To improve security and privacy, we are moving our web pages and services from HTTP to HTTPS.
To give users of web services time to transition to HTTPS, we will support separate HTTP and HTTPS services until the end of 2017.
From January 2018 most HTTP traffic will be automatically redirected to HTTPS. [more...]
View this page in https
Entry: PS50277

General information about the entry

Entry name [info] GLYCO_HORMONE_ALPHA_3
Accession [info] PS50277
Entry type [info] MATRIX
Date [info] 01-DEC-2001 CREATED; 10-MAY-2017 DATA UPDATE; 27-SEP-2017 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info] PDOC00623

Name and characterization of the entry

Description [info] Glycoprotein hormones alpha chain family profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=86;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=81;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.4519000; R2=0.0071375; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=9107.9062500; R2=8.1050358; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=988; H_SCORE=17116; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=708; H_SCORE=14846; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=-50; E1=-50; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='P'; M= -9, -3,-35,  6, 19,-31, -8,-12,-27, -4,-27,-21, -8, 38,  0,-12, -5,-11,-30,-29,-26,  7;
/M: SY='E'; M= -4,  8,-28, 16, 53,-29,-18, -2,-28,  8,-19,-19, -1, -1, 17, -2,  1, -9,-27,-29,-20, 35;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='K'; M= -6, -2,-22, -4,  1,-21,-17,-11,-23, 22,-23,-11,  1,-12,  3, 21,  5, 10,-13,-25,-11,  1;
/M: SY='L'; M=-10,-29,-21,-29,-19,  7,-29,-20, 17,-29, 44, 17,-29,-21,-19,-20,-29,-10,  7,-21, -2,-19;
/M: SY='K'; M=-10, -4,-30, -4,  4,-30, -4, -7,-30, 28,-27,-10,  0,-14, 12, 25, -7,-12,-23,-20,-14,  7;
/M: SY='E'; M=-10,  0,-30,  7, 35,-25,-21, -6,-23, 10,-14,-13, -6,  3, 10,  1, -7,-10,-23,-27,-17, 22;
/M: SY='N'; M=-10, 40,-20, 20,  0,-20,  0, 10,-20,  0,-30,-20, 60,-20,  0,  0, 10,  0,-30,-40,-20,  0;
/M: SY='K'; M=-10, -4,-25, -6,  0,-20,-20,-11,-20, 20,-17, -8, -1, -7,  1, 19, -5,  3,-14,-24,-11, -1;
/M: SY='F'; M=-13,-27,-23,-31,-24, 20,-31,-16, 17,-19, 13,  8,-21,-27,-21,-12,-18, -8, 14, -8, 16,-24;
/M: SY='F'; M=-20,-30,-20,-40,-30, 80,-30,-20,  0,-30, 10,  0,-20,-30,-40,-20,-20,-10,  0, 10, 30,-30;
/M: SY='S'; M=  8, -2,-13, -1,  0,-21, -2,-11,-20,-10,-30,-20,  7,  0, -1,-11, 35, 17,-12,-39,-21, -1;
/M: SY='R'; M=-13,  8,-27,  3,  5,-25,-14,  0,-26, 27,-26,-12, 17,-16, 11, 32, -4, -7,-24,-26,-13,  6;
/I:         I=-5; MD=-28;
/M: SY='P'; M=-11, -3,-29,  5,  0,-20,-17,-12,-12,-10, -9, -6,-10, 28, -7,-15,-11, -9,-17,-27,-17, -6; D=-5;
/I:         I=-5; MD=-28;
/M: SY='G'; M=  1, -6,-19, -6,-12,-19, 41,-13,-25,-13,-20,-13,  1,-13,-12,-13,  3,-10,-19,-15,-19,-12; D=-5;
/I:         I=-5; MI=0; MD=-28; IM=0; DM=-28;
/M: SY='A'; M= 18,-10,-16,-14, -8,-18,  0,-13,-15, -1,-13, -9, -6,-14, -6,  4,  4, -3, -5,-20,-16, -8; D=-5;
/I:         I=-5; DM=-28;
/M: SY='P'; M=-10,-17,-35, -9,  0,-26,-18,-16,-19, -5,-26,-17,-16, 71, -7,-10, -9, -9,-26,-26,-25, -8; D=-5;
/I:         I=-5; DM=-28;
/M: SY='I'; M= -9,-30,-26,-37,-29,  1,-37,-29, 43,-29, 22, 19,-23,-23,-21,-27,-20, -9, 30,-21, -1,-29;
/M: SY='Y'; M=-18,-22,-28,-23,-21, 29,-29, 12,  3,-13,  6,  7,-21,-29,-12,-12,-21,-10, -6, 20, 62,-20;
/M: SY='Q'; M=-10,  0,-30,  0, 20,-40,-20, 10,-20, 10,-20,  0,  0,-10, 60, 10,  0,-10,-30,-20,-10, 40;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='M'; M= -5,-14,-16,-23,-17, -4,-19, -8, 10,-11,  8, 32,-13,-17, -5,-11, -4,  8,  9,-25, -5,-11;
/M: SY='G'; M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='F'; M=-20,-29,-21,-38,-29, 75,-30,-16,  0,-28,  9,  0,-20,-30,-37,-19,-20,-10, -1, 12, 35,-29;
/M: SY='S'; M= 10,  0,-10,  0,  0,-20,  0,-10,-20,-10,-30,-20, 10,-10,  0,-10, 40, 20,-10,-40,-20,  0;
/M: SY='R'; M=-20,-10,-30,-10,  0,-20,-20,  0,-30, 30,-20,-10,  0,-20, 10, 70,-10,-10,-20,-20,-10,  0;
/M: SY='A'; M= 50,-10,-10,-20,-10,-20,  0,-20,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-20, 10,  0,  0,-20,-20,-10;
/M: SY='Y'; M=-20,-20,-30,-20,-20, 30,-30, 20,  0,-10,  0,  0,-20,-30,-10,-10,-20,-10,-10, 30, 80,-20;
/M: SY='P'; M=-10,-20,-40,-10,  0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10;
/M: SY='T'; M=  0,  0,-10,-10,-10,-10,-20,-20,-10,-10,-10,-10,  0,-10,-10,-10, 20, 50,  0,-30,-10,-10;
/M: SY='P'; M=-10,-20,-40,-10,  0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10;
/M: SY='L'; M= -3,-23,-20,-25,-15, -2,-24,-14, 13,-19, 28, 19,-23,-24, -7,-15,-19, -8,  7,-21, -4,-11;
/M: SY='R'; M=-15, -7,-27, -8,  2,-22,-20, -3,-27, 25,-20, -9,  0,-17, 12, 50, -5, -2,-18,-21,-10,  3;
/M: SY='S'; M= 19, -2,-10, -5, -2,-20,  0,-12,-18,-10,-25,-18,  5,-10, -2,-12, 33, 15, -8,-35,-20, -2;
/M: SY='K'; M=-10, -6,-29, -8,  2,-24,-23,-10,-14, 31,-18,  2, -5,-12,  8, 17,-12,-10,-11,-20, -8,  5;
/M: SY='K'; M=-10,  0,-30,  0, 12,-32,-20, -5,-28, 41,-28, -8,  0,-10, 21, 25, -8,-10,-22,-20,-10, 17;
/M: SY='T'; M=  4, -1,-10,-11,-10,-11,-18,-20,-10,-10,-10,-10, -1,-10,-10,-11, 19, 46,  0,-29,-11,-10;
/M: SY='M'; M=-10,-20,-20,-30,-20,  0,-20,  0, 20,-10, 20, 60,-20,-20,  0,-10,-20,-10, 10,-20,  0,-10;
/M: SY='L'; M= -1,-24,-18,-27,-18,  4,-25,-20, 13,-25, 36, 13,-24,-25,-18,-19,-20, -2,  8,-21, -4,-18;
/M: SY='V'; M= -2,-30,-15,-32,-30,  0,-32,-30, 35,-22, 12, 12,-28,-28,-28,-22,-12, -2, 45,-28, -8,-30;
/M: SY='P'; M=-10,-17,-39, -9,  3,-31,-20,-16,-20, -7,-29,-17,-17, 75,  0,-16, -9,-10,-30,-29,-27, -3;
/M: SY='K'; M=-10,  0,-30,  0, 10,-30,-20,-10,-30, 50,-30,-10,  0,-10, 10, 30,-10,-10,-20,-20,-10, 10;
/M: SY='N'; M=-10, 40,-20, 20,  0,-20,  0, 10,-20,  0,-30,-20, 60,-20,  0,  0, 10,  0,-30,-40,-20,  0;
/M: SY='I'; M= -8,-30,-26,-38,-30,  0,-38,-30, 46,-28, 18, 18,-22,-22,-22,-28,-18, -8, 34,-22, -2,-30;
/M: SY='T'; M=  0,  0,-10,-10,-10,-10,-20,-20,-10,-10,-10,-10,  0,-10,-10,-10, 20, 50,  0,-30,-10,-10;
/M: SY='S'; M= 10,  0,-10,  0,  0,-20,  0,-10,-20,-10,-30,-20, 10,-10,  0,-10, 40, 20,-10,-40,-20,  0;
/M: SY='E'; M=-10, 10,-30, 20, 60,-30,-20,  0,-30, 10,-20,-20,  0,  0, 20,  0,  0,-10,-30,-30,-20, 40;
/M: SY='A'; M= 41, -8,-10,-16, -8,-20,  0,-18,-12,-10,-14,-12, -6,-10, -8,-18, 16,  4, -2,-24,-20, -8;
/M: SY='T'; M= -2,  0,-14, -8, -6,-14,-20,-18,-14,  3,-14,-10,  0,-10, -6, -1, 13, 37, -4,-28,-10, -6;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='V'; M=  0,-30,-10,-30,-30,  0,-30,-30, 30,-20, 10, 10,-30,-30,-30,-20,-10,  0, 50,-30,-10,-30;
/M: SY='A'; M= 50,-10,-10,-20,-10,-20,  0,-20,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-20, 10,  0,  0,-20,-20,-10;
/M: SY='K'; M=-11, -1,-30, -1,  9,-29,-20, -9,-30, 48,-29,-10,  0,-11, 10, 33,-10,-10,-20,-20,-10,  9;
/M: SY='E'; M=  3,  1,-21,  2, 16,-22,-13, 16,-23, -4,-19,-13,  2, -9,  6, -6,  9,  0,-18,-30,-10, 10;
/M: SY='F'; M= -6,-18,-21,-20,-18,  5, -7,-13, -3,-17, -4, -2,-14,-24,-14,-15, -5, -6,  1,-13,  4,-16;
/M: SY='Y'; M=-10, -4,-23, -7,  0, -2,-23, -1, -8, -4, -9, -7, -3,-16, -3, -7, -2,  9,-10,-10, 17, -4;
/M: SY='R'; M=-16, -4,-30, -1, 16,-24,-20, -2,-30, 28,-22,-12,  0,-14, 12, 48, -8,-10,-22,-22,-12, 11;
/M: SY='V'; M=  4,-21,-12,-25,-23, -4,-25,-26, 17,-18,  7,  5,-20,-23,-22,-18, -3, 10, 29,-28,-10,-23;
/I:         I=-6; MD=-30;
/M: SY='T'; M= -4, -5,-15, -9, -2,-11,-20,-14, -7, -1, -6, -2, -6,-12, -5, -4,  4, 20,  0,-25, -9, -4; D=-6;
/I:         I=-6; MD=-30;
/M: SY='V'; M= -1,-25,-10,-26,-25,  0,-27,-26, 23,-19, 12,  8,-25,-26,-25,-17, -9,  4, 37,-27, -8,-25; D=-6;
/I:         I=-6; MD=-30;
/M: SY='M'; M= -6, -8,-13,-12, -7, -4,-11, -1,  4,  3,  4, 23, -8,-10,  1,  0,-10, -6,  1,-11, -1, -3; D=-6;
/I:         I=-6; MI=-30; IM=-30; DM=-30;
/M: SY='D'; M= -6, 24,-27, 33,  3,-34, 17, -8,-36, -7,-28,-24, 13,-14, -7,-14,  2,-12,-27,-32,-23, -2;
/M: SY='N'; M= -8, 25,-24, 19, -2,-26, 18, -2,-29, -6,-30,-22, 33,-17, -6, -8,  8, -6,-29,-34,-23, -4;
/M: SY='I'; M= -7,-29,-22,-36,-29, 13,-33,-26, 32,-25, 15, 16,-22,-24,-24,-24,-16, -7, 28,-18,  2,-28;
/M: SY='R'; M=-12, -5,-28, -6,  3,-24,-20, -9,-26, 30,-24,-11, -2, -4,  5, 34, -6, -2,-18,-22,-12,  2;
/M: SY='V'; M= -4,-30,-16,-31,-27,  3,-31,-27, 30,-24, 23, 14,-29,-29,-26,-21,-17, -4, 36,-26, -6,-27;
/M: SY='E'; M=-10,  2,-25,  5, 29,-23,-20, -5,-23, 10,-17,-14, -1, -8, 10, 14,  1,  2,-18,-28,-15, 18;
/M: SY='N'; M=-10, 40,-20, 20,  0,-20,  0, 10,-20,  0,-30,-20, 60,-20,  0,  0, 10,  0,-30,-40,-20,  0;
/M: SY='H'; M=-20,  0,-30,  0,  0,-20,-20,100,-30,-10,-20,  0, 10,-20, 10,  0,-10,-20,-30,-30, 20,  0;
/M: SY='T'; M=  0,  0,-10,-10,-10,-10,-20,-20,-10,-10,-10,-10,  0,-10,-10,-10, 20, 50,  0,-30,-10,-10;
/M: SY='E'; M= -3, 19,-27, 28, 33,-32,-14, -3,-29,  4,-21,-20,  5, -5, 11, -6,  2, -8,-25,-31,-19, 22;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='H'; M=-20, -5,-32, -5, -4,-14,-21, 83,-27,-11,-19, -2,  4,-22,  6, -2,-13,-20,-29,-10, 25, -3;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='S'; M=  8,  4,-11,  2,  0,-20,  0, -8,-20, -9,-30,-20, 14,-11,  0, -9, 37, 18,-12,-40,-20,  0;
/M: SY='T'; M=  0,  0,-10,-10,-10,-10,-20,-20,-10,-10,-10,-10,  0,-10,-10,-10, 20, 50,  0,-30,-10,-10;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='Y'; M=-19,-21,-29,-21,-20, 28,-30, 16,  2,-12,  5,  2,-21,-30,-11,-11,-21,-10, -8, 25, 73,-20;
/M: SY='Y'; M=-20,-16,-30,-16,-16, 19,-28, 38, -7,-10, -4,  0,-13,-28, -6, -8,-18,-12,-14, 17, 67,-16;
/M: SY='H'; M=-20,  0,-30,  0,  0,-20,-20,100,-30,-10,-20,  0, 10,-20, 10,  0,-10,-20,-30,-30, 20,  0;
/M: SY='K'; M=-10,  0,-30,  0, 10,-30,-20,-10,-30, 50,-30,-10,  0,-10, 10, 30,-10,-10,-20,-20,-10, 10;
/M: SY='F'; M= -2,-15,-17,-19,-14,  9,-17,-17,  1,-20, -3, -4, -7,-19,-15,-17,  8,  5,  2,-23, -3,-14;
/I:         E1=0;
» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2017_09 which contains 555'594 sequence entries.


Total number of hits 57 in 57 different sequences
Number of true positive hits 57 in 57 different sequences
Number of 'unknown' hits 0
Number of false positive hits 0
Number of false negative sequences 0
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] K_Hofmann
Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 1
Version [info] 5

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
57 sequences

GLHA1_CYPCA (P01221    ), GLHA1_ONCKE (P13152    ), GLHA2_CYPCA (P18857    ), 
GLHA2_ONCKE (P69063    ), GLHA2_ONCTS (P69062    ), GLHA_ACALA  (P30970    ), 
GLHA_AILFU  (Q8HZS0    ), GLHA_AILME  (Q8WN20    ), GLHA_ANGAN  (P27794    ), 
GLHA_AOTNA  (Q3HRV5    ), GLHA_BALAC  (P37036    ), GLHA_BOSMU  (Q19PY8    ), 
GLHA_BOVIN  (P01217    ), GLHA_BUBBU  (Q9GL36    ), GLHA_CALJA  (P51499    ), 
GLHA_CANLF  (Q9XSW8    ), GLHA_CAPHI  (Q8WMW8    ), GLHA_CAVPO  (Q9JK68    ), 
GLHA_CERNI  (Q8WMR3    ), GLHA_CLAGA  (P53542    ), GLHA_COTJA  (P68242    ), 
GLHA_CTEID  (P30983    ), GLHA_EQUAS  (Q28365    ), GLHA_EQUBU  (O46642    ), 
GLHA_FELCA  (Q52R91    ), GLHA_FUNHE  (P47744    ), GLHA_HORSE  (P01220    ), 
GLHA_HUMAN  (P01215    ), GLHA_HYPMO  (P37037    ), GLHA_ICTPU  (Q9YGP3    ), 
GLHA_LITCT  (P80051    ), GLHA_MACFA  (Q9BEH3    ), GLHA_MACMU  (P22762    ), 
GLHA_MACRU  (P68267    ), GLHA_MASCO  (Q9ERG4    ), GLHA_MELGA  (P68241    ), 
GLHA_MERUN  (Q9ERJ6    ), GLHA_MESAU  (Q9ERG5    ), GLHA_MICMO  (Q9ERG3    ), 
GLHA_MONDO  (Q6YNX4    ), GLHA_MORSA  (Q91119    ), GLHA_MOUSE  (P01216    ), 
GLHA_MURCI  (P12836    ), GLHA_NIPNI  (Q8JIE9    ), GLHA_PANTA  (Q9BDI8    ), 
GLHA_PHYCD  (P25329    ), GLHA_PIG    (P01219    ), GLHA_RABIT  (P07474    ), 
GLHA_RAT    (P11962    ), GLHA_SAIBB  (Q3YC03    ), GLHA_SHEEP  (P01218    ), 
GLHA_STRCA  (P80665    ), GLHA_THUOB  (P37204    ), GLHA_TRIVU  (P68268    ), 
GPHA2_HUMAN (Q96T91    ), GPHA2_MOUSE (Q925Q5    ), GPHA2_RAT   (Q925Q4    )
» more

PDB
[Detailed view]
10 PDB

1DZ7; 1E9J; 1FL7; 1HCN; 1HD4; 1HRP; 1QFW; 1XWD; 4AY9; 4MQW

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission