PROSITE entry PS50522

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

Entry name [info]	RDRP_PHAGE
Accession [info]	PS50522
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	01-NOV-2005 CREATED; 10-MAY-2017 DATA UPDATE; 27-MAR-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC50507
Associated ProRule [info]	PRU00539

Name and characterization of the entry

Description [info]

RdRp of RNA-containing bacteriophages catalytic domain profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY'; LENGTH=133;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=128;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.2113047; R2=0.0074517; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=25218.0000000; R2=0.0000000; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=844; H_SCORE=25218; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=576; H_SCORE=25218; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-21; D=-80; I=-80; B1=-1000; E1=-1000; MI=-255; MD=-255; IM=-255; DM=-255;

...

                A   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y
/I:         B1=0; BI=-255; BD=-255;
/M: SY='D';  M=-39,-56, 55, 35,-58,  5,-31,-55,-21,-54,-47, 31,-45, 33, 45,-31, -6,-25,-62,-46;
/M: SY='K';  M=-43,-53, 16,-34,-35,-56,-41, 13, 51, 47,-23,-39,-51,-32, 28,-44,-38,-29,-52,-37;
/M: SY='A';  M= 57,-48,-40, 18,-46,-41, 36, 31,-37,-35,-31,-39,-45, 31,-41,-29,-34, 10,-56,-41;
/M: SY='R';  M=  1,-56,-31, 42,-41,-47, 20,-53, 14,-48,-40,-33,-45, 29, 54, 10,-37,-49,-43, 46;
/M: SY='K';  M=-37,-54, 14, 25,-50,  4, 33,-48, 40,  5,-38,-29,-45, 28, 21, 19,-35,-47,-56,-40;
/M: SY='G';  M=-16,-51,-51,-54, 19, 59,-46, 14,-49,-31, 34,-41,-51,-48,-52,-37,-39, 33,-43, 29;
/M: SY='S';  M=-29,-47, 18,-34,-38,-37,-36,  4, 16, -5,-37,-28,-45,-30,-35, 73,-23,-36,-50, 30;
/M: SY='H';  M=-40, 11, 23, 38,-46,-54, 41, 15, 15,-16,-34,-34,-47,  0, 36,-39,-38, 19,-60,-39;
/M: SY='W';  M=-41,-57, 60,-33, 14,  4,-41,-46,-41, -9,-43,-33,-50,-40,-46, 18, -5,-48,106, 33;
/M: SY='N';  M=-35,-50, 13,-37, 17, 44,-35,-49, 10, -9,-42, 55,-49,-34,  8, 17,-34,-49,-53,-39;
/M: SY='H';  M=-35,-47,-35,-13, 47,-40, 63,-41,-38,  3,-35, 41,-49,-33,-40, 55,-28,-42,-51,-25;
/M: SY='C';  M= 25, 55,-48,  9,-23,-51,-39,-26,-46, 51,-21,-50,-55,-41,-47,-41,-39,-28,-40, 53;
/M: SY='A';  M= 58,-46,-40, 34, 16,  0,-47, 14,-40,-36,-35,-42,-45,-36,-45,-29,-34, 14,-51,-39;
/M: SY='T';  M= 31,-42,-41,-39, 17,-44,-45,-35,  9,  0,-33,-32,-42,-39,-39,-21, 78,-29,-54,-37;
/M: SY='I';  M=-37,-50,-52,-53,-29,  0,-51, 67,-49,-21,-22,-43,-49,-48,-53,-37, 43, 29,-48, 30;
/M: SY='D';  M=-46,-59,110, -9,-66,-42,-31,-64,-33,-62,-62,-13,-45,-32,-41,-33,-35,-61,-81,-48;
/M: SY='L';  M=  4,-45,-60,-53, 21,-58,-51, -8,-53, 59,-14,-57,-59,-50,-52,-47,-36, 47,-50,-31;
/M: SY='S';  M=-19,-42,-33,-35,-52,-27,-37,-52,-35,-55,-49,-22,-41,-26,-39, 98,-13,-44,-60,-44;
/M: SY='S';  M= 31,-46, 48,-29,-51,-33,-36,-46,-34, -6,-42, 21,-45,-31, -6, 58,-25,-41,-62,-45;
/I:         I=-18; MI=0; MD=-57; IM=0; DM=-57;
/M: SY='A';  M= 63,-44,-42,-38,-53,  9, 38,-46,-39,-47,-40,-34, 30,-38,-45,-21, 42,-36,-58,-45;
/M: SY='S';  M=-25,-46,-38,-38, 24, 34,-40,-51, 10,-51,-46,-26,-44,-32,-38, 77,-23,-46,-51,-37;
/M: SY='W';  M=-48,-60, 83, 16, 43,-48,-41,-52,-38,-47,-51,-29,-49,-37,-44,-41,-42,-54,106,-24;
/M: SY='S';  M=-27,-45,-39,-38, 18,-37,-41,-40,-39,  0,-38,-30, 32,-34,-44, 74, 33,-38,-54,-37;
/M: SY='W';  M=-40,-54,-53,  5,-30,  9,-56, 64,-50, 22,-21,-51,-52,-46,-54,-47,-39, 24, 72,-33;
/M: SY='W';  M=-29,-49, 23, 12,-45,-37,-39,-49, 12,-10,-44,-28,-44,-28,-35, 72,-25,-46, 78,-37;
/M: SY='L';  M=-44,-53, 40, 14,-33,-55,-42,  7,  7, 54,-22,-41, 23,-37,-41,-45,-38,-28,-55,-39;
/M: SY='W';  M= 11,-57,-41, 30,-42,-53,-43, 46,  0,-35,-33,-42,-48,-28, 60,-39,-40,-27, 65,-37;
/M: SY='C';  M=-41, 52, 43,-40,-31,-56,-46, 15,-48, 51,-21,-41,-55,-46,-51,-42, 15,  8,-59,-39;
/M: SY='V';  M=-35, 22, 19,-45,-33,-57,-50, -9,-48, 25, 40,-45,-54,-48,-50,-41, 17, 64,-63,-38;
/M: SY='W';  M=-39,-59,-31, 63,-42,-51,-40, 13,-28,-39, 38,-40,-43, 25,  9,  7,-39,-40, 98,-33;
/M: SY='L';  M=-41, 55, 14,-43,-29,-55,-44, 16,-47, 59,-18,-45,-56, 16,-48,  6,-37,-23,-55,-37;
/M: SY='D';  M= 25,-49, 45, 11, 21,-48,-39,-29,-43, 43,-26,-40,-52,-39,-46,-39,-38,-31,-46, 22;
/M: SY='M';  M=  5,-48,-41, 40, 18,-51,-41,-23,-41, 40, 49,-46,-49,-35,-44,  7,-35,  8,-50,-33;
/M: SY='P';  M=-39,-58,-48,-41,-46,  3,-46, 10,-44,  3, 42,-46, 93,-43,-51,  7,-35,-36,-55,-48;
/M: SY='P';  M=-41,-59,-44,-34,-49,  9,-45,-42, 41, 19,-36,-43, 88,-37,-35,-40,-38,-45,-53,-49;
/M: SY='H';  M= -6,-53,-28, 48, 45, 19, 66,-52,-31,-44,-41, 29,-46,-29,  8,-34,-40,-49,-49,-28;
/I:         I=-24; MI=0; MD=-77; IM=0; DM=-77;
/M: SY='W';  M= 26,-49,-58,-50, 15,-49,-53, 13,-47,  4, 46,-51,-51,-46,-50,-39, 15, 27,102,-26;
/M: SY='Y';  M=  3,-51, 44,-37, 40, 13,-33,-41,-42, -8,-37,-33,-51,-39,-45, 28,-34,-41,-35, 63;
/M: SY='W';  M=-40,-57, 11, -6,-24,-47,-32,-42,  7, -2,-36,-39, 22,-33,  8, 30,-36,-45, 77, 71;
/M: SY='W';  M= 28,-51,-49,  7, 25,-49,-39,-25,-44, -2,-29,-50,-53,-41,-46,-39,-38, 31, 77, 67;
/M: SY='L';  M=-42,-51,-55,-48,-29,-60,-48, 37,-43, 53,-16,-51, 30,-44, 14,-45, 13,  8,-53,-37;
/M: SY='W';  M=-16,-52, 42, 17,-40,-49, 19,-38,-33,  4, 50,-33,-46,-33, 14,-34, 38,-39, 78,-33;
/M: SY='W';  M=-17,-60, 49, 13,-39,-49,-36, 10,-29,-42, 10,-35, 24, 23, 29,-39,-40,-42, 78, 31;
/M: SY='L';  M=-42,-49,-61,-55,-19,-63,-45, 37,-53, 60, 44,-57,-58,-48,-52,-52,-38, 20,-45, 26;
/M: SY='R';  M=  0,-58,-41,-30,-55,  4,-33,-59, 27,-53,-43,-33,-50,-21, 94,-35,-41,-52,-53,-42;
/M: SY='S';  M=-25,-44,-37,-37,-46,-35,-40,-41,-37,  1,-39,-28, 25,-32,-42, 76, 46,-37,-60,-43;
/M: SY='P';  M=-35,-51, 38,-32, 25,-43, 40,-40,-37,-44,-41,-29, 45,-36,-12, 44, 20,  5,-57,-34;
/M: SY='Y';  M=-43,-54, 18, 30, 22,-52, 44,-38, 11, -1, 42,-35,-47, -1, -7,-38, 10,-40,-41, 50;
/M: SY='G';  M=-33,-50,-43,-44, 16, 56,-44,-43,-32,-45,-41,-32,-47,-39, 41,-28, 51,  0,-52,-39;
/I:         I=-24; MD=-77;
/M: SY='M';  M=-46,-63,-56,-49,-41,-57,-44, 26,-46,-39, 48,-49, 22, 20, -8, 29,-41,-37,-51, 39; D=-24;
/I:         I=-24; MI=-77; IM=-77; DM=-77;
/M: SY='L';  M=  1,-48,-57,-47,-26,-58,-47, 19,-49, 62,-13,-54,-57, 23,-48,-46,-37, 28,-52,-35;
/I:         I=-10; MD=-33;
/M: SY='P';  M= -5,-76,-62,-50,-69,-62,-62,-60, 12,-12,-55,-63, 81,-55,-56,-55,-53,-62,-71,-68; D=-10;
/I:         I=-10; MI=0; MD=-33; IM=0; DM=-33;
/M: SY='D';  M=-43,-57, 64,-34, 22, 21,-44,-39,-39,-46,-46,  1,-54,-43, 14,-40,-40, 27,-62,-41; D=-10;
/I:         I=-10; DM=-33;
/M: SY='G';  M=-26,-53,-41,-52,-60, 93,-48,-67,-46,-63,-53,-27,-46,-43,-53, 10,-42,-60,-52,-55;
/I:         I=-22; MD=-71;
/M: SY='N';  M=-44,-57, 43, -2,-58,-49,-37,-50, 19,-55,-49, 45,-52,-31, 43, -8, -6,  2,-69,-50; D=-22;
/I:         I=-22; MI=-71; MD=-71; IM=-71; DM=-71;
/M: SY='W';  M=-45,-59,-56,-46,-40,-59,-55, -9, 27, 16, 13,-53, 48,-45,-42,-48, -6, 23, 75,-40; D=-22;
/I:         I=-22; DM=-71;
/M: SY='H';  M=  9,-51,-35, 15,-43,  7, 62, 42,-39,-34,-31, 44,-48,-35,-43,-34,-35, 17,-61,-38;
/M: SY='R';  M=  4,-52,-33, 11,-54,-45,-35,-51, 17,-52,-43, 27, 32,-26, 63,-28, 40,-45,-58,-46;
/M: SY='W';  M=  6,-60,-52,-47,-13,-49,-32,-38,-44, -8,-33,-53, 50,-42,-46,-43,-43,-43, 99, 92;
/M: SY='E';  M=-40,-55,-26, 60,-45,-17,-35,-39,-30, 30,-32, 33, 32, 33,-37,-37,-37,-42,-56,-44;
/M: SY='K';  M=-41,-53,-32, 52,-41,-54,-37,-35, 57, 32, 43,-38,-44,-24,-22,-41,-38,-37,-52,-40;
/I:         I=-22; MI=0; MD=-71; IM=0; DM=-71;
/M: SY='Q';  M=-40,-54,-50,-39, 44,  8,-41, 36,-40,  2, 41,-42,-51, 68,-40,-40,-40,  4,-44,-27;
/M: SY='S';  M=  2,-45, 19,-38,-45, 14,-43,-32,-41,  1,-37,-30,-47,-35,-45, 66,-24, 26,-60,-43;
/M: SY='S';  M=-31,-48,-34,-30,-52,-39, 49,-51, 47,-52,-43,-25, 30,-27,-26, 56, 38,-46,-60,-41;
/M: SY='M';  M= 24,-45,-50,-45,-31,-44,-34,-24,-41,-20,106,-40,-46,-35,-42, 14, 21,-26,-47, 31;
/M: SY='G';  M=-28,-52,-43,-52,-53, 87,-47,-55,-47, -2,-44,-30,-47,-43,-53, 13,-41,-52,-52,-51;
/M: SY='N';  M=-41,-48,-22,-38,-46,-35,-28, 12,-32,  1,-36, 99, 25,-33,-40,-29,-28,-40,-66,-46;
/M: SY='G';  M=-29,-56,-42,-49,-59, 88,-45,-67,-35,-62,-51,-29,-47,-39, 36,-29,-46,-61,-52,-53;
/M: SY='F';  M=-42,-51, 22,-45, 72,-51,-37, 15,-47,  5,-29,-41,-55,-46,-48, 28,-35,-30,-30, 53;
/M: SY='T';  M=-32,-47,-39,-38,-49, 27,-45,  0,-37,-44,-38,-29, 33, 27,-44,-21, 80,-34,-59,-46;
/M: SY='F';  M=-42,-50, 20,-41, 86,-48, 66,-39,-45,-32,-35,-34,-53,-43,-44, 35,-36,-41,-36,-10;
/M: SY='E';  M= 23,-52,-20, 75,-52,  7,-35,-49,-28, -2,-41, 28,-40,-22,-36,-31,-36,-45,-57,-49;
/M: SY='L';  M=-42,-49,-60,-52, 45,-60,-47,-13,-52, 52, 46,-57, 30,-50,-52,-50,-38, 29,-45,-26;
/M: SY='E';  M=-36,-54, 28, 63,-56,  9,-36,-50,-29,-47, 31,-31, 27, 21,-37,-30, 35,-47,-59,-47;
/M: SY='S';  M=-22,-42,-36,-37,-46,-31,-38,-43,-37,  0,-40,-25,-43,-29,-41, 89, 18,-39,-59,-42;
/M: SY='M';  M=-41,-48,-52, 15,-24,-61,-43,-12,-48, 65, 65,-55,-55,-41,-48,-50,-39, 13,-52,-33;
/M: SY='I';  M=-40,-50,-60,-56, 45,-60,-54, 67,-54, 26,-17,-51,-55,-51,-55,  7,-35, 22,-45,-26;
/M: SY='F';  M= 22,-49, 16,-46, 73, 11,-40,-32,-48,  1, 43,-42,-54,-47,-49,-39,-40,-34,-34, 26;
/M: SY='W';  M= 37,-50,-53,-43, 23,-46,-50,-29, 30, 21,-30,-48,-52,-40,-37,-38,-39, 11, 98,-27;
/M: SY='A';  M= 54,-44,-44,-40,-50, 11,-47,-34,-41,-43,-39,-37, 29,-38,-47, 42,-27, 26,-57,-48;
/M: SY='W';  M=-41, 52,-57,-50, 15,-54,-53, 38,  8, 30,-25,-49,-55,-45,-45, 12,-39,-25, 97,-26;
/M: SY='A';  M= 38,-48,-44,-40,-40, 31,-42, 10, 30,-40,-36,-36,-47,-36,-36, 11,-33,  6,-45, 33;
/M: SY='R';  M=-39,-54,-39,-30,-49,-51, 33,-38, 18,-43,-36,  5,-49, 35, 71,-33, 18, 24,-58,-39;
/M: SY='I';  M= 22,-48,-46,-47,-42, 34,-50, 56,-45,-33,-31,-36,-46,-41,-50, 42,  0,-21,-54,-43;
/M: SY='M';  M= 28,-46, 39,-38, 16,-47,-43, -2,-44,  1, 62,-38,-49,-42,-47,-35, 14, 27,-55,-34;
/I:         I=-5; MD=-15;
/M: SY='C';  M=  2, 78,-54,-50,-63,-58,-58,-57,-50,-57,-52,-44,-58, 27,-55,-35, 61,-48,-77,-60; D=-5;
/I:         I=-5; MI=0; MD=-15; IM=0; DM=-15;
/M: SY='Y';  M=-46,-59,-43, 36,-26,-61,-36, 31,-41, 18, 38,-49,-53, 25,-43,-47,-43,-29,-40, 60; D=-5;
/I:         I=-5; DM=-15;
/M: SY='W';  M=-46,-55,-62,-53,-28,-62,-54, 25,  7, 53,-20,-57,-59,-48,-48,-14,-42,  5, 78,-33; D=-5;
/I:         I=-5; DM=-15;
/M: SY='H';  M=-44,-57,-44,-35,-41,-55, 68,-39, 32, 20,-31,-38,-54, 34, 22,-13,-42, -4,-55, 10; D=-5;
/I:         I=-5; DM=-15;
/M: SY='G';  M=-36,-57, 11,-12, 16, 74,-47,-56,-48,-23,  8, -4,-51,-46,-54,-35,-47,-55,-53,-45; D=-5;
/I:         I=-5; DM=-15;
/M: SY='H';  M=-44,-58, 40,-37,-50, 33, 49,-14,-36, 10,-39, 27,-54,-37, 27,-39,-43,-48,-64,-43; D=-5;
/I:         I=-5; DM=-15;
/M: SY='M';  M=-43,-58, 28, 41,-53,-52,-37,-41,-30,-41, 61, 20, 26,  1, 22,-41,-39,  2,-64,-47; D=-5;
/I:         I=-5; DM=-15;
/M: SY='P';  M=-12,-56, 42, 53,-60,-45,-37,-54,-29,-54,-48,-31, 64, 23,-38, -5, 26,-50,-61,-50;
/M: SY='F';  M=-36, 37,-51,-51, 59, 27,-48, 37,-49,-32,-34,-40, 19,-48,-52, 34,-34,-29,-43,-27;
/M: SY='T';  M=  6,-48, 25, -5,-46, 28,-41,-42,-33, 11,-37,-30,-45,-35, 21,  8, 48,-38,-58,-44;
/M: SY='C';  M=-38, 88,-53,-43,-39,-56,-47, 30,-43,  4, 41,-45,-55, 56,-44,-41,-37, 33,-59,-40;
/M: SY='I';  M= -2,-51,-46,-43,-42, 27,-44, 47,-37,-30, 43,-36,-46, 27, 10,  6, 24,-23,-54,-40;
/M: SY='N';  M=-32,-46,-38,-45,-39,-43,-42, 45,-41,-30,-29, 60,-50,-39,-46, 37,-25, 44,-63,-42;
/M: SY='Y';  M=-45,-56,-36,-37,-16,-48,-21,-44, 40,-42,-35, 44,-54,-29, 21,-37,-38,-46,-23, 97;
/M: SY='G';  M=-25,-52,-40,-49,-59, 86,-46,-64,-45,-62,-52,-27,-45,-40,-51, 39,-37,-57,-53,-53;
/M: SY='D';  M=-46,-59,110, -9,-66,-42,-31,-64,-33,-62,-62,-13,-45,-32,-41,-33,-35,-61,-81,-48;
/M: SY='D';  M=-46,-59,110, -9,-66,-42,-31,-64,-33,-62,-62,-13,-45,-32,-41,-33,-35,-61,-81,-48;
/M: SY='I';  M= 30,-50,-42, 32,-38,-51,-51, 65,-42,-25,-25,-44,-45,-38,-48,-35, 16, 13,-55,-41;
/M: SY='I';  M=-43,-54,-64,-60,-26,-66,-58, 90,-55, 15, 44,-54,-52,-51,-58,-52,-37,  0,-51,-33;
/M: SY='V';  M=-39, 46,-60,-53,-29,-61,-55, 34,-53, 43,-17,-56, 24,-52,-55,-48,-35, 52,-57,-39;
/M: SY='W';  M=-39,-61, 10,-38,-45, 35,-48,-49,  5, -6,-44,-40, 70,-40,-44,  1,-40,-52, 97,-39;
/M: SY='W';  M= 23,-49,-46,  2, 43,-42,-49,-40,-41,-40,-41,-40,-47,-39,-46, 35, 27,-14,106,-23;
/M: SY='C';  M=  4, 56, 16, 42,-55,-47,-38,-54, 55,-52,-45,-30,-42,-24, 16,-31, 21,-47,-58,-47;
/M: SY='C';  M= 28, 47,-45,-38,-46,-43,-44,  9, 18,-39,-36,-37,-49,-33, 43, 31,-30, 22,-58,-44;
/M: SY='A';  M= 41, 41,-37, 33,-54, 35,-43,-43,-34,-46,-41,-37,-45, 28, -7,-29,-36, 11,-56,-49;
/M: SY='P';  M=-14,-60, 25,  9,-59,-46,-37,-56, 17,-57,-47,-34, 74,-27, 56,  5,-36,-53,-58,-49;
/M: SY='D';  M= 19,-52, 67,-25,-55,-40,-38,-47,-33,-22,-45,-27, 45,-34, 14, 24, -4,-23,-64,-47;
/M: SY='L';  M=-41,-48,-56,-52, 23,-57,-39,-16,-51, 60,-15,-53,-59,-45,-49, 10,-37, 10,-36, 54;
/M: SY='M';  M=  7,-51,-52,-41,-36,-53,-41, 21,-31, 22, 56,-45,-52, 28, 46,-41,-37, 25,-53,-36;
/M: SY='E';  M= 15,-52,  2, 41,-49, 12,-36,-44, 24, 15,-36, 19,-44, 37,-30,-32,-37,-43,-55,-44;
/M: SY='W';  M= 26,-47,-55,-51, 56, 11,-53,-22,-49,-30,-32,-47,-53,-51,-51,-36, 10, 44, 72,-23;
/M: SY='L';  M=-45, 48,-55,-50, 49,-59, 48,-22,-44, 49,-19,-49,-60,-45, 18,-48,-41,  6,-46,-23;
/M: SY='R';  M= -9,-52,-28, 46,-55,-42,-34,-57, 31,-54,-46,-29,-42,-19, 57, 48,-30,-49,-56,-45;
/M: SY='Y';  M=  1,-51,-55,-51,  9,-53,-38, 15,-49, 46,-19,-52,-57,-44,-48,  3,-38,-25, 61, 67;
/M: SY='V';  M=-40,-48,-58,-53, 31,-61, 30, 18,-52, 37,-17,-53,-58,-50,-51,-48,-36, 56,-45, 31;
/M: SY='E';  M=  2,-54, 27, 62,-60, 54,-37,-62,-31,-58,-51, 23,-41,-26,-40,-29,-38,-55,-58,-52;
/M: SY='F';  M=-43,-48,-52,-49, 86,  5,-43,-31, 12,-26, 45,-41,-52,-48,-42,-38, 35,-34,-32,-12;
/M: SY='M';  M=-40, 37,-47,-37, 22,-53,-37,-29, 11, 24, 65,-39,-50, 49, 12,-37, 23,-32,-49,-31;
/M: SY='P';  M=-39,-58,-39,-28,-58,-46,-42,-49, 37,-54,-44,-36, 91, 31,-32,-31, 41,-49,-56,-51;
/I:         I=-21; MI=0; MD=-65; IM=0; DM=-65;
/M: SY='N';  M=-44,-56,-22, 18,-63,-40,-29,-60, 15,-62,-50, 87,-51, 50,-31,-30,-35,-61,-69,-52; D=-21;
/I:         I=-21; DM=-65;
/M: SY='W';  M=-39,-56,-27, 60,-45,  9,-37,-46, -3, 12,-38, 18,-44, 11, 11,-36, -6,-46, 72,-39;
/M: SY='K';  M=-39,-58, 42, 30,-61, 12,-33,-60, 56,-56,-46,-25,-42, 51, 21,-32,-38,-56,-56,-45;
/M: SY='K';  M=-41,-56,-34,-21,-56,-49,-35,-58, 92,-55,-43,-27,-43,-17, 46,-35,-36,-53,-51,-43;
/M: SY='T';  M=-32,-43, 19,-37,-42,-47,-42,-28,-38,-32, 62,-29,-42,-39,-44,  8, 80, 14,-64,-40;
/M: SY='F';  M=-48,-48,-51,-54, 94,-54,-39,-28,-49,  8,-28, 26,-59,-54,-49,-42, 14,-32,-26, 30;
/I:         I=-22; MD=-71;
/M: SY='W';  M=-39, 20,-48,-42,-10,-49,-50,-19, 30, -8,-41,-40, 31,-40,-39, 33, 26,-12, 59,-41; D=-22;
/I:         I=-22; MI=-71; MD=-71; IM=-71; DM=-71;
/M: SY='S';  M=-35,-53, 13, -6,-54, -2,-47,-40, 15,-49,-45,-35, 29,-37,-41, 41, 15, 24,-65,-50; D=-22;
/I:         I=-22; DM=-71;
/M: SY='G';  M=-30,-57,-43,-51,-48, 86,-44,-62,-46,-59,-49,-32, 31,-44,-53,-30,-45,-59,-44, 31;
/I:         I=-22; E1=0; IE=-255; DE=-71;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2024_02 which contains 571'282 sequence entries.

Total number of hits	7 in 7 different sequences
Number of true positive hits	7 in 7 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	0
Number of false negative sequences	0
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	reversed
Author [info]	S_Spirin, N_Hulo
Taxonomic range [info]	Bacteriophages, Eukaryotic viruses
Maximum number of repetitions [info]	1
Feature key [info]	DOMAIN
Feature description [info]	RdRp catalytic
Version [info]	5

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences

7 sequences

RDRP_BPFR   (P15965), RDRP_BPGA   (P07393), RDRP_BPMS2  (P00585),

RDRP_BPMX1  (O64308), RDRP_BPPH6  (P11124), RDRP_BPQBE  (P14647), 
RDRP_BPSP   (P09675)

» more

Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits:
[Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color]
[Clustal format, plain text] [Fasta format]
Retrieve the sequence logo from the alignment

PDB
[Detailed view]

40 PDB

1HHS; 1HHT; 1HI0; 1HI1; 1HI8; 1UVI; 1UVJ; 1UVK; 1UVL; 1UVM; 1UVN; 1WAC; 2JL9; 2JLF; 2JLG; 3AGP; 3AGQ; 3AVT; 3AVU; 3AVV; 3AVW; 3AVX; 3AVY; 3MMP; 3VNU; 3VNV; 4A8F; 4A8K; 4A8M; 4A8O; 4A8Q; 4A8S; 4A8W; 4A8Y; 4B02; 4FWT; 4Q7J; 4R71; 5FJ6; 5FJ7
» more