Entry: PS50808

Forthcoming changes to the profile format
General information about the entry

Entry name [info] ZF_BED
Accession [info] PS50808
Entry type [info] MATRIX
Date [info] APR-2002 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); JUL-2014 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC50808
Associated ProRule [info] PRU00027

Name and characterization of the entry

Description [info] Zinc finger BED-type profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=58;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=53;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.3612; R2=0.01765889; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=2207.22069; R2=14.86897; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=433; N_SCORE=9.0; H_SCORE=7798; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=291; N_SCORE=6.5; H_SCORE=6534; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-20; I=-20; B1=-60; E1=-60; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='R'; M=-11, -5,-27, -6,  1,-18, -6, -6,-24, 12,-18,-10,  1,-17,  4, 19, -5, -9,-20,-22,-12,  1;
/M: SY='K'; M= -8,  0,-29,  3,  2,-21,-12, -4,-23, 14,-21, -8, -3, -8,  4,  7, -7,-10,-19,-17, -2,  2;
/M: SY='R'; M= -8,-11,-24,-12, -5,-15,-19, -9,-12,  1,-12, -4, -8, -2,  1,  7, -1,  3, -9,-23, -7, -4;
/M: SY='D'; M= -3, 18,-19, 24, 14,-27, -6, -4,-27, -4,-29,-23, 15, -9,  3, -8, 21,  6,-20,-39,-20,  9;
/M: SY='K'; M= -6, -2,-27,  1,  4,-24,-18, -4,-17,  7,-20,-11, -3,  0, -1,  2, -4, -7,-13,-27,-13,  0;
/M: SY='V'; M=  6,-21,-20,-25,-20, -7,-16,-20, 12,-17,  0,  4,-17,-12,-17,-20, -5, -4, 14,-21, -7,-20;
/M: SY='W'; M=-14,-32,-40,-33,-25, 10,-21,-21,-13,-18,-11,-13,-32,-27,-17,-18,-29,-19,-21, 99, 30,-19;
/M: SY='E'; M= -7,  0,-15,  1,  6,-23,-11,-10,-22,  2,-18,-12,  0, -7,  1, -3, -1, -6,-19,-30,-17,  3;
/M: SY='H'; M=-16,-13,-26,-15,-13,  9,-25, 38, -7,-14, -7,  1, -7,-24, -7, -9,-11,-11,-10, -8, 32,-13;
/M: SY='F'; M=-10,-24,-22,-28,-24, 31,-14,-13, -1,-22,  7,  0,-19,-27,-25,-18,-16,-10, -1,  0, 21,-24;
/M: SY='T'; M= -4, -8,  0,-11,-14,-15,-16,-18, -9,-11, -7, -7, -9,-21,-14, -6, -4,  2,  0,-30,-15,-15;
/M: SY='E'; M= -7, -1,-28,  3,  7,-17, -8, -7,-21, -6,-15,-12, -5, -1,  3,-10, -4, -7,-21,-21, -9,  4;
/M: SY='V'; M= -7,-17,-21,-20,-11, -4,-25,-17,  7,-11,  0,  1,-12,-19, -8, -5, -4,  0,  8,-24, -6,-11;
/I:         I=-3; MD=-14;
/M: SY='E'; M= -6,  5,-19,  6, 11, -7,-14, -4,-14, -4, -8,-10,  0,-10, -2, -7, -2, -2,-13,-17, -3,  5; D=-3;
/I:         I=-3; MD=-14;
/M: SY='R'; M= -8, -6,-17, -7,  2,  3,-15, -8,-14,  5,-10, -7, -3,-11, -3,  8, -2, -1,-10,-13, -2,  0; D=-3;
/I:         I=-3; MD=-14;
/M:         M= -5,  0,-16,  0, -1,-13, -1, -7,-11, -7, -7, -4,  0, -3, -5, -8, -1,  0,-11,-19,-11, -3; D=-3;
/I:         I=-3; MI=0; MD=-14; IM=0; DM=-14;
/M: SY='D'; M=-10, 21,-18, 31, 17,-22, -8, -1,-22,  5,-17,-16,  8, -5,  4, -2, -1, -6,-18,-22,-12, 10; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-14;
/M: SY='G'; M= -4,  2,-19,  5,  4,-20, 19, -7,-23, -2,-17,-13,  2, -8, -3, -5, -1,-10,-18,-15,-15,  0; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-14;
/M: SY='K'; M= -5, -1,-14,  0,  1,-12,-14, -8, -6,  3, -8, -5, -2, -8, -2,  2, -1,  3, -2,-17, -7, -1; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-14;
/M: SY='K'; M= -5,  2,-14, -1, -1,-11,-10, -5, -8, 10, -9, -4,  5,-10, -1,  5, -4, -3, -6,-15, -7, -1; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-14;
/M: SY='K'; M= -4, -7,-14, -7, -3,-10, -7, -8, -6,  4, -2,  0, -6,-11, -1,  1, -7, -6, -4,-12, -6, -2; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-14;
/M: SY='G'; M=  8, -3,-10, -5, -4,-13, 11, -8,-13, -3,-13, -8,  0, -7, -4, -6,  6, -2, -8,-13,-12, -4; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-14;
/M: SY='R'; M=-10, -8,-28, -9, -5,-15,-21,  5,-17, 11,-16, -6, -6,-18,  0, 14,-12,-11,-12, -7,  3, -5;
/M: SY='F'; M=  4,-21,-18,-26,-19,  8,-19,-17,  3,-18,  5,  3,-19,-22,-17,-17, -8, -2,  5, -3,  4,-18;
/M: SY='K'; M=-12,-10,-27,-12,  0, -4,-24, -9,-13, 12, -9, -4, -8,-17,  0, 11,-11, -6,-11,-14,  2,  0;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='K'; M= -4, -5,-23, -7, -2,-20,-18, -3,-15, 19,-18, -3, -1,-16,  1, 13, -5, -6, -7,-25, -9, -1;
/M: SY='Y'; M=-13,-20,-26,-22,-16, 10,-22, -4,  1,-11,  6,  3,-17,-25,-10, -6,-17,-10, -3, -2, 24,-15;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='H'; M=-12, -3,-28, -3,  0,-21, -4, 28,-24, -3,-14, -5,  3,-18,  4, -2, -8,-15,-23,-25, -3,  0;
/M: SY='K'; M=-11,-12,-27,-13, -5, -7,-23,-12,-13, 16,-16, -6, -8, -9, -5, 10,-10, -8, -9,-16, -1, -5;
/M: SY='I'; M=-10,-14,-26,-14,-13,-12,-28,-20, 11, -7,  1,  3,-14,-14,-12, -8,-14, -8, 11,-25, -8,-15;
/M: SY='M'; M= -8,-16,-24,-21,-17, -5,-12,-13,  7,-15,  9, 11,-10,-22,-12,-14,-13, -9,  0,-20, -3,-15;
/M: SY='K'; M= -3, -4,-16, -5,  2,-25,-14, -1,-25, 12,-25,-12,  1, -8,  6, 12,  6, -2,-18,-28,-13,  3;
/M: SY='N'; M= -7, -5,-17, -8, -5,-14,  0, -4,-22, -5,-19,-12,  3,-18, -6,  0,  2, -4,-17,-26,-12, -7;
/I:         I=-3; MD=-17;
/M: SY='G'; M= -5,-10,-22,-12,-11,-15,  4, -6,-13,-12, -8, -5, -4,-17, -6, -7, -1,  0,-11,-22,-11, -9; D=-3;
/I:         I=-3; MD=-17;
/M: SY='G'; M= -2, -4,-21, -4, -5,-22, 12,  3,-24, -7,-22,-12,  2, -7, -1, -7,  7, -2,-19,-24,-13, -4; D=-3;
/I:         I=-3; MI=0; MD=-17; IM=0; DM=-17;
/M: SY='S'; M= -1,  0,-13, -1,  1,-12,  2, -7,-12, -2,-10, -8,  3, -8, -2, -4,  5,  1,-10,-17,-10, -1; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-17;
/M: SY='S'; M=  5,  0,-10, -4, -5,-12,  5, -7,-11, -7,-13, -6,  5, -9, -4, -8, 12,  6, -7,-21,-12, -4; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-17;
/M: SY='T'; M=  4,-11,-18,-17,-12,-13,-20,-21,  0,-14, -8, -6, -8,  2,-11,-17,  7, 20,  1,-27,-13,-13;
/M: SY='S'; M=  1,  6,-15,  3,  5,-17, -7, -5,-19, -6,-24,-17, 13,-11,  1, -7, 24, 15,-14,-33,-13,  3;
/M: SY='N'; M= -3,  7,-24,  0, -3,-19, -3, -3,-21,  3,-24,-15, 17, -5, -2,  5,  3, -4,-22,-26,-13, -4;
/M: SY='L'; M= -9,-23,-20,-25,-16,  5,-25,-14, 12,-20, 26, 19,-22,-25, -9,-14,-18, -7,  6,-20, -1,-12;
/M: SY='R'; M=-11,-14,-26,-17, -8,-16,-24,-12, -1,  9, -8,  4, -8,-17,  2, 15, -9, -7,  0,-22, -8, -6;
/M: SY='R'; M=-10, -7,-26,-11, -5,-15,-22,  1,-11,  8,-13, -4, -1,-17,  3, 16, -6, -2,-10,-19,  0, -4;
/M: SY='H'; M=-20,  0,-30,  0,  0,-20,-20,100,-30,-10,-20,  0, 10,-20, 10,  0,-10,-20,-30,-30, 20,  0;
/M: SY='L'; M=-10,-23,-22,-25,-16,  0,-28,-12, 13,-16, 28, 16,-22,-25,-14,-12,-23,-10,  8,-21, -1,-15;
/I:         I=-3; MI=0; MD=-17; IM=0; DM=-17;
/M: SY='K'; M= -5, -9,-15,-10, -5, -6,-14,-11, -5,  5, -2, -1, -9,-11, -4,  1, -8, -2, -2, -2, -2, -4; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-17;
/M: SY='R'; M= -6,  3,-20,  1,  2,-20,-13,  4,-21,  8,-18,-10,  5,-13,  7, 17,  2,  1,-16,-23, -9,  2; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-17;
/M:         M= -3,-13,-11,-16, -9,-11,-15,-15, -8, -2, -8,  0,-12,-11, -6, -6, -7, -4, -3,-22,-11, -8; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-17;
/M: SY='H'; M=-16, -8, 28,-12,-12,-20,-24, 49,-30,-18,-20, -8, -2,-28, -6,-12,-10,-16,-22,-38,  1,-12;
/M: SY='K'; M= -3,-11,-27, -9,  0,-21,-15,-15,-15,  7,-13, -8,-11,  6, -4, -1, -7, -7,-12,-25,-16, -3;
/M: SY='N'; M= -6,  5,-23,  1,  4,-18,-15, -6,-13,  2,-12, -7,  8,-15,  0,  3,  0, -1,-13,-29,-13,  1;
/M: SY='Y'; M= -4, -4,-25, -5,  1, -9,-15, -5, -8, -6, -7, -7, -5,-17, -5,-10, -7, -8, -9,-15,  5, -4;
/M:         M=-12,-15,-28,-13,-10, -6,-22,-14, -7, -7, -6, -6,-14,  0,-11, -4,-12, -8, -8,-12, -3,-12;
/M: SY='K'; M= -2,  3,-23,  2,  3,-17,-15,-11,-20,  7,-19,-13,  1, -7, -3,  2,  0, -1,-13,-25,-13, -1;
/M: SY='E'; M= -4,  4,-25,  5, 11,-26, -9, -8,-23,  6,-22,-14,  3, -4,  5,  1,  2, -4,-18,-28,-18,  7;
/M: SY='V'; M= -3, -7,-19,-11,-16, -6,-15,-12,  4,-13, -6, -3, -5,-22,-15,-15, -2,  0,  9,-22,  0,-17;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2014_08 which contains 546'238 sequence entries.


Total number of hits 34 in 23 different sequences
Number of true positive hits 34 in 23 different sequences
Number of 'unknown' hits
Number of false positive hits
Number of false negative sequences 1
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 97.14 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] CJA_Sigrist
Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 4
Feature key [info] ZN_FING
Feature description [info] BED-type
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
23 sequences

DPY20_CAEBR (P51558), DPY20_CAEEL (P34807), DSLE_ARATH  (Q9M2N5), 
ENV11_YEAST (P53246), GEI13_CAEEL (P34478), HOBOT_DROME (P12258), 
RSLE1_ORYSJ (B9FJG3), RSLE2_ORYSJ (Q6AVI0), RSLE3_ORYSJ (Q75HY5), 
RSLE4_ORYSJ (Q0JMB2), SUF4_ARATH  (Q9C5G0), VID22_YEAST (Q05934), 
YS54_CAEEL  (Q09663), ZBED1_HUMAN (O96006), ZBED2_HUMAN (Q9BTP6), 
ZBED3_HUMAN (Q96IU2), ZBED4_HUMAN (O75132), ZBED4_MOUSE (Q80WQ9), 
ZBED5_BOVIN (A4Z943), ZBED5_CANFA (A4Z944), ZBED5_HUMAN (Q49AG3), 
ZBED6_HUMAN (P86452), ZBED6_MOUSE (D2EAC2)
» More

UniProtKB/Swiss-Prot
False negative sequences
1 sequence

ZBED3_MOUSE (Q9D0L1)

		
PDB
[Detailed view]
2 PDB

2CT5; 2DJR

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission