PROSITE entry PS50277

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

Entry name [info]	GLYCO_HORMONE_ALPHA_3
Accession [info]	PS50277
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-DEC-2001 CREATED; 10-MAY-2017 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC00623

Name and characterization of the entry

Description [info]

Glycoprotein hormones alpha chain family profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=86;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=81;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.4519000; R2=0.0071375; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=9107.9062500; R2=8.1050358; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=988; H_SCORE=17116; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=708; H_SCORE=14846; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=-50; E1=-50; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='P';  M= -9, -3,-35,  6, 19,-31, -8,-12,-27, -4,-27,-21, -8, 38,  0,-12, -5,-11,-30,-29,-26,  7;
/M: SY='E';  M= -4,  8,-28, 16, 53,-29,-18, -2,-28,  8,-19,-19, -1, -1, 17, -2,  1, -9,-27,-29,-20, 35;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='K';  M= -6, -2,-22, -4,  1,-21,-17,-11,-23, 22,-23,-11,  1,-12,  3, 21,  5, 10,-13,-25,-11,  1;
/M: SY='L';  M=-10,-29,-21,-29,-19,  7,-29,-20, 17,-29, 44, 17,-29,-21,-19,-20,-29,-10,  7,-21, -2,-19;
/M: SY='K';  M=-10, -4,-30, -4,  4,-30, -4, -7,-30, 28,-27,-10,  0,-14, 12, 25, -7,-12,-23,-20,-14,  7;
/M: SY='E';  M=-10,  0,-30,  7, 35,-25,-21, -6,-23, 10,-14,-13, -6,  3, 10,  1, -7,-10,-23,-27,-17, 22;
/M: SY='N';  M=-10, 40,-20, 20,  0,-20,  0, 10,-20,  0,-30,-20, 60,-20,  0,  0, 10,  0,-30,-40,-20,  0;
/M: SY='K';  M=-10, -4,-25, -6,  0,-20,-20,-11,-20, 20,-17, -8, -1, -7,  1, 19, -5,  3,-14,-24,-11, -1;
/M: SY='F';  M=-13,-27,-23,-31,-24, 20,-31,-16, 17,-19, 13,  8,-21,-27,-21,-12,-18, -8, 14, -8, 16,-24;
/M: SY='F';  M=-20,-30,-20,-40,-30, 80,-30,-20,  0,-30, 10,  0,-20,-30,-40,-20,-20,-10,  0, 10, 30,-30;
/M: SY='S';  M=  8, -2,-13, -1,  0,-21, -2,-11,-20,-10,-30,-20,  7,  0, -1,-11, 35, 17,-12,-39,-21, -1;
/M: SY='R';  M=-13,  8,-27,  3,  5,-25,-14,  0,-26, 27,-26,-12, 17,-16, 11, 32, -4, -7,-24,-26,-13,  6;
/I:         I=-5; MD=-28;
/M: SY='P';  M=-11, -3,-29,  5,  0,-20,-17,-12,-12,-10, -9, -6,-10, 28, -7,-15,-11, -9,-17,-27,-17, -6; D=-5;
/I:         I=-5; MD=-28;
/M: SY='G';  M=  1, -6,-19, -6,-12,-19, 41,-13,-25,-13,-20,-13,  1,-13,-12,-13,  3,-10,-19,-15,-19,-12; D=-5;
/I:         I=-5; MI=0; MD=-28; IM=0; DM=-28;
/M: SY='A';  M= 18,-10,-16,-14, -8,-18,  0,-13,-15, -1,-13, -9, -6,-14, -6,  4,  4, -3, -5,-20,-16, -8; D=-5;
/I:         I=-5; DM=-28;
/M: SY='P';  M=-10,-17,-35, -9,  0,-26,-18,-16,-19, -5,-26,-17,-16, 71, -7,-10, -9, -9,-26,-26,-25, -8; D=-5;
/I:         I=-5; DM=-28;
/M: SY='I';  M= -9,-30,-26,-37,-29,  1,-37,-29, 43,-29, 22, 19,-23,-23,-21,-27,-20, -9, 30,-21, -1,-29;
/M: SY='Y';  M=-18,-22,-28,-23,-21, 29,-29, 12,  3,-13,  6,  7,-21,-29,-12,-12,-21,-10, -6, 20, 62,-20;
/M: SY='Q';  M=-10,  0,-30,  0, 20,-40,-20, 10,-20, 10,-20,  0,  0,-10, 60, 10,  0,-10,-30,-20,-10, 40;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='M';  M= -5,-14,-16,-23,-17, -4,-19, -8, 10,-11,  8, 32,-13,-17, -5,-11, -4,  8,  9,-25, -5,-11;
/M: SY='G';  M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='F';  M=-20,-29,-21,-38,-29, 75,-30,-16,  0,-28,  9,  0,-20,-30,-37,-19,-20,-10, -1, 12, 35,-29;
/M: SY='S';  M= 10,  0,-10,  0,  0,-20,  0,-10,-20,-10,-30,-20, 10,-10,  0,-10, 40, 20,-10,-40,-20,  0;
/M: SY='R';  M=-20,-10,-30,-10,  0,-20,-20,  0,-30, 30,-20,-10,  0,-20, 10, 70,-10,-10,-20,-20,-10,  0;
/M: SY='A';  M= 50,-10,-10,-20,-10,-20,  0,-20,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-20, 10,  0,  0,-20,-20,-10;
/M: SY='Y';  M=-20,-20,-30,-20,-20, 30,-30, 20,  0,-10,  0,  0,-20,-30,-10,-10,-20,-10,-10, 30, 80,-20;
/M: SY='P';  M=-10,-20,-40,-10,  0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10;
/M: SY='T';  M=  0,  0,-10,-10,-10,-10,-20,-20,-10,-10,-10,-10,  0,-10,-10,-10, 20, 50,  0,-30,-10,-10;
/M: SY='P';  M=-10,-20,-40,-10,  0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10;
/M: SY='L';  M= -3,-23,-20,-25,-15, -2,-24,-14, 13,-19, 28, 19,-23,-24, -7,-15,-19, -8,  7,-21, -4,-11;
/M: SY='R';  M=-15, -7,-27, -8,  2,-22,-20, -3,-27, 25,-20, -9,  0,-17, 12, 50, -5, -2,-18,-21,-10,  3;
/M: SY='S';  M= 19, -2,-10, -5, -2,-20,  0,-12,-18,-10,-25,-18,  5,-10, -2,-12, 33, 15, -8,-35,-20, -2;
/M: SY='K';  M=-10, -6,-29, -8,  2,-24,-23,-10,-14, 31,-18,  2, -5,-12,  8, 17,-12,-10,-11,-20, -8,  5;
/M: SY='K';  M=-10,  0,-30,  0, 12,-32,-20, -5,-28, 41,-28, -8,  0,-10, 21, 25, -8,-10,-22,-20,-10, 17;
/M: SY='T';  M=  4, -1,-10,-11,-10,-11,-18,-20,-10,-10,-10,-10, -1,-10,-10,-11, 19, 46,  0,-29,-11,-10;
/M: SY='M';  M=-10,-20,-20,-30,-20,  0,-20,  0, 20,-10, 20, 60,-20,-20,  0,-10,-20,-10, 10,-20,  0,-10;
/M: SY='L';  M= -1,-24,-18,-27,-18,  4,-25,-20, 13,-25, 36, 13,-24,-25,-18,-19,-20, -2,  8,-21, -4,-18;
/M: SY='V';  M= -2,-30,-15,-32,-30,  0,-32,-30, 35,-22, 12, 12,-28,-28,-28,-22,-12, -2, 45,-28, -8,-30;
/M: SY='P';  M=-10,-17,-39, -9,  3,-31,-20,-16,-20, -7,-29,-17,-17, 75,  0,-16, -9,-10,-30,-29,-27, -3;
/M: SY='K';  M=-10,  0,-30,  0, 10,-30,-20,-10,-30, 50,-30,-10,  0,-10, 10, 30,-10,-10,-20,-20,-10, 10;
/M: SY='N';  M=-10, 40,-20, 20,  0,-20,  0, 10,-20,  0,-30,-20, 60,-20,  0,  0, 10,  0,-30,-40,-20,  0;
/M: SY='I';  M= -8,-30,-26,-38,-30,  0,-38,-30, 46,-28, 18, 18,-22,-22,-22,-28,-18, -8, 34,-22, -2,-30;
/M: SY='T';  M=  0,  0,-10,-10,-10,-10,-20,-20,-10,-10,-10,-10,  0,-10,-10,-10, 20, 50,  0,-30,-10,-10;
/M: SY='S';  M= 10,  0,-10,  0,  0,-20,  0,-10,-20,-10,-30,-20, 10,-10,  0,-10, 40, 20,-10,-40,-20,  0;
/M: SY='E';  M=-10, 10,-30, 20, 60,-30,-20,  0,-30, 10,-20,-20,  0,  0, 20,  0,  0,-10,-30,-30,-20, 40;
/M: SY='A';  M= 41, -8,-10,-16, -8,-20,  0,-18,-12,-10,-14,-12, -6,-10, -8,-18, 16,  4, -2,-24,-20, -8;
/M: SY='T';  M= -2,  0,-14, -8, -6,-14,-20,-18,-14,  3,-14,-10,  0,-10, -6, -1, 13, 37, -4,-28,-10, -6;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='V';  M=  0,-30,-10,-30,-30,  0,-30,-30, 30,-20, 10, 10,-30,-30,-30,-20,-10,  0, 50,-30,-10,-30;
/M: SY='A';  M= 50,-10,-10,-20,-10,-20,  0,-20,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-20, 10,  0,  0,-20,-20,-10;
/M: SY='K';  M=-11, -1,-30, -1,  9,-29,-20, -9,-30, 48,-29,-10,  0,-11, 10, 33,-10,-10,-20,-20,-10,  9;
/M: SY='E';  M=  3,  1,-21,  2, 16,-22,-13, 16,-23, -4,-19,-13,  2, -9,  6, -6,  9,  0,-18,-30,-10, 10;
/M: SY='F';  M= -6,-18,-21,-20,-18,  5, -7,-13, -3,-17, -4, -2,-14,-24,-14,-15, -5, -6,  1,-13,  4,-16;
/M: SY='Y';  M=-10, -4,-23, -7,  0, -2,-23, -1, -8, -4, -9, -7, -3,-16, -3, -7, -2,  9,-10,-10, 17, -4;
/M: SY='R';  M=-16, -4,-30, -1, 16,-24,-20, -2,-30, 28,-22,-12,  0,-14, 12, 48, -8,-10,-22,-22,-12, 11;
/M: SY='V';  M=  4,-21,-12,-25,-23, -4,-25,-26, 17,-18,  7,  5,-20,-23,-22,-18, -3, 10, 29,-28,-10,-23;
/I:         I=-6; MD=-30;
/M: SY='T';  M= -4, -5,-15, -9, -2,-11,-20,-14, -7, -1, -6, -2, -6,-12, -5, -4,  4, 20,  0,-25, -9, -4; D=-6;
/I:         I=-6; MD=-30;
/M: SY='V';  M= -1,-25,-10,-26,-25,  0,-27,-26, 23,-19, 12,  8,-25,-26,-25,-17, -9,  4, 37,-27, -8,-25; D=-6;
/I:         I=-6; MD=-30;
/M: SY='M';  M= -6, -8,-13,-12, -7, -4,-11, -1,  4,  3,  4, 23, -8,-10,  1,  0,-10, -6,  1,-11, -1, -3; D=-6;
/I:         I=-6; MI=-30; IM=-30; DM=-30;
/M: SY='D';  M= -6, 24,-27, 33,  3,-34, 17, -8,-36, -7,-28,-24, 13,-14, -7,-14,  2,-12,-27,-32,-23, -2;
/M: SY='N';  M= -8, 25,-24, 19, -2,-26, 18, -2,-29, -6,-30,-22, 33,-17, -6, -8,  8, -6,-29,-34,-23, -4;
/M: SY='I';  M= -7,-29,-22,-36,-29, 13,-33,-26, 32,-25, 15, 16,-22,-24,-24,-24,-16, -7, 28,-18,  2,-28;
/M: SY='R';  M=-12, -5,-28, -6,  3,-24,-20, -9,-26, 30,-24,-11, -2, -4,  5, 34, -6, -2,-18,-22,-12,  2;
/M: SY='V';  M= -4,-30,-16,-31,-27,  3,-31,-27, 30,-24, 23, 14,-29,-29,-26,-21,-17, -4, 36,-26, -6,-27;
/M: SY='E';  M=-10,  2,-25,  5, 29,-23,-20, -5,-23, 10,-17,-14, -1, -8, 10, 14,  1,  2,-18,-28,-15, 18;
/M: SY='N';  M=-10, 40,-20, 20,  0,-20,  0, 10,-20,  0,-30,-20, 60,-20,  0,  0, 10,  0,-30,-40,-20,  0;
/M: SY='H';  M=-20,  0,-30,  0,  0,-20,-20,100,-30,-10,-20,  0, 10,-20, 10,  0,-10,-20,-30,-30, 20,  0;
/M: SY='T';  M=  0,  0,-10,-10,-10,-10,-20,-20,-10,-10,-10,-10,  0,-10,-10,-10, 20, 50,  0,-30,-10,-10;
/M: SY='E';  M= -3, 19,-27, 28, 33,-32,-14, -3,-29,  4,-21,-20,  5, -5, 11, -6,  2, -8,-25,-31,-19, 22;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='H';  M=-20, -5,-32, -5, -4,-14,-21, 83,-27,-11,-19, -2,  4,-22,  6, -2,-13,-20,-29,-10, 25, -3;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='S';  M=  8,  4,-11,  2,  0,-20,  0, -8,-20, -9,-30,-20, 14,-11,  0, -9, 37, 18,-12,-40,-20,  0;
/M: SY='T';  M=  0,  0,-10,-10,-10,-10,-20,-20,-10,-10,-10,-10,  0,-10,-10,-10, 20, 50,  0,-30,-10,-10;
/M: SY='C';  M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='Y';  M=-19,-21,-29,-21,-20, 28,-30, 16,  2,-12,  5,  2,-21,-30,-11,-11,-21,-10, -8, 25, 73,-20;
/M: SY='Y';  M=-20,-16,-30,-16,-16, 19,-28, 38, -7,-10, -4,  0,-13,-28, -6, -8,-18,-12,-14, 17, 67,-16;
/M: SY='H';  M=-20,  0,-30,  0,  0,-20,-20,100,-30,-10,-20,  0, 10,-20, 10,  0,-10,-20,-30,-30, 20,  0;
/M: SY='K';  M=-10,  0,-30,  0, 10,-30,-20,-10,-30, 50,-30,-10,  0,-10, 10, 30,-10,-10,-20,-20,-10, 10;
/M: SY='F';  M= -2,-15,-17,-19,-14,  9,-17,-17,  1,-20, -3, -4, -7,-19,-15,-17,  8,  5,  2,-23, -3,-14;
/I:         E1=0;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2024_05 which contains 572'214 sequence entries.

Total number of hits	57 in 57 different sequences
Number of true positive hits	57 in 57 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	0
Number of false negative sequences	0
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	100.00 %

Comments [info]

Taxonomic range [info]	Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info]	1
Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	reversed
Author [info]	K_Hofmann
Version [info]	5

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences

57 sequences

GLHA1_CYPCA (P01221), GLHA1_ONCKE (P13152), GLHA2_CYPCA (P18857),

GLHA2_ONCKE (P69063), GLHA2_ONCTS (P69062), GLHA_ACALA  (P30970), 
GLHA_AILFU  (Q8HZS0), GLHA_AILME  (Q8WN20), GLHA_ANGAN  (P27794), 
GLHA_AOTNA  (Q3HRV5), GLHA_AQUCT  (P80051), GLHA_BALAC  (P37036), 
GLHA_BOSMU  (Q19PY8), GLHA_BOVIN  (P01217), GLHA_BUBBU  (Q9GL36), 
GLHA_CALJA  (P51499), GLHA_CANLF  (Q9XSW8), GLHA_CAPHI  (Q8WMW8), 
GLHA_CAVPO  (Q9JK68), GLHA_CERNI  (Q8WMR3), GLHA_CLAGA  (P53542), 
GLHA_COTJA  (P68242), GLHA_CTEID  (P30983), GLHA_EQUAS  (Q28365), 
GLHA_EQUQB  (O46642), GLHA_FELCA  (Q52R91), GLHA_FUNHE  (P47744), 
GLHA_HORSE  (P01220), GLHA_HUMAN  (P01215), GLHA_HYPMO  (P37037), 
GLHA_ICTPU  (Q9YGP3), GLHA_MACFA  (Q9BEH3), GLHA_MACMU  (P22762), 
GLHA_MASCO  (Q9ERG4), GLHA_MELGA  (P68241), GLHA_MERUN  (Q9ERJ6), 
GLHA_MESAU  (Q9ERG5), GLHA_MICMO  (Q9ERG3), GLHA_MONDO  (Q6YNX4), 
GLHA_MORSA  (Q91119), GLHA_MOUSE  (P01216), GLHA_MURCI  (P12836), 
GLHA_NIPNI  (Q8JIE9), GLHA_OSPRU  (P68267), GLHA_PANTA  (Q9BDI8), 
GLHA_PHYMC  (P25329), GLHA_PIG(P01219), GLHA_RABIT  (P07474), 
GLHA_RAT(P11962), GLHA_SAIBB  (Q3YC03), GLHA_SHEEP  (P01218), 
GLHA_STRCA  (P80665), GLHA_THUOB  (P37204), GLHA_TRIVU  (P68268), 
GPHA2_HUMAN (Q96T91), GPHA2_MOUSE (Q925Q5), GPHA2_RAT   (Q925Q4)

» more

Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits:
[Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color]
[Clustal format, plain text] [Fasta format]
Retrieve the sequence logo from the alignment

PDB
[Detailed view]

17 PDB

1DZ7; 1E9J; 1FL7; 1HCN; 1HD4; 1HRP; 1QFW; 1XWD; 4AY9; 4MQW; 7FIG; 7FIH; 7FII; 7T9I; 7UTZ; 7XW5; 8I2G
» more