Entry: PS50276

General information about the entry

Entry name [info] PANCREATIC_HORMONE_2
Accession [info] PS50276
Entry type [info] MATRIX
Date [info] DEC-2001 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); MAY-2015 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC00238

Name and characterization of the entry

Description [info] Pancreatic hormone family profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=36;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=4; N2=33;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=-0.3308; R2=0.01804943; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=-1994.18218; R2=18.05149; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=489; N_SCORE=8.5; H_SCORE=5840; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=378; N_SCORE=6.5; H_SCORE=4829; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=-20; E1=-40; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; M0=-10;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='Y'; M=  1,-16,-22,-21,-18,  4, -5, -4, -5,-13, -3,  7,-13,-21,-11,-14, -8, -6, -5, -4, 16,-16;
/M: SY='P'; M=-10,-22,-37,-13, -3,-23,-22,-20,-13,-13,-16,-13,-22, 69,-12,-20,-13,-10,-23,-28,-25,-12;
/M: SY='P'; M=  7,-12,-21,-13, -7,-17,-13,-16, -7,-14,-10, -9, -8, 10, -7,-16,  5,  2, -8,-29,-18, -8;
/M: SY='Q'; M=-10, -1,-32,  3, 21,-33,-20, -4,-26, 21,-25,-11, -3,  9, 22, 10, -5,-10,-26,-24,-16, 21;
/M: SY='P'; M=-10,-20,-40,-10,  0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10;
/M: SY='E'; M= -9,  5,-25, 10, 18,-24,-20, -2,-19,  2,-17,-11, -2, -1,  5, -5, -1,  0,-15,-30,-14, 11;
/M: SY='Y'; M= -9, -3,-24, -8, -9, -1,-17, 12,-14, -1,-14, -9,  4,-22, -3,  5, -2, -2,-15, -8, 22, -9;
/M: SY='P'; M=-10,-20,-40,-10,  0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10;
/M: SY='G'; M= -2, -8,-29, -7,-11,-29, 51,-16,-37,-13,-28,-19,  0,-18,-13,-10,  1,-16,-28,-22,-27,-12;
/M: SY='D'; M=-13, 27,-29, 39, 31,-33,-10, -1,-33,  2,-26,-24, 12, -3,  6, -6,  2, -9,-29,-35,-21, 18;
/M: SY='D'; M=-15, 11,-25, 13, -3, -1,-12, -3,-19,-12,-10,-12,  5,-19,-10,-12, -7,-10,-18,-21, -2, -6;
/M: SY='A'; M= 31, -2,-13, -8, -5,-21, -4,-16,-15, -6,-15,-13, -4,-11, -7,-11, 11,  4, -5,-25,-19, -6;
/M: SY='S'; M= -1, -1,-20, -3, -2,-21,-10, -5,-19, -9,-26,-17,  5, 15, -4,-11, 16, 12,-17,-35,-18, -4;
/M: SY='P'; M=  0,-15,-28,-11,  0,-23,-19,-19,-12, -4,-19,-12,-16, 35, -9,-13, -6, -6,-10,-28,-22, -7;
