  (Q9PW70), 
CISH_HUMAN  (Q9NSE2), CISH_MOUSE  (Q62225), CISH_RAT    (O70512), 
DYH12_BOVIN (Q58CT0), GUS_DROME   (A1Z6E0), NEUL2_HUMAN (Q9BR09), 
NEUL2_MOUSE (Q9D0S4), RB40A_HUMAN (Q8WXH6), RB40B_HUMAN (Q12829), 
RB40B_MOUSE (Q8VHP8), RB40C_HUMAN (Q96S21), RB40C_MOUSE (Q8VHQ4), 
RB40L_HUMAN (P0C0E4), SOCS1_HUMAN (O15524), SOCS1_MOUSE (O35716), 
SOCS1_RAT   (Q9QX78), SOCS2_BOVIN (Q861R0), SOCS2_HUMAN (O14508), 
SOCS2_MOUSE (O35717), SOCS2_PIG   (Q7YRV6), SOCS2_RAT   (O88582), 
SOCS3_BOVIN (Q9BEG9), SOCS3_CANFA (Q68AM8), SOCS3_CHICK (Q90X67), 
SOCS3_HUMAN (O14543), SOCS3_MOUSE (O35718), SOCS3_RAT   (O88583), 
SOCS4_BOVIN (Q0VC91), SOCS4_HUMAN (Q8WXH5), SOCS4_MOUSE (Q91ZA6), 
SOCS4_PONAB (Q5RDX2), SOCS5_BOVIN (Q29RN6), SOCS5_HUMAN (O75159), 
SOCS5_MOUSE (O54928), SOCS6_HUMAN (O14544), SOCS6_MOUSE (Q9JLY0), 
SOCS6_PONAB (Q5RCM6), SOCS7_HUMAN (O14512), SOCS7_MOUSE (Q8VHQ2), 
SPSB1_BOVIN (Q5E9X6), SPSB1_HUMAN (Q96BD6), SPSB1_MOUSE (Q9D5L7), 
SPSB2_HUMAN (Q99619), SPSB2_MOUSE (O88838), SPSB2_RAT   (Q5M877), 
SPSB3_BOVIN (Q3MHZ2), SPSB3_HUMAN (Q6PJ21), SPSB3_MOUSE (Q571F5), 
SPSB3_XENLA (Q5M9B1), SPSB3_XENTR (Q28DT9), SPSB4_HUMAN (Q96A44), 
SPSB4_MOUSE (Q8R5B6), TULP4_HUMAN (Q9NRJ4), TULP4_MOUSE (Q9JIL5), 
WSB1_DANRE  (Q7T2F6), WSB1_HUMAN  (Q9Y6I7), WSB1_MOUSE  (O54927), 
WSB1_TAKRU  (Q9W5Z5), WSB1_XENTR  (Q6P1V3), WSB2_BOVIN  (Q0V8J1), 
WSB2_HUMAN  (Q9NYS7), WSB2_MOUSE  (O54929)
» More

UniProtKB/Swiss-Prot
False negative sequences
2 sequences

ASB12_HUMAN (Q8WXK4), ASB12_MOUSE (Q9D738)

		
PDB
[Detailed view]
5 PDB

2C9W; 2IZV; 3ZKJ; 3ZNG; 4JGH

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission