Entry: PS50507

General information about the entry

Entry name [info] RDRP_SSRNA_POS
Accession [info] PS50507
Entry type [info] MATRIX
Date [info] NOV-2005 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); MAY-2016 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC50507
Associated ProRule [info] PRU00539

Name and characterization of the entry

Description [info] RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=119;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=114;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.6107; R2=0.020803; TEXT='NScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=248; N_SCORE=7.75; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=187; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=-1000; E1=-1000; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; M0=-8;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='P'; M= -8, -7,-29, -6, -5,-17, -3,-10,-23, -4,-21,-14, -6,  2, -7, -5, -7,-11,-22, -7, -9, -7;
/M:         M= -9,-11,-17,-12,-11, -7,-22, -8, -2, -9, -4,  0,-10,-15,-11,-10,-10, -7,  0,-19, -1,-12;
/M: SY='V'; M=  0,-18, -8,-24,-20,  2,-14,-14,  0,-19,  1,  1,-15,-24,-19,-18, -9, -6,  4,-18, -1,-20;
/M: SY='F'; M=-10,-23,-13,-28,-23, 14,-25,-13,  8,-20,  9,  5,-19,-26,-20,-17,-16, -6,  5, -8, 14,-22;
/M: SY='E'; M=  4,  5,-14,  8, 13,-26, -3, -9,-26, -5,-21,-18,  1, -9, -1,-12,  5, -4,-19,-30,-21,  6;
/M: SY='V'; M= -1, -8,-13,-12,-14, -3,-17,-15, -1,-16, -2, -3, -7,-21,-15,-17, -4, -2,  2,-20, -5,-15;
/M: SY='D'; M=-20, 50,-30, 70, 20,-40,-10,  0,-40,  0,-30,-30, 20,-10,  0,-10,  0,-10,-30,-40,-20, 10;
/M: SY='Y'; M= -6,-18,-19,-23,-20, 13,-16, -9, -1,-17,  1, -1,-15,-23,-17,-16, -9, -1, -3, -3, 20,-20;
/M: SY='S'; M= 11, -2,-13, -5, -1,-19, -6,-13,-18, -5,-23,-16,  3, -9, -2, -6, 24, 17, -8,-33,-17, -2;
/M: SY='K'; M=  2, -4,-13, -7, -2,-26,  1,-11,-26,  7,-23,-13,  0,-16,  2,  6,  1, -7,-18,-25,-18, -1;
/M: SY='F'; M=-19,-30,-20,-37,-28, 56,-28,-17, -5,-26,  2, -4,-23,-30,-31,-19,-23,-13, -7, 33, 32,-26;
/M: SY='D'; M=-20, 50,-30, 70, 20,-40,-10,  0,-40,  0,-30,-30, 20,-10,  0,-10,  0,-10,-30,-40,-20, 10;
/M: SY='S'; M=  2, -4,-21, -7,  0,-23, -8,-10,-20,  5,-22,-11, -1,-12,  7,  3, 10,  5,-14,-19,-13,  3;
/M: SY='S'; M=  2, -1,-15, -3, -2,-18, -8, -1,-19, -6,-22,-13,  7,-13,  1, -2, 22, 14,-11,-34,-13, -1;
/I:         I=-6; MI=-32; MD=-32; IM=-32;
/M: SY='M'; M= -8,-16,-20,-18, -8,-14,-26, -6,  7,-11,  4,  9,-14,-19,  8, -9,-11, -8,  3,-23, -5, -1; D=-6;
/I:         I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='S'; M= -3, 10,-17,  9, -1,-22, -5, -6,-22, -8,-23,-17, 10, -9, -3, -9, 15, 14,-16,-34,-16, -2;
/I:         I=-6; MI=-32; MD=-32; IM=-32;
/M: SY='P'; M= -6, -3,-27,  1,  8,-23,-11, -8,-19, -2,-20,-13, -3, 11, -1, -5, -2, -7,-18,-27,-18,  2; D=-6;
/I:         I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M:         M= -1,-11,-19,-13, -4, -2,-19,-11, -9,-10, -4, -5,-11,-17, -7,-10, -7, -6, -7,-11, -1, -6;
/I:         I=-6; MI=-32; MD=-32; IM=-32;
/M: SY='M'; M= -3, -4,-22, -4, -7,-10,-17, -2, -4,-13, -2,  1, -7,-17, -8,-14, -8, -7, -4,-17, -4, -8; D=-6;
/I:         I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='L'; M= -8,-26,-19,-29,-20,  8,-29,-17, 18,-22, 26, 17,-23,-26,-18,-17,-21, -9, 12,-19,  0,-19;
/M: SY='E'; M= -6,  2,-24,  1,  7,-19,-14, -3,-18,  3,-14, -9,  3,-15,  5,  5, -3, -6,-17,-22,-11,  6;
/I:         I=-6; MI=-32; MD=-32; IM=-32;
/M: SY='F'; M= -1,-13,-14,-17,-15,  5,-20,-17,  0,-17,  0, -3,-12,-21,-17,-16, -7, -3,  3,-11, -1,-16; D=-6;
/I:         I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='E'; M= -5, -2,-24,  2, 22,-18,-20, -8,-12, -2, -8, -8, -7,-11,  5, -7, -4, -7,-10,-27,-13, 14;
/I:         I=-5; MI=-27; MD=-27; IM=-27;
/M: SY='M'; M= -3,-12,-17,-13, -4, -9,-19, -3, -5, -8,  0,  1,-10,-18, -5, -6, -7, -5, -3,-23, -5, -5; D=-5;
/I:         I=-5; MI=-27; MD=-27; IM=-27; DM=-27;
/M: SY='E'; M= -2, -1,-19, -1,  7,-16,-11, -5,-13, -2,-10, -5, -1,-11,  2, -4,  1, -2,-11,-24,-11,  4; D=-5;
/I:         I=-5; MI=0; MD=-27; IM=0; DM=-27;
/M: SY='I'; M= -8,-29,-22,-34,-26,  4,-33,-24, 32,-25, 24, 19,-24,-25,-21,-22,-20, -8, 25,-20, -1,-25;
/M: SY='Y'; M=-13,-19,-25,-21,-14,  6,-25, -6,  0, -7,  9,  7,-16,-24, -9,  1,-18, -9, -4, -3, 15,-13;
/M: SY='E'; M= -3, -3,-21, -5,  4,-16,-17, -6,-13,  3, -9, -6, -1,-15,  2,  4, -4, -6,-12,-24,-11,  2;
/I:         I=-6; MI=-29; MD=-29; IM=-29;
/M: SY='R'; M= -4, -6,-13, -6, -1, -7,-11,  1,-11,  0, -7, -4, -4,-12, -1,  3, -4, -5, -9,-12,  0, -2; D=-6;
/I:         I=-6; MI=-29; MD=-29; IM=-29; DM=-29;
/M: SY='F'; M= -5,-12, -1,-16,-11,  8,-14, -9,  0,-11,  5,  5,-11,-16,-11,-10, -9, -5,  0,-10,  1,-11; D=-6;
/I:         I=-6; MI=-29; IM=-29; DM=-29;
/M:         M= -8, -4,-21, -5, -4, -5,-13, -1,-14, -7, -9, -3, -4,-17, -6, -6, -4, -4,-12,-20, -1, -5;
/M: SY='L'; M= -9,-12,-23,-11, -6, -5,-11,-12, -9,-15,  2, -4,-11,-11,-12,-13,-12,-10,-10,-22, -9, -9;
/M: SY='G'; M= -5,  2,-24,  3,  0,-23, 14, -8,-28, -7,-23,-17,  4,-13, -5, -8,  2, -8,-23,-25,-18, -3;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29;
/M:         M= -9, -8,-18, -8, -6, -9,-19,-11, -9, -9, -7, -6, -9, -8, -9, -9, -9, -7, -8,-17, -7, -9; D=-6;
/I:         I=-6; MI=-29; IM=-29; DM=-29;
/M: SY='P'; M= -9,  0,-28,  3,  6,-23,-17, -3,-17, -2,-18,-12, -2,  9,  0, -6, -3, -6,-18,-28,-14,  1;
/I:         I=-4; MI=-23; MD=-23; IM=-23;
/M: SY='E'; M= -3, -6,-23, -5,  1,-16, -7, -8,-15, -7, -8, -7, -7, -8, -3, -8, -6, -8,-14,-20,-12, -2; D=-4;
/I:         I=-4; MI=-23; MD=-23; IM=-23; DM=-23;
/M: SY='E'; M= -1, -6,-21, -7,  1,-11,-14, -8,-12, -6, -8, -7, -6,-12, -5, -6, -5, -6,-10,-17, -9, -2; D=-4;
/I:         I=-4; MI=-23; MD=-23; IM=-23; DM=-23;
/M:         M= -4, -7,-18, -8,  0,-10,-16, -8, -6, -2, -3, -2, -7,-12,  0, -1, -5, -3, -5,-16, -7, -1; D=-4;
/I:         I=-4; MI=-23; MD=-23; IM=-23; DM=-23;
/M: SY='A'; M=  5, -5,-13, -7, -4,-11,-10, -9, -7, -4, -5, -4, -6,-10, -4, -4, -1, -1, -4,-15, -8, -5; D=-4;
/I:         I=-4; MI=-23; MD=-23; IM=-23; DM=-23;
/M: SY='L'; M= -5, -8,-13, -9, -7, -2,-15, -9,  2, -8,  4,  4, -8,-14, -7, -6, -7, -2,  1,-14, -2, -7; D=-4;
/I:         I=-4; MI=-23; IM=-23; DM=-23;
/M: SY='L'; M= -6,-26,-22,-30,-22,  2,-29,-21, 23,-23, 24, 14,-23,-25,-18,-20,-20, -8, 16,-15,  0,-21;
/M:         M=-10,-10,-26,-11, -5, -8,-18,-10,-11, -5, -9, -6, -8,-18, -4, -2,-10, -8,-12,  0, -1, -5;
/I:         I=-3; MI=-13; MD=-13; IM=-13;
/M: SY='E'; M= -5,  2,-17,  0,  5,-11,-12, -3,-15, -2,-11, -8,  3,-14,  0, -3, -1, -4,-14,-20, -8,  2; D=-3;
/I:         I=-3; MI=-13; MD=-13; IM=-13; DM=-13;
/M: SY='Y'; M= -7,-12,-15,-13,-10,  5,-15, -2,  0,-10,  7,  2,-11,-16, -8, -7,-12, -5, -3,  3, 11, -9; D=-3;
/I:         I=-3; MI=0; MD=-13; IM=0; DM=-13;
/M:         M= -2, -9,-11,-11, -7, -4, -9,-10, -5, -4, -2, -2, -6,-12, -7, -2, -3,  0, -2,-13, -4, -7; D=-3;
/I:         I=-3; MI=-13; MD=-13; IM=-13; DM=-13;
/M: SY='H'; M= -6, -6,-13, -7, -1, -6,-14,  6, -6, -6, -2,  0, -5,-13, -2, -4, -5, -5, -5,-17, -2, -2; D=-3;
/I:         I=-3; MI=-13; MD=-13; IM=-13; DM=-13;
/M:         M= -6, -5,-18, -9, -7, -7,-13, -5, -5, -6, -6, -2,  0,-14, -3, -4, -4, -3, -8,-17,  0, -7; D=-3;
/I:         I=-3; MI=-13; MD=-13; IM=-13; DM=-13;
/M: SY='R'; M= -6,-11,-13,-13, -7,-10,-18, -9, -6, -2, -4, -2, -8,-18, -5,  3, -6, -5, -2,-21, -7, -7; D=-3;
/I:         I=-3; MI=-13; MD=-13; IM=-13; DM=-13;
/M: SY='S'; M= -2,-10, -6,-12,-10,-13, -6,-14,-10,-12,-13, -9, -6, -7,-11,-14,  2,  0, -7,-24,-11,-12; D=-3;
/I:         I=-3; MI=-13; IM=-13; DM=-13;
/M: SY='T'; M= -5, -7,-21,-10,-10, -8, -7, -3,-14,-10,-11, -8, -3,-14, -9, -9, -1,  1,-10,-21, -2,-10;
/M: SY='P'; M= -3,-14,-21,-14, -8,-15,-16,-16, -8,-11,-10, -7,-11,  4, -8,-11, -3, -3, -8,-22,-13,-10;
/M: SY='M'; M=-10,-10,-22,-13, -8, -9,-20, -7, -4,  0, -4,  2, -7,-18, -6,  1, -9, -5, -3,-21, -3, -8;
/M:         M= -3, -5,-16, -6,-10,-13, -8,  0,-12,-14, -8, -5, -5,-17,-10,-13, -1, -1, -7,-27, -8,-11;
/I:         I=-6; MI=-32; MD=-32; IM=-32;
/M:         M= -4, -4,-22, -8, -7,-13,-14, -6, -7, -6, -7, -4, -1,-14, -6, -6, -3,  0, -7,-25, -8, -8; D=-6;
/I:         I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M:         M= -3, -8,-14, -8, -9,-12,-14,-13,-12,-11,-12, -9, -8, -5,-10,-13, -2,  0, -8,-23, -9,-10;
/M: SY='B'; M= -5,  2,-23,  2,  0,-21,  0,-10,-22,  0,-18,-13,  1,-14, -5, -3, -2, -6,-15,-25,-14, -3;
/M: SY='G'; M= -4, -4,-20, -7,-11,-18, 13,-12,-17,-13,-13, -5, -1,-18,-10,-14, -3, -8,-15,-25,-16,-11;
/M:         M= -8, -7,-19, -8, -7, -9,-20,-14, -3, -7, -4, -2, -8,-18, -7, -8, -6, -2,  0,-24, -7, -7;
/M: SY='V'; M= -4,-15,-20,-18,-13, -8,-17,-15,  0, -8, -3,  0,-11,-18,-10, -5, -7, -4,  3,-20, -7,-13;
/M: SY='Y'; M= -9,-22,-18,-26,-22, 10,-16,-14,  5,-19,  3,  3,-18,-25,-17,-18,-14, -8,  3, -5, 13,-21;
/M: SY='K'; M= -6, -4,-19, -5, -2,-19,-10, -8,-19,  3,-19,-11, -1,-10, -1,  3,  2,  0,-14,-26,-12, -2;
/M: SY='V'; M= -9,-20,-21,-22,-15, -1,-26,-16,  6, -5,  5,  4,-17,-23,-13, -1,-13, -5, 11,-20, -1,-15;
/M: SY='R'; M= -7, -3,-24, -3,  2,-14,-12, -8,-21,  1,-17,-13, -2, -7, -3,  4, -2, -4,-17,-19,-10, -1;
/M: SY='G'; M= -6, -7,-19, -8,-11,-14,  8,-13,-21, -8,-18,-12, -4,-20,-12, -7, -5,-12,-16,-17, -8,-12;
/M: SY='G'; M= -6,-10, -7,-14,-10,-24,  7, -9,-18,-10,-14,  1, -7,-20,  4,-10, -5,-12,-16,-25,-17, -3;
/M: SY='R'; M=-15, -9,-26,-12, -5,-14,-19, -3,-13, 11, -6,  3, -2,-20,  5, 32,-10, -7,-11,-22, -9, -3;
/M: SY='P'; M= -6, -8,-26, -9, -6,-16, -6,-10,-17, -1,-15, -6, -3,  4, -6, -2, -5, -7,-16,-24,-15, -7;
/M: SY='S'; M=  8,  0,-10, -2, -2,-18, -3,-11,-18,-10,-27,-18,  8,-10, -2,-10, 36, 25, -8,-38,-18, -2;
/M: SY='G'; M=  0,-10,-30,-10,-19,-30, 68,-20,-40,-19,-30,-20,  0,-20,-19,-19,  0,-20,-30,-20,-30,-19;
/M: SY='E'; M= -9,  6,-11,  8,  9,-23,-16, -5,-19, -4,-17, -9,  0,-15,  8, -7, -1, -7,-15,-30,-15,  9;
/M: SY='P'; M=  2,-19,-20,-19,-13, -8,-15,-18, -4,-15, -8, -4,-16,  9,-14,-18, -5, -4, -2,-22,-11,-15;
/M: SY='S'; M= -3, -4, -8, -9,-12,-12, -6,-15,-13,-15,-13,-11,  0,-13,-14,-15,  2,  2, -8,-28,-15,-13;
/M: SY='T'; M=  0,  0,-10,-10,-10,-10,-20,-20,-10,-10,-10,-10,  0,-10,-10,-10, 20, 49,  0,-30,-10,-10;
/M: SY='Y'; M= -1,-16,-18,-18,-15,  7,-16,-10, -4,-15, -7, -6,-11,-20,-14,-14,  4,  3,  0, -9, 11,-15;
/M: SY='V'; M= -1,-17,-17,-20,-18,  0,-20,-18,  9,-20,  8,  5,-15,-21,-17,-19, -9, -5, 10,-22, -5,-18;
/M: SY='G'; M= -2,-10,-21,-11,-15, -6,  4,-17,-12,-18, -6, -7, -8,-20,-17,-17, -4, -7, -7,-19,-11,-16;
/M: SY='N'; M=-10, 40,-20, 20,  0,-20,  0, 10,-20,  0,-30,-20, 59,-20,  0,  0, 10,  0,-30,-40,-20,  0;
/M: SY='T'; M=  2, -2,  0, -9, -9,-14,-14,-17,-15,-10,-17,-14,  2,-13, -8,-11, 22, 33, -5,-34,-14, -9;
/M: SY='L'; M=-10,-23,-23,-26,-18,  5,-29,-19, 19,-21, 21, 14,-21,-24,-17,-16,-19, -8, 13,-17,  0,-19;
/M: SY='I'; M= -5,-17, -9,-25,-20,  2,-25,-18, 10,-19,  7,  7,-14,-22,-16,-17, -8,  4,  9,-20, -1,-19;
/I:         I=-6; MI=-29; MD=-29; IM=-29;
/M: SY='N'; M= -5, 11, -8, -1, -8,-15,-11,  1,-12, -6,-16, -8, 21,-20, -6, -4,  4,  2,-12,-33,-14, -7; D=-6;
/I:         I=-6; MI=-29; MD=-29; IM=-29; DM=-29;
/M: SY='C'; M= -5, -6,  2,-10, -9, -3,-12, -5, -2, -8, -3,  0, -3,-15, -7, -9, -6, -4, -2, -8,  0, -8; D=-6;
/I:         I=-6; MI=-29; IM=-29; DM=-29;
/M: SY='I'; M= -6,-26,-21,-32,-23,  2,-27,-20, 26,-24, 25, 23,-22,-23,-16,-21,-19, -8, 17,-21, -3,-21;
/I:         I=-5; MI=-27; MD=-27; IM=-27;
/M: SY='A'; M=  6,-15,-13,-21,-14, -6,-16,-16,  0, -8, -1,  3,-12,-18,-11,-12, -6, -3,  3,-19, -6,-13; D=-5;
/I:         I=-5; MI=0; MD=-27; IM=0; DM=-27;
/M: SY='I'; M= -5,-24,-16,-29,-22,  2,-28,-17, 20,-21, 18, 16,-22,-24,-18,-19,-16, -4, 18,-20,  0,-21;
/I:         I=-1; MI=-6; MD=-6; IM=-6;
/M: SY='Y'; M= -7,-13,-20,-17,-12, -5,-20, -3, -1, -9,  1,  2, -9,-20, -7, -4, -9, -5, -3,-16,  3,-11; D=-1;
/I:         I=-1; MI=-6; MD=-6; IM=-6; DM=-6;
/M: SY='A'; M=  7, -7,-13,-11, -9,-11, -7, -4,-15, -7,-13, -9, -4,-16, -6, -5,  3,  0,-10,-17, -1, -9; D=-1;
/I:         I=-1; MI=-6; MD=-6; IM=-6; DM=-6;
/M: SY='A'; M=  7,-13,-12,-18,-11, -6,-13, -9, -6,-11, -3,  0,-10,-18, -8,-10, -2, -2, -3,-15, -4,-10; D=-1;
