Entry: PS50309

Forthcoming changes to the profile format
General information about the entry

Entry name [info] DC
Accession [info] PS50309
Entry type [info] MATRIX
Date [info] DEC-2001 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); JUN-2014 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC50309
Associated ProRule [info] PRU00072

Name and characterization of the entry

Description [info] Doublecortin domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=82;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=77;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=-0.0054; R2=0.01692086; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=4064.55118; R2=19.13386; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=502; N_SCORE=8.5; H_SCORE=11986; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=384; N_SCORE=6.5; H_SCORE=11412; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=-50; E1=-50; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='R'; M=-13, -7,-17, -8,  1,-23,-22,-10,-26, 31,-19, -8, -4,-17,  4, 32,-12,-10,-17,-22,-11,  1;
/M: SY='R'; M= -9, -9,-24,-11, -3,-17,-20,-11,-15, 15,-12, -6, -4,-16,  1, 22, -4, -1, -9,-24, -9, -3;
/M: SY='I'; M= -7,-30,-22,-35,-28,  2,-35,-28, 38,-27, 23, 17,-25,-25,-23,-25,-19, -7, 32,-23, -3,-28;
/M: SY='R'; M= -9,-13,-21,-15,-10, -2,-21,-10, -9,  1, -7, -5, -8,-20, -7, 12, -3,  3, -2,-18,  2,-10;
/M: SY='V'; M= -8,-30,-17,-34,-29, 21,-32,-27, 25,-25, 15, 10,-26,-28,-30,-22,-16, -5, 30,-17,  3,-29;
/M: SY='Y'; M=-16,-23,-28,-28,-22, 27,-32, -6, 11,-14,  5,  5,-18,-25,-17,-14,-19,-10,  2,  7, 38,-22;
/M: SY='R'; M=-12, -8,-28, -8,  2,-22,-18, -4,-28, 32,-22,-10, -1,-17,  8, 53, -8, -9,-18,-20,-11,  2;
/M: SY='N'; M= -6, 32,-18, 16,  0,-20,  0,  6,-20, -2,-30,-20, 50,-18,  0, -2, 16,  4,-26,-40,-20,  0;
/M: SY='G'; M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='D'; M=-15, 30,-26, 45, 14,-31,-15, -6,-25, -3,-21,-21,  8,-13, -4,-11, -2, -8,-14,-37,-18,  5;
/M: SY='P'; M=-13, -6,-31, -2,  2,-24,-20, -8,-19, 10,-17, -6, -8, 14,  4, 10,-11,-10,-20,-25,-15,  1;
/M: SY='Y'; M=-14,-19,-30,-21,-13,  8,-28, -8,  0, -8, -6, -2,-16,  0, -9,-11,-15,-10, -8, -4, 17,-13;
/M: SY='Y'; M=-17, -3,-25, -7,-10, 13,-21,  6,-15, -5,-10, -8,  2,-23,-10,  5, -9, -5,-15, -9, 16,-11;
/M: SY='K'; M= -8, -4,-29, -3,  7,-26,-12,  0,-28, 22,-24,-12, -1, -5,  6, 21, -7,-11,-22,-23,-12,  5;
/I:         I=-6; MD=-32;
/M: SY='G'; M=  8, -9,-22,-12,-13,-22, 29,-17,-21, -9,-18,-11, -4,-14,-12,-13, -1,-12,-14,-17,-20,-13; D=-6;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='V'; M= -7,-16,-22,-17,-12,-12,-23, -9,  2, -1, -7,  0, -9,-20, -7,  7, -4, -3,  8,-26, -8,-12;
/M: SY='R'; M= -9,-16,-24,-17, -8,-14,-23,-11, -6,  8, -4,  0,-10,-21,  0, 24,-11, -8,  0,-22, -9, -6;
/M: SY='F'; M=-11,-25,-20,-28,-24, 18,-29, -7, 15,-20, 14, 12,-22,-28,-21,-17,-18, -8, 16,-11, 16,-23;
/M: SY='V'; M=  5,-27,-14,-28,-23,  0,-25,-25, 20,-22, 22, 10,-27,-27,-23,-20,-14, -4, 27,-25, -8,-23;
/M: SY='I'; M= -8,-31,-23,-33,-26,  5,-32,-26, 27,-26, 25, 14,-28,-27,-23,-23,-23, -9, 22, -7,  0,-25;
/M: SY='N'; M= -7, 13,-21,  5,  1,-21, -8,  7,-21, -1,-26,-15, 25, -8,  4,  3, 12,  4,-22,-34,-15,  1;
/M: SY='R'; M=-10, -6,-28, -4,  7,-25,-18, -7,-24, 15,-24,-13, -2,  6,  9, 20,  0, -2,-21,-26,-15,  6;
/M: SY='R'; M=-16,  2,-32,  5,  5,-25,-18,  1,-31, 25,-26,-13,  0,-15,  6, 26,-11,-13,-23, -8, -6,  4;
/M: SY='R'; M= -7, -8,-21,-11, -4,-18,-21,-10,-10,  5,-13, -5, -4,-16,  6, 14,  2,  8, -4,-25,-10,  0;
/M: SY='F'; M=  4,-20,-14,-26,-20, 13,-21,-22,  7,-20,  4,  0,-16,-21,-22,-19, -3,  4, 13,-18, -2,-20;
/M: SY='K'; M=-11, -2,-30, -2,  5,-27,-17,  6,-26, 17,-26,-11,  3,  4, 11, 17, -4, -8,-24,-26,-12,  6;
/M: SY='S'; M=  1,  2,-16,  4,  3,-23, -6,  2,-23, -4,-28,-17,  9,-12,  6,  0, 26, 10,-15,-36,-15,  4;
/M: SY='F'; M=-16,-30,-24,-37,-28, 45,-27,-20,  4,-25, 11,  8,-25,-29,-29,-19,-23,-12,  2, 21, 20,-25;
/M: SY='E'; M=-13, 20,-30, 31, 36,-32,-18, -2,-26,  3,-20,-19,  5, -6, 13, -5, -2,-10,-25,-32,-18, 24;
/M: SY='A'; M=  9,-13,-21,-14, -4,-22,-17, -5, -6, -7,-11, -3,-12, -2,  6,-10, -2, -6, -3,-24,-13,  0;
/M: SY='L'; M=-10,-30,-17,-33,-25, 27,-30,-23, 17,-27, 29, 12,-27,-30,-28,-20,-22, -7, 17,-14,  6,-25;
/M: SY='L'; M=-10,-29,-20,-30,-20,  9,-29,-19, 20,-29, 48, 23,-29,-29,-19,-19,-29,-10, 10,-20,  0,-19;
/M: SY='D'; M= -6, 14,-25, 17, 17,-30,-15, -2,-26,  7,-22,-15,  8,-10, 14,  4,  2, -2,-22,-29,-16, 15;
/M: SY='D'; M=-10, 20,-25, 26,  9,-25,-14,  5,-21, -3,-18,-12,  8,-14,  2, -8, -3, -8,-17,-29, -9,  5;
/M: SY='L'; M= -7,-30,-19,-32,-25,  5,-32,-25, 29,-27, 32, 17,-28,-28,-23,-22,-22, -7, 26,-23, -3,-25;
/M: SY='T'; M= -1,  0,-13, -9,-10,-12, -9,-16,-12,-10,-12, -7,  3,-12, -9,-10, 16, 34, -5,-30,-12,-10;
/I:         I=-5; MI=0; MD=-28; IM=0; DM=-28;
/M: SY='D'; M=-14, 16,-30, 26, 21,-26,-10, -4,-31,  1,-23,-20,  4, -1,  4, -3, -3,-11,-27,-29,-17, 12;
/M: SY='R'; M= -2,-10,-21,-13,-10,-11,-12,-10, -8,  1, -9, -5, -5,-20, -8,  4, -4, -5, -2,-21, -5,-10;
/M: SY='I'; M= -6,-27,-20,-32,-27,  0,-32,-25, 33,-23, 17, 19,-23,-24,-20,-22,-14, -2, 31,-24, -4,-25;
/M: SY='Q'; M= -4,  0,-27, -2,  5,-28, -1, -7,-25,  9,-24,-12,  4, -6, 10,  6,  0, -6,-23,-24,-17,  7;
/M: SY='L'; M= -5,-23,-11,-26,-18,  2,-25,-18,  9,-21, 30, 15,-23,-26,-15,-13,-20, -4,  5,-23, -5,-17;
/M: SY='P'; M= -7, -1,-31,  7,  4,-28,-17,-13,-19, -5,-23,-17, -6, 32, -5,-10, -3, -7,-21,-31,-22, -3;
/M: SY='S'; M= -7,  0,-19, -2, -5, -6,-16,  4,-13,-10,-15, -9,  4,-17, -4, -9,  6,  5, -8,-27, -4, -4;
/I:         I=-6; MD=-30;
/M: SY='G'; M=  4, -9,-25,-10,-17,-26, 57,-18,-33,-17,-25,-17, -1,-17,-17,-18,  1,-16,-25,-18,-26,-17; D=-6;
/I:         I=-6; MD=-30;
/M: SY='V'; M= 20,-18,-10,-23,-18, -8,-15,-23, 12,-14,  1,  1,-18,-18,-18,-18, -1, -1, 23,-22,-12,-18; D=-6;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-30; IM=0; DM=-30;
/M: SY='R'; M=-10, -7,-26, -8,  0,-21,-18,  1,-25, 24,-21, -9, -1,-17,  6, 40, -5, -7,-15,-23, -9,  0;
/M: SY='K'; M= -8,  5,-25,  0,  1,-21,-14,  4,-24, 21,-24,-11, 12,-16,  4, 21, -3, -5,-20,-23, -7,  1;
/M: SY='L'; M=-10,-30,-25,-35,-25,  5,-35,-25, 34,-30, 36, 20,-25,-25,-20,-25,-25,-10, 19,-20,  0,-25;
/M: SY='Y'; M=-15,-19,-25,-21,-19, 32,-25,  7, -3,-14, -3, -3,-15,-27,-15,-12,-10, -5, -8, 15, 54,-19;
/M: SY='T'; M=  5, -1,-10,-11,-10,-11,-18,-20,-10,-10,-10,-10, -1,-10,-10,-11, 19, 45,  0,-29,-11,-10;
/M: SY='L'; M= -7,-18,-23,-21,-14, -7,-26,-22,  6,-19,  9,  2,-17,  5,-15,-18, -8,  9,  1,-25,-10,-16;
/M: SY='D'; M=-14, 20,-27, 30, 19,-31,-13, -1,-32,  8,-26,-20, 10,-11, 10, 11,  3, -6,-25,-33,-17, 13;
/M: SY='G'; M=  0, -9,-29,-10,-19,-29, 64,-20,-38,-19,-29,-19,  0,-19,-19,-19,  1,-15,-28,-21,-29,-19;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-33; IM=0; DM=-33;
/M: SY='R'; M=-14, -4,-29, -4,  6,-23,-21, 17,-22, 16,-19, -6,  1,-14, 10, 21, -7, -8,-19,-24, -3,  6;
/M: SY='R'; M= -9,-10,-27, -8,  4,-20,-19, -9,-14,  5,-12, -7, -6, -1,  5,  9, -4, -5,-15,-25,-13,  3;
/M: SY='V'; M= -5,-30,-19,-35,-30,  0,-35,-30, 39,-25, 15, 15,-25,-25,-25,-25,-15, -5, 41,-25, -5,-30;
/M: SY='T'; M= -7, -3,-21, -7, -2,-16,-15, -5,-15, -3,-13, -7,  0, -3, -3, -2,  3, 12,-12,-28,-11, -4;
/M: SY='S'; M= -5,  4, -6,  6,  1,-24,-10, -1,-27,  0,-27,-18,  6,-15,  0,  4, 14,  3,-17,-36,-16, -1;
/M: SY='L'; M= -9,-27,-23,-29,-21,  7,-24,-21, 16,-26, 27, 14,-25,-18,-20,-21,-23,-10,  9,-19, -3,-21;
/M: SY='D'; M=-10, 22,-28, 29, 21,-34,-14,  6,-29,  6,-24,-17, 12,-10, 17, -1,  0, -9,-27,-31,-15, 19;
/M: SY='E'; M= -6, 15,-28, 23, 32,-33,-15, -1,-28,  8,-22,-17,  4, -6, 18, -1,  0, -9,-26,-29,-18, 25;
/M: SY='L'; M=-11,-30,-21,-35,-26, 23,-32,-23, 23,-29, 30, 14,-25,-28,-26,-22,-23, -9, 17,-14,  6,-26;
/M: SY='E'; M=-10, -7,-26, -5, 18, -6,-25,-10, -8, -2, -8, -7, -9,-12,  1, -6, -7, -9, -8,-21, -7, 10;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-33; IM=0; DM=-33;
/M: SY='D'; M=-12, 34,-24, 44, 16,-32, -9, -3,-32, -2,-28,-25, 18,-10,  1, -9,  9,  0,-24,-38,-19,  9;
/M: SY='G'; M= -4,  3,-26,  5,-10,-26, 36,-13,-31,-15,-23,-18,  6,-18,-13,-16,  3,-12,-24,-27,-24,-11;
/M: SY='G'; M= -8,  6,-30, 10,  8,-33, 17, -8,-34,  3,-27,-17,  3,-13,  5, -3, -2,-14,-28,-25,-21,  7;
/M: SY='S'; M=  3, -4,-17,-10, -8,-10, -8,-14, -6,-12,-13, -9,  3,-16,-10,-14,  9,  5, -2,-28,-13, -9;
/M: SY='Y'; M=-18,-23,-26,-24,-23, 35,-30,  8,  3,-14,  3,  1,-21,-30,-17,-13,-19, -9, -2, 20, 62,-23;
/M: SY='V'; M= -3,-29,-14,-30,-29,  3,-31,-25, 29,-21, 13, 11,-28,-29,-27,-20,-13, -2, 41,-23, -1,-29;
/M: SY='C'; M= 27,-15, 30,-24,-18,-18,-12,-24,-13,-17,-11,-11,-15,-21,-18,-23,  2, -3,  1,-30,-22,-18;
/M: SY='S'; M= 10,-10, -1,-13,-12,-15, -1,-15,-13,-14,-18,-13, -5,-18,-12,-16, 15,  5, -2,-29,-14,-12;
/M: SY='G'; M= -1, -4,-24, -3, -5,-26, 30,  3,-32,-13,-28,-17,  4,-16, -7,-13, 10, -8,-24,-28,-19, -7;
/M: SY='N'; M= -6,  4,-24,  4, -1,-23, -9, -8,-21,  0,-21,-14,  6, -3,  1,  4,  4,  2,-18,-29,-17, -2;
/M: SY='E'; M=-12, 12,-30, 18, 29,-30,-11,  6,-31, 10,-24,-17,  6, -8, 13,  5, -2,-11,-28,-29,-15, 20;
/I:         I=-6; MD=-33;
/M: SY='P'; M=  1, -8,-23, -7,  1,-18,-13,-13,-18, 11,-21,-11, -6, 14, -2,  1, -2, -5,-15,-20,-14, -2; D=-6;
/I:         I=-6; MI=-33; IM=-33; DM=-33;
/M: SY='F'; M=-16,-30,-18,-37,-29, 60,-30,-22,  7,-28, 14,  3,-23,-30,-37,-20,-19, -8,  9,  1, 21,-29;
/M: SY='K'; M= -9,-10,-25,-12, -3,-17,-23,-11, -8, 16, -8,  3, -9,-16,  3, 13,-11, -4, -5,-22, -7, -1;
/M: SY='P'; M=-11,-12,-33, -8, -2,-19,-20,-11,-17,  3,-20,-12,-10, 35, -5, -6,-11, -9,-22,-21,-10, -7;
/M: SY='V'; M=  3,-22,-19,-23,-18, -9,-12,-21,  7,-17,  6,  6,-21,-14,-16,-18,-10, -6, 13,-25,-13,-18;
/M: SY='D'; M=-10, 22,-29, 29, 14,-32,-12, -3,-29,  1,-26,-21, 12,  5,  4, -4,  0, -8,-27,-33,-20,  8;
/M: SY='Y'; M=-11,-13,-26,-12,-15, 14,-25,  7, -2,-13,  5, -1,-16,-26,-11,-13,-17, -9, -8,  8, 44,-16;
/M: SY='D'; M= -9, 17,-25, 21, -2,-24, 14, -9,-31,-10,-26,-22, 13,-15, -9,-13,  5, -4,-24,-30,-19, -5;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2014_07 which contains 546'000 sequence entries.


Total number of hits 69 in 36 different sequences
Number of true positive hits 69 in 36 different sequences
Number of 'unknown' hits
Number of false positive hits
Number of false negative sequences 0
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] K_Hofmann
Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 2
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] Doublecortin
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
36 sequences

DCD2B_HUMAN (A2VCK2), DCD2C_HUMAN (A8MYV0), DCD2C_MOUSE (Q9D1B8), 
DCDC1_HUMAN (P59894), DCDC2_HUMAN (Q9UHG0), DCDC2_MOUSE (Q5DU00), 
DCDC2_RAT   (D3ZR10), DCDC5_HUMAN (Q6ZRR9), DCLK1_HUMAN (O15075), 
DCLK1_MOUSE (Q9JLM8), DCLK2_AILME (D2I3C6), DCLK2_HUMAN (Q8N568), 
DCLK2_MOUSE (Q6PGN3), DCLK2_RAT   (Q5MPA9), DCLK3_MOUSE (Q8BWQ5), 
DCLK_CAEEL  (Q95QC4), DCLK_DROER  (B3NKK1), DCLK_DROME  (Q7PLI7), 
DCLK_DROPE  (B4GXC2), DCLK_DROPS  (B5DK35), DCLK_DROSE  (B4IMC3), 
DCLK_DROSI  (B4NSS9), DCLK_DROYA  (B4IT27), DCX_DICDI   (Q550F6), 
DCX_HUMAN   (O43602), DCX_MOUSE   (O88809), DCX_RAT     (Q9ESI7), 
EMAL_DROME  (Q9VUI3), RP1L1_HUMAN (Q8IWN7), RP1L1_MOUSE (Q8CGM2), 
RP1_BOVIN   (Q8MJ05), RP1_CANFA   (Q8MJ04), RP1_HUMAN   (P56715), 
RP1_MOUSE   (P56716), RP1_PAPHA   (Q8MJ06), RP1_SAIBB   (Q8MJ03)
» More

PDB
[Detailed view]
8 PDB

1MFW; 1MG4; 1MJD; 1UF0; 2BQQ; 2DNF; 2XRP; 4ATU

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission