PROSITE entry PS50225

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

PURL [info]	https://purl.expasy.org/prosite/signature/PS50225
Entry name [info]	SOCS
Accession [info]	PS50225
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-MAY-2002 CREATED; 10-MAY-2017 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC50225
Associated ProRule [info]	PRU00194

Name and characterization of the entry

Description [info]

SOCS box domain profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=50;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=45;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=0.1047000; R2=0.0177183; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=2404.3457031; R2=2.7730870; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=474; H_SCORE=3719; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=361; H_SCORE=3405; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=-20; E1=-50; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='M';  M= -9,-16,-24,-17, -9,-10,-15, -7, -1, -6,  3, 10,-15,-21,  4, -6,-13,-10, -3,-16,  0, -3;
/M: SY='L';  M= -9,-29,-19,-30,-21,  8,-29,-19, 21,-27, 42, 23,-29,-29,-19,-19,-26, -9, 15,-21, -1,-20;
/M: SY='R';  M= -6, -1,-21, -1, -4,-21, -6,-12,-21,  4,-20,-13,  1,-15, -4, 10,  6,  7,-11,-28,-15, -5;
/M: SY='R';  M= -5,-11,-25,-16, -7,-17,-23, -4, -4,  2, -9, -1, -5,-16,  2, 10, -6, -3, -4,-22, -6, -5;
/M: SY='P';  M=-11, -9,-31, -2,  0,-24,-18,-12,-20, -2,-19,-15, -9, 31, -4,  2, -5, -6,-21,-29,-20, -5;
/M: SY='L';  M=-13,-30,-26,-32,-23, 18,-30,-17, 15,-26, 29, 11,-28,-29,-20,-20,-28,-12,  4,  7, 16,-22;
/I:         I=-5; MI=0; MD=-28; IM=0; DM=-28;
/M: SY='R';  M=-14, -2,-22, -4,  0,-15,-13,  1,-22, 19,-16, -9,  7,-15,  6, 45, -5, -6,-16,-18, -9,  0; D=-5;
/I:         I=-5; DM=-28;
/M: SY='R';  M= -5,-10,-27, -9, -1,-19,-16, -4,-20,  6,-20,-11, -6,  3,  7, 17, -1, -5,-19,-20, -7,  0;
/M: SY='S';  M=  7, -3,-15, -6, -2,-19, -9,-12,-19,  2,-22,-14,  3,-11, -1,  3, 20, 17, -9,-30,-15, -2;
/M: SY='N';  M= -9,  7,-23,  2,  6,-12,-12, -4,-22,  9,-23,-15, 14,-15,  1, 10,  5, -2,-20,-27,-11,  4;
/M: SY='P';  M=  6,-23,-21,-21,-15,-15,-21,-25,  4,-15, -8, -5,-23, 17,-19,-20, -6, -4, 12,-28,-19,-19;
/M: SY='H';  M= -9,-15,-27,-15, -7, -8,-20,  9,-15, -5, -7, -4, -9, -1, -5,  7,-12,-11,-15,-21, -4, -9;
/M: SY='S';  M=  4, -4,-16, -4, -2,-20, -8,-14,-18,-10,-26,-18,  2,  9, -4,-12, 27, 20,-12,-36,-20, -4;
/M: SY='L';  M=-10,-30,-20,-30,-20, 10,-30,-20, 20,-30, 50, 20,-30,-30,-20,-20,-30,-10, 10,-20,  0,-20;
/M: SY='Q';  M= -5, -4,-27, -5, 13,-33,-19,  4,-15,  4,-11,  1, -4,-12, 45,  4, -2, -9,-23,-20,-10, 29;
/M: SY='H';  M=-19,  7,-30, 11,  7,-19,-19, 67,-29, -6,-20, -7,  8,-17,  8, -2, -8,-17,-28,-26, 16,  4;
/M: SY='L';  M=-11,-30,-21,-32,-22, 15,-31,-21, 21,-30, 44, 18,-28,-29,-22,-21,-28,-10, 11,-18,  2,-22;
/M: SY='C';  M= -8,-18,106,-27,-27,-20,-27,-28,-29,-28,-21,-20,-17,-37,-27,-28, -5, -7,-10,-49,-29,-27;
/M: SY='R';  M=-18,-12, -7,-13, -5,-20,-22, -5,-30, 21,-20,-12, -3,-23,  4, 55,-10,-10,-18,-25,-13, -5;
/M: SY='L';  M= -6,-18,-24,-20, -9, -9,-23,-12,  3, -4, 12, 11,-15,-20, -1,  3,-16, -9, -1,-20, -6, -6;
/M: SY='T';  M=  4,-11, -1,-15,-10,-17,-17,-15,-11, -4,-13, -8, -8,-18, -4,  1,  5,  7,  0,-29,-15, -8;
/M: SY='I';  M= -6,-30,-22,-36,-30,  0,-36,-30, 42,-26, 16, 16,-24,-24,-24,-26,-16, -6, 38,-24, -4,-30;
/M: SY='R';  M=-11, -3, -8, -9,-10,-15,-18, -8,-12,  4,-15, -9,  6,-24, -7, 19, -5, -5, -4,-31,-15,-10;
/M: SY='R';  M= -4,  0,-25,  0,  0,-25, -4,  3,-28, 11,-24,-13,  3,-15,  2, 17,  2, -7,-20,-26,-12, -1;
/M: SY='C';  M= -3, -8, 29,-17,-17,-14,-21, -8,-14,-18,-10, -9, -5,-26,-16,-17, -2,  3, -4,-36,-15,-17;
/M: SY='V';  M= -4,-19,-15,-24,-20, -1,-27,-21, 15,-19, 14, 12,-18,-21,-17,-17, -6, 12, 19,-26, -6,-19;
/M: SY='G';  M= -2, -4,-29, -1, -5,-29, 17,-15,-28,-11,-26,-18, -4, 12, -6,-15,  0, -7,-25,-26,-25, -7;
/I:         I=-5; MI=0; MD=-28; IM=0; DM=-28;
/M: SY='V';  M= -6,-13,-14,-16,-13,  0,-20,-11,  6, -9,  5,  3,-12,-16,-10, -4, -6,  6,  8,-13,  3,-13; D=-5;
/I:         I=-5; DM=-28;
/M: SY='H';  M= -7,  5,-20,  8,  9,-22, -2, 12,-22,  2,-19,-10,  4, -9,  8,  0,  1, -7,-19,-21, -8,  8; D=-5;
/I:         I=-5; DM=-28;
/M: SY='E';  M= -7,  1,-23,  2,  7,-18, -9, -7,-15, -8, -6, -8,  1,-15,  3, -8,  0, -2,-16,-28,-14,  5;
/M: SY='V';  M= -8,-28,-19,-30,-26,  8,-32,-18, 26,-22, 17, 12,-26,-28,-22,-20,-18, -6, 27,-14, 12,-26;
/M: SY='D';  M= -7, 17,-27, 25, 14,-30,-12, -5,-29,  3,-25,-20,  5,-11,  7, -5,  1, -7,-24,-17,-14, 11;
/M: SY='K';  M= -1, -4,-14, -7,  0,-24, -3,-14,-26,  9,-22,-13, -2,-14, -3,  5,  0,  0,-16,-25,-17, -2;
/M: SY='L';  M= -9,-30,-20,-31,-22,  8,-31,-22, 24,-29, 42, 19,-29,-29,-21,-21,-27, -9, 16,-21, -1,-22;
/I:         I=-8; MI=-8; MD=-33; IM=-8; DM=-33;
/M: SY='P';  M=-10,-18,-39, -9,  2,-31,-20,-17,-20, -8,-29,-18,-18, 79, -2,-17, -9,-10,-30,-29,-28, -4;
/M: SY='L';  M=-10,-30,-22,-32,-22,  8,-32,-22, 26,-30, 44, 20,-28,-28,-20,-22,-28,-10, 14,-20,  0,-22;
/M: SY='P';  M=-10,-14,-38, -7,  0,-29,-18,-17,-20, -9,-30,-20,-12, 79, -9,-18, -8, -9,-30,-31,-29, -9;
/M: SY='P';  M= -4,-11,-27,-10, -4,-21, -1,-16,-14,-11,-19,-12, -5,  8, -8,-11,  4, -1,-14,-28,-20, -8;
/M: SY='R';  M=  3,-14,-23,-16, -8,-14,-17,-10,-10,  5,-11, -2,-12, -6, -4,  9, -7, -6, -5,-18, -6, -8;
/M: SY='L';  M=-10,-28,-21,-31,-21,  7,-29,-18, 23,-26, 41, 27,-27,-27,-16,-19,-27,-10, 12,-20,  0,-19;
/M: SY='R';  M= -9,-10,-28,-12, -1,-20,-21, -8,-15, 19,-11, -3, -6,-17,  8, 29,-11, -9,-12,-20, -9,  1;
/M: SY='D';  M= -7, 17,-25, 25, 19,-29,-12, -3,-30,  6,-24,-21,  8,-10,  5,  7,  5, -5,-22,-32,-18, 11;
/M: SY='Y';  M=-20,-20,-27,-23,-20, 38,-28, 20, -5,-16,  0,  0,-15,-28,-16,-12,-18,-12,-10, 15, 55,-20;
/M: SY='L';  M=-10,-30,-20,-30,-20, 10,-30,-20, 20,-30, 50, 20,-30,-30,-20,-20,-30,-10, 10,-20,  0,-20;
/M: SY='K';  M= -8,  0,-24,  3,  7,-21,-17, -9,-19, 12,-13, -9, -2,-14,  2,  8, -2, -4,-14,-27,-12,  4;
/M: SY='Y';  M= -7, -5,-25, -3,  7,-11,-10,  3,-18, -4,-17,-10, -3,-15, 10, -5,  4, -3,-19,-12, 11,  7;
/M: SY='Y';  M=-17,-18,-27,-19, -9, 23,-27,  1, -6, -9,  1, -1,-15,-24, -6, -2,-16,-10,-11,  5, 32, -9;
/M: SY='P';  M= -9,  0,-27,  0, -3,-21,-18, -1,-10, -6,-18,-10,  3,  5, -4,-10,  0, -5,-13,-31,-12, -6;
/M: SY='F';  M= -5,-20,-21,-26,-18, 22,-22,-11, -1,-16,  1,  7,-16,-10,-18,-16,-10, -2, -3, -7, 12,-18;
/M: SY='Q';  M=  1, -5,-28, -5,  9,-32,-16, -5,-21, 13,-22, -7, -5,  4, 25,  5, -2, -8,-22,-21,-15, 16;
/I:         E1=0;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2025_01 which contains 572'970 sequence entries.

Total number of hits	117 in 117 different sequences
Number of true positive hits	117 in 117 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	0
Number of false negative sequences	2
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	98.32 %

Comments [info]

Taxonomic range [info]	Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info]	1
Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	reversed
Author [info]	K_Hofmann
Feature key [info]	DOMAIN
Feature description [info]	SOCS box
Version [info]	5

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences

117 sequences

ASB10_HUMAN (Q8WXI3), ASB10_MOUSE (Q91ZT7), ASB11_BOVIN (Q3SZE4),

ASB11_DANRE (Q70X92), ASB11_HUMAN (Q8WXH4), ASB11_MOUSE (Q9CQ31), 
ASB11_PONAB (Q5RFS1), ASB13_HUMAN (Q8WXK3), ASB13_MOUSE (Q8VBX0), 
ASB14_HUMAN (A6NK59), ASB14_MOUSE (Q8C6Y6), ASB14_RAT   (P0C927), 
ASB15_BOVIN (Q8HXA6), ASB15_HUMAN (Q8WXK1), ASB15_MOUSE (Q8VHS6), 
ASB16_HUMAN (Q96NS5), ASB16_MOUSE (Q8VHS5), ASB17_BOVIN (Q32KY8), 
ASB17_CANLF (Q8HYV8), ASB17_HUMAN (Q8WXJ9), ASB17_MACFA (Q95LR4), 
ASB17_MOUSE (Q8VHP9), ASB18_HUMAN (Q6ZVZ8), ASB18_MOUSE (Q8VHA6), 
ASB1_HUMAN  (Q9Y576), ASB1_MOUSE  (Q9WV74), ASB2_BOVIN  (Q3SX45), 
ASB2_HUMAN  (Q96Q27), ASB2_MOUSE  (Q8K0L0), ASB2_RAT(Q5U2S6), 
ASB3_BOVIN  (Q08DV6), ASB3_HUMAN  (Q9Y575), ASB3_MOUSE  (Q9WV72), 
ASB4_HUMAN  (Q9Y574), ASB4_MOUSE  (Q9WV71), ASB5_BOVIN  (Q17QS6), 
ASB5_HUMAN  (Q8WWX0), ASB5_MOUSE  (Q9D1A4), ASB5_RABIT  (Q862Z2), 
ASB6_HUMAN  (Q9NWX5), ASB6_MOUSE  (Q91ZU1), ASB6_PONAB  (Q5R4M7), 
ASB7_HUMAN  (Q9H672), ASB7_MACFA  (Q9BGT9), ASB7_MOUSE  (Q91ZU0), 
ASB7_PONAB  (Q5RCK5), ASB8_BOVIN  (Q08E43), ASB8_HUMAN  (Q9H765), 
ASB8_MACFA  (Q4R544), ASB8_MOUSE  (Q91ZT9), ASB8_PONAB  (Q5R6D7), 
ASB9_HUMAN  (Q96DX5), ASB9_MOUSE  (Q91ZT8), CISH_BOVIN  (Q2HJ53), 
CISH_CHICK  (Q9PW70), CISH_HUMAN  (Q9NSE2), CISH_MOUSE  (Q62225), 
CISH_RAT(O70512), DYH12_BOVIN (Q58CT0), GUS_DROME   (A1Z6E0), 
NEUL2_HUMAN (Q9BR09), NEUL2_MOUSE (Q9D0S4), RB40A_HUMAN (Q8WXH6), 
RB40B_HUMAN (Q12829), RB40B_MOUSE (Q8VHP8), RB40C_HUMAN (Q96S21), 
RB40C_MOUSE (Q8VHQ4), RB40L_HUMAN (P0C0E4), SOCS1_HUMAN (O15524), 
SOCS1_MOUSE (O35716), SOCS1_RAT   (Q9QX78), SOCS2_BOVIN (Q861R0), 
SOCS2_HUMAN (O14508), SOCS2_MOUSE (O35717), SOCS2_PIG   (Q7YRV6), 
SOCS2_RAT   (O88582), SOCS3_BOVIN (Q9BEG9), SOCS3_CANLF (Q68AM8), 
SOCS3_CHICK (Q90X67), SOCS3_HUMAN (O14543), SOCS3_MOUSE (O35718), 
SOCS3_RAT   (O88583), SOCS4_BOVIN (Q0VC91), SOCS4_HUMAN (Q8WXH5), 
SOCS4_MOUSE (Q91ZA6), SOCS4_PONAB (Q5RDX2), SOCS5_BOVIN (Q29RN6), 
SOCS5_HUMAN (O75159), SOCS5_MOUSE (O54928), SOCS6_HUMAN (O14544), 
SOCS6_MOUSE (Q9JLY0), SOCS6_PONAB (Q5RCM6), SOCS7_HUMAN (O14512), 
SOCS7_MOUSE (Q8VHQ2), SPSB1_BOVIN (Q5E9X6), SPSB1_HUMAN (Q96BD6), 
SPSB1_MOUSE (Q9D5L7), SPSB2_HUMAN (Q99619), SPSB2_MOUSE (O88838), 
SPSB2_RAT   (Q5M877), SPSB3_BOVIN (Q3MHZ2), SPSB3_HUMAN (Q6PJ21), 
SPSB3_MOUSE (Q571F5), SPSB3_XENLA (Q5M9B1), SPSB3_XENTR (Q28DT9), 
SPSB4_HUMAN (Q96A44), SPSB4_MOUSE (Q8R5B6), TULP4_HUMAN (Q9NRJ4), 
TULP4_MOUSE (Q9JIL5), WSB1_DANRE  (Q7T2F6), WSB1_HUMAN  (Q9Y6I7), 
WSB1_MOUSE  (O54927), WSB1_TAKRU  (Q9W5Z5), WSB1_XENTR  (Q6P1V3), 
WSB2_BOVIN  (Q0V8J1), WSB2_HUMAN  (Q9NYS7), WSB2_MOUSE  (O54929)

» more

Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits:
[Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color]
[Clustal format, plain text] [Fasta format]
Retrieve the sequence logo from the alignment

UniProtKB/Swiss-Prot
False negative sequences

2 sequences

ASB12_HUMAN (Q8WXK4), ASB12_MOUSE (Q9D738)

PDB
[Detailed view]

20 PDB

2C9W; 2IZV; 2JZ3; 3ZKJ; 3ZNG; 4JGH; 5BO4; 6I4X; 6I5J; 6I5N; 6V9H; 7M6T;
» more