/I:         I=-1; MI=-6; MD=-6; IM=-6; DM=-6;
/M: SY='M'; M= -5,-20,  0,-24,-18, -1,-23,-14,  3,-14,  7,  8,-18,-24,-13,-10,-13, -7,  5,-21, -4,-16; D=-1;
/I:         I=-1; MI=-6; MD=-6; IM=-6; DM=-6;
/M: SY='Y'; M=-10,-12,-22,-12, -2, -1,-22, -3, -7, -4, -3, -2,-11,-13, -5, -3,-10, -7, -8,-12,  8, -5; D=-1;
/I:         I=-1; MI=-6; MD=-6; IM=-6; DM=-6;
/M: SY='K'; M= -5,  3,-19,  5,  5,-18, -9, -4,-16,  7,-14, -9,  1, -9,  3,  5, -1, -5,-12,-19,-10,  3; D=-1;
/I:         I=-1; MI=0; MD=-6; IM=0; DM=-6;
/M: SY='E'; M= -3,  0,-12,  1,  4, -9, -7,  1,-10, -1, -8, -6,  0, -7,  1, -1, -2, -4, -9,-10, -4,  2; D=-1;
/I:         I=-1; MI=-6; MD=-6; IM=-6; DM=-6;
/M:         M= -2, -4,-13, -6, -6, -7, -4, -7, -6, -7, -6, -4, -2,-13, -7, -6, -2, -4, -4,-16, -7, -7; D=-1;
/I:         I=-1; MI=-6; MD=-6; IM=-6; DM=-6;
/M: SY='L'; M= -8,-11,-21,-12, -7, -3,-15,-12, -1,-12,  4,  1,-10,-17,-10,-10,-11, -7, -2,-18, -5, -9; D=-1;
/I:         I=-1; MI=-6; MD=-6; IM=-6; DM=-6;
/M: SY='E'; M= -9,  1,-22,  2,  3,-14,-11, -8,-15, -6, -9, -9, -1, -8, -3, -7, -5, -6,-15,-24,-11, -1; D=-1;
/I:         I=-1; MI=-6; MD=-6; IM=-6; DM=-6;
/M: SY='K'; M= -8,  5,-24,  7,  4,-24,-11, -7,-21,  8,-19,-12,  4,-13,  3,  8, -1, -5,-15,-25,-14,  3; D=-1;
/I:         I=-1; MI=-6; IM=-6; DM=-6;
/M:         M= -8, -2,-20, -2, -5,-12,-16, -8,-10, -8, -8, -7, -2,-13, -7, -7, -5, -4, -8,-26, -9, -7;
/M:         M= -6,-14,-14,-16,-10, -4,-21,-13, -6,-11, -5, -4,-13,-16,-11,-11, -8, -5, -3,-13, -3,-11;
/M: SY='R'; M= -5,-10,-12,-11, -7,-11,-18,-12,-15,  1,-13, -8, -7,-12, -6,  5, -3, -3, -9,-24,-10, -8;
/M: SY='M'; M= -5,-23,-20,-30,-21,  8,-24,-15, 16,-20, 17, 22,-20,-22,-14,-18,-17, -8, 11,-16,  2,-18;
/I:         I=-6; MI=-32; MD=-32; IM=-32;
/M: SY='L'; M=  2,-21, -9,-27,-20,  4,-22,-17, 10,-21, 12,  7,-18,-23,-18,-19,-11, -5, 10,-19, -2,-19; D=-6;
/I:         I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='F'; M=  0,-17, -9,-24,-21, 11,-22,-19,  6,-19,  0, -1,-12,-24,-22,-18, -5, -1, 11,-18,  0,-21;
/M: SY='S'; M= -1, -4, -7,-10,-11, -7,-11, -4,-11,-10,-13, -7,  2,-21, -8,-11,  3, -1,-10,-19,  3,-11;
/M: SY='G'; M=  0,-10,-29,-10,-19,-30, 67,-20,-39,-20,-30,-20,  0,-20,-19,-20,  2,-18,-29,-21,-30,-19;
/M: SY='D'; M=-20, 50,-30, 70, 20,-40,-10,  0,-40,  0,-30,-30, 20,-10,  0,-10,  0,-10,-30,-40,-20, 10;
/M: SY='D'; M=-20, 50,-30, 70, 20,-40,-10,  0,-40,  0,-30,-30, 20,-10,  0,-10,  0,-10,-30,-40,-20, 10;
/I:         I=-6; MI=-32; MD=-32; IM=-32;
/M: SY='C'; M= -2, -8, 15,-13,-13,-13,-10,-14,-11,-16, -8, -5, -3,-22,-12,-15,  2, -1, -6,-32,-16,-12; D=-6;
/I:         I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='V'; M= -4,-28,-10,-31,-25,  4,-30,-25, 22,-23, 20, 12,-26,-28,-24,-21,-17, -5, 26,-24, -5,-25;
/M: SY='I'; M= -5,-26,-21,-29,-21,  2,-30,-23, 25,-22, 17, 12,-22,-24,-19,-20,-16, -6, 22,-21, -2,-22;
/M: SY='A'; M=  1,-11,-16,-17,-15, -3,-15,-14, -2,-13, -5, -3, -7,-19,-14,-13, -4, -4,  0,-20, -4,-15;
/M:         M= -1,-16, -4,-20,-16, -5,-13,-18, -8,-16,-10, -7,-12,-13,-15,-15, -1, -1, -2,-22, -9,-16;
/M: SY='E'; M= -6, -2,-23, -1,  5,-18,-18, -7,-13, -2,-14,-10, -2, -5, -2, -4, -1, -3,-11,-27,-11,  1;
/M: SY='P'; M= -8,  1,-25,  4,  4,-23,-16, -8,-19,  2,-19,-13,  0,  5, -1,  0, -2, -4,-18,-30,-17,  0;
/M: SY='E'; M= -6,  2,-25,  5,  8,-21, -9, -5,-22, -2,-19,-13, -2, -3,  0, -5, -1, -7,-19,-24,-11,  3;
/M:         M=-10, -7,-23, -6, -3,-10,-22, -8, -8, -6, -4, -4, -8,-10, -6, -3, -9, -6, -7,-23, -7, -6;
/M:         M= -6, -8,-23, -9, -1, -5,-19,-11, -8, -5, -5, -5, -7,-14, -5, -4, -6, -5, -7,-21, -6, -4;
/M: SY='D'; M= -4,  1,-25,  2,  1,-19, -8, -6,-19, -5,-17,-13,  1, -4, -3, -7,  0, -5,-17,-25,-13, -2;
/M:         M= -5, -6,-22, -7, -3,-11,-17,-10,-11, -3,-11, -6, -6,-10, -5, -5, -3, -2, -9,-20, -6, -5;
/M:         M= -1,-10,-21,-12, -9,  0,-15,-10, -8,-12, -5, -6, -9,-16,-11,-12, -5, -5, -6,-12, -1,-10;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2016_05 which contains 551'193 sequence entries.


Total number of hits 456 in 456 different sequences
Number of true positive hits 455 in 455 different sequences
Number of 'unknown' hits 0
Number of false positive hits 1
Number of false negative sequences 11
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 99.78 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 97.64 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] S_Spirin, N_Hulo
Taxonomic range [info] Eukaryotic viruses
Maximum number of repetitions [info] 1
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] RdRp catalytic
Version [info] 3

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
455 sequences

194K_TRVSY  (P05080    ), NS1AB_ANV1  (Q9JGF2    ), NS1AB_HASV1 (Q67726    ), 
NS1AB_HASV4 (Q3ZN06    ), NS1AB_HASV5 (Q4TWH8    ), NS1AB_HASV8 (Q9IFX2    ), 
NS1AB_MASV1 (Q80KJ7    ), NS1AB_OASV1 (Q9JH66    ), NS1AB_TASV1 (Q9JH69    ), 
NS1AB_TASV2 (Q9ILI5    ), POL1_APMV   (Q02941    ), POL1_ARMVN  (Q6W8W5    ), 
POL1_BAMMN  (P90245    ), POL1_BAYMG  (Q04574    ), POL1_BAYMJ  (Q01206    ), 
POL1_BAYMY  (Q9YJW3    ), POL1_BBWVS  (Q76L40    ), POL1_BPMV   (Q9YJU5    ), 
POL1_BRAV   (Q8V5E0    ), POL1_BRSV   (P18522    ), POL1_CNSV   (Q8QVV0    ), 
POL1_CPMVS  (P03600    ), POL1_CPSMV  (P36312    ), POL1_CRLVP  (Q6EWG9    ), 
POL1_GCMV   (P13025    ), POL1_GFLV   (P29149    ), POL1_RCMV   (P35930    ), 
POL1_RRVC   (Q6W8W4    ), POL1_SDVS5  (Q9WAL8    ), POL1_TBRVM  (Q8B8X3    ), 
POL1_TORVR  (P29150    ), POL1_TOTV   (A1XIP9    ), POL1_TRSVB  (Q88893    ), 
POLG_AEVCA  (Q9YLS4    ), POLG_AEVL2  (Q6WQ42    ), POLG_AEVVR  (Q6R325    ), 
POLG_ASGVK  (Q6PLS1    ), POLG_ASGVP  (P36309    ), POLG_BCMNN  (Q65399    ), 
POLG_BECN1  (Q288N7    ), POLG_BECNB  (Q8JN60    ), POLG_BOVEV  (P12915    ), 
POLG_BSTV1  (Q65730    ), POLG_BSTVG  (Q65729    ), POLG_BTMV   (Q6XW15    ), 
POLG_BVDVC  (Q96662    ), POLG_BVDVN  (P19711    ), POLG_BVDVS  (Q01499    ), 
POLG_BVY3   (A0AUJ5    ), POLG_BYMV   (P17765    ), POLG_CACV4  (Q8V736    ), 
POLG_CILVC  (Q1KZ59    ), POLG_CSFVA  (P19712    ), POLG_CSFVB  (P21530    ), 
POLG_CX16G  (Q65900    ), POLG_CX16T  (Q9QF31    ), POLG_CXA21  (P22055    ), 
POLG_CXA24  (P36290    ), POLG_CXA9   (P21404    ), POLG_CXB1J  (P08291    ), 
POLG_CXB2O  (Q9YLG5    ), POLG_CXB3N  (P03313    ), POLG_CXB3W  (Q66282    ), 
POLG_CXB4E  (Q86887    ), POLG_CXB4J  (P08292    ), POLG_CXB5P  (Q03053    ), 
POLG_CXB6S  (Q9QL88    ), POLG_DEN1B  (P27909    ), POLG_DEN1S  (P33478    ), 
POLG_DEN1W  (P17763    ), POLG_DEN26  (P29990    ), POLG_DEN27  (P29991    ), 
POLG_DEN28  (P14337    ), POLG_DEN2J  (P07564    ), POLG_DEN2N  (P14340    ), 
POLG_DEN2P  (P12823    ), POLG_DEN2Q  (Q9WDA6    ), POLG_DEN3C  (Q99D35    ), 
POLG_DEN3I  (Q5UB51    ), POLG_DEN3M  (Q6YMS3    ), POLG_DEN3P  (P27915    ), 
POLG_DEN3S  (Q6YMS4    ), POLG_DEN4D  (P09866    ), POLG_DEN4H  (Q2YHF2    ), 
POLG_DEN4P  (Q58HT7    ), POLG_DEN4S  (Q5UCB8    ), POLG_DEN4T  (Q2YHF0    ), 
POLG_EBHSG  (Q96725    ), POLG_EC01F  (O91734    ), POLG_EC05N  (Q9YLJ1    ), 
POLG_EC06C  (Q66474    ), POLG_EC09B  (Q66577    ), POLG_EC09H  (Q66849    ), 
POLG_EC11G  (P29813    ), POLG_EC12T  (Q66575    ), POLG_EC30B  (Q9WN78    ), 
POLG_EMCV   (P03304    ), POLG_EMCVB  (P17593    ), POLG_EMCVD  (P17594    ), 
POLG_EMCVR  (Q66765    ), POLG_ENMGO  (P12296    ), POLG_FCVC6  (P27407    ), 
POLG_FCVF4  (P27408    ), POLG_FCVF9  (P27409    ), POLG_FCVUR  (Q66914    ), 
POLG_FMDV1  (P03306    ), POLG_FMDV5  (P03307    ), POLG_FMDVA  (P03308    ), 
POLG_FMDVC  (P03309    ), POLG_FMDVI  (P03310    ), POLG_FMDVO  (P03305    ), 
POLG_FMDVS  (P03311    ), POLG_FMDVT  (P15072    ), POLG_FMDVZ  (P49303    ), 
POLG_GBVB   (Q69422    ), POLG_HAV88  (Q8V0N6    ), POLG_HAVCF  (Q5Y944    ), 
POLG_HAVGB  (Q67825    ), POLG_HAVH2  (A3FMB2    ), POLG_HAVHA  (Q05794    ), 
POLG_HAVHM  (P08617    ), POLG_HAVJ8  (A5LGW7    ), POLG_HAVLA  (P06441    ), 
POLG_HAVMB  (P13901    ), POLG_HAVNO  (Q9DWR1    ), POLG_HAVS2  (P14553    ), 
POLG_HCV1   (P26664    ), POLG_HCV6A  (Q5I2N3    ), POLG_HCVBB  (Q68749    ), 
POLG_HCVBK  (P26663    ), POLG_HCVCO  (Q9WMX2    ), POLG_HCVED  (O39929    ), 
POLG_HCVEU  (O39927    ), POLG_HCVEV  (O39928    ), POLG_HCVH   (P27958    ), 
POLG_HCVH9  (Q81754    ), POLG_HCVIN  (Q913D4    ), POLG_HCVJ1  (Q03463    ), 
POLG_HCVJ4  (O92972    ), POLG_HCVJ6  (P26660    ), POLG_HCVJ8  (P26661    ), 
POLG_HCVJA  (P26662    ), POLG_HCVJF  (Q99IB8    ), POLG_HCVJK  (Q68801    ), 
POLG_HCVJL  (Q68798    ), POLG_HCVJP  (Q9DHD6    ), POLG_HCVJT  (Q00269    ), 
POLG_HCVK3  (Q81495    ), POLG_HCVNZ  (Q81258    ), POLG_HCVR6  (Q913V3    ), 
POLG_HCVSA  (O91936    ), POLG_HCVT5  (O92529    ), POLG_HCVTR  (Q81487    ), 
POLG_HCVTW  (P29846    ), POLG_HCVVA  (Q9QAX1    ), POLG_HCVVN  (O92530    ), 
POLG_HCVVO  (O92531    ), POLG_HCVVP  (O92532    ), POLG_HE701  (P32537    ), 
POLG_HE71B  (Q66478    ), POLG_HE71M  (Q66479    ), POLG_HPE1H  (Q66578    ), 
POLG_HPE23  (Q9YID8    ), POLG_HPE2W  (O73556    ), POLG_HRV14  (P03303    ), 
POLG_HRV16  (Q82122    ), POLG_HRV1A  (P23008    ), POLG_HRV1B  (P12916    ), 
POLG_HRV2   (P04936    ), POLG_HRV3   (Q82081    ), POLG_HRV8A  (P07210    ), 
POLG_JAEV1  (P27395    ), POLG_JAEV5  (P19110    ), POLG_JAEVJ  (P32886    ), 
POLG_KUNJM  (P14335    ), POLG_LANVT  (P29837    ), POLG_LIV    (P22338    ), 
POLG_LMV0   (P31999    ), POLG_LMVE   (P89876    ), POLG_LORDV  (P54634    ), 
POLG_MCFA   (P33515    ), POLG_MRFVC  (Q91TW9    ), POLG_MVEV5  (P05769    ), 
POLG_NVN68  (Q83883    ), POLG_OMV    (P20234    ), POLG_PEMVC  (Q01500    ), 
POLG_PEMVM  (O56075    ), POLG_PESV   (Q9QEJ5    ), POLG_PEV9U  (O41174    ), 
POLG_POL1M  (P03300    ), POLG_POL1S  (P03301    ), POLG_POL2L  (P06210    ), 
POLG_POL2W  (P23069    ), POLG_POL32  (P06209    ), POLG_POL3L  (P03302    ), 
POLG_POWVL  (Q04538    ), POLG_PPVD   (P13529    ), POLG_PPVEA  (Q01681    ), 
POLG_PPVNA  (P17766    ), POLG_PPVRA  (P17767    ), POLG_PPVSK  (Q84934    ), 
POLG_PRSVH  (Q01901    ), POLG_PRSVP  (P19723    ), POLG_PRSVW  (P19724    ), 
POLG_PSBMV  (P29152    ), POLG_PVMA   (Q85197    ), POLG_PVYHU  (Q02963    ), 
POLG_PVYN   (P18247    ), POLG_PYFV1  (Q05057    ), POLG_RGMVD  (O11436    ), 
POLG_RHDV3  (P27411    ), POLG_RHDVA  (Q86119    ), POLG_RHDVB  (Q89273    ), 
POLG_RHDVF  (P27410    ), POLG_RHDVS  (Q86117    ), POLG_RTSVA  (Q83034    ), 
POLG_RTSVT  (Q91PP5    ), POLG_SBMVG  (Q90069    ), POLG_SBMVN  (P21231    ), 
POLG_SMSV1  (P36286    ), POLG_SMSV4  (P36287    ), POLG_SOUV3  (Q04544    ), 
POLG_SPMMV  (P89201    ), POLG_STEVM  (P09732    ), POLG_SVDVH  (P16604    ), 
POLG_SVDVU  (P13900    ), POLG_SVM10  (Q6XDK8    ), POLG_SVM93  (Q69014    ), 
POLG_SVSAP  (Q672I1    ), POLG_TBEVH  (Q01299    ), POLG_TBEVS  (P07720    ), 
POLG_TBEVW  (P14336    ), POLG_TEV    (P04517    ), POLG_TMEVB  (P08544    ), 
POLG_TMEVD  (P13899    ), POLG_TMEVG  (P08545    ), POLG_TRMVU  (A4KZ49    ), 
POLG_TUMVJ  (P89509    ), POLG_TUMVQ  (Q02597    ), POLG_TVMV   (P09814    ), 
POLG_VESVA  (Q9DUN3    ), POLG_WMV2U  (P18478    ), POLG_WNV    (P06935    ), 
POLG_YEFV1  (P03314    ), POLG_YEFVA  (Q6DV88    ), POLG_YEFVC  (Q6J3P1    ), 
POLG_YEFVE  (Q074N0    ), POLG_YEFVF  (Q89277    ), POLG_YEFVI  (Q98803    ), 
POLG_YEFVN  (Q1X881    ), POLG_YEFVT  (Q9YRV3    ), POLG_YEFVU  (Q1X880    ), 
POLG_ZIKV   (Q32ZE1    ), POLG_ZYMVC  (P18479    ), POLG_ZYMVR  (Q89330    ), 
POLG_ZYMVS  (O36979    ), POLN_ABPVR  (Q9DSN9    ), POLN_AHEV   (Q6QLN1    ), 
POLN_AURAV  (Q86924    ), POLN_BFV    (P87515    ), POLN_CHIK3  (Q5XXP4    ), 
POLN_CHIKS  (Q8JUX6    ), POLN_CRPVC  (Q9IJX4    ), POLN_DCVEB  (O36966    ), 
POLN_EEEV1  (Q306W6    ), POLN_EEEV8  (Q306W8    ), POLN_EEEVF  (Q4QXJ8    ), 
POLN_EEVV3  (P36327    ), POLN_EEVVC  (Q8V294    ), POLN_EEVVM  (Q9WJC7    ), 
POLN_EEVVP  (P36328    ), POLN_EEVVT  (P27282    ), POLN_GETV   (Q5Y389    ), 
POLN_HEVBU  (P29324    ), POLN_HEVCH  (Q81862    ), POLN_HEVCT  (Q9IVZ9    ), 
POLN_HEVHY  (Q9WC28    ), POLN_HEVME  (Q03495    ), POLN_HEVMG  (Q6J8G2    ), 
POLN_HEVMY  (Q04610    ), POLN_HEVPA  (P33424    ), POLN_HEVUS  (Q9YLR1    ), 
POLN_MAYAB  (Q8QZ73    ), POLN_MIDDV  (P03318    ), POLN_ONNVG  (P13886    ), 
POLN_ONNVI  (O90370    ), POLN_ONNVS  (O90368    ), POLN_RRVN   (P13887    ), 
POLN_RRVT   (P13888    ), POLN_RUBVB  (Q6X2U4    ), POLN_RUBVC  (Q6X2U2    ), 
POLN_RUBVD  (Q9J6K9    ), POLN_RUBVM  (Q86500    ), POLN_RUBVN  (Q8BCR0    ), 
POLN_RUBVO  (Q99IE7    ), POLN_RUBVR  (O40955    ), POLN_RUBVT  (P13889    ), 
POLN_RUBVV  (Q99IE5    ), POLN_SAGV   (Q9JGL0    ), POLN_SFV    (P08411    ), 
POLN_SINDO  (P27283    ), POLN_SINDV  (P03317    ), POLN_SLDV   (Q8QL53    ), 
POLN_SPDV   (Q8JJX1    ), POLN_WEEV   (P13896    ), POLR_ELV    (P35928    ), 
POLR_EPMV   (P20126    ), POLR_KYMVJ  (P36304    ), POLR_NORAV  (Q27YG9    ), 
POLR_OYMV   (P20127    ), POLR_TYMV   (P10358    ), POLR_TYMVA  (P20128    ), 
POLR_TYMVC  (P28477    ), R1AB_BC133  (P0C6W1    ), R1AB_BC279  (P0C6V9    ), 
R1AB_BC512  (P0C6W0    ), R1AB_BCHK3  (P0C6W2    ), R1AB_BCHK4  (P0C6W3    ), 
R1AB_BCHK5  (P0C6W4    ), R1AB_BCHK9  (P0C6W5    ), R1AB_BCRP3  (P0C6W6    ), 
R1AB_BEV    (P0C6V7    ), R1AB_BRV1   (P0C6V8    ), R1AB_BYVU   (Q08534    ), 
R1AB_CVBEN  (P0C6W7    ), R1AB_CVBLU  (P0C6W8    ), R1AB_CVBM   (P0C6W9    ), 
R1AB_CVBQ   (P0C6X0    ), R1AB_CVEMC  (K9N7C7    ), R1AB_CVH22  (P0C6X1    ), 
R1AB_CVHNL  (P0C6X5    ), R1AB_CVHOC  (P0C6X6    ), R1AB_CVHSA  (P0C6X7    ), 
R1AB_CVM2   (P0C6X8    ), R1AB_CVMA5  (P0C6X9    ), R1AB_CVMJH  (P0C6Y0    ), 
R1AB_CVRSD  (Q9WQ77    ), R1AB_CVTMI  (Q9WQ76    ), R1AB_GLRV3  (O71189    ), 
R1AB_IBVB   (P0C6Y1    ), R1AB_IBVBC  (P0C6Y2    ), R1AB_IBVM   (P0C6Y3    ), 
R1AB_LIYV9  (Q83045    ), RDRP_ACLSA  (P54891    ), RDRP_ACLSP  (P27738    ), 
RDRP_AHNNV  (Q9DIC5    ), RDRP_AMVLE  (P03593    ), RDRP_ASPVP  (Q64962    ), 
RDRP_BBSCV  (Q65652    ), RDRP_BMV    (P03594    ), RDRP_BOTVF  (Q9DRA1    ), 
RDRP_BOTVX  (Q6YNQ7    ), RDRP_BSMV   (Q80873    ), RDRP_BYDV1  (P29044    ), 
RDRP_BYDVP  (P09505    ), RDRP_BYDVR  (P29045    ), RDRP_CARMS  (Q9J5U7    ), 
RDRP_CARMV  (P04518    ), RDRP_CCMV   (P20179    ), RDRP_CFMVN  (Q0PW25    ), 
RDRP_CGMVS  (P69514    ), RDRP_CLBVS  (Q91QZ3    ), RDRP_CMVAS  (O39436    ), 
RDRP_CMVB   (Q66136    ), RDRP_CMVFN  (P16490    ), RDRP_CMVII  (Q83262    ), 
RDRP_CMVIX  (Q66117    ), RDRP_CMVK   (Q86783    ), RDRP_CMVKO  (Q96711    ), 
RDRP_CMVMB  (Q66145    ), RDRP_CMVNT  (O40977    ), RDRP_CMVQ   (P06012    ), 
RDRP_CMVY   (Q83265    ), RDRP_CNV    (P15187    ), RDRP_CPVKS  (O15925    ), 
RDRP_CRSVL  (Q66096    ), RDRP_CRV    (P17459    ), RDRP_CVB    (P37987    ), 
RDRP_FXMV   (P22168    ), RDRP_GFKVM  (Q8UZB6    ), RDRP_GGNNV  (Q993M1    ), 
RDRP_GRVMC  (Q67683    ), RDRP_GVAIS  (Q67704    ), RDRP_ICRSV  (Q918W3    ), 
RDRP_LOLV   (B1PS76    ), RDRP_MBVLF  (Q9YPD5    ), RDRP_MCMVK  (P11640    ), 
RDRP_NMV    (P15095    ), RDRP_NODAM  (Q9IMM4    ), RDRP_OCSVU  (Q83927    ), 
RDRP_OLV2I  (Q83944    ), RDRP_ORSVC  (P89659    ), RDRP_ORSVS  (Q84133    ), 
RDRP_P1AMV  (Q07518    ), RDRP_PAV    (Q9J7Z2    ), RDRP_PCV87  (Q84687    ), 
RDRP_PEMVW  (P29154    ), RDRP_PLRV1  (P17520    ), RDRP_PLRVW  (P11623    ), 
RDRP_PMMVJ  (P89657    ), RDRP_PMMVS  (P29098    ), RDRP_PMTVS  (Q9QBU0    ), 
RDRP_PMV    (P20951    ), RDRP_PMVK   (P89034    ), RDRP_PNLV   (Q5NDM9    ), 
RDRP_POLVP  (Q9IWA0    ), RDRP_PRV    (Q3KSM3    ), RDRP_PSVJ   (P28727    ), 
RDRP_PVMR   (P17965    ), RDRP_PVSP   (P22657    ), RDRP_PVX    (P09395    ), 
RDRP_PVXCP  (P22591    ), RDRP_PVXHB  (Q07630    ), RDRP_PVXX3  (P17779    ), 
RDRP_PZSVT  (Q9DUT2    ), RDRP_RBDVR  (Q05983    ), RDRP_RCNMV  (P22956    ), 
RDRP_SBWMN  (Q89249    ), RDRP_SCPMV  (P21405    ), RDRP_SHMV   (P89202    ), 
RDRP_SHVX   (Q04575    ), RDRP_SJNNV  (Q9QAZ8    ), RDRP_SMYEA  (P28897    ), 
RDRP_TAV    (P29035    ), RDRP_TBSVC  (P15962    ), RDRP_TCV    (P17460    ), 
RDRP_TMGMV  (P18339    ), RDRP_TMOB   (P90211    ), RDRP_TMV    (P03586    ), 
RDRP_TMVB   (Q9YQ08    ), RDRP_TMVKR  (P30738    ), RDRP_TMVOM  (O93058    ), 
RDRP_TMVRA  (Q98745    ), RDRP_TNVA   (P22958    ), RDRP_TNVD   (P27209    ), 
RDRP_TOBSV  (P89678    ), RDRP_TOMK1  (Q9Q1T8    ), RDRP_TOMK2  (P89676    ), 
RDRP_TOML   (P03587    ), RDRP_TOMS1  (Q9YKD6    ), RDRP_TRVPP  (Q9J942    ), 
RDRP_TVCV   (Q88920    ), RDRP_TYYVF  (P09507    ), RDRP_WCMVM  (P09498    ), 
RDRP_WCMVO  (P15402    ), RDRP_YOMV   (Q66220    ), RPOA_EAVBU  (P19811    ), 
RPOA_LDVC   (Q06502    ), RPOA_LDVP   (Q83017    ), RPOA_PRRS1  (Q9YN02    ), 
RPOA_PRRSB  (Q8B912    ), RPOA_PRRSL  (Q04561    ), RPOA_PRRSR  (Q9WJB2    ), 
RPOA_PRRSS  (A0MD28    ), RPOA_SHFV   (Q68772    )
» more

UniProtKB/Swiss-Prot
False negative sequences
11 sequences

R1AB_CVHN1  (P0C6X2    ), R1AB_CVHN2  (P0C6X3    ), R1AB_CVHN5  (P0C6X4    ), 
R1AB_CVPPU  (P0C6Y5    ), R1AB_FIPV   (Q98VG9    ), R1AB_PEDV7  (P0C6Y4    ), 
R1AB_WBV24  (Q008X6    ), RDRP_BNYVS  (Q65667    ), RDRP_MRNV   (Q6XNL5    ), 
RDRP_SBMVA  (O72157    ), RDRP_SSDRV  (Q6YI57    )
» more

UniProtKB/Swiss-Prot
False positive sequences
1 sequence

LITD_LATHE  (P0DJE7    )

		
PDB
[Detailed view]
241 PDB

1C2P; 1CSJ; 1GX5; 1GX6; 1KHV; 1KHW; 1NB4; 1NB6; 1NB7; 1NHU; 1NHV; 1OS5; 1QUV; 1RA6; 1RA7; 1RAJ; 1RDR; 1S48; 1S49; 1S4F; 1TP7; 1TQL; 1XR5; 1XR6; 1XR7; 1YUY; 1YV2; 1YVX; 1YVZ; 2AWZ; 2AX0; 2AX1; 2BRK; 2BRL; 2CJQ; 2CKW; 2DXS; 2GIQ; 2GIR; 2HAI; 2HCN; 2HCS; 2HFZ; 2HWH; 2HWI; 2I1R; 2IJD; 2IJF; 2ILY; 2ILZ; 2IM0; 2IM1; 2IM2; 2IM3; 2J7U; 2J7W; 2JC0; 2JC1; 2O5D; 2UUT; 2UUW; 2WCX; 2WHO; 2WK4; 2WRM; 2XHU; 2XHV; 2XHW; 2XI2; 2XI3; 2XWH; 2XWY; 2XXD; 2XYM; 2YOJ; 2ZKU; 3BR9; 3BSA; 3BSC; 3CDE; 3CDU; 3CDW; 3CIZ; 3CJ0; 3CJ2; 3CJ3; 3CJ4; 3CJ5; 3CO9; 3CSO; 3CVK; 3CWJ; 3D28; 3D5M; 3E51; 3FQK; 3FQL; 3FRZ; 3G86; 3GNV; 3GNW; 3GOL; 3GSZ; 3GYN; 3H2L; 3H59; 3H5S; 3H5U; 3H98; 3HKW; 3HKY; 3HVO; 3I5K; 3IGV; 3LKH; 3MF5; 3MWV; 3MWW; 3OL7; 3Q0Z; 3QGD; 3QGE; 3QGF; 3QGG; 3QGH; 3QGI; 3SKA; 3SKE; 3SKH; 3TYQ; 3TYV; 3U4O; 3U4R; 3UDL; 3UPH; 3UPI; 3VQS; 4ADP; 4AEP; 4AEX; 4DRU; 4E76; 4E78; 4E7A; 4EAW; 4EO6; 4EO8; 4GMC; 4HDG; 4HDH; 4IH5; 4IH6; 4IH7; 4IZ0; 4J02; 4J04; 4J06; 4J08; 4J0A; 4JJS; 4JJU; 4JTW; 4JTY; 4JTZ; 4JU1; 4JU2; 4JU3; 4JU4; 4JU6; 4JU7; 4JVQ; 4JY0; 4JY1; 4K4S; 4K4T; 4K4U; 4K4V; 4K4W; 4K50; 4K6M; 4KAI; 4KB7; 4KBI; 4KE5; 4MIA; 4MIB; 4MK7; 4MK8; 4MK9; 4MKA; 4MKB; 4MTP; 4MZ4; 4NLD; 4NLO; 4NLP; 4NLQ; 4NLR; 4NLS; 4NLT; 4NLU; 4NLV; 4NLW; 4NLX; 4NLY; 4NYZ; 4NZ0; 4OBC; 4OOW; 4R0E; 4RY4; 4RY5; 4RY6; 4RY7; 4TN2; 4V0Q; 4V0R; 4WFX; 4WFY; 4WFZ; 4WT9; 4WTA; 4WTC; 4WTD; 4WTE; 4WTF; 4WTG; 4WTI; 4WTJ; 4WTK; 4WTL; 4WTM; 4WYL; 4WYW; 4WZM; 4WZQ; 4X2B; 4Y2A; 4Y2C; 4Y3C; 5CCV
» more

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission