PROSITE

Home | Contact

	Home ScanProsite ProRule Documents Downloads Links Funding
	Entry: PS50277

General information about the entry

Entry name [info]

GLYCO_HORMONE_ALPHA_3

Accession [info]

PS50277

Entry type [info]

MATRIX

Date [info]

01-DEC-2001 CREATED; 10-MAY-2017 DATA UPDATE; 05-JUL-2017 INFO UPDATE.

PROSITE Doc. [info]

PDOC00623

Name and characterization of the entry

Description [info]

Glycoprotein hormones alpha chain family profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=86;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=81;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.4519000; R2=0.0071375; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=9107.9062500; R2=8.1050358; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=988; H_SCORE=17116; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=708; H_SCORE=14846; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=-50; E1=-50; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='P'; M= -9, -3,-35,  6, 19,-31, -8,-12,-27, -4,-27,-21, -8, 38,  0,-12, -5,-11,-30,-29,-26,  7;
/M: SY='E'; M= -4,  8,-28, 16, 53,-29,-18, -2,-28,  8,-19,-19, -1, -1, 17, -2,  1, -9,-27,-29,-20, 35;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='K'; M= -6, -2,-22, -4,  1,-21,-17,-11,-23, 22,-23,-11,  1,-12,  3, 21,  5, 10,-13,-25,-11,  1;
/M: SY='L'; M=-10,-29,-21,-29,-19,  7,-29,-20, 17,-29, 44, 17,-29,-21,-19,-20,-29,-10,  7,-21, -2,-19;
/M: SY='K'; M=-10, -4,-30, -4,  4,-30, -4, -7,-30, 28,-27,-10,  0,-14, 12, 25, -7,-12,-23,-20,-14,  7;
/M: SY='E'; M=-10,  0,-30,  7, 35,-25,-21, -6,-23, 10,-14,-13, -6,  3, 10,  1, -7,-10,-23,-27,-17, 22;
/M: SY='N'; M=-10, 40,-20, 20,  0,-20,  0, 10,-20,  0,-30,-20, 60,-20,  0,  0, 10,  0,-30,-40,-20,  0;
/M: SY='K'; M=-10, -4,-25, -6,  0,-20,-20,-11,-20, 20,-17, -8, -1, -7,  1, 19, -5,  3,-14,-24,-11, -1;
/M: SY='F'; M=-13,-27,-23,-31,-24, 20,-31,-16, 17,-19, 13,  8,-21,-27,-21,-12,-18, -8, 14, -8, 16,-24;
/M: SY='F'; M=-20,-30,-20,-40,-30, 80,-30,-20,  0,-30, 10,  0,-20,-30,-40,-20,-20,-10,  0, 10, 30,-30;
/M: SY='S'; M=  8, -2,-13, -1,  0,-21, -2,-11,-20,-10,-30,-20,  7,  0, -1,-11, 35, 17,-12,-39,-21, -1;
/M: SY='R'; M=-13,  8,-27,  3,  5,-25,-14,  0,-26, 27,-26,-12, 17,-16, 11, 32, -4, -7,-24,-26,-13,  6;
/I:         I=-5; MD=-28;
/M: SY='P'; M=-11, -3,-29,  5,  0,-20,-17,-12,-12,-10, -9, -6,-10, 28, -7,-15,-11, -9,-17,-27,-17, -6; D=-5;
/I:         I=-5; MD=-28;
/M: SY='G'; M=  1, -6,-19, -6,-12,-19, 41,-13,-25,-13,-20,-13,  1,-13,-12,-13,  3,-10,-19,-15,-19,-12; D=-5;
/I:         I=-5; MI=0; MD=-28; IM=0; DM=-28;
/M: SY='A'; M= 18,-10,-16,-14, -8,-18,  0,-13,-15, -1,-13, -9, -6,-14, -6,  4,  4, -3, -5,-20,-16, -8; D=-5;
/I:         I=-5; DM=-28;
/M: SY='P'; M=-10,-17,-35, -9,  0,-26,-18,-16,-19, -5,-26,-17,-16, 71, -7,-10, -9, -9,-26,-26,-25, -8; D=-5;
/I:         I=-5; DM=-28;
/M: SY='I'; M= -9,-30,-26,-37,-29,  1,-37,-29, 43,-29, 22, 19,-23,-23,-21,-27,-20, -9, 30,-21, -1,-29;
/M: SY='Y'; M=-18,-22,-28,-23,-21, 29,-29, 12,  3,-13,  6,  7,-21,-29,-12,-12,-21,-10, -6, 20, 62,-20;
/M: SY='Q'; M=-10,  0,-30,  0, 20,-40,-20, 10,-20, 10,-20,  0,  0,-10, 60, 10,  0,-10,-30,-20,-10, 40;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='M'; M= -5,-14,-16,-23,-17, -4,-19, -8, 10,-11,  8, 32,-13,-17, -5,-11, -4,  8,  9,-25, -5,-11;
/M: SY='G'; M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='F'; M=-20,-29,-21,-38,-29, 75,-30,-16,  0,-28,  9,  0,-20,-30,-37,-19,-20,-10, -1, 12, 35,-29;
/M: SY='S'; M= 10,  0,-10,  0,  0,-20,  0,-10,-20,-10,-30,-20, 10,-10,  0,-10, 40, 20,-10,-40,-20,  0;
/M: SY='R'; M=-20,-10,-30,-10,  0,-20,-20,  0,-30, 30,-20,-10,  0,-20, 10, 70,-10,-10,-20,-20,-10,  0;
/M: SY='A'; M= 50,-10,-10,-20,-10,-20,  0,-20,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-20, 10,  0,  0,-20,-20,-10;
/M: SY='Y'; M=-20,-20,-30,-20,-20, 30,-30, 20,  0,-10,  0,  0,-20,-30,-10,-10,-20,-10,-10, 30, 80,-20;
/M: SY='P'; M=-10,-20,-40,-10,  0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10;
/M: SY='T'; M=  0,  0,-10,-10,-10,-10,-20,-20,-10,-10,-10,-10,  0,-10,-10,-10, 20, 50,  0,-30,-10,-10;
/M: SY='P'; M=-10,-20,-40,-10,  0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10;
/M: SY='L'; M= -3,-23,-20,-25,-15, -2,-24,-14, 13,-19, 28, 19,-23,-24, -7,-15,-19, -8,  7,-21, -4,-11;
/M: SY='R'; M=-15, -7,-27, -8,  2,-22,-20, -3,-27, 25,-20, -9,  0,-17, 12, 50, -5, -2,-18,-21,-10,  3;
/M: SY='S'; M= 19, -2,-10, -5, -2,-20,  0,-12,-18,-10,-25,-18,  5,-10, -2,-12, 33, 15, -8,-35,-20, -2;
/M: SY='K'; M=-10, -6,-29, -8,  2,-24,-23,-10,-14, 31,-18,  2, -5,-12,  8, 17,-12,-10,-11,-20, -8,  5;
/M: SY='K'; M=-10,  0,-30,  0, 12,-32,-20, -5,-28, 41,-28, -8,  0,-10, 21, 25, -8,-10,-22,-20,-10, 17;
/M: SY='T'; M=  4, -1,-10,-11,-10,-11,-18,-20,-10,-10,-10,-10, -1,-10,-10,-11, 19, 46,  0,-29,-11,-10;
/M: SY='M'; M=-10,-20,-20,-30,-20,  0,-20,  0, 20,-10, 20, 60,-20,-20,  0,-10,-20,-10, 10,-20,  0,-10;
/M: SY='L'; M= -1,-24,-18,-27,-18,  4,-25,-20, 13,-25, 36, 13,-24,-25,-18,-19,-20, -2,  8,-21, -4,-18;
/M: SY='V'; M= -2,-30,-15,-32,-30,  0,-32,-30, 35,-22, 12, 12,-28,-28,-28,-22,-12, -2, 45,-28, -8,-30;
/M: SY='P'; M=-10,-17,-39, -9,  3,-31,-20,-16,-20, -7,-29,-17,-17, 75,  0,-16, -9,-10,-30,-29,-27, -3;
/M: SY='K'; M=-10,  0,-30,  0, 10,-30,-20,-10,-30, 50,-30,-10,  0,-10, 10, 30,-10,-10,-20,-20,-10, 10;
/M: SY='N'; M=-10, 40,-20, 20,  0,-20,  0, 10,-20,  0,-30,-20, 60,-20,  0,  0, 10,  0,-30,-40,-20,  0;
/M: SY='I'; M= -8,-30,-26,-38,-30,  0,-38,-30, 46,-28, 18, 18,-22,-22,-22,-28,-18, -8, 34,-22, -2,-30;
/M: SY='T'; M=  0,  0,-10,-10,-10,-10,-20,-20,-10,-10,-10,-10,  0,-10,-10,-10, 20, 50,  0,-30,-10,-10;
/M: SY='S'; M= 10,  0,-10,  0,  0,-20,  0,-10,-20,-10,-30,-20, 10,-10,  0,-10, 40, 20,-10,-40,-20,  0;
/M: SY='E'; M=-10, 10,-30, 20, 60,-30,-20,  0,-30, 10,-20,-20,  0,  0, 20,  0,  0,-10,-30,-30,-20, 40;
/M: SY='A'; M= 41, -8,-10,-16, -8,-20,  0,-18,-12,-10,-14,-12, -6,-10, -8,-18, 16,  4, -2,-24,-20, -8;
/M: SY='T'; M= -2,  0,-14, -8, -6,-14,-20,-18,-14,  3,-14,-10,  0,-10, -6, -1, 13, 37, -4,-28,-10, -6;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='V'; M=  0,-30,-10,-30,-30,  0,-30,-30, 30,-20, 10, 10,-30,-30,-30,-20,-10,  0, 50,-30,-10,-30;
/M: SY='A'; M= 50,-10,-10,-20,-10,-20,  0,-20,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-20, 10,  0,  0,-20,-20,-10;
/M: SY='K'; M=-11, -1,-30, -1,  9,-29,-20, -9,-30, 48,-29,-10,  0,-11, 10, 33,-10,-10,-20,-20,-10,  9;
/M: SY='E'; M=  3,  1,-21,  2, 16,-22,-13, 16,-23, -4,-19,-13,  2, -9,  6, -6,  9,  0,-18,-30,-10, 10;
/M: SY='F'; M= -6,-18,-21,-20,-18,  5, -7,-13, -3,-17, -4, -2,-14,-24,-14,-15, -5, -6,  1,-13,  4,-16;
/M: SY='Y'; M=-10, -4,-23, -7,  0, -2,-23, -1, -8, -4, -9, -7, -3,-16, -3, -7, -2,  9,-10,-10, 17, -4;
/M: SY='R'; M=-16, -4,-30, -1, 16,-24,-20, -2,-30, 28,-22,-12,  0,-14, 12, 48, -8,-10,-22,-22,-12, 11;
/M: SY='V'; M=  4,-21,-12,-25,-23, -4,-25,-26, 17,-18,  7,  5,-20,-23,-22,-18, -3, 10, 29,-28,-10,-23;
/I:         I=-6; MD=-30;
/M: SY='T'; M= -4, -5,-15, -9, -2,-11,-20,-14, -7, -1, -6, -2, -6,-12, -5, -4,  4, 20,  0,-25, -9, -4; D=-6;
/I:         I=-6; MD=-30;
/M: SY='V'; M= -1,-25,-10,-26,-25,  0,-27,-26, 23,-19, 12,  8,-25,-26,-25,-17, -9,  4, 37,-27, -8,-25; D=-6;
/I:         I=-6; MD=-30;
/M: SY='M'; M= -6, -8,-13,-12, -7, -4,-11, -1,  4,  3,  4, 23, -8,-10,  1,  0,-10, -6,  1,-11, -1, -3; D=-6;
/I:         I=-6; MI=-30; IM=-30; DM=-30;
/M: SY='D'; M= -6, 24,-27, 33,  3,-34, 17, -8,-36, -7,-28,-24, 13,-14, -7,-14,  2,-12,-27,-32,-23, -2;
/M: SY='N'; M= -8, 25,-24, 19, -2,-26, 18, -2,-29, -6,-30,-22, 33,-17, -6, -8,  8, -6,-29,-34,-23, -4;
/M: SY='I'; M= -7,-29,-22,-36,-29, 13,-33,-26, 32,-25, 15, 16,-22,-24,-24,-24,-16, -7, 28,-18,  2,-28;
/M: SY='R'; M=-12, -5,-28, -6,  3,-24,-20, -9,-26, 30,-24,-11, -2, -4,  5, 34, -6, -2,-18,-22,-12,  2;
/M: SY='V'; M= -4,-30,-16,-31,-27,  3,-31,-27, 30,-24, 23, 14,-29,-29,-26,-21,-17, -4, 36,-26, -6,-27;
/M: SY='E'; M=-10,  2,-25,  5, 29,-23,-20, -5,-23, 10,-17,-14, -1, -8, 10, 14,  1,  2,-18,-28,-15, 18;
/M: SY='N'; M=-10, 40,-20, 20,  0,-20,  0, 10,-20,  0,-30,-20, 60,-20,  0,  0, 10,  0,-30,-40,-20,  0;
/M: SY='H'; M=-20,  0,-30,  0,  0,-20,-20,100,-30,-10,-20,  0, 10,-20, 10,  0,-10,-20,-30,-30, 20,  0;
/M: SY='T'; M=  0,  0,-10,-10,-10,-10,-20,-20,-10,-10,-10,-10,  0,-10,-10,-10, 20, 50,  0,-30,-10,-10;
/M: SY='E'; M= -3, 19,-27, 28, 33,-32,-14, -3,-29,  4,-21,-20,  5, -5, 11, -6,  2, -8,-25,-31,-19, 22;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='H'; M=-20, -5,-32, -5, -4,-14,-21, 83,-27,-11,-19, -2,  4,-22,  6, -2,-13,-20,-29,-10, 25, -3;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='S'; M=  8,  4,-11,  2,  0,-20,  0, -8,-20, -9,-30,-20, 14,-11,  0, -9, 37, 18,-12,-40,-20,  0;
/M: SY='T'; M=  0,  0,-10,-10,-10,-10,-20,-20,-10,-10,-10,-10,  0,-10,-10,-10, 20, 50,  0,-30,-10,-10;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='Y'; M=-19,-21,-29,-21,-20, 28,-30, 16,  2,-12,  5,  2,-21,-30,-11,-11,-21,-10, -8, 25, 73,-20;
/M: SY='Y'; M=-20,-16,-30,-16,-16, 19,-28, 38, -7,-10, -4,  0,-13,-28, -6, -8,-18,-12,-14, 17, 67,-16;
/M: SY='H'; M=-20,  0,-30,  0,  0,-20,-20,100,-30,-10,-20,  0, 10,-20, 10,  0,-10,-20,-30,-30, 20,  0;
/M: SY='K'; M=-10,  0,-30,  0, 10,-30,-20,-10,-30, 50,-30,-10,  0,-10, 10, 30,-10,-10,-20,-20,-10, 10;
/M: SY='F'; M= -2,-15,-17,-19,-14,  9,-17,-17,  1,-20, -3, -4, -7,-19,-15,-17,  8,  5,  2,-23, -3,-14;
/I:         E1=0;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2017_07 which contains 555'100 sequence entries.

Total number of hits

57 in 57 different sequences

Number of true positive hits

57 in 57 different sequences

Number of 'unknown' hits

Number of false positive hits

Number of false negative sequences

Number of 'partial' sequences

Precision (true positives / (true positives + false positives))

100.00 %

Recall (true positives / (true positives + false negatives))

100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info]

protein_domain

Scaling database [info]

reversed

Author [info]

K_Hofmann

Taxonomic range [info]

Eukaryotes

Maximum number of repetitions [info]

Version [info]

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences

57 sequences

GLHA1_CYPCA (P01221    ), GLHA1_ONCKE (P13152    ), GLHA2_CYPCA (P18857    ),

GLHA2_ONCKE (P69063    ), GLHA2_ONCTS (P69062    ), GLHA_ACALA  (P30970    ), 
GLHA_AILFU  (Q8HZS0    ), GLHA_AILME  (Q8WN20    ), GLHA_ANGAN  (P27794    ), 
GLHA_AOTNA  (Q3HRV5    ), GLHA_BALAC  (P37036    ), GLHA_BOSMU  (Q19PY8    ), 
GLHA_BOVIN  (P01217    ), GLHA_BUBBU  (Q9GL36    ), GLHA_CALJA  (P51499    ), 
GLHA_CANLF  (Q9XSW8    ), GLHA_CAPHI  (Q8WMW8    ), GLHA_CAVPO  (Q9JK68    ), 
GLHA_CERNI  (Q8WMR3    ), GLHA_CLAGA  (P53542    ), GLHA_COTJA  (P68242    ), 
GLHA_CTEID  (P30983    ), GLHA_EQUAS  (Q28365    ), GLHA_EQUBU  (O46642    ), 
GLHA_FELCA  (Q52R91    ), GLHA_FUNHE  (P47744    ), GLHA_HORSE  (P01220    ), 
GLHA_HUMAN  (P01215    ), GLHA_HYPMO  (P37037    ), GLHA_ICTPU  (Q9YGP3    ), 
GLHA_LITCT  (P80051    ), GLHA_MACFA  (Q9BEH3    ), GLHA_MACMU  (P22762    ), 
GLHA_MACRU  (P68267    ), GLHA_MASCO  (Q9ERG4    ), GLHA_MELGA  (P68241    ), 
GLHA_MERUN  (Q9ERJ6    ), GLHA_MESAU  (Q9ERG5    ), GLHA_MICMO  (Q9ERG3    ), 
GLHA_MONDO  (Q6YNX4    ), GLHA_MORSA  (Q91119    ), GLHA_MOUSE  (P01216    ), 
GLHA_MURCI  (P12836    ), GLHA_NIPNI  (Q8JIE9    ), GLHA_PANTA  (Q9BDI8    ), 
GLHA_PHYCD  (P25329    ), GLHA_PIG    (P01219    ), GLHA_RABIT  (P07474    ), 
GLHA_RAT    (P11962    ), GLHA_SAIBB  (Q3YC03    ), GLHA_SHEEP  (P01218    ), 
GLHA_STRCA  (P80665    ), GLHA_THUOB  (P37204    ), GLHA_TRIVU  (P68268    ), 
GPHA2_HUMAN (Q96T91    ), GPHA2_MOUSE (Q925Q5    ), GPHA2_RAT   (Q925Q4    )

» more

Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits:
[Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color]
[Clustal format, plain text] [Fasta format]
Retrieve the sequence logo from the alignment

PDB
[Detailed view]

10 PDB

1DZ7; 1E9J; 1FL7; 1HCN; 1HD4; 1HRP; 1QFW; 1XWD; 4AY9; 4MQW

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

SIB Swiss Institute of Bioinformatics | Disclaimer

Back to the Top