/M: SY='E'; M= -6, 17,-27, 24, 37,-31,-15,  0,-28,  5,-22,-19,  7, -5, 16, -3,  2, -8,-27,-31,-19, 26;
/M: SY='E'; M= -7, 17,-28, 25, 32,-34,-15,  1,-28,  5,-22,-17,  5, -6, 22, -2,  1, -9,-27,-29,-17, 27;
/M: SY='L'; M=-12,-28,-23,-30,-21, 10,-28,-13, 16,-24, 35, 23,-28,-28,-15,-17,-28,-11,  6, -5, 10,-18;
/M: SY='A'; M= 11, -8,-20,-14, -6,-19,-13,-10,-11,  2,-12, -7, -3,-15,  2, 10,  1, -3, -6,-22,-14, -4;
/M: SY='Q'; M=-13, -1,-29, -1,  7,-23,-21, -3,-18, 13,-17, -6, -1,-14, 20, 17, -5, -9,-18,-21, -8, 13;
/M: SY='Y'; M=-20,-21,-29,-22,-21, 36,-30, 15,  0,-12,  1,  0,-20,-30,-14,-11,-20,-10, -9, 28, 74,-21;
/M: SY='Y'; M=-10,-21,-24,-22,-15, 11,-26,  0,  5,-16, 17,  8,-21,-26,-11,-13,-20, -9, -1, -2, 27,-15;
/M: SY='A'; M=  7,  3,-19,  1, -1,-21,-10,-10,-20,  3,-18,-14,  3,-13, -2,  6,  7,  4,-12,-28,-16, -2;
/M: SY='B'; M=  9, 13,-20, 11, 11,-27, -7, -4,-21, -1,-21,-16, 12,-10,  7, -7,  7, -3,-19,-29,-19,  9;
/M: SY='L'; M= -8,-30,-19,-31,-23,  6,-31,-23, 25,-27, 36, 19,-29,-29,-22,-21,-24, -8, 22,-22, -2,-23;
/M: SY='R'; M=-13,  4,-26, -1,  3,-21,-14,  4,-24, 14,-22,-11, 14,-18, 15, 31,  1, -5,-23,-24, -9,  6;
/M: SY='H'; M=-14,  3,-30,  4, 20,-28,-19, 30,-27, 10,-21, -8,  5,-12, 23, 14, -5,-12,-28,-26, -4, 19;
/M: SY='Y'; M=-20,-20,-30,-20,-20, 30,-30, 20,  0,-10,  0,  0,-20,-30,-10,-10,-20,-10,-10, 30, 80,-20;
/M: SY='I'; M=-12,-28,-26,-33,-25, 13,-34,-19, 27,-23, 19, 13,-21,-25,-20,-19,-21, -9, 16,-11, 13,-25;
/M: SY='N'; M=  2, 19,-18,  6, -1,-20, -4,  1,-16, -3,-20,-14, 31,-17,  3, -5,  9,  2,-20,-33,-18,  1;
/M: SY='L'; M= -9,-24,-21,-29,-22,  6,-30,-20, 23,-24, 26, 17,-20,-26,-19,-18,-20, -6, 16,-21, -1,-22;
/M: SY='I'; M= -8,-28,-22,-33,-26,  4,-32,-20, 32,-23, 19, 21,-24,-25,-19,-21,-19, -7, 26,-18,  5,-25;
/M: SY='T'; M= -1, -5,-17,-12,-14,-12, 10,-20,-20,-14,-16,-13, -1,-14,-15,-14, 11, 23,-10,-25,-15,-14;
/M: SY='R'; M=-20,-10,-30,-10,  0,-20,-20,  0,-30, 30,-20,-10,  0,-20, 10, 70,-10,-10,-20,-20,-10,  0;
/M: SY='P'; M=-11,-10,-33, -6,  6,-30,-20,  5,-21, -4,-24,-10, -8, 37, 15, -7, -5, -7,-28,-27,-16,  7;
/M: SY='R'; M=-20,-10,-30,-10,  0,-20,-20,  0,-30, 30,-20,-10,  0,-20, 10, 70,-10,-10,-20,-20,-10,  0;
/M: SY='Y'; M=-20,-25,-25,-29,-25, 54,-30,  1,  0,-19,  5,  0,-20,-30,-24,-15,-20,-10, -5, 21, 56,-25;
/I:         E1=0;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2015_07 which contains 548'872 sequence entries.


Total number of hits 85 in 85 different sequences
Number of true positive hits 85 in 85 different sequences
Number of 'unknown' hits 0
Number of false positive hits 0
Number of false negative sequences 7
Number of 'partial' sequences 7
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 92.39 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] K_Hofmann
Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 1
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
85 sequences

NPF_ARTTR   (P41334), NPF_HELAS   (P41321), NPF_MONEX   (P41967), 
NPY1_CONBE  (P0CJ22), NPY2_CONBE  (P0CJ23), NPY_ALLMI   (P68007), 
NPY_APLCA   (Q27441), NPY_BOVIN   (Q6RUW3), NPY_CARAU   (P28672), 
NPY_CAVPO   (P68008), NPY_CHICK   (P28673), NPY_CYPCA   (Q9DGK7), 
NPY_DANRE   (Q9I8P3), NPY_DICLA   (Q9PTA0), NPY_GADMO   (P80167), 
NPY_HUMAN   (P01303), NPY_ICTPU   (Q9I9D3), NPY_LAMFL   (P48097), 
NPY_MACMU   (Q9XSW6), NPY_MOUSE   (P57774), NPY_ONCMY   (P29071), 
NPY_PAROL   (Q90WF4), NPY_PELRI   (P69101), NPY_PIG     (P01304), 
NPY_RABIT   (P68006), NPY_RANTE   (P69102), NPY_RAT     (P07808), 
NPY_SHEEP   (P14765), NPY_TORMA   (P28674), NPY_TYPNA   (Q9PW68), 
NPY_XENLA   (P33689), PAHO_ALLMI  (P06305), PAHO_ANSAN  (P06304), 
PAHO_BOVIN  (P01302), PAHO_CANFA  (P01299), PAHO_CAVPO  (P13083), 
PAHO_CERSI  (P37999), PAHO_CHICH  (P41519), PAHO_CHICK  (P68248), 
PAHO_DIDVI  (P18107), PAHO_EQUPR  (P68010), PAHO_EQUZE  (P68009), 
PAHO_ERIEU  (P41335), PAHO_FELCA  (P06884), PAHO_HUMAN  (P01298), 
PAHO_LARAR  (P41337), PAHO_LITCT  (P15427), PAHO_MACMU  (P33684), 
PAHO_MELGA  (P68249), PAHO_MOUSE  (P10601), PAHO_PIG    (P01300), 
PAHO_RABIT  (P41336), PAHO_RANTE  (P31229), PAHO_RAT    (P06303), 
PAHO_SHEEP  (P01301), PAHO_STRCA  (P11967), PAHO_TAPPI  (P39659), 
PMY_PETMA   (P80024), PPY_LOPAM   (P09475), PYY3_HUMAN  (Q5JQD4), 
PYYA_DANRE  (Q9I8P2), PYYV_VARER  (E2E4L2), PYY_AMICA   (P29205), 
PYY_ANGJA   (Q76CL2), PYY_ATRSP   (P69094), PYY_BOVIN   (P51694), 
PYY_CANFA   (P68004), PYY_CHICK   (P29203), PYY_DICLA   (Q9PT99), 
PYY_HUMAN   (P10082), PYY_LAMFL   (P48098), PYY_MOUSE   (Q9EPS2), 
PYY_MYOSC   (P09641), PYY_ONCKI   (P69092), PYY_ONCMY   (P69093), 
PYY_ORENI   (P81028), PYY_PELRI   (P29204), PYY_PIG     (P68005), 
PYY_RABIT   (Q9TR93), PYY_RAJRH   (P29206), PYY_RAT     (P10631), 
PYY_SCYCA   (P69095), PYY_SQUAC   (P69096), PY_DICLA    (Q9PT98), 
SPYY_PHYBI  (P80952)
» More

UniProtKB/Swiss-Prot
False negative sequences
7 sequences

NPF_AEDAE   (Q8MP00), NPF_ANOGA   (Q7Q7R8), NPF_DROME   (Q9VET0), 
NPF_DROPS   (Q29B55), NPF_LOCMI   (P86442), PYY2_BOVIN  (P06833), 
PYY2_HUMAN  (Q9NRI6)
» More

UniProtKB/Swiss-Prot
'Partial' sequences
7 sequences

NPF_HELZE   (P85106), NPF_SCHGR   (P86443), PYF1_PENMO  (P84005), 
PYF2_PENMO  (P84006), PYF3_PENMO  (P84007), PYF4_PENMO  (P84008), 
PYF_LOLVU   (P84004)
» More

PDB
[Detailed view]
25 PDB

1BBA; 1F8P; 1FVN; 1ICY; 1K8V; 1LJV; 1PPT; 1QBF; 1QFA; 1RON; 1RU5; 1RUU; 1TZ4; 1TZ5; 1V1D; 2BF9; 2DEZ; 2DF0; 2H3S; 2H3T; 2H4B; 2L60; 2OON; 2OOP; 2RLK
» More

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission