Entry: PS50304

Forthcoming changes to the profile format
General information about the entry

Entry name [info] TUDOR
Accession [info] PS50304
Entry type [info] MATRIX
Date [info] DEC-2001 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); OCT-2014 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC50304
Associated ProRule [info] PRU00211

Name and characterization of the entry

Description [info] Tudor domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=61;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=56;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=3.0072; R2=0.02014875; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=2986.09651; R2=17.90885; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=272; N_SCORE=8.5; H_SCORE=6980; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=173; N_SCORE=6.5; H_SCORE=6084; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=*; E1=*; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='Q'; M= -1,  0,-18, -3,  1,-24,-12, -9,-19,  0,-19,-12,  2, -2,  5, -3,  5,  5,-17,-28,-16,  3;
/M: SY='W'; M=-10,-26,-25,-28,-20,  8,-22,-23, -8,-19, -6, -9,-24,-11,-18,-18,-18,-10,-10, 33,  6,-18;
/M: SY='K'; M= -4, -2,-19, -3,  6,-24,-18, -8,-20, 16,-21,-11, -1, -9,  5,  9, -2, -6,-15,-24,-12,  5;
/M: SY='V'; M=  2,-17,-17,-20,-17, -9,-20,-20, 11,-12,  1,  2,-13,-22,-16,-10, -6, -3, 18,-27,-12,-17;
/M: SY='G'; M=  0, -3,-28, -3,-13,-29, 48,-17,-36,-11,-28,-19,  3,-18,-15,-14,  1,-14,-27,-22,-26,-14;
/M: SY='D'; M=  4,  6,-22,  9,  1,-24, -5,-12,-19, -6,-14,-12, -1, -9, -5,-12,  1, -3,-12,-28,-17, -2;
/M:         M= -7,-12,-25,-14,-11,-11,-11,-17, -4, -5, -3, -1, -9,-12,-11, -8,-10, -7, -5,-22,-10,-12;
/M: SY='C'; M= -9,-21, 95,-30,-30,-16,-30,-29,-19,-28,-14,-12,-21,-38,-29,-28,-10, -9,  0,-46,-26,-29;
/I:         I=-6; MD=-29;
/M: SY='V'; M=  0,-10, -8,-14,-12, -7,-15,-10,  4, -7, -1,  6, -7,-17, -7, -9, -4, -3,  7,-20, -7,-10; D=-6;
/I:         I=-6; MI=-29; MD=-29; IM=-29; DM=-29;
/M: SY='A'; M= 22,-13,-11,-18,-14,-12, -3,-19,  0,-12, -5, -4,-11,-14,-14,-17,  4,  1,  9,-20,-15,-14; D=-6;
/I:         I=-6; DM=-29;
/M: SY='V'; M= -3,-15,-22,-16, -9, -9,-23,-14,  3, -7,  0,  2,-15,-15, -7, -4,-10, -6,  6,-22, -7,-10;
/M: SY='F'; M= -9,-23,-15,-26,-18, 15,-23,-15, -9,-15, -6, -7,-19,-16,-17,-13,-15,-11,-10, 13, 12,-17;
/M: SY='P'; M= -3, -8,-24, -6,  2,-16,-11, -9,-20, -1,-23,-15, -4,  7,  0, -2,  7,  1,-18,-24,-10, -1;
/M: SY='E'; M= -6,  6,-19, 10, 21,-25,-16, -7,-21,  5,-20,-15,  2,-11,  6,  0,  2, -5,-15,-31,-18, 13;
/M: SY='D'; M=-17, 42,-29, 55, 18,-37, -7,  1,-36,  0,-29,-26, 22,-11,  3, -8,  1, -9,-30,-38,-20, 10;
/M: SY='G'; M= -1, -1,-25, -4, -8,-26, 34,-13,-30,-11,-24,-17,  7,-17, -9,-12,  3, -9,-25,-25,-24, -8;
/M: SY='E'; M= -1, -3,  1, -5,  8,-19,-17, -3,-19, -8,-14,-12, -3,-16,  1,-10,  1, -5,-15,-30,-12,  4;
/M: SY='W'; M=-13,-31,-29,-34,-27, 16,-25,-19,  1,-21, -1, -2,-28,-28,-20,-19,-26,-17, -6, 54, 25,-22;
/M: SY='Y'; M=-18,-17,-29,-18,-15, 19,-27, 18, -5, -8, -3, -1,-16,-26, -6, -8,-17, -9,-12, 19, 56,-14;
/M: SY='R'; M=-16, -6,-31, -3,  3,-23,-19, -6,-27, 15,-22,-14, -3,  6,  4, 36, -7, -5,-22,-25,-15, -1;
/M: SY='A'; M= 38,-11,  5,-21,-13,-18, -5,-19,-12,-12,-11,-11,-11,-15,-12,-20,  7, -1, -2,-22,-17,-13;
/M: SY='T'; M= -7, -7,-22, -8,  0,-17,-19, -6,-15,  1,-15, -7, -5,-10,  4,  3,  3,  7,-10,-20, -9,  1;
/M: SY='I'; M= -4,-28,-22,-35,-28, -1,-34,-29, 38,-26, 16, 15,-22,-22,-22,-26,-15, -4, 32,-23, -4,-28;
/M: SY='T'; M= -3, -7,-17, -9,  2,-17,-20, -8, -9, -3, -9, -5, -6,-14,  1, -3,  2,  4, -5,-27,-11,  1;
/M: SY='E'; M=  0,  4,-24,  4,  5,-23, -9, -8,-22,  4,-22,-15,  5,-13,  3,  3,  5, -3,-17,-21,-15,  4;
/I:         I=-4; MD=-21;
/M: SY='V'; M= -7,-15,-15,-17,-13, -6,-24,-16, 10,-13,  2,  6,-14,-15,-11,-15,-10, -6, 11,-23, -5,-13; D=-4;
/I:         I=-4; MD=-21;
/M: SY='D'; M=-10,  6,-19, 11,  2, -9,-13, -5,-12, -7, -7, -9,  0, -4, -5, -9, -4, -3,-12,-19, -4, -2; D=-4;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-21; IM=0; DM=-21;
/M: SY='E'; M= -7,  3,-14,  4,  9,-12,-13,  4,-18,  3,-13, -9,  2,-10,  4,  1, -2, -6,-15,-19, -6,  6; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-21;
/M: SY='E'; M=-10,  5,-26, 10, 16,-24,-12, -5,-24,  9,-21,-13,  2,  2,  5,  7, -2, -6,-21,-26,-16,  9; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-21;
/M: SY='B'; M=  1,  9,-22,  8,  5,-25,-11, -6,-22,  5,-21,-13,  7, -8,  3,  2,  4,  0,-17,-29,-16,  3;
/M: SY='E'; M= -6,  9,-27, 11, 12,-25, -4,  0,-25, -1,-20,-15,  8, -8,  4, -3,  0, -8,-24,-27,-14,  8;
/M:         M= -7, -7,-21, -8,  0,-18, -3,-10,-19,  0,-12, -6, -5,-16,  0,  0, -3, -2,-15,-22,-10, -1;
/M: SY='V'; M= -6,-22,  8,-27,-23,  7,-26,-16,  1,-15, -1,  0,-20,-28,-21,-14,-12, -7,  9,-16,  7,-22;
/M: SY='H'; M= -9, -8,-25, -7,  3,-10,-17,  4,-14, -3,-13, -7, -6,-12, -4, -1, -5, -8, -9,-22, -3, -2;
/M: SY='V'; M= -2,-29,-14,-31,-29, -1,-27,-29, 30,-22, 11, 11,-27,-28,-28,-21,-12, -3, 42,-28, -9,-29;
/M: SY='F'; M= -9,-19,-20,-23,-14, 11,-26,-14,  1,-10,  4,  1,-15,-23,-15, -1,-11, -3,  6,-17,  1,-14;
/M: SY='Y'; M=-17,-23,-18,-27,-22, 35,-29,  1,  0,-18,  6,  1,-20,-30,-20,-12,-19,-10, -3,  8, 41,-22;
/M: SY='I'; M= -4,-21,-21,-25,-20, -4,-31,-25, 27,-21, 10,  9,-18,-21,-19,-22,-10,  0, 26,-25, -7,-22;
/M: SY='D'; M=-15, 34,-29, 49, 14,-34, -5, -2,-36, -1,-27,-25, 13,-12, -1, -7, -1,-10,-27,-33,-16,  6;
/M: SY='Y'; M=-19,-22,-28,-24,-22, 33,-30,  8,  2,-14,  1,  0,-20,-29,-15,-13,-19, -8, -7, 26, 62,-22;
/M: SY='G'; M=  1, -9,-28, -9,-18,-29, 64,-19,-38,-19,-30,-20,  1,-19,-18,-19,  3,-17,-28,-22,-29,-18;
/M: SY='N'; M= -7, 21,-22,  9, -5,-20, 12,  1,-24, -3,-28,-18, 36,-19, -5, -4,  7, -2,-26,-32,-17, -5;
/M: SY='T'; M= -6, -8,-14,-10, -1,-13,-21, -9, -9, -2,-10, -6, -6,-17,  0,  1, -1,  4, -5,-23, -5, -2;
/M: SY='E'; M=  2,  0,-21,  1, 16,-21,-16,-10,-14, -3,-14,-12, -2, -8,  5, -8,  7,  2,-12,-29,-16, 10;
/M: SY='V'; M= -6, -8,-15, -8,  1,-15,-23,-14, -3, -5, -5, -4, -9,-18, -4, -6, -4,  2,  4,-29,-12, -2;
/M: SY='V'; M= -5,-21,-12,-24,-19, -6,-28,-22, 15,-13,  8,  9,-20,-24,-14,-13,-10,  0, 22,-26, -8,-17;
/M: SY='P'; M= -3,  1,-25,  3,  4,-26,-13, -6,-21,  0,-25,-16,  2, 14,  2, -6,  7,  1,-19,-32,-19,  2;
/M:         M= -7, -8,-23, -8, -5,-11,-18, -8, -8, -3, -3,  0, -7,-14, -3, -1, -7, -4, -7,-18, -5, -5;
/M: SY='E'; M= -6,  1,-18,  3,  9,-20,-18, -5,-18, -1,-15,-11, -1,-10,  3, -5,  1, -2,-14,-29,-13,  6;
/M: SY='D'; M=-13, 11,-25, 13,  1,-19,-15, -4,-19,  2,-15,-12,  8,-17,  0,  3, -4, -5,-17,-22, -9,  0;
/M: SY='L'; M= -8,-22,-22,-23,-14, -1,-28,-16, 17,-22, 29, 17,-22,-24,-10,-17,-21, -9,  8,-21, -3,-13;
/I:         I=-6; MD=-32;
/M: SY='L'; M=-10,-20,-26,-21,-15, -5,-15,-10, -5, -7,  4,  3,-16,-23,-10,  2,-17,-12, -4, -5, -2,-13; D=-6;
/I:         I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='P'; M= -6, -9,-29, -6,  8,-24,-18, -6,-18, -2,-16,-10, -9, 14,  8, -5, -3, -5,-21,-21,-14,  7;
/M: SY='L'; M= -8,-17,-26,-18, -5,-10,-26,-15,  9,-16, 10,  7,-15, -5, -5,-16,-15, -9,  0,-24, -9, -7;
/M: SY='E'; M= -4, -4,-27,  1, 15,-22,-18,-11,-17, -3,-14,-13, -7, 11,  1, -5, -2, -4,-17,-28,-18,  6;
/M: SY='P'; M= -7,-13,-20,-13,  0,-12,-22,-12,-11, -6,-10, -5,-11,  3,  0, -2, -7, -6,-13,-23,-12, -2;
/M: SY='E'; M= -1,  4,-25,  7,  8,-25, -4, -9,-25,  3,-21,-17,  1,-10, -1,  1,  0, -6,-19,-21,-17,  3;
/M: SY='F'; M= -8,-16,-22,-19, -9,  7,-23,-10,  1,-14,  6,  5,-13,-17,-11,-10,-11, -7, -1,-19, -1,-10;
/M: SY='A'; M=  2,-12,-22,-14, -5, -7,-20, -9, -1,-11,  1,  0,-12,-13, -8,-14, -6, -4, -1,-19, -2, -7;
/M: SY='E'; M= -7,  3,-24,  4,  6,-19,-18,-10,-12, -4,-10,-10,  0, -6, -3, -6, -2, -1,-12,-30,-15,  1;
/M: SY='S'; M= -3, -7,-22, -6,  0,-15,-15, -8,-12, -7,-12, -7, -4, -1, -1, -7,  3, -1,-11,-28,-13, -1;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2014_11 which contains 547'085 sequence entries.


Total number of hits 150 in 95 different sequences
Number of true positive hits 146 in 91 different sequences
Number of 'unknown' hits
Number of false positive hits 4 in 4 different sequences
Number of false negative sequences 62
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 97.33 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 70.19 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] V_Jongeneel
Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 9
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] Tudor
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
91 sequences

AKAP1_HUMAN (Q92667), AKAP1_MOUSE (O08715), AKAP1_RAT   (O88884), 
ALG13_HUMAN (Q9NP73), ALG13_MOUSE (Q9D8C3), OTU_DROME   (P10383), 
RNF17_HUMAN (Q9BXT8), RNF17_MACFA (Q4R3G4), RNF17_MOUSE (Q99MV7), 
SMN1_DANRE  (Q9W6S8), SMN_BOVIN   (O18870), SMN_CANFA   (O02771), 
SMN_FELCA   (Q8HYB8), SMN_HUMAN   (Q16637), SMN_MACFA   (Q4R4F8), 
SMN_MOUSE   (P97801), SMN_PONAB   (Q5RE18), SMN_RAT     (O35876), 
SND1_BOVIN  (Q863B3), SND1_DANRE  (Q7ZT42), SND1_HUMAN  (Q7KZF4), 
SND1_MOUSE  (Q78PY7), SND1_PONAB  (Q5REU4), SND1_RAT    (Q66X93), 
SND1_SCHPO  (Q9Y7U7), SPF30_BOVIN (Q3T045), SPF30_DANRE (Q7ZV80), 
SPF30_HUMAN (O75940), SPF30_MOUSE (Q8BGT7), SPF30_PONAB (Q5R591), 
SPF30_RAT   (Q4QQU6), SPF30_XENTR (Q6DEY1), SPNE_CULQU  (B0XDC4), 
SPNE_DROAN  (B3M383), SPNE_DROER  (B3P3W1), SPNE_DROME  (Q9VF26), 
SPNE_DROMO  (B4K5R2), SPNE_DROPE  (B4GEU5), SPNE_DROPS  (Q296Q5), 
SPNE_DROSE  (B4HLH4), SPNE_DROVI  (B4LX81), SPNE_DROWI  (B4NBB0), 
SPNE_DROYA  (B4PRJ9), STK31_HUMAN (Q9BXU1), STK31_MOUSE (Q99MW1), 
TDR12_BOMMO (Q1XG89), TDR15_HUMAN (B5MCY1), TDRD1_DANRE (Q58EK5), 
TDRD1_HUMAN (Q9BXT4), TDRD1_MOUSE (Q99MV1), TDRD1_ORYLA (A9CPT4), 
TDRD3_BOVIN (Q2HJG4), TDRD3_CHICK (Q5ZMS6), TDRD3_DANRE (Q6NYG6), 
TDRD3_HUMAN (Q9H7E2), TDRD3_MOUSE (Q91W18), TDRD3_RAT   (Q66HC1), 
TDRD3_XENLA (Q6NRP6), TDRD3_XENTR (Q6P1U3), TDRD5_AILME (D2H3M0), 
TDRD5_BOVIN (E1BPH3), TDRD5_CANFA (E2QTD3), TDRD5_DANRE (Q1L981), 
TDRD5_HUMAN (Q8NAT2), TDRD5_MOUSE (Q5VCS6), TDRD5_RAT   (B4F7C4), 
TDRD5_XENLA (A1L1H3), TDRD5_XENTR (A0JM98), TDRD6_HUMAN (O60522), 
TDRD6_MOUSE (P61407), TDRD7_AILME (D2H0H6), TDRD7_BOVIN (A6QLE1), 
TDRD7_CANFA (E2RDV1), TDRD7_CHICK (E1C3S7), TDRD7_HUMAN (Q8NHU6), 
TDRD7_MOUSE (Q8K1H1), TDRD7_PONAB (Q5RAH6), TDRD7_RAT   (Q9R1R4), 
TDRD7_XENLA (Q6NU04), TDRD7_XENTR (Q5M7P8), TDRD9_DANRE (B8A4F4), 
TDRD9_HUMAN (Q8NDG6), TDRD9_MOUSE (Q14BI7), TDRD9_RAT   (Q3MHU3), 
TDRKH_HUMAN (Q9Y2W6), TDRKH_MOUSE (Q80VL1), TRD7A_DANRE (A6NAF9), 
TRD7B_DANRE (E7FDW8), TUD_DROME   (P25823), VRET_DROME  (Q9VCU7), 
YQK1_CAEEL  (Q09285)
» More

UniProtKB/Swiss-Prot
False negative sequences
62 sequences

BOYB_DROME  (Q9VNP5), COIL_HUMAN  (P38432), COIL_MOUSE  (Q5SU73), 
COIL_XENLA  (Q09003), FMR1_DROME  (Q9NFU0), FMR1_HUMAN  (Q06787), 
FMR1_MOUSE  (P35922), FMR1_PONAB  (Q5R9B4), FMR1_RAT    (Q80WE1), 
FMR1_XENTR  (Q6GLC9), FXR1_BOVIN  (Q2TBT7), FXR1_CRIGR  (O70523), 
FXR1_HUMAN  (P51114), FXR1_MOUSE  (Q61584), FXR1_RAT    (Q5XI81), 
FXR1_XENTR  (Q5BJ56), FXR2_HUMAN  (P51116), FXR2_MOUSE  (Q9WVR4), 
KDM4A_HUMAN (O75164), KDM4A_MOUSE (Q8BW72), KDM4A_PONAB (Q5RD88), 
KDM4B_HUMAN (O94953), KDM4B_MOUSE (Q91VY5), KDM4C_HUMAN (Q9H3R0), 
KDM4C_MOUSE (Q8VCD7), LBR_CHICK   (P23913), LBR_HUMAN   (Q14739), 
LBR_MOUSE   (Q3U9G9), LBR_PONAB   (Q5R7H4), LBR_RAT     (O08984), 
MTF2_HUMAN  (Q9Y483), MTF2_MOUSE  (Q02395), MTF2_PONAB  (Q5R7T9), 
P20L1_BOVIN (A2VE56), P20L1_CHICK (Q5F3G6), P20L1_HUMAN (A8MW92), 
P20L1_MOUSE (Q8CCJ9), P20L1_RAT   (Q4V9H5), PCL_DROME   (Q24459), 
PHF19_HUMAN (Q5T6S3), PHF19_MOUSE (Q9CXG9), PHF1_HUMAN  (O43189), 
PHF1_MOUSE  (Q9Z1B8), PHF20_HUMAN (Q9BVI0), PHF20_MOUSE (Q8BLG0), 
SETB1_DROME (Q32KD2), SETB1_DROPS (Q28Z18), SETB1_HUMAN (Q15047), 
SETB1_MOUSE (O88974), SETB1_XENLA (Q6INA9), SMN_DROME   (Q9VV74), 
SOYB_DROME  (Q9VL52), SPF30_SCHPO (O94519), SPNE_AEDAE  (Q16JS8), 
SPNE_ANOGA  (Q7QCW2), SPNE_DROGR  (B4JT42), STB1A_DANRE (Q1L8U8), 
STB1B_DANRE (Q08BR4), TDR10_HUMAN (Q5VZ19), TDR12_HUMAN (Q587J7), 
TDR12_MOUSE (Q9CWU0), TG250_CAEEL (P34344)
» More

UniProtKB/Swiss-Prot
False positive sequences
4 sequences

NHR61_CAEEL (O62389), U90A1_ARATH (Q9ZVX4), U90A2_ARATH (Q9SY84), 
ZGPAT_NEMVE (A7SBN6)
» More


View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission