Entry: PS50296

Forthcoming changes to the profile format
General information about the entry

Entry name [info] SUI1
Accession [info] PS50296
Entry type [info] MATRIX
Date [info] DEC-2001 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); JUL-2014 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC00862
Associated ProRule [info] PRU00200

Name and characterization of the entry

Description [info] Translation initiation factor SUI1 family profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=71;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=66;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.2859; R2=0.01547850; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=1796.91667; R2=22.35417; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=466; N_SCORE=8.5; H_SCORE=10761; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=336; N_SCORE=6.5; H_SCORE=9330; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-20; I=-20; B0=-60; B1=-60; E0=-60; E1=-60; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B0=0; B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='I'; M= -6,-29,-21,-35,-29,  0,-35,-29, 38,-24, 16, 15,-24,-25,-23,-23,-16, -6, 36,-24, -5,-29;
/M: SY='H'; M=-12, -2,-27, -3,  2,-21,-23, 17,-14,  3,-13, -2, -1,-15,  8,  2, -7, -7,-14,-25, -2,  3;
/M: SY='I'; M= -9,-29,-26,-38,-29,  2,-37,-28, 44,-27, 18, 21,-21,-22,-21,-27,-19, -9, 31,-21, -1,-29;
/M: SY='R'; M=-10, -9,-26,-11, -2,-13,-20, -4,-16, 15,-14, -4, -4,-17,  3, 27, -6, -4,-11,-17,  0, -3;
/M: SY='I'; M= -8,-12,-22,-17, -8,-10,-26,-17,  5, -7,  3,  2, -9,-17, -6, -4, -7,  5,  4,-24, -7, -9;
/M: SY='Q'; M=  0, -3,-23, -4, 10,-23,-18, -9, -9, -4,-11, -6, -5,-11, 11, -7,  1,  1, -9,-25,-13, 10;
/M: SY='Q'; M= -6, -4,-26, -3, 12,-27,-18, -3,-18, 12,-18, -4, -3, -7, 20, 11, -1, -4,-17,-24,-13, 16;
/M: SY='R'; M=-15,-10,-30,-10, -2,-22,-10, -4,-30, 23,-22,-11, -1,-15,  5, 52, -8,-11,-21,-20,-13, -2;
/M: SY='R'; M= -5,  5,-22, -3, -3,-19,-12, -3,-17,  7,-19,-11, 16,-17,  3, 20,  3,  1,-16,-28,-14, -2;
/M: SY='G'; M= -6, -9,-28,-10,-11,-14, 21,-13,-29,  1,-24,-13, -3,-18,-11, -4, -4,-13,-21,-14, -9,-11;
/M: SY='R'; M=-11, -1,-28, -4, -5,-24, 12, -5,-32, 11,-26,-15, 10,-19, -1, 27, -4,-12,-25,-23,-18, -5;
/M: SY='K'; M=-10,  0,-30,  0, 10,-30,-20,-10,-30, 49,-30,-10,  0,-10, 10, 31,-10,-10,-20,-20,-10, 10;
/M: SY='T'; M= -6, -9,-15,-11, -6, -8,-15,-13,-12, -2,-11, -8, -7,-17, -8, -4,  1,  6, -5,-22, -4, -7;
/M: SY='V'; M= -4,-29,-16,-31,-26,  1,-30,-25, 29,-21, 19, 16,-27,-27,-24,-19,-16, -4, 35,-26, -6,-26;
/M: SY='T'; M=  0, -2, -5,-11,-11,-10,-20,-21, -9,-11,-10,-10, -2,-12,-11,-11, 18, 44,  2,-31,-11,-11;
/M: SY='V'; M= -3,-16,-17,-21,-17, -7,-25,-21,  9,-11,  3,  2,-13,-19,-14, -7, -3, 11, 14,-26, -8,-17;
/M: SY='V'; M= -3,-30,-17,-33,-30,  0,-33,-30, 37,-23, 13, 13,-27,-27,-27,-23,-13, -3, 43,-27, -7,-30;
/M: SY='Q'; M= -4,  1,-16,  1, 13,-27,-15, -5,-23,  5,-23,-12,  2,-10, 17,  4, 11,  5,-19,-30,-15, 14;
/M: SY='G'; M= -2, -1,-28, -5,-17,-28, 58,-15,-37,-17,-30,-20, 10,-20,-17,-17,  2,-17,-30,-23,-28,-17;
/M: SY='L'; M=-11,-30,-22,-33,-24, 16,-32,-22, 24,-29, 35, 19,-26,-27,-22,-22,-25,-10, 15,-17,  3,-23;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='E'; M=  7,  8,-24, 12, 18,-29,-11, -8,-24,  2,-21,-18,  0,  1,  4, -8,  4, -5,-19,-29,-20, 11;
/M: SY='Y'; M= -7,-12,-21,-13, -7, -2,-23,-12, -4, -2,  1,  0,-12,-19, -9, -4, -9,  0, -1,-16,  3, -9;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='D'; M= -8, 14,-28, 23, 16,-31,  7, -6,-32, -4,-23,-20,  5,-11,  2,-10,  1,-11,-26,-30,-21,  9;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29;
/M: SY='I'; M= -8,-23,-24,-28,-21,  9,-30,-18, 22,-22, 15, 11,-19,-23,-18,-21,-17, -8, 14,-13,  9,-21;
/M: SY='D'; M=-11, 29,-27, 40, 17,-32, -9, -4,-29,  0,-25,-23, 13,-10,  1, -9,  2, -7,-23,-35,-19,  9;
/M: SY='L'; M=-10,-23,-25,-23,-13, -1,-27,-15,  8,-18, 21, 10,-23, -7,-11,-15,-21, -8,  0,-19, -1,-13;
/M: SY='K'; M= -7,  5,-27,  6, 12,-25,-17, -6,-26, 26,-25,-13,  2,-10,  8, 13, -3, -4,-19,-22, -8,  9;
/M: SY='K'; M= -5,  3,-25,  6, 16,-26,-15, -8,-25, 19,-23,-14,  1,-10,  7, 11,  3, -4,-17,-28,-15, 11;
/M: SY='L'; M= -1,-27,-19,-31,-22, 10,-27,-22, 20,-26, 27, 14,-24,-25,-21,-21,-19, -8, 15,-18, -1,-22;
/M: SY='A'; M= 22,-14,-14,-20,-13,-13, -8,-19, -1,-15, -1, -3,-12,-16,-11,-18,  3,  0,  4,-23,-15,-12;
/M: SY='K'; M=  5, -3,-23, -6,  3,-25,-13,-11,-24, 26,-24,-11, -1,-11,  4, 19,  1, -4,-14,-23,-14,  3;
/M: SY='E'; M= -1,  0,-23,  2,  4,-15,-18,-12,-10, -4, -7, -7, -5,-12, -5, -9, -4, -3, -7,-24,-10, -1;
/M: SY='L'; M=-12,-29, -8,-32,-23, 21,-30,-21, 12,-30, 36, 13,-27,-31,-25,-21,-26,-10,  6,-17,  3,-23;
/M: SY='K'; M=  0, -3,-27, -4,  5,-29,-11,-10,-26, 30,-25,-10, -2,-11, 10, 19, -5, -9,-19,-20,-13,  7;
/M: SY='K'; M= -4,  3,-26,  2,  9,-30,-15, -5,-26, 25,-27,-11,  4,-11, 16, 16,  2, -5,-20,-25,-13, 12;
/M: SY='K'; M=-11, -3,-29, -3,  6,-21,-17, -9,-21, 23,-20, -9, -2,-14,  4, 23, -9,-10,-16,-21,-10,  3;
/M: SY='C'; M=-11,-25, 31,-34,-28, 30,-28,-24, -9,-29,  3, -5,-21,-33,-32,-24,-16, -9, -2,-17,  2,-28;
/M: SY='A'; M= 28, -8, -6,-15,-10,-23,  9,-17,-18,-12,-17,-13, -4,-14, -8,-17,  9, -3, -9,-25,-22, -9;
/M: SY='C'; M=  0,-13, 65,-22,-22,-19,-18,-26,-24,-22,-18,-17,-12,-28,-22,-23,  1,  4, -8,-40,-24,-22;
/M: SY='G'; M=  0,  3,-23, -1,-11,-26, 40,-11,-31,-14,-30,-20, 15,-18,-11,-14, 11, -7,-26,-29,-26,-11;
/M: SY='G'; M=  6, -8,-15,-11,-16,-23, 33,-20,-28,-17,-23,-17, -1,-17,-16,-18,  8,  1,-18,-25,-24,-16;
/M: SY='T'; M=  8,  0,-10, -7, -6,-15,-10,-16,-14,-10,-18,-14,  4,-10, -6,-11, 26, 33, -4,-33,-15, -6;
/M: SY='V'; M=  2,-28,-13,-30,-28, -1,-29,-29, 28,-21, 12, 10,-27,-27,-27,-21,-11, -2, 41,-27, -9,-28;
/M: SY='K'; M= -4, -7,-20,-10, -7,-16,-17,-17, -6,  5,-14, -5, -4,-16, -7, -1,  0,  4,  2,-27,-12, -7;
/M: SY='E'; M=-10, 12,-29, 15, 20,-30, -9, -4,-30, 16,-27,-17,  9, -4,  9,  6, -2, -9,-27,-28,-18, 14;
/I:         I=-4; MD=-19;
/M: SY='G'; M= -4,  6,-24,  8, -3,-23, 12, -4,-24,-11,-17,-14,  5,-16, -8,-13,  0, -8,-19,-28,-17, -6; D=-4;
/I:         I=-4; MD=-19;
/M: SY='P'; M=  1, -7,-19, -4,  1,-17, -9, -9,-11, -3,-15, -9, -8, 30, -1, -8, -2, -4,-14,-16,-14, -2; D=-4;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-19; IM=0; DM=-19;
/M: SY='E'; M= -6,  3,-15,  6, 15,-11,-11, -3,-15,  6,-11, -8,  0, -5,  6,  1,  0, -3,-13,-14, -7, 11; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-19;
/M: SY='K'; M= -7, -2,-16,  0,  1, -9,-10, -1,-10,  8, -6, -2, -3,-10,  0,  3, -7, -6, -9,-10,  1,  0; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-19;
/M: SY='G'; M=  0, -4, -8, -5, -7,-16, 15, -5,-20, -3,-17,-10,  0,-11, -6, -5,  0, -7,-14,-16,-13, -7; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-19;
/M: SY='E'; M= -4,  5,-17, 10, 18,-15,-11, -1,-15,  1, -9, -9, -1, -6,  7, -3, -1, -5,-14,-17, -7, 12; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-19;
/M: SY='E'; M= -7, -7,-19, -5, 12,-20,-24,-10, -5, -3, -9, -5,-10,-14,  7, -4, -4, -6, -2,-28,-13,  8;
/M: SY='I'; M= -7,-30,-24,-36,-29,  1,-36,-29, 42,-27, 20, 17,-24,-24,-23,-26,-18, -7, 34,-23, -3,-29;
/M: SY='Q'; M= -9, -2,-27,  2, 22,-27,-22, -3,-12,  2,-11, -5, -6,-11, 24, -2, -4, -9,-14,-26,-13, 23;
/M: SY='I'; M= -8,-30,-23,-35,-26,  4,-35,-26, 35,-28, 30, 18,-25,-25,-22,-25,-22, -8, 25,-22, -2,-26;
/M: SY='Q'; M=-10,  0,-30,  0, 20,-40,-20, 10,-20, 10,-20,  0,  0,-10, 60, 10,  0,-10,-30,-20,-10, 40;
/M: SY='G'; M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='D'; M=-16, 39,-29, 50, 17,-35, -6, -1,-35, -1,-29,-27, 22, -5,  0, -9,  1, -9,-30,-38,-21,  8;
/M: SY='H'; M=-11, -9,-26,-10,  0,-18,-23, 21,-10, -2,-10,  2, -5,-18, 17,  0, -8,-11,-10,-23,  0,  7;
/M: SY='R'; M=-11,-12,-24,-15, -9,-15,-16,-10,-10,  8,-12, -2, -5,-20, -3, 25, -6, -4, -2,-24,-11, -9;
/M: SY='D'; M=-13, 13,-29, 19, 11,-27,-12,  9,-28,  8,-23,-15,  6,-13,  6,  3, -5,-11,-24,-25, -6,  8;
/M: SY='N'; M=-11,  9,-25,  8,  5,-17,-15,  2,-21,  5,-16,-11, 10,-16,  1,  6, -3, -7,-19,-28,-10,  3;
/M: SY='I'; M= -5,-30,-20,-33,-27,  2,-33,-27, 34,-26, 23, 16,-26,-26,-23,-24,-18, -6, 31,-24, -4,-27;
/M:         M= -5,-11,-11,-13, -3,-15,-17,-10,-10, -1, -9, -4, -8,-17, -6, -6, -7, -8, -7,-26,-11, -5;
/M: SY='E'; M= -9, 12,-26, 16, 18,-26,-16, -5,-26,  4,-22,-17,  4, -9,  9,  0,  3,  0,-22,-20,-13, 14;
/M: SY='F'; M=-15,-25,-23,-28,-19, 29,-29, -8,  7,-23, 17,  6,-21,-27,-22,-17,-21,-11,  2, -1, 20,-20;
/M: SY='L'; M=-10,-29,-22,-32,-22,  7,-32,-21, 27,-29, 40, 23,-27,-27,-19,-22,-27,-10, 15,-20,  0,-22;
/M: SY='L'; M= -4,-12,-20,-14, -5,-10,-23,-11,  2,-12,  3,  0,-10,-15, -8,-11, -6,  1,  3,-27, -9, -7;
/M: SY='E'; M= -6,  8,-27, 12, 29,-30,-16, -2,-27, 16,-24,-15,  4, -7, 18,  7,  2, -6,-24,-28,-16, 23;
/M: SY='K'; M= -5, -8,-24,-10,  2,-17,-21, -6,-10,  8, -6,  1, -8,-15,  5,  4, -8, -4, -9,-23, -8,  3;
/M: SY='G'; M= -8,-16,-31,-16,-20, -7, 25,-13,-23,-19,-14,-12,-11,-24,-18,-18,-12,-18,-21, 10,  3,-20;
/I:         E0=0; E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2014_09 which contains 546'439 sequence entries.


Total number of hits 113 in 113 different sequences
Number of true positive hits 112 in 112 different sequences
Number of 'unknown' hits 1
Number of false positive hits
Number of false negative sequences 0
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] K_Hofmann, N_Hulo
Taxonomic range [info] Archaea, Eukaryotes, Prokaryotes (Bacteria), Eukaryotic viruses
Maximum number of repetitions [info] 1
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] SUI1
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
112 sequences

DENR_ASHGO  (Q75CN1), DENR_ASPCL  (A1C8E3), DENR_ASPFU  (Q4WBL6), 
DENR_ASPNC  (A2QHG9), DENR_ASPOR  (Q2TVZ2), DENR_BOTFB  (A6SIZ0), 
DENR_BOVIN  (Q2HJ47), DENR_CAEEL  (Q9NAH4), DENR_CANGA  (Q6FXQ4), 
DENR_CHAGB  (Q2H5Z7), DENR_CHICK  (Q5ZJ39), DENR_COCIM  (Q1E556), 
DENR_CRYNB  (P0CR81), DENR_CRYNJ  (P0CR80), DENR_DANRE  (Q6DH65), 
DENR_DEBHA  (Q6BH22), DENR_DICDI  (Q54WG0), DENR_HUMAN  (O43583), 
DENR_KLULA  (Q6CJ30), DENR_LODEL  (A5E3R9), DENR_MAGO7  (A4QVI3), 
DENR_MOUSE  (Q9CQJ6), DENR_NEOFI  (A1DAY1), DENR_NEUCR  (Q9P3T4), 
DENR_PICGU  (A5DGV3), DENR_PICST  (A3LSY0), DENR_PONAB  (Q5RFP5), 
DENR_SCHPO  (O42929), DENR_VANPO  (A7TES6), DENR_XENLA  (Q6GLZ1), 
DENR_XENTR  (Q6DFN7), DENR_YARLI  (Q6CA08), DENR_YEAS7  (A6ZPY2), 
DENR_YEAST  (P47089), EIF1B_HUMAN (O60739), EIF1B_MACFA (Q4R4X9), 
EIF1B_MOUSE (Q9CXU9), EIF1B_PIG   (P61220), EIF1_BOVIN  (Q5E938), 
EIF1_CHICK  (P51971), EIF1_HUMAN  (P41567), EIF1_MOUSE  (P48024), 
EIF1_PONAB  (Q5RFF4), EIF2D_BOVIN (Q58CR3), EIF2D_HUMAN (P41214), 
EIF2D_MOUSE (Q61211), EIF2D_PONAB (Q5RA63), EIF2D_RABIT (P0CL18), 
EIF2D_RAT   (Q5PPG7), SUI11_ARATH (P41568), SUI12_ARATH (Q94JV4), 
SUI1_AERPE  (Q9YBG9), SUI1_ANOGA  (P42678), SUI1_ARCFU  (O29348), 
SUI1_ASHGO  (Q755R1), SUI1_BRAOL  (Q9SQF4), SUI1_CENSY  (A0RWW9), 
SUI1_DROME  (Q9VZS3), SUI1_HALLT  (B9LR02), SUI1_HALMA  (Q5UZP9), 
SUI1_HALS3  (B0R868), SUI1_HALSA  (Q9HME3), SUI1_HYPBU  (A2BIX0), 
SUI1_IGNH4  (A8AC05), SUI1_MAIZE  (P56330), SUI1_METAC  (Q8TIT3), 
SUI1_METB6  (A7I9K6), SUI1_METBF  (Q46F27), SUI1_METBU  (Q12UF1), 
SUI1_METHJ  (Q2FTC8), SUI1_METJA  (Q57902), SUI1_METKA  (Q8TX33), 
SUI1_METLZ  (A2SQ91), SUI1_METM5  (A4FWB4), SUI1_METM6  (A9A9Q7), 
SUI1_METM7  (A6VGZ2), SUI1_METMA  (Q8PYK3), SUI1_METMJ  (A3CX23), 
SUI1_METMP  (Q6LXE5), SUI1_METPE  (B8GDE2), SUI1_METS5  (A4YIU6), 
SUI1_METST  (Q2NFW4), SUI1_METTH  (O26118), SUI1_METTP  (A0B635), 
SUI1_METVA  (P14021), SUI1_MIMIV  (Q5UQD7), SUI1_NATPD  (Q3IU96), 
SUI1_NITMS  (A9A389), SUI1_ORYSI  (A6MZM2), SUI1_ORYSJ  (Q0D5W6), 
SUI1_PICTO  (Q6L1B9), SUI1_PIMBR  (O82569), SUI1_PYRAB  (Q9V1U3), 
SUI1_PYRAE  (Q8ZTB0), SUI1_PYRFU  (Q8U006), SUI1_PYRHO  (P58193), 
SUI1_SALBA  (O48650), SUI1_SCHPO  (P79060), SUI1_SPOST  (Q9SM41), 
SUI1_SULAC  (Q4JAE7), SUI1_SULTO  (Q975S0), SUI1_THEGJ  (C5A278), 
SUI1_THEKO  (Q5JDH7), SUI1_THEON  (B6YSM1), SUI1_THEVO  (Q97BW9), 
SUI1_YEAST  (P32911), TMA64_YEAST (Q04600), Y1225_HAEIN (P45116), 
Y546_SYNY3  (Q55397), YCIH_ECOLI  (P08245), YCIH_SALTI  (P0A2G8), 
YCIH_SALTY  (P0A2G7)
» More

UniProtKB/Swiss-Prot
'Unknown' sequences
1 sequence

RM49_DROME  (Q9VYI3)

		
PDB
[Detailed view]
5 PDB

1D1R; 2IF1; 2OGH; 4KZX; 4KZY

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission