PROSITE entry PS50523
View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission
General information about the entry
| Entry name [info] | RDRP_DSRNA_REO |
| Accession [info] | PS50523 |
| Entry type [info] | MATRIX |
| Date [info] |
01-NOV-2005 CREATED;
10-MAY-2017 DATA UPDATE; 27-MAR-2024 INFO UPDATE. |
| PROSITE Doc. [info] | PDOC50507 |
| Associated ProRule [info] | PRU00539 |
Name and characterization of the entry
| Description [info] | RdRp of Reoviridae dsRNA viruses catalytic domain profile. |
| Matrix / Profile [info] |
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=210; /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=205; /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.4236460; R2=0.0136717; TEXT='NScore'; /NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=10402.2753906; R2=7.5717673; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 0.5%'; /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=445; H_SCORE=13772; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!'; /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=299; H_SCORE=12666; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?'; /DEFAULT: M0=-8; D=-20; I=-20; B1=-1000; E1=-1000; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; ... A B C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y Z /I: B1=0; BI=-105; BD=-105; /M: SY='L'; M= -8,-28,-20,-30,-21, 7,-30,-21, 21,-24, 34, 18,-26,-27,-19,-18,-24, -9, 16,-20, -1,-21; /M: SY='I'; M= -4,-17,-21,-19,-14, -5,-16,-19, 3,-18, -4, -2,-11, -8,-12,-17, 1, 2, 3,-25, -9,-14; /M: SY='Y'; M= -6,-18,-21,-20,-17, -1,-25, 3, 5,-13, 2, 3,-16,-20,-13,-13,-10, -3, 8,-15, 12,-17; /M: SY='G'; M= 1, 1,-23, -2,-12,-25, 33,-15,-28,-14,-25,-18, 7,-17,-13,-15, 7, -3,-20,-27,-24,-13; /M: SY='D'; M= -9, 3,-21, 6, -6, -3,-18,-10, -9,-12, -9,-10, -2,-19,-13,-14, -2, -4, -3,-24, -2, -9; /M: SY='L'; M= -4,-25,-21,-28,-22, -1,-15,-19, 16,-23, 22, 19,-22,-25,-17,-19,-18, -9, 12,-21, -6,-20; /M: SY='S'; M= 4, 2,-19, 0, 8,-19,-12,-11,-17, -5,-14,-13, 2, -6, -1, -7, 10, 9,-12,-30,-17, 3; /M: SY='A'; M= 4,-10,-24,-10, -3,-15,-16, -9,-13, 0,-11, -6,-11, -1, -4, -1, -6, -7,-10,-18, -5, -6; /M: SY='T'; M= -1,-11,-18,-16,-13, 0,-21, -6, -4,-12, -5, -2,-10,-19,-10,-12, -1, 9, 2,-13, 4,-12; /M: SY='M'; M= -7,-15,-24,-20,-17, -8, -6,-14, 2,-17, 5, 7,-10,-21,-10,-13,-10, -4, -2,-20, -6,-14; /M: SY='S'; M= 5, 6,-18, 5, 4,-24, 1, -9,-23, -2,-26,-18, 10,-11, -1, -6, 19, 6,-16,-33,-20, 2; /I: I=-1; MD=-6; /M: SY='R'; M= -6, -4,-22, -5, -1,-20,-11, -7,-19, 15,-18, -8, 0,-14, 4, 21, -1, -3,-12,-22,-12, 0; D=-1; /I: I=-1; MD=-6; /M: SY='T'; M= -2, -7,-14, -9, -9,-10,-18,-14, 1,-11, -5, -3, -4,-13, -9,-11, 3, 8, 7,-28,-12, -9; D=-1; /I: I=-1; MD=-6; /M: SY='I'; M= 0,-13,-15,-19,-13, -4,-17,-12, 14,-11, 5, 12, -9,-12, -7,-10, -5, -1, 9,-15, -4,-12; D=-1; /I: I=-1; MI=0; MD=-6; IM=0; DM=-6; /M: SY='C'; M= -4, -2, 1, -1, -1,-11,-12, -7, -7, -7, -4, -5, -5,-12, -1, -7, -1, -3, -4,-20, -9, -1; D=-1; /I: I=-1; DM=-6; /M: SY='A'; M= 5, -8,-14,-13,-11, 2, -1, -7, -8,-10, -7, -4, -5,-14,-10,-11, 0, -2, -6, -8, 4,-11; D=-1; /I: I=-1; DM=-6; /M: SY='S'; M= 9, -4,-16, -5, -2,-20, 1,-10,-20, 3,-21,-13, 2,-11, 1, 3, 13, 2,-12,-24,-16, -1; D=-1; /I: I=-1; DM=-6; /M: SY='N'; M= -2, 18,-18, 14, 0,-22, 7, -3,-23, -4,-25,-18, 23,-13, -3, -5, 11, 0,-20,-31,-18, -2; D=-1; /I: I=-1; DM=-6; /M: SY='S'; M= 4, 5,-12, 3, -3,-14, -7, -9,-14, -7,-18,-14, 7,-11, -4, -9, 18, 15, -7,-28,-11, -4; D=-1; /I: I=-1; DM=-6; /M: M= 0,-14,-18,-15,-13, -2, 0,-11, -9,-14, -8, -6,-10, -1,-15,-14, -5, -6, -6,-15, -8,-14; D=-1; /I: I=-1; DM=-6; /M: SY='D'; M=-10, 7,-22, 13, 5,-22,-12, -5,-19, 4,-18,-11, 1, 4, 1, 2, -2, -5,-15,-24,-13, 2; D=-1; /I: I=-1; DM=-6; /M: SY='N'; M= -2, -2,-22, -7, -9,-16,-10, -8, -8, -4,-14, -7, 3,-18, -6, -4, 0, -2, -5,-26,-10, -8; /M: SY='L'; M= -7,-22,-22,-27,-18, 5,-28,-15, 16,-20, 21, 14,-20,-23,-11,-17,-17, -4, 8,-16, 5,-15; /M: SY='V'; M= -2,-16, -8,-20,-15, -7,-23,-20, 3,-10, -1, 0,-13,-21,-13,-12, -2, 4, 10,-27, -9,-14; /M: SY='I'; M= -4,-18,-14,-23,-20, -4,-24,-21, 18,-21, 8, 5,-11,-23,-17,-19, -5, -1, 16,-29, -9,-20; /M: SY='A'; M= 11, -1,-16, -8, -8, -7, -7, -5,-11,-10,-14,-11, 6,-17, -7,-12, 11, 3, -9,-21, -2, -8; /M: SY='I'; M= 0,-19,-20,-25,-19, -5,-27,-23, 18,-17, 9, 7,-15,-19,-15,-18, -7, 5, 15,-24, -6,-19; /M: SY='D'; M=-20, 50,-30, 70, 20,-40,-10, 0,-40, 0,-30,-30, 20,-10, 0,-10, 0,-10,-30,-40,-20, 10; /M: SY='V'; M= -9,-27,-12,-32,-28, 12,-31,-19, 23,-21, 10, 12,-24,-27,-23,-20,-16, -6, 25,-15, 10,-27; /M: SY='S'; M= 7, 1,-16, 1, 1,-23, 0,-11,-23, 1,-29,-18, 6,-11, 0, -4, 24, 9,-13,-34,-19, 0; /M: SY='Q'; M= 7, -1,-24, -2, 7,-30, 8, -7,-24, -4,-21,-12, 1,-12, 13, -7, 5, -8,-22,-24,-20, 10; /M: SY='W'; M=-15,-26, -3,-32,-26, 14,-25,-12, -5,-19, -2, 8,-25,-29,-17,-17,-23,-15, -8, 28, 18,-20; /M: SY='D'; M=-20, 50,-30, 70, 20,-40,-10, 0,-40, 0,-30,-30, 20,-10, 0,-10, 0,-10,-30,-40,-20, 10; /M: SY='A'; M= 25, -5,-12,-12, -6,-19, -6,-16,-13, -7,-15,-12, -3,-10, -3,-12, 17, 14, -4,-26,-17, -5; /M: SY='S'; M= 2, 0,-15, -1, -1,-19, -6, 15,-22,-10,-27,-15, 9,-12, 2, -8, 27, 12,-14,-37,-10, -1; /M: SY='I'; M= -8,-18,-23,-22,-12, -7,-28,-14, 13,-15, 10, 10,-15,-20, 1,-13,-11, -1, 7,-20, -2, -7; /M: SY='T'; M= -8, -6,-22,-11, -6,-13,-21, 9,-13, -6,-11, -5, -3,-15, 0, -5, 1, 13,-11,-16, 0, -4; /M: SY='P'; M= -8, -5,-29, -8, -8,-15, -7, -9,-19, -6,-22,-15, 0, 8, -8, -5, -4, -3,-22, -8, -7,-10; /M: SY='T'; M= -5, 4,-21, 2, -3, -6,-16, 0,-14, -8,-13,-10, 3,-17, -4, -9, 2, 5,-11,-19, 3, -4; /M: SY='N'; M= -7, -3,-23,-10, -4, -7,-21, -8, -2, -7, -8, -3, 3,-17, 1, -8, -2, 0, -6,-21, -3, -3; /M: SY='F'; M=-10,-17,-22,-21,-13, 17,-23,-17, -8,-11, -8, -5,-12, -3,-16,-11, -5, 1, -6,-14, 1,-13; /M: SY='R'; M=-14, -8,-19, -9, -6, -4,-23, -8,-10, -2, -1, -3, -5,-22, -5, 6,-13, -9,-10,-19, -1, -6; /M: SY='R'; M= -1,-10,-22,-13, -8,-11,-17,-14, -7, -3, -7, -5, -6,-11, -6, 3, -2, -1, -5,-24,-10, -9; /M: SY='Y'; M= -7,-13,-24,-13,-12,-10, -4, 1,-12, -7,-11, -4, -8,-16, -9, -7, -4, -7, -9,-17, 3,-12; /M: SY='M'; M= 0,-12,-23,-19,-14, -8,-11,-12, 2,-13, 0, 6, -7,-19, -9,-12, -8, -8, -2,-13, -5,-13; /M: SY='M'; M= -9,-11,-10,-15,-13, -7,-23,-10, 1,-17, 0, 2, -9,-21,-11,-16, -8, -2, -2,-16, -2,-13; /M: M= -3,-13,-13,-16,-14, -7, -1,-19, -8,-19, -6, -5,-10,-20,-14,-19, -7,-11, -7,-21,-12,-15; /M: SY='V'; M= 7,-15,-18,-20,-19,-12, -2,-18, 1,-14, -3, 4,-11,-21,-16,-15, -4, -4, 8,-24,-14,-18; /M: SY='M'; M= -5,-21,-24,-27,-20, -1,-18,-18, 11,-14, 8, 12,-16,-21,-14,-10,-14,-10, 7,-18, -4,-18; /M: SY='H'; M=-14, -4,-27, -3, 1,-15,-21, 22,-15, 0,-10, -2, -2,-18, 2, 8, -8,-10,-14,-24, 2, -1; /M: SY='E'; M= -8, -1,-18, 1, 12,-20,-20, -7,-16, 4,-13, -7, -5,-13, 4, 4, -4, -5,-12,-26,-11, 7; /M: SY='A'; M= 12,-12,-20,-16, -8,-16, 1,-16,-11, -8, -3, -3,-10,-16, -9,-11, -4, -6, -7,-21,-15, -9; /M: SY='M'; M= -3,-20,-18,-23,-16, 2,-17,-14, 4,-15, 10, 11,-16,-22,-11, -9,-10, -5, 5,-20, -5,-13; /M: SY='K'; M= 1, -3,-24, -4, 3,-22, -8, 2,-19, 4,-15, -5, -2,-13, 4, 3, -2, -8,-15,-24,-11, 2; /M: SY='Y'; M= -8, -9,-13,-11, -5, -8,-20, -2, -9, -7, -6, -3, -7,-15, -4, -5, -6, -3, -9,-21, 2, -6; /M: M= -7, -6,-23, -7, -5,-10, -8, -3,-12, -8,-11, -3, -4,-14, -4, -9, -1, -2,-10,-20, -1, -5; /M: SY='R'; M= -8, -2,-21, -3, -4,-15,-18, -8,-11, 0, -8, -3, -2,-17, 1, 5, 0, 5, -7,-26, -8, -2; /M: SY='N'; M= -3, 3,-26, 2, -6,-24, 4, -6,-20, -8,-21,-14, 5, -3, -8,-12, 1, -5,-18,-28,-18, -8; /M: SY='D'; M=-13, 4,-27, 7, -3,-16,-10, 3,-19, -5,-11,-10, 2,-19, -4, -1, -7, -9,-17,-19, -2, -5; /M: SY='R'; M= -7, -7,-25, -8, -5, -8,-17, -9,-16, 2,-15, -8, -3, -2, -5, 6, -5, -5,-14,-20, -7, -7; /M: SY='Y'; M= -4,-11,-27,-12, -7, -7, -9, -5,-17, -4,-16,-11, -8, 0, -8, -4, -6, -7,-17,-10, 6,-10; /M: SY='F'; M=-10,-10,-24,-11, -5, 10,-18,-14, -8,-15, -5, -7, -8, -8,-16,-15, -9, -8, -8,-18, -4,-10; /M: SY='F'; M=-12,-13,-24,-15,-17, 10,-10, -5, -4,-15, -2, 7,-12,-23,-14,-14,-13,-11, -3,-11, 9,-15; /M: SY='Y'; M=-10, -6,-26, -7, -5, -3, -9, 3,-13, -8, -8, -4, -6,-20, -3, -9, -9, -8,-15, -8, 14, -6; /M: SY='T'; M= 5,-12,-16,-15,-12,-13, -8,-19, -5,-14, -6, -4,-10,-10,-13,-15, 5, 11, 3,-27,-15,-13; /M: SY='P'; M= -8,-12,-27, -9, -8,-16,-15,-17, -5, -9, -3, -4,-12, 1,-10,-12,-10, -8, -7,-26,-14,-11; /M: SY='B'; M= -3, 11,-20, 11, 1,-20, -9, -3,-15, -7,-14,-11, 9,-15, -5,-10, 4, 0,-11,-33,-15, -2; /M: SY='S'; M= -4, -4,-19, -5, 1,-16,-15, -8, -8, -6, -8, -2, -1,-15, 3, -5, 5, 2, -7,-30,-12, 2; /M: SY='I'; M= -8,-11,-25,-12, -7, -5,-16,-13, 2,-15, -2, -2, -9,-18,-10,-16, -6, -5, -1,-18, 1,-10; /M: SY='I'; M= -3,-17,-22,-21,-12,-11,-25,-18, 12, -9, -1, 6,-13,-14, -8, -9, -6, -3, 12,-25, -9,-12; /M: SY='N'; M= -7, 6,-23, 4, 4,-14,-14, -2,-19, 4,-20,-11, 8,-14, 6, 0, 3, -1,-18,-22, -4, 5; /M: SY='D'; M=-11, 4,-23, 8, 3, -4,-15,-10,-15, -9,-12,-12, -3,-16, -9,-12, -3, -2, -9,-23, -5, -2; /M: SY='Q'; M= -2, -7,-22,-10, -3,-18, -4, -9,-11, -5, -8, -2, -3,-17, 1, -3, -3, -5, -9,-25,-14, -1; /M: SY='Y'; M=-10, -8,-28, -6, -8, -9,-15, -6, -9, -5,-12, -8, -8,-10, -7, -5, -7, -7, -9,-14, 7,-10; /M: SY='N'; M= -4, 0,-20, -5, -7,-18, 2,-12,-14, -4,-16,-10, 6,-18, -9, -6, 2, -1, -8,-29,-17, -8; /M: SY='L'; M= -8,-15,-24,-14, -1, -8,-16,-13, -4, -9, 5, 4,-15,-12, -7, -6,-13, -9, -4,-23,-10, -5; /M: SY='G'; M= -1, -9,-24,-11, -5,-18, 5,-13,-15, -6,-13, -3, -6,-15, -4, -9, -2, -6,-11,-22,-15, -4; /I: I=0; MI=0; MD=-2; IM=0; DM=-2; /M: SY='R'; M= -4, -1,-18, -1, -5,-14,-14, -8, -8, 0, -8, -6, -1,-16, -5, 8, -3, -4, -2,-23,-11, -6; D=0; /I: I=0; DM=-2; /M: SY='T'; M= 0, -7,-14, -8, -6,-14,-12,-13,-11, -5,-16,-11, -2, -2, -5, -1, 14, 16, -3,-29,-14, -7; D=0; /I: I=0; DM=-2; /M: SY='Y'; M= -1,-11,-18,-13, -7, -3,-16, 1, -5, -1, -5, -1,-10,-16, 2, 2, -6, -5, -5, -3, 14, -4; D=0; /I: I=0; DM=-2; /M: SY='A'; M= 4, -2,-12, -7,-10, -7,-11, -8, -1, -8, -7, -3, 1,-15, -9,-10, 2, 2, 3,-19, -4,-10; D=0; /I: I=0; DM=-2; /M: SY='R'; M=-11, -4,-22, -5, 2,-19,-16, -4,-21, 20,-17, -7, 0,-12, 10, 32, -3, 1,-14,-18, -8, 4; D=0; /I: I=0; DM=-2; /M: SY='I'; M= -7,-13,-21,-14,-11, -5,-20,-12, 8,-14, 2, 3,-10, 1,-10,-15, -9, -4, 1,-17, -2,-13; D=0; /I: I=0; DM=-2; /M: SY='W'; M= -7,-16,-20,-16, -9, -4,-17,-15, 6,-11, -2, -2,-15, -3, -9,-13,-12, -8, 2, 9, -1,-10; D=0; /I: I=0; DM=-2; /M: SY='N'; M= -6, 18,-15, 13, 2,-16, -3, 14,-18, -3,-21,-13, 24,-12, 1, -3, 9, 0,-18,-28,-10, 1; D=0; /I: I=0; DM=-2; /M: SY='G'; M= 6, -7,-20, -8,-13,-21, 43,-15,-26,-13,-20,-13, -1,-13,-13,-15, 1,-12,-18,-15,-21,-13; D=0; /I: I=0; DM=-2; /M: SY='A'; M= 3, -4,-10, -8, -7, -6, -4, -6, -1, -5, 0, 3, -1,-10, -5, -6, -2, -2, -1,-14, -7, -6; D=0; /I: I=0; DM=-2; /M: SY='V'; M= 2, -8,-12,-10, -5, -7,-12, -9, 1, 0, -3, 1, -7, -9, -4, -4, -4, -1, 3,-12, -3, -5; D=0; /I: I=0; DM=-2; /M: SY='Q'; M= -7, -1,-18, 1, 12,-17,-12, 2,-14, 10,-12, -4, -1, -7, 18, 12, -3, -6,-15,-11, -4, 15; D=0; /I: I=0; DM=-2; /M: SY='H'; M= -9, 2,-17, 4, 11,-14,-11, 23,-17, 4,-12, -5, 3, -7, 8, 7, -3, -8,-16,-16, 0, 8; D=0; /I: I=0; DM=-2; /M: SY='L'; M= -8,-25,-16,-26,-19, 12,-25,-18, 18,-23, 30, 14,-23,-24,-19,-17,-21, -7, 14,-15, 1,-19; D=0; /I: I=0; DM=-2; /M: SY='A'; M= 22, -5, -9,-11, -7, -7, -2,-11, -9, -8,-10, -9, -1, -9, -8,-12, 9, 2, -3,-16,-11, -7; D=0; /I: I=0; DM=-2; /M: SY='R'; M= -7, 2,-20, -1, 2,-18,-12, -4,-16, 18,-16, -6, 6,-11, 5, 19, -4, -6,-13,-18, -9, 2; D=0; /I: I=0; DM=-2; /M: SY='T'; M= -1, -8,-13,-11, -8, -8,-16,-13, 0,-12, 0, -1, -5,-15, -5,-10, 6, 12, 3,-25, -9, -7; D=0; /I: I=0; DM=-2; /M: SY='Y'; M=-17,-16,-28,-16,-13, 17,-27, 19, -3, -8, -1, 1,-16,-25, -1, -7,-16,-10,-12, 18, 58,-11; D=0; /I: I=0; DM=-2; /M: SY='L'; M= 0, -9,-14,-11, -4, -8,-15,-10, 0, -4, 4, 3, -9,-12, 0, -5, -5, 1, -1,-16, -6, -2; D=0; /I: I=0; DM=-2; /M: SY='R'; M= 0, -2,-15, -3, 4,-16, -8, -4,-16, 6,-16, -8, 2, -9, 6, 12, 7, 1,-11,-20,-11, 4; D=0; /I: I=0; DM=-2; /M: SY='G'; M= -3, -8,-13, -9, -7, -7, 2,-11, -5,-10, 1, 0, -7,-12, -8, -9, -3, 1, -3,-15, -8, -8; D=0; /I: I=0; DM=-2; /M: SY='P'; M= -6,-12,-17,-12, -7, 4,-13,-11, -8, -9, -8, -7, -8, 10,-10, -7, -1, 0, -9,-14, -5, -9; D=0; /I: I=0; DM=-2; /M: SY='H'; M= -9, 1,-21, 5, 4,-14,-13, 10,-17, -1,-16, -9, 0, -4, 7, 0, 0, -5,-17,-15, 4, 4; D=0; /I: I=0; DM=-2; /M: SY='E'; M= -9, 2,-21, 3, 13, -6,-15, 5,-14, 2,-12,-10, 2,-11, 4, -2, -3, -5,-16, -8, 12, 7; D=0; /I: I=0; DM=-2; /M: SY='S'; M= -3, -1, -6, -1, -5, -7, -9, -7,-10, -5,-11, -9, 2,-13, -6, -2, 7, 2, -4,-22, -9, -5; D=0; /I: I=0; DM=-2; /M: SY='V'; M= -5,-16,-15,-16, -9, -5,-22,-16, 7, -4, 6, 4,-16,-19,-12, -3,-11, -4, 15,-21, -7,-11; D=0; /I: I=0; DM=-2; /M: SY='I'; M= -5,-14,-16,-18,-14, -2,-21,-16, 18,-16, 11, 7,-10,-17,-13,-15, -9, -3, 14,-20, -5,-15; D=0; /I: I=0; DM=-2; /M: SY='D'; M= -9, 6,-20, 8, 1, -8,-14, -6,-14, 1, -7, -7, 1,-13, -2, -2, -7, -7,-12,-18, -5, 0; D=0; /I: I=0; DM=-2; /M: SY='G'; M= 3, 0,-18, 0, -7,-20, 26,-11,-23, -7,-19,-14, 2,-11, -8,-10, 4, -7,-16,-17,-17, -7; D=0; /I: I=0; DM=-2; /M: SY='F'; M= -9, -5,-18, -6, -2, 9,-14, -8,-11, -7, -8, -8, -6,-13, -5, -7, -5, -5,-11, 3, 4, -2; D=0; /I: I=0; DM=-2; /M: SY='T'; M= -3, -6,-11, -9, -8, 3,-13,-12, -1,-11, -5, -4, -4,-12, -9,-10, 5, 8, 2,-16, -3, -8; D=0; /I: I=0; DM=-2; /M: SY='K'; M= -5, -3,-18, -1, 0,-16,-11, -8,-13, 8,-16, -9, -1, -1, 0, 6, 2, -1, -8,-20,-11, -1; D=0; /I: I=0; DM=-2; /M: SY='G'; M= -3, -2,-21, -3, -7,-20, 17,-10,-21, -9,-21,-14, 4, 9, -9,-11, 2, -6,-20,-21,-20, -9; D=0; /I: I=0; DM=-2; /M: SY='N'; M= 2, 3,-16, -1, 0,-17, -4, -7,-14, -5,-18,-13, 8, 7, -3, -8, 8, 5,-14,-24,-16, -2; D=0; /I: I=0; DM=-2; /M: SY='D'; M= -9, 8,-21, 12, 12,-19,-13, -4,-20, 9,-16,-12, 3, -5, 4, 8, -1, -3,-16,-22,-10, 7; D=0; /I: I=0; DM=-2; /M: SY='G'; M= -4,-18,-20,-21,-21, 9, 14,-19,-11,-21, -5, -6,-11,-21,-23,-18, -8,-11, -6,-10, -5,-21; D=0; /I: I=0; DM=-2; /M: SY='T'; M= 3, -9, -8,-12,-10, -5,-13,-14, 3, -9, 1, -1, -8,-12, -9, -8, 3, 10, 8,-18, -7,-10; D=0; /I: I=0; DM=-2; /M: SY='H'; M=-10, -1,-15, -1, -4, 2,-13, 3, -8, -5, -2, -3, -1,-13, -6, 0, -7, -6, -7,-12, 1, -5; D=0; /I: I=0; DM=-2; /M: SY='T'; M= -6, -4,-14, -5, -3, -7,-14, -8, -2, -3, -5, -3, -2, -9, -3, 1, 0, 6, -1,-14, -3, -5; D=0; /I: I=0; DM=-2; /M: SY='T'; M= -3, 2,-12, 0, -2, -9, -9, 0,-10, -4,-10, -7, 3, -4, -1, -5, 5, 9, -8,-15, -1, -2; D=0; /I: I=0; DM=-2; /M: SY='T'; M= 6, -6,-14,-13,-13,-12, -3,-18,-11,-12,-12,-10, -4,-14,-13,-14, 12, 24, -2,-24,-10,-13; /M: SY='F'; M=-13,-22,-19,-27,-22, 28,-27, 1, 4,-20, 3, 5,-17,-26,-22,-15,-13, -4, 8, -8, 19,-22; /M: SY='P'; M= 0,-18,-29,-17, -7,-15,-18,-15,-11, -4,-10, -6,-17, 18, -8, -7,-12, -9,-14,-12,-11,-10; /M: SY='S'; M= 9, 0,-11, 0, 0,-20, -1,-10,-20, -8,-30,-20, 10,-10, 0, -7, 38, 19,-10,-39,-20, 0; /M: SY='G'; M= 2,-10,-29,-10,-20,-30, 67,-20,-39,-20,-29,-20, 0,-20,-20,-20, 0,-19,-29,-20,-30,-20; /M: SY='E'; M= -8, -1,-25, 3, 25,-22,-18, -4,-21, 6,-13,-12, -2,-10, 11, 9, 2, -4,-19,-28,-15, 17; /M: SY='T'; M= -2, -6,-20,-12, -8, -8,-18,-14, -6, -4, -1, -3, -2,-13, -9, -6, -5, 4, -6,-24, -9, -9; /M: SY='S'; M= 6, 8,-18, 5, 1,-21,-10, -8,-18, -5,-18,-13, 6,-12, 4, -9, 11, 7,-13,-28,-14, 3; /M: SY='T'; M= -1, 0,-11,-10,-10,-10,-20,-15,-11,-10,-10,-10, 0,-10, -9,-10, 19, 47, -1,-30, -9,-10; /M: SY='S'; M= 1, -8,-19,-10, -3,-12,-13,-12,-14, -1,-12, -8, -5,-15, 1, -4, 6, 3,-10,-19, -9, -1; /M: SY='T'; M= 0, -9,-17,-14,-15, -6,-18,-21, 2,-16, -3, -3, -8,-16,-15,-17, 3, 15, 7,-26, -9,-16; /M: SY='H'; M= 3, -5,-23, -7, 7,-22,-10, 10,-18, -1,-13, -3, -4,-13, 9, 1, -2, -9,-15,-24,-10, 7; /M: SY='H'; M=-15, 18,-25, 8, -1,-19,-11, 51,-22, -6,-23, -9, 33,-20, 4, -1, -1,-10,-27,-34, 0, -1; /M: SY='T'; M= 3, -1,-10, -7, -7,-10,-13,-16,-13,-11,-17,-13, 3,-11, -7,-10, 26, 36, -4,-32,-12, -7; /M: SY='V'; M= 1,-20,-17,-26,-21, 10,-23,-19, 12,-19, 9, 12,-18,-21,-19,-19,-10, -3, 13,-17, -1,-20; /M: SY='H'; M= 0, -2,-20, -9, -7,-10,-15, 10,-10,-12, -4, -4, 4,-15, -4,-10, -3, -2,-12,-26, -5, -6; /M: SY='N'; M= -9, 22,-21, 7, -6,-15, 0, 2,-14, -8,-14,-12, 37,-22, -6, -6, 1, -4,-22,-34,-17, -6; /M: SY='M'; M= -1,-15,-19,-17,-10,-12,-16,-14, 2, -8, 0, 5,-12,-19, -4, -9, -3, -2, 5,-26,-10, -7; /M: SY='A'; M= 23, -9,-15,-17,-12,-15, -4,-19, -5,-14, -5, -6, -6,-14,-11,-18, 6, 5, -1,-24,-16,-12; /M: SY='M'; M= -8,-23,-23,-29,-20, 0,-28, -5, 22,-22, 24, 27,-20,-23,-11,-18,-21,-11, 11,-21, 1,-18; /M: SY='I'; M= -3,-19,-23,-24,-21, -6, -8,-17, 10,-19, 2, 9,-13,-20,-14,-19, -7, -3, 7,-19, -3,-19; /M: SY='R'; M= -6, 0,-22, -1, 7,-21,-14, -9,-21, 7,-18,-10, 0,-11, 4, 11, 5, 9,-14,-27,-13, 4; /M: SY='T'; M= -3,-17,-19,-20,-18, -3,-11,-18, 0,-16, 4, 0,-14,-21,-16,-12, -6, 5, 4,-19, -3,-18; /M: SY='I'; M= -5,-19,-20,-26,-23, 11,-22,-21, 15,-22, 9, 5,-12,-24,-22,-20,-12, -5, 13,-19, -1,-23; /M: SY='L'; M= -7,-15,-23,-14, 3, -7,-25,-11, 0,-12, 15, 5,-15,-18, 2, -9,-14, -7, -5,-21, -6, 2; /M: SY='E'; M= -7, 5,-23, 6, 7,-21,-12, -7,-19, 3,-13,-11, 4,-14, 2, 3, 1, -1,-16,-29,-14, 4; /M: SY='R'; M=-11, -3,-26, 0, 11,-19,-21, -7,-19, 14,-16,-10, -3,-15, 2, 20, -6, -8,-10,-25,-12, 5; /M: SY='Y'; M=-10,-22,-24,-24,-19, 3,-26, -8, 7,-14, 9, 4,-18,-26,-14, -7,-18, -9, 6, -2, 10,-18; /M: SY='A'; M= 5, -3,-15, -9, -6,-19, -2,-11,-18, 0,-18, -9, 2,-16, -2, -3, 4, -1,-12,-25,-15, -4; /M: SY='N'; M= -7, 2,-24, -2, 0,-21,-13, -3,-17, -1,-19,-11, 9, 3, 4, -1, 3, 0,-20,-30,-16, 1; /M: SY='E'; M=-12, 5,-27, 9, 17,-26,-18, -4,-25, 15,-20,-13, 2,-11, 11, 17, -2, -6,-20,-27,-14, 13; /M: SY='H'; M= -9,-16,-23,-18,-14, -3,-13, 11,-12,-15, -8, -3,-12,-18, -9,-13,-12,-11,-12, -2, 11,-13; /M: SY='S'; M= 0, -9,-22,-12,-10,-12, -8,-11,-11, -5,-15, -7, -6, -5, -8, -9, 2, 2, -8,-19, -3,-10; /M: SY='N'; M=-10, 9,-25, 7, -2,-14, 0, -1,-26, 0,-22,-15, 12,-18, -4, 2, -2, -9,-22,-24,-11, -3; /M: SY='D'; M= -6, 1,-23, 4, -2,-19,-17,-13, -8, -7, -9, -8, -2,-10, -4,-11, 1, 0, -6,-30,-13, -4; /I: I=-2; MD=-11; /M: M= -3, -6,-14, -8, -6, -8,-11, 0, 0, -9, -4, 0, -2, 0, -5, -9, -2, -3, -3,-17, -6, -7; D=-2; /I: I=-2; MD=-11; /M: SY='T'; M= -4, 2, -6, 2, -4,-16, -1,-12,-18, -9,-14,-13, 2,-13, -7, -9, 7, 8,-11,-27,-15, -6; D=-2; /I: I=-2; MI=0; MD=-11; IM=0; DM=-11; /M: SY='L'; M=-11,-20,-22,-23,-13, 8,-27,-15, 5,-14, 13, 7,-17,-22, -6, -8,-14, -4, 1,-16, 1, -9; /M: SY='V'; M= -5,-13,-20,-16,-11, -9,-21,-15, 0, -2, 2, 1, -9,-21, -9, 3, -8, -3, 4,-25, -9,-11; /M: SY='N'; M= -7, 5,-21, 0, -6,-14,-14, 1,-10,-11,-13, -8, 11,-17, -5,-10, 4, 4,-12,-23, -8, -6; /M: SY='Y'; M=-12, -8,-28, -9, -1, -2,-18, -6, -1,-12, -1, 1, -8,-18, -7,-13,-12,-10, -7,-14, 7, -6; /M: SY='R'; M= -9, -5,-22, -8, -3,-18,-19, -4,-11, 7,-14, -3, 0,-18, 9, 15, -1, -2, -7,-24, -7, 2; /M: SY='V'; M= -8,-24, 6,-28,-26, 0,-31,-19, 12,-17, 1, 3,-23,-29,-22,-18,-13, -6, 20,-20, 5,-26; /M: SY='V'; M= -5, -7,-20, -5, -6,-16,-22,-11, 1,-10, 3, 3,-12,-20, 1,-11, -8, -6, 5,-27,-10, -3; /M: SY='G'; M= 0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20, 0,-20,-20,-20, 0,-20,-30,-20,-30,-20; /M: SY='D'; M=-20, 50,-30, 70, 20,-40,-10, 0,-40, 0,-30,-30, 20,-10, 0,-10, 0,-10,-30,-40,-20, 10; /M: SY='D'; M=-20, 50,-30, 70, 20,-40,-10, 0,-40, 0,-30,-30, 20,-10, 0,-10, 0,-10,-30,-40,-20, 10; /M: SY='N'; M= -1, 0,-20, -7, -9,-18, 0,-12,-11, -9,-16, -9, 8,-16, -5,-10, 7, 7,-10,-28,-16, -8; /I: I=-2; MD=-12; /M: SY='L'; M=-11,-24,-20,-26,-20, 10,-27,-11, 15,-16, 18, 15,-22,-25,-15, -9,-19, -8, 12,-11, 12,-19; D=-2; /I: I=-2; MI=0; MD=-12; IM=0; DM=-12; /M: SY='L'; M= 0,-10,-19,-13, -6, -3,-13,-13, -6, -7, 3, 0,-10,-16, -9, -6, -8, -4, -4,-17, -6, -7; D=-2; /I: I=-2; DM=-12; /M: SY='V'; M= -7,-17,-16,-20,-16, -5,-26,-13, 8,-12, -1, 3,-15,-15, -9,-10, -9, -2, 9,-18, 2,-15; D=-2; /I: I=-2; DM=-12; /M: SY='V'; M= -5,-16,-14,-19,-17, 1,-19,-12, 2,-15, 3, 2,-15,-18,-16,-14, -9, -1, 4,-17, 2,-17; D=-2; /I: I=-2; DM=-12; /M: SY='R'; M=-12, 1,-21, 2, 6,-24,-18, 3,-20, 10,-18, -8, 1,-14, 11, 15, -3, -6,-16,-25,-10, 7; D=-2; /I: I=-2; DM=-12; /M: M= -8, -5,-23, -3,-13, 0, -7,-17, -7,-18, -4, -7, -7,-21,-19,-18, -9, -9, -3,-21, -7,-16; /M: SY='N'; M= -1, -2,-21, -6, -6,-16, -2, 1,-17,-10,-18,-11, 6,-14, -3, -8, 6, -2,-16,-21,-10, -5; /M: SY='T'; M= -1, -4, -6, -8, -2,-17,-15,-16,-14, -9,-17,-13, -1, -8, -5,-11, 15, 20, -8,-33,-16, -4; /M: SY='D'; M= -7, 9,-25, 12, 10,-25,-15, -9,-20, 1,-21,-15, 4, 3, 0, -7, 4, 2,-18,-32,-17, 4; /M: SY='L'; M= -8, -4,-17, -3, -6, -8,-22,-11, -2,-15, 1, -3, -7,-20,-11,-15, -7, -4, 0,-27, -6, -9; /M: SY='T'; M= -3, -6, -9,-12,-12,-11,-18,-18, -6,-11, -7, -5, -5,-16,-11, -8, 9, 25, 2,-30,-11,-12; /M: SY='K'; M= -1, -6,-23, -8, 0,-17,-18, -8,-15, 7,-18, -9, -4, -3, 0, 0, 1, 3,-11,-23, -8, -1; /M: SY='E'; M=-12, 7,-26, 11, 14,-17,-19, -3,-19, 5,-16,-12, 2,-14, 4, 0, -5, -8,-15,-26,-10, 9; /M: SY='M'; M=-12,-10,-20,-11, -8, -6,-23, 0, -3,-12, 2, 5, -9,-21, -6, -8,-13, -9, -4,-18, -2, -8; /M: SY='M'; M= 2,-15,-19,-18,-15, -9,-17,-16, 9,-16, 9, 12,-15,-20,-10,-17,-10, -6, 9,-24, -9,-13; /M: SY='E'; M= -9, 3,-25, 4, 16,-21,-20, -6,-17, 8,-17,-10, 2,-11, 10, 2, -1, -3,-15,-26,-12, 13; /M: SY='R'; M= -8, -5,-24, -3, 7,-18,-18, -7,-15, 6, -9, -6, -5,-15, 3, 13, -3, -4,-11,-26,-12, 4; /M: SY='I'; M= -7,-20,-20,-25,-22, 11,-27,-18, 17,-22, 13, 8,-16,-25,-21,-19,-15, -6, 15,-17, 4,-22; /I: I=-2; MD=-12; /M: SY='S'; M= 5, -1,-15, -5, -4,-16, -4,-11,-10, -9,-11, -8, 2,-13, -3,-10, 8, 4, -6,-25,-14, -4; D=-2; /I: I=-2; MI=0; MD=-12; IM=0; DM=-12; /M: SY='S'; M= -4, 0, -9, -3, 1, -4,-12, -8, -9, -7, -9, -8, 2,-11, -5, -8, 3, 2, -8,-19, -7, -2; D=-2; /I: I=-2; DM=-12; /M: SY='C'; M= -6,-13, 8,-18,-18, -5, -9,-17, -1,-18, -4, -3,-10,-19,-17,-18, -7, -5, 2,-19, -8,-18; D=-2; /I: I=-2; DM=-12; /M: SY='F'; M= -9,-10,-22,-12, -8, 10,-16,-12, -7,-14, -1, -3, -9,-19,-14,-13,-11, -9, -7, 1, 2, -9; D=-2; /I: I=-2; DM=-12; /M: SY='D'; M=-10, 9,-24, 11, 6,-22,-11, -5,-19, 2,-18,-13, 7, -6, 3, 0, -3, -7,-17,-27,-15, 4; D=-2; /I: I=-2; DM=-12; /M: SY='E'; M= -8, 0,-21, 0, 3,-11,-21, -9, -5, -8, -7, -7, -1,-16, -6,-11, -1, 3, -4,-25, -4, -2; /M: SY='V'; M=-11, -8,-23, -9,-11, -7,-23, -4, 0, -6, -6, -2, -6,-20, -9, -2, -7, -4, 2,-21, 2,-12; /M: SY='E'; M= 6, -4,-22, -4, 8,-21, -6,-11,-14, -6,-16,-11, -3,-10, 1,-11, 6, -3,-12,-25,-14, 4; /M: SY='K'; M=-10, 4,-27, 7, 10,-16,-19, -9,-22, 12,-19,-13, -1,-12, 1, 4, -4, -4,-17,-17, -6, 6; /M: SY='Y'; M= -7,-14, -2,-16,-12, 0,-21, -3,-15, -7,-14,-10,-12,-24, -9, -8, -5, -5,-12, 0, 21,-12; /M: SY='S'; M= 3, 2,-18, -2, -7,-17, 11, -9,-22, -9,-25,-17, 12,-15, -6,-10, 18, 7,-16,-29,-15, -7; /M: SY='H'; M= -7, 4,-25, 6, 4,-23,-13, 33,-27, 0,-20,-10, 6,-15, 4, 4, -1, -7,-22,-28, -3, 2; /M: SY='M'; M= -3, -8,-22,-11, 5,-13,-20,-10, 0, -9, 2, 6, -8,-14, 0,-11, -4, -2, -3,-26,-10, 2; /M: SY='A'; M= 10, -1,-18, -9, -1, -4,-11,-11,-10, -9,-12,-10, 4,-15, -8,-13, 4, -2, -8,-23,-11, -4; /M: SY='A'; M= 5,-11,-19,-14, -5, -8,-15,-15, 0,-14, 1, -3, -9,-17, -9,-15, -2, -3, 0,-24, -9, -7; /M: SY='K'; M= -6, -8,-27, -6, -2,-17,-15, -7,-19, 6,-22,-11, -6, 4, 0, 0, -1, -3,-18,-14, -2, -2; /M: SY='Q'; M= 1,-14,-20,-15, -7,-16,-13,-13, -4,-10, -3, -1,-12,-19, 3, -9, -2, -4, -1,-21,-11, -2; /M: SY='K'; M=-10, 0,-27, -2, 5,-24,-20, -8,-23, 35,-23, -8, 1,-13, 7, 20, -8, -7,-16,-21, -8, 6; /M: SY='A'; M= 9, -6,-17,-11, -7,-16, -7,-13,-14, -7, -9, -8, -5,-14, -3, -5, 6, 9, -8,-23,-12, -6; /M: SY='L'; M= -9,-19,-21,-22,-15, 1,-27,-14, 12,-16, 14, 12,-18,-22,-11,-12,-13, -2, 10,-19, 2,-14; /M: SY='I'; M= 6,-21,-18,-28,-22, -3,-24,-21, 20,-20, 12, 10,-18,-22,-18,-21,-11, -5, 20,-22, -5,-21; /M: SY='L'; M= 6,-25,-17,-27,-17, 2,-22,-20, 12,-25, 34, 12,-25,-25,-17,-20,-19, -7, 7,-20, -5,-17; /M: SY='F'; M=-17,-27, 28,-37,-30, 46,-30,-23,-10,-30, 0, -7,-20,-33,-37,-23,-17,-10, -3,-10, 10,-30; /M: SY='G'; M= 0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20, 0,-20,-20,-20, 0,-20,-30,-20,-30,-20; /M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30; /M: SY='R'; M=-20,-10,-30,-10, 0,-20,-20, 0,-30, 30,-20,-10, 0,-20, 10, 70,-10,-10,-20,-20,-10, 0; /M: SY='V'; M= 0,-30,-10,-30,-30, 0,-30,-30, 30,-20, 10, 10,-30,-30,-30,-20,-10, 0, 50,-30,-10,-30; /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;» more |
Numerical results [info]
| Total number of hits | 44 in 44 different sequences |
| Number of true positive hits | 44 in 44 different sequences |
| Number of 'unknown' hits | 0 |
| Number of false positive hits | 0 |
| Number of false negative sequences | 1 |
| Number of 'partial' sequences | 0 |
| Precision (true positives / (true positives + false positives)) | 100.00 % |
| Recall (true positives / (true positives + false negatives)) | 97.78 % |
Comments [info]
| Matrix type [info] | protein_domain |
| Scaling database [info] | reversed |
| Author [info] | S_Spirin, N_Hulo |
| Taxonomic range [info] | Eukaryotic viruses |
| Maximum number of repetitions [info] | 1 |
| Feature key [info] | DOMAIN |
| Feature description [info] | RdRp catalytic |
| Version [info] | 5 |
Cross-references [info]
| UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences |
44 sequences
RDRP_AHSV9 (O70695), RDRP_AQRVA (Q8VA42), RDRP_AQRVC (Q8JU61), RDRP_AQRVG (B2BNE0), RDRP_BAVJK (Q9INJ1), RDRP_BTV10 (P13840), RDRP_CTFVL (Q9DSQ0), RDRP_LDCPR (Q91IE0), RDRP_RDVA (Q02119), RDRP_RDVF (Q98631), RDRP_REOVD (P0CK31), RDRP_REOVJ (P17377), RDRP_REOVL (P0CK32), RDRP_RGDV (A4PBP6), RDRP_ROT41 (Q3ZK55), RDRP_ROTAD (B1NKR3), RDRP_ROTB2 (A9Q1K7), RDRP_ROTBN (A7J398), RDRP_ROTBU (P21615), RDRP_ROTGI (P35942), RDRP_ROTH3 (A4ZCW2), RDRP_ROTH6 (B2BMQ6), RDRP_ROTH7 (B1NKQ9), RDRP_ROTHC (Q91E95), RDRP_ROTHD (A7J3A6), RDRP_ROTHK (Q9QNB3), RDRP_ROTHL (A3DSK5), RDRP_ROTHP (B1NKS9), RDRP_ROTHS (A7J390), RDRP_ROTHT (B1NKT7), RDRP_ROTHW (A4ZCW8), RDRP_ROTJ1 (Q45UG0), RDRP_ROTPC (P26190), RDRP_ROTPG (P17699), RDRP_ROTPY (Q85036), RDRP_ROTRF (P17468), RDRP_ROTS1 (P22678), RDRP_ROTSH (A2T3S0), RDRP_ROTSP (O37061), RDRP_ROTTU (B3F2X5), RDRP_ROTW3 (B2BMF7), RDRP_ROTWI (B1NKU1), RDRP_ROTYO (A7J3A2), RDRP_RRSVT (O92604)» more
|
| UniProtKB/Swiss-Prot False negative sequences |
1 sequence
RDRP_APRVF (Q2Y0E9) |
| PDB [Detailed view] |
19 PDB
1MUK; 1MWH; 1N1H; 1N35; 1N38; 1UON; 2CSE; 2R7O; 2R7Q; 2R7R; 2R7S; 2R7T; 2R7U; 2R7V; 2R7W; 2R7X; 4F5X; 8FJK; 8FJL » more |