Entry: PS50276

Forthcoming changes to the profile format
General information about the entry

Entry name [info] PANCREATIC_HORMONE_2
Accession [info] PS50276
Entry type [info] MATRIX
Date [info] DEC-2001 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); JUL-2014 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC00238

Name and characterization of the entry

Description [info] Pancreatic hormone family profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=36;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=4; N2=33;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=-0.3308; R2=0.01804943; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=-1994.18218; R2=18.05149; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=489; N_SCORE=8.5; H_SCORE=5840; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=378; N_SCORE=6.5; H_SCORE=4829; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=-20; E1=-40; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; M0=-10;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='Y'; M=  1,-16,-22,-21,-18,  4, -5, -4, -5,-13, -3,  7,-13,-21,-11,-14, -8, -6, -5, -4, 16,-16;
/M: SY='P'; M=-10,-22,-37,-13, -3,-23,-22,-20,-13,-13,-16,-13,-22, 69,-12,-20,-13,-10,-23,-28,-25,-12;
/M: SY='P'; M=  7,-12,-21,-13, -7,-17,-13,-16, -7,-14,-10, -9, -8, 10, -7,-16,  5,  2, -8,-29,-18, -8;
/M: SY='Q'; M=-10, -1,-32,  3, 21,-33,-20, -4,-26, 21,-25,-11, -3,  9, 22, 10, -5,-10,-26,-24,-16, 21;
/M: SY='P'; M=-10,-20,-40,-10,  0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10;
/M: SY='E'; M= -9,  5,-25, 10, 18,-24,-20, -2,-19,  2,-17,-11, -2, -1,  5, -5, -1,  0,-15,-30,-14, 11;
/M: SY='Y'; M= -9, -3,-24, -8, -9, -1,-17, 12,-14, -1,-14, -9,  4,-22, -3,  5, -2, -2,-15, -8, 22, -9;
/M: SY='P'; M=-10,-20,-40,-10,  0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10;
/M: SY='G'; M= -2, -8,-29, -7,-11,-29, 51,-16,-37,-13,-28,-19,  0,-18,-13,-10,  1,-16,-28,-22,-27,-12;
/M: SY='D'; M=-13, 27,-29, 39, 31,-33,-10, -1,-33,  2,-26,-24, 12, -3,  6, -6,  2, -9,-29,-35,-21, 18;
/M: SY='D'; M=-15, 11,-25, 13, -3, -1,-12, -3,-19,-12,-10,-12,  5,-19,-10,-12, -7,-10,-18,-21, -2, -6;
/M: SY='A'; M= 31, -2,-13, -8, -5,-21, -4,-16,-15, -6,-15,-13, -4,-11, -7,-11, 11,  4, -5,-25,-19, -6;
/M: SY='S'; M= -1, -1,-20, -3, -2,-21,-10, -5,-19, -9,-26,-17,  5, 15, -4,-11, 16, 12,-17,-35,-18, -4;
/M: SY='P'; M=  0,-15,-28,-11,  0,-23,-19,-19,-12, -4,-19,-12,-16, 35, -9,-13, -6, -6,-10,-28,-22, -7;
/M: SY='E'; M= -6, 17,-27, 24, 37,-31,-15,  0,-28,  5,-22,-19,  7, -5, 16, -3,  2, -8,-27,-31,-19, 26;
/M: SY='E'; M= -7, 17,-28, 25, 32,-34,-15,  1,-28,  5,-22,-17,  5, -6, 22, -2,  1, -9,-27,-29,-17, 27;
/M: SY='L'; M=-12,-28,-23,-30,-21, 10,-28,-13, 16,-24, 35, 23,-28,-28,-15,-17,-28,-11,  6, -5, 10,-18;
/M: SY='A'; M= 11, -8,-20,-14, -6,-19,-13,-10,-11,  2,-12, -7, -3,-15,  2, 10,  1, -3, -6,-22,-14, -4;
/M: SY='Q'; M=-13, -1,-29, -1,  7,-23,-21, -3,-18, 13,-17, -6, -1,-14, 20, 17, -5, -9,-18,-21, -8, 13;
/M: SY='Y'; M=-20,-21,-29,-22,-21, 36,-30, 15,  0,-12,  1,  0,-20,-30,-14,-11,-20,-10, -9, 28, 74,-21;
/M: SY='Y'; M=-10,-21,-24,-22,-15, 11,-26,  0,  5,-16, 17,  8,-21,-26,-11,-13,-20, -9, -1, -2, 27,-15;
/M: SY='A'; M=  7,  3,-19,  1, -1,-21,-10,-10,-20,  3,-18,-14,  3,-13, -2,  6,  7,  4,-12,-28,-16, -2;
/M: SY='B'; M=  9, 13,-20, 11, 11,-27, -7, -4,-21, -1,-21,-16, 12,-10,  7, -7,  7, -3,-19,-29,-19,  9;
/M: SY='L'; M= -8,-30,-19,-31,-23,  6,-31,-23, 25,-27, 36, 19,-29,-29,-22,-21,-24, -8, 22,-22, -2,-23;
/M: SY='R'; M=-13,  4,-26, -1,  3,-21,-14,  4,-24, 14,-22,-11, 14,-18, 15, 31,  1, -5,-23,-24, -9,  6;
/M: SY='H'; M=-14,  3,-30,  4, 20,-28,-19, 30,-27, 10,-21, -8,  5,-12, 23, 14, -5,-12,-28,-26, -4, 19;
/M: SY='Y'; M=-20,-20,-30,-20,-20, 30,-30, 20,  0,-10,  0,  0,-20,-30,-10,-10,-20,-10,-10, 30, 80,-20;
/M: SY='I'; M=-12,-28,-26,-33,-25, 13,-34,-19, 27,-23, 19, 13,-21,-25,-20,-19,-21, -9, 16,-11, 13,-25;
/M: SY='N'; M=  2, 19,-18,  6, -1,-20, -4,  1,-16, -3,-20,-14, 31,-17,  3, -5,  9,  2,-20,-33,-18,  1;
/M: SY='L'; M= -9,-24,-21,-29,-22,  6,-30,-20, 23,-24, 26, 17,-20,-26,-19,-18,-20, -6, 16,-21, -1,-22;
/M: SY='I'; M= -8,-28,-22,-33,-26,  4,-32,-20, 32,-23, 19, 21,-24,-25,-19,-21,-19, -7, 26,-18,  5,-25;
/M: SY='T'; M= -1, -5,-17,-12,-14,-12, 10,-20,-20,-14,-16,-13, -1,-14,-15,-14, 11, 23,-10,-25,-15,-14;
/M: SY='R'; M=-20,-10,-30,-10,  0,-20,-20,  0,-30, 30,-20,-10,  0,-20, 10, 70,-10,-10,-20,-20,-10,  0;
/M: SY='P'; M=-11,-10,-33, -6,  6,-30,-20,  5,-21, -4,-24,-10, -8, 37, 15, -7, -5, -7,-28,-27,-16,  7;
/M: SY='R'; M=-20,-10,-30,-10,  0,-20,-20,  0,-30, 30,-20,-10,  0,-20, 10, 70,-10,-10,-20,-20,-10,  0;
/M: SY='Y'; M=-20,-25,-25,-29,-25, 54,-30,  1,  0,-19,  5,  0,-20,-30,-24,-15,-20,-10, -5, 21, 56,-25;
/I:         E1=0;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2014_09 which contains 546'439 sequence entries.


Total number of hits 85 in 85 different sequences
Number of true positive hits 85 in 85 different sequences
Number of 'unknown' hits
Number of false positive hits
Number of false negative sequences 7
Number of 'partial' sequences 7
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 92.39 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] K_Hofmann
Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 1
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
85 sequences

NPF_ARTTR   (P41334), NPF_HELAS   (P41321), NPF_MONEX   (P41967), 
NPY1_CONBE  (P0CJ22), NPY2_CONBE  (P0CJ23), NPY_ALLMI   (P68007), 
NPY_APLCA   (Q27441), NPY_BOVIN   (Q6RUW3), NPY_CARAU   (P28672), 
NPY_CAVPO   (P68008), NPY_CHICK   (P28673), NPY_CYPCA   (Q9DGK7), 
NPY_DANRE   (Q9I8P3), NPY_DICLA   (Q9PTA0), NPY_GADMO   (P80167), 
NPY_HUMAN   (P01303), NPY_ICTPU   (Q9I9D3), NPY_LAMFL   (P48097), 
NPY_MACMU   (Q9XSW6), NPY_MOUSE   (P57774), NPY_ONCMY   (P29071), 
NPY_PAROL   (Q90WF4), NPY_PELRI   (P69101), NPY_PIG     (P01304), 
NPY_RABIT   (P68006), NPY_RANTE   (P69102), NPY_RAT     (P07808), 
NPY_SHEEP   (P14765), NPY_TORMA   (P28674), NPY_TYPNA   (Q9PW68), 
NPY_XENLA   (P33689), PAHO_ALLMI  (P06305), PAHO_ANSAN  (P06304), 
PAHO_BOVIN  (P01302), PAHO_CANFA  (P01299), PAHO_CAVPO  (P13083), 
PAHO_CERSI  (P37999), PAHO_CHICH  (P41519), PAHO_CHICK  (P68248), 
PAHO_DIDVI  (P18107), PAHO_EQUPR  (P68010), PAHO_EQUZE  (P68009), 
PAHO_ERIEU  (P41335), PAHO_FELCA  (P06884), PAHO_HUMAN  (P01298), 
PAHO_LARAR  (P41337), PAHO_LITCT  (P15427), PAHO_MACMU  (P33684), 
PAHO_MELGA  (P68249), PAHO_MOUSE  (P10601), PAHO_PIG    (P01300), 
PAHO_RABIT  (P41336), PAHO_RANTE  (P31229), PAHO_RAT    (P06303), 
PAHO_SHEEP  (P01301), PAHO_STRCA  (P11967), PAHO_TAPPI  (P39659), 
PMY_PETMA   (P80024), PPY_LOPAM   (P09475), PYY3_HUMAN  (Q5JQD4), 
PYYA_DANRE  (Q9I8P2), PYYV_VARER  (E2E4L2), PYY_AMICA   (P29205), 
PYY_ANGJA   (Q76CL2), PYY_ATRSP   (P69094), PYY_BOVIN   (P51694), 
PYY_CANFA   (P68004), PYY_CHICK   (P29203), PYY_DICLA   (Q9PT99), 
PYY_HUMAN   (P10082), PYY_LAMFL   (P48098), PYY_MOUSE   (Q9EPS2), 
PYY_MYOSC   (P09641), PYY_ONCKI   (P69092), PYY_ONCMY   (P69093), 
PYY_ORENI   (P81028), PYY_PELRI   (P29204), PYY_PIG     (P68005), 
PYY_RABIT   (Q9TR93), PYY_RAJRH   (P29206), PYY_RAT     (P10631), 
PYY_SCYCA   (P69095), PYY_SQUAC   (P69096), PY_DICLA    (Q9PT98), 
SPYY_PHYBI  (P80952)
» More

UniProtKB/Swiss-Prot
False negative sequences
7 sequences

NPF_AEDAE   (Q8MP00), NPF_ANOGA   (Q7Q7R8), NPF_DROME   (Q9VET0), 
NPF_DROPS   (Q29B55), NPF_LOCMI   (P86442), PYY2_BOVIN  (P06833), 
PYY2_HUMAN  (Q9NRI6)
» More

UniProtKB/Swiss-Prot
'Partial' sequences
7 sequences

NPF_HELZE   (P85106), NPF_SCHGR   (P86443), PYF1_PENMO  (P84005), 
PYF2_PENMO  (P84006), PYF3_PENMO  (P84007), PYF4_PENMO  (P84008), 
PYF_LOLVU   (P84004)
» More

PDB
[Detailed view]
25 PDB

1BBA; 1F8P; 1FVN; 1ICY; 1K8V; 1LJV; 1PPT; 1QBF; 1QFA; 1RON; 1RU5; 1RUU; 1TZ4; 1TZ5; 1V1D; 2BF9; 2DEZ; 2DF0; 2H3S; 2H3T; 2H4B; 2L60; 2OON; 2OOP; 2RLK
» More

